1A8FA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
publication title Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
total genus 107
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8fA02
2HFBA 1WDNA 3KFMA 4IO6A 5I56B 2R71A 3OENA 3C33A 4LZ8A 4QFNA 5DT6A 4ZE8A 2DXYA 3RUMA 2XXWA 3EN3A 4PE5B 2O1MA 1SI1A 3H6TA 2XHDA 3FJMA 1NH8A 3TYHA 2Z8FA 2O6AA 4FIMA 2E0SA 1LCFA 2FNCA 1B58A 1MY4A 3K4UA 4G8MA 4GD5A 4U2RA 3OO6A 3RPWA 5DVFA 1MDP1 1MY3A 1OMPA 5CC2A 3IJXB 2V3UA 4F3SA 4IO4A 3IB2A 4YAHX 4ZEIA 1PDAA 4LONB 3VXBA 1I6AA 4BDQA 1O64A 2PMSA 2ALUA 5K2XA 2ONKE 3CI8A 5TPAB 1WODA 1DTZA 3CSGA 5H8QA 1B5HA 3JZJA 4NF4A 3CG3A 4KD5A 5I57A 1B3GA 3MZ1A 4WEDA 5ITOA 3U92A 3QSLA 3ODBA 2Y84A 1B4HA 4LA9A 1B5JA 3PUZE 1LAFE 2ONRA 3TCFA 4LATA 3SEUA 1NNTA 4GOTA 4I62A 1H76A 2DVCA 4KCDA 4QF9A 3K00A 5IAIA 1MPBA 2ZNSA 4JDFA 2DWHA 4U4SA 3WAFA 3VVDA 1GV8A 3IR1A 1UQWA 4ZDMA 4RA1A 2H99A 3DP4A 1AL3A 1LFHA 2V3TA 4EXLA 1F9BA 2HAUA 2ZXTA 3AXFA 1DOTA 2OCUA 3I6VA 4X48A 4LQ2A 5FTIA 4OESA 3G3KA 1UIUA 3KG2A 1B1XA 4FAJA 1PB9A 1QULA 3JV9A 1BLFA 2F7AA 4R6YA 3KOTA 3BFTA 1I6BA 1OVBA 4JSOA 4FATA 3TTLA 2NOOA 5ICQA 1WVJA 3CIJA 3MC2A 4UACA 3MVXA 1DTGA 2F8DA 4P0GA 1MY0A 3TCGA 4KYSA 4GL8A 3RQTA 1QKAA 1JVXA 2XXHA 4U1ZA 1B2HA 5I2KA 2H25A 3VLUA 4DCXA 1B3HA 3RT8A 3TMGA 1M5EA 4NF8A 1B7HA 2PBWA 2X26A 4YICA 1B1HA 3QIMA 1XHYA 3KBRA 3CVGA 2Q2CA 3SEXA 1KWHA 3TAJA 4EUOA 4GRKA 2DQVA 5K2YA 5I59A 4F29A 3DM0A 1XT8A 1Q35A 2REJA 4H0WA 3SDFA 1H45A 3M3FA 2XXXA 1IXIA 1A54A 3OO8A 1JETA 5IKBA 1IXHA 2O51A 3K01A 3M3KA 4LUBA 1ZKBA 3PUYE 3PPPA 1B40A 1LBCA 1NKXA 2E1SA 4KHZE 1A99A 3B6QA 1JNFA 3H7MA 1Z7ME 1TXFA 2REGA 3ZKKA 2DWIA 3QK6A 5F1QA 4E0WA 1L5TA 3RTFB 3OELA 1USYH 4IO5A 5ICTA 1MS7A 2QS4A 2QJEA 3Q25A 1OIBA 4H8IA 5CBRA 4N13A 1D4NA 2IEEA 1JW4A 1MXYA 3O97A 1VR5A 2RC9A 3N6TA 4G68B 5AA2D 1GGGA 1BP5A 5CMBA 4DE8A 5JK4A 4POWA 4OYVA 4QHQA 1EZPA 3N26A 2DOJA 