1A99A

Putrescine receptor (potf) from e. coli
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
QKTLHIYNWSDYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSASFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDAPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGDVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAFFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTLKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and mutational analysis of the Escherichia coli putrescine receptor. Structural basis for substrate specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 126
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a99A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a99A02
1N7XA 2QPQA 1IZ1A 1JVXA 2XX8A 4POWA 1BKAA 3RTFB 5ICQA 3VVEA 1H3DA 3TEPA 3FATA 1OIBA 3H6VA 5M2VA 5CMMA 4NF5A 4GD5A 4WXJA 1OLCA 1MQJA 3G3HA 3H6UA 5IAIA 1POTA 3WAFA 2KLFA 2XX9A 3TQLA 1H43A 4R9FA 3TTKA 4TOZA 4TLLB 4L17A 5TP9A 3KZGA 2F6GA 1M5EA 4GL0A 5FTHA 4KYSA 4THIA 1QKAA 1B1HA 4F3BA 5DYHA 3GXAA 1YCJA 4IO4A 1MG1A 4NWCA 4ZZAA 2F97A 2UVIA 4I62A 3F11A 2HEUA 1LB8A 2ZXTA 3UP9A 4I1DA 2UYEA 2R9JA 4R6YA 1T0KA 1B9JA 2Q8JA 2I6EA 1JVYA 4RXLA 3TQWA 4XTCQ 3MW0A 4E0WA 1LCTA 3DP6A 3IAZA 3G3FA 3MVWA 3SEUA 1NNTA 4G68B 3VDFA 3MJNA 3KBRA 2XX7A 4F1VA 3IL1B 3T93B 1A8FA 3LUYA 1MPDA 3KJ7A 4MF3A 2F5XA 3Q25A 3TPAA 3K6UA 4ND9A 1RKMA 3LSLA 2AL4A 3KEIA 4DLDA 5ELVA 5HM4B 3EPEA 4ZZEA 5KDTA 1BIYA 2XD2A 1B46A 3MBPA 5ICTA 1O63A 2GRVA 1URDA 1H76A 3T96B 3MPKA 3THIA 4R75A 3T22A 3PUXE 2P2AA 3IX1A 4RPOA 3PMVA 4RK9A 4JWXA 2PX1A 1I6BA 2UVGA 2ONKE 4ELOA 4KCCA 4EF1A 2AL5A 2QS3A 4P0GA 3G3GA 4XIGQ 2RKMA 1ATGA 4O3AA 2HXWA 1FCKA 1TFDA 5H8HB 3VLUA 3MC2A 4OFJA 4DIGA 3RT8A 2DQVA 4XKPA 3C32A 3SEXA 3K1MA 1HSLA 5ITPA 