1A94A

Structural basis for specificity of retroviral proteases
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWEPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Structural basis for specificity of retroviral proteases.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1a94A00
1SIVA 4R8YA 2VJ6A 4LHHA 5OZPA 3U71A 5P06A 4UPJA 3NWXA 3WZ6A 2Q63A 3TPLA 4IVSA 3EL9A 5P2CA 2IEOA 2G24A 2B7ZA 4RZ1A 2WEBA 1ENTE 4H3GA 5KAOA 5P43A 3RTMA 5ISKA 3BUHA 3PJ6A 2O4NA 2QNQA 2PSGA 3EBZA 3NU5A 2ZJHA 1AJVA 3CYXA 1LZQA 1HSIA 2JYSA 5P3QA 4I12A 3RU1A 5P2EA 5P7FA 9HVPA 7UPJA 2NTRA 3QRSA 4RROA 3URLA 5P8LA 3UDQA 1K2CA 4QJ8A 1EC0A 1APVE 1GVWA 1HIVA 4FS4A 3QP0A 4Y36A 1RL8A 5P6UA 5CONA 4YE3A 5DPZA 1KZKA 2I4VA 5IVRA 3S7LA 1RNEA 1XDHA 5P6TA 3KFRA 4QJ2A 5P3ZA 4FM7A 1EPME 3IXKA 5OZ6A 3APRE 3UDNA 2OHUA 3WB5A 7HVPA 5HU0A 3EKYA 2G1NA 3VUCA 3QVCA 4Y3MA 2OF0A 1YTGA 5P0KA 4DFGA 3A2OA 2VNNA 1D4KA 2ZYEA 4Y3SA 2ZJIA 3IVHA 5P0XA 1HVSA 5P4NA 4LXMA 3EL4A 3PBZA 4HDPA 5P8JA 3IAWA 3TOHA 4PYVA 3OU3A 2QD6A 2NNPA 1BXQA 5P82A 1EPLE 4GB2A 4GJCA 3HAUA 4ZSRA 2BB9A 1HTRB 3HLOA 3GW5A 5P2MA 4Y43A 5OZZA 3DOXA 2VKMA 4I0JA 5OZ8A 5OZ1A 5HTZA 4ZPGA 3R1GB 4PZWA 5P7KA 3QAAA 2ZJLA 1OEWA 1MT9A 4GYEA 3VFAA 2H6TA 1NPVA 6APRE 5P7VA 3O9AA 5P3PA 5OZ5A 1YX9A 5P0SA 2P4JA 2OHLA 5OZSA 1C70A 2P83A 2P3CA 1B11A 3FV3A 4I0FA 5P15A 3TL9A 4H3FA 2QNPA 3NU4A 4FIVA 4JECA 4I0DA 3PWMA 5P6JA 2BPWA 5P5IA 5DR3A 3PSGA 3OGQA 5P2NA 3QROA 3INDA 5P8SA 3VFBA 2FDDA 5KOQA 3WSJA 2VIEA 3ZKSA 1A9MA 3DUYA 3QRMA 5P7IA 5P12A 3O9FA 4Y3NA 5P0TA 4Q1NA 5AH8A 1QBUA 5P4UA 1MEUA 5P22A 3BRAA 4PZXA 2P3BA 3APPA 2NMYA 3VLAA 5IVTA 4B0QA 5P2BA 1GVVA 3UDRA 4Y4TA 4Z4XA 5AH6A 5P0VA 4EJLA 1WBMA 3D91A 5HDUA 2FDEA 5P4QA 4Q5MA 1PSAA 3K1WA 1KJHA 4J55A 4X7IA 1HVKA 1FF0C 4L6BA 5P60A 4B72A 5P7OA 3FNUA 1UH7A 4I0HA 5P66A 4NPTA 3I2LA 3OADB 