1A8FA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
total genus 107
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8fA02
4F1VA 1EZPA 3RT6B 2QS4A 1JQFA 3GBBA 4WEPA 2XXIA 1LFIA 4R2FA 4QFLA 4NWCA 3ILTB 4QSCA 3S9EA 3MVWA 3UN6A 1SW4A 3RN8A 2XXRA 5EYFA 1P1QA 1MH3A 1PBQA 1MH4A 3IX1A 2I48A 1B3EA 4ZEBA 5CI5A 5DTBA 4RK2A 2HAUA 1JETA 3TTRA 3GBAA 4TQUQ 1A8EA 3TTKA 1R9LA 1Y3QA 4BDLA 3PPQA 1HSJA 3IK6B 1S50A 2ZYNA 1LAGE 3L6GA 2V84A 3C31A 1A8FA 3FV2A 4LATA 3LSLA 1LAHE 1FTKA 4R75A 1B2HA 4X1BA 2XX8A 1J1NA 4OWDA 4MF3A 4LQ2A 4RPOA 4NMYA 2RKMA 1AMFA 3IOWA 4POWA 1R6ZA 3THIA 1ELJA 1IIWA 2UVHA 3IOVA 5KCJA 4PFUA 3V5AA 2A5TA 2Q8JA 1F9BA 1ZLQA 2GHAA 2QS3A 3MVXA 3O9PA 2XHDA 2NXOA 4EXKA 2F6GA 1B40A 5TP9B 3M3KA 3IB2A 4EUOA 4OQOA 4I9DA 3G3KA 3U8QA 4BDMA 3FXQA 3H6VA 3JV9A 4Q5TA 4OETA 3FD3A 2W7YA 5EHMA 1R1NA 4X48A 4ZS9A 2DWAA 5FHNA 1QJMA 3G3IA 2ZNUA 3K6VA 2O6AA 1FQEA 3M8UA 2V3QA 3ZKKA 2D21A 1URDA 2RC7A 1YTVA 3Q25A 3F11A 1LCTA 1H76A 1B4ZA 1IXGA 2Q88A 2AL5A 4RYAA 2IEEA 3CVGA 3DP6A 1B05A 1A7LA 1QKBA 4H8IA 5KCJB 2E0SA 5DVFA 3A3CA 2A5TB 4PETA 3UK4A 5CMKA 4H67A 5IAIA 3TTNA 4EQ9A 4P0GA 1US4A 1M5CA 3FJMA 4JWOA 1URGA 1B5JA 1WODA 3C4MA 5CBSA 5CMCA 3C32A 4NTLA 3CFZA 3RNNA 1OLAA 4YMBA 1MXYA 2XX7A 1QUIA 1L5TA 3SETA 4O3BA 4JXIA 4Z7EA 2OWTA 3MVZA 1ZTYA 3KZGA 4BDNA 3PUZE 4IO2A 4IO4A 1B3FA 1SI0A 2DVZA 4ESXA 4KFQA 2GH9A 1TFAA 4DXBA 4TLMB 4K3FA 3EN3A 5KZTA 5B7DA 1DPEA 1D3KA 1MPCA 5FTHA 1LBCA 4OHNA 4GQOA 4F29A 4RJZA 3U94A 3PMXA 5BUUA 2XXQA 4L17A 4ZDMA 2E1SA 4U4SA 1EZOA 4XKQA 4OFLA 2XXXA 1LFHA 3VFJA 2ONKE 1LFGA 4QF9A 1DMBA 4RA1A 1LB9A 1N7XA 3H7MA 3IORA 4F22A 4TOZA 3FVNA 2F8DA 4LP2B 3PPRA 4O3CA 1MQHA 3T93B 1GR2A 5FHOA 2I4BA 3MC2A 1Y9UA 3JZJA 3UIFA 3TCGA 3M3LA 4FEBA 2I58A 2GRVA 4G68B 1N0TA 3TQWA 1CE2A 2PT1A 1MQGA 3RT8A 1GVCA 4EF1A 3WAEA 2DP8A 3A09A 4KYDA 1FQCA 4U1OA 3VV5A 1UIUA 1B7UA 4GVOA 1MQJA 2DOJA 4C0RA 