1AL3A

Cofactor binding fragment of cysb from klebsiella aerogenes
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
b'TWPDKGSLYVATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPEHPLATKGSVSIEELAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPVSDPDLVKLDANGIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEDIEAMFKDIKLPEK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the cofactor-binding fragment of the LysR family member, CysB: a familiar fold with a surprising subunit arrangement.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CYS REGULON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR CYSB
source organism Klebsiella aerogenes
molecule tags Transcription regulation
total genus 71
structure length 237
sequence length 237
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1al3A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1al3A01
4DDDA 3V83A 4NF4B 3K1NA 1FQAA 4G4PA 2V93A 3CG1A 2H9BA 4PE5B 5H8HA 4TOZA 4KHZE 3PGFA 5F1QA 3O28A 4LQ2A 3SEYA 2XXVA 5JTYA 3D4CA 5J1DA 1Z7ME 4U1OA 2UXAA 1P1WA 3PPQA 1SQYA 3Q25A 4NF8A 5IAIA 4OESA 3ZSFA 3EHTA 3L6HA 3ILTB 3O97A 4LA9A 2REJA 4AB6A 1OVTA 4R6KA 3BFTA 5ICQA 2Z23A 2ABHA 4IO2A 4Q5TA 1AIVA 1LSTA 2XXYA 1Z7NE 5H8QA 1XC1A 4RY1A 4BDNA 2XX8A 2FYIA 3ONMA 1D9YA 4OFJA 3G3JA 4MF3A 2M8CA 2WKYA 2RC7A 4QF9A 1WODA 1H76A 1B3FA 2D5WA 3GZGA 3A09A 2VP1A 3RUMA 4F2OA 3RT6B 4U21A 3T9VA 4R2FA 4H8JA 3Q26A 1O64A 4WXJA 4LP2B 3K01A 3HV1A 3TEPA 2RCBA 4ZDMA 4QFKA 1LAFE 2Z8DA 4OTEA 1I6BA 2ONRA 2QRYA 2IEEA 2KLFA 1DMBA 3FV1A 4KCCA 5AA4A 1IXCA 4M4GA 4OETA 1IZ1A 4GL8A 2G93A 3MP1A 5EHSA 1GV8A 4PFYA 2OCUA 4GXAA 5H8HB 1DTZA 3TTLA 4N13A 3LSXA 5DT6A 2OLBA 2UYEA 5JTYB 3W9WA 3QYTA 4PETA 4ELQA 4GOTA 3FJ7A 4I1DA 2V3QA 4POXA 3KN3A 3UA8A 3IL1B 2O69A 4JXIA 5KDTA 4NF8B 4U4SA 5I2KB 