1ALCA

Refined structure of baboon alpha-lactalbumin at 1.7 angstroms resolution. comparison with c-type lysozyme
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
KQFTKCELSQNLYDIDGYGRIALPELICTMFHTSGYDTQAIVENDESTEYGLFQISNALWCKSSQSPQSRNICDITCDKFLDDDITDDIMCAKKILDIKGIDYWIAHKALCTEKLEQWLCEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Calcium binding protein
source organism Papio cynocephalus
publication title Refined structure of baboon alpha-lactalbumin at 1.7 A resolution. Comparison with C-type lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ALPHA-LACTALBUMIN
total genus 40
structure length 122
sequence length 122
ec nomenclature
pdb deposition date 1989-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1alcA00
4PGJB 1TEWA 2DQHY 4WLYA 5KXRA 1LHLA 1Z55A 1LJGA 1LSGA 1LZ5A 1V7TA 1C10A 1GBOA 4HV2A 4NIJA 4QGZA 4ETEA 2YBMA 4H9CA 4RW1A 4G4HA 1IOTA 4HJZA 5APDA 4BADA 3EXDA 1W6ZA 3P65A 2MEDA 4J1BA 2A7FA 2Z19A 4DD0A 1HHLA 1LKRA 1LTMA 1ZVHL 3CB7A 1IR9A 1RJCB 1IWYA 3GXKA 3RW8A 2ZNWY 5C6IA 1LJHA 1LZTA 4MSTA 4A7DA 4ET8A 1UIBA 2VB1A 4EOFA 1N4FA 2DQAA 1GFKA 3T36A 3LHMA 1HFXA 1AZFA 1OP9B 1JTPL 1I1ZA 1XGRC 5LA8A 1GF5A 133LA 3TXJA 3WPLA 1SQ2L 4I8SA 5M1YA 5LYMA 1GE4A 1ZV5L 5FCPA 3VWOA 3BKVA 1IC5Y 2BQGA 2MEHA 5LYTA 3AZ7A 1IWXA 6LYZA 1JTTL 5I5QA 2YSSC 1GFTA 1HMKA 2MEIA 3A34A 1E8LA 1JISA 1O23A 5FSTA 1LKSA 1FKQA 2XJWA 2C8PA 4GN3A 2HEDA 5D5FA 3AGHA 4WO9A 3B0IA 4B4JA 2Q0MX 2HEAA 1FDLY 2CJLA 5KXYA 3WH1A 3WMKA 5LVHA 4W96A 3WUNA 2D6BA 2BQFA 4PRQA 4GN4A 1GE3A 3EMSA 4GCEA 2IFFY 4NGZA 4OW1A 1J1XY 3M18B 5LIOA 4NHTA 2BQEA 1IWTA 1DKKA 5F14A 2HECA 1FLWA 2LZ2A 5ILFA 2Z18A 1QTEA 1XEJA 3EO5A 3P66A 4DWXA 3WW6A 4HTNA 4C5FA 5KXTA 2G4NA 4NSJA 1J1OY 1VDTA 2DQIY 5APFA 1HC0A 4G4BA 4NGJA 1NDGC 4EMNA 2F4AA 1OUGA 2BQMA 4GCBA 4E3UA 1TDYA 1YKYX 1VAUA 1GXV2 1VDSA 1LPIA 134LA 4O34A 4IASA 1GF3A 4ETAA 2H9KA 3TXKA 1CJ8A 1UIHA 3LYOA 1LJJA 4GLVA 3AGGG 2Z39A 1TAYA 3A6CY 2F4GA 1JKBA 4ETDA 3TXHA 1LJKA 1UICA 3IWRA 1JPOA 2BQOA 1LZYA 1YILA 1IORA 4NSGA 1RFPA 2BQJA 4HJVA 4WG1A 2A7DA 3CT1A 4D9ZA 1LSEA 1CJ9A 1LHKA 1LJFA 1LSDA 3KAMA 4OOOA 4ET9A 5HNCA 1NMMA 5JENB 1T6VL 