3C35A 4RY1A 2P2AA 4KCCA 4YMAA 4YKIA 1BLFA 3SESA 1B0LA 4EF2A 1VE4A 4U1ZA 3LSXA 4KQPA 1FCKA 3LSWA 4DDDA 5L9SA 4ECFA 2I0CA 2KLFA 2OLBA 1Z7NE 3K6XA 2OK2A 4IY6A 2P0SA 2F97A 4FECA 4F3SA 4ELPA 3FATA 3W9VA 4I62A 1A55A 1LLSA 3VLWA 3CR9A 5A5XB 5I58A 1US5A 3GZGA 2QMXA 4NEDA 4QFOA 1SI1A 3IL1B 1B52A 1YPNA 2R71A 4P0IA 3S2VA 4ZEKA 1B0HA 2X7PA 3TODA 4RNSA 4PQJA 4KPTA 2O69A 3MZ1A 1MPDA 4H1XA 1RYOA 1GV8A 3U72A 3O6IA 3KGCA 3H06B 4U23A 1MQIA 3N6UA 3K02A 4OEVA 4G68C 1USYH 1XOCA 1KWHA 3EHSA 4R74A 4QSDA 3VVFA 3UP9A 2OZZA 3DP4A 1N7WA 1B58A 4ZE8A 1T0KA 4N6PA 3IJOB 4OYVA 4OZ9A 4ELRA 4UACA 4OTEA 2O84X 5I58B 2Q9TA 1OQGA 4OFOA 2Y7RA 2ZMBA 3O97A 1IEJA 2DE4A 5BWJA 4DCXA 4ONYA 3PMVA 5DEXB 1MXVA 1SQYA 3KN8A 3MBPA 4PFTA 5TP9A 3KN7A 2QSXA 2NUVA 3UORA 2I4CA 3SDFA 5I59B 1DTGA 5CM6A 2HFBA 4M1VA 3CRBA 2G29A 3RQTA 2QRYA 3I5OA 1B7HA 4ZEIA 4X1DA 5IKBA 5I2KB 3K0VA 3K1PA 3VXBA 3TZAA 3V83A 2Y7KA 1LB8A 3CIJA 3KOTA 1JW1A 2DQVA 4XKRA 1IXIA 1OVBA 2D5WA 5DVJA 1OQHA 2AYSA 1BP5A 2VGQA 2ZYOA 3VXCA 4GWOA 4OFJA 2ONSA 3VVEA 2DS9A 3O66A 3B6WA 2QPQA 3TTLA 1MPBA 4H8JA 4ESWA 1GTKA 1O64A 1IZ1A 1Y4CA 2F7AA 4OENA 3S4UA 2HAVA 3W15C 4F3GA 2H4IA 4ND9A 2H5YA 2IA4A 2NOOA 3QUJA 2VHAA 3S9MC 3OEKA 2QMWA 3FXUA 3MPKA 3PD9A 3EPEA 4MLQA 1UTHA 4FATA 3D4CA 5ICTA 3VLUA 3TTMA 3KSJA 2HXWA 2G93A 1S7YA 1Q35A 1QW0A 3H3GA 5K2YA 3ZKLA 2XXPA 4BDOA 1B3HA 4GOTA 2BJJX 4FE8A 4F39A 4GL0A 4E0XA 1MDQA 2B3FA 1PB8A 4G8MA 4WXJA 1II5A 3CG1A 2Y7PA 3PPNA 1VFEA 2O7IA 2WKYA 1MDP1 3KJTA 3U1OA 1P1OA 3TMGA 5ITOA 2PX1A 4JSDA 3G3GA 3BFTA 4KD5A 1JEVA 3OEMA 2AIXA 3RTWB 2DWHA 4N13A 3ZS6A 1MXWA 5ICQA 1NFTA 3IOTA 2F78A 2XXYA 3MPLA 2ZXTA 1USYE 4BLAA 3C36A 1IUDA 2GHBA 3O6GA 2UVGA 3RLFE 2VD2A 4JDFA 4IO3A 2RF1A 4DIGA 3SEXA 4IGRA 4F19A 3SEWA 5KDTA 1ZBMA 1FQFA 2YJPA 3IO6A 3FJGA 1UTHB 2CMOA 2I6EA 4GF8A 1SW5A 1JNFA 2DE2A 2O7UA 1NKXA 3KSXA 4HCWA 1XVYA 4Q8RA 2V25A 1MY1A 3UA8A 2FYIA 