1AIDA

Structure of a non-peptide inhibitor complexed with hiv-1 protease: developing a cycle of structure-based drug design
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
publication title Structure of a non-peptide inhibitor complexed with HIV-1 protease. Developing a cycle of structure-based drug design.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1aidA00
3D1XA 5P0OA 5SZ9A 5HE5A 4NPUA 1G0VA 1BILA 2AQUA 5P5TA 9HVPA 3EKPA 3MSKA 3KFPA 4Y4JA 1BDLA 3OQAA 1KJGA 1VIJA 5OYUA 4J1CA 1CMSA 2WEBA 1OEXA 3OUCA 4MC2A 5P8FA 5P4BA 4APRE 3S56A 5OZSA 5P0UA 4B78A 1W5YA 2V16C 5KQZA 4U7QA 4I8WA 1AAQA 3DUYA 4A6BA 2WF3A 2SAMA 3UDJA 1WBMA 5P4RA 3EL0A 4OBFA 1PPLE 4EJ8A 4LAPA 4OD9B 1HVSA 3F9QA 2PC0A 2G27A 3GI4A 3UQPA 3JW2A 5P7RA 3LPJA 5P1JA 3Q70A 2PYNA 1MT9A 1HBVA 1T6GA 4FIVA 5P7TA 4Z22A 4Y5LA 3OQ7A 2PYMA 1F7AA 2AOHA 5P6YA 4ZLSA 1OD1A 1A8KA 5OZ0A 3DV5A 3PB5A 4I0IA 3IGBA 1MSMA 5P0XA 4DJOA 5P6XA 2I4WA 5KOSA 5P5KA 1IVQA 3FSMA 4QJAA 3RSVA 3SA5A 2WEZA 2IKOA 3RSXA 5P4QA 5P5EA 3SA4A 5P4EA 2AVVA 1NPWA 5P3XA 1NPAA 3C9XA 2Q3KA 5E5JA 2QD8A 1ZAPA 1FQ5A 3OXWA 4NJSA 3OK9A 5OYXA 5P5DA 5P2AA 3GI6A 1HVLA 2QI7A 3OUDA 4Y9WA 1GVVA 5P2OA 3VF5A 5P45A 5P09A 2QZXA 1VIKA 4R91A 5P67A 1ZPAA 4FRKA 3EKTA 1IZEA 1EPNE 5P4NA 3T3CA 5P65A 4QGIA 3K5DA 2XFIA 3OQFA 3O9DA 3APRE 5HCTA 5P31A 4CP7A 3KT5A 3VLAA 1C70A 2ZGAA 5P1UA 4M8YA 1EBKC 2IDWA 3CIDA 2P3BB 1HIVA 1MTRA 5P2HA 4I10A 5P3WA 4APEA 1SMRA 5P6NA 2G69A 1D4SA 4A6CA 2Q15A 1QDMA 1HVHA 5JG1A 4Z4XA 2PK6A 3HDKA 3OTSA 4K8SA 5P3SA 2NR6A 5P6KA 5JFPA 5P35A 5P5UA 5DR1A 3G72A 3ST5A 3UDRA 4Y50A 4FLGA 4RZ1A 1B11A 2JJJA 4KB9A 2P8HA 1ODWA 2OHMA 5P8GA 5KR8A 5IE1A 5P0LA 4J1IA 3SM1A 2G22A 2QP8A 4AA8A 2RSPA 5AH6A 3MSLA 3L5DA 4PZXA 3UDYA 4HDFA 1AM5A 1OEWA 4EJDA 5P7EA 3ZKNA 3OAGB 1HRNA 5P4JA 1B6JA 4Y3XA 4FRIA 4YDFA 2AZCA 4EJLA 3L5EA 3LITA 3LIZA 1FQ6A 1SIVA 3L5CA 4D88A 4EHCA 3O9FA 3QROA 5OZVA 1APTE 3GI0A 1ZPKA 3LZSA 5P5GA 2WJOA 4Y51A 2AOIA 2VIZA 3D3TA 2WF4A 4E43A 3LIXA 2QD7A 5P19A 3TKWA 5OZRA 