2ZE1A 3HDKA 5P7GA 1MRXA 4KE0A 4DVFA 4RGHA 5JFPA 3QI1A 2AOCA 4J1FA 3O9EA 2I4QA 1FQXA 3AUPA 3VV6A 4QLHA 1PPME 5I3XA 5P3AA 1MESA 1IDBA 1KJ7A 3R0YA 1ZAPA 2AVMA 2I4XA 5KQXA 1E5OE 5P1ZA 1AJXA 5OZNA 1EBZA 4D88A 3OWNA 4XX4A 4DJVA 4OBKA 4YD3A 1Q9PA 3PI0A 5P02A 3TLHA 3EKVA 1DPJA 1HVCA 5P69A 5P72A 3PMUA 5T4SA 3SPKA 5P0YA 3S85A 4Y3RA 3M9FA 5P36A 3UQRA 1MTBA 5P2XA 3SM2A 3SQFA 4HDBA 4J1CA 1JLDA 3O9LB 4RVXA 4OC6A 5P1QA 5HVPA 1W50A 1TCXA 5P26A 3KMYA 1IVPA 5P5BA 1ZJ7A 4DI2A 3LNKA 3MSJA 4Y3QA 2J9JB 4A6CA 5P1MA 1OEXA 4GJAA 5P3YA 5P4VA 4DJQA 1D4SA 5P6WA 1DP5A 5P2SA 1MTRA 5P25A 1G0VA 1U8GA 3DV5A 5UPJA 4FM8A 5OYQA 3S45A 4FRIA 3EM4A 3OTYA 1BBSA 5P1IA 5HCOA 4TRYA 1Z1HA 3PMYA 4L7GA 1BDLA 2XFIA 2B42A 1APWE 4LXAA 4Y5MA 5AHAA 5P78A 4Z22A 5OZ2A 1B6KA 2HB3A 3R2FA 3DJKA 1EBYA 3OQ7A 2BJUA 4DQGA 2O4SA 3C9XA 2OHSA 3EM6A 2PYMA 3G72A 5OYYA 4CPXA 5OZWA 3OQFA 1TZSA 5P47A 2BKTA 1K6TA 3VSXA 2AOFA 2AQUA 3NR6A 3U6AA 3INEA 4Y3PA 1IBQA 4J0YA 5P35A 4QJ9A 3VYFA 5P62A 3JVYA 5P6DA 3ZOVA 1Z1RA 1PFZA 2FGVA 2CENA 2AOGA 5AH7A 5P3TA 3CKRA 4OBZA 4AZYA 3K4VA 3OU1A 5P2VA 3NWQA 5P3LA 3EXOA 3BUFA 1LF3A 2AOEA 5IS4A 2PH8A 2R3TA 2CEMA 3N4LA 1KJFA 3BC4A 3QN8A 5P7NA 3PCZA 1ODWA 3QBFA 2QZKA 3HAWA 5P0LA 5PEPA 3O9BA 5P4RA 2B7FA 1E80E 5P4BA 3UQXA 4M8XA 4GJ9A 3PEPA 5KR2A 4AMTA 3OU4A 1NSOA 1W6HA 1T7JA 2ANLA 2PK6A 5P32A 1XN2A 5P45A 1G6LA 2PWCA 2ZHUA 3EMYA 3OQKA 2G69A 5P14A 3RVIA 3D1XA 3UPJA 5P1OA 1YTHA 1BV7A 3HBOA 3HD8A 3KYRA 3LIQA 3TH9A 5OZ0A 5P37A 3L5EA 3PGIA 4EYRA 3KM4A 5P76A 1AM5A 2JJJA 5P6AA 3GI4A 2AZ9A 5P59A 1LYAA 3VEUA 5P4CA 4JOOA 5P3DA 2QP8A 2JJIA 3B80A 3QBHA 1GNOA 4ER4E 1RV7A 2Q5KA 5P6EA 1HSHA 5P2GA 3SA9A 1FKNA 2AODA 4EJKA 3QS1A 2Z4OA 5OZ9A 1EPPE 4Y5GA 5P65A 4CPWA 3FNSA 3KF0A 5OYRA 5P3UA 4DPFA 5FIVA 5P28A 1HSGA 4Y47A 2WF4A 4CKUA 2WF3A 1B6PA 2I0AA 4Y3LA 4WTUA 3ZPTA 3PCWA 1LYWB 