2I0CA 2AYSA 3PPNA 5ITOA 3A09A 5DVJA 4PFWA 3H6TA 3MQ9A 3E13X 4IY6A 3RUMA 2I4CA 3MWBA 1DOTA 3E4RA 4ZECA 4Q30B 2IEEA 3H7MA 3B7DA 4BDRA 1WDNA 3S4UA 4ECFA 5K2XA 3V8XB 1PB7A 1UTHA 2X26A 1S9TA 2ZYKA 1PBQA 4F31B 4OERA 3W9VA 3LC8A 4R72A 2PYYA 4F1YA 1SW5A 1VFEA 3Q29A 4ZEKA 4Q8RA 1B05A 4XXUA 1FQFA 3SETA 3V89B 3PPPA 1FTOA 1ZIUA 1D9VA 3E9XA 2DOJA 1FQCA 3C36A 3DP4A 2DWIA 4R2FA 2V3TA 3KOTA 3IORA 5CC2A 2XXIA 3HO7A 1NL5A 1MY0A 3C35A 5JEIA 3O29A 3OEMA 1AL3A 1FQAA 4JB7A 1FW0A 2Y7WA 2H5YA 3OOAA 1LBCA 4LZ8A 2F8DA 1B5IA 4PFUA 4P0IA 3T9UA 1SDXA 2XHDA 1DPPA 1DMBA 3TMGA 5KCJA 4FE8A 3KSJA 2QS1A 4IB2A 2DXYA 3GLBA 4LATA 1Q1KA 4G77A 4RA1A 5CMBA 3FV1A 1PBPA 3BKIB 1B1XA 1Y4TA 4OENA 1L5TA 1B7UA 2Y7RA 3IB0A 2V93A 3C33A 5AA2A 4O3CA 4JWOA 1IXCA 2XXVA 3ECRA 1B6HA 1A54A 4DDDA 2Z8DA 3VV5A 3ZKKA 3TUSA 3PUWE 3HV1A 1NKXA 2Z8EA 3MP6A 4YICA 5EYFA 2OBGA 4JSDA 4IY5A 4LZ7A 5DTBA 1MDQA 4ELRA 3EHSA 3TZAA 3S2VA 4N6PA 1N04A 5F1QA 1S50A 5B70A 4ZEBA 1A55A 1FQEA 1Y1ZA 1USYH 3S9MC 2YJPA 2THIA 3RNNA 1F9BA 4X1DA 4DXUA 4JDFA 1J1NA 4KD5A 2BJJX 1VFDA 3O66A 5H8QA 1N3XA 2RCBA 5I59A 2RC9A 1UTBB 2D5WA 4LA9A 4OETA 2R6GE 4ZEDA 2RINA 2AIXA 3IOUA 5AA3A 1LFHA 2NXOA 2QL3A 3PD8A 3U72A 1AOVA 4OQOA 1LLSA 4FJPA 2UXAA 3GZGA 4QSCA 3K00A 4RNSA 5JTYA 3PMXA 1USYE 4DXBA 1RYOA 4R6HA 3P7IA 4N13A 3CI8A 4HCYA 1NNFA 3HSTA 2O68A 3BFTA 3K0VA 3O6HA 1QW0A 5FTIA 2P0SA 3VXCA 1QVSA 2XXRA 4GQOA 4H5FA 1Y3NA 2LAOA 4LONB 2DWAA 4PETA 5TPAB 2QRYA 4ZEFA 4TQUQ 1NNPA 1LFIA 3TYHA 3GBBA 2Y7KA 2V84A 1AH5A 3O9PA 3ILTB 4H1XA 1DPEA 3BFUA 4YKKA 4QFLA 4G8HA 5CBRA 1PDAA 3L6HA 1B4ZA 1LAFE 3A3UA 2ONRA 3PGFA 1B7ZA 3MPLA 3H3GA 3G3KA 2F7CA 1WVJA 1RYXA 2DVZA 1EZ9A 1SBPA 2XXXA 2RC8A 4YMAA 5H8NB 4YMBA 3S9EA 3SEYA 1H44A 4DXCA 4QRZA 3MAMA 3OENA 4EUOA 3OELA 3WAEA 1JETA 3RN8A 4OVJA 3UK4A 3MVYA 