1AL3A

Cofactor binding fragment of cysb from klebsiella aerogenes
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
TWPDKGSLYVATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPEHPLATKGSVSIEELAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPVSDPDLVKLDANGIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEDIEAMFKDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription regulation
source organism Klebsiella aerogenes
publication title The structure of the cofactor-binding fragment of the LysR family member, CysB: a familiar fold with a surprising subunit arrangement.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CYS REGULON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR CYSB
total genus 71
structure length 237
sequence length 237
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1al3A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1al3A01
3HO7A 3KBRA 4JWOA 1IQ7A 1QKAA 3FIRA 3PMWA 2UVIA 4H5GA 3UGWA 3UA8A 4RK2A 4U4SA 3I3VA 5ITOA 2F7CA 2DXYA 2OJTA 1O7TA 2DP8A 3CFXA 2H5YA 2E1SA 4ONYA 3TYHA 3TZAA 4P0GA 3S4UA 4U21A 3OXNA 5H8SA 3QIMA 3V83A 5B7DA 3IOVA 3K0VA 1PEBA 1DOTA 5H8HB 3W9VA 2I0CA 3VLWA 3VFJA 3VXBA 4H0WA 1URSA 4IY5A 3FD3A 3FZVA 4NWDA 2PMSA 4IGRA 2O1MA 5I59B 4MLVA 2M8CA 3IL1B 1R6ZA 1XS5A 4KQPA 3H6UA 3USDA 2NXOA 4NF8B 4KYEA 3IO6A 4FEDA 3V5AA 4ELPA 5K2XA 3VE1B 2XXUA 5ISUA 2PX1A 3CSBA 2GHBA 4HW8A 2AIXA 1N04A 4GL8A 1LSTA 4YU0A 3IX1A 4MF3A 3EQ1A 2AL4A 3K6VA 1R9QA 1GVCA 1SDXA 4HS7A 3IOTA 1FTKA 4DCXA 5A5XA 3C31A 3QSLA 1JETA 2REJA 3N6TA 2O68A 3GLBA 3KOTA 5I57A 3RTFB 1QVSA 2IA4A 1PBQA 1OLCA 3HPIA 1XC1A 3I6VA 2F5XA 1LCTA 3K6WA 4HCYA 2I49A 1LAGE 4IY6A 2ABHA 1H3DA 3R7XA 3TODA 2QMWA 4U23A 3ZKKA 1SQYA 3K2DA 2Y7WA 3RLFE 3RT8A 3OEKA 4FE8A 1L5TA 4XKQA 5TPAB 1SYHA 1VR5A 3MJNA 3M3KA 1GR2A 