1A5VA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3 and mn cation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
b'GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Hydrolase
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5vA00
3ASMA 1L5UA 3E01A 4CERA 4JS4A 2E4LA 4FK0A 3MEGA 2QK9A 4NCAA 1IO2A 4DLGA 5DK5A 2EHGA 3NH1A 3FFIA 4DS5A 1RBTA 1EX4A 4FM1A 4IFYA 2HNYA 4BE1A 4FM0A 4FJ7A 2X6NA 2X6SA 4W5OA 3MXIA 1TAQA 3LAKA 1ZBIA 4CGFA 4E89A 3AVJA 4FLUA 3VQAA 5KRTA 1EP4A 2YKMA 4CF1A 3L2UA 1A5VA 4CHOA 3KK2A 3K2PA 3KLEA 3MXJA 3D45A 3P5JA 3ZSWA 4KPYA 1JXEA 1HYSA 2HVIA 1Q9YA 4G1QA 4F3TA 2HHTA 4CEQA 3PO5A 4FZXC 4AHSA 4YFUA 2DTUA 3VQQA 2OPPA 2GBZA 1ASVA 1JLBA 1BGXT 3AA2A 3NF9A 3RTVA 3TANA 2NUBA 4KTWA 4LSLA 3V81A 1GOBA 2RPIA 3VQ5A 1JKHA 1U4BA 3DLRA 3QINA 5HRPA 3RRGA 1BI4B 2G8UA 3NDKA 2HHQA 1NKBA 4DSEA 1RBUA 3LAMA 1U48A 4CHPA 1HQEA 4ELTA 2HNDA 3K5MA 1WSHA 2P5GA 3L3VA 4GMJB 3VQ6A 3NH0A 3HPHA 3MAQA 4E7JA 3ITHA 1NKCA 4C8MA 2G8FA 1RT5A 3U6FA 2HVHA 1JLEA 1TAUA 1VRUA 4LD0A 1RT4A 4KHYA 4CF2A 3TAQA 2FBXA 4CJ3A 1S1UA 1WSEA 4M3UA 4HUFA 1F21A 4Z4FA 4PUOA 4DF4A 1HYZA 4DS4A 1YTUA 3NFAA 3VA0A 3V9ZA 3D0PA 3NH2A 3NHGA 4W5TA 3OS0A 2A1SA 3IS9A 1RT7A 5CYQA 3HP6A 1RT1A 1X9SA 1LWEA 3C6UA 3I0SA 3VQDA 2IS3A 5DMRA 4CIFA 4YNQA 1T8EA 4QOZB 1VRTA 1IKXA 1TL1A 4KO0A 1WSJA 4TSXA 2XY6A 4KFBA 3SUNA 3V9XA 3SUOA 4AHVA 3SPYA 1QSLA 3PO4A 4FJJA 2XY8A 3DLBA 1FKOA 4HHTA 4BE0A 1JLFA 1NK8A 3QEPA 4HTUA 5I42A 1HRHA 4B8CA 4CESA 4F8RA 3KLIA 4B08A 4DWIA 4OKKA 1BI4A 1EXQA 4OPJA 4KTZA 2HB5A 4CCHA 4XIUA 3KJVA 1RNHA 4I2PA 3V6DA 5J2MA 1I39A 3CM5A 3U3YA 5SZTA 1WLJA 1J5OA 3THVA 4FW2A 3DLHA 4K8XA 1U04A 2HNZA 4Q0BA 1B9FA 3H08A 5T7BA 4Y1DA 4KHWA 1C0UA 4FJGA 1ITGA 1NJWA 1JL2A 3DOKA 3S3OA 4IDKA 1EETA 2IDOA 4DTSA 5J2NA 3SV3A 1D8YA 3TAMA 1FXXA 1UA1A 1KLNA 1Z26A 2RKIA 3OYEA 1NK4A 3P1GA 2OPRA 2Q3SA 4CJQA 5HP1A 4Z4EA 2OZSA 4DQQA 3VQ4A 1QHTA 3QNOA 1BQNA 4E1MA 2IOCA 1SKSA 3KD5E 4F2SA 4LH4A 2QKBA 1WN7A 3QO9A 4CF9A 2HHXA 1VK0A 4DTNA 1WNSA 3SQ2A 1ZBFA 5HBMA 1L3TA 2X74A 1U47A 4DLEA 4QCLA 4C8KA 4DSIA 3LZJA 5HROA 1S1VA 4Z0UA 2KFNA 4KKOA 