5L8DA 2DXRA 2F34A 1B3FA 1P99A 4GVOA 1URGA 3CVGA 5I58B 3FZVA 3B6WA 3RGYA 1SYIA 4WEDA 5I2NA 4BDQA 3TODA 4BDMA 3MZ9A 2ABHA 1MRPA 2DVCA 4EQ9A 4RJZA 2D21A 4BDNA 4P11A 1YPNA 3Q28A 1US5A 4NE4A 3AXFA 3KN8A 4KHZE 1OQGA 3IO4A 4F3PA 1HSJA 2DYXA 2GHAA 4X9TA 3FV2A 5CMCA 5AA2D 4NF4B 5CMKA 3EQ1A 1MM7A 1OMPA 1FQDA 3UN6A 3ZKLA 4KI0E 2PT1A 3IOWA 4NF6B 3QUFA 3CR9A 3KJTA 1IXGA 3SEWA 4U4XA 4MBPA 3PUYE 4YKJA 1QUJA 4KYDA 3IK6B 1XC1A 1OQHA 3C9HA 1EZOA 4FORA 3TTNA 1DTZA 1B32A 1MPCA 1PEBA 3FVNA 4PFTA 1O7TA 4U1OA 2ZYMA 3O28A 4ZS9A 5DEXB 1DSNA 3O97A 4RK2A 2NUVA 5BWJA 1ZTYA 4C0RA 3G3IA 4IO7A 1SD3A 3CIJA 4G68A 5HPQA 1XS5A 4F19A 2I4BA 2VD3A 2OCUA 1SW2A 2FYIA 5H8FB 2B3BA 1MY3A 3D4CA 1FTMA 5BUUA 3RPWA 1II5A 2OWSA 1B0LA 3EF7A 2GHBA 4NF8B 3C34A 1B5JA 1SYHA 4F1UA 4LUBA 5KZTA 1LAGE 4I9DA 3V5AA 4WKMA 3HHGA 5FHNA 4LVQA 2DE2A 3T9XB 1NMUA 1Y1MA 1ZJLA 4MLQA 4FATA 1SI1A 2VGQA 2DWJA 1IXIA 2NWJA 3VXBA 2ESNA 4YZZA 2OJTA 3C4MA 3C31A 4FEBA 3RT6B 4KCDA 2UVJA 2NVUB 2REGA 4E0XA 2DS9A 1AMFA 3K1NA 4LZ5A 3K2DA 4U22A 1GR2A 3IJXB 2OLBA 4ZE9A 1GTKA 2UVHA 1MXXA 1Y4CA 2Q2AA 5H8HA 4H0WA 3FJ7A 2RC7A 2V3QA 4OHNA 2I58A 5FHMA 4R74A 4FECA 4FIMA 4U4SA 4QSDA 2A5SA 3S9LC 1UIUA 4BDLA 5I84A 4G2ZA 2RF1A 4OESA 1N76A 2D3IA 3FIRA 3ODBA 3LSXA 3FD3A 3W9WA 4HCWA 1LAXA 2DP8A 2Z22A 2DE3A 2HAVA 1PB9A 4ESWA 1UIVA 4JXIA 4F18A 1LBBA 2YLNA 1M5DA 1XT8A 1R6ZA 2ZYOA 3PUZE 5AA1A 4YAHX 2ZYNA 3B6TA 2O6AA 3PUVE 4ONYA 2XXPA 2QJEA 3A3CA 2H25A 4GIZA 1POY1 4NEDA 2O7UA 2R71A 3PPRA 1JNFA 2DE4A 5DT6A 4YB5A 3KN7A 2I49A 3OXNA 2B3FA 5AE4A 3KOSA 1BP5A 2A5TB 1R9LA 1MQHA 3FVKA 1YAEA 4NMYA 1B52A 3OO6A 1D3KA 4Z7EA 4U2RA 4Q0CA 4RY1A 3QSLA 2H9BA 2Y84A 4XKNA 3B6QA 5L9SA 3CFLA 1NH7A 2OZZA 3FGSA 3RQTA 2VD2A 2VOZA 2XXHA 3CSGA 4KR5A 3QK6A 3DELB 3JZJA 1Z7ME 1B5HA 1JEVA 3K6VA 1LB9A 4H65A 