5KDTB 1Y1MA 4UA8A 2OZZA 1B0HA 3HHFA 3T9VA 1B05A 3WAEA 2ZNTA 5FHOA 4EF2A 5I2NB 2GHBA 1MQIA 3VVFA 4ZE9A 1P1WA 2I0CA 4YU0A 1QKBA 5EHMA 2F7CA 1LSTA 4FORA 4ZZEA 5AA2A 3DP6A 1ANFA 2XXUA 5KCJB 1O7TA 3T22A 4RNSA 1LAXA 5CI5A 4O3CA 4Q5TA 4JXIA 5BUUA 1BKAA 3KSXA 1LB8A 3E13X 1MY1A 1FTJA 2IA4A 5ITPA 3RT6B 1XS5A 4OQOA 5AE4A 1FQDA 2AYSA 3M3LA 5H8NB 3RY3A 4ONYA 4YMAA 3CSBA 3C31A 1POY1 3E4RA 1CE2A 4MBPA 2AL5A 4YB5A 2O84X 3G7WA 3OD7A 2B3BA 1Q1KA 2XXVA 5AA3A 3S9LC 4FE8A 3TKDA 3ILUB 3TODA 1QUKA 1PEBA 3BFUA 1A7LA 4OZ9A 3G3HA 2Q89A 4G4PA 3CG1A 4FEBA 4GQOA 4H67A 4OENA 4GVOA 2BJJX 1XOCA 3O66A 1N04A 2HZKA 1OVTA 4MF3A 2OJTA 1B7UA 4U21A 4ELQA 1I6QA 4ESWA 3FGSA 3O6HA 4XKPA 3W9VA 1GR2A 4P0IA 1FTOA 3GBBA 1Y3NA 1MQDA 1IEJA 1MQHA 3K1PA 2V93A 3QYTA 1NL5A 5FHMA 4AB6A 4RJZA 3ILTB 4MFIA 1MXXA 4YKPA 2Z23A 3G3JA 2ZYOA 2Q2AA 3FV2A 3R7XA 4F39A 2DVZA 4RYAA 1YPNA 3UA8A 5L9OA 4JBZA 1B51A 2OWTA 4EQ9A 1PBPA 4NF5A 1VFEA 3A3UA 5TP9B 4AQ4A 4XTCQ 5H8HA 1ELJA 3LSLA 2XD2A 1PB8A 3F11A 4MH5A 1MXUA 2I4CA 4IY6A 3M8UA 4BDRA 5B7DA 2DE4A 2Y7WA 3LBSA 2F6GA 3MAMA 5CMKA 4WKMA 4RK2A 2PT1A 1DSNA 1S7YA 4R2FA 4GXSB 1HSLA 1OLAA 4BLAA 4Z7EA 3OSRA 4X1DA 3UP9A 3PUVE 5AA1A 2I3WA 4HS7A 4F18A 4IGRA 1LLSA 2ANJA 3MZ9A 1MM7A 1LAHE 5JTYB 3K1MA 4GIZA 1D9VA 3S9MC 5L9SA 3EHSA 4U4XA 2I49A 2RCBA 3PMWA 4IB2A 4H6DA 1ZIUA 2H9BA 3TTRA 2F35A 3V83A 2XXPA 3D4GA 4ELOA 4ESXA 2HEUA 3FXRA 2Q88A 3RTWB 1IQ7A 1NH7A 1SW5A 5HPQA 4P11A 2P2AA 3TTNA 3IB1A 2DYXA 2ONSA 1FW0A 1H3DA 4I9DA 4OHNA 3MVWA 4PP0A 3HSTA 2D3IA 2XXYA 3S2VA 3TZAA 3C32A 3MPLA 1B4ZA 3LR1A 3UK4A 1BIYA 5H8SA 1AIVA 2VD3A 1MQJA 4ZEDA 5DYHA 4H5GA 3VLWA 4PFTA 4H1XA 3SEYA 4C0RA 5CMCA 1SW1A 4ZEBA 1B7ZA 3CFXA 4R9GA 4YKJA 1JEVA 3TTKA 1TT1A 1HSEA 3IO6A 2DE3A 4N6PA 3FIRA 1A8FA 2V3QA 1SQYA 4O3BA 3O2AA 3IB0A 3W15C 4F3PA 2GH9A 1JQFA 1LGBC 1B3EA 1QUJA 1YTVA 1USYE 3KGCA 4G68C 3MZBA 2I0BA 3VFJA 3SEVA 1I69A 3GBAA 4KI0E 2W7YA 5DTBA 