2QHCA 3PSGA 4YD5A 3KN0A 3LZVA 5BRYA 5P1YA 4DV9A 1PSOE 4DPIA 3NWXA 3VFBA 5DGWA 1K1TA 2PMAA 3BXRA 1LYBB 5P7NA 4Y47A 1MRWA 3UDNA 4RRNA 5OZ6A 5P18A 3L59A 3IVIA 1QBUA 2FGVA 2V12C 5P1OA 3ZMGA 1RPIA 3HVPA 5P7BA 3VSXA 5P6FA 2R9BA 3URLA 3OUBA 2O4PA 3KDBA 3I6OA 5P8NA 5P3LA 4ZSQA 4COEA 4PZWA 4ZPGA 4DUSA 4S1GA 4Y4XA 5P5HA 4OBHA 5P7GA 2QD6A 3VV8A 3K5CA 2NNPA 1QBRA 4B77A 4CPRA 4WTUA 3PJ6A 4J0YA 4L7HA 5P3GA 1GNOA 5P56A 5P8MA 5P77A 3EL4A 3NU5A 3EC0A 4R95A 5P5IA 2ZJMA 3SA9A 1XL5A 5P44A 2F3EA 2XFJA 5P2IA 3KFSA 1TW7A 4JECA 5OZ2A 1IZHA 3BUFA 4PEPA 1K1UA 2ER0E 3RTNA 4GJ6A 4OBKA 1APWE 3VV6A 4Y5KA 1TSQA 5P33A 2PSGA 5P68A 2HB3A 2NXMA 3DCRA 3PGIA 4L6BA 5P3KA 4LBTA 4L1AA 5I3WA 1TZSA 3FX5A 5P7LA 5P06A 5P2WA 3NU3A 3OU1B 1A9MA 4JOOA 4Y3EA 5P8TA 3OXCA 5P7QA 4EWOA 1E82E 3GGUA 4Y45A 5P1HA 5P74A 2OHPA 3LIVA 2P3AA 1M0BA 3EMYA 5P11A 5P6UA 5COPA 2QI3A 3WB5A 4B1CA 2PH6A 3BC4A 5P4UA 4Y58A 3OADA 1FEJC 1FQ7A 1MPPA 1TQFA 5P0BA 2ER7E 3SKFA 3O9LB 3HVGA 4GYEA 3K1WA 1YTGA 4MC1A 4Y54A 5P5WA 3FKTA 2ZJLA 2R3WA 1GNNA 2CEMA 5P12A 5OYRA 5COOA 2J9KA 4QJ9A 3VG1A 2B42A 4Y37A 4UPJA 4Y53A 3WZ8A 4CPXA 5OZJA 3TKGA 3U71A 2IL2A 1ZSFA 1GVTA 3CYXA 1M4HA 1IIQA 2MIPA 4EYRA 5P4DA 3U7SA 5P3EA 1PSNA 5P55A 4CPUA 3S2OA 4CPSA 4GIDA 5P4YA 4JPCA 1ME6A 5P69A 2G26A 3PWMA 3UFLA 1HVIA 4NKKA 4Y5NA 3O9IA 4Q1YA 3URIA 5P6JA 1Z1RA 5P8VA 3LZUA 2QZKA 2G1YA 2QZWA 1BXQA 2QMDA 1FMXA 2FMBA 2O4NA 2VNMA 2HPFA 5KOQA 2PWRA 2BPXA 5P3OA 1DAZC 5P1MA 3QBHA 4Y3GA 4YDGA 4LHHA 1KJHA 2WF2A 3T7QA 4DQEA 1XN2A 4Y3FA 5OZ9A 2Q55A 4YOAA 4Y44A 4EJKA 4Y36A 5ISKA 1IBQA 4DJUA 4K4PA 1D4KA 5SXNA 1EPQE 3TNEA 3QIHA 5COKA 3BGBA 2R5QA 3K5FA 4FM8A 5P1RA 5CLMA 5P2KA 3LZYA 4I0GA 3DJKA 2ZHTA 1EPLE 2VIYA 5HVPA 5P37A 3SPKA 5P05A 3T7XA 2PQZA 5P8HA 5P8CA 4A4QA 1BWBA 3I2LA 5P2LA 5AHAA 5P3DA 1ZBGA 4Y3QA 3UDKA 4DJRA 4B1EA 5P66A 2AVSA 3MXEA 1HPSA 2R5PA 5P5CA 4DI2A 5P08A 1F34A 5P0VA 4KUPA 5P5QA 3Q4BA 1FGCC 1T7JA 3GGAA 3PM4A 1BWAA 5E5KA 2UY0A 3O9CA 4OD9A 5P1GA 1B6PA 2EWYA 4Y4GA 5ENMA 3CIBA 5OZ4A 2RKFA 1BV9A 