The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
GKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
1H and 15N NMR assignment and solution structure of the SH3 domain of spectrin: comparison of unrefined and refined structure sets with the crystal structure.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Cytoskeleton
|
| molecule keywords |
ALPHA-SPECTRIN
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| total genus |
13
|
| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-03-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DJQ A; 2CDT A; 4Y92 A; 3VS4 A; 2PZ1 A; 1KSW A; 2LJ1 A; 1TUC A; 3SEM A; 1M8M A; 2HSP A; 2NWM A; 2YT6 A; 3RNJ A; 2K3B A; 3KFV A; 4RTZ A; 1I07 A; 5GJW B; 1ZSG A; 2DRK A; 1RUW A; 1NEG A; 2YUQ A; 1PKS A; 1K0X A; 5FWB A; 1V1C A; 2RQR A; 2JM8 A; 2EYY A; 1M27 C; 1HSQ A; 1TG0 A; 1VYT A; 4CC7 A; 1ZUK A; 2JS0 A; 2OJ2 A; 2L3P A; 1YNZ A; 2EGC A; 1AOJ A; 1SPK A; 2HBW A; 2H8H A; 2FPF A; 1AD5 A; 1XOV A; 2L3Q A; 1FYN A; 3TSZ A; 2LNH B; 2J6K A; 1YP5 A; 2O9V A; 1UUE A; 2ENM A; 2CH4 W; 2FPE A; 1JO8 A; 4JJD A; 1VA7 A; 2CUD A; 2FEI A; 2DBM A; 1JXM A; 3I5R A; 1OV3 A; 1ZBJ A; 1M3A A; 2MIO A; 2FRY A; 1PRL C; 4LUD A; 4JZ3 A; 1ARK A; 1TUD A; 4DEY A; 1SSH A; 2JT4 A; 2VKN A; 2CT3 A; 1E7O A; 1OPK A; 2EPD A; 1JU5 C; 2ESW A; 3EG2 A; 3NHN A; 2AZS A; 2X3W D; 2KBT A; 2RMO A; 4J9D A; 3TVT A; 2KT1 A; 1M3C A; 4GLM A; 1AZE A; 2DRM A; 4RTY A; 4AG1 C; 2GTJ A; 2FPD A; 3R6N A; 3PE0 A; 4LUE A; 4Z89 A; 2A36 A; 4E6R A; 5I11 A; 1UTI A; 2D8J A; 4X1V A; 2LQW A; 4CC4 B; 3UF4 A; 2EQI A; 4RUG A; 2KYB A; 2VVK A; 4EIK A; 4A63 B; 2DL7 A; 5IH2 A; 1K4U S; 2CSI A; 2ECZ A; 5GJV B; 5HCK A; 1HJD A; 5L23 A; 1BBZ A; 2SRC A; 2BZX A; 1GBR A; 2MOX A; 1SHF A; 4D8K A; 1GL5 A; 2RQW A; 1VYV A; 1QWF A; 1CKB A; 2O88 A; 1GRI A; 4RTU A; 2K6D A; 4RTX A; 1SRL A; 1T0H A; 2HCK A; 2DL4 A; 3M0R A; 1E6H A; 3PVL A; 2C0I A; 4IIM A; 1GBQ A; 2RQU A; 2CH4 A; 1X6B A; 2QDL A; 4M4Z A; 2EYZ A; 1UEC A; 2JW4 A; 2AKK A; 1JEG A; 2DE0 X; 4OMN A; 2LX7 A; 2KEA A; 2DL8 A; 2K9G A; 2IIM A; 1ZX6 A; 2E5K A; 3VS5 A; 2DIL A; 2PNI A; 2DVJ A; 4F16 A; 3ZL7 C; 2NUZ A; 2J6O A; 2DBK A; 1J3T A; 1UGV A; 1K76 A; 2EVR A; 1AWJ A; 2ROT A; 