4JRPA 3WNEA 4FJKA 3QEWA 1QSSA 4O5BA 1KCFA 3LPTA 1TK8A 4Z4HA 1RBVA 4FZYA 2DY4A 4CJWA 1S6QA 2ATQA 3NBPA 4M42A 4C8NA 3QLHA 4W5RA 4FLZA 2FBYA 4CEOA 3TAFA 4KHNA 4CGGA 3CG7A 4AHUA 3HSTB 3HXMA 3K5LA 4KREA 3AVCA 3AVLA 3RWUA 3ZCMA 4CEAA 4N5SA 3HT3A 5JS1A 1RDAA 3HYFA 1MU2A 1RDCA 4ZHRA 3EZ5A 3RMAA 3VA3A 2G8WA 3V1RA 4I9QA 1LV5A 4KRFA 2VWKA 4IG0A 1B92A 4O55A 1L3UA 4DSJA 4DSLA 4FYDA 1KVBA 1UOCA 3AVNA 3PX0A 4CIGA 2PZSA 2QKKA 3DRPA 4M41A 1Q9XA 2EX3A 3AVFA 1KFDA 2VG7A 4BWMA 1QE1A 2ETJA 1WAFA 3AA5X 3C6TA 4AH9A 3LWLA 3TAEA 1R0AA 1TKTA 2DFFA 3AV9A 3AVGA 3G10A 3ZT4A 1GOAA 4FJ5A 5HRRA 2KW4A 3OYGA 4FLTA 5CYMA 3L2VA 2KFZA 4OVLA 4DFJA 4FJ9A 4KI6A 1JLAA 3KTQA 3TARA 4DFMA 3QEIA 2XO7A 4H8KA 1N6QA 4DQPA 1X9WA 1U49A 2XRIA 4DSFA 2FBVA 2Z1HA 3NF7A 1WSIA 4B9UA 4B9SA 2IAJA 4FK2A 2F8TA 3V1OA 3AO3A 3ZSXA 2W42A 4DU1A 5FDLA 1SKWA 1KRPA 4BDPA 3TAGA 5D3GA 2B6AA 1NOYA 1L3SA 4CFBA 1ASUA 4UQGA 1NJXA 3K57A 1KVCA 2B5JA 4KHQA 3RRHA 4L8RB 4IKFA 3TAPA 4LH5A 4DQRA 1RTDA 1C6VA 4CHQA 3AO2A 3QESA 1YVUA 3SQ0A 1LWFA 1IKYA 2PY5A 4KI4A 3VQ9A 1BL3A 1RTHA 4NYFA 4RG8A 3DM2A 3DLKA 4CEEA 3LP2A 3ZSZA 4E7IA 3T3FA 4M3WA 1IH7A 2ZE2A 2R7YA 1JXBA 3OYMA 1JLQA 5KRSA 3DRSA 3L2QA 3MXMA 1IKWA 3KLGA 4K8ZA 2BE2A 3QIPA 4WE1A 4CK1A 1XHZA 3LPUA 2G8KA 4CFDA 2KZZA 3SPZA 1SL2A 3LALA 1SL1A 4F2RA 4CF8A 1TK0A 2O4GA 3RR7A 3O3HA 1BISA 3VQEA 1T05A 1EKEA 1WSFA 2I5JA 3AVHA 3O4QA 3OYKA 5E41A 3PX4A 1BCOA 1QS4A 4I2QA 4FM2A 2OPQA 4KAZA 4B9VA 4C8LA 2RF2A 3ZSVA 2Z1JA 4FXDA 4BDYA 3CFPA 3OYDA 3F9KA 1LWCA 1NJYA 1TL3A 3V1QA 3QEXA 5J2QA 4J2EA 2YV0X 4DF8A 1C1AA 1D5AA 4H4MA 1Q8IA 4CGHA 1S9GA 3S9HA 1S1XA 4RW9A 1K6YA 4JS5A 4E7KA 3AVIA 1NKEA 4CJUA 4CHZA 2YKNA 4QAGA 3OVNA 3WNFA 4AHCA 4OLAA 1G15A 1RDBA 2YHBA 5CZ2A 4R5PA 1BQMA 3K58A 5HRSA 4B9MA 4HCBA 5KGXA 4AHRA 4N76A 3NF8A 4DMNA 1X9MA 3OJSA 2KZMA 3KLFA 4KHUA 3L3UA 1NK6A 4CFCA 3EY1A 3HJFA 4DQIA 2JLEA 3UIQA 4OJRA 3OYHA 3SUPA 2D0AA 3OYAA 4B9LA 4MFBA 3TWHA 3SZ2A 3S3MA 4CJPA 1B9DA 3A2FA 1RILA 4HCCA 3RMCA 4FJHA 2YNFA 1ZBLA 4FJXA 1J9AA 3U3GA 4Z4GA 1JLCA 3ALYA 3VQ8A 1SV5A 1D9FA 3OYFA 1TV6A 1NJZA 3ZT0A 4EP4A 4E7LA 2GUIA 4NCGA 3K59A 5FROA 