4LT2A 3WULA 5HLLA 1GFRA 1UBZA 4WM2A 5DN4A 1CJ6A 3AZ6A 1GE2A 1LCNA 1GB7A 1DI3A 4J0LA 1WQRA 4MCKA 1REYA 4CFOA 5ILCA 3P64A 1W08A 5F9UA 3A93A 1GWDA 5LVKA 3ZVQA 2DQGY 2LHMA 2FYCA 2GV0A 4RLMA 4N9RA 1LJIA 4H8ZA 1BVXA 1BHZA 1LZ1A 1QTKA 2HU1A 3CT5A 1LZ6A 3N9EA 5J7CA 1BB4A 1GF7A 1HMLA 1GB0A 2YBIA 3CSRA 5LVIA 1CKCA 4LFPA 4W94A 3AGIA 4NHQA 4H8XA 1LSYA 4UWNA 1ZVYB 4H94A 2DBTA 3D3DA 4ETCA 132LA 1LJEA 1LMCA 1IWWA 1IR8A 1HELA 1TBYA 1GBYA 1JUGA 1LHMA 1B5YA 1B7PA 4LT0A 3A3QA 1CJ7A 5HMVA 2PC2A 3B0OA 1HFYA 1XGPC 3ATNA 1QDTA 1B5UA 1WQMA 3AW6A 4H93A 4NGOA 5L3HA 5E9RA 1JITA 1LOZA 3B0KA 1KXXA 4G9SA 1IOCA 8LYZA 207LA 4TWSA 1B7QA 2W1LA 4TUNA 1BWHA 4X3BA 1LMTA 4TX7A 1F10A 2FYDA 4H91A 5II3A 3WU8A 5B05A 1B5ZA 1IWZA 1FLQA 5KKJA 4XJFA 2W1YA 4HSFA 3A90A 3AZ4A 1NF5A 2DQEY 1OUFA 1FLUA 3IJUA 2BQNA 3B72A 5KXSA 1BVKC 1LZDA 4R0FA 1HEWA 1JEFA 1HEMA 1JKCA 4OWCA 5I4WA 1V7SA 5LINA 1REZA 3ZVQB 3TMWA 1LYSA 2W1XA 3WXTA 1LSMA 4WM1A 1GXXA 1GD6A 3MGWA 3AYQA 135LA 4FJRA 1RCMA 1CKHA 5LA5A 4AGAA 1IO5A 5APCA 1BWJA 1B2KA 1BB6A 4BS7A 1LZ4A 2YDGA 1EQEA 1NKHA 2DQFC 4DD1A 4YENA 2YBNA 1GFEA 4XJGA 1LMQA 4LFXA 1OUCA 4WLXA 2N5ZA 2CDSA 3N9AA 2F2NA 1GF0A 4HJYA 2XBSA 4NHPA 3P4ZA 4TSCA 1LZRA 1JSEA 153LA 3OJPA 1IC7Y 3TXBA 4TSBA 4PHIA 5DM9A 4N1EI 4B49A 3G3BB 4DD9A 1DI4A 3EBAB 4XN6A 1ALCA 2LYOA 3E3DA 1HSWA 4P2EA 3ZEKA 1LJNA 3QE8A 4Z46A 4G4CA 4AXTA 4DT3A 1GB6A 4NGKA 2Y8PA 3TXIA 1DXJA 1GDXA 3WVXA 3TMXA 2D4KA 2B5ZA 3D9AC 5KXMA 1B7RA 2ZQ4A 2ZILA 1IY4A 4RLNA 5KXOA 1IWUA 1B7LA 1YKZX 2YVBA 4GCDA 4GCFA 4LYZA 2MEEA 4NGVA 1G7HC 4LYOA 2BQAA 3BKHA 4H9EA 5EBHA 3RT5X 4UWUA 3WW5A 4H8YA 4CJ2A 1GFVA 1I20A 1BB5A 1BWIA 3A96A 4HP0A 3WXUA 1B7NA 1WTNA 3P68A 1IIZA 1B7OA 4II8A 1CKDA 1PS5A 1UACY 4LT1A 4GN5C 1H87A 2BQCA 5DN5A 1G7MC 2I26L 1QDRA 4YEOA 1B7MA 1CNSA 5KXNA 1VATA 1OUEA 3RNXA 3W6FA 2C8OA 4NGLA 5KXZA 4H9AA 4OWBA 2F30A 1WTMA 2ZIKA 2ZIJA 4N5RA 1B5XA 2HEFA 1IP5A 1F6SA 1UIEA 2BPUA 4XJIA 3RU5A 4DYGA 3LYZA 1ZMYL 1GB5A 1IC4Y 2XTHA 1INUA 3CT0A 4ANRA 5KXLA 4OWAA 3LN2A 1UIGA 1LSBA 1JSFA 2MECA 1LZ9A 4H90A 1XGTC 1EL1A 1LZ8A 2AUBA 2LYMA 2MEAA 5I4YA 1LAAA 1IP2A 1G7LC 1LSFA 3W6EA 1MELL 1LHJA 2DQDY 2Z2FA 4WG7A 2G4PA 