1A7LA

Dominant b-cell epitope from the pres2 region of hepatitis b virus in the form of an inserted peptide segment in maltodextrin-binding protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
b'EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDGSQDPRVRGLYFPAGGSECC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a dominant B-cell epitope from the preS2 region of hepatitis B virus in the form of an inserted peptide segment in maltodextrin-binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALE-B363
source organism Synthetic construct
molecule tags Transport
total genus 115
structure length 380
sequence length 380
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a7lA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a7lA01
1FTJA 3MQ9A 1QKAA 2XD3A 4UACA 2ZYOA 3MJNA 5KCJB 4F2QA 5CMBA 4Q30B 3TCFA 2HFBA 2F34A 5LOMA 3VLVA 3M8UA 4ZECA 4IO5A 4OESA 3SETA 1BP5A 1DTGA 4F22A 3M3KA 3MWBA 3E9XA 4NF8A 1B7HA 3PUXE 2AL5A 1QUKA 3UORA 4I62A 4ZE8A 5CM6A 4NF4B 1B5IA 1JW5A 3FXQA 5ELVA 4WEPA 4F3BA 4QSEA 4F1VA 4HCWA 1GV8A 2O6AA 4GL0A 1SW1A 3HN0A 4P11A 2XXUA 3FVOA 1LBBA 2G93A 4R74A 1IXIA 4BDRA 2I3VA 2ONRA 2Q9TA 1SI0A 1R9LA 1GVCA 4DCYA 1LAXA 4YB5A 1XVYA 3HO7A 4PFWA 3THIA 2OZZA 4KR5A 1VFDA 1LAFE 1FTOA 4OEVA 2PT2A 2AL4A 2OJTA 4RPOA 4XKRA 1B51A 3K1PA 1S50A 5H8QB 3RGYA 2Q2AA 4X1DA 2FYIA 4ELOA 2QMWA 1Y4TA 5HBCA 3IOUA 3FVKA 1LSTA 3LUYA 3KSXA 4DCXA 3T93B 4JSDA 1VR5A 4LZ8A 1N7WA 1UQWA 3MP6A 4X9TA 1Y9UA 3LSLA 4EXLA 2DE2A 1NFTA 3TCHA 1SD3A 4DXBA 3OSRA 1EZ9A 1H3DA 1UTHB 1ZKBA 2A5TA 3TTKA 3W9WA 3S4UA 3C31A 1IXGA 2ONKE 3VFJA 3PPQA 5I59A 3H3GA 4FJPA 4R6HA 3MPLA 3C36A 3D4CA 4PFTA 2IA4A 2QMXA 3UK4A 4DIGA 2I4BA 3IR1A 2HXWA 1GGGA 4QF9A 3OD7A 1XHYA 4AQ4A 3FD3A 2PT1A 3IB0A 2YPNA 1LAHE 1B2HA 1SW4A 4RXLA 