1ALCA

Refined structure of baboon alpha-lactalbumin at 1.7 angstroms resolution. comparison with c-type lysozyme
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
KQFTKCELSQNLYDIDGYGRIALPELICTMFHTSGYDTQAIVENDESTEYGLFQISNALWCKSSQSPQSRNICDITCDKFLDDDITDDIMCAKKILDIKGIDYWIAHKALCTEKLEQWLCEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Calcium binding protein
molecule keywords ALPHA-LACTALBUMIN
publication title Refined structure of baboon alpha-lactalbumin at 1.7 A resolution. Comparison with C-type lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Papio cynocephalus
total genus 40
structure length 122
sequence length 122
ec nomenclature
pdb deposition date 1989-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1alcA00
1LYZA 1LJEA 1B5ZA 1CKGA 3WYHA 1LZ6A 1RJCB 2BQIA 3RU5A 1LZCA 2YBNA 5LVHA 1WQNA 4OOTA 2ZQ3A 5LVIA 1UIGA 1UIFA 3ZVQB 1FN5A 4P2EA 1CKHA 5LVJA 4OWEA 3RNXA 1LSMA 4GCEA 1FDLY 1OUFA 4TTDA 5KXTA 4LYTA 4RLNA 4HSFA 2BQCA 2VB1A 2Z18A 5KXZA 3MGWA 1IP5A 1BGIA 1IWZA 4I8SA 5APCA 1REZA 3AGHA 1JISA 2BQMA 1W6ZA 9LYZA 5JENB 1OP9B 1KXYA 1XGTC 2CGIA 3A94A 4J0LA 4NGOA 1LZGA 4WG1A 1LKSA 3T36A 4NGZA 3B0IA 4TSCA 4CFPA 1JSFA 1UBZA 1DI3A 1IOCA 2FBBA 4EOFA 4WO6A 2B5ZA 2ZYCA 3WUMA 1REMA 2F4GA 4LYZA 1HEWA 1NF5A 4UWNA 4NSIA 3T6UA 1CJ6A 3WVXA 2HTXA 4TUNA 1P2CC 4YF2A 4B0DA 2Z37A 1IP4A 1HEOA 3CSQA 1KIRC 3K3TA 4DYGA 1IR9A 1OUBA 2WARA 2I26L 1LZ5A 1GB7A 2XTHA 3EXDA 1YIKA 3A90A 194LA 4LYOA 3B0KA 1NDGC 5LA8A 1LHJA 2IHLA 4MR1A 3QNGA 3TMWA 1C46A 1RFPA 4N8ZA 2X0AA 2N5ZA 1B0DA 1GEVA 1LSEA 4W96A 3B0OA 4WG7A 2MEFA 5KXPA 4ML7A 1C08C 1XGUC 2MEGA 4H92A 4H9HA 1JKCA 3LYMA 4FJRA 4X3BA 2FBDA 2W1LA 1BHZA 1F6RA 1UC0A 3LYOA 1BWJA 1ZVYB 3TXIA 1EL1A 4PGJB 2F2NA 5L9JA 1QTKA 4BS7A 4B1AA 4H1PA 1TCYA 1GF4A 2ZNXY 4H8ZA 1YQVY 1JKBA 3A6BY 1LMQA 1WQPA 3WU7A 4HTQA 1LPIA 2W1YA 1LJ4A 4LFPA 4N1EI 4NWEA 1UIAA 3IWRA 1N4FA 4WOAA 4WLYA 5LAFA 2HECA 5DN4A 5F14A 