2B3BA 5AA2D 3PUWE 5AA3A 1NNPA 4Q0CA 3ZSFA 1YAEA 3E9XA 5I2NA 1I6BA 5AA2B 1DOTA 4NF4A 4YICA 4WKMA 1S9TA 1OLCA 3ODBA 4LUBA 4WEDA 4G68A 4KR5A 3D4GA 3PD8A 4OVJA 3IB0A 2HEUA 5CMMA 4KCDA 5HBCA 3DELB 2ABHA 2UYFA 3UGWA 1LCFA 3OXNA 4QHQA 3T9VA 1SD3A 4NF5A 2RCAA 1P99A 1SYIA 3QK6A 3K4UA 2V3TA 4F1UA 2RC8A 4NE4A 3HHFA 3W9WA 4HW8A 1LGBC 3LSFB 3RPWA 3IR1A 4GXAA 1N3WA 2H9BA 3V89B 5KDTB 1O63A 2UVJA 2QS1A 3IJXB 5H8FB 2YLNA 4YB6A 1Q1KA 2GFEA 3O2AA 2Q2CA 3MAMA 4ZE9A 3Q27A 4KYSA 3SKPA 3KJ7A 1MM6A 2O1LA 3I3VA 3SEUA 3KFMA 1RKMA 3LBSA 1N3XA 4GL8A 2FNCA 2ZYKA 3T9UA 1IITA 3RY3A 4AB6A 2XX9A 1LAXA 4DCYA 5A5XA 5I2NB 2F7CA 2QS2A 3FIRA 4NF4B 3RGYA 4DZ1A 3EHTA 4U21A 4R73A 1PB9A 1TWYA 3V8XB 4PP0A 3QXMA 1ATGA 1EH3A 2YPNA 1A54A 1B9JA 4NWDA 4U2RA 2Y84A 3EHUA 2XXUA 3GXAA 1MY4A 3PUVE 4QFNA 3U92A 4C1TA 4GLIA 5AA4A 3TKDA 3KOSA 1DTZA 4LONB 4NF5B 4AQ4A 4MBPA 1JVYA 1HSLA 5TPAB 1NMUA 1B5HA 3FASA 2XD3A 1FQBA 2M8CA 3A3UA 4IY5A 5B70A 1FTMA 3Q29A 2D3IA 2Z8EA 2RINA 3RTFB 1N84A 3T66A 5ITPA 3OSQA 3AXFA 5FTIA 1P1NA 3K6WA 1R9QA 1M5EA 2PBWA 3USDA 3IAZA 3MUQA 5L9OA 4OERA 4ZZAA 4H5GA 4KHZE 1I6QA 1VR5A 1AH5A 4LA9A 3TFLA 5DT6A 3L6HA 3WAFA 3T22A 4F18A 1M5BA 4JBZA 2Z23A 1MRPA 2UXAA 4MLVA 3MJNA 5CRYA 2Z8DA 4F3PA 1MG1A 3HN0A 1QUJA 5DEXA 2FA7A 1B32A 4F2OA 5AA4B 2OJTA 4JWYA 1Y20A 4YAHX 4GFRA 1QVSA 3T96B 1FW0A 5I59A 4ZZEA 4EQ7A 1JVXA 3CG3A 3KEIA 1PEBA 4IO7A 4JWXA 3N6TA 5H8QA 3E3KA 3PMWA 3GLBA 4EDPA 1LSTA 3SEVA 2DE3A 5I2KA 3TEPA 3K2DA 2O1MA 1XC1A 3VDFA 4YKKA 2NWJA 3PPPA 4F31B 1TFDA 3EF7A 3OOAA 3CSBA 3LR1A 3ILUB 4HCYA 3OO6A 3C34A 1H3DA 3IB1A 3H6UA 1D9YA 3MZ9A 4RXLA 1Y4TA 2XXTA 3KN3A 1UTBA 4FJPA 4HTGA 1NL5A 3VVDA 2PYYA 3TELA 2H99A 2HZLA 3PU5A 3N5LA 4G4PA 3TYHA 2RC9A 3TDJA 4PE5B 1SYHA 3PV0E 3PGFA 1DSNA 2X7QA 4IB2A 1XT8A 1MQDA 1PDAA 3OO7A 1QULA 1BTJA 1FTOA 1XVXA 3BFUA 2UVIA 4NF8A 3TCHA 3T9XB 2ESNA 5L8DA 3FXRA 2F34A 4N07A 4R6YA 3MP1A 