2KGT A; 2F2X A; 1WYX A; 1CSK A; 2BZ8 A; 4HCK A; 2OAW A; 1UFF A; 2YUP A; 4J9F A; 2AKL A; 2L0A A; 2K79 A; 1UJY A; 3VS6 A; 3REB B; 2DX1 A; 1K9A A; 5ECA A; 1QKW A; 4Z8A A; 3I9Q A; 1YN8 A; 1ZUY A; 4J9H A; 5IHK A; 5IXF A; 1QKX A; 1PNJ A; 2JTE A; 1OEB A; 2KRO A; 1AWO A; 2YUN A; 2KE9 A; 1U3O A; 4RTT A; 2ROL A; 2GNC A; 2LMJ A; 1VYU A; 2SEM A; 1PHT A; 2KRN A; 1WXT A; 4D8D A; 3NGP A; 1UE9 A; 1BK2 A; 1KFZ A; 1WI7 A; 2D0N A; 2A28 A; 1I0C A; 1AEY A; 1NYG A; 2K7A A; 3EG1 A; 1GCP A; 1BB9 A; 2RPN A; 3U23 A; 3M0P A; 2LCS A; 5FWC A; 1WA7 A; 1UHF A; 2RQV A; 3LH5 A; 1K1Z A; 2J7I A; 4HXJ A; 2BZY A; 3VRY A; 4F14 A; 3VRZ A; 1YWP A; 5I22 A; 2ED1 A; 2PTK A; 2KRM A; 4F17 A; 2ABL A; 3EHR A; 2YUO A; 2JS2 A; 2EBP A; 1U06 A; 1MV3 A; 3H0H A; 2RQT A; 2X3X D; 2XMF A; 5IHN A; 1RLP C; 2KR3 A; 1WLP B; 2FRW A; 4OML A; 2DYB A; 4RTW A; 3FJ5 A; 1X27 A; 5EC7 A; 2CT4 A; 2JMC A; 1NG2 A; 3UAT A; 1HD3 A; 1KJW A; 2JM9 A; 3M0S A; 3TSW A; 4IIO A; 3VS2 A; 2D8H A; 2LZ6 B; 2J06 A; 1H92 A; 1BU1 A; 3QWY A; 2A37 A; 4HVU A; 1CKA A; 4J9G A; 1GCQ A; 1IO6 A; 1WXB A; 1YCS B; 4AFZ C; 2CSQ A; 2RN8 A; 4DEX A; 3VS1 A; 3C0C A; 4K11 A; 2L3S A; 1SRM A; 3IQL A; 1X2Q A; 4CC3 A; 1OPL A; 1W6X A; 1NM7 A; 1W1F A; 1I1J A; 2FO0 A; 2O2O A; 2EW3 A; 1UHC A; 2JXB A; 2LJ0 A; 1B07 A; 2DM1 A; 3H0I A; 4AFQ C; 1UG1 A; 3M0Q A; 1JQQ A; 2DLP A; 4OMQ A; 4OMO A; 1WX6 A; 2A08 A; 1T0J A; 3I35 A; 3EHQ A; 2G6F X; 2EYW A; 2GBQ A; 1WFW A; 1T3L A; 4AFU C; 2FG0 A; 2GQI A; 1NEB A; 2D1X A; 1PKT A; 3RBB B; 1M30 A; 2KYM A; 1Z9Z A; 1ZUU A; 1SHG A; 2M0Y A; 3VS3 A; 4JZ4 A; 1UJ0 A; 1WXU A; 1K0S A; 2J6F A; 2CRE A; 2OI3 A; 3NMZ C; 2GTO A; 3UA7 A; 3VS7 A; 3JV3 A; 4HVW A; 1QCF A; 4LNP A; 4CC2 A; 1QLY A; 2J05 A; 2JMA A; 1NYF A; 1GFD A; 4J9B A; 2KXD A; 2AK5 A; 4OMP A; 2F2V A; 4JJC A; 1G83 A; 3ULR B; 1T3S A; 2F2W A; 1JXO A; 3EG3 A; 1YWO A; 2DL3 A; 2W0Z A; 1A0N B; 5FW9 A; 4JPB W; 1AZG B; 2KT8 A; 1ZLM A; 2B86 A; 1RLQ C; 2KNB B; 1QWE A; 1EFN A; 2DA9 A; 3SHW A; 2DL5 A; 4FSS A; 3M0T A; 3NPF A; 2RNA A; 4J9C A; 1ABQ A; 4R0K A; 1H8K A; 1PRM C; 1X69 A; 1X6G A; 2M51 A; 4GBQ A; 4RTV A; 1U5S A; 2HDA A; 1GFC A; 2BTT A; 1X43 A; 3CQT A; 2KRS A; 4KRT A; 4AFS C; 2ED0 A; 2C0T A; 3H0F A; 2LJ3 A; 1GCQ C; 1MUZ A; 1SEM A; 1E6G A; 1PWT A; 2EYX A; 4J9E A; 4LE9 A; 2GGR A; 4ORZ A; 3UA6 A; 4AG2 C; 1RI9 A; 3EG0 A; 2EGE A; 5IXB A; 3H41 A; 4JJB A; 1Y57 A; 3QWX X; 1KIK A; 1S1N A; 1WDX A; 4ZNX A; 1AWX A; 1OOT A; 2CUB A; 1UDL A; 3PVQ A; 1AWW A; 1M3B A; 2DNU A; 1B3Q A; 4OMM A; 3EGU A; 2DF6 A; 4J9I A; 3REA B; 1H3H A; 2EGA A; 2W10 A; 1MV0 B; 1AVZ C; 2L2P A; 4ESR A; 2LP5 A; 2YSQ A; 1X2K A; 1FMK A; 1NLP C; 2YDL A; 3THK A; 1NLO C; 2P4R A; 2LQN A; 2O9S A; 2HEQ A; 3GBQ A; 2VWF A; 3VS0 A; 1G2B A; 1W70 A; 1ABO A; 2DMO A; 3A98 A; 2C0O A; 2I0N A; 2V1R A; 1Y0M A; 4LN2 A; 3O5Z A; 3I5S A; 2KXC A; 4HVV A; 3M0U A; 2O31 A; 2EKH A; 2MCN A; 4Z88 A; 1WIE A; 2V1Q A; 2AZV A; 4QT7 A; 1LCK A; 2RF0 A; 1N5Z A; 2K2M A; 4WCI A; 5IHI A; 1Z9Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KSS A; 3QO3 A; 2C06 A; 1C6V X; 2PZ1 A; 2LJ1 A; 1TUC A; 3MEV A; 2D0Q B; 2GFU A; 2NWM A; 2YT6 A; 3LLR A; 4JUV A; 1RAE B; 3RNJ A; 3QYG B; 1LJO A; 3RR6 A; 5GJW B; 4B9W A; 4JS4 A; 1ZSG A; 2PU9 B; 4XQ3 A; 1RUW A; 4F04 B; 1PKS A; 5FWB A; 1KHI A; 4M77 G; 4IUU A; 1WHG A; 3EG9 B; 1U1S A; 2V26 A; 1HSQ A; 1VYT A; 3EH2 A; 7AT1 B; 1M90 C; 2JS0 A; 1TU0 B; 2KDS A; 4PK4 A; 1G5V A; 4M7A C; 5GAN h; 2QQS A; 4JJD A; 1X01 A; 2MIO A; 4LUD A; 4A4E A; 1ARK A; 1TUD A; 4DEY A; 2CT3 A; 1E7O A; 3MEW A; 5KYN A; 2EPD A; 1JU5 C; 2CGH A; 3NHN A; 3CBM A; 1JB0 E; 2DRM A; 1M1F A; 2OTL T; 3PE0 A; 1Q95 G; 4E6R A; 2HL5 C; 4DBF A; 4X1V A; 2EFI A; 1BIA A; 2LQW A; 1KQS S; 5GAN 3; 4OB3 B; 3VYG A; 3MEU A; 1OUL A; 3V8K A; 5GAN j; 2VC8 A; 2BZX A; 1VQO A; 1K8A C; 2E1H A; 2MOX A; 5KCH A; 3A8O B; 1SKU B; 4PNO A; 4BE0 A; 2K5F A; 1SHF A; 3HFO A; 4M75 B; 2RQW A; 1VYV A; 2FHD A; 2QXF A; 1QWF A; 2CZ7 B; 1GRI A; 1VQL A; 1ZA1 B; 1VQ9 T; 2DAQ A; 1N9R A; 1VIE A; 3CCJ Q; 1Q82 R; 2CP7 A; 4C92 G; 2QEX T; 3CCQ A; 2RQU A; 3OA6 A; 5IT9 E; 1Y71 A; 3ER0 A; 2LVM A; 3QII A; 4BY6 C; 3EH1 A; 4N0A C; 3CC4 T; 2COZ A; 3LGF A; 2CKK A; 3NTH A; 1SG5 A; 5D6Y A; 3M4G A; 3KBG A; 2MF2 A; 1ZQ1 A; 4B6M A; 2DBK A; 2XID A; 4KT0 E; 2KGT A; 2F2X A; 5GMK h; 3CC4 A; 1WYX A; 2ZPB B; 2BZ8 A; 2RM4 A; 2ZZD A; 1UFF A; 2KVQ G; 3CPW P; 3CCL Q; 4C0G A; 4A4F A; 4PJO G; 4J9F A; 2O4X A; 3I56 A; 4KGZ B; 3X20 B; 4ELZ C; 2L0A A; 