1HENA 1XGPC 5KJ9A 2DQDY 1DQJC 1VDPA 1OUDA 5F9XA 1IR7A 3AGGG 1D6PA 2CDSA 2Z38A 4OOOA 153LA 5C6JA 3CB7A 1YANA 1VDTA 5FHWA 1GFAA 5APEA 2LZ2A 4DDBA 1BB4A 3AW6A 4BAPA 2H9JA 2BQLA 1DXJA 1OUEA 5I53A 5IDDA 1LZTA 1UIDA 1JTOL 3B72A 5F81A 4HTKA 3TMUA 3TXGA 1FLUA 1FLQA 1GBXA 1IC4Y 4HP0A 1JUGA 1IWYA 3WPLA 5LXWA 1TBYA 3A95A 3TXHA 4NHTA 4M6DA 1LZ1A 4NWHA 1H87A 2BQBA 3EO5A 2YBHA 1BVKC 2Z2EA 3AZ5A 1G7LC 2I6ZA 3WXTA 1TEWA 3KAMA 4GLVA 4BAFA 3CQLA 3WW6A 1QIOA 4NGYA 3TMXA 2G4PA 1XEKA 2BLYA 5APFA 5LYMA 1KXWA 2ZYPA 1GF8A 4HV1A 4ETBA 4LYCA 4XJBA 1B7SA 3P4ZA 2BQFA 4OWCA 4XJGA 1LCNA 3P65A 1GXXA 1GF3A 1JTPL 2EIZC 4GLAA 1CKFA 4KL7A 4ETCA 1JITA 133LA 1LZSA 4DD7A 4J1BA 1GF7A 1GFTA 1JWRA 1LJHA 1XEIA 2A7FA 3AZ6A 4YENA 2DQEY 2A7DA 3W6FA 1GFVA 1RCMA 1LYSA 2AUBA 4IASA 4WM6A 3RT5X 1UICA 1NWGA 1B7LA 1LJIA 1LSBA 4O34A 1F6SA 5F9UA 2YBJA 4DDAA 1IWWA 1OUAA 4H9BA 3ZVQA 1A4VA 3HFMY 3VWOA 4HJZA 1CJ9A 3FE0A 5FSTA 3ULRA 2F4AA 4H9IA 1LSGA 5D5FA 1LZRA 4ZFPA 4HJVA 1LSDA 1IEEA 5KXWA 1IWXA 4Z41A 1LHMA 1YAMA 3WH1A 1JSEA 1LMCA 1LJFA 1LYYA 2Z39A 1T6VL 4CGEA 3A67Y 1DPWA 1HMKA 4GN4A 5FCPA 2DQGY 1IOQA 1VEDA 2ZILA 5LYZA 1FKVA 4C3WA 3AZ7A 4G4BA 3W6CA 1AT5A 1HF4A 1B5VA 3AGIA 1AKIA 1EQ4A 1XGQC 2EPEA 5C6LA 4Z98A 1QUTA 3G3AB 2HEFA 2BAAA 4WMGA 1BWHA 1D9UA 1LMPA 1WTNA 1HELA 1B2KA 1OUHA 1LJJA 5ILCA 5DN5A 1BB6A 3WPKA 1TAYA 1JHLA 1FKQA 1ZVHL 4PJ2C 1B5WA 4KPMA 1C7PA 4QDNA 4LT2A 1GB3A 1HEMA 3D3DA 4LT1A 1REYA 4I0CA 1IX0A 4CJ2A 1E8LA 1I20A 2DKVA 2HEDA 1JTTL 1F10A 1B7NA 1C45A 3WMKA 4ET9A 2HEAA 1UA6Y 2BPUA 1LZ9A 4MSTA 1GFRA 1UUZC 1GB8A 3HBHA 2DQCY 5I4YA 5L3IA 1B5UA 2C8OA 4NHSA 1LHLA 1IOSA 3LHMA 1DPXA 2D6BA 1GF5A 2DQAA 4LYMA 4U3XB 1PS5A 4BADA 1EQEA 3A3RX 4NHQA 2D4KA 193LA 2BQDA 5HNLA 4XJFA 1B5YA 3TXJA 1NBYC 1QDRA 4G4HA 1OUIA 2LZTA 4NIJA 1F0WA 1VAUA 3WPJA 4UWUA 3RW8A 1B5XA 4PPOA 6LYTA 4H9FA 4M4OA 1QTEA 2DQFC 1LMTA 3E3DA 4IATA 1ZMYL 2Z19A 1WVVA 3ZEKA 2DQIY 4A7DA 4HJYA 1UIHA 3AW7A 4OW1A 