1AJXA

Hiv-1 protease in complex with the cyclic urea inhibitor aha001
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Unexpected binding mode of a cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ajxA00
5P4CA 4DPFA 5P26A 4LXKA 5OZ7A 2WEZA 3QRSA 2ZHSA 3OUAA 5P4GA 1FQ5A 4KE0A 2O4LA 2ZJMA 3HD8A 5P2FA 3LPKA 3ZPUA 5P71A 5OYQA 2HPFA 4EWOA 4N00A 5DQ4A 4YBFA 3BUFA 1BDRA 5J25A 3OXWA 1T7IA 3L58A 5P5SA 3GGVA 4FM7A 4Y3RA 1DPJA 3ZPSA 4RLDA 4ZSRA 5OZ6A 5P81A 3LNKA 2AZ9A 3PHVA 4F76A 1SBGA 4Y3LA 3Q3TA 1HSHA 4FS4A 2WF3A 5P28A 4CMSA 4F73A 4Y5CA 4Q1XA 1M0BA 2NNPA 2UXZA 5P3ZA 4YDFA 4D88A 3KFRA 4GJAA 5P1VA 2XYFA 4MC2A 4DJUA 2P8HA 2QZKA 2O4PA 3I8WA 4DQEA 5P2TA 1IZDA 3L5FA 2OHPA 1UH8A 2VIJA 2JE4A 4NKKA 3VF5A 4LC7A 2AVVA 2F3EA 3HBOA 4BFDA 1SIPA 1G0VA 5P0HA 3TKGA 5IVRA 4EP3A 5P7SA 1HEGE 3PJ6A 4J17A 1ZSFA 2QMDA 4RRNA 4I0DA 4RCEA 3G6ZA 2VKMA 3OXXA 1FG8C 2BPVA 4A6CA 2V11C 4QJ8A 2AODA 3Q6YA 5P3KA 5P6YA 1MRWA 4QGIA 5P4MA 3ZKSA 3OUBA 2Q5KA 5IVSA 5P48A 2JJIA 5P15A 1TSQA 5HD0A 5P5ZA 1TCXA 1HVKA 3PM4A 3OOTA 3K4VA 3EKYA 4QJ6A 3TL9A 5P3XA 5P6RA 4JOOA 5OZUA 5P8RA 4I8WA 5P1XA 3UHLA 1B11A 2UY0A 1APTE 4DQCA 4RCDA 5P6UA 4AA8A 4RVXA 4LXAA 4Y9WA 4B1DA 1BV9A 1BILA 3TNEA 5HE5A 1ER8E 3PLDA 5P2QA 2OHRA 3S56A 5OZ4A 7HVPA 5P4NA 1QRPE 3R4BA 5OZXA 4L1AA 5OZYA 3TPLA 3WB5A 4YOAA 4Y3MA 4ZEAA 5P06A 3LITA 5P0XA 5P7WA 5P69A 2PSVA 5P6AA 2HB4A 3EL4A 3KM4A 5P67A 4J5JA 4Y6MA 5P2MA 4S1GA 3OUDA 4R95A 5P2RA 4RYGA 4QJ9A 3URLA 1EC1A 2NXMA 4LP9A 5P70A 3KT5A 5P1RA 2RKGA 3EBZA 3BC4A 2G69A 2B42A 3UDRA 1T6GA 4R5NA 3PCZA 2O4NA 3GGXA 3CICA 1G2KA 2QI3A 4Y5MA 2ZE1A 3SKFA 5P12A 5P4EA 1LYAB 2H6SA 2MIPA 3KFNA 4I12A 4RGHA 4OBZA 3ZKXA 1D4JA 5KAOA 2Z4OA 2ANLA 5P17A 5P8TA 4FAEA 3EL1A 1FQ6A 1YX9A 4Y37A 5F00A 3ZLQA 4U7QA 3GI0A 5AHAA 4YBIA 5OZWA 4H3JA 4MC6A 3KN0A 1AAQA 1C6XA 3LIZA 4D89A 3OTSA 3L5DA 1E80E 1RL8A 4GIDA 1ODXA 5KOSA 5OYRA 4FGXA 3WZ8A 1LZQA 1XL2A 2QD8A 2ZHTA 3O9FA 1EC0A 1EC3A 2AOGA 4K9HA 4CPXA 3D1YA 5P6PA 5P88A 3HZCA 4Q5MA 3SQFA 5P3RA 4Y48A 5P2SA 3LZYA 3QPJA 4Y5EA 2VA6A 4Y5AA 4CPRA 1LS5A 3I2LA 5P0QA 3ZKQA 1D4HA 1NPAA 1IDAA 5P6HA 3T6IA 1Z1HA 5P77A 4B1CA 4COEA 2G1RA 4Y4ZA 3APRE 4I0ZA 5OZLA 3APPA 5HU1A 5OZEA 3ER3E 4R92A 5P5IA 3S54A 1W6HA 5P2OA 5P8HA 5P0JA 5P5HA 1ZP8A 4OC6B 4R8YA 3TPJA 5P3HA 4AMTA 5P0ZA 1T6EX 3TPPA 2G26A 5P7TA 5P3MA 5P4DA 5P41A 4MC1A 1KJ7A 1Z1RA 5P04A 4Y51A 3UQUA 4HDPA 4Y5BA 2BPWA 1AIDA 4OD9A 1B5FB 3D20A 3HVGA 2QZLA 3EM4A 3S53A 2P3DA 5P8OA 4I0GA 5EZZA 3QVIA 1XN2A 2OHTA 4Y45A 4DH6A 5ENMA 5P37A 5KQFA 5AH7A 4FL8A 5P7NA 5P3DA 5P60A 1HVHA 3NXEA 3O9CA 1FQ7A 5P0IA 5P1JA 2VJ7A 5P58A 5P46A 5OZGA 3TTPA 1IZEA 5OZPA 1DP5A 5P52A 1WBMA 4PHVA 4J0ZA 5P7EA 4XKXA 4LBTA 3TOGA 1TW7A 3QRMA 3HDKA 5P2AA 3IXOA 4Y4UA 1FMUA 3CMSA 1ME6A 3OU4A 5P5JA 3VV7A 2NXLA 5P3QA 5PEPA 5OZDA 2R43A 1AXAA 5OZIA 5P1WA 2R38A 2QU2A 3T3CA 5OZQA 3HLOA 1G6LA 3IAWA 1XE6A 5I70A 3HAUA 3VF3A 2I4UA 4BEKA 1HHPA 5P1SA 5P7KA 2Q3KA 4Y43A 2A4FA 1LYBB 5HDZA 1B6KA 1PROA 3FNTA 3FIVA 1YM2A 3PBZA 4Y5NA 4PYVA 3TLHA 1G35A 1SH9A 2AOCA 2J9KA 2A1EA 4ACUA 2V10C 4BELA 3SAAA 1BBSA 1W6IA 1C70A 5P54A 4RVIA 3OU1A 4H1EA 5P2JA 4Y3QA 5BRYA 4KE1A 3WZ6A 4DPIA 4Q1WA 5P31A 1ZLFA 1C6ZA 1GVVA 5COPA 4YCYA 3Q70A 5DR4A 2VIYA 2BPXA 2F8GA 4LXMA 2VNMA 3OU3A 4YCTA 4OBDA 1APWE 4J0TA 9HVPA 4DQBA 5P53A 4L1AB 5P49A 3ZL7A 3NDUA 4EXHA 1K1UA 5HU0A 4FAFA 1GVXA 5P5CA 5P33A 3NUJA 5P19A 2G1YA 3IXKA 2NXDA 1GVUA 1MERA 2VIZA 3ST5A 2Z54A 4DQGA 1K2BA 3DOXA 4KUPA 3OUDB 2OHSA 5P75A 3CIBA 4J1FA 4EHCA 4Y4GA 2OHNA 3UDJA 1MSNA 1APUE 3CYWA 