5CMBA 2XXQA 3G3FA 2HZKA 2ONKE 4YB5A 5I56B 3FV2A 1OLAA 5F7VA 3MP6A 3PPNA 3IO4A 2UYFA 3EHTA 4RPNA 3QYTA 3Q28A 2I3WA 2NWJA 4PE5B 3B6WA 4QF9A 3GBAA 1P1QA 5CMMA 3FATA 3O6HA 2PVUA 4I62A 2V3TA 4BLAA 2RKMA 1MXXA 4JB7A 2REGA 1ZTYA 3MQ9A 1NNPA 1ATGA 4DCYA 5I2NB 3MP1A 3ZSFA 4DIGA 3K00A 4HCWA 2Y7RA 1RYXA 4QFNA 3PPPA 4QSCA 3UORA 1II5A 4BDNA 2DSFA 4THIA 1CB6A 3CG3A 4F2OA 1NNKA 3OD7A 5JEIA 3SEYA 4JXIA 1USYH 1MXUA 1JEVA 2A5TA 1GV8A 1PBPA 1EU8A 3PUZE 4R9GA 1LAHE 1A40A 1R9LA 3DLNA 1AH5A 5HBCA 2H25A 3TCGA 2F6GA 3CIJA 4LVQA 2ONRA 4LA9A 4NF5B 4G4PA 1LGBC 3TDJA 1FTLA 2DQVA 3BBRA 1Y1ZA 3UK4A 3TCHA 5L9OA 3H6TA 3TFLA 2F6PA 2HQ0A 5JTYA 1M5FA 4FAJA 4FEBA 4C1UA 3LSXA 2O84X 1FQFA 3B6QA 1MH3A 4RXLA 5DTBA 4ZEFA 1T0KA 3TTRA 3LUYA 2O69A 1D9YA 5DEXB 5H8FB 4PFYA 3V89B 1B3LA 4PP0A 4ZS9A 4JDFA 4XIGQ 2QL3A 4IO2A 1YCJA 1WODA 4KFQA 5AA3A 4H8IA 4OENA 4K3FA 2O7IA 4F19A 4F39A 2Q8JA 1MY0A 3FJ7A 1MQHA 3AXFA 3SDFA 3JZJA 3RY3A 4ZEKA 1LB9A 1DTGA 2B3FA 4O3BA 3N6UA 2XXIA 2QS2A 2D5WA 4EDPA 4AB6A 2UYEA 4ZEDA 5H8QB 3SEVA 2O1LA 4I1DA 5CMKA 5IAIA 1MPBA 2RCAA 4LQ2A 1OQHA 4N13A 3TTKA 5CBSA 1I69A 1ZKBA 5I59A 5BUUA 3IORA 4ELQA 4NTLA 4H6DA 1EZPA 5KDTA 3DP6A 1M5BA 4NF8A 3LSWA 3IB2A 2XXTA 1MY3A 1FCKA 1PB9A 4JWXA 1Y20A 3R6UA 3O66A 4XKRA 5FHNA 1A8EA 4IO3A 3KN7A 2H98A 4PFTA 2V25A 1RKMA 2RCBA 3MAMA 3ONMA 2VGQA 1B6HA 2DWAA 5TP9B 3FUZA 1JVXA 4MFIA 3T9VA 3TMGA 4L17A 4EF1A 4UA8A 4IO6A 3TKDA 3G7WA 1S50A 1B3GA 4R73A 4G68A 1IITA 2HAUA 4KI0E 3FGSA 3Q29A 4IO5A 1MM7A 3S9LC 1Q35A 2R71A 5AE4A 1XVYA 3S2VA 3VLUA 1XT8A 3PV0E 5AA1A 1SYIA 3MZBA 1LAXA 2V3QA 4QFPA 4AQ4A 2DWIA 5CC2A 1FQCA 2Q2AA 4LZ8A 1B0LA 3FXUA 5I84A 4ESXA 4MH5A 2ESNA 1P1NA 5L8DA 3D4CA 5KCJB 5JK4A 2DS9A 4PQJA 4OETA 1TT1A 2PYYA 4ELOA 3G3JA 2V84A 3D4GA 3MWBA 1B32A 2I4CA 3PPOA 4QSEA 1JW4A 5ITPA 4OESA 3FJMA 4QSDA 3PPRA 4UACA 