3CSQA 5I53A 3OK0A 4R6CA 4NHSA 5L9JA 4H9IA 4XADA 3TMVA 4CHXA 2EQLA 4GCCA 5LVGA 3ATOA 4XJBA 5B07A 2HEEA 4WM3A 1B5VA 4M4OA 1IWVA 1JJ3A 5FDJA 1NWGA 1VDQA 3WYHA 1C45A 4NGYA 3A94A 2ZNXY 2I6ZA 5FELA 2HU3A 6LYTA 4KPMA 3QY4A 1LZBA 1FLYA 3G3AB 5LAFA 1T3PA 2DQCY 2YBLA 2Z37A 4WO6A 4DD7A 1EQ5A 1GB3A 5KXWA 5FHWA 1JKAA 3RZ4A 1LYYA 3FE0A 3W6CA 4ZFPA 1MLCE 3W3EA 5C6LA 4WM6A 3W6AA 1GBSA 3AW7A 4G49A 4L41A 1REMA 3WPJA 2MEFA 1HF4A 5L3IA 1LMOA 4NG8A 1NBYC 5I4XA 5F16A 2DQJY 193LA 1HEQA 2ZYPA 4N1CC 4NWHA 1LYOA 9LYZA 5K7OA 1HNLA 1LSCA 3N9CA 1KXWA 1UIDA 1XSFA 4NSHA 4OOTA 1LMPA 1DPWA 1LZEA 1JIYA 2EIZC 1GHLA 5B06A 4TTDA 1GF9A 1SLYA 2D4JA 1FN5A 2YBHA 5LAGA 1LYZA 5APEA 1OUAA 1JHLA 2ZYCA 4DDCA 1LSZA 2BQHA 1AT5A 3A95A 1DPXA 4IJ4A 1LZAA 4M6DA 1XEIA 2G4QA 1LJ3A 1AT6A 5B1FA 4RW2A 1F6RA 2EKSC 5A3EA 5HQ1A 3B6LA 1A2YC 1OQMA 3K3TA 1IP1A 1DZBX 1P2CC 1XEKA 1WQOA 1D9UA 1F0WA 2MEGA 1GE0A 4WLTA 1GEVA 4H1PA 1QSWA 4IATA 4LYMA 2BQIA 4NFVA 1GF4A 2XBRA 2BQDA 1GBWA 3WU9A 2Z2EA 4DDBA 3A8ZA 4LT3A 1LJ4A 3A92A 1UCOA 1YAOA 4DDAA 1RI8B 3M3UA 4HTQA 3TXGA 3LYMA 4DD3A 1LHHA 1GFAA 1RE2A 1UIFA 4C3WA 1C43A 4N0JA 5FEKA 1CKFA 1LMNA 4DD2A 1UIAA 4WM5A 1JWRA 1LSNA 1AKIA 1G7IC 154LA 1DQJC 2EPEA 4YEMA 1XGQC 2NWDX 1HFZA 4LYCA 5HMJA 1B9OA 4FDYA 1YAPA 1B5WA 1IX0A 4ETBA 1AM7A 4WLDA 1HSXA 1NHEA 4B4IA 3SP3A 4NY5A 5LVJA 5IHGA 3LZTA 2HEBA 1GBXA 1LZCA 2Z12A 3HFMY 1HEPA 4YM8A 1YAMA 2BQBA 3TXDA 4NEBA 3J4GA 5HNLA 4DC4A 1NDMC 1OUIA 2CWIA 4PPOA 1GFGA 1LMAA 1LSPA 2H9JA 2MEBA 4XENA 1LZSA 1YQVY 5DL9A 3LYTA 1LZNA 2X0AA 1GFUA 1D0KA 4YF2A 1GB2A 3W6DA 3AJNA 1LZGA 1IP7A 2BQKA 2W1MA 1GAYA 5IELA 2LYZA 1EQ4A 3IJVA 4XJDA 3A91A 1OUJA 5LYZA 3ULRA 1GB8A 1FKVA 1WQNA 1UUZC 1OUHA 4QDNA 2ZWBA 2RSCA 1GE1A 5F9XA 4NGIA 2D4IA 1QUSA 3CSZA 2H5ZA 4N8ZA 4CFPA 4QY9A 2FBBA 1B0DA 1IOQA 5KJ9A 4KT3A 1WQPA 2I25L 3WL2A 5KXXA 2FBDA 3HBEX 3WPKA 5B1GA 208LA 1KIQC 1CKGA 2BQLA 1D0MA 1REXA 1KXYA 1DI5A 2HTXA 2HUBA 4NSIA 5F81A 1D0LA 4LYBA 4XJHA 4ML7A 1JTOL 5KXPA 4B4EA 3TXFA 4NGWA 1JKDA 3A3RX 1GB9A 1PZYA 4HV1A 3WU7A 1H6MA 4J1AA 4OWHA 1OUDA 1OUBA 3AB6A 4NG1A 1WVVA 1VDPA 1UA6Y 2BLXA 5T3FA 4LZTA 1VEDA 4PRUA 1IVMA 4H9HA 1YKXX 4B1AA 4HTKA 2Z38A 1J1PY 