3M3FA 3O28A 2CZLA 3HSTA 2F36A 5H8QB 3OO9A 4AB5A 1EU8A 2ZNTA 3OSRA 5I56A 4BDRA 4QRZA 1ZMGA 1B51A 5H8NA 5F1QA 5HM4B 1UIVA 1CB6A 3R7XA 4DE8A 1D4NA 3H03A 3R6UA 3TQLA 3SEYA 3B7DA 3OO8A 1MY0A 1ZJLA 4PFYA 1AOVA 2F5XA 4G77A 1UTBB 5I57B 2ZNSA 1XS5A 2LAOA 5M2VA 2DSFA 4LZ5A 1PB7A 4YKJA 3MW0A 1B7ZA 4LZ7A 1QKAA 4OEUA 4GRKA 3IO4A 4THIA 1MY3A 3DM0A 1MXUA 1POY1 4R9GA 2R9JA 3G3FA 3B6QA 1A40A 3P7IA 3U93A 1JW4A 4NF8B 1SDXA 4FORA 2HQ0A 5LOMA 3RUMA 1TT1A 3TUSA 1JW5A 3K00A 4FIMA 1MM7A 3MZBA 4H5FA 4MFIA 2F7BA 2PT2A 3CI8A 1NNTA 5I56B 3FGSA 5AA2A 1P1UA 3VE1B 2Q2AA 3TCFA 5H8NB 4BDQA 1Y3PA 4LVQA 3QIMA 2REJA 3FZVA 4POXA 4R72A 2I3WA 4DXCA 4UA8A 3ONMA 4ELQA 4QFKA 1OIBA 3OELA 3FV1A 1QUKA 3S9LC 3TAJA 4ISUA 4QSEA 4EQBA 1OMPA 4R2BA 1URSA 3K1MA 4DXUA 3QAXA 4XKPA 4YB5A 1Y3NA 1MS7A 3H6TA 2VP1A 4ELOA 4R6KA 4Z0IA 4GXSB 2ALUA 2Y7IA 1BIYA 3HV1A 4IGTA 4JSOA 3MWBA 3Q28A 3MQ9A 5H8FA 5J1DA 2H98A 2DXYA 4PFWA 1DPPA 2OCUA 4FAJA 3G7WA 1JEUA 3MP6A 2ZYMA 4YKPA 2XXVA 3VLVA 2DWJA 4U4XA 3K6UA 3T9HB 1B6HA 1IXHA 3HO7A 2PMSA 4GD5A 1NNKA 3FVGA 5CC2A 2I49A 4XKNA 3KG2A 4H6DA 2X26A 1SW2A 2V3UA 4F2QA 2Y7WA 3SERA 5CMBA 3H6WA 1D9VA 4XTCQ 4Q30B 3O29A 2OWSA 1XHYA 5H8HA 1AL3A 1I69A 3PUXE 4HS7A 3G3HA 5EHSA 4F1YA 4TLLB 3MVYA 5TPAA 1M5DA 2HZKA 1B1XA 1EZ9A 5AA1A 1Y1ZA 1FQDA 2A5SA 1A99A 3KBRA 2ONRA 3LUYA 4ZECA 4QFPA 4OESA 2V93A 4KYEA 4F3BA 3E13X 5I84A 1PC3A 2THIA 1UQWA 3OMBA 3C9HA 4JB7A 3QUFA 5ISUA 1LAFE 1WDNA 3N94A 4YB7A 3K1NA 1H44A 2I0BA 4E0WA 3HCQA 4M4GA 1Z7ME 2REGA 4P11A 3JYRA 1B46A 1SW1A 1YCJA 3PUYE 1ANFA 4IO5A 4O3AA 1BKAA 4EXLA 3DP8A 3BBRA 3K01A 3IOUA 2OBGA 3G3JA 2Q89A 2QL3A 1NH7A 2HCAA 1POTA 4U22A 5H8HB 1Y1MA 1M5FA 2DVCA 3ECRA 4G8HA 5AE4A 4ZEDA 5JEIA 2DXRA 3MP8A 1FQAA 3TPAA 4GIZA 4RK9A 1MY2A 2R6GE 3CSGA 4C1UA 1HSEA 4I8CA 3S9NC 1H43A 1P1WA 1ZU0A 3QYTA 2XXHA 3EQ1A 5TU0A 4RPNA 4H65A 5HPQA 2XD2A 4NF6A 1MXXA 2ANJA 5JTYA 2Z8FA 3C33A 3R26A 