1SD3A 4OEUA 4TQUQ 2HEUA 5K2YA 2XXVA 2OK2A 4DDDA 3E4RA 3C34A 1FTJA 5I58A 4JWYA 5ELVA 3ILUB 3VXCA 1D3KA 1UTBB 3LBSA 3H03A 1O64A 1ANFA 4NF4B 1NNFA 4U4XA 4OFOA 4X48A 2QSXA 1S9TA 3G3IA 2F36A 3FVOA 1Y3QA 1SBPA 4ZE9A 4IGTA 3T9HB 4C0RA 3HCQA 1B7UA 1EZOA 4QFLA 1PB7A 2Q89A 5KZTA 1HSJA 2DXRA 3EN3A 1Q1KA 5CRYA 1US4A 1UQWA 3B7DA 3Q25A 2Q2CA 4KYSA 3L6GA 3KG2A 4I9DA 4F18A 1Z7NE 4KHZE 3O6IA 3OO9A 1MPCA 4NF6B 3M3FA 4X9TA 3RTWB 1Y9UA 2I0BA 4G8MA 2ZXTA 2DE2A 4YKJA 4TOZA 4LQ5A 1A7LA 1UIVA 4N07A 1B46A 3C33A 4OZ9A 2GFEA 2UXAA 3CSGA 2RC9A 1OQGA 3E9XA 3O97A 3K6UA 1MQGA 4RA1A 2QRYA 3FASA 4G77A 3N94A 1LFIA 3PUVE 4U22A 4F1UA 3RNNA 4Q5TA 3U8QA 4GFRA 5EHSA 3KEIA 4R6HA 5F1QA 4FORA 1I6AA 2OWTA 5H8FA 1NL5A 1H43A 2GHAA 2XD3A 1ZJLA 1SI1A 3H6VA 3OSQA 1B40A 3KJ7A 4R72A 3ILTB 4U2RA 4ZDMA 2V93A 3C4MA 3DELB 4DXBA 4P11A 3TCFA 3CVGA 4N6PA 5FTHA 1JEUA 3TTLA 2VD3A 1MQIA 1N7XA 5FHOA 1H44A 3UP9A 5H8QA 2I48A 3P7IA 2VD2A 1YPNA 2NOOA 4KD5A 1N3XA 5EHMA 3K1MA 3JV9A 5AA2A 4ZECA 1ZIUA 2GH9A 1LLSA 3DP8A 4KYDA 3UN6A 3OOAA 3Q27A 5CBRA 1RYOA 5LOMA 2X7PA 3H06B 4HTGA 1BLFA 1MXYA 4Z0IA 3M8UA 3GBBA 3TQLA 5FHMA 3LR1A 1VFEA 4IO4A 1B7ZA 3MPLA 2F7AA 4OEVA 2FA7A 1JW5A 3SEWA 1NMUA 4OXVA 2OCUA 3A3UA 1UTHB 4ZZAA 2ZYNA 4F31B 5TP9A 3IR1A 1Z7ME 4ELRA 4BDRA 4E0WA 2QMXA 4PFUA 2CMOA 2P2AA 3C9HA 2HXWA 3EHUA 2UVJA 4BDOA 2B3BA 2DOJA 1N3WA 4FIMA 2XXYA 1M5DA 1CE2A 4YMAA 1AOVA 3PPQA 2I4BA 3KSXA 3H4ZA 3T96B 3MZ1A 2I3VA 4NMYA 3S9EA 5M2VA 3L6HA 4OERA 4KCDA 1ZU0A 1IXCA 4BDQA 1HSEA 5DVFA 1TFDA 2Y7IA 3IJOB 1H45A 3W9WA 1QUIA 2XX8A 1FW0A 3KZGA 4F3BA 1AIVA 2F97A 5J1DA 1XOCA 4ISUA 3T9XB 3U72A 2AYSA 1YTVA 1M5EA 3S9NC 2RC8A 3A09A 3G3KA 2F35A 4OYVA 4QFKA 3O29A 2Z22A 5KCJA 3QUJA 3CI8A 2I6EA 2HZLA 4R2BA 4JSDA 5TU0A 1QUKA 3K4UA 2XXHA 4FJPA 3FJGA 4YKIA 1SW2A 4TLMB 1PB8A 3PU5A 1SI0A 1B1XA 2O51A 2P0SA 1B58A 