1A99A

Putrescine receptor (potf) from e. coli
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
QKTLHIYNWSDYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSASFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDAPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGDVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAFFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTLKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and mutational analysis of the Escherichia coli putrescine receptor. Structural basis for substrate specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
source organism Escherichia coli
molecule tags Binding protein
total genus 126
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a99A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a99A02
4GLIA 3RTWB 4JWXA 3GLBA 1O64A 1LAGE 2Z8FA 4EQ7A 1N76A 3O97A 1VE4A 1EH3A 2Y7WA 3SDFA 1S50A 1TT1A 3IOTA 3KN8A 4H65A 1DPEA 3CFXA 3FVGA 1AMFA 4QFKA 1MQGA 2DE4A 4UA8A 2D21A 3MZ1A 1OMPA 2XX8A 4C0RA 1JETA 3TYHA 3T22A 4HCWA 3N6TA 3A09A 4XTCQ 1XS5A 1FTKA 2OK2A 5CMBA 4C1UA 4NF4A 5KZTA 4FAJA 4PE5B 3K1PA 2DWAA 4RK2A 4H1XA 1H43A 2XXHA 4WKMA 1Y1ZA 3OOAA 5AA4A 4EQBA 4F2QA 1P1WA 1DTGA 2DWHA 2OCUA 4U1OA 3K1MA 3C32A 3S9MC 4OFLA 4N6PA 4E0WA 2DYXA 3ILUB 4NMYA 2QRYA 3FXUA 3TTMA 1SW5A 1IXCA 3U8QA 3T9XB 3M8UA 3Q29A 1B7HA 3FJ7A 1B4ZA 1Z7ME 1II5A 3OD7A 5ICQA 2ZXTA 4UACA 2UYEA 1GV8A 2DVCA 3O28A 5H8FA 3K00A 3KFMA 3RPWA 4IO5A 4HS7A 1NNTA 1D4NA 3VLWA 4WEDA 4YKJA 2UVJA 1P1QA 3T9HB 2XXTA 2XX9A 1P1NA 3SEUA 1OLAA 1QUJA 2VP1A 3QUFA 1N04A 4F19A 3UP9A 3MC2A 1FQEA 4QSCA 4DCYA 1ZBMA 4ZEDA 1EZPA 4NF4B 2AYSA 3QK6A 2RCBA 3RTFB 3DP8A 3V89B 1QUIA 4OYVA 4ELQA 1N3WA 3L6HA 1MS7A 2DE3A 1Y20A 5AA4B 1MQDA 4TLLB 4RY1A 2H25A 4RXLA 4BDMA 2RF1A 1B3LA 1DOTA 