4HDBA 3UDMA 3H0BA 2NTRA 2ZHUA 3QRVA 3OU4A 5ER1E 3DM6A 5DR4A 3OOZA 3NDWA 4YHQA 4YBFA 3NU9A 4NPTA 2OHQA 5P83A 3OU3A 1BVGA 2Q11A 4FAFA 1WKRA 2AVOA 3L58A 5P4GA 3EL1A 2B7FA 5HE4A 1NSOA 2QNNA 4RVIA 5OZ5A 1PPME 2R38A 4GJAA 5P6EA 5OZXA 5P1SA 4FSEA 4Y3YA 5IS4A 5P89A 1D4YA 4BELA 3L5BA 1NPVA 3T6IA 5OZLA 5ISJA 2WEAA 5P2NA 3K5GA 2ZHSA 4J1EA 5DGUA 5P85A 5P7WA 3IXOA 1MEUA 4LL3A 5P8DA 4Y57A 3PI5A 5P2EA 3FNTA 4XKXA 2VIEA 4J0TA 5JODA 2F3KA 1EC0A 2P4JA 3NUJA 5P01A 1HOSA 3VLBA 2B8LA 1LEEA 1XE6A 3OHFA 5P8UA 3TPRA 1SDVA 4Y4ZA 3WZ6A 4KE0A 5IVTA 3DK1A 4DQFA 1FMBA 2G1RA 3QRSA 4J1FA 2OHUA 4X2LA 1FMUA 2P3BA 4Q1XA 5P7VA 4DQBA 4X7IA 5P6BA 2HS2A 5P22A 1BDRA 3VUCA 2QI4A 5P2BA 3SA8A 1D4JA 3PSUA 1BIMA 3KM4A 4PPHA 2HC0A 5P42A 2ZHVA 1ODXA 5P20A 4Y3MA 1XDHA 5P46A 4DJPA 5P02A 2H6SA 3R0WA 4RGHA 5P2MA 5DQ1A 4F75A 3EBZA 5P52A 1TSUA 1G6LA 3INDA 3OUAA 3QBFA 5P13A 5P64A 3LHGA 3ECGA 5P1BA 2QNPA 4CPTA 4XX3A 4FE6A 3FNUA 3H5BA 2QU3A 3FNSA 1HEFE 5P2TA 5P2JA 4Y3LA 5P7UA 1QBTA 2CEJA 1G2KA 3NXNA 5P1EA 3T11A 3OAGA 3UDPA 5P3IA 1K6TA 4WY6A 5P48A 6FIVA 3BVBA 5KQFA 3EXOA 1YTJA 5EZXA 2HIZA 4EP3A 5P1CA 5P3HA 4QLHA 3TTPA 3CKTA 5P5LA 4FM6A 5P8AA 1D4HA 5P54A 1XE5A 4M8XA 4Q1NA 1HSIA 2PWCA 1MT7A 2IEOA 1EPME 3CMSA 4H3JA 3SA6A 4D85A 5P4HA 3HD8A 1B5FB 5HD0A 4CPWA 5P6LA 4YBIA 4YE3A 1HWRA 5OZ1A 1MESA 1LYBA 3UTLA 2V13A 5CONA 5P84A 3QAAA 4DVFA 5OYQA 5P88A 3M9FA 3SQFA 5P1QA 4GJDA 1N49A 4EP2A 1D4LA 5P62A 1WBKA 5OZ8A 5P1KA 2WF0A 4OBZB 3S43B 5P28A 2AZBA 4AMTA 2FGUA 1W51A 1IZDA 1XL2A 2NXLA 5P7ZA 3PBZA 3I7EA 1W5XA 4DQGA 3OQKA 5P47A 3PHVA 3O9EA 5P7JA 1SGUA 3UDQA 2AOFA 5HU1A 3SA3A 4ZSPA 2HPEA 2QMGA 2AOGA 2G1NA 5AHBA 2I4XA 2G1SA 4D83A 1CPIA 2RKGA 3KA2A 3KF0A 5P5VA 2Z54A 3N3IA 5KQYA 4F74A 5HDVA 2IENA 5P30A 5P6SA 4OC6B 2V00A 3OWNA 4HLAA 5P58A 5P03A 3DCKA 4FGXA 5P7HA 2QAKA 2NXDA 2FLEA 2WF1A 5OZBA 5KAOA 3LINA 3WZ7A 1FQ8A 1QS8A 2FDDA 3OXVA 4CPQA 1LYAB 4JP9A 1W6HA 4B1DA 3IN3A 1JLDA 4Q5MA 4DFGA 5P2YA 3UQRA 4RVXA 1BAIA 2R43A 1FB7A 3NSHA 5OZYA 3PLDA 5SY3A 5AHCA 