2F34A 4BDLA 3FXRA 3SKPA 1I6BA 3OO6A 2V3UA 4ZEBA 1F9BA 3HHFA 1FQAA 5AA4B 1MS7A 3E13X 5H8HA 3FVNA 5CI5A 2Y7KA 1POTA 1GGGA 2H99A 2DYXA 1QULA 3BFUA 1MY1A 1B1HA 2ZMBA 4XKNA 4F2QA 2ZYMA 1UTBA 3K1NA 1P99A 4WEDA 4Q8RA 4QRZA 4NF4A 4JBZA 3LSFB 5H8NB 3VLVA 2QS4A 1B51A 1LBBA 3JYRA 1WDNA 1B52A 4JSOA 4XTCQ 1B5JA 3EHSA 2O6AA 1EH3A 4YZZA 4U1OA 2RF1A 4WXJA 3G3GA 1IIWA 3MZ9A 2Z23A 4YAHX 4LP2B 1VFDA 2HAVA 1BIYA 1BP5A 2VOZA 4RK9A 1Y3NA 4LZ7A 2I58A 2XXPA 3GXAA 1FTOA 5HPQA 2A5SA 1LFGA 1DPPA 1FQDA 2ALUA 4O3CA 1GTKA 1SVXB 4C1TA 3BKIB 4QFOA 2Z8DA 2D3IA 3K1PA 1DSNA 1LBCA 1VSOA 2YLNA 4GVOA 3VV5A 3MC2A 5DT6A 4E0XA 2ANJA 1B5IA 3MVYA 4R6YA 2OZZA 4YMBA 2CZLA 4OFLA 4DXUA 3SEXA 4DE8A 3HN0A 1R1NA 2P1SA 4H5FA 3F11A 1B3HA 2X26A 1MDQA 1LAFE 1A99A 2ZNTA 4H67A 4F3SA 1MG1A 3OMBA 3V8XB 1B9JA 1NH8A 3HSTA 2X7QA 3MBPA 1MXZA 4GF8A 2WKYA 1YAEA 5TPAA 4EQ7A 3QUFA 3CR9A 4ZE8A 1MY2A 1LFHA 3FV1A 3O9PA 2RINA 2G29A 4WEPA 5I56A 2Q9TA 1NFTA 1JNFA 1USYE 3H7MA 3IJXB 4AB5A 3I5OA 3FVGA 3IB0A 4GRKA 1HSLA 1B0HA 4OWDA 3PUXE 1D4NA 3CFLA 4R74A 4DLDA 3QAXA 5DYHA 2DE4A 4Q30B 4MBPA 3CRBA 5CM6A 5I2KB 3OEMA 2XXRA 4H65A 3BFTA 4DZ1A 4ESWA 3M3LA 3B6TA 3FXQA 2PBWA 4OQOA 1DTZA 3W15C 1DMBA 1QUJA 5I2NA 3RGYA 1MPDA 4KPTA 1Y4CA 3C32A 2E0SA 3VVDA 3SESA 3FVKA 3VVEA 1Y1MA 1LCFA 4OHNA 3OENA 3T66A 3IOUA 3HV1A 5KDTB 4KR5A 1B05A 1UTHA 2B65A 3OSRA 4R6KA 1D9VA 1MRPA 4LATA 2DWJA 2XXWA 4EXLA 3IOWA 4GQOA 1OIBA 4LUBA 2OWSA 3H6WA 3IK6B 1ZMGA 3ODBA 4P0IA 1NNTA 1JVYA 4NF5A 4YKPA 3TQWA 3TEPA 1P1WA 1OVBA 4F3PA 1NKXA 4DXCA 1MH4A 1PDAA 3QXMA 4F3GA 4EXKA 1JQFA 4EF2A 3TTNA 3SETA 3KSJA 3ZS6A 4GOTA 1S7YA 4POXA 3KN3A 4EQBA 3E3KA 4G68B 5DEXA 3C35A 1B7HA 4NE4A 1FTMA 4R2FA 4OVJA 2Y7PA 2R9JA 1O63A 2ZNSA 4GWOA 1N76A 4MLQA 2OLBA 4ECFA 2F78A 2AL5A 1PC3A 3O28A 1B4HA 2R6GE 4F22A 2XX9A 4GLIA 4XKPA 2YJPA 2G93A 2DWHA 2XD2A 