1A7LA

Dominant b-cell epitope from the pres2 region of hepatitis b virus in the form of an inserted peptide segment in maltodextrin-binding protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDGSQDPRVRGLYFPAGGSECC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a dominant B-cell epitope from the preS2 region of hepatitis B virus in the form of an inserted peptide segment in maltodextrin-binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALE-B363
molecule tags Transport
source organism Synthetic construct
total genus 115
structure length 380
sequence length 380
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a7lA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a7lA01
1IEJA 4LZ5A 3IR1A 3PUXE 4WEPA 3KN3A 3RQTA 4U23A 1XVYA 5DVJA 4FAJA 1OVBA 1DPEA 1Y1ZA 1LAFE 3VV5A 2ESNA 1FTKA 4G2ZA 4NF5A 3UP9A 1US4A 4FEDA 2VGQA 4BDNA 4G8HA 3HV1A 2VP1A 1BTJA 2P1SA 3MPKA 4ZEFA 2OBGA 4GWOA 2Y7RA 4GF8A 1MXUA 3IL1B 2ONRA 3FVOA 3C4MA 4X48A 3Q28A 5AA3A 4PFUA 1ZU0A 4H6DA 4GQOA 4N6PA 3T66A 5B7DA 3HN0A 2Y7WA 2HXWA 2P2AA 1Y4TA 4PETA 4IY6A 3OEMA 1RKMA 4R73A 4KR5A 3RUMA 1MM6A 5HPQA 3MW0A 5I2KA 3E4RA 1D9VA 2XXWA 5DT6A 3QUFA 3KN8A 2PVUA 1LAGE 4NTLA 2ZXTA 4N13A 1ZKBA 4KYDA 1PB8A 1A99A 3CG3A 3I5OA 4Q8RA 1RYOA 3KEIA 4OENA 2HFBA 3OXNA 3BBRA 1SI1A 2I4BA 3EHSA 2UVIA 3FZVA 2NUVA 3DP6A 2V84A 2XXVA 3PUVE 3LUYA 2DSFA 4FIMA 3R7XA 4F29A 3ILTB 3TYHA 4GIZA 3ZSFA 4DIGA 1LBBA 2GHBA 4NF4A 2Y7PA 3N6TA 3PD8A 3W15C 2R6GE 4NF8A 4H8IA 3A09A 3H7MA 4U4XA 3OSRA 1Y4CA 1R9LA 4R75A 4F3PA 4DXCA 1Q35A 2RC9A 2D5WA 2RCBA 1B3LA 3VE1B 3KG2A 3IO4A 4EF1A 1PDAA 2Q9TA 1R6ZA 4ZE8A 3ODBA 1D9YA 2HCAA 3K01A 4RK2A 5H8NB 2R9JA 2ALUA 1MPCA 4PFTA 1KWHA 3K6XA 1P99A 3CIJA 1YTVA 3MP6A 5K2XA 3MC2A 4F39A 3KOSA 5DEXA 4YAHX 1IZ1A 5F7VA 1DSNA 4P0IA 4KCDA 4OEVA 1JW5A 1N7WA 4O3CA 2ZYMA 2PT1A 1LFGA 4XKRA 1M5CA 3EPEA 4F3GA 1SYHA 4BDOA 1QULA 3K6VA 4ZZEA 1FQFA 5CM6A 3TAJA 3RTWB 3Q27A 4C0RA 2HZKA 4YKJA 2O69A 3IB1A 1MXZA 3B6TA 1GR2A 3IJXB 3V8XB 