1GEZA 1HFZA 4MCKA 4RW2A 134LA 1AZFA 4XENA 5DLAA 5KXRA 4XJDA 1LMAA 1GBOA 1GE4A 2LYZA 3J4GA 4NGJA 4RDSA 1SQ2L 1VATA 1Z55A 1OQMA 3CT1A 1GE3A 3FI7A 1NMMA 5HNCA 1D6QA 4YM8A 4NGVA 2ZWBA 5B05A 4B49A 2MECA 8LYZA 1LJGA 1UIBA 1HMLA 4WO9A 4ETDA 1XFPL 4L41A 1FLWA 4XJHA 1LSZA 1QUSA 1BWIA 4DD1A 1V7SA 1IO5A 6LYZA 1GB2A 1LHKA 5HQ1A 4NGIA 4R6CA 1BVXA 3LYTA 4WM5A 5FDJA 5B06A 2EQLA 2W1MA 2FYCA 5E9RA 2FYDA 4B4JA 4OWAA 3GXKA 4XADA 4ETEA 1AM7A 1BB7A 1GBWA 1JJ0A 1IORA 2BLXA 2BQKA 2ZNWY 4H93A 1NQIA 1GDXA 2LHMA 1GE0A 5KKIA 1KIPC 1JKDA 1W08A 4C5FA 1DKJA 1YILA 3D9AC 3P66A 4IJ4A 1EQ5A 2G4QA 4NEBA 4RW1A 5B1GA 3IJUA 4DC4A 1GFHA 1GDWA 4DWXA 4N5RA 1D0LA 4ET8A 1B7QA 3QE8A 1CKDA 2MEEA 1NKHA 1V7TA 3QY4A 5B1FA 1FBIX 5KXXA 1KIQC 1REXA 1YKZX 3A34A 3A92A 1GBYA 1GD6A 1YAPA 3N9EA 1SLYA 3W3EA 1D0KA 5KXYA 4XN6A 1GBZA 5KXLA 1D0MA 1GF9A 3WUAA 3WU9A 1IP3A 3WULA 4QY9A 5B07A 2ZQ4A 1IP1A 1IR8A 3LZTA 5F16A 5LA5A 3RZ4A 1FLYA 2Q0MX 4J1AA 1GFEA 1NDMC 1J1PY 2HUBA 5E4PA 2MEDA 1LSCA 2MEIA 3P68A 2CJLA 4R0FA 1YL0X 5DM9A 4B4EA 1GB0A 2YSSC 5KXNA 5HMVA 1WQRA 1LJNA 1H6MA 3CT5A 3A96A 3CSZA 4HV2A 1C10A 4GN5C 3GXRA 4NSHA 1QQYA 1LHIA 2ZIKA 1GF0A 3EBAB 5A3EA 1A2YC 1CNSA 2H9KA 4LT3A 1LZBA 2YBMA 1OUGA 1LSFA 1KXXA 5KKJA 3BKVA 3OK0A 4KXIA 5APDA 7LYZA 1IWVA 2YDGA 4LT0A 135LA 1RI8B 3HBEX 2EKSC 4GCFA 5IELA 4WM3A 2HU1A 1J1XY 1OUCA 3ATOA 1HEQA 4WLXA 3TXBA 1LMOA 3W6EA 1UCOA 1LMNA 4NGKA 5T3FA 4D9ZA 4KT3A 5M1YA 1PZYA 208LA 1HC0A 4XJIA 5LIOA 2G4NA 2YBLA 5FELA 4OWHA 4HPIA 4H90A 1CJ7A 1GHLA 2MEHA 5LVGA 5KXOA 2IFFY 4WLDA 4GCDA 1HHLA 1HFYA 1GFKA 1YAOA 2XBRA 3TXDA 4NHIA 4B4IA 4G9SA 4CFOA 1LOZA 5KXMA 3HBDA 4YEMA 1HSWA 4NY5A 4N9RA 3WL2A 4G4CA 4H9AA 4WL7A 1IWUA 2D4IA 1LJ3A 4NFVA 1LHHA 5LVKA 1LYOA 4ETAA 1C43A 1LZ8A 1IY4A 1NBZC 1LZAA 3A93A 5HMJA 1RE2A 3AZ4A 3TXEA 4PRQA 4CHXA 1LJKA 1YAQA 2I25L 4H9EA 1CKCA 2NWDX 1LZDA 4N1CC 1QSWA 3TMVA 1WQMA 1GB9A 3ATNA 4ZEEA 207LA 5LYTA 1INUA 1LZEA 1GF6A 1JPOA 2HU3A 