3G6ZA 5P61A 1HEGE 2RKGA 1QS8A 3S43B 2QMPA 4I0EA 5P7JA 3K5FA 4TRWA 5P0AA 4L1AB 2Q54A 4HA5A 5P5JA 1F34A 3QVIA 5P56A 5KR8A 3KFNA 4LBTA 4U7VA 1YG9A 4GJ6A 4YDGA 5AHCA 4HE9A 1LYWA 1ZPKA 3KDDA 1D4YA 3IVIA 5P0GA 4DQHA 4Q1XA 5DQCA 4RVIA 4Y39A 1C6YA 5P0JA 4BEKA 5I3WA 1XS7D 3NXEA 5HD0A 5P3OA 1CZIE 5HDXA 1FGCC 4RRNA 2BPZA 1FFIC 5P20A 3CMSA 5P8BA 1A8KA 3QPJA 5E5JA 5P6MA 3BVAA 2OHRA 2FDPA 1TQFA 2IKOA 1MSNA 1XL2A 3PBDA 3FIVA 4Y3AA 3S53A 5P7BA 1ZTZA 3O9HA 4YOBA 2Q15A 5HE7A 5P0BA 5P3GA 5P10A 3UDHA 3FKTA 5P70A 5HDVA 3LPJA 3Q5HA 3MSLA 2WL0A 5P2AA 5P8FA 4YA8A 2ER7E 2R8NA 4COEA 1SGUA 2VIYA 4QJ7A 3SA5A 5P27A 1T3RA 1SMRA 4FLGA 5P4EA 5P2RA 3S7MA 3EKXA 4Y4XA 4CPSA 2PSVA 5P6LA 3SA7A 2WEAA 1META 4EQJA 3NDTA 5P2OA 1SGZA 4DJUA 1BV9A 3IN4A 5OZAA 1UH8A 2FLEA 3VV7A 5P7XA 4N00A 3LINA 5P4HA 4U8WA 3T7QA 3UFNA 3EC0A 2XFKA 5OYVA 3SABA 1EBWA 3T7XA 1CPIA 5P30A 4B00A 5OZKA 3LIZA 5P4FA 4CPRA 4B05A 5P74A 3UDKA 4Y3FA 5DQ5A 5P1JA 5P5TA 4EPJA 2I4DA 3TOFA 4Y4JA 2APRA 5OZ7A 4PHVA 3LZSA 3SACA 5C9DA 5DR7A 2AVOA 2G27A 5F00A 5BS4A 4Z2ZA 3OGPA 3MSKA 5EZZA 3GI6A 3LIYA 1EC1A 3KT5A 5ER1E 3D1YA 3OQAA 3OXCA 4WY1A 1AZ5A 3QRVA 2PQZA 3S56A 2VNMA 5OZOA 3LITA 1RPIA 2QMDA 3VYEA 1HHPA 1PSNA 1VIKA 4FAFA 5P7DA 3PWRA 2A1EA 3KFPA 2XYFA 2PH6A 2FNTA 2QI0A 4A6BA 2Q64A 1FQ6A 5P4JA 3Q4BA 5P29A 5B18A 4Z50A 1J71A 5SXNA 5IVSA 1BAIA 5C9BA 4ZPEA 2ZJNA 3D1ZA 5P2JA 4FRKA 1HVJA 5P33A 5P5GA 4ZEAA 4XXSA 5SY3A 5P0WA 3IXJA 5P5VA 4KE1A 5P7YA 4Y45A 5P64A 2Q11A 4J0PA 3L5CA 4J17A 1T6EX 5P4OA 4R93A 5P5DA 2R9BA 2WHHA 4K4PA 2H6SA 2F3FA 4YBIA 5ISJA 3MXDA 2MIPA 5P38A 2R3WA 4XKXA 2QMGA 1GNMA 2QHCA 4ACUA 5P7HA 5P55A 2BQVA 5P51A 1HPSA 5P0NA 4WY6A 2IL2A 2QZWA 2NXDA 1A94A 4MC1A 4GMIA 2AZCA 4GJ5A 4F74A 3BUGA 3TPRA 2IKUA 5DGUA 2JE4A 2WKZA 5COOA 4Y48A 1LF4A 2IENA 1EPNE 4L7HA 3BXSA 5DGWA 2NXLA 2NMZA 1W5XA 5P4ZA 4FRSA 1FB7A 