5JEIA 3E3KA 1XT8A 4HS7A 4JSDA 3KJ7A 3TQWA 3IOVA 4KFQA 1LGBC 4RXLA 2QJEA 4QFPA 1SW5A 1FCKA 1B0LA 1P1QA 2ZYOA 2Q8JA 1B3LA 3V89B 4DCXA 3I6VA 5ICTA 1H3DA 3ZS6A 4KR5A 3TFLA 2O84X 1ZU0A 5L9OA 3TCFA 1SW4A 4NF5B 4F3SA 4XXUA 1ZMGA 4PFWA 5BWJA 4DCYA 3C4MA 2F97A 1B51A 2XXXA 2DWIA 3MAMA 3W15C 3JYRA 3K6WA 2DE4A 1PEBA 3N6TA 3N26A 3KOSA 1I69A 4JWOA 4H6DA 3MPKA 4ZEKA 5I2NA 3LUYA 4F1UA 5AA4B 3KN8A 2F36A 3N6UA 2DVZA 4LONB 1Q35A 3CFZA 4TLMB 1PBPA 3H7MA 3CI8A 4NMYA 3U72A 1MXXA 1Y3PA 1A55A 3E4RA 5TU0A 3VVFA 2GHAA 2UVGA 2XD3A 1MS7A 3QSLA 2VD2A 2PVUA 4ISUA 5KDTB 5F7VA 3VVDA 2HAVA 1MQGA 1LLSA 1JVXA 2Y7WA 1NFTA 3S9MC 3VXCA 2QMXA 2DYXA 3O29A 1WDNA 4H65A 3RTFB 2OJTA 3S9LC 3KJTA 2F35A 4U23A 3WAFA 1B58A 3SEVA 4K3FA 3U94A 5TP9A 5I57A 1B3EA 4C0RA 1J1NA 1XHYA 2ALUA 3HCQA 2DP8A 3VFJA 4QSEA 1MDQA 1NNPA 3IJXB 5L9SA 5I59A 3MWBA 1JVYA 4DZ1A 5K2XA 2LAOA 2HZKA 3UIFA 3B7DA 4OQOA 3S9NC 1QUKA 3TODA 5TPAA 2PT2A 1R6ZA 2THIA 2Q9TA 4XKPA 3FGSA 3PUZE 4X1BA 1HSEA 1MM6A 2XXRA 1LFGA 1YCJA 2Q2AA 2RF1A 4IGRA 2O68A 2QSXA 3ZKLA 1S7YA 3RNNA 4RNSA 2O1MA 3BBRA 1XVXA 4GIZA 3FIRA 2DWHA 3VDFA 4IO4A 5FHNA 3G3IA 3OELA 1M5DA 2QL3A 3H6UA 5I58B 3TCGA 2I0BA 3MPLA 2OZZA 5BUUA 3LR1A 4ESXA 4E0XA 4R9GA 1A40A 1A54A 2ONKE 3Q27A 3C9HA 4OYVA 4R75A 1LFIA 2Y7RA 3ECRA 4R72A 4OFOA 1SI1A 4OERA 1VE4A 2HFBA 4EF1A 2Q2CA 5ITOA 3H6TA 3K4UA 5TP9B 3KZGA 2W7YA 5I57B 1PB8A 3FZVA 4EQ9A 5AA2D 1VR5A 1PB7A 2GH9A 2XXIA 1UTHA 3PPPA 2NXOA 5M2VA 2RINA 5I59B 4OXVA 2QMWA 3HN0A 1II5A 2B65A 4F1YA 3EHUA 3PUYE 4LVQA 2AL4A 4ZEFA 3RN8A 3MZ1A 1SI0A 1POY1 1MXZA 4G8HA 4P11A 5TPAB 1N04A 2DOJA 1LAGE 3RQTA 4KD5A 4KPTA 3RLFE 3PUWE 1MQJA 1NH7A 1B46A 4X48A 1B52A 3IO6A 1MPDA 2Q88A 2X7PA 3SESA 1LBBA 4OEUA 1BP5A 1SD3A 4MH5A 5EHMA 5H8FA 4POWA 2O7UA 1XS5A 1YTVA 2P2AA 1AH5A 3MP6A 5ISUA 3IOUA 3T93B 4PFUA 4R74A 1IXGA 3IJOB 