4NWDA 5I2KB 4FEDA 2B65A 4M1VA 4ELPA 2ANJA 3MP1A 4U1ZA 3TTLA 3TKDA 4JBZA 2Q88A 3N5LA 1B3HA 3SDFA 3CSBA 4G68C 1VR5A 3FUZA 2PT2A 3QUJA 2O69A 2GH9A 1B58A 5I57B 3KGCA 1B2HA 3JYRA 1B4HA 4U21A 3K02A 3UIFA 4F29A 4K3FA 4WEPA 4LQ2A 2Q2CA 4JWYA 5J1DA 4DCXA 3LSWA 1P1UA 1UTBA 5ISUA 1R1NA 1LGBC 2CZLA 5A5XB 3RTWB 1JQFA 1B3EA 3H4ZA 1QULA 1URSA 3OO9A 1PC3A 2E1SA 3ZSFA 3LBSA 3RLFE 4IO2A 5H8SA 1SW4A 4Z0IA 4R2BA 5CI5A 3FJMA 3E3KA 3TCHA 1FTLA 4G4PA 3R6UA 4BDOA 3TCGA 1VSOA 4EQ7A 3KFMA 5CRYA 4QFPA 2QS4A 1QUIA 4DE8A 3FVGA 5L9OA 3K4UA 2H99A 1A7LA 1ZMGA 4EF2A 1MY1A 3VFJA 2ZMBA 2Z23A 3UORA 4TLMB 2HCAA 2V25A 4G8MA 4M4GA 3L6GA 4O3BA 2HZLA 5I56B 3N6TA 4OXVA 1MXUA 2F78A 3KSXA 3Q27A 4QHQA 3MP8A 5TPAA 3USDA 1MH4A 1YTVA 5HBCA 4I8CA 2XXUA 5FHOA 3M8UA 3QXMA 4GXAA 3PD9A 1IIWA 1P1OA 1US4A 1S7YA 1GGGA 2ALUA 3IB1A 4UACA 2H98A 3LR1A 5B7DA 3VE1B 4PFYA 3KG2A 1Q35A 3TDJA 2P1SA 2I48A 2XXQA 3FXRA 3G3JA 5I56A 3QIMA 3MUQA 5H8NA 2I3WA 4G8NA 2Y7PA 4QF9A 2WKYA 2FNCA 4KQPA 3SEVA 3N94A 4R6KA 5CBSA 1JEUA 2X7PA 5KDTB 5I58A 3M3KA 4MH5A 2XD3A 4ZDMA 2ZNSA 4QFNA 2DSFA 3U8QA 4GRKA 2UYFA 4EQBA 3CFXA 4XKQA 3K6WA 1TWYA 3JV9A 1MXYA 1O64A 4MLVA 3BBRA 4GXSB 4PP0A 3I6VA 3QAXA 4ZE8A 3TAJA 4X48A 1EZPA 4NF4A 4F2QA 1IXHA 3HCQA 4GLIA 2HAUA 3R26A 3OO7A 1MH3A 3CRBA 4HTGA 1AIVA 4AQ4A 4NF6A 1NFTA 1ZU0A 4IO3A 1P1WA 3QYTA 2RCAA 3ILUB 4GOTA 3M3FA 4UA8A 4GFRA 4F3SA 3MZBA 3GBAA 4U23A 1B7HA 4X1BA 1QUKA 1M5BA 4R73A 1UTHB 1MQIA 5DEXA 3OEKA 4RYAA 3O6IA 3H06B 4ELQA 5JK4A 1TT1A 1QKBA 4IO5A 1XOCA 2QS2A 3MVXA 1MDP1 1PB8A 5EHSA 2VHAA 4OFLA 5H8FA 1JW5A 3TTRA 4PE5B 1M5FA 2XXWA 3N26A 3OO8A 3T9VA 3DLNA 2X7QA 4NF8A 2GFEA 3U93A 3DM0A 3PU5A 2HFBA 2E0SA 2I0BA 2XXYA 4EXKA 1ZLQA 1IEJA 3I5OA 3IO6A 4ZEIA 4QFOA 2F7AA 3MZ1A 2M8CA 1BLFA 1HSEA 2F7BA 1MQDA 3EN3A 4XKRA 3LSFB 1CB6A 