5FTHA 5FHNA 3U72A 3HCQA 4XKRA 3D4CA 3E3KA 3T96B 2XXRA 3VLVA 2R6GE 1N0TA 4DCYA 1OLCA 3U8QA 5F7VA 3IX1A 1MXWA 2I6EA 3PD8A 2O1LA 3OO7A 3QAXA 4YKKA 1B46A 4F2QA 2UVGA 3FJGA 2QS1A 3CFZA 4ZEFA 3K2DA 5EYFA 1Y9UA 4YB7A 2I58A 2O7IA 1SD3A 3CR9A 1P1NA 2I3VA 2F97A 2XX8A 4ZS9A 1IXGA 3OSQA 4R6HA 4OFLA 4WXJA 2ABHA 3RNNA 4R6KA 2QMXA 3LC8A 3LSWA 2V25A 3SETA 3EF7A 3C9HA 3TTMA 1VE4A 2FYIA 4F19A 1AOVA 3THIA 1Y1ZA 1XVXA 2XD3A 4HW8A 1PB7A 3KZGA 3FATA 3TQWA 4BDNA 4FECA 3IAZA 2DWAA 3A09A 2GFEA 4G8NA 3FV1A 1QW0A 2XXTA 4Z0IA 1HSJA 3G3IA 4OTEA 1ZMGA 3VXCA 4R73A 1MY2A 1B52A 3TPAA 3K1NA 1RKMA 1NMUA 3GXAA 4F31B 4H65A 3QXMA 1YCJA 3EQ1A 1A8EA 3O29A 4R74A 1MXVA 5H8FB 1FTLA 2HXWA 4JWYA 4O3AA 4BDLA 5BWJA 2HQ0A 2QSXA 2DWJA 2THIA 4YZZA 3TELA 4JWXA 1URDA 1BTJA 2Q8JA 1IITA 1R9LA 1YAEA 3EHTA 1NNKA 1RYXA 4DDDA 1P1OA 3K0VA 4N07A 4OETA 2O68A 2OLBA 2F6PA 1M5FA 4M4GA 5DEXB 1B3FA 1AH5A 2Y7PA 3VE1B 4DXUA 4DXCA 2QMWA 2YLNA 1MDQA 3HHGA 4THIA 3E9XA 3MUQA 3Q26A 3V89B 2I4BA 2AIXA 4QFPA 4QFKA 5CRYA 4F2OA 4Q30B 3FVOA 1N76A 4G77A 3PPQA 1RYOA 2DE2A 2QRYA 3C36A 3U94A 3LSXA 4OXVA 1FQFA 2ZMBA 3HN0A 4EQ7A 1QVSA 1FTMA 3H6UA 3USDA 2XX7A 3PGFA 4R9FA 3HO7A 4F1YA 2M8CA 5LOMA 3EHUA 1AMFA 4I8CA 2XX9A 3T93B 3PUWE 2DS9A 3IJOB 3IK6B 2H5YA 3T9UA 1SYIA 4WEPA 3Q28A 4JWOA 2NXOA 3KEIA 3K6UA 1GVCA 1QJMA 3TDJA 1A40A 4K3FA 4TOZA 2OK2A 4GL0A 3C35A 2VHAA 2G29A 3K6WA 5CBSA 2P0SA 3FD3A 4OVJA 2VOZA 2F7BA 1IXCA 4TLMB 4H8JA 3VV5A 5ELVA 1EZ9A 1S9TA 2YJPA 4HCYA 4YKIA 5H8QB 3MVYA 4NF4B 4LQ5A 3R6UA 5I57B 5B70A 1A55A 3DELB 2X7PA 3LUYA 4BDMA 1UTHA 3TQLA 5CM6A 5I58A 3O6GA 4ZECA 1M5DA 5A5XA 2UVJA 3TFLA 5L9MA 3FVKA 4MLVA 2UXAA 2F36A 2Y7RA 4OWDA 3HPIA 4G68A 4AB5A 2UVIA 1JW5A 3UN6A 4GF8A 2V84A 1N7XA 3O9PA 1JEUA 4U23A 3PU5A 1N84A 3FUZA 1SW4A 2XXIA 3MPKA 3PV0E 4QRZA 1R6ZA 3T9HB 1US5A 2P1SA 1UIVA 3OEKA 2UVHA 1Y4TA 1JVYA 3SEWA 3Q29A 3OO9A 3IORA 3FXUA 1UTBA 1P1QA 3KJ7A 4DIGA 