4OBGA 4Y3FA 1BV7A 2WJOA 2O40A 2ZJIA 3D1XA 2NMYA 1IIQA 1NPWA 1T7JA 4Y3PA 1HPXA 1NPVA 4B05A 1E81E 4GMIA 4Y3AA 3OTYA 4QJ7A 2WEAA 4Y3NA 1YTJA 2SAMA 1HVCA 5P38A 5OZNA 4AA9A 2R5PA 5P0CA 3RTHA 3LPJA 4Y4BA 4Z2ZA 4OC6A 4CPTA 5P56A 3PSYA 3OHFA 1SDTA 4HLAA 3BUGA 3VYFA 1HVJA 4Y3GA 3U71A 4FRJA 4HDFA 4EQ0A 4DVFA 5P6CA 6APRE 1GVTA 3LIYA 2ZJLA 5P84A 2QNQA 1YTHA 2BBBA 3BUHA 3NU4A 2FGVA 5P2XA 2VA7A 4YD3A 5P4IA 3EKWA 4DJOA 5P7ZA 3PMUA 5P5YA 3ZKIA 1FFFC 3LINA 2AIDA 2OHMA 3O99A 3NDXA 1AVFA 5P73A 5P61A 1W51A 5JFUA 3UDYA 5P00A 2OHKA 1FMBA 5P6ZA 4H3IA 5OZKA 4GYEA 4R91A 4J54A 2VS2A 3H0BA 2QCIA 5P8DA 2O4SA 4DJQA 5HDXA 1EBKC 1KJFA 5P0VA 5P6FA 5P32A 1EBYA 5P02A 5UPJA 4E43A 1Z8CA 3NSHA 1GKTA 1T7KA 4K4RA 5ER2E 5P20A 2AOJA 3VYDA 4Y3TA 4Y5PA 2G24A 3RVIA 2HAHA 3IVHA 3OOZA 4GJ7A 4PZWA 5OZ0A 4YD6A 3K5CA 5BWYA 2FNSA 2ER6E 3A2OA 2NPHA 3VV6A 5P45A 4JPCA 2QI0A 3MSKA 1LF4A 4Y56A 5P6JA 1CMSA 5P3EA 1IZIA 3VSXA 1FGCC 3CKPA 2RKFA 2QD7A 3BGCA 3CYXA 4CKUA 4FRIA 1Q9PA 3TOFA 5OZFA 3PWMA 5P64A 4H3GA 1LYBA 3BHEA 5P4KA 5P11A 4OD9B 3VSWA 5JODA 3KFSA 5P2GA 4Y5KA 4DQHA 2AOIA 1DIFA 1KJ4A 2QK5A 2HB2A 3K1WA 2IEOA 3UDKA 3L5CA 1META 4ZE6A 3QN8A 5P3LA 1TCWA 3R2FA 5P1LA 3I6OA 1CZIE 4PEPA 5P07A 4PPHA 2WL0A 5P1IA 3JVYA 3QBHA 4DJYA 3FSMA 1MTRA 2HB3A 2IGYA 2B8LA 2HC0A 4Y4XA 3EKPA 5P8JA 5P47A 5P50A 1KJGA 5P2CA 5P2KA 5EZXA 2Q63A 3T7PA 4JECA 3IA9A 5TOLA 1EPPE 2B60A 3G70A 1DW6C 5P4RA 3BXRA 5I3XA 4Y4JA 4ZPGA 5KR1A 2R8NA 4YHQA 3OU4B 5P63A 2I4XA 3TPRA 4B0QA 2VA5A 2AOEA 3OADA 1D4KA 1HIVA 5P89A 3DV5A 4GJBA 1MSMA 4YE3A 4M8YA 5P01A 5P6MA 4FRSA 5P4LA 2I4VA 3C9XA 4ZSQA 3EL0A 1HXWA 3INEA 4Z22A 1MTBA 5HE4A 3B80A 1B6LA 3LZUA 3KT2A 3O9AA 1PPLE 5OZ8A 3LIXA 2XYEA 3OQ7A 4FSEA 4XX4A 3NU3A 5P4HA 4FRKA 5P5AA 2PYNA 4WTUA 5HCTA 