5KCJB 4POXA 4YU0A 2OWTA 5K2YA 4C1UA 4RPNA 2PVUA 1N0TA 1FTKA 4AB5A 1NH8A 2FA7A 1XVYA 4GL8A 3IR1A 2QMXA 1FQBA 4QFKA 1JW1A 4GWOA 5CM6A 4OEUA 1JW4A 3HN0A 3ONMA 4ESXA 3OSQA 2W7YA 3W15C 1MQGA 2Y7IA 1OLAA 4QSEA 5DVFA 3FXUA 2QMWA 4EDPA 1IITA 5LOMA 5AA2B 1LSTA 1ZBMA 1OVBA 3TTMA 1GV8A 1A8EA 4H5GA 3SESA 2O1MA 2QSXA 3UA8A 4OTEA 4HW8A 2O84X 4EXLA 1CE2A 1N3WA 1B51A 3Q26A 2IA4A 4F2OA 2F6PA 2YPNA 4LP2B 3EHTA 1BTJA 5DVIA 1B0HA 3O2AA 3EHUA 1D4NA 2CMOA 2PMSA 1P1QA 1P1NA 2XXTA 4PQJA 4YKPA 3K1PA 1ANFA 3PMWA 2PBWA 3VLVA 2NOOA 4DZ1A 4FAJA 3T9HB 5IKBA 2Q89A 4R9GA 4NTLA 3K6XA 1MXVA 2F36A 1A99A 2G29A 1SI0A 1MS7A 2Q9TA 3U94A 1I69A 3G7WA 4H8JA 4KYEA 1MM6A 5H8QB 3H03A 2V3UA 1ZKBA 1Z7NE 5I59B 1A40A 4ISUA 4HS7A 3VVFA 4OMBA 4KFQA 3OMBA 3N6UA 4IGTA 3PPOA 1MY2A 1N84A 5EHMA 4C1TA 3HPIA 3KN3A 4H6DA 1QJMA 1MXWA 1MY4A 2REJA 3UGWA 2I3VA 1B3LA 3TELA 2G93A 1WODA 3TCFA 1TXFA 5JTYB 2A5TA 4YB6A 3T66A 3VLWA 1NNKA 4F22A 3IOVA 1MPBA 3VVDA 2HQ0A 1SQYA 1MXZA 2F35A 1SW1A 3HHFA 1Y20A 5L9MA 3CFZA 1SVXB 4Q5TA 1N7WA 3CG3A 4OZ9A 1I6AA 4GF8A 1GVCA 1IUDA 4N07A 1B40A 3D4GA 4YKIA 3U1OA 5TU0A 1I6QA 1EU8A 4OFOA 3IOTA 2O7IA 5I2KA 4OYVA 1Y9UA 3FXQA 1B3GA 2VP1A 5AA4B 1IQ7A 1EH3A 2OK2A 2DWHA 3M3LA 3H6WA 3K01A 3MVZA 3IJOB 4F3GA 4F39A 3TFLA 2HZKA 1DTGA 4BLAA 1ELJA 1XHYA 4IGRA 3FJGA 2O1LA 4H67A 4JSOA 3PV0E 5I57A 3RY3A 3U92A 1Y3PA 2Z8FA 1UQWA 2H4IA 1H45A 1XVXA 3V83A 4OWDA 1M5CA 4AB6A 4MFIA 2ZNTA 1LAHE 2ZNUA 4KPTA 1R9QA 4IO6A 3SKPA 4NF5B 3DP8A 1LFGA 4OEVA 2O51A 5AA4A 4YB7A 1Y3QA 3ZS6A 5A5XA 2ONSA 3OD7A 3FASA 3O6GA 3FVOA 5F7VA 1KWHA 3CG1A 1VE4A 4LQ5A 5TP9B 3IB2A 1OVTA 1TFAA 1D9YA 3I3VA 3SERA 4H8IA 3S9NC 4DCYA 1FTJA 1LCFA 3PPQA 3OSRA 5I2NB 3R7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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