1TWYA 5JK4A 4M1VA 1LBCA 1MPBA 4ZEFA 3TFLA 5AA3A 4G77A 1F9BA 4AQ4A 1Y4TA 1LLSA 2V84A 2D3IA 4O3CA 5H8SA 4KHZE 1BP5A 2UVHA 3VLUA 2DQVA 1YPNA 3T9UA 5AA2A 4GOTA 1MPCA 3H6VA 1H76A 5DYHA 1QUKA 3UN6A 1B3HA 5H8FB 4F3GA 3DP4A 2VD2A 4IGRA 4ELRA 4F3BA 2ESNA 4GRKA 3ILTB 4U1ZA 1LFIA 1OIBA 5FHNA 5K2YA 1ZJLA 4KYEA 3VV5A 2PX1A 2HEUA 5I2KA 1BLFA 1US4A 4ZEBA 3OMBA 3K4UA 1QULA 4FIMA 1NH7A 5ITPA 4E0XA 4FATA 2E1SA 1Z7NE 3IJOB 1PB9A 1GR2A 4KPTA 2DWIA 3BKIB 3O66A 5I57A 3UORA 5M2VA 4H8JA 3H6UA 2I0BA 4F3SA 3SKPA 3RUMA 2GH9A 3RLFE 2ZMBA 1LCFA 3FGSA 5CMKA 1URSA 3HSTA 1T0KA 1PBPA 3PPPA 3TZAA 2Z8DA 1JW5A 4X9TA 1M5FA 5J1DA 1AOVA 2HCAA 4YB6A 3H3GA 1UTHA 2OWTA 5AA2B 3U1OA 1MXUA 3MBPA 4JDFA 5AA2D 1ZKBA 2X7QA 1USYE 4H5FA 2I6EA 3CFZA 1FTLA 3PUZE 4RA1A 5DVJA 4LZ8A 5KCJB 2P2AA 2Y7PA 3WAEA 2Q9TA 4RK9A 3O6IA 3H4ZA 5H8QA 1PBQA 1MPDA 2RINA 1M5DA 4LQ5A 2A5SA 3LC8A 3LBSA 3EHSA 3OSQA 1D9VA 2FA7A 4MLQA 4FEBA 4GIZA 2M8CA 4YKPA 4YB7A 3CG3A 3FUZA 3IB1A 3MP8A 1EZOA 2F36A 3GBBA 3SEYA 5I57B 4XXUA 3UK4A 4IY5A 4M4GA 5LOMA 1AIVA 2Y7IA 3TPAA 3CG1A 4R6KA 3O6GA 4NF5A 2QS1A 1MXXA 2OWSA 3PPRA 4WEPA 1FQAA 4HTGA 1LCTA 4JWYA 3K6VA 2DOJA 3PUWE 3IX1A 4L17A 1IZ1A 1A8EA 3PMXA 3PV0E 5HBCA 1JEUA 2V93A 3KN3A 3LSWA 2O68A 1VFDA 3V5AA 3FVKA 3ZKLA 4U2RA 1ZIUA 4GXAA 4ZS9A 1FW0A 4ECFA 5H8QB 5FHMA 1POTA 3K6XA 5IAIA 2BJJX 3TTKA 4JB7A 3B7DA 3FIRA 2Z23A 5CM6A 3ZS6A 1I6QA 4EDPA 4FORA 1POY1 4R6HA 2ZNUA 3UGWA 3KGCA 4ELOA 3FJMA 2R71A 3ONMA 1D3KA 1PB8A 1R6ZA 4YKIA 4BDQA 2RC7A 5CI5A 3FD3A 3MP1A 3VVFA 4NF5B 3UIFA 3QXMA 2DWJA 3R7XA 3VE1B 3SETA 2QL3A 2ONKE 1Y1MA 3OENA 3IORA 1P1UA 2XX7A 1UTBA 3E4RA 1A8FA 3SEXA 3CRBA 4KR5A 2F5XA 4H67A 4TOZA 3PPNA 2R6GE 4DIGA 1PB7A 2XD3A 3P7IA 3W9WA 3M3KA 1JEVA 4R2BA 2UVIA 2XXXA 3KOSA 3LSLA 1M5EA 4EXLA 4O3BA 3Q27A 3VXCA 1ANFA 4H0WA 1UIVA 3TMGA 3D4CA 