5P5SA 2G1RA 2WEZA 2AVSA 3EL0A 1W5YA 3Q3TA 2ZHTA 4Y4BA 4DQEA 1K2BA 4J5JA 4JPEA 4B70A 5P4SA 4DJXA 2QHYA 4D8CA 5P2TA 2ZHSA 5P5HA 3OHFA 5P49A 1BDQA 3PLDA 5P6ZA 4I8WA 1SH9A 2R43A 3H0BA 4RVJA 2BPYA 4Y35A 1IZDA 4YHQA 3OADA 3MWSA 3DK1A 3OQDA 5P81A 5P0MA 3I25A 5OZRA 4DJOA 1ZSRA 5HE5A 3WB4A 1C6ZA 5P1RA 2OHMA 2ZHVA 3PVKA 3SKGA 1AXAA 3GI5A 1SP5A 5P34A 1MT8A 5AGZA 3BHEA 1HIHA 1XE5A 3TPPA 1YTIA 4LL3A 5P13A 5P44A 5P4PA 1D4HA 3GGAA 2NXMA 4Y37A 4R95A 5P1LA 3ZKIA 2WEDA 3D3TA 3JW2A 4L7JA 3PB5A 1EBKC 3T11A 4LAPA 4EJDA 2EWYA 5OZCA 4KUPA 4RYCA 1HOSA 2BBBA 5SY2A 4Y3HA 1D4JA 5P1EA 5P3CA 4YD4A 5P4XA 5P7UA 2HS1A 5P2KA 2J9KA 5P09A 1K1UA 2I4WA 4Y3XA 4Y3JA 3BGBA 5P0RA 5P18A 1SMEA 3O9LA 5P6FA 5P3NA 5OYSA 4EHCA 4J0VA 5KQFA 5P68A 5P7SA 1XL5A 5P4MA 2J9JA 4B1DA 5P8EA 4B1CA 4CP7A 3ER5E 3EKQA 3TTPA 2G21A 1WBKA 1EPQE 4RYGA 5OZYA 4FRJA 3KA2A 4Y5AA 5KQZA 3OXVA 5BWYA 3OOTA 1BWAA 3IN3A 5P5RA 2HAHA 1RQ9A 5P67A 4R92A 2XFJA 4Y3EA 3O9DA 1HPOA 4NJVA 3S2OA 4DQCA 1E82E 3R0WA 2HC0A 1FG6C 5P5OA 1G2KA 5P8IA 4J1IA 2HB4A 2PSUA 5P0CA 5P6GA 3RSXA 2UPJA 5P87A 1E81E 4DV9A 1MIQA 1HBVA 1HTEA 2QD7A 1HXBA 2XYEA 3SA4A 4I0GA 1SDUA 1IVQA 3CKPA 1HVLA 2VJ9A 3T7PA 3FSMA 2QCIA 1HRNA 3O9GA 2HM1A 1OD1A 2I0DA 5P6YA 3OXXA 4Y5NA 4S1GA 1K6PA 4I1CA 4NPUA 5DQ2A 1M0BA 5P4AA 4Y53A 4AUCA 3H5BA 1LS5A 2HB2A 4RCEA 5P2LA 1DAZC 4ZSQA 4Y3ZA 5OZQA 1FMBA 5P85A 4IVTA 5P1KA 3G70A 4YD7A 3CICA 3T6IA 3VF7A 5J25A 2WF0A 5P6QA 5P6NA 4EWOA 4BFDA 3PHVA 2R38A 4NKKA 4BFBA 4FE6A 5P05A 1A30A 3DCRA 4KB9A 4Y50A 4B77A 2QI4A 4Y4WA 2QZXA 5P0OA 1DMPA 3FX5A 2FMBA 5P6RA 5P0FA 3GI0A 1FMUA 5P54A 3UQPA 4Y4EA 2P3DA 5OZMA 5P3MA 5P8MA 2PYNA 4YCKA 5P5PA 5P2HA 5DQ4A 5P5XA 5P5FA 2V10C 1EPOE 4I0IA 2FNSA 5P7PA 5P42A 5P5ZA 3DCKA 5P08A 1W5WA 4FCOA 4I0ZA 1DIFA 5P24A 5P4WA 5P8QA 2AZ8A 5P2UA 5OZUA 3ZPUA 5DR1A 3INFA 2OHKA 1IIQA 2WJOA 3BVBA 