1AOVA

Apo duck ovotransferrin
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
b'APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Preliminary crystallographic studies on duck ovotransferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords APO-OVOTRANSFERRIN
molecule tags Transferrin
total genus 186
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA03
1B40A 1LB8A 3PPQA 5DVJA 5ICQA 2XXQA 5AA1A 1NMUA 4NTLA 2X26A 1UTBA 4BDQA 4OFLA 4ISUA 1GVCA 3U93A 3H3GA 3T9VA 4EXLA 1B52A 4LUBA 3IOUA 3E3KA 5CMMA 4WXJA 3QAXA 4OQOA 1B3EA 2XXHA 3I3VA 1FTKA 1FTMA 2VGQA 3KN3A 2W7YA 3CG3A 4FJPA 5CI5A 3KN7A 3Q26A 3TZAA 1PBPA 1N76A 3OEKA 1Z7ME 3L6GA 2HCAA 2I3VA 2QSXA 3I5OA 4C0RA 1MXWA 4NEDA 1ELJA 1JW5A 4U23A 1SW4A 2V3TA 3K00A 1MM7A 3VXBA 2XHDA 1MPCA 1YPNA 4ZEKA 2ONSA 2PYYA 4R73A 4QSDA 4XKRA 2GH9A 4YMAA 3K6WA 1LCTA 3MP8A 4DXBA 1I69A 3OO6A 3TFLA 3A3CA 4KHZE 5HPQA 2I6EA 4Q5TA 3CSGA 3D4GA 3M8UA 1B51A 3PUVE 1B5IA 5AA2B 3JZJA 3GBAA 3IK6B 2FA7A 2F6GA 2THIA 4YKJA 3UN6A 4YMBA 4OYVA 3ZKLA 4RY1A 1LAXA 1MY4A 3QXMA 4ZEFA 5ITOA 2DWAA 3TUSA 4JDFA 1WODA 1DMBA 2O84X 4U1OA 2YJPA 3KSXA 4NE4A 1Y9UA 2XXYA 1MY0A 3VDFA 3C36A 4KPTA 2OLBA 3U94A 1RYXA 4RK9A 3KG2A 3TELA 4YICA 1UIVA 1TFAA 3S9NC 1Y4CA 2I0CA 4PP0A 5JTYB 5I59B 4HCYA 2PMSA 1DPEA 1FQFA 2Y7WA 1IQ7A 3VXCA 4X48A 2I3WA 5F1QA 3U92A 4QF9A 1LB9A 4OTEA 2QS1A 3OD7A 2AL5A 1FTJA 1NNFA 4XKNA 2V3QA 2OBGA 1D4NA 2YPNA 4GQOA 2H98A 4NF6B 1B3GA 4H5FA 2G93A 1B7ZA 3LSXA 4KFQA 1B3HA 3DM0A 3F11A 3O97A 4ZE9A 3PV0E 3TMGA 3A09A 2F5XA 1JEVA 3FV2A 3P7IA 2LAOA 5FTIA 3B7DA 4RK2A 1QUJA 3K1PA 1LFGA 1FTLA 1MRPA 1XC1A 2ZNUA 1IXHA 3LUYA 4P11A 3K4UA 2H5YA 1ZKBA 2GHBA 3HHFA 1GTKA 1M5CA 5H8HA 3MVYA 2Z8DA 3K01A 1MQIA 2RCAA 3RQTA 4IGRA 3BBRA 4DCXA 3WAEA 3Q28A 5CM6A 2I58A 1SBPA 4NF5A 4YKKA 4F22A 2DQVA 4AB6A 2IEEA 1HSJA 2XXTA 2Y7KA 2ZXTA 5I57A 3OENA 3K1MA 3RT6B 3H6UA 5M2VA 1OLCA 3L6HA 3IOWA 1HSLA 1WDNA 1M5EA 3PUWE 1HSEA 1P1QA 1B7HA 4EQ7A 3ILTB 2Q2AA 2OCUA 1M5BA 4H5GA 1MXZA 1LAGE 3Q29A 1IXIA 2GHAA 5HM4B 3PPNA 3W9WA 1N3WA 3PUZE 1SDXA 1YTVA 4IO2A 4POXA 2PVUA 1QW0A 3H06B 4GL0A 5KDTB 2HAVA 5ISUA 3PPOA 3QYTA 2Q88A 3G3HA 1MH4A 1A54A 3FVNA 2QS3A 1O7TA 1UTHA 2X7QA 4R6KA 4QFKA 4I62A 4ZS9A 3GBBA 4LZ8A 1EZOA 1EZPA 4RYAA 4H8JA 2PX1A 