1MQJA 5DVFA 3MVZA 4PP0A 2PVUA 2XXYA 1QVSA 4RJZA 4OERA 4XKQA 2O6AA 1TFDA 3VVDA 1FCKA 2ABHA 2QSXA 3B6QA 1ZTYA 4F39A 3K2DA 1MQIA 1IEJA 4ND9A 2XXPA 4RYAA 3O29A 1B52A 2F35A 2ZYNA 2RKMA 2W7YA 2DVZA 4LA9A 3S9NC 3OEKA 1MY2A 1MH3A 3I5OA 3KZGA 3KBRA 3QAXA 4ZZEA 3ECRA 3U94A 4YAHX 3OO9A 1SDXA 5BWJA 5CRYA 5F1QA 3K6UA 2QS2A 4ZE8A 2Z8EA 3C36A 4P11A 3KEIA 5I56A 1JVYA 2GFEA 2I4BA 3TDJA 2I3WA 1UTBB 3EQ1A 4P0GA 5I2NA 2ZYMA 3PPOA 3MAMA 4DXUA 4QF9A 4YB5A 3CSBA 3PU5A 1A99A 2O84X 1B0LA 1WDNA 2XXVA 2H98A 4NEDA 4ISUA 4ESWA 3LSFB 4R73A 4C1TA 2XD2A 3V8XB 3ZSFA 4POXA 4IB2A 1WODA 2V3TA 1B4HA 3TCGA 3QUJA 3Q26A 1GTKA 1MY4A 3IB0A 1B3GA 2RC8A 3BBRA 4XKRA 1CE2A 3IR1A 4BDNA 4POWA 2F78A 3HHFA 3I6VA 2H9BA 4PFUA 1Y3NA 1LGBC 2F6GA 4BDLA 4DZ1A 3E9XA 3T9VA 1XVYA 4EUOA 1YTVA 3EPEA 5BUUA 1PDAA 3H7MA 1N0TA 1JW1A 2P0SA 1B2HA 2I58A 1QKAA 4AB6A 1B40A 1P99A 5ISUA 1QKBA 4I62A 1FQFA 2AL5A 3VVEA 3RN8A 4IO2A 4Q0CA 1Y4CA 4ZDMA 5I56B 1Y9UA 1M5CA 4R2FA 3FZVA 1OLCA 4OWDA 1GGGA 5I2NB 1IUDA 4QFNA 4KYDA 3O6HA 5F7VA 4YMAA 2GHAA 4OTEA 2HZKA 4R6YA 1S9TA 4DE8A 3KSJA 2DSFA 2DXRA 4KCDA 1JW4A 3PD9A 2Z22A 2F6PA 5DVIA 2ALUA 1MH4A 5KCJA 4OVJA 4PFWA 1SYIA 1JQFA 3G3HA 3CSGA 5CMMA 2ANJA 3T66A 1LB9A 4NF8B 3S4UA 4NWDA 4GWOA 3VXBA 2H5YA 3D4GA 1AL3A 1XVXA 1VFEA 1B32A 2FNCA 4NF6A 1MM7A 5TPAA 1NNKA 4XKPA 4JBZA 1NFTA 3C35A 4MLVA 3PPQA 4JXIA 4ESXA 2I48A 1Q35A 3KSXA 2XXUA 3LUYA 4FJPA 1MY1A 1R9QA 4Q5TA 3V83A 2XHDA 3RT6B 1H3DA 4LONB 3IB2A 5EYFA 3MUQA 2HZLA 2NVUB 1B5JA 3K02A 2QMWA 3DP6A 1ZU0A 4GVOA 1LFHA 1B3EA 3USDA 4G68A 3DELB 4KCCA 5ICTA 1B46A 1SBPA 2F8DA 3OELA 4XIGQ 3S9LC 3R6UA 1NNPA 4KYSA 2H4IA 3HCQA 4WXJA 1JVXA 1EZ9A 3TODA 1TXFA 4ZE9A 4NE4A 1QJMA 5I58B 3BFTA 3C4MA 2OZZA 2QS4A 3G3IA 1B51A 3C31A 3IAZA 1MDQA 2YLNA 4FEDA 1SD3A 3FV2A 4MBPA 5ITOA 2O7IA 3W15C 3C34A 3KJ7A 