2HAUA 1NNTA 3TAJA 1ZIUA 1H43A 1B5HA 3PPNA 2UVHA 5I2KA 3RY3A 1QW0A 3G3HA 5DYHA 4H1XA 2CMOA 1M5CA 5CBRA 3R6UA 1P99A 1O63A 3KEIA 3M3FA 4DXCA 2OWTA 3SETA 4FATA 2I4CA 1A8FA 3W9VA 4JSOA 5B70A 5FTHA 4YKKA 4EXKA 1KWHA 1UTHB 4QRZA 2F34A 2Y7KA 2OWSA 3IOTA 1OQGA 1URGA 1MPCA 3FVGA 2O1LA 1B5IA 4GQOA 4YKPA 3MBPA 1QVSA 4RPNA 4IO3A 3MUQA 3O9PA 1OQHA 3KOTA 4NF5A 1EU8A 3H4ZA 3KSJA 4GXSB 4EQ7A 4QHQA 4M1VA 2O51A 5CBSA 3I3VA 2QS4A 3K1PA 1Y4TA 3UGWA 3OEMA 5AA2B 3OOAA 1PC3A 3DM0A 3H6VA 2H5YA 1Q1KA 4EUOA 4G77A 4R6YA 4F2QA 4NF6A 4H5GA 3D4GA 4YB6A 2IA4A 2ZNUA 3N94A 5H8FB 3V8XB 1IEJA 4KQPA 2XD2A 3TZAA 3C32A 4DLDA 1B7HA 4IB2A 1OVBA 1USYE 3C31A 4F19A 4FAJA 1DPPA 4OHNA 1ZTYA 3OXNA 3TTMA 2I4BA 1NMUA 3SERA 3SEWA 4XKQA 4YKIA 1QKBA 1JNFA 4OFLA 3K1MA 2DWAA 3UP9A 3TQLA 1FTJA 1R9QA 2QPQA 5LOMA 1USYH 1IXHA 2E1SA 3DELB 2DQVA 3O6HA 3UK4A 5I56A 4F31B 3H06B 4NWCA 1QJMA 1FTLA 3IK6B 2CZLA 1ZBMA 5ITPA 3DLNA 4GD5A 1B6HA 1FTMA 3HHFA 2V25A 1QULA 3LC8A 4FIMA 1JQFA 5CMBA 2GFEA 3GBBA 1YPNA 3OD7A 2P0SA 4DXUA 2AYSA 5CC2A 3AXFA 3OO7A 4YB5A 1MY3A 1B9JA 4GF8A 1CB6A 4KCDA 3PU5A 1VSOA 1QKAA 3G7WA 1WVJA 1VFEA 3P7IA 1OLAA 1D9VA 1JEVA 5EYFA 3PD8A 5AA1A 3RTWB 3IB2A 4KI0E 1MXUA 3TTKA 2YJPA 2PYYA 3Q29A 3HO7A 1MDP1 3C36A 4NF6B 4AQ4A 2H25A 4FJPA 5AA3A 4MBPA 4YU0A 1MG1A 4GWOA 1BKAA 2XXTA 2NUVA 3PMVA 4PFTA 3TDJA 3MVWA 2F7AA 3B6QA 1BTJA 3M3KA 2F5XA 4OVJA 3QUFA 1R9LA 4ZE8A 4AB5A 2V3UA 3IX1A 4P0GA 3IOWA 3PUVE 5HM4B 5K2YA 1N76A 4R2BA 3KSXA 5KCJB 3OO9A 4JB7A 1M5BA 3FVNA 4Q30B 4E0WA 1I6AA 3FJMA 4H67A 5I58A 4UA8A 3VV5A 5I56B 1B05A 1M5FA 4FE8A 2PBWA 1GVCA 3H03A 3PMWA 1JW4A 1JW5A 2Y7IA 2RC8A 4G68A 3EPEA 4MLVA 1R1NA 3RGYA 1M5EA 2RC9A 2D3IA 2R6GE 1A7LA 2NOOA 3U8QA 5L9MA 4TLLB 1JEUA 3K6VA 3O6IA 2F7CA 3U1OA 1DPEA 4LZ5A 1IQ7A 2RCAA 4R6HA 2Z8EA 3M8UA 4ECFA 5JK4A 3TPAA 1PDAA 2FA7A 3VLVA 