1A7LA

Dominant b-cell epitope from the pres2 region of hepatitis b virus in the form of an inserted peptide segment in maltodextrin-binding protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDGSQDPRVRGLYFPAGGSECC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport
source organism Synthetic construct
publication title Crystal structure of a dominant B-cell epitope from the preS2 region of hepatitis B virus in the form of an inserted peptide segment in maltodextrin-binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALE-B363
total genus 115
structure length 380
sequence length 380
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a7lA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a7lA01
4EDPA 4QSCA 4F1VA 1JW4A 1GTKA 1H3DA 3ECRA 3DP4A 3OO8A 3GXAA 3EQ1A 4N6PA 4OESA 4R6KA 3VLWA 4BLAA 1B5IA 4OFJA 5CI5A 2XXXA 5CRYA 3P7IA 3SDFA 1N3WA 4I9DA 3C4MA 2VGQA 3BFTA 4IY6A 3USDA 1A7LA 3CG3A 4ISUA 3IAZA 4NMYA 4OMBA 1YPNA 4C1UA 3S9EA 2XXPA 3TCFA 4F22A 2OLBA 2XXWA 4GOTA 4NF5B 3TTLA 1TFDA 3BFUA 5KDTA 3EF7A 3MZ9A 4MLQA 3HPIA 1MQDA 1IXHA 2UVHA 2D3IA 1IUDA 3K00A 1Y4CA 2X7PA 3MVXA 2XXUA 2F7AA 3H4ZA 1AIVA 1MQHA 4KYEA 3R6UA 1AOVA 3MPKA 4H8IA 1RYXA 2Z8EA 4ZEFA 4YMAA 2RC9A 3TCHA 1ZLQA 5FTIA 2HZLA 1L5TA 3Q29A 3K6VA 2DVCA 5L9MA 1XVYA 5KCJA 5AA4A 5DT6A 3PPPA 3C35A 4JWXA 5JTYB 2X7QA 3S2VA 1OIBA 2YPNA 5EHSA 1H45A 2DP8A 1DTGA 1QUKA 2HFBA 4G8MA 2F35A 5FHMA 4F31B 4LQ5A 1I6QA 4H67A 5HPQA 4R2FA 3VE1B 2DXYA 1JETA 4PFYA 5I59B 3N26A 1XVXA 2Y7IA 1D9VA 5CBSA 4OQOA 3DP8A 3N5LA 2V84A 3FJMA 3K1MA 3IOVA 1A8EA 1B1HA 2W7YA 2V3QA 3OO7A 5J1DA 3W9WA 2Y7WA 5ITOA 3PUZE 4F3SA 3S9MC 2PVUA 3MVZA 4LZ5A 1JNFA 4H5GA 1FTLA 4M1VA 1Q1KA 4DXBA 2PT2A 2I49A 1NH8A 1ZBMA 2GRVA 1TFAA 1P1WA 1MY3A 5FHOA 5I57A 4QFOA 5I2KA 2I0CA 4TLLB 4KCDA 5FHNA 2CZLA 4DCYA 1USYE 3K01A 3RY3A 3QAXA 4H1XA 1IIWA 3PMVA 1LGBC 2IEEA 2PYYA 2AL4A 4YKJA 4ZZEA 4G68A 2I0BA 4QFKA 4M4GA 5TU0A 2QJEA 3PPQA 3UORA 4R72A 1Y3QA 3RN8A 1DPPA 5DYHA 3I3VA 4HCWA 1B9JA 