3TOHA 3FV3A 4I10A 3IVIA 3SLZA 3QI1A 5P1PA 4YD5A 3OU1B 1UH7A 5OZOA 5P0DA 2JYSA 2NR6A 4I0EA 1ZAPA 2FXEA 5DQ2A 1YG9A 4TRYA 1PFZA 5P7OA 3D91A 1MIQA 2BPZA 5HDUA 3INHA 3NUOA 3EM3A 1M4HA 5P5VA 4Y54A 3NWQA 3QAAA 5CLMA 5P74A 3L38A 4BFBA 2F3KA 2QI6A 3SA6A 1FQ8A 5ER1E 3K5FA 3OQDA 5P8QA 5P79A 4RRSA 5P6XA 5T4SA 3B7VA 4Y5GA 4J1IA 5DR3A 5P13A 5P6QA 2FDEA 3PI5A 3DCKA 2Q54A 3PRSA 5P6SA 4FM6A 2R5QA 4NPTA 2PK5A 2WF1A 4Y4EA 1K6TA 4B70A 5DR0A 1W5YA 4GJ5A 4K8SA 2ASIA 4K4QA 4RCFA 3KDBA 5P5RA 2IL2A 5P40A 4Y47A 3NU6A 5DR8A 5P5EA 2I4WA 1MRXA 4Y4DA 5I3WA 2G94A 6UPJA 5I3VA 1ODYA 3VUCA 2OF0A 1J71A 2I1AA 2FGUA 1FMXA 3NYGA 5P3AA 2FXDA 1E82E 4H3FA 5P85A 3BXSA 5P09A 5KR2A 3SM1A 5P4YA 3NWXA 3TH9A 3ZMGA 1AM5A 5DQ1A 4FSLA 1D4IA 4Y50A 2G1OA 4Y3WA 1M43A 2ZJJA 5P4VA 4QJAA 5P0OA 3KMXA 5OZSA 2RMPA 1HIHA 4I11A 5P1DA 1GNOA 1PPME 1B6JA 5P6EA 1IBQA 1EAGA 5P05A 1BWAA 5P0NA 5P30A 1B6PA 3ZOVA 3S7MA 5P6DA 5C9FA 4J0YA 4Z4XA 2PSUA 4GJ6A 1BXOA 2BJUA 5P80A 2XFKA 5ISJA 2QI4A 1MESA 2BQVA 5KQYA 2QI5A 5P1EA 2UPJA 3EL5A 3UPJA 2WF4A 3KYRA 2I4DA 1D4YA 5P0TA 3PI0A 4Y38A 1ENTE 2ZGAA 4I1CA 5P8VA 1K2CA 3N4LA 1U8GA 5P0KA 2QHYA 4K4PA 3SM2A 2OAHA 1LYWB 5P5WA 4Q1YA 1BIMA 5P0LA 5APRE 5P3VA 1FEJC 4XX3A 5P7BA 2QP8A 3NU9A 2OHUA 1SMEA 2OHLA 1ZSRA 3PSUA 2IDWA 2J9JB 3O9DA 5P82A 3I25A 3K5DA 1QBSA 4B00A 2PWRA 4YOBA 1K6PA 2IKUA 2ZHVA 5ISKA 5HE7A 3O9BA 5OZBA 1HVLA 3OXVA 5P3SA 4YDGA 1XE5A 2BPYA 5IS4A 3QRVA 4QLHA 3ZKGA 4ER2E 5P65A 4HZTA 2CEMA 5P1OA 1FLHA 1HTFA 5P8SA 2VIEA 5JG1A 5P1ZA 5E5JA 4TRWA 8HVPA 4L7GA 1A8KA 5P5QA 2V00A 1HTRB 3H5BA 4Y35A 2PYMA 2ZJHA 5P1QA 3O9LB 3UQWA 4A4QA 3SFCA 1APVE 4YD7A 3SKGA 4I0IA 5E5KA 4J1KA 4Y4AA 2JXRA 5P14A 1HRNA 5P4PA 4F74A 4EJKA 5SZ9A 2CENA 4DFGA 1IVPA 1QBUA 4Y3HA 2AZCA 2QMGA 5AH8A 1EPNE 