4BACA 3TR8A 3V9UA 3KKSA 1FKPA 1SL0A 5KI6A 3OYIA 4KTQA 2Y1JA 2B4JA 5K14A 3QETA 4CJ5A 1O1WA 4CHYA 3PY8A 3S3NA 4OGCA 3SQ1A 1REVA 2F8SA 1HJRA 4CJVA 3CYMA 2QXFA 4ELVA 3AVKA 4I7FA 1HPZA 3JYTA 3SYZA 4RW4A 3V9WA 4Y1CA 2IGIA 1TKZA 4IFVA 5CY4A 4CEDA 3OS2A 4AHTA 1QTMA 3RR8A 3HVTA 5CZ1A 4FW1A 4FLVA 3V9SA 1RDDA 2ITGA 4HVJA 1IG9A 5FRMA 3VQPA 2LSNA 4RW6A 1Z25A 4ZTJA 1XHXA 4B9TA 3CM6A 4CHNA 1KLMA 2D0BA 1C0TA 3NCIA 3F73A 1LAVA 3BDPA 1CZBA 4CIEA 5KTQA 2XY5A 2DFEA 3AO4A 4I9LA 4FJ8A 4BDZA 1ASWA 4RW7A 3AVMA 3ZSRA 1RBSA 4CK3A 1CXQA 2PYLA 3NF6A 1SKRA 2G8HA 3M8PA 2WONA 1BHLA 4DU4A 1RTJA 4Z4IA 2F96A 4CJLA 1QQCA 3O4NA 4E3SA 1SUQA 1YTAA 4E1NA 3PUFA 4GW6A 1NK5A 3CQ8A 3IAYA 1T7PA 4CE9A 2D0CA 3KK3A 1RCHA 4CK2A 2KTQA 1DTQA 1TGOA 2WOMA 3MEEA 1BIZA 1T03A 1J53A 3HO1A 1W0HA 4DQSA 2A1RA 2OYQA 4CEFA 1C0MA 1BCMA 5JS2A 4CF0A 4CFAA 4ID5A 4NYNA 4CEZA 4LY7A 2XY7A 3HM9A 4KB1A 3OYJA 3T1AA 3OY9A 2Z1IA 3L8BA 4DG1A 3M8SA 1KTQA 4GVMA 1C1CA 2E6MA 1JL1A 4CJSA 3LDSA 3LZIA 3DI6A 1WSGA 1CXUA 1LW0A 3NGYA 4DTUA 2RN2A 2YHAA 4CGDA 3LP3A 3LP1A 4CJKA 4F3OA 4HUGA 3CFOA 4ELUA 3HK2A 4IBNA 5HLFA 4PWDA 3AA3A 3IG1A 2OPSA 3DYAA 1HMVA 3VN5A 1VSMA 3TABA 3EYZA 2HHSA 3IRXA 1S5JA 4W5QA 3AO1A 2OA8A 4FLYA 5C42A 4FJMA 1TKDA 4BWJA 1HNIA 4AILC 5SWMA 3NE6A 1TK5A 3PV8A 4CJFA 1NK0A 1CZ9A 1Y97A 3B6PA 3MECA 3SJJA 2HHUA 2XHBA 1VSJA 1HQUA 3ZT3A 3ZT2A 5C24A 1ZBHA 3L2WA 3TI0A 1LW2A 3I8DA 2AJQA 3HPGA 4EZ6A 3OS1A 1HYVA 2P1JA 3SV4A 4DTPA 4KB0A 1NOZA 4J2AA 3RMDA 4O0IA 1TKXA 3KIOA 3M8RA 3JSMA 1VSFA 3HVRA 3ULDA 4IG3A 4PY5A 3RMBA 2VG5A 4FZZA 3ZSOA 4E0DA 2VWJA 4EP5A 2YNGA 3VQCA 1CLQA 1IKVA 3QNNA 4B3OA 1NK9A 2Z1GA 1KVAA 1J54A 4OGEA 4DTJA 3HL8A 1RTIA 1RT6A 1UWBA 2X78A 3P83D 3CFRA 4C8OA 4ICLA 1ZYQA 4DSKA 4B8AB 3O3GA 1VSHA 1C1BA 4DTOA 4DFPA 3VQ7A 4N41A 1S1TA 3WNHA 4M45A 4CJ4A 4OKJA 4MQ3A 5J2PA 3SCXA 4Z4CA 3NGZA 3K5OA 1D9DA 1GOCA 3DRRA 5HRNA 3NAEA 3KD1E 1YT3A 3SUQA 2FC0A 2G8VA 2G8IA 1U45A 3PX6A 4NCBA 1VSDA 4E19A 2D5RA 1VSEA 2IC3A 3QIOA 4ID1A 4N56A 2OZMA 1UAXA 3DLGA 3B6OA 3HP9A 3NGIA 1S9EA 4CGJA 4CJTA 4FJLA 3SNNA 4EZ9A 1LAWA 1ZBUA 3ZSYA 3HPOA 3LWMA 3K5NA 2JGUA 4FJIA 