1H45A 1N76A 1OVTA 2P1SA 1VSOA 1B3LA 4R9FA 2B65A 2VOZA 2RCBA 4XXUA 1SVXB 1O7TA 3HPIA 3FVOA 4LZ8A 1B1HA 2AL4A 3FVKA 3OD7A 1B4HA 3O6HA 1IQ7A 1VFDA 2F35A 3H4ZA 1N04A 2I3VA 1I6AA 2DWIA 1MXZA 2NVUB 1ZIUA 1LBBA 1B3GA 5ELVA 5H8SA 4IO6A 2UYEA 2Z22A 1WVJA 2F6PA 4FEDA 3FUZA 1IXCA 5DVIA 3FJ7A 4R6HA 3BKIB 1ZKBA 4ZEFA 5CBRA 3CFXA 4LQ5A 4YZZA 1AIVA 3I6VA 4XIGQ 3QSLA 1FTLA 4G8NA 2VD3A 3CFLA 5DYHA 5K2XA 4KI0E 3N26A 4OXVA 3Q26A 4NF6B 5FHMA 1RYXA 5JTYB 1B5IA 4H0WA 1NH8A 1NNFA 4MH5A 4X9TA 2O68A 3OENA 5L9MA 1SBPA 2PVUA 1GGGA 2H25A 5I57A 3PPOA 3B6TA 4G2ZA 5JK4A 2QJEA 4I1DA 2DYXA 4DLDA 3E4RA 1TXFA 3LC8A 4YU0A 3DLNA 3HHGA 4OMBA 1FTJA 5F7VA 2XXWA 1PBPA 2O51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SZPA 4F1VA 1EZPA 2WX9A 3RT6B 2QS4A 1JQFA 3GBBA 4WEPA 2XXIA 1LFIA 4R2FA 4QFLA 4NWCA 3ILTB 2DDKA 4QSCA 3S9EA 1DBZA 3MVWA 3UN6A 1SW4A 2XXKA 3RN8A 2XXRA 4N6KA 4NHBA 4JVDA 5EYFA 1P1QA 1MH3A 1PBQA 4X8RA 4GWYA 1MH4A 3IX1A 1YZ0A 2I48A 1B3EA 4ZEBA 5CI5A 5DTBA 4I40A 4RK2A 2HAUA 1JETA 3TTRA 3GBAA 5EQ8A 4TQUQ 1A8EA 3TTKA 1R9LA 1Y3QA 3T1BA 4BDLA 3PPQA 1HSJA 3IK6B 1S50A 2ZYNA 1LAGE 3L6GA 2V84A 3C31A 1A8FA 3FV2A 4LATA 3LSLA 1LAHE 1FTKA 4R75A 1B2HA 4X1BA 2XX8A 4PF6A 1J1NA 5DW8A 4OWDA 4MF3A 4LQ2A 4RPOA 4NMYA 2RKMA 1AMFA 3IOWA 4POWA 1R6ZA 3THIA 1ELJA 1IIWA 2UVHA 3IOVA 5KCJA 4PFUA 3V5AA 2A5TA 2Q8JA 1F9BA 1ZLQA 2GHAA 2QS3A 3MVXA 3O9PA 4PGPA 2VPNA 2XHDA 2NXOA 1FBDA 4EXKA 2F6GA 1BK4A 1NV3A 1B40A 5TP9B 3M3KA 3IB2A 4EUOA 4OQOA 4I9DA 1NV5A 3G3KA 3U8QA 2PCRA 4BDMA 3FXQA 3H6VA 3JV9A 2ZZWA 4NQ8A 4Q5TA 4OETA 3FD3A 2W7YA 5EHMA 1R1NA 4X48A 2PFYA 4ZS9A 2DWAA 5FHNA 1QJMA 3G3IA 2ZNUA 3K6VA 4P1LA 1EYKA 1FQEA 2O6AA 3M8UA 2V3QA 3ZKKA 1G0HA 2D21A 1URDA 2RC7A 1YTVA 3Q25A 3F11A 1LCTA 4GWUA 1H76A 1B4ZA 1IXGA 2GQ1A 2Q88A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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