5H8NA 4GL0A 3C9HA 4N07A 4OHNA 3E3KA 4ZZAA 4NF6B 3ODBA 5TPAB 4BDOA 3TCHA 4DLDA 4YU0A 1MXYA 4H8IA 4EF1A 1LAFE 3W9VA 3TTRA 4YKKA 3MJNA 3FVNA 1FQDA 1O7TA 3JYRA 3EF7A 2NOOA 1RYOA 1A55A 3CVGA 3FXRA 3OSRA 4I9DA 2R9JA 4Z0IA 1B1XA 4DXBA 4U4XA 4G68B 1MY3A 3QYTA 1RYXA 1BKAA 3KJTA 1ZLQA 1JNFA 2Q2AA 3FVOA 2E0SA 4QSDA 3U92A 2F97A 4QFOA 1N7WA 1OVTA 3HPIA 1OVBA 4F1YA 4OMBA 4YZZA 2YPNA 4QHQA 1LBBA 4TQUQ 1OQGA 2CZLA 2THIA 3N6UA 3CIJA 3PMVA 5H8NB 2HFBA 2V3UA 4OENA 1YAEA 2QS3A 4RPOA 3MZ9A 4H6DA 4EF2A 4R72A 3A3CA 2O1LA 3VDFA 4LUBA 3TELA 2V25A 5I59A 1B5HA 3LSXA 4IO7A 3HN0A 3K0VA 1FTJA 4DDDA 5H8HA 2OLBA 4GD5A 3CI8A 5FTIA 2PBWA 3IL1B 1XC1A 4YICA 2NXOA 2P1SA 4G8MA 1A40A 3RGYA 1DMBA 4GF8A 1MXWA 4F22A 4I8CA 4JWOA 2A5TA 4G4PA 3TTLA 1A7LA 3WAFA 5EHSA 4GQOA 3E13X 3BFUA 1US5A 3S2VA 2ZNTA 1D9YA 5TP9B 5L9OA 4F1VA 2DP8A 2O69A 2IEEA 4OQOA 1MG1A 4Q30B 4R74A 1XHYA 4IGTA 3HHGA 5FHOA 4LATA 3PUYE 3IJXB 1VR5A 2O7UA 3IO6A 1MXZA 1NH8A 2ZYKA 4X1BA 1B5IA 3AXFA 2Q88A 2XXWA 4Z7EA 2UVGA 5I59B 1KWHA 3F11A 1URGA 3KOTA 1DSNA 5H8HB 2FYIA 5IKBA 3OO6A 3GBAA 5L9MA 5DEXB 1HSLA 3C33A 1IIWA 3TQLA 1IITA 1NL5A 2HAUA 3G3KA 3GZGA 4QFLA 3HO7A 4HW8A 2B3FA 3RQTA 4RNSA 5ELVA 3T93B 1UIUA 2A5TB 4G8HA 4LZ5A 1B7ZA 4RPNA 1BIYA 2ONSA 2Y7KA 2RCAA 1RKMA 1YCJA 4DCXA 3FASA 2XXQA 3H6WA 1P1OA 5B7DA 2AIXA 1SYHA 1M5BA 2AL4A 1B7UA 3OEMA 1NNFA 1CB6A 3VFJA 1B1HA 1LSTA 1MM6A 1OQHA 4OEUA 4AB5A 4LVQA 4PFTA 4OETA 2Y84A 2QPQA 4NF8A 4JSDA 4OXVA 2Q89A 2ONRA 1H44A 4R75A 4FECA 3MPLA 1ELJA 2DXYA 3O9PA 3EN3A 4EQ9A 3K01A 3U72A 4F3PA 1TFAA 2GRVA 3MVXA 2Q2CA 4IO4A 1IQ7A 3CR9A 4GL8A 3MQ9A 1S7YA 5A5XA 2F7BA 4ELPA 4LZ7A 2QMXA 3B6TA 3JZJA 2D5WA 3MVYA 2ZYOA 3K6WA 5CMCA 3N94A 3U93A 1ZMGA 4R9GA 2LAOA 3FATA 3TUSA 1B3FA 1R1NA 3IOWA 1NMUA 1B0HA 2F7CA 3IK6B 3UA8A 4BLAA 2VD3A 2QJEA 3PUVE 4PETA 4OESA 