3H06B 3QAXA 2ANJA 4OQOA 4DZ1A 4TLLB 3FXRA 5ITPA 1A55A 5J1DA 3IOVA 5CMCA 3I3VA 3EN3A 2H98A 5AA2D 1MXWA 2I3WA 4X1DA 3R26A 1B0HA 2E1SA 3K4UA 1FCKA 2F35A 1Y3QA 1URSA 2QS1A 2DVZA 5H8QA 5ICQA 4G8MA 4RYAA 4EQ7A 1JW1A 1XS5A 3B6QA 4OERA 1JVYA 2Z23A 3KJTA 3TPAA 5BWJA 3G3HA 1OQGA 3U92A 2DOJA 2FNCA 4LZ7A 1BKAA 1XOCA 1P1QA 3U72A 2I3VA 4YU0A 5JTYA 3VVFA 1UIVA 1O63A 1LCTA 3H6UA 4X1BA 4G77A 4RJZA 3HSTA 2D21A 3F11A 1B0LA 4QFLA 3MP1A 1DMBA 3GBBA 4RPNA 3TTMA 4OHNA 3PPPA 4G8NA 3D4GA 4RY1A 2PX1A 4OTEA 3W9VA 4NWCA 3HPIA 1MH3A 5BUUA 5CI5A 4FJPA 4KI0E 3K00A 3IO6A 5H8FB 4F3BA 5ITOA 1MXYA 3G3GA 1ZTYA 5I59A 3FJGA 3FVKA 2R71A 1N7XA 1IQ7A 4PE5B 2XX7A 2QS2A 1ZMGA 1IXIA 1USYH 5TPAB 2RC8A 3GZGA 5TP9B 3H6TA 3VXCA 5AA2B 1S9TA 1J1NA 4UA8A 3TZAA 3MZ9A 2I0BA 1EZOA 1SW1A 2I0CA 4RNSA 2O84X 1SI0A 3TTRA 3TCHA 1XC1A 1JEUA 1T0KA 5EHSA 2F78A 4FATA 5TPAA 5FHMA 1SW2A 1OQHA 1FTMA 5F1QA 2XXPA 3Q25A 1WODA 4FE8A 1B58A 3T93B 3K1MA 4HTGA 5M2VA 1Z7ME 3W9WA 4PP0A 1MG1A 4NEDA 2Q2CA 2XXRA 1NNTA 2KLFA 3O2AA 1MH4A 1B5IA 1IXGA 3O66A 1LFHA 4YB5A 4Z0IA 4XKNA 3JZJA 3SEWA 4O3BA 2GRVA 4IO3A 1FTLA 1N84A 2CMOA 3K1NA 4F19A 1SBPA 4OEUA 4H5GA 3TQLA 4LONB 3T22A 3EQ1A 1B4ZA 4XKPA 4R74A 1GV8A 2B65A 2O6AA 1N0TA 2DE3A 2AYSA 1H76A 2DS9A 3G7WA 3KGCA 4RXLA 3RTFB 4ZDMA 2V93A 2V3UA 3USDA 1UTBB 3G3JA 5FHNA 1SDXA 1I69A 4JDFA 3S9NC 2NWJA 1UQWA 5CRYA 2ZNTA 1A40A 4AB6A 1SVXB 3KOTA 3IAZA 2D3IA 1NH8A 2O7UA 2XXYA 4BDQA 4G4PA 4YMAA 2Q88A 4HCWA 2XXQA 4QFNA 2AL4A 2GH9A 3H3GA 1TWYA 4OFJA 4G68B 4R2BA 3EHUA 1JQFA 4KPTA 1BIYA 1UTBA 4EXLA 4H1XA 4YZZA 3O9PA 4U21A 1QVSA 4JSOA 1Y20A 2DXYA 1M5FA 2PT2A 4ISUA 4R6YA 5ISUA 3KN7A 3RY3A 4F2QA 3OSQA 3T9UA 1MXXA 5CMMA 1A7LA 1II5A 1B4HA 4LQ5A 4TOZA 5AE4A 4ZEIA 1VR5A 1MY4A 2ZMBA 4EDPA 3MZBA 5A5XB 1Y1MA 3AXFA 2DP8A 3N26A 4QFPA 2E0SA 3LSXA 3GXAA 4WEDA 3TFLA 2H5YA 4KD5A 1WVJA 1NNKA 3FIRA 1PB7A 2I6EA 2VD3A 1LLSA 1OVTA 3DM0A 4JWXA 2XD3A 5A5XA 1VSOA 4GXAA 2QMWA 4F3SA 4P11A 2VOZA 2I58A 4P0GA 3T9VA 4ELRA 2XD2A 4F1YA 3SDFA 3FXQA 3OMBA 5EHMA 