1XGUC 4QEQA 1IR7A 5A3ZA 1IOSA 4B0DA 2WARA 7LYZA 1YAQA 1QIOA 4WL7A 1C46A 1YROA 3WUAA 4Z41A 4LGKA 3TMUA 2LZTA 1BGIA 5KKIA 2BLYA 5KXKA 1GBZA 1IP6A 1G7JC 1LSAA 4Z3MA 1BQLY 1I56A 3J6KA 3WVYA 1C7PA 1GEZA 2YBJA 4YOPA 1GDWA 3HBHA 1YL1X 3AZ5A 1JJ1A 4H92A 4H9BA 1QQYA 4KXIA 3T6UA 1A4VA 5AMYA 4ZEEA 4OWEA 4MR1A 5I54A 2CGIA 4XYYA 5KY1A 4ZIXA 1TCYA 1C08C 4GLAA 4UWVA 1GFHA 194LA 1YL0X 4H9FA 1JJ0A 1WQQA 5DLAA 4RDSA 3QNGA 1WVUA 5B59A 3CQLA 4CGEA 4HPIA 4BAPA 1GAZA 1YIKA 1HEOA 1IP4A 1GF8A 1KIRC 1LHIA 4WL6A 1GF6A 1XFPL 3TXEA 1HERA 1D6QA 1QUTA 1FBIX 2D91A 1BB3A 5E4PA 2IHLA 4BAFA 2ZQ3A 3A67Y 1DKJA 1UC0A 3GXRA 4KL7A 4PJ2C 4NHIA 1GPQC 5D5CA 3LZ2A 4U3XB 4J7VA 1VFBC 5LXWA 4WOAA 5C6JA 3FI7A 1IP3A 4Z98A 1D6PA 4WM4A 4WMGA 2BAAA 1GFJA 1KIPC 1QSAA 3A6BY 5IDDA 1IEEA 3HBDA 1HENA 1NBZC 1BB7A 1IY3A 4I0CA 3WUMA 3W6BA 3F6ZA 4HPEA 4NWEA 1NQIA 1B7SA 2DKVA 4LYTA 1YANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z55A 1LZ5A 1V7TA 159LA 4H9CA 1IOTA 5APDA 3OE6A 1IR9A 3RUNA 4LZMA 1LZTA 4ET8A 3T36A 1OP9B 145LA 1I1ZA 5M1YA 187LA 1C69A 1GE4A 1ZV5L 3VWOA 2CUUA 2RH1A 178LA 1L12A 1QUHA 1L59A 1JISA 205LA 1L25A 2XJWA 1CX6A 4GN3A 3SB6A 1B6IA 200LA 1LGWA 2Q0MX 4W96A 4PRQA 4ARMB 1GE3A 104LA 3GUPA 2IFFY 174LA 2BQEA 1DKKA 2LZ2A 3P66A 1XEJA 4HTNA 5KXTA 1P36A 2LCBA 5APFA 1L15A 4GRVA 1NDGC 1D9WA 4EMNA 151LA 2F4AA 4E3UA 1GXV2 147LA 1GF3A 3TXKA 3LYOA 1UIHA 4GLVA 4K5YA 3AGGG 1TAYA 2F4GA 4ETDA 1LJKA 3IWRA 1CTWA 4DAJA 1L18A 1LJFA 1LSDA 4OOOA 4ET9A 1NMMA 1L04A 3WULA 1UBZA 1G0PA 259LA 107LA 1REYA 4CFOA 3A93A 3ZVQA 2FYCA 230LA 1LJIA 166LA 4H8ZA 1LZ6A 1QTHA 4I7QA 123LA 3CSRA 3NY8A 4LFPA 143LA 4NHQA 3D3DA 4ETCA 1LJEA 1LMCA 1C6AA 2ANXA 1SX7A 1B7PA 4LT0A 1CJ7A 4NGOA 1JITA 1L08A 1L55A 1P7SA 1LMTA 140LA 4TX7A 3SB9A 5II3A 5KKJA 3A90A 1L81A 1QTZA 4R0FA 111LA 1HEWA 1JKCA 5I4WA 1CV1A 2NTHA 5LINA 1LYSA 3WXTA 1CX7A 4FJRA 1BB6A 1LZ4A 1EQEA 1OWZA 4HJYA 3P4ZA 4TSBA 3C8RA 4PHIA 1L56A 4N1EI 3V2YA 4EPFA 3PBLA 4G4CA 120LA 192LA 1QS5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PGJ B;  1TEW A;  2DQH Y;  4WLY A;  5KXR A;  1LHL A;  1Z55 A;  1LJG A;  1LSG A;  1LZ5 A;  1V7T A;  1C10 A;  1GBO A;  