4U23A 3K0VA 1R1NA 4H8JA 3H03A 4ZEIA 2Y84A 5H8FB 5M2VA 1B3EA 5ICQA 4H65A 1GGGA 1MPCA 3SESA 2B65A 4U1ZA 2H25A 1P1UA 4X1DA 4F3GA 2H99A 3KSJA 2Z23A 3VV5A 5FTHA 4BDRA 4QFLA 2H98A 3KSXA 2RC7A 3E13X 4K3FA 1TT1A 3W9VA 5H8HA 3VXCA 3K02A 5IKBA 3KN8A 3RNNA 5CBRA 3OXNA 2XXHA 3ZS6A 2A5SA 2Z8FA 2QS3A 3FV2A 3VVEA 2V3UA 1N7WA 3PD8A 2F6PA 2AIXA 1CB6A 1SYIA 3Q27A 3EN3A 1MH4A 3PD9A 1AL3A 4F2QA 1MS7A 1POTA 3O66A 5H8HB 3IJOB 1FQDA 1SW2A 5ITPA 2RKMA 4GL8A 1II5A 4ZEBA 2P2AA 1VFDA 4ONYA 3Q25A 1QKBA 4GXSB 1ELJA 3MWBA 3MZBA 4YKPA 1XC1A 3DLNA 4X48A 2PMSA 1JW5A 2F34A 3G3GA 4YICA 3KN7A 3OEKA 2V25A 1FTJA 3F11A 4RXLA 4Q0CA 2Y7PA 1UTHB 4IB2A 4FE8A 1KWHA 1FTOA 3RGYA 3M3KA 1RKMA 1NL5A 3U8QA 4F3PA 3ZSFA 1OVTA 2F7BA 3B7DA 3TTMA 4ELOA 3ILTB 3IR1A 1I69A 3K2DA 1B6HA 1SYHA 3TFLA 1PB9A 2V93A 1QVSA 4KYDA 2VOZA 2F5XA 1LLSA 4AQ4A 2UVIA 1LCFA 3N94A 3U94A 2I3WA 3PUYE 1B0HA 3OOAA 3PU5A 1B2HA 1HSEA 4XTCQ 1QULA 4H5FA 1IXGA 4OVJA 5I2NA 5DEXB 2B3FA 4QSEA 1BTJA 3S9NC 1DTZA 1CE2A 3WAFA 3KFMA 2QS2A 2Q88A 1EU8A 5K2XA 1WDNA 4XKRA 4PFWA 4GQOA 1T0KA 3Q26A 4E0XA 5DTBA 2HCAA 1P1OA 1HSJA 1FW0A 2O1LA 5CMKA 4I1DA 1EZPA 3UA8A 5I2NB 1M5CA 2GHBA 4Q30B 1OMPA 3OEMA 1US5A 5BUUA 1B7HA 1Z7NE 2UYEA 5KZTA 4IO3A 1Y20A 3CRBA 2Z22A 4F3BA 1MDQA 4F2OA 2X26A 4ZE8A 2UYFA 1B46A 3KJ7A 1H76A 1QUIA 1QW0A 4N07A 1FQCA 3O28A 2DS9A 4X9TA 4GD5A 1ANFA 2BJJX 4YB6A 1VSOA 4NF6A 3V89B 2DE2A 1MY0A 3FUZA 2H9BA 2QRYA 4DDDA 3M3LA 4LA9A 3LSFB 3FVOA 5DVIA 1PC3A 2H4IA 1XT8A 4DZ1A 2NUVA 2UXAA 5AA2A 4U1OA 1POY1 1UTBA 2XXQA 3MP6A 1LCTA 1VFEA 5TP9A 4R6HA 3AXFA 1MXWA 3C36A 3BBRA 3TELA 4LQ2A 4IY5A 1NNPA 3QSLA 5ICTA 3QYTA 1JVXA 1Y4TA 3QIMA 3SEUA 1Y9UA 1B51A 1SDXA 2RC8A 3FXRA 2E1SA 1B4HA 4FECA 2XXVA 2OCUA 3HO7A 1FQFA 3EHUA 1Q35A 4EXLA 1SW5A 2HQ0A 3TUSA 3FJGA 2ANJA 2LAOA 3SEYA 4JWOA 1ZKBA 3SERA 3SEXA 5KDTB 1PB8A 3ZKLA 4POXA 4EUOA 2O51A 5H8NA 4OFOA 1R9LA 3IB1A 4POWA 3TPAA 1P99A 2O1MA 2OBGA 3C9HA 3IOUA 1B7ZA 2ZNSA 3KZGA 3FD3A 1M5DA 2NWJA 4G2ZA 1H44A 3GBAA 2CMOA 4U4XA 5ISUA 1URSA 1AMFA 