3OUCA 2F8GA 4QJAA 5P7RA 5P0EA 2V16C 5P1HA 2V12C 3OY4A 4Y5CA 4Y5KA 3ZKXA 1ZSFA 3NDWA 1GVUA 3KDCA 3VG1A 4J1HA 5OYZA 1BILA 1A8GA 2ZDZA 5P1WA 4B1EA 5P4KA 3F9QA 1FMXA 2R5QA 1K6VA 1MPPA 3CKTA 2G22A 3TKGA 5P0HA 2QHZA 5OZ4A 4LC7A 5P11A 5P5AA 3SLZA 4NJSA 1LEEA 3EL1A 2P8HA 5P5EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SIV A;  4R8Y A;  2VJ6 A;  4LHH A;  5OZP A;  3U71 A;  5P06 A;  4UPJ A;  3NWX A;  3WZ6 A;  2Q63 A;  3TPL A;  4IVS A;  3EL9 A;  5P2C A;  2IEO A;  2G24 A;  2B7Z A;  4RZ1 A;  2WEB A;  1ENT E;  4H3G A;  5KAO A;  5P43 A;  3RTM A;  5ISK A;  3BUH A;  3PJ6 A;  2O4N A;  2QNQ A;  2PSG A;  3EBZ A;  3NU5 A;  2ZJH A;  1AJV A;  3CYX A;  1LZQ A;  1HSI A;  2JYS A;  5P3Q A;  4I12 A;  3RU1 A;  5P2E A;  5P7F A;  9HVP A;  7UPJ A;  2NTR A;  3QRS A;  4RRO A;  3URL A;  5P8L A;  3UDQ A;  1K2C A;  4QJ8 A;  1EC0 A;  1APV E;  1GVW A;  1HIV A;  4FS4 A;  3QP0 A;  4Y36 A;  1RL8 A;  5P6U A;  5CON A;  4YE3 A;  5DPZ A;  1KZK A;  2I4V A;  5IVR A;  3S7L A;  1RNE A;  1XDH A;  5P6T A;  3KFR A;  4QJ2 A;  5P3Z A;  4FM7 A;  1EPM E;  3IXK A;  5OZ6 A;  3APR E;  3UDN A;  2OHU A;  3WB5 A;  7HVP A;  5HU0 A;  3EKY A;  2G1N A;  3VUC A;  3QVC A;  4Y3M A;  2OF0 A;  1YTG A;  5P0K A;  4DFG A;  3A2O A;  2VNN A;  1D4K A;  2ZYE A;  4Y3S A;  2ZJI A;  3IVH A;  5P0X A;  1HVS A;  5P4N A;  4LXM A;  3EL4 A;  3PBZ A;  4HDP A;  5P8J A;  3IAW A;  3TOH A;  4PYV A;  3OU3 A;  2QD6 A;  2NNP A;  1BXQ A;  5P82 A;  1EPL E;  4GB2 A;  4GJC A;  3HAU A;  4ZSR A;  2BB9 A;  1HTR B;  3HLO A;  3GW5 A;  5P2M A;  4Y43 A;  5OZZ A;  3DOX A;  2VKM A;  4I0J A;  5OZ8 A;  5OZ1 A;  5HTZ A;  4ZPG A;  3R1G B;  4PZW A;  5P7K A;  3QAA A;  2ZJL A;  1OEW A;  1MT9 A;  4GYE A;  3VFA A;  2H6T A;  1NPV A;  6APR E;  5P7V A;  3O9A A;  5P3P A;  5OZ5 A;  1YX9 A;  5P0S A;  2P4J A;  2OHL A;  5OZS A;  1C70 A;  