4HV2 A;  4NIJ A;  4QGZ A;  4ETE A;  2YBM A;  4H9C A;  4RW1 A;  4G4H A;  1IOT A;  4HJZ A;  5APD A;  4BAD A;  3EXD A;  1W6Z A;  3P65 A;  2MED A;  4J1B A;  2A7F A;  2Z19 A;  4DD0 A;  1HHL A;  1LKR A;  1LTM A;  1ZVH L;  3CB7 A;  1IR9 A;  1RJC B;  1IWY A;  3GXK A;  3RW8 A;  2ZNW Y;  5C6I A;  1LJH A;  1LZT A;  4MST A;  4A7D A;  4ET8 A;  1UIB A;  2VB1 A;  4EOF A;  1N4F A;  2DQA A;  1GFK A;  3T36 A;  3LHM A;  1HFX A;  1AZF A;  1OP9 B;  1JTP L;  1I1Z A;  1XGR C;  5LA8 A;  1GF5 A;  133L A;  3TXJ A;  3WPL A;  1SQ2 L;  4I8S A;  5M1Y A;  5LYM A;  1GE4 A;  1ZV5 L;  5FCP A;  3VWO A;  3BKV A;  1IC5 Y;  2BQG A;  2MEH A;  5LYT A;  3AZ7 A;  1IWX A;  6LYZ A;  1JTT L;  5I5Q A;  2YSS C;  1GFT A;  1HMK A;  2MEI A;  3A34 A;  1E8L A;  1JIS A;  1O23 A;  5FST A;  1LKS A;  1FKQ A;  2XJW A;  2C8P A;  4GN3 A;  2HED A;  5D5F A;  3AGH A;  4WO9 A;  3B0I A;  4B4J A;  2Q0M X;  2HEA A;  1FDL Y;  2CJL A;  5KXY A; 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 4PRU A;  1IVM A;  4H9H A;  1YKX X;  4B1A A;  4HTK A;  2Z38 A;  1J1P Y;  1XGU C;  4QEQ A;  1IR7 A;  5A3Z A;  1IOS A;  4B0D A;  2WAR A;  7LYZ A;  1YAQ A;  1QIO A;  4WL7 A;  1C46 A;  1YRO A;  3WUA A;  4Z41 A;  4LGK A;  3TMU A;  2LZT A;  1BGI A;  5KKI A;  2BLY A;  5KXK A;  1GBZ A;  1IP6 A;  1G7J C;  1LSA A;  4Z3M A;  1BQL Y;  1I56 A;  3J6K A;  3WVY A;  1C7P A;  1GEZ A;  2YBJ A;  4YOP A;  1GDW A;  3HBH A;  1YL1 X;  3AZ5 A;  1JJ1 A;  4H92 A;  4H9B A;  1QQY A;  4KXI A;  3T6U A;  1A4V A;  5AMY A;  4ZEE A;  4OWE A;  4MR1 A;  5I54 A;  2CGI A;  4XYY A;  5KY1 A;  4ZIX A;  1TCY A;  1C08 C;  4GLA A;  4UWV A;  1GFH A;  194L A;  1YL0 X;  4H9F A;  1JJ0 A;  1WQQ A;  5DLA A;  4RDS A;  3QNG A;  1WVU A;  5B59 A;  3CQL A;  4CGE A;  4HPI A;  4BAP A;  1GAZ A;  1YIK A;  1HEO A;  1IP4 A;  1GF8 A;  1KIR C;  1LHI A;  4WL6 A;  1GF6 A;  1XFP L;  3TXE A;  1HER A;  1D6Q A;  1QUT A;  1FBI X;  2D91 A;  1BB3 A;  5E4P A;  2IHL A;  4BAF A;  2ZQ3 A;  3A67 Y;  1DKJ A;  1UC0 A;  3GXR A;  4KL7 A;  4PJ2 C;  4NHI A;  1GPQ C;  5D5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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