3MQ9A 4YB7A 5DVIA 3B7DA 3S2VA 2UVJA 1QUKA 3K6UA 4FEBA 1AL3A 2PYYA 2F97A 3KSJA 4HS7A 1NH7A 1NNPA 2H99A 3RT8A 2XXXA 1N3XA 1FQAA 2DQVA 2I4CA 1H3DA 3O6GA 3PMWA 4MF3A 3C34A 2ZYKA 3DP4A 3SKPA 2RINA 1R1NA 4WKMA 4C1UA 3GLBA 3QK6A 4R2FA 1EH3A 4NF6B 4Q0CA 3TQWA 3S4UA 1DTGA 4OWDA 1TFAA 4I8CA 1LAHE 4U4SA 2W7YA 4JWYA 1P1OA 3THIA 4KQPA 3UK4A 2DYXA 2QS4A 3IORA 3RLFE 1JETA 2YJPA 1MPDA 3SEYA 4FECA 5I57B 3TELA 4U1OA 1QUIA 2ABHA 4OFOA 1MQJA 2YLNA 1JW4A 3IB2A 4ONYA 1O64A 4RPOA 3PUYE 5CBSA 1B46A 3OEKA 3OELA 3OO8A 3T96B 3V83A 4PFYA 3G3FA 1M5DA 3UORA 1MM7A 3CRBA 5FTHA 3A3UA 2NXOA 5AA4B 5H8NA 1UIUA 4XTCQ 5DVFA 4NE4A 5L8DA 1N76A 1MY2A 3MUQA 3O6IA 5JK4A 3SERA 5B70A 5H8HB 4U1ZA 4K3FA 2LAOA 2ZNSA 3O29A 1LCFA 1PC3A 2DXRA 1B3HA 1ELJA 1DPPA 1MQGA 3VXBA 3TKDA 4E0XA 1B52A 5L9SA 5AA4A 2DWIA 4H65A 3PPOA 3KJ7A 4UACA 4TLMB 2O7IA 2F6GA 1LB8A 5CBRA 3MZ1A 3SESA 3QXMA 5H8HA 3CFZA 1VFDA 4QF9A 4NWDA 1BLFA 4ZEBA 3IOWA 1SYIA 4F18A 2F34A 5DYHA 1FQCA 1GTKA 1H43A 4JSDA 1ZJLA 4IY5A 3TTNA 3U94A 2AL5A 3DELB 3IX1A 4KYSA 2XX8A 4N07A 4IO5A 4BDLA 4X9TA 1B5HA 5CC2A 3IB0A 2X7QA 1FTJA 5KDTB 4OFLA 2H9BA 5I84A 1FQDA 2UYEA 4FORA 2X7PA 4ELOA 1FTOA 2QRYA 2F7BA 1P1NA 4MH5A 1QUJA 1MRPA 1MY3A 2F8DA 3JYRA 3MWBA 2YPNA 2Y84A 4R6KA 3SEVA 3L6GA 1B32A 1B9JA 2I48A 4LZ8A 3IOTA 3K6WA 3E9XA 3GBAA 1WDNA 3M3LA 4LATA 5H8FA 2OJTA 1DOTA 3MBPA 5KCJB 2B3BA 1EU8A 4LVQA 2O68A 4R9GA 2Z8FA 3QUJA 2REGA 1VE4A 3CR9A 1B1HA 3WAFA 2CZLA 3FGSA 4HW8A 1I6BA 3PPRA 2UXAA 2X26A 3TTKA 3IJOB 2VHAA 3G3IA 2REJA 4C1TA 3R6UA 1ANFA 4POWA 1SW5A 4LQ2A 4OXVA 3CI8A 3T9HB 2ZYOA 2P0SA 5TP9A 3OO6A 4F31B 5AA2A 3S9EA 4OYVA 5LOMA 1POTA 4F2OA 3FV2A 4Q5TA 5H8SA 4DXBA 4BDMA 2ONKE 1I6QA 3TTLA 1B51A 4OMBA 2F7CA 4MFIA 4ZE9A 1NNFA 4YICA 4YB6A 3K2DA 4ND9A 1YAEA 4M1VA 1S7YA 1JEVA 3H03A 3KSXA 3RGYA 1ZLQA 3IOUA 1NMUA 3EHTA 4QRZA 5JEIA 4HCYA 2OZZA 5DTBA 3U8QA 4EXKA 1PB9A 3BKIB 3VLVA 1TXFA 4JWOA 3N5LA 3FATA 4GRKA 1LGBC 2Y7KA 1Y3PA 5I56B 4RA1A 2Z8EA 1A54A 1GGGA 4I9DA 1MS7A 2A5TB 2QS3A 2XX9A 1AH5A 4YKKA 