4OEVA 4ZS9A 3FXRA 2R71A 3TCHA 5HPQA 1US5A 3VLWA 1RYOA 1MXYA 3RT8A 2DE3A 2RKMA 1MXVA 3S2VA 5FTIA 1VFDA 2GHBA 2PMSA 3T22A 1Y1ZA 4U1ZA 1SBPA 1POTA 1B5JA 4U4XA 1MRPA 2ZNSA 1B4ZA 1H45A 1S9TA 4OMBA 1O7TA 4F3BA 1IXIA 3B6WA 4NWDA 3KG2A 4IY6A 3OEKA 4H5FA 3H6WA 3O2AA 1SW1A 1LAHE 1NNKA 4G8MA 1F9BA 5CI5A 1I6QA 4BDMA 4ONYA 4OWDA 1Y4CA 2XXHA 4G8NA 2VHAA 5CMKA 1HSJA 3MVZA 3MQ9A 1S50A 3TMGA 5DVIA 3SEUA 3DP6A 2HQ0A 4F39A 3IAZA 3MVYA 1B0HA 3K0VA 5AE4A 3SEXA 3PPRA 2QS3A 5CRYA 3TTNA 4ZZAA 1LBCA 1EZPA 2H99A 4RK2A 4G68B 1BIYA 3F11A 3A3CA 1NKXA 3IB1A 3GXAA 1DTGA 1MY4A 3S9EA 4JBZA 4H8IA 4FEDA 2AL5A 4DE8A 4GL0A 5CMCA 1HSLA 4IY5A 3O6GA 3C35A 3FJGA 4IO6A 4GLIA 3K6UA 2ZYKA 3VXBA 1TWYA 3S4UA 4I8CA 3RPWA 2DXRA 5H8NA 1B7UA 3T66A 4O3BA 1JW1A 3I5OA 4RYAA 4JDFA 4XIGQ 4RA1A 1B3HA 5ELVA 1EH3A 3CSBA 2P1SA 1PB9A 4XKNA 5AA2A 3UN6A 3ILUB 1LCTA 1Y3QA 4MFIA 2UYFA 4XTCQ 1MY1A 1EZOA 3FASA 2Y7PA 1LB8A 4F18A 4IGTA 3IO4A 4OENA 3OENA 2I58A 3QIMA 4BDOA 1GGGA 1Y9UA 1N3XA 3MW0A 3PD9A 2F78A 3TYHA 1N7WA 1US4A 3K6XA 4YMBA 3FUZA 4HTGA 1FQEA 4QFNA 4X9TA 2DXYA 4THIA 2Z22A 3N5LA 1PBQA 1SYIA 4U22A 2ZYMA 5DEXB 1H44A 2YLNA 4YICA 3OSRA 1CE2A 4PP0A 1UQWA 3G3KA 4QSCA 2XHDA 3E9XA 3K2DA 1OMPA 4O3AA 2H98A 2ESNA 2A5SA 3FVKA 5DVJA 3EN3A 1ZJLA 3LSWA 1B3GA 3OSQA 4MLQA 1D4NA 5L8DA 3R7XA 4Q8RA 3WAEA 3JZJA 2VGQA 3OO6A 3B6TA 3VVEA 4RJZA 1N7XA 1TXFA 4YB7A 1DSNA 1ATGA 3CR9A 4HCYA 4NE4A 5DVFA 5H8NB 2GRVA 2I3WA 3JV9A 3PV0E 1ZKBA 3SDFA 2A5TB 2XXPA 1DOTA 4LQ5A 2ZYNA 3KN7A 4C1TA 2X7QA 2XX9A 3MC2A 4O3CA 1AOVA 1OIBA 2DVCA 3BFUA 4FORA 4X1DA 2I48A 1MQHA 3FD3A 2HZLA 4QFLA 2I6EA 2VOZA 5FHOA 4KYDA 4H0WA 4N6PA 2VD3A 2OK2A 4ELRA 2DE2A 5FHMA 4UACA 3U93A 3KGCA 1URSA 3CG3A 3QK6A 1SYHA 4YMAA 1MH4A 1MQDA 3VE1B 1OLCA 3T9XB 1FTOA 3TTRA 5KCJA 2Q89A 5DTBA 3G3FA 2HEUA 3C34A 4ELPA 4PQJA 4YZZA 1SDXA 3HSTA 3IB0A 