5TU0A 3L6GA 3MPKA 1J1NA 3SESA 3G7WA 1URDA 1IXHA 3R26A 3RT8A 1SW4A 4QSEA 1MY0A 5CBSA 1O63A 3G3GA 2GHBA 1XOCA 4Q8RA 4F29A 2VHAA 3VLVA 2O51A 3DM0A 5B70A 1USYH 3OXNA 1BTJA 1N7XA 4G68C 2CMOA 2Y7RA 5I58A 2I3VA 1XT8A 1L5TA 1QW0A 1ATGA 1FTMA 4X1DA 4G2ZA 3QSLA 2RC9A 2KLFA 3RNNA 1MDP1 2V3QA 4OFOA 1LAXA 3FXQA 3JV9A 5L9SA 2O1MA 3MW0A 4ZEIA 1A54A 4MH5A 5A5XB 5KDTA 1VSOA 4P0IA 2G29A 2YJPA 2OJTA 1B9JA 1IXGA 4LP2B 4OFJA 3RY3A 2H99A 4BDRA 2VGQA 4O3AA 3CFLA 1DPPA 4U22A 2PMSA 4ZECA 1HSJA 5CC2A 1H45A 4IO3A 4MFIA 3Q25A 3A3UA 1SI0A 4ZEKA 4GFRA 3MVWA 1LB8A 3FV1A 3HV1A 3N5LA 4R9FA 3H6TA 4F18A 3N26A 4KI0E 1DTZA 4K3FA 4IO6A 3PMWA 1I6AA 4G8NA 2HXWA 4YMBA 4PFYA 3OO8A 2IA4A 3SERA 2WKYA 3MZBA 1PEBA 4NTLA 4GXSB 1FTOA 1SI1A 1PC3A 1SW2A 3G3JA 2DE2A 3O2AA 2B3BA 1N84A 1SQYA 5I2KB 3SEVA 1Y3QA 1GVCA 4X48A 2X26A 3IOUA 1SVXB 2XXRA 5AA1A 5EHMA 4U23A 3I3VA 4PQJA 3H03A 4LQ2A 3KN7A 1R9LA 5KDTB 4FE8A 3K1NA 1MXVA 3G3FA 3S9EA 2X7PA 4THIA 3DLNA 1N3XA 1UQWA 3GXAA 4U4SA 2NUVA 3KG2A 1LFGA 1IXIA 4XKNA 3ZKKA 1Y3PA 2REJA 3SEWA 4QFPA 1I6BA 3OO7A 2HQ0A 1B6HA 1I69A 4U21A 3TCFA 2Q8JA 3THIA 2G93A 3EHTA 4NWCA 3H06B 5JTYA 3T96B 1UTHB 5AE4A 2OBGA 4KFQA 2VOZA 5K2XA 3QIMA 4EXKA 3TQWA 4KD5A 3Q28A 2F7AA 5HM4B 5TP9A 2PT2A 2HAVA 5JEIA 2PT1A 3M3FA 3IO4A 1MQHA 4QRZA 4ONYA 5DT6A 3M3LA 3LR1A 1FQCA 1EU8A 2I49A 1NKXA 2REGA 3TTNA 4DXCA 4IY6A 4OEVA 4F1UA 2ZNSA 4OZ9A 3B6WA 3MP6A 1Q1KA 3PUXE 5CBRA 3IOVA 2PYYA 3TEPA 3PGFA 4MF3A 1MRPA 2XXIA 1AH5A 2B65A 2F34A 4F31B 3FJGA 5DEXA 2UYFA 2I4CA 1B58A 5HPQA 2I0CA 3TAJA 4I1DA 5DTBA 3TKDA 3MWBA 5I84A 4JSOA 4F2OA 1WVJA 1FQBA 1LAHE 2DS9A 1HSEA 4KQPA 2NWJA 4HCYA 1SW1A 3EHUA 5JTYB 4TLMB 5FTHA 3PD8A 5L8DA 4N13A 4H5GA 1B05A 2UXAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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