3U92A 4F1VA 2DVZA 2DE3A 3K6XA 3IB1A 1XHYA 5AA4A 4YKKA 1QKBA 5ICQA 2IEEA 4FECA 2ONSA 4O3AA 3RPWA 4Q0CA 3DM0A 2QJEA 2RC7A 4G68C 1ZBMA 3LSLA 3UIFA 1B5HA 2NVUB 5B70A 4G2ZA 4F1YA 3KOSA 2QPQA 3N26A 1Y3PA 4OMBA 1SW4A 1P1OA 2UVHA 1SW5A 3PD9A 4NEDA 3U1OA 4IB2A 2ZYOA 3MW0A 3SERA 1MQDA 4I8CA 5H8NA 4OTEA 1IUDA 2VP1A 3PGFA 4RPOA 1FQEA 2HFBA 1B3FA 2ZYKA 4R75A 3THIA 5I58B 3RT6B 1MM6A 3KGCA 3PMXA 1POY1 3TAJA 2FYIA 4G8NA 2Y84A 3U94A 4PETA 2VHAA 2H4IA 2Q88A 3PD8A 3MVZA 3ZKLA 1JW1A 1DPEA 2XXXA 1B4ZA 4NWCA 3H3GA 4LONB 1Y4TA 1NH7A 2H9BA 2DVCA 4YB7A 3S9MC 4EUOA 1IZ1A 3RN8A 4PFWA 3WAEA 2LAOA 1FQBA 2YPNA 3EF7A 1M5CA 2BJJX 2F7BA 4X1DA 1H76A 1MDP1 5A5XB 3K01A 1OMPA 3G3HA 5L9MA 3O6GA 5BWJA 5FTIA 3T93B 1B2HA 2FNCA 5I57B 4POWA 4RJZA 4R9FA 4M4GA 4XXUA 3O2AA 2F8DA 1IEJA 1US5A 4H8JA 2O7UA 3HHGA 4RNSA 1OVTA 3RUMA 3K02A 3KN8A 4GXAA 1AMFA 1ZLQA 3PMVA 3T22A 2NUVA 1AL3A 4OFJA 4RY1A 5CMCA 3EPEA 4KCCA 3ECRA 1URGA 3C36A 1MQJA 3OELA 5L9SA 4X1BA 4ND9A 3U93A 1BTJA 2HCAA 1TFAA 1N0TA 2THIA 1IXGA 1MXWA 3TELA 1KWHA 5I2KA 1MXVA 3GZGA 4GXSB 2Z8FA 4H1XA 3LC8A 4QHQA 3TTMA 3MP8A 1URDA 3IAZA 2Z8EA 4IO7A 5DVJA 3N5LA 3SEUA 1XVXA 2ZNUA 3MPKA 3A3CA 1BKAA 2OBGA 4Z7EA 1QJMA 1IXIA 3OO7A 2D21A 2PT1A 3DP4A 5AA2B 1LB8A 3VVFA 5HM4B 3MUQA 4TLLB 2XX7A 1A8FA 1ELJA 3T9UA 3QK6A 1MY4A 3VDFA 1A54A 4GIZA 4NF6A 1TXFA 5ICTA 2PT2A 5EYFA 4GL0A 1N7WA 4ZEIA 5AA2D 1P1UA 4G8HA 4U1ZA 1J1NA 4GD5A 2GRVA 5DVIA 3CFZA 4BDMA 1WVJA 1EZ9A 1VE4A 1TWYA 2A5TB 2QS1A 1N84A 3R26A 4EQ9A 4WKMA 3TUSA 4LZ5A 5IKBA 3PUWE 3MVWA 4YICA 3TPAA 4F29A 2QS3A 4YB6A 4RYAA 4ZZEA 1IXHA 1UIUA 1SW1A 3RQTA 2XHDA 3PUYE 3WAFA 3KJTA 4M1VA 3KFMA 1A55A 5JTYB 3Q26A 3MVXA 1I6QA 1B3EA 2UVGA 3OO8A 4FATA 2W7YA 3CG1A 1QW0A 2KLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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