4U8WA 4Y5LA 5P6IA 3OGQA 5AHBA 5P5FA 3EC0A 1BWBA 3NLSA 3QP0A 4DV9A 4DJPA 3OGPA 3SA3A 4J1EA 1HPVA 5P39A 3GGUA 5P22A 5P72A 3RU1A 5C9BA 2PWCA 2BKSA 3IN3A 4FM8A 3OQAA 3OADB 5P5XA 2PH8A 3UDNA 4LL3A 3PCWA 4ER4E 5OYWA 3UQXA 1PPKE 4Y3SA 3BRAA 3NDTA 3CKTA 2ER9E 3URJA 5HCOA 1HPSA 3GI5A 5P0RA 2AVOA 4J1HA 1C6YA 5P6WA 4NJTA 1VIJA 5HDVA 5P2YA 3UDQA 2IRZA 4ZSPA 2IS0A 3F9QA 4HEGA 2FNTA 4L7JA 5P2UA 5P4TA 3VYEA 2B7ZA 2WKZA 2FDDA 5P7YA 1MT8A 3Q4BA 1LEEA 5P3UA 3OK9A 5P7CA 5P59A 3K4VC 5P3PA 5P1FA 5P7JA 5P35A 5P8NA 5P8GA 5P03A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4C A;  4DPF A;  5P26 A;  4LXK A;  5OZ7 A;  2WEZ A;  3QRS A;  2ZHS A;  3OUA A;  5P4G A;  1FQ5 A;  4KE0 A;  2O4L A;  2ZJM A;  3HD8 A;  5P2F A;  3LPK A;  3ZPU A;  5P71 A;  5OYQ A;  2HPF A;  4EWO A;  4N00 A;  5DQ4 A;  4YBF A;  3BUF A;  1BDR A;  5J25 A;  3OXW A;  1T7I A;  3L58 A;  5P5S A;  3GGV A;  4FM7 A;  4Y3R A;  1DPJ A;  3ZPS A;  4RLD A;  4ZSR A;  5OZ6 A;  5P81 A;  3LNK A;  2AZ9 A;  3PHV A;  4F76 A;  1SBG A;  4Y3L A;  3Q3T A;  1HSH A;  4FS4 A;  2WF3 A;  5P28 A;  4CMS A;  4F73 A;  4Y5C A;  4Q1X A;  1M0B A;  2NNP A;  2UXZ A;  5P3Z A;  4YDF A;  4D88 A;  3KFR A;  4GJA A;  5P1V A;  2XYF A;  4MC2 A;  4DJU A;  2P8H A;  2QZK A;  2O4P A;  3I8W A;  4DQE A;  5P2T A;  1IZD A;  3L5F A;  2OHP A;  1UH8 A;  2VIJ A;  2JE4 A;  4NKK A;  3VF5 A;  4LC7 A;  2AVV A;  2F3E A;  3HBO A;  4BFD A;  1SIP A;  1G0V A;  5P0H A;  3TKG A;  5IVR A;  4EP3 A;  5P7S A;  1HEG E;  3PJ6 A;  4J17 A;  1ZSF A;  2QMD A;  4RRN A;  4I0D A;  4RCE A;  3G6Z A;  2VKM A;  3OXX A;  1FG8 C;  2BPV A;  4A6C A;  2V11 C;  4QJ8 A;  2AOD A;  3Q6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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