5I58B 2XXUA 4MLVA 2Q2AA 4QFOA 1PBPA 2VD2A 1XHYA 4DDDA 4OVJA 5FTIA 4MBPA 1D4NA 4GFRA 3Q26A 5I56A 3DP8A 3D4CA 3PMVA 3PV0E 1OIBA 1QKAA 2QSXA 1B5JA 4QSCA 4NF5B 1B2HA 3V5AA 2H25A 4KHZE 1MXVA 3G3KA 2O51A 1AIVA 4AQ4A 3CFXA 2XXHA 3M3FA 3PUZE 1XVXA 4THIA 2F7AA 1MDP1 3C35A 4G68A 1URGA 2XXTA 1A8FA 4LP2B 4AB5A 1CE2A 1O7TA 3VLUA 2QPQA 1Z7NE 3RN8A 2NOOA 1JVXA 1B7UA 2A5SA 3C36A 3FUZA 2G29A 4ZECA 4JXIA 1B7ZA 2QL3A 1M5EA 1N3WA 1F9BA 5I2KB 3HHFA 4KCCA 4RK9A 4QSDA 2HAUA 3C32A 2PMSA 5HM4B 1N04A 3UIFA 2ZNUA 1H44A 4E0WA 3BFTA 1AOVA 4R6HA 1B40A 3A3CA 5L9OA 3ZKLA 4GL0A 4I62A 4ESXA 1OLAA 2BJJX 2Q8JA 2Z8DA 1R9QA 4WXJA 4M4GA 4ZS9A 1VFEA 1MQIA 3CFLA 3ECRA 3BFUA 1TFDA 1DTZA 3P7IA 3O97A 3HHGA 2O1MA 1MPBA 3MJNA 5AA1A 3QSLA 3EF7A 1SD3A 1PEBA 3MVZA 3RPWA 3RT6B 5IAIA 4NMYA 4NF4B 1B1XA 1Y9UA 4R72A 3UGWA 4KYEA 4BLAA 4NF8B 1QW0A 1HSJA 1M5BA 3KZGA 5ICTA 3MVXA 4Z7EA 2RKMA 4IO7A 1FQEA 3PGFA 1EZ9A 3TEPA 1IXCA 4DCYA 2PBWA 3T9XB 1B3GA 2V3TA 4DE8A 4ZEDA 1A8EA 1YCJA 2DE2A 3MVWA 4DCXA 4JBZA 2F6PA 4ESWA 4KFQA 1P1WA 4NF6A 1RYXA 2F5XA 4MLQA 4Q30B 2HZLA 1MQDA 4LUBA 5HBCA 4YKPA 2RCAA 2ONSA 2F36A 5DEXB 3MVYA 1H45A 1NFTA 2DWAA 1TT1A 3V89B 2OK2A 1QKBA 3TCGA 3K0VA 1P1UA 1YPNA 3FXUA 3N94A 1XT8A 1D3KA 3H6VA 4ECFA 2H4IA 3LC8A 3RNNA 5I57A 3C9HA 3OO9A 4GLIA 3IK6B 4EF2A 1LSTA 2UYFA 3QYTA 3PUWE 4JB7A 3MPLA 3TCFA 3TUSA 3PPNA 2HQ0A 4U2RA 4YKIA 3O28A 2GHAA 5I2NB 3DLNA 2ZYNA 4ZEKA 5CMKA 3FASA 5L9MA 3SEXA 1POY1 4IO6A 3FD3A 4IGTA 2UVGA 4DLDA 4H8JA 1B05A 4O3AA 5CMBA 1FW0A 1BP5A 5H8QB 4EUOA 1UTHB 5I2NA 4GOTA 4XIGQ 1HSEA 1AMFA 1LFIA 4I1DA 1CB6A 3PD9A 3WAEA 3S9MC 2IEEA 2DWJA 2RF1A 4IO4A 5JTYB 4XKQA 2NVUB 2HEUA 5ELVA 4F1UA 4ELPA 3VVDA 3JV9A 4XXUA 1UTHA 4L17A 2AIXA 1Q1KA 4OZ9A 1GVCA 2Q89A 2O1LA 3FV1A 1PBQA 2WKYA 2QJEA 2FA7A 3VVEA 5TU0A 3UN6A 5FHOA 3PU5A 2OWTA 3UA8A 4QFKA 1EZPA 3N6UA 4ELQA 3OO7A 4GVOA 2M8CA 5KZTA 5I59B 3K1PA 1B3EA 1S50A 2DE4A 3M3KA 4POXA 1IXHA 5KDTA 3OD7A 2GFEA 1OLCA 4H0WA 1FQBA 3C31A 4IB2A 4EQ9A 1USYE 1IIWA 3SETA 2B3FA 4GL8A 3PPQA 