5CBSA 3UK4A 5B70A 1DPPA 4F19A 5H8FB 3TODA 3MVXA 2QS4A 1CE2A 3IO6A 2NVUB 1AH5A 4IO3A 1D9VA 1Y1MA 2IA4A 3QUJA 4BDRA 3Q25A 1LFHA 1LAHE 4MF3A 2ONKE 1MS7A 5AA2D 4G68B 1UQWA 4LONB 5FHMA 4N13A 1TWYA 2V84A 3DP6A 3EN3A 3MVWA 3IB2A 5TU0A 2O7IA 3D4CA 1NH8A 3GLBA 4ZE8A 3GXAA 2HAUA 4TOZA 4Z7EA 3RNNA 2FYIA 2VD2A 1B32A 1QUKA 1XT8A 2NXOA 2F97A 5J1DA 1J1NA 1LCFA 2XXVA 1LSTA 4OFOA 3DELB 1XVYA 1JETA 2R6GE 1EH3A 3H6WA 1L5TA 1VFDA 3TQWA 3C4MA 5I2KA 3VLVA 1H3DA 3CRBA 4OZ9A 3USDA 2H4IA 3IO4A 1FQAA 3K2DA 3K6XA 3RN8A 1Y3PA 1R9LA 4FAJA 1OIBA 4DXUA 5I58A 1QJMA 3T9UA 3CIJA 4LQ2A 1B2HA 4LQ5A 4EF1A 3Q27A 1ZMGA 4LATA 3EF7A 1II5A 2UVIA 1LFIA 2ABHA 1SW5A 1FQBA 4F3GA 4FEDA 3QIMA 3LR1A 1MDQA 3IR1A 5AA4A 2OWSA 3C31A 1OVTA 2GRVA 1DTGA 5H8SA 3O9PA 4F1UA 3ODBA 1T0KA 4PETA 1ZJLA 1S50A 4U2RA 1D9YA 1URSA 4YB6A 3IB1A 2B3FA 1Q35A 2V93A 4F29A 4Q0CA 2F8DA 5I2NB 1R9QA 2B3BA 3IAZA 1N7XA 4ZEBA 3CSBA 1JEUA 1NNTA 2F36A 2QMXA 5DVFA 1TXFA 1QULA 3TTRA 4UACA 3EPEA 2F7AA 3KJTA 2OK2A 2RC7A 4AQ4A 3U72A 3EHSA 5CMBA 2DS9A 1Y3QA 1MY2A 2WKYA 2A5TB 4AB5A 3JYRA 3S4UA 2PBWA 2ZYOA 1VR5A 4OENA 1MQGA 1PB7A 1PB9A 3B6QA 3FXUA 3O6GA 1SI0A 2CZLA 4OEVA 4QRZA 3ECRA 4U22A 2DE2A 3PMWA 3TCFA 3BKIB 3MW0A 4JBZA 2XXRA 3G3GA 4XXUA 3N5LA 3OOAA 4LZ7A 2QRYA 2DXYA 3PD9A 1IITA 4YKPA 1B6HA 4LVQA 4C1TA 1BIYA 3FD3A 2DE4A 3IORA 3K1NA 1MXUA 3U1OA 1N3XA 3MPLA 4IO6A 1DOTA 2XX7A 4WKMA 3C34A 2F7BA 2Q8JA 3C9HA 4KYDA 2UYEA 1B0HA 4TLLB 3RY3A 3HHGA 4O3BA 3A3UA 4NF8A 3IL1B 1RYOA 2UVJA 5TP9A 4JWYA 2I0BA 1B0LA 2DP8A 4Q30B 1MPDA 1OMPA 1GV8A 5H8NA 5IKBA 4EUOA 4XTCQ 4GIZA 2XXIA 1KWHA 4GFRA 3CI8A 1QVSA 3LBSA 3H7MA 4EF2A 3PPPA 3CFXA 3E4RA 4YB7A 3PGFA 4BLAA 4MH5A 2Y7RA 4DE8A 4F1VA 4KI0E 2QS2A 4YKIA 3N94A 4E0XA 4KD5A 4XKPA 5H8QA 2Y7PA 5KCJB 4R72A 3VLWA 3OSRA 5DEXB 2HQ0A 3V8XB 4ELRA 2Z23A 3HCQA 3TEPA 1AL3A 1H44A 2ZYNA 2ZYMA 1BLFA 4YU0A 4U21A 4ZEDA 4GOTA 2XXPA 1H43A 3MBPA 3S9EA 3KFMA 1DSNA 3N6TA 5DVIA 1SI1A 3SDFA 1TT1A 5I56B 2HZLA 2DWHA 3TPAA 1MDP1 2YLNA 1SVXB 4LZ5A 4TLMB 3AXFA 3M3KA 3S2VA 5DTBA 4JSOA 1SD3A 1FQCA 4OVJA 3TCHA 3CR9A 1UTBB 1D3KA 4PE5B 1NNKA 3UIFA 4XKQA 5K2YA 1AMFA 4OMBA 1MG1A 1B1HA 1MY1A 2F34A 4O3CA 3ZS6A 3TKDA 4NF4A 3FZVA 3W15C 2P2AA 2QJEA 4LP2B 1BKAA 3OSQA 1ANFA 4OHNA 1PB8A 1NFTA 3OXNA 4E0WA 4JXIA 4IO5A 