4OHNA 1DMBA 4PETA 1LAHE 2F8DA 2REJA 4JBZA 1ZIUA 3CSGA 1B5JA 5TPAA 4XKQA 2XHDA 3UN6A 1MY1A 4O3BA 2NOOA 1I6AA 3HCQA 4QFNA 5KCJB 5AA4B 1WODA 4NE4A 3U92A 3TTNA 2R9JA 3FXUA 3TAJA 3K6XA 4MLVA 3S4UA 2DE4A 5AA2D 4WEPA 2ALUA 2D21A 3MPLA 3ODBA 3IORA 4QHQA 4PQJA 3OO6A 3EPEA 1LB8A 1FQAA 3MBPA 2XX7A 4XIGQ 4FIMA 2VHAA 4R74A 3GZGA 2FA7A 4ZE9A 1YAEA 1D9YA 3E4RA 3PPRA 2A5TA 2ONSA 4GXAA 4KR5A 1DSNA 2QS4A 2I4CA 1LB9A 4YU0A 2RCAA 3O6HA 1FTMA 3E3KA 2OJTA 4QSDA 4O3AA 3TZAA 1HSLA 3IL1B 4R9FA 5L8DA 4GRKA 4OEUA 3D4GA 4ESWA 4OEVA 4P0GA 2HEUA 1GR2A 3SETA 3TQWA 3CI8A 4YMBA 1M5EA 3H3GA 3MAMA 1MPBA 5I57B 2DWIA 4KPTA 5I2KB 3B6TA 3O2AA 1D4NA 2F97A 4BDMA 1M5BA 4HS7A 2DWAA 3V8XB 2YLNA 4G77A 4MH5A 2F6GA 5I58A 4OTEA 5H8QA 3K1NA 1FTKA 1MY2A 3RTFB 4FATA 3T93B 2F36A 3TEPA 4GIZA 1NH7A 3TODA 5CMCA 3DP6A 2PT1A 4G68B 2RF1A 3U93A 1IZ1A 1OLAA 4GVOA 1R9QA 1S50A 1ZTYA 2VP1A 4YB7A 3FASA 3A3UA 3V5AA 1SW1A 4NF4A 3LSLA 2VD3A 4C1TA 1ZJLA 3H6WA 4GL0A 2REGA 3N6UA 1MXUA 4MFIA 3VXBA 1BIYA 1N0TA 2ZNTA 4LZ8A 2DXRA 4NEDA 1Y1ZA 1EZ9A 2ONRA 3FATA 1PBPA 1A55A 1TXFA 1WVJA 3CG1A 1QJMA 4ZS9A 3K6UA 2E0SA 2AYSA 3H7MA 1YTVA 1SQYA 4BDNA 3A3CA 3CFXA 1MM7A 4JDFA 1B3GA 4RA1A 3C32A 3C34A 4KI0E 3O6GA 3QUJA 2DQVA 3O97A 1H43A 2I4BA 3CFZA 1NNFA 4IO5A 1LAXA 3BKIB 2ZYOA 2ESNA 1LAFE 5BWJA 3LBSA 3PPNA 1URGA 3CIJA 2HZKA 1OLCA 4HW8A 3SKPA 4WXJA 1YCJA 2HAUA 3C33A 4RPNA 1JQFA 4Z0IA 1LBBA 2M8CA 3TKDA 5AA3A 3KN3A 3OELA 4XKPA 4DXUA 2Y7KA 4HCYA 3SEVA 5H8SA 3PMWA 3RT8A 3UP9A 1F9BA 3KJTA 1IITA 4PFTA 4EQBA 3M8UA 4LATA 5A5XA 4QF9A 2F7CA 2UVJA 3T9VA 4RNSA 1B52A 2XD3A 1OVBA 2ZYKA 3TTKA 1GVCA 3LR1A 4ESXA 1NKXA 2RINA 1NNKA 3FIRA 1PBQA 1URDA 3IJXB 2NVUB 2F78A 2XXYA 4Q5TA 3TCGA 4UA8A 2WKYA 4I8CA 4ECFA 1LFIA 3FXQA 4P0IA 3IX1A 1FCKA 1N7XA 2Q8JA 3FVKA 2ZMBA 4R73A 3W15C 1MH3A 1B5HA 1JW1A 4LUBA 1B7UA 5F7VA 2XXTA 2I6EA 4R75A 4OZ9A 3H06B 3IO4A 1A40A 4FJPA 3FV1A 2XX8A 4NTLA 3H6VA 4KCCA 3FGSA 4G4PA 2KLFA 3B6QA 4NF8A 5I56A 3M3FA 3QUFA 3U1OA 1A54A 1SI0A 1R6ZA 3CVGA 2GHAA 2ABHA 4JSDA 3TYHA 