3LYZA 1BB3A 4WLTA 5II3A 1I56A 4AGAA 2D4JA 3WW5A 1JEFA 4WM1A 4NSJA 4ANRA 1VDSA 3W6AA 1GB5A 1B7OA 4II8A 3G3BB 1GAZA 3J6KA 4LGKA 1JKAA 1LSAA 4N0JA 1LSPA 3EMSA 1GPQC 4H8YA 5KY1A 1O23A 3TXFA 4QEQA 5IHGA 1XEJA 4W94A 1QSAA 5J7CA 1YROA 1IP6A 3CT0A 5AMYA 2DQHY 2CWIA 4GN3A 4NGWA 3WU8A 4UWVA 4DD9A 1WTMA 2MEAA 4HTNA 1IY3A 2PC2A 5ILFA 4DDCA 1NHEA 4LYBA 4E3UA 1LAAA 2BQAA 1IC5Y 3LN2A 3B6LA 1HEPA 1XGRC 4LZTA 2W1XA 4NG8A 5I4WA 5EBHA 4DD0A 2H5ZA 1LZ4A 2C8PA 3BKHA 4YEOA 4DD3A 2MEBA 1B7MA 1HSXA 5KXSA 3W6BA 1B9OA 1VDQA 1WQQA 1DI4A 3SP3A 1LTMA 4EMNA 5I4XA 3F6ZA 2RSCA 3LZ2A 4FDYA 1GE2A 2BQGA 5I54A 1ZV5L 1T3PA 3N9CA 1GXV2 1YL1X 3AJNA 1HERA 1LSNA 5D5CA 4AXTA 5DL9A 1G7HC 5HLLA 1HNLA 5FEKA 1TDYA 1LSYA 3WVYA 3M18B 3IJVA 4DT3A 5A3ZA 2BQNA 4WL6A 3AYQA 1GB6A 2Z2FA 5L3HA 1J1OY 1IIZA 1G7MC 1IC7Y 2YBIA 1CJ8A 1JJ3A 4TX7A 2HEBA 1DZBX 4Z46A 3A8ZA 2BQHA 4OWBA 4GCBA 4WM2A 154LA 1OUJA 1XSFA 1ALCA 2DQJY 4QGZA 4NSGA 4H94A 1QDTA 2Y8PA 2ZIJA 2LYOA 4ZIXA 1HFXA 1YKXX 4LFXA 4XYYA 1GFUA 3TXKA 3WUNA 1WVUA 4HPEA 5KXKA 4GCCA 1G7JC 3M3UA 2BQJA 3A3QA 5LAGA 1YKYX 4J7VA 132LA 4H8XA 5I5QA 3N9AA 4TSBA 4YOPA 1LKRA 2BQOA 4H9CA 4G49A 2DBTA 4Z3MA 5C6IA 1GE1A 4PHIA 1GFGA 1WQOA 3A6CY 1IWTA 1GBSA 4H91A 4NHPA 4TWSA 1IVMA 1JIYA 1GAYA 2D91A 1AT6A 1JJ1A 1GFJA 1G7IC 1IP2A 2XJWA 1IP7A 1LZYA 1I1ZA 1B7RA 1MLCE 1GWDA 2XBSA 1DKKA 4DD2A 3AB6A 2F30A 3W6DA 1UACY 1VFBC 3WXUA 5K7OA 1UIEA 2GV0A 1BB5A 1BQLY 3OJPA 4NGLA 1B7PA 4NG1A 1LZNA 2BQEA 4WM4A 4PRUA 2YVBA 1DI5A 2HEEA 2Z12A 5B59A 4RLMA 1IOTA 3CSRA 2LYMA 1MELL 3P64A 5LINA 3A91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJEA 1B5ZA 1CKGA 4LZMA 1RJCB 1C66A 1L91A 1FN5A 4P2EA 1CKHA 4TTDA 1OUFA 1KY0A 4LYTA 4HSFA 2BQCA 5KXZA 1L16A 1L08A 1IP5A 1L14A 1JISA 2BQMA 1W6ZA 1XGTC 4W56A 4YXAC 1L85A 4DQ7A 4CFPA 1JSFA 1T8AA 4WO6A 1C60A 4EXMA 1NF5A 1L19A 3T6UA 1CJ6A 166LA 3WVXA 1IP4A 3HDEA 2WARA 1L66A 3EXDA 110LA 118LA 4LYOA 1LHJA 168LA 1L00A 