2OHLA 4Y4EA 5PEPA 2Q54A 1U8GA 4H3GA 4QJ7A 4OBGA 5B18A 5OZTA 1RV7A 5P72A 5P25A 4Y5MA 1SGZA 4I0EA 3OU1A 5P8KA 1AIDA 3OTYA 2BBBA 3EKYA 3RTHA 4GJCA 5P1WA 5BWYA 2ZDZA 4FRJA 4Y38A 2AZ8A 5AH9A 2PSVA 5P4XA 2HB2A 3SACA 3NLSA 2VA7A 1DMPA 4R93A 4R92A 5HDZA 1HXWA 4ER1E 1G35A 1C6YA 1EBZA 3O9LA 5OZMA 5P6WA 1EPPE 3RVIA 3SFCA 4Y41A 5P26A 5P6GA 5P73A 2O4LA 7UPJA 2F80A 2HB4A 4RVJA 3INHA 3AUPA 3APPA 3SABA 4Y3TA 5OZ7A 1HPVA 2P83A 5P0YA 4GJ9A 5P8BA 5P8SA 5C9BA 1KJ7A 5P6PA 1NH0A 5P7SA 5P4SA 3JVWA 1RQ9A 5P1NA 3QVCA 4GZFA 4R5NA 2A4FA 1A8GA 3PWWA 1LYWB 4RRSA 1ZTZA 1IDAA 3DV1A 4I0DA 3EL5A 5P0HA 1AVFA 3UDHA 5ER2E 4ZSRA 4U8WA 5P0AA 3BGCA 1HVJA 1QRPE 1HTFA 5OZIA 3KFNA 4Y4BA 2QZLA 5P59A 1KJ4A 4K9HA 5IVSA 5P23A 3VF3A 1B6LA 5P3YA 5P4MA 2OHSA 2BPWA 3VEUA 5OZPA 2ZYEA 4ACUA 4TRZA 5P14A 4B05A 4BFDA 2P3CA 2NPHA 4RLDA 5P0IA 4RYCA 5SY2A 5DR8A 4H1EA 4OBDA 3QVIA 1EPRE 3OHHA 5P4VA 3UF3A 4F73A 5DQ2A 3ZKXA 4GB2A 2O40A 3O9AA 5OZZA 3PCZA 2Q63A 4DJWA 4DJQA 4ZIPA 5P6OA 1GVUA 1LF3A 4GJBA 1YG9A 4GMIA 5OZNA 3TOHA 2BPZA 1YM2A 1B6KA 2NMYA 3O9BA 1BV7A 3NU4A 1HTEA 4Y48A 1EAGA 1K6VA 1E80E 1RL8A 3SM2A 5P41A 4HEGA 2I4UA 1IZIA 2BKTA 4Y39A 1GKTA 5P75A 5P0RA 4DJYA 3Q3TA 5OZCA 4PHVA 3EKQA 1SBGA 3PI0A 1ZLFA 2F3FA 5P49A 3ER3E 5P8JA 3HBOA 2R8NA 2FS4A 5P78A 5P7OA 1ODYA 4LP9A 1T7IA 2ZJHA 1TCXA 3KFRA 4DQHA 5P39A 2I0AA 1EBYA 4EXHA 2AOEA 3S45A 2Q64A 5P0SA 3EKXA 3Q6YA 3JVYA 2ER9E 4HVPA 5P50A 4Z2ZA 2J9JB 2IGXA 1MSNA 4J0ZA 2HS1A 2AOJA 2XFKA 2QNQA 3B80A 5P4TA 5P5PA 2AODA 3LPIA 2VNNA 4Y4WA 4EXGA 4I0ZA 2B7ZA 2I4VA 3FIVA 4Y43A 1GVXA 1HPOA 2CENA 1HSHA 3LPKA 5P3NA 3BUHA 5P71A 3D91A 5P3CA 4Z50A 2BJUA 5P0KA 1META 3QN8A 3SA7A 4ER4E 5P00A 4Y5BA 1K6PA 5P81A 2WHHA 3S7MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D1X A;  5P0O A;  5SZ9 A;  5HE5 A;  4NPU A;  1G0V A;  1BIL A;  2AQU A;  5P5T A;  9HVP A;  3EKP A;  3MSK A;  3KFP A;  4Y4J A;  1BDL A;  3OQA A;  1KJG A;  1VIJ A;  5OYU A;  4J1C A;  1CMS A;  2WEB A;  1OEX A;  3OUC A;  4MC2 A;  5P8F A;  5P4B A;  4APR E;  