5IAIA 4WEDA 3K4UA 2O68A 3IK6B 1MXYA 3MVWA 1DPEA 1EH3A 4C0RA 2O84X 4GWOA 2XD2A 5L9OA 3MP1A 4EXKA 3VLUA 4KHZE 3O9PA 1A8FA 2O69A 2ONKE 3LUYA 2G93A 4GLIA 1B58A 4NWDA 3RTWB 4O3CA 2D5WA 3LC8A 1MQIA 3ILUB 1UIVA 2I48A 3FVNA 2PX1A 3MUQA 4NF5A 1GV8A 2XXIA 4G68C 2QSXA 3PGFA 3Q28A 1S9TA 2GH9A 3VLVA 3OD7A 1B3HA 1B1XA 4AB5A 2B3BA 4NF6B 3H6TA 1Z7ME 3KBRA 4UACA 3MW0A 3T96B 3JV9A 3JZJA 3MC2A 2DWHA 4IO4A 3TTRA 2ZYNA 3G3IA 1S7YA 1N76A 2HXWA 5AA2B 4LP2B 5AA1A 3L6GA 1PEBA 1XS5A 1QUJA 1UTBB 4OXVA 3QK6A 4DLDA 1O7TA 3KOSA 5L9SA 4I62A 4U21A 4Z7EA 4ZEKA 5TP9B 4F19A 2AL5A 2O7IA 4TOZA 3ZKKA 3T22A 1PB7A 3MP8A 1LSTA 2DE3A 4QFPA 3PMXA 3G3JA 4IO7A 3UK4A 3RPWA 1Y1MA 3CSBA 4EF2A 3RT6B 1IXIA 5JTYA 3OSQA 2THIA 3MZ1A 4YB5A 4F18A 1TWYA 1USYH 2GFEA 4OERA 3MJNA 1IQ7A 1ZU0A 4BDLA 2Q89A 4U2RA 1P1NA 4R2BA 5HM4B 1ATGA 3H6UA 3VDFA 5H8NB 4ELRA 4RJZA 3FVGA 1SBPA 4G8NA 1MXXA 1SI1A 4IGTA 2DYXA 1AH5A 5I84A 1NMUA 4YZZA 4ZEDA 5I59A 3VVDA 4WKMA 2G29A 3WAEA 3OSRA 1O64A 3LSXA 3VVFA 5EHMA 4ELQA 5B70A 4HTGA 4RY1A 3IO6A 2FYIA 3JYRA 1MM6A 2RCBA 1Y3PA 4R9GA 5TPAB 1US4A 3PPOA 1MG1A 1JEVA 3IOWA 1J1NA 1UQWA 5JEIA 4RK2A 2QPQA 3KGCA 2YJPA 3B6WA 2O6AA 4ND9A 1MXVA 2DOJA 5JK4A 1B0LA 1I6BA 4IGRA 2I3VA 2QL3A 1QKAA 4GF8A 1VE4A 2V3TA 3PUWE 3E9XA 3GBBA 2HAVA 1FQEA 1BP5A 3ONMA 2OK2A 3HN0A 2OWTA 3RUMA 1SW4A 3PUVE 1NNTA 3TMGA 2OZZA 4F1YA 2H5YA 4OFLA 3C31A 4F39A 1OQGA 3O29A 4KYSA 2R6GE 3CR9A 4DE8A 1UIUA 2A5TB 4PE5B 1XOCA 4RPOA 3UIFA 3TQLA 1BKAA 4RYAA 4KFQA 3EHSA 3QXMA 4OETA 1P1QA 4U22A 2QMWA 4FAJA 1ZMGA 4EF1A 5CM6A 1RYOA 2Q9TA 2DSFA 3R7XA 2ZNUA 3OMBA 1MQJA 4JSOA 4XXUA 4DCXA 5H8FA 3G7WA 2O7UA 4L17A 3SEWA 1DOTA 4RK9A 4H0WA 1D3KA 2VD2A 4KQPA 3O6IA 1IEJA 4TQUQ 2ZXTA 1IXCA 4ZECA 4OYVA 1EZOA 4YAHX 2FNCA 4FEBA 4BDOA 3TDJA 2XXRA 1LFGA 5I58B 3DM0A 4DXCA 2P0SA 5H8QB 2P1SA 3G3HA 3N6TA 4GFRA 3R26A 3FZVA 4OWDA 3K1PA 3S9LC 4FORA 2NXOA 1SD3A 4ELPA 4YKIA 3GLBA 4DIGA 4F29A 3I6VA 3T9HB 1B3FA 3RLFE 2I58A 4NF4B 1MQGA 3KEIA 5B7DA 1PDAA 1Y3NA 1JVYA 2DVZA 4LONB 3DELB 4JWYA 4Q8RA 