1RFPA 2X0AA 1LSEA 4H9HA 4H92A 2F2NA 5L9JA 1GF4A 3PBLA 243LA 1QSQA 3WU7A 4YXCA 1LJ4A 1LWGA 4N1EI 1QTZA 4NWEA 1UIAA 1DYFA 5DN4A 260LA 1L62A 1IR7A 1YANA 5FHWA 4BAPA 2F32A 5I53A 1QUOA 1FLQA 176LA 1SX2A 249LA 1JUGA 1QUGA 1TBYA 4NHTA 2XQOA 2BQBA 4S0WA 2Z2EA 119LA 212LA 1TEWA 1KW5A 4BAFA 3CQLA 2G4PA 1XEKA 5APFA 2ZYPA 4ETBA 4XJBA 1B7SA 2BQFA 4OWCA 1LCNA 1GXXA 143LA 1K28A 254LA 221LA 1LJHA 4EKRA 3AZ6A 2A7DA 1LYDA 1P6YA 3W6FA 1GFVA 1RCMA 1QUHA 4IASA 3RT5X 1LSBA 1L27A 2YBJA 5F9UA 1IWWA 1OUAA 4DDAA 1A4VA 3ULRA 1LZRA 2RBQA 5KXWA 1L25A 3WH1A 1D2WA 4GN4A 2DQGY 2ZILA 5LYZA 3HH4A 4G4BA 3AGIA 1XGQC 3NY9A 2HEFA 1BWHA 1B2KA 5ILCA 3CDRA 3SB6A 1FKQA 4KPMA 1C7PA 3C82A 1REYA 1E8LA 2HEDA 1JTTL 3WMKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LYZ A;  1LJE A;  1B5Z A;  1CKG A;  3WYH A;  1LZ6 A;  1RJC B;  2BQI A;  3RU5 A;  1LZC A;  2YBN A;  5LVH A;  1WQN A;  4OOT A;  2ZQ3 A;  5LVI A;  1UIG A;  1UIF A;  3ZVQ B;  1FN5 A;  4P2E A;  1CKH A;  5LVJ A;  4OWE A;  3RNX A;  1LSM A;  4GCE A;  1FDL Y;  1OUF A;  4TTD A;  5KXT A;  4LYT A;  4RLN A;  4HSF A;  2BQC A;  2VB1 A;  2Z18 A;  5KXZ A;  3MGW A;  1IP5 A;  1BGI A;  1IWZ A;  4I8S A;  5APC A;  1REZ A;  3AGH A;  1JIS A;  2BQM A;  1W6Z A;  9LYZ A;  5JEN B;  1OP9 B;  1KXY A;  1XGT C;  2CGI A;  3A94 A;  4J0L A;  4NGO A;  1LZG A;  4WG1 A;  1LKS A;  3T36 A;  4NGZ A;  3B0I A;  4TSC A;  4CFP A;  1JSF A;  1UBZ A;  1DI3 A;  1IOC A;  2FBB A;  4EOF A;  4WO6 A;  2B5Z A;  2ZYC A;  3WUM A;  1REM A;  2F4G A;  4LYZ A;  1HEW A;  1NF5 A;  4UWN A;  4NSI A;  3T6U A;  1CJ6 A;  3WVX A;  2HTX A;  4TUN A;  1P2C C;  4YF2 A;  4B0D A;  2Z37 A;  1IP4 A;  1HEO A;  3CSQ A;  1KIR C;  3K3T A;  4DYG A;  1IR9 A;  1OUB A;  2WAR A;  2I26 L;  1LZ5 A;  1GB7 A;  2XTH A;  3EXD A;  1YIK A;  3A90 A;  194L A;  4LYO A;  3B0K A;  1NDG C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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