3VFJA 1SQYA 3S9LC 1L5TA 1JNFA 4ZZAA 4PQJA 3TODA 2OCUA 3TDJA 3L6HA 1OMPA 3PMXA 4YMBA 2IA4A 1NKXA 3ZS6A 1US5A 3E13X 3KFMA 3C33A 3HO7A 3ZKKA 1NL5A 5KCJA 1Y3NA 2I49A 1MY1A 1ZIUA 4GXSB 3U93A 3K02A 3LSFB 4TQUQ 3FJMA 1HSLA 3H4ZA 3VLWA 2XHDA 4PFWA 4F1VA 3H6WA 3M8UA 2HAVA 1IUDA 2Z22A 3KBRA 1MDQA 3LSWA 4H5FA 3CG1A 3LR1A 4H67A 4U22A 1MQHA 1B6HA 4R9FA 3SEUA 1SW4A 3B6WA 4OETA 2UVHA 3ONMA 3MP8A 2DVCA 1B3FA 2RC7A 3FJ7A 3I6VA 3MAMA 2FYIA 3LBSA 4GD5A 1URDA 2V25A 3QIMA 1ATGA 1IITA 5EYFA 1I6AA 3Q29A 2THIA 1QJMA 5IKBA 4BDRA 4OESA 4EQBA 4DXUA 1LAXA 3CVGA 2OLBA 4IO2A 4QHQA 3FVGA 3OENA 2OWSA 2V3QA 1MY0A 3LSLA 4G68C 5K2YA 1B7HA 3E3KA 1LB9A 2DWHA 3FVNA 4QSEA 1ZBMA 3TMGA 4IGRA 4LA9A 2XXIA 3U1OA 3ILUB 3HCQA 2G93A 3VDFA 3O6HA 2A5TA 1LBCA 3CSBA 3OOAA 4F22A 2Y7IA 3CSGA 5I58A 2QMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IEJA 4LZ5A 3IR1A 3PUXE 4WEPA 4PGNA 3KN3A 3RQTA 4U23A 1XVYA 5DVJA 4FAJA 2KR0A 1OVBA 1DPEA 1Y1ZA 1LAFE 3VV5A 2ESNA 1FTKA 4G2ZA 4NF5A 3UP9A 1US4A 4FEDA 2VGQA 4BDNA 4G8HA 4GWSA 3HV1A 2VP1A 4O8MA 1BTJA 2P1SA 3MPKA 1FBFA 4ZEFA 2OBGA 4GWOA 2Y7RA 4GF8A 1MXUA 3IL1B 2ONRA 3ROJA 1K9YA 3FVOA 3C4MA 4NG7A 1YZ0A 4X48A 3Q28A 1IMDA 4PAIA 5AA3A 4PFUA 1ZU0A 4H6DA 4GQOA 4N6PA 3T66A 5B7DA 2DDKA 3HN0A 2Y7WA 5I7IA 2HXWA 2P2AA 1Y4TA 4PETA 4IY6A 3OEMA 1RKMA 4R73A 4KR5A 3RUMA 3E78A 1MM6A 5HPQA 3MW0A 5I2KA 3E4RA 1D9VA 2XXWA 5DT6A 3QUFA 3KN8A 2PVUA 1LAGE 4NTLA 2ZXTA 4N13A 4MNIA 1ZKBA 4KYDA 1PB8A 1A99A 3CG3A 3I5OA 1FSAA 4Q8RA 1RYOA 3KEIA 4OENA 2HFBA 3OXNA 3BBRA 1IMAA 2WBBA 1FTAA 1SI1A 2I4BA 3EHSA 2UVIA 3FZVA 2NUVA 3DP6A 4JVDA 2V84A 2XXVA 4MNCA 3PUVE 3LUYA 2DSFA 4FIMA 3R7XA 5ESYA 4F29A 3ILTB 3TYHA 4GIZA 3ZSFA 4DIGA 1LBBA 2GHBA 2VPOA 4NF4A 1QGXA 2Y7PA 3N6TA 3PD8A 3W15C 2R6GE 5DW8A 4NF8A 4H8IA 3A09A 3H7MA 4U4XA 1FPJA 3OSRA 4AS4A 1Y4CA 1R9LA 1JP4A 4R75A 4F3PA 5IZ1A 4DXCA 1Q35A 2RC9A 2D5WA 4N4UA 2RCBA 1NV5A 4GWUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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