4JSOA 1Y4CA 3QUJA 2H25A 2ONSA 3RTFB 4NF6B 4IB2A 4LZ7A 3SKPA 4DZ1A 3KG2A 3IO4A 2B65A 2Y7KA 2DWJA 3CG1A 4JDFA 3Q27A 4IO2A 4NMYA 3ONMA 1WVJA 1N3XA 2CMOA 1B5JA 3PD9A 3MP8A 3O66A 1FQDA 1MPBA 4GQOA 4KYSA 2GHAA 1P1UA 2VP1A 2XXPA 1MQJA 4GF8A 4U23A 5DYHA 5I57B 4Q8RA 3LSWA 1WDNA 1IXCA 1OVTA 2CZLA 4NF5B 1XC1A 2OLBA 4U2RA 2X26A 5FHOA 3C33A 3CSGA 3Q28A 3G3GA 3OSQA 3G3KA 5JTYB 4ISUA 4DLDA 2BJJX 2ZNTA 3B6TA 4BDLA 1N84A 4GWOA 3WAEA 3OXNA 3PUZE 2G29A 1MY0A 4H0WA 1HSLA 2H5YA 1N76A 2DSFA 3RUMA 1IEJA 1B7UA 4G8HA 1B1HA 5AA1A 3H6TA 3OO6A 3T66A 1IQ7A 1D4NA 4OYVA 5B70A 5FTIA 4IY5A 4IO4A 2DYXA 1MM7A 4P0IA 1FQFA 2NVUB 4H5FA 3PGFA 1B4HA 4MFIA 3EF7A 1MXYA 1QUIA 3IOTA 4ZEDA 3MZ9A 5K2XA 3Q29A 2UYEA 3O2AA 3ODBA 4WKMA 3TTRA 5FHMA 1MH3A 4H8JA 3ZSFA 5I2NB 2DE3A 5B7DA 1TWYA 2WKYA 4FATA 1UTHA 4IO6A 1HSJA 3G3HA 4QSCA 4GFRA 4YB6A 4EQ9A 4OVJA 2F97A 2V3UA 2QJEA 2H99A 3GLBA 3BBRA 3MC2A 1EZPA 4H1XA 1LLSA 3O97A 2XXVA 5KDTA 2R6GE 1Y3NA 1PB8A 1NNKA 4OETA 4EUOA 1US5A 1P1NA 1QULA 4F18A 1POY1 1USYE 4NWCA 3MW0A 1A54A 3N6UA 4NEDA 2E1SA 2B3BA 4FAJA 3TAJA 3DM0A 1MQGA 1B05A 1PB7A 3PPPA 4OERA 3H6UA 1H76A 4KYEA 1JVXA 4LQ2A 4JWYA 3LR1A 3HSTA 3KJ7A 1SYIA 2RC7A 3TYHA 1H43A 3S9NC 1USYH 3EHUA 4OFLA 1MXWA 4KQPA 5AA4A 3EPEA 1EH3A 5H8NB 3SERA 2HEUA 1D9VA 1RKMA 3TTNA 3EHTA 1EZOA 1DPPA 3TPAA 2RCBA 3TCGA 3TKDA 3C35A 1MY4A 3CR9A 3IJOB 1URGA 3H4ZA 3K6XA 3MVXA 3JZJA 3D4GA 1OIBA 3IOVA 4YKKA 3T9VA 4U1OA 1MXUA 3F11A 4F3SA 2O1LA 2Z8FA 4F31B 5H8SA 3TQWA 3W15C 3C34A 3CVGA 4ZZAA 2Z22A 1FQAA 3V8XB 4FEBA 3MUQA 1NNFA 5CC2A 1RYOA 2F7CA 4XKNA 5TPAA 4QFPA 4EQBA 4H65A 4G8MA 1AH5A 3H03A 3ZKLA 4XKQA 4OXVA 2O1MA 1EU8A 1B3EA 3G3JA 4IY6A 1LBCA 3GBBA 2NWJA 1B4ZA 4MBPA 4MH5A 3RQTA 1VSOA 3U93A 1PEBA 5DEXA 3FZVA 5DTBA 5M2VA 3C9HA 2Q8JA 5KZTA 5I58A 4RNSA 3OO8A 4JB7A 3KBRA 