2F5XA 2ZYMA 4IGTA 4RXLA 5KCJA 1XC1A 4OFJA 3DP8A 2GRVA 4ZZAA 3IOVA 1SDXA 4YB6A 1M5BA 3O28A 2A5SA 2Z22A 4QSDA 5H8NA 1FCKA 4NF6A 3T66A 4ELPA 3FJ7A 3RGYA 1ATGA 2CMOA 3BBRA 4DLDA 3H3GA 1B0LA 4EF1A 4PFUA 1M5CA 4HCWA 2X7QA 5EHSA 4X1BA 3EPEA 1FQCA 3KSJA 5I2KB 2HAVA 3MP8A 4TLLB 4HTGA 3I3VA 3SKPA 3RN8A 1ZLQA 4NF8B 2OWSA 4OFOA 4NWCA 4PFWA 3FVNA 4EXKA 4R2BA 3C4MA 1FQEA 3FXQA 2G93A 2Z8EA 1VFDA 1N7WA 1MXZA 3TUSA 4RPNA 1NNFA 5I59B 2H98A 3HV1A 1IIWA 2B3FA 4GWOA 1B32A 2A5TA 5I84A 1B3LA 3MVZA 2PVUA 4QSCA 4MLQA 1DPPA 1H43A 5HBCA 4QFLA 5J1DA 3G3FA 2WKYA 5AA4A 3U1OA 4E0XA 4EQBA 1ZU0A 1OQGA 3S9NC 3L6GA 4OEUA 3B7DA 3QUFA 1IUDA 1MM6A 4NEDA 4KR5A 5JEIA 1TFDA 4H5FA 1QUIA 3PD9A 5TP9A 4XKQA 3TCHA 1MRPA 3KN3A 4OMBA 2Y7KA 4IY5A 1MH3A 3KN8A 5DVJA 3IOTA 1US4A 1N3WA 2AL4A 1URSA 2OBGA 3RLFE 4EDPA 5I56A 4YMBA 4XIGQ 2NUVA 3K6XA 4F22A 4Q8RA 1H44A 1SW2A 2B65A 3N94A 1P1UA 3PUXE 3OOAA 1EZOA 2QS2A 3OEMA 3FVGA 3H4ZA 3PPNA 4BDOA 5TU0A 3MBPA 2NWJA 3LSFB 4GFRA 2Q9TA 1S50A 2ZYNA 2YPNA 4KYEA 5JTYA 3N5LA 5AA2B 4IO3A 1LB9A 4RPOA 2UYEA 4F3BA 3S9EA 2QL3A 3OXNA 3UORA 1CB6A 1Z7NE 5HM4B 4KFQA 2CZLA 2HZLA 2H4IA 5TPAA 2NVUB 2I48A 2FA7A 3W9WA 5L8DA 2RINA 4G8HA 1SVXB 3MQ9A 1R1NA 4QFOA 4C1UA 1Y3QA 4U22A 3PMXA 3T9XB 1OQHA 4LP2B 4LZ7A 1PBQA 2D21A 3SESA 4OERA 2KLFA 2ESNA 3UIFA 1B5IA 3K02A 1DMBA 3BKIB 1FQAA 4JB7A 3C34A 2QPQA 3KN7A 2RKMA 3KOSA 1MPDA 1URGA 2F78A 3U93A 4JSDA 4PETA 3QUJA 4I1DA 4ZEKA 1NFTA 1SBPA 4F1VA 5KZTA 1GTKA 3IO4A 2RC7A 3H6WA 3MW0A 3A3CA 1UTHB 4Q0CA 1O63A 3G3GA 1NNPA 3FZVA 5I58B 4NE4A 2O69A 2PYYA 2QS3A 3R26A 2VGQA 1EU8A 2VD2A 5A5XB 4KQPA 4ELRA 4U1OA 2ZNUA 3TEPA 4POXA 4R75A 1ZJLA 4G2ZA 3CFLA 1MQGA 3FASA 1EH3A 1R9QA 4NF5B 4IO7A 4F3GA 2XXQA 1JW1A 3Q27A 1LFGA 1FTKA 2GHAA 3MP1A 5H8HB 3ECRA 3GZGA 1P99A 3MP6A 3PMVA 4C1TA 2RCAA 4IO2A 4NTLA 4L17A 1ZTYA 1LCTA 4LZ5A 2F34A 3SERA 1UTBB 1MH4A 1Y20A 3IOWA 5M2VA 1B9JA 2HCAA 4RK9A 4M1VA 3KJTA 