3S56 A;  5OZS A;  5P0U A;  4B78 A;  1W5Y A;  2V16 C;  5KQZ A;  4U7Q A;  4I8W A;  1AAQ A;  3DUY A;  4A6B A;  2WF3 A;  2SAM A;  3UDJ A;  1WBM A;  5P4R A;  3EL0 A;  4OBF A;  1PPL E;  4EJ8 A;  4LAP A;  4OD9 B;  1HVS A;  3F9Q A;  2PC0 A;  2G27 A;  3GI4 A;  3UQP A;  3JW2 A;  5P7R A;  3LPJ A;  5P1J A;  3Q70 A;  2PYN A;  1MT9 A;  1HBV A;  1T6G A;  4FIV A;  5P7T A;  4Z22 A;  4Y5L A;  3OQ7 A;  2PYM A;  1F7A A;  2AOH A;  5P6Y A;  4ZLS A;  1OD1 A;  1A8K A;  5OZ0 A;  3DV5 A;  3PB5 A;  4I0I A;  3IGB A;  1MSM A;  5P0X A;  4DJO A;  5P6X A;  2I4W A;  5KOS A;  5P5K A;  1IVQ A;  3FSM A;  4QJA A;  3RSV A;  3SA5 A;  2WEZ A;  2IKO A;  3RSX A;  5P4Q A;  5P5E A;  3SA4 A;  5P4E A;  2AVV A;  1NPW A;  5P3X A;  1NPA A;  3C9X A;  2Q3K A;  5E5J A;  2QD8 A;  1ZAP A;  1FQ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MSN A;  4J0Z A;  2HS1 A;  2AOJ A;  2XFK A;  2QNQ A;  3B80 A;  5P4T A;  5P5P A;  2AOD A;  3LPI A;  2VNN A;  4Y4W A;  4EXG A;  4I0Z A;  2B7Z A;  2I4V A;  3FIV A;  4Y43 A;  1GVX A;  1HPO A;  2CEN A;  1HSH A;  3LPK A;  5P3N A;  3BUH A;  5P71 A;  3D91 A;  5P3C A;  4Z50 A;  2BJU A;  5P0K A;  1MET A;  3QN8 A;  3SA7 A;  4ER4 E;  5P00 A;  4Y5B A;  1K6P A;  5P81 A;  2WHH A;  3S7M A;  3S8I A;  5HU0 A;  5P1D A;  1Q9P A;  4CMS A;  1HTR B;  3UQW A;  4Y5A A;  4YD6 A;  2WL0 A;  3PRS A;  1HEG E;  4BEK A;  1BDQ A;  4LXA A;  3EM4 A;  5P04 A;  2FNS A;  1ER8 E;  1HTG A;  4JPE A;  2ANL A;  1EC3 A;  8HVP A;  1FF0 C;  5P2X A;  4LXM A;  4F76 A;  5P0E A;  5P0Z A;  5P0J A;  5P1V A;  4R8Y A;  5P4C A;  3VSW A;  3KYR A;  3HAW A;  1MRX A;  3IVH A;  5OZK A;  6APR E;  1UH7 A;  1AZ5 A;  3KDD A;  5OZF A;  5P6I A;  2V11 C;  1FFF C;  1KJF A;  3TOG A;  1AXA A;  6UPJ A;  3Q5H A;  4QJ8 A;  4ZE6 A;  3ZPU A;  3EL9 A;  4GJ5 A;  2BKS A;  5P15 A;  1M43 A;  1BXO A;  2ZJN A;  5P0T A;  4I12 A;  4Y56 A;  4Y3W A;  5P16 A;  4H3F A;  4YD7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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