2QSXA 3V5AA 3R26A 4YU0A 3USDA 3RLFE 3K6VA 4Z0IA 3M3LA 5CMKA 4ELRA 3HHFA 3IOWA 2F6PA 3CG3A 1ZJLA 5DVIA 5BUUA 4LVQA 2FNCA 3VVDA 3UA8A 4BLAA 2KLFA 3RNNA 4IO3A 4OTEA 3O6GA 1B3GA 3B6QA 4M4GA 4G68C 1BLFA 3N6TA 4ESWA 3SEWA 1YTVA 2Z23A 4QFKA 2DVCA 5JK4A 4EDPA 4NWDA 3TTLA 1MXXA 3LSFB 2OWTA 3DP8A 4H67A 1M5EA 2I0CA 5TP9A 1BIYA 5IKBA 4OQOA 4POXA 4E0XA 4R2FA 1QVSA 4BDQA 1MDP1 3R6UA 2NXOA 3FVNA 4GXSB 2UVJA 1FQBA 3S9EA 1DOTA 1M5BA 4KHZE 3H7MA 5HPQA 3Q25A 3B7DA 3LC8A 5IAIA 1YPNA 4DXCA 1J1NA 5FTHA 4H5GA 3IX1A 2Z8EA 2E0SA 1B0HA 4BDOA 2RINA 4E0WA 3K1NA 1MPDA 1D9YA 1JETA 3HPIA 4HS7A 3V83A 2ZYMA 2Y84A 1FTLA 2UVIA 1B5HA 2DE4A 2ZYKA 3PUWE 5AE4A 3U92A 4YKJA 4GIZA 3KJTA 3CFLA 4G68B 1A8EA 5H8FB 2DXYA 4O3AA 1R9QA 4R6KA 1B52A 2F35A 1OLCA 4IO7A 2DQVA 5L9SA 2QS1A 1QJMA 2M8CA 2V3QA 4IGRA 3BKIB 4MLQA 1Z7NE 3SESA 3PMWA 2DXRA 1GTKA 4FECA 3RTWB 4U21A 4QRZA 3S2VA 2DWHA 3R7XA 1ANFA 3H6VA 5KCJA 1SVXB 3OO9A 1Y1ZA 5ISUA 4G2ZA 4QFOA 3TTMA 4Z7EA 3RY3A 3KEIA 4KI0E 3UIFA 2DWAA 3A09A 3VV5A 4U4SA 1B3LA 1P1QA 4NF4A 3MAMA 3VE1B 5I2KB 1DSNA 2ZMBA 4U4XA 5A5XB 1RYXA 1IXHA 2ZNSA 5ICQA 1B1XA 3HHGA 1FQEA 1R6ZA 3KZGA 3K00A 3KGCA 1PBPA 2V25A 1B3FA 4FORA 4IGTA 5H8HB 3GXAA 2UXAA 4ZEIA 3IB1A 4GRKA 2H98A 3T9HB 3TELA 4OWDA 1P1WA 1SI1A 3I6VA 3SEVA 3GBAA 1OQGA 2XXRA 1IITA 4R2BA 3VXBA 5H8QA 5L9MA 4PETA 1S9TA 2I4CA 5AA2B 3VLUA 1HSEA 2PVUA 5DVFA 3ZKKA 4MF3A 2PYYA 4NE4A 3E4RA 1ZBMA 3RT6B 3V89B 1M5CA 3MVWA 4OFOA 2R9JA 1I6BA 5FHNA 5AA3A 4WEDA 3K6WA 1XT8A 2DP8A 4YMAA 2P2AA 2VHAA 4TQUQ 3SEXA 4NTLA 3OEKA 1I69A 3SDFA 2ABHA 4LUBA 3FASA 4GVOA 5L9OA 2XXTA 4RYAA 1IIWA 3M3FA 2XXQA 1MG1A 3SEUA 3PPRA 2RKMA 1NH7A 4OMBA 1A55A 2FA7A 1LCTA 2HQ0A 1JVYA 1FTMA 4NF8B 3UGWA 3FGSA 1A40A 1DTZA 2DVZA 2P0SA 5H8FA 4EF2A 3ZS6A 3JYRA 2Y7IA 1LB9A 1B9JA 1MXZA 2ALUA 2RC8A 4F29A 