3S4UA 2RF1A 1POTA 3DLNA 1T0KA 1D9YA 4TQUQ 4R72A 4NF6B 4DXBA 4FEDA 3V5AA 3MWBA 4F1UA 3CRBA 1J1NA 3O6IA 3H06B 4KCCA 1ZBMA 1MPCA 4RY1A 1B6HA 1PC3A 3K6VA 3ONMA 3GLBA 3ZSFA 3OMBA 4GLIA 4XXUA 3P7IA 2LAOA 2PX1A 3MJNA 5ISUA 3PPOA 1LBBA 4KPTA 2D5WA 4XKNA 3VDFA 4X9TA 2UYFA 2DSFA 5H8FA 1DPEA 1TFAA 4LVQA 4GXAA 3ZS6A 1II5A 4FJPA 1VSOA 3UGWA 3L6HA 2A5TB 4ND9A 1D3KA 4ISUA 4PQJA 3I5OA 2RC8A 3N6UA 2VP1A 2PT2A 4PFYA 4OEVA 4DZ1A 1Y4CA 5AA4B 3V8XB 5KDTA 3IOUA 4ECFA 2Z8DA 3JYRA 2DXRA 2DP8A 4KYDA 2ZYKA 1SYHA 3B6TA 3B6WA 5I2NA 1MG1A 1SI0A 5CMMA 2Y7IA 1N3XA 5DEXA 4NMYA 2R9JA 3H03A 3H6VA 3VVEA 4NWDA 3PPRA 1LFIA 1TWYA 3IL1B 4QSEA 1XVYA 2O7UA 1FQBA 1IZ1A 1LAGE 1Y3PA 5DVIA 3ZKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HFBA 1WDNA 3KFMA 4IO6A 5I56B 2R71A 3OENA 1FRPA 3C33A 4LZ8A 4N17A 4QFNA 5DT6A 2Y5KA 4ZE8A 2DXYA 2F3DA 3RUMA 2XXWA 3EN3A 4PE5B 2O1MA 1SI1A 3H6TA 2XHDA 3FJMA 1NH8A 3TYHA 2Z8FA 2O6AA 4FIMA 3KC0A 2E0SA 1LCFA 2FNCA 1B58A 1MY4A 3K4UA 4G8MA 4GD5A 4HE2A 4U2RA 3OO6A 3RPWA 5DVFA 1MDP1 1MY3A 1OMPA 2Q74A 5CC2A 1BK4A 3IJXB 2V3UA 4F3SA 4IO4A 3IB2A 4YAHX 2R8TA 4JVIA 4ZEIA 1PDAA 4LONB 4MJOA 1I6AA 3VXBA 4BDQA 1O64A 2PMSA 4H45A 2WYPA 2ALUA 4GBWA 4P1LA 5K2XA 1AWBA 2ONKE 3CI8A 5TPAB 1WODA 1DTZA 3CSGA 5H8QA 1B5HA 3JZJA 4NF4A 4QBAA 3CG3A 4KD5A 5I57A 1NUZA 4MMPA 4NX1A 1B3GA 3MZ1A 4HE0A 4WEDA 5ITOA 3U92A 3QSLA 3ODBA 2Y84A 1B4HA 4LA9A 1B5JA 3PUZE 1LAFE 2ONRA 3TCFA 2QFLA 4DI3D 4LATA 3SEUA 1NNTA 4GOTA 4I62A 1H76A 2DVCA 4KCDA 2QVUA 4QF9A 3K00A 5IAIA 3A29A 1MPBA 2ZNSA 4JDFA 4OVRA 2DWHA 4U4SA 3WAFA 4N6KA 3VVDA 4MEVA 1GV8A 3IR1A 1IMCA 1YZ0A 1UQWA 2Y5LA 4ZDMA 4RA1A 2H99A 3DP4A 1NV5A 3IFAA 1AL3A 1LFHA 2V3TA 4EXLA 1F9BA 2HAUA 2ZXTA 3AXFA 1DOTA 2OCUA 3I6VA 4X48A 4LQ2A 5FTIA 4OESA 3G3KA 1UIUA 1NV6A 3KG2A 1B1XA 4PAIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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