2DWJA 1N3XA 2QMXA 1M5FA 3D4CA 3PV0E 2IA4A 2R71A 1O63A 4MBPA 4IO6A 4OENA 3V83A 5EYFA 4G8HA 3IB2A 3G3KA 4P11A 4QRZA 3LSWA 2OWSA 3OENA 1N84A 1UTHA 3MQ9A 1VR5A 3KOTA 4X1BA 3T66A 1LAGE 4F1UA 3HSTA 3KG2A 1B32A 4THIA 4EQ7A 4U4SA 4BDQA 5K2YA 3THIA 4LZ7A 4E0WA 4AB6A 4YKKA 2Q2CA 3I5OA 4H6DA 5AE4A 3CFLA 1B3LA 1JEUA 1B40A 4PP0A 4XKNA 3VFJA 3T9UA 2Z8DA 3FJ7A 4TLMB 3OO9A 3HV1A 3IB0A 4LVQA 5ELVA 5CMMA 2ZYMA 4IO2A 3HHFA 3RQTA 4PFUA 5DEXA 4NWCA 2Q2AA 3A09A 3G3FA 1XHYA 1N04A 3L6HA 5F1QA 5A5XB 2PBWA 5CC2A 1B4ZA 4KD5A 2XX9A 3IOTA 2Y7RA 1NFTA 1A99A 1MDP1 4FEDA 1B05A 3U72A 3K6WA 1FQBA 1SVXB 4R6YA 3EHTA 5DVJA 4JXIA 5LOMA 4ZZAA 4JB7A 3UGWA 2UVGA 1LBCA 3PUXE 2QS1A 3HHGA 1OQHA 5HBCA 1BLFA 3T9XB 4MF3A 4ZDMA 1MRPA 1MY4A 5DVFA 1LFHA 3MVYA 1MPDA 4N13A 1MXZA 5I56B 4NF8B 5CMBA 4EQ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EDPA 4QSCA 4F1VA 1JW4A 1GTKA 1H3DA 3ECRA 3DP4A 3OO8A 3GXAA 3EQ1A 4N6PA 4OESA 4R6KA 4NQ8A 3VLWA 4BLAA 1B5IA 4OFJA 5CI5A 2XXXA 4PTKA 2QVUA 5CRYA 3P7IA 3SDFA 1N3WA 4I9DA 3C4MA 1AWBA 1FPEA 2VGQA 3BFTA 4JVDA 4IY6A 3USDA 1A7LA 3CG3A 4ISUA 2FIEA 3IAZA 4NMYA 1KA1A 4OMBA 1YPNA 1NV6A 4C1UA 3S9EA 2XXPA 3TCFA 1FBEA 4F22A 2OLBA 2XXWA 4GOTA 4PE3A 4NF5B 3TTLA 1TFDA 3BFUA 4GX3A 5KDTA 2Q74A 3EF7A 3MZ9A 4MLQA 3HPIA 1MQDA 1IXHA 2UVHA 2D3IA 1IUDA 4PC9A 3K00A 1Y4CA 2X7PA 3MVXA 2XXUA 2F7AA 1FSAA 3H4ZA 4OA4A 1AIVA 1MQHA 4GBWA 4KYEA 3R6UA 1AOVA 3MPKA 4H8IA 1RYXA 2Z8EA 4ZEFA 1NV1A 4MJOA 4YMAA 2RC9A 4PFIA 3TCHA 1ZLQA 5FTIA 2HZLA 1L5TA 3Q29A 3K6VA 2DVCA 4GX4A 3HFUA 5L9MA 4I40A 1XVYA 5KCJA 5AA4A 5DT6A 1IMAA 3PPPA 3C35A 4JWXA 5JTYB 2X7QA 3S2VA 4O7IA 4PBQA 1OIBA 1FBPA 2YPNA 5EHSA 1H45A 2Q8MA 2DP8A 1DTGA 1QUKA 2HFBA 4GWZA 4G8MA 2F35A 1LBWA 5FHMA 4F31B 4P56A 4LQ5A 1I6QA 4H67A 5HPQA 4R2FA 3VE1B 2DXYA 4N15A 2Y5KA 1CNQA 1JETA 4PFYA 5I59B 2P3NA 3N26A 1XVXA 2VT5A 2Y7IA 1D9VA 5CBSA 4OQOA 3DP8A 3N5LA 2V84A 3FJMA 3K1MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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