4ZDMA 2Q89A 4OZ9A 2VD2A 4THIA 4EXKA 2XHDA 4NF6A 4FEDA 3MZ1A 4ZE9A 1H45A 1N7XA 3U1OA 4POWA 2Y7WA 4R6YA 3TFLA 2GH9A 3KOTA 3C4MA 3FJ7A 2GFEA 1AOVA 2UVHA 1URDA 1B58A 3U94A 4WXJA 5CBRA 1SW2A 3B6WA 1B40A 2OK2A 2R71A 1TXFA 5I2KA 3BFTA 5K2YA 2D5WA 4DXUA 3AXFA 4XTCQ 4OENA 3TMGA 4HW8A 2F7AA 5I57A 1FTKA 5CBSA 5AA2D 2GHBA 4NF5A 1QW0A 1POTA 3IL1B 2W7YA 3OO7A 3TQLA 3ILUB 2V84A 3FV2A 1Q35A 1QKBA 1I6QA 3DP4A 2ANJA 2OWSA 3TODA 5EYFA 3HCQA 4DE8A 1P1OA 5JTYA 2RCAA 4K3FA 4R9GA 2NUVA 3RN8A 3IK6B 3FATA 1I6AA 3LSXA 1LB8A 1URSA 3OOAA 2REJA 3O29A 3OENA 3VVFA 1FCKA 2QS2A 4RJZA 2XXHA 4U1ZA 5CRYA 3EN3A 5F1QA 4F1UA 4FIMA 2A5TB 2PMSA 1D3KA 3FXUA 4G4PA 1R1NA 1MQDA 2QPQA 1LGBC 3LBSA 4MLVA 2XXIA 4LATA 1PB9A 1ZTYA 1B32A 5I59B 3JV9A 3VLWA 1II5A 4UA8A 3K2DA 2OBGA 1VE4A 1A99A 3ILTB 4R75A 3TEPA 3CRBA 1LCFA 3ECRA 4TLLB 4N07A 3K0VA 1S7YA 1JNFA 4XKPA 3PV0E 5I2NA 1FW0A 4ZS9A 2VD3A 3CSBA 1SBPA 2ZXTA 3U8QA 1IUDA 3VVEA 3W9VA 4U22A 4QFLA 1QUJA 1N3WA 1DMBA 1OLAA 2O69A 3Q26A 1CE2A 2F8DA 1AIVA 3MBPA 3FVGA 1L5TA 4EQ7A 3EQ1A 2O7IA 3WAFA 1SDXA 4ESXA 3HV1A 1MRPA 1MPCA 2RF1A 5I56B 3IJXB 4JWXA 2PX1A 4H8IA 2H4IA 3SEYA 5DT6A 4F3GA 1CB6A 2PBWA 3H06B 1AMFA 1TT1A 2A5SA 2XD2A 1NKXA 3EHSA 2UYFA 3T9XB 1B7ZA 2UVGA 1OQHA 2F78A 1P99A 5DVJA 4DDDA 3K1MA 1ZU0A 3IORA 5F7VA 4R72A 1XS5A 1JQFA 3KSJA 3I5OA 1H44A 3G7WA 4M1VA 2I58A 2ZYNA 4KYDA 3MVZA 3KN8A 3TDJA 2QRYA 1AL3A 3KOSA 2VOZA 1DPEA 2QS4A 4BDMA 5CMCA 3O9PA 3U72A 4N13A 1Y3QA 1SYHA 2I0BA 5H8NA 1XVXA 4X48A 2V3TA 4JXIA 4LA9A 3QSLA 4YICA 4GD5A 3PUVE 3K01A 4RY1A 1LFGA 1A8FA 3S9LC 5EHMA 4X1BA 2QL3A 2F5XA 4OFJA 4C0RA 2O7UA 1NL5A 3DELB 3A3UA 1JW4A 1NH8A 2HAUA 3MZBA 3CFZA 1JEVA 3CFXA 2H9BA 1VFEA 2O84X 4LZ5A 4O3BA 1PDAA 2XX9A 1Y1MA 2Y7PA 2NOOA 2B3FA 2IEEA 1OMPA 3CIJA 3IAZA 3UP9A 3T22A 3C32A 1MY3A 1FQCA 2OCUA 