4MML A; 2OAU A; 1UJY A; 2X35 A; 1ZSZ B; 2DX1 A; 5ECA A; 2XIC A; 1ZUY A; 3QDR B; 4J7I A; 1PNJ A; 2JTE A; 4IUR A; 1Q82 U; 2ROL A; 1TUG B; 1PHT A; 2RJF A; 2YRV A; 4HT9 A; 2QG9 B; 1TSF A; 2LCC A; 1NPP A; 4D8D A; 3NGP A; 4C8Q B; 1VQ6 Q; 1UE9 A; 3VUB A; 3JCM e; 1YIT A; 2K7A A; 3EG1 A; 1BB9 A; 2DJZ A; 3U23 A; 3OYI A; 1VQK Q; 4M78 F; 2AT1 B; 2HQH A; 1WA7 A; 3C94 A; 3I55 A; 1UHF A; 2J7I A; 4F14 A; 1QVP A; 2P0Q A; 1N8R R; 2PTK A; 3A5Z B; 3GNF B; 1H3Z A; 5GAM j; 2ABL A; 3H0H A; 2RQT A; 2X3X D; 1OZ3 A; 5IHN A; 2BIV A; 1BI3 A; 1M1K R; 1N8R C; 4BDZ A; 1OU8 A; 1K9M U; 5KYW A; 4RTW A; 1IB8 A; 2XU8 A; 2KMT A; 1YI2 T; 5D7U A; 1RAH B; 4LDX A; 1OX8 A; 1G8X A; 3CCJ T; 1M2V B; 2JM9 A; 1YJW Q; 3G7Z A; 2ZCF B; 3MKD A; 2QA4 T; 1H92 A; 2J06 A; 1FMW A; 1CKA A; 2M9U A; 1IZ6 A; 4DQ2 A; 3JCM W; 2CSQ A; 3OYB A; 2RN8 A; 1YJ9 A; 2VGM A; 2HMA A; 2LT4 A; 2RK1 A; 4M75 E; 3C0C A; 3CXC S; 1TOV A; 4K11 A; 2HBP A; 3CXC A; 3AHU A; 5DM7 R; 1W6X A; 4E7H A; 2QQ9 A; 1I1J A; 1Q81 U; 1MMD A; 3HHT B; 3CPW A; 4C5H A; 1B07 A; 3BW1 A; 2DM1 A; 2CP5 A; 2RJD A; 3ZFJ A; 4AFQ C; 5A0L A; 3M0Q A; 4M75 D; 3P8B B; 4L5G A; 2HL3 A; 3TQ7 P; 1XJW B; 2RI5 A; 3CME Q; 4MMK A; 4EMK B; 3CMA T; 2G6F X; 1WHK A; 2GBQ A; 1VQM A; 2COW A; 2YHT A; 4JRQ A; 1NEB A; 4NL2 A; 3RBB B; 1AHJ B; 2CP3 A; 1ZUU A; 1KQ2 A; 5CR2 A; 1I5O B; 5FU7 C; 1M4Z A; 3MJX A; 1VQ6 T; 1UJ0 A; 1YFN A; 2OI3 A; 1QVG A; 1TTH B; 1R77 A; 4HVW A; 1QCF A; 1NYF A; 3RKW A; 3OYD A; 1M1K C; 2V8K A; 2NYS A; 3G6E Q; 1Q81 R; 4OMP A; 2F2V A; 3A8M B; 4E47 A; 4JJC A; 9ATC B; 1G83 A; 3ULR B; 1JXO A; 2I2L A; 3UDC A; 1OI1 A; 4JPB W; 4ZTJ A; 2B86 A; 2KNB B; 1QWE A; 1VIF A; 3SHW A; 3X28 B; 2CZ1 B; 3OY9 A; 2NLU A; 1RAF B; 5GAM d; 3OSV A; 3CD6 Q; 2KQW A; 1X6G A; 2M51 A; 2OTJ T; 4GBQ A; 5CQX A; 4RTV A; 1VQ5 T; 5A2Q E; 2HDA A; 3M58 A; 4BD3 A; 1R0B G; 2K3Y A; 4M7D C; 2E70 A; 3ZBD A; 2ED0 A; 2LX9 A; 2PUK B; 1YJW T; 3JB9 F; 2D6F A; 4BY6 B; 1MUZ A; 2WSF E; 3I55 Q; 2G3R A; 2EYX A; 4J9E A; 1QCO A; 2GGR A; 4II1 A; 4LE9 A; 3UA6 A; 4AG2 C; 4DOW A; 1YIT Q; 1VQ9 Q; 3H41 A; 4EMK C; 3FB9 A; 4ELY C; 1R0C B; 4EMK A; 1KIK A; 3WVE B; 5GAN 8; 1IRE B; 4PJN A; 1AWX A; 2DTO A; 3L2W A; 1SF9 A; 2JOY A; 4M7D F; 3OYF A; 3CCV