1VSLA 5C25A 4FJNA 3LP0A 2KQ2A 1KFSA 1FK9A 4J2BA 5J1EA 1L3VA 3OJUA 3I0RA 4O44A 2FBTA 4DTRA 3KLHA 2GV9A 3AVBA 3ISNC 2HMIA 4H4OA 2ZQBA 2E6LA 5EU7A 3QERA 3QEVA 4FLXA 2HW3A 3KK1A 4J2DA 3SI6A 2Y1IA 1JLGA 3DLEA 1A5XA 2BGGA 1VSIA 4M3TA 4B9NA 4KV8A 1XC9A 2ZD1A 1RT3A 3DOLA 2P51A 4RW8A 4HUEA 1UA0A 4DTMA 1VSKA 2BDPA 3DMJA 3OYNA 2HHWA 3AVAA 4E7HA 1DTTA 1W9HA 3KKRA 4JRQA 1A5WA 1I3AA 1N5YA 1DLOA 1WAJA 2BANA 4FCYA 3AA4A 2PYJA 4FLWA 1QSYA 4FVMA 4W5NA 2YNIA 4CJRA 3O3FA 2DFHA 4PQUA 4M3ZA 5KGWA 4KHSA 4M3RA 4Q5VA 3OYBA 2HHVA 2YNHA 4M3XA 1TVRA 3V4IA 4O4GA 3T19A 4DTXA 4OKEA 4CGIA 5I3UA 1KSPA 3L2RA 4M3YA 1BIUA 3OYCA 3LANA 4FK4A 1XWLA 5FRNA 2O4IA 1XI1A 4DFKA 3AO5A 2P5OA 3BGRA 4OLBA 1NK7A 3G0ZA 1S1WA 4ZTFA 1RBRA 3C95A 4F4KA 2VG6A 3C94A 4CEBA 4JLHA 4N47A 1HNVA 4DU3A 3OYLA 4LSNA 4PA1A 4O0JA 1S6PA 3WNGA 3ZT1A 4OPKA 4BE2A 4CECA 1RT2A 3M8QA 3ZSQA 3SQ4A 3VQBA 1X1PA 4CJEA 3MEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5LC 2QK9A 4DLGA 4FM1A 1NGGA 2HNYA 1G99A 1XNRK 3AVJA 3CPEA 2YKMA 3MXJA 4FWQA 3KWIA 3P5JA 1HYSA 2HVIA 3QB0A 4CZHA 1C0FA 2HHTA 4CEQA 3BF1A 1XNQK 4YFUA 1YVNA 2OPPA 4H0TB 4X66K 4DCHA 2VQFK 2W6LA 3ATVA 2NUBA 4KTWA 3IDHA 1GOBA 2ITMA 1JKHA 1VAZA 5EY4A 1U4BA 3QINA 3RRGA 1BI4B 3HRGA 3T1HK 3DXMB 3UB5A 3C65A 5BR9A 1IV0A 3AAPA 3K5MA 1GLEG 3L3VA 3H3NO 1YF5L 2G8FA 4JKDA 1JLEA 1TAUA 1VRUA 4LD0A 5GADP 1VQ8N 1XMQK 3TAQA 1HX1A 2HBJA 3ATUA 4DF4A 4FWKA 2CGLA 3A5OC 5HOOA 3NHGA 2A1SA 3IS9A 5CYQA 3HP6A 1RT1A 3VQDA 5JVHL 5DMRA 1IKXA 3R6MA 1WSJA 3PO4A 3SUNA 4FJJA 3V9XA 3SPYA 4BRIA 3MK6A 2QWPA 1JLFA 4FL9A 1QQOA 2JWLA 2D1KA 4WFNL 4B8CA 4F8RA 3KLIA 2O8FA 3O9TA 1QZ6A 3H3OB 4XIUA 3M1FA 2UUAK 1I39A 3D6RA 5SZTA 3VESA 3C7NA 4Q0BA 4PL8A 4JD2A 1VQNN 4KHWA 1C0UA 1KAZA 3DOKA 2FSJA 4IDKA 3S3OA 5J2NA 3EEQA 5GIOA 4MLHA 2GEMA 2OPRA 4CJQA 2NRVA 2OZSA 4DQQA 2E5LK 4LF5K 3QNOA 1BQNA 4E1MA 4CZJA 1WN7A 2QKBA 4DTNA 5AZIA 4GV9A 3SQ2A 1ZBFA 2CH6A 4QCLA 3FR0A 4KKOA 4FJKA 3U9ZA 5AQMA 3AARA 4JNEA 5EOYA 1RBVA 4EIAA 1HNXK 4C8NA 3WXMB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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