4G77A 4LP2B 4O3CA 3RPWA 3G3IA 2O68A 2RC9A 2REGA 2YJPA 4KD5A 4KFQA 3FV1A 5KDTB 2HZKA 1YAEA 1SQYA 4ONYA 1B3HA 3OMBA 3FXRA 1MQIA 1M5DA 4F1YA 2I3WA 4YKPA 1BTJA 1N04A 4I8CA 3H6WA 2Z8DA 1B46A 1UIVA 4C1UA 4RK2A 4HCYA 2V93A 1ZMGA 4OHNA 4G8NA 4PFUA 5ICTA 4PQJA 1LAGE 4XXUA 3PMXA 3E13X 1NNPA 2Y7RA 4PP0A 2QS3A 2XXYA 2VGQA 4GL8A 5I56A 1NNTA 4H6DA 3K4UA 3K6UA 3QAXA 1Y20A 4ELQA 2ZNUA 5AA4B 4R73A 1MH4A 4ZEFA 2Q2CA 3FIRA 1ZLQA 4ZEKA 2ESNA 3L6GA 3QK6A 4FE8A 3K02A 3O28A 5ITPA 4KCDA 3IB2A 4F3PA 1UTBB 3PU5A 2P1SA 4TLMB 4N6PA 2DS9A 3S9MC 3FUZA 3DLNA 2I6EA 1TFDA 4I9DA 5EHSA 3DP6A 1JW1A 2HZLA 4GXAA 4ZEBA 4Q0CA 1LFHA 4QHQA 4EF1A 2AYSA 4YKIA 4F19A 2AIXA 5TPAB 4PFYA 3BFUA 3KN3A 3MP1A 4P0GA 3UN6A 2DWIA 4KPTA 2HCAA 1MY1A 3MPKA 2XX8A 4F39A 5L8DA 1MS7A 1MDQA 3G3FA 3CI8A 3KFMA 1KWHA 2I48A 2F6GA 4F2OA 3OELA 3OEMA 4TOZA 4QFNA 4I1DA 1B6HA 1F9BA 1T0KA 5DEXB 4ECFA 1MQHA 1M5FA 1WODA 4LQ5A 5I58B 1MY2A 4G68A 4YB7A 4JBZA 3N26A 4AB5A 2YLNA 1XOCA 2I49A 2THIA 1YCJA 3KN7A 4YZZA 4JWOA 1US4A 2DOJA 3RT8A 4Q5TA 4HTGA 3IO6A 2XX7A 1N0TA 3O6HA 3N5LA 3GZGA 2D21A 3VDFA 2X7QA 1A7LA 1PBQA 4YAHX 3PPNA 1NMUA 2X7PA 5JEIA 1GR2A 4ZZEA 1ELJA 4GLIA 2F36A 1Q1KA 3PMVA 2XXWA 3L6HA 3T96B 4AB6A 2Q88A 5TP9B 1UIUA 3T9UA 5J1DA 2D3IA 1O63A 1ATGA 3MVYA 5A5XA 4L17A 2F7BA 5HM4B 3QIMA 1PC3A 3QYTA 3QXMA 1BKAA 1B0LA 1LFIA 1ZIUA 2LAOA 3A3CA 4R9FA 1O64A 1JEUA 3VXCA 3TZAA 5TU0A 4LONB 1OVBA 3P7IA 5H8HA 2HAVA 3FJGA 4YMBA 3PPOA 1O7TA 3O6IA 1UTBA 5CI5A 3QUFA 3TUSA 3PUYE 3N94A 5I84A 4RPNA 3PD8A 5CMMA 4ND9A 4KCCA 4PE5B 4BDNA 1IZ1A 3FJMA 2O51A 2GRVA 4XIGQ 3I3VA 5AA2A 1SW5A 4GOTA 4ELPA 1MXVA 1MM6A 4QSDA 4RA1A 3E3KA 1Z7ME 2XXXA 4C1TA 1TFAA 5BWJA 1Y3PA 4OEUA 4RK9A 5ITOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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