1LCFA 1ANFA 4R73A 3MP8A 4NTLA 1SVXB 4QFOA 2B3BA 2UVJA 1URDA 3CFXA 1XOCA 1TT1A 3M3LA 2XX7A 2YPNA 5H8QB 4KYEA 1GR2A 3L6GA 1UTBA 1TFAA 2REGA 1N0TA 3C33A 2O7IA 5B7DA 5CMMA 3EQ1A 1NL5A 4GFRA 1FW0A 4XKRA 1B1XA 1B7ZA 1Y20A 3CRBA 3EF7A 4LATA 1UIVA 1NH8A 4C1UA 1XVYA 1B4HA 4YKJA 1QUJA 3A3UA 2Y84A 3CSGA 4RPOA 2AIXA 4YAHX 4Q0CA 2ZXTA 1IITA 4BDLA 1MPBA 5H8SA 1B1HA 4ND9A 3OO8A 4F3PA 4WEDA 3T9UA 4ZECA 4F29A 1AMFA 4NEDA 4WEPA 1TFDA 2E0SA 4BDQA 1MY0A 3FVOA 3T96B 2HCAA 1MQIA 4P0IA 4IO5A 1FQFA 1NNFA 3LSFB 3H3GA 4HW8A 4Z7EA 1LFHA 1LAXA 5HBCA 5CM6A 1AL3A 4LUBA 1B2HA 2QS1A 4I9DA 4N07A 1UIUA 4ELOA 4HCWA 2XXQA 1MXWA 1RYXA 1UTBB 3HPIA 3KBRA 1N3WA 1B32A 1FTKA 4DIGA 5A5XA 3PUXE 3FATA 2O6AA 3CVGA 3LSLA 3E13X 3MZBA 4TQUQ 4GVOA 1T0KA 3IORA 1LB9A 3SKPA 1P1NA 4JWYA 2F7BA 2D21A 4OZ9A 2X26A 1IIWA 3IR1A 2F6PA 2H4IA 2OBGA 2PX1A 3KFMA 3V5AA 3PMXA 3OMBA 1FQCA 5I2NB 2DS9A 3K00A 4F1VA 3USDA 3HHGA 4F22A 4EF2A 4ZEBA 3O66A 2NWJA 1IUDA 4DXBA 2XXWA 3QXMA 3GLBA 4EDPA 2F8DA 3THIA 4G68C 4I62A 1L5TA 2HXWA 3PPOA 2I49A 4EXLA 3ODBA 1P1OA 4NF4A 1YAEA 4ZEDA 2UVIA 3BKIB 3CIJA 4EQBA 2DWJA 4BLAA 1MH3A 5DEXA 3TKDA 5I84A 1P1UA 5IKBA 4FECA 4IO7A 1Y3NA 4ZZEA 3VLUA 1JETA 1QUIA 1SW2A 2I3VA 2DSFA 3TUSA 2R9JA 2BJJX 4F3GA 2B3FA 3R26A 1EZ9A 2Z8FA 3UORA 4ZEIA 2I0CA 4ZE9A 1MY2A 3K02A 3CFLA 3LBSA 1N84A 3FXUA 1Y1MA 2V84A 4Z0IA 5A5XB 2V3TA 2F6GA 3MZ9A 2QS2A 4G2ZA 4KYSA 3FXQA 2A5TA 4ESWA 3G3GA 3QUJA 4U2RA 2PT1A 1A99A 4R9FA 3TELA 3U92A 4GRKA 3Q28A 1B40A 1ELJA 1FQDA 4LZ8A 2ONSA 3ZKKA 1ZLQA 2FNCA 4L17A 4QSDA 3EHSA 3QAXA 2ANJA 3GBAA 2G29A 3DP4A 3T9HB 4RK9A 2ZMBA 4JWXA 1BLFA 2NVUB 1FQBA 3MJNA 5KZTA 4FEBA 4WKMA 1MM7A 1RKMA 2ZNTA 1GTKA 3MVXA 4LZ7A 4BDRA 3FV2A 2XXUA 1D3KA 1A8EA 3DP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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