T; 1MMN A; 2CUB A; 2EWN A; 4J6X A; 5IAY A; 1YI2 Q; 2DNU A; 5CKB A; 2DIG A; 4QVD A; 4J9I A; 2DF6 A; 3REA B; 2EGA A; 3I56 Q; 5FRN A; 1AVZ C; 2OTL Q; 2GCX A; 3CCL A; 2LP5 A; 1QW1 A; 1G3W A; 1NLP C; 1D3B B; 3THK A; 2P4R A; 4BB7 A; 4M7A F; 2VWF A; 1YIT T; 3URG A; 1ABO A; 1PSE A; 1EIF A; 1VQK T; 2I0N A; 4C92 D; 1Y0M A; 4PJO A; 4M77 B; 3O5Z A; 2RH2 A; 4HVV A; 2O31 A; 3FC3 A; 2AZV A; 4QT7 A; 3GNG A; 4JS5 A; 4WCI A; 4C8Q A; 3RKX A; 2NUT A; 5GAM h; 2CDT A; 1PSF A; 5AT1 B; 2CS7 A; 1M2V A; 5CKH A; 5GAN d; 2HSP A; 4JJN K; 3NTI A; 4RTZ A; 3KFV A; 3HP9 A; 5CIU A; 3L42 A; 2QA4 A; 3FIF A; 2DXT A; 1RAC B; 3OYH A; 1NEG A; 2YUQ A; 3OYG A; 2RQR A; 2IG0 A; 2EYY A; 1M27 C; 2OTJ A; 2RHU A; 4CC7 A; 2LDM A; 2DO3 A; 4ME7 A; 3EAE A; 5J3B A; 1ZUK A; 4EDU A; 2OJ2 A; 2RO0 A; 1JJ2 A; 2EGC A; 1JJ2 S; 1YBY A; 2H8H A; 2FPF A; 1AD5 A; 1W4S A; 2L3Q A; 2LNH B; 5HK0 A; 2XHC A; 2V8J A; 4RKU E; 3JCM h; 2J6K A; 4XU3 A; 2O9V A; 1KQ1 A; 3OMG A; 4EMG A; 4J7F A; 3VUZ A; 2E6N A; 3V7R A; 2D9T A; 2DBM A; 1M3A A; 4KUD K; 1PRL C; 2NUP B; 1Q7Y C; 1F1B B; 4JZ3 A; 5LJ3 g; 4C92 C; 3CME T; 2VKN A; 4NS5 A; 3EGX B; 4AT1 B; 3OW2 A; 4LD6 A; 3HSB A; 3OMC A; 2KAF A; 2DYI A; 2DXB A; 2AZS A; 2RMO A; 3TVT A; 3G71 T; 4IUP A; 4RTY A; 4AG1 C; 1D0X A; 1FX7 A; 1TS9 A; 2FPD A; 3PNW C; 4A53 A; 3CCM Q; 3HFN A; 4Z89 A; 5DY9 A; 1UTI A; 5KE3 A; 3H9N A; 4RUG A; 3TCJ A; 3OBW A; 1Q81 C; 5GMK e; 4A63 B; 3MP6 A; 3PFS A; 4FYY B; 2RHY A; 1AT1 B; 1BYM A; 1YJN A; 5GMK j; 2QA4 Q; 1G3S A; 4M75 C; 3A8H B; 4D8K A; 3S3O A; 4JRK A; 1QMC A; 2QI2 A; 2CZ6 B; 1S72 Q; 2O88 A; 1RAG B; 2EQK A; 4RTX A; 1X6O A; 1SRL A; 3M0R A; 3PVL A; 2YRD A; 3OS0 A; 3CC2 A; 2AKK A; 3M9Q A; 4RMO A; 2X4W A; 4C8Q C; 2RA2 A; 1TWB A; 2DIL A; 4DOV A; 2NUZ A; 3SWN A; 1WJS A; 2FZG B; 2J6O A; 4XU2 A; 1AWJ A; 4JDS A; 3LWI A; 1RAA B; 4PJO F; 1CSK A; 4C0F A; 4MDX A; 2K2V A; 3JCM c; 5CO7 A; 2QTV A; 3A8G B; 4KGV B; 3J80 E; 2MI6 A; 5GAO l; 4PFP A; 2K79 A; 4M77 C; 3VS6 A; 5GAO q; 3REB B; 1XTD A; 2DKG A; 1QKW A; 4Z8A A; 2XG8 D; 2DEU A; 5IHK A; 4N0A A; 1OEB A; 2YUN A; 2EKO A; 1N6A A; 2LMJ A; 1VYU A; 2SEM A; 4J6W A; 2H3J A; 3ME9 A; 4FYX B; 3I56 T; 2KRN A; 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