2P83 A;  2P3C A;  1B11 A;  3FV3 A;  4I0F A;  5P15 A;  3TL9 A;  4H3F A;  2QNP A;  3NU4 A;  4FIV A;  4JEC A;  4I0D A;  3PWM A;  5P6J A;  2BPW A;  5P5I A;  5DR3 A;  3PSG A;  3OGQ A;  5P2N A;  3QRO A;  3IND A;  5P8S A;  3VFB A;  2FDD A;  5KOQ A;  3WSJ A;  2VIE A;  3ZKS A;  1A9M A;  3DUY A;  3QRM A;  5P7I A;  5P12 A;  3O9F A;  4Y3N A;  5P0T A;  4Q1N A;  5AH8 A;  1QBU A;  5P4U A;  1MEU A;  5P22 A;  3BRA A;  4PZX A;  2P3B A;  3APP A;  2NMY A;  3VLA A;  5IVT A;  4B0Q A;  5P2B A;  1GVV A;  3UDR A;  4Y4T A;  4Z4X A;  5AH6 A;  5P0V A;  4EJL A;  1WBM A;  3D91 A;  5HDU A;  2FDE A;  5P4Q A; 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 5P30 A;  4B00 A;  5OZK A;  3LIZ A;  5P4F A;  4CPR A;  4B05 A;  5P74 A;  3UDK A;  4Y3F A;  5DQ5 A;  5P1J A;  5P5T A;  4EPJ A;  2I4D A;  3TOF A;  4Y4J A;  2APR A;  5OZ7 A;  4PHV A;  3LZS A;  3SAC A;  5C9D A;  5DR7 A;  2AVO A;  2G27 A;  5F00 A;  5BS4 A;  4Z2Z A;  3OGP A;  3MSK A;  5EZZ A;  3GI6 A;  3LIY A;  1EC1 A;  3KT5 A;  5ER1 E;  3D1Y A;  3OQA A;  3OXC A;  4WY1 A;  1AZ5 A;  3QRV A;  2PQZ A;  3S56 A;  2VNM A;  5OZO A;  3LIT A;  1RPI A;  2QMD A;  3VYE A;  1HHP A;  1PSN A;  1VIK A;  4FAF A;  5P7D A;  3PWR A;  2A1E A;  3KFP A;  2XYF A;  2PH6 A;  2FNT A;  2QI0 A;  4A6B A;  2Q64 A;  1FQ6 A;  5P4J A;  3Q4B A;  5P29 A;  5B18 A;  4Z50 A;  1J71 A;  5SXN A;  5IVS A;  1BAI A;  5C9B A;  4ZPE A;  2ZJN A;  3D1Z A;  5P2J A;  4FRK A;  1HVJ A;  5P33 A;  5P5G A;  4ZEA A;  4XXS A;  5SY3 A;  5P0W A;  3IXJ A;  5P5V A;  4KE1 A;  5P7Y A;  4Y45 A;  5P64 A;  2Q11 A;  4J0P A;  3L5C A;  4J17 A;  1T6E X;  5P4O A;  4R93 A;  5P5D A;  2R9B A;  2WHH A;  4K4P A;  2H6S A;  2F3F A;  4YBI A;  5ISJ A;  3MXD A;  2MIP A;  5P38 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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