4QFOA 3E13X 4KCCA 3V83A 2UVHA 1FW0A 3K6UA 5A5XA 4H67A 1I6AA 4JWXA 4ND9A 4U1ZA 3MZ1A 2I49A 4PFTA 2BJJX 3PMVA 3EHUA 1WVJA 4MLQA 1Y4TA 1OQHA 4X1DA 3LSWA 1P1WA 2F35A 3MVZA 3ILUB 1PC3A 4HCWA 2F6PA 1LAFE 1R1NA 2RF1A 1SYIA 4X1BA 2XD2A 1MQHA 2Q9TA 1P99A 1ZTYA 4UA8A 3N6UA 3MC2A 2FNCA 4FATA 3H6TA 4F2QA 3QSLA 3THIA 3O6HA 3C33A 1A99A 4PFYA 1EU8A 1B7UA 4N07A 1SW2A 3R7XA 4P0GA 3T93B 1LBBA 2I4CA 2DYXA 2VD3A 4POWA 1N0TA 1MXYA 1Y1ZA 4MFIA 2X7PA 4G77A 1XOCA 2O51A 3HSTA 3EQ1A 4GVOA 2I48A 1YCJA 1JNFA 2XD3A 4ONYA 1MXVA 4RA1A 4IY6A 3PMXA 1PEBA 4THIA 4R9FA 4ZECA 3O2AA 2P0SA 2G29A 2DWJA 4K3FA 3CFZA 3IJOB 4QHQA 4ZDMA 5LOMA 4FORA 1NH7A 5L9SA 4IY5A 1P1NA 3RGYA 2CMOA 5TPAB 3VLUA 2D5WA 3SEYA 5AA2A 3MZ9A 3UORA 2Q89A 3H03A 3RUMA 4GWOA 3MP1A 4F3PA 3KJ7A 4F31B 4HS7A 1Z7NE 4DLDA 4YZZA 3SKPA 1AOVA 2H25A 3O66A 3TTLA 1QKBA 1OLAA 4PQJA 4U4SA 2OJTA 1MY3A 2REGA 3TCGA 3HN0A 3FXRA 5FTHA 3CFLA 3MJNA 3FUZA 4QFLA 3G3KA 2B65A 3O6IA 1TFDA 5B7DA 3JV9A 4BDMA 3HO7A 3G3FA 3T9XB 4LA9A 4H6DA 1VSOA 2ZMBA 3TDJA 5JTYA 5I59A 2Y84A 3C35A 3OO8A 1SQYA 2R71A 1O64A 1N7WA 2XXXA 1B58A 1USYH 3LSLA 2REJA 3WAFA 3KEIA 5KCJA 3HPIA 4KYEA 3CG1A 5H8HB 4R2FA 3RTFB 4M4GA 4DDDA 4HTGA 3V5AA 1N84A 3ZKKA 1A7LA 1POTA 2ESNA 2H99A 4NF5B 2NUVA 1SYHA 3PPRA 4NF6A 4JSDA 1A55A 2OWTA 4R2BA 3UGWA 1QKAA 5I57B 3KN8A 3KOSA 2AL4A 4GXSB 4NWCA 1B4HA 2F78A 5L9MA 3IOTA 1M5DA 2E0SA 2R9JA 3IB0A 3T9HB 3B6WA 4ELQA 1AIVA 1FTOA 4EQ9A 1JW1A 2UXAA 4OEUA 1ZU0A 5FHNA 1FQEA 2DXRA 3C32A 5JK4A 5BUUA 2O7UA 1S9TA 4EXKA 1R6ZA 2A5SA 2Q2CA 1O63A 2ANJA 1UTHB 2RKMA 4F3SA 4OETA 1P1OA 2HFBA 3KOTA 4I8CA 5EYFA 3FVGA 2Z8EA 1MM6A 4ESXA 3MPKA 2DVZA 4F39A 4G2ZA 3I6VA 3SEXA 1B5JA 3QK6A 3SETA 2NOOA 4X9TA 4RJZA 4GXAA 4R9GA 5L8DA 3OEMA 1I6QA 5FHOA 1VFEA 3RLFE 4MBPA 2DVCA 5JEIA 1URGA 5ICTA 1JVXA 4O3AA 2DSFA 4GLIA 2HXWA 1US5A 1H45A 4OESA 4GF8A 4WEPA 4YAHX 1NNPA 2ZNTA 3EHTA 4QFNA 1B5HA 4H1XA 5KDTA 4F2OA 1Q1KA 4KR5A 1XS5A 1URDA 3N26A 4QSEA 3QUFA 1RKMA 2V3UA 2ONRA 1LLSA 2RC8A 4RPOA 2VP1A 3RPWA 1POY1 3GZGA 4RPNA 3SEVA 3M3LA 2HZKA 5H8FA 2UVGA 4F18A 1MQJA 3FATA 1B9JA 1PBQA 3VVDA 5DYHA 3MQ9A 1IZ1A 3TTKA 3VVFA 2XX9A 3PUXE 4L17A 2Z8FA 1XHYA 4GL8A 1MPBA 5EHMA 1NKXA 2O1LA 4P0IA 3SESA 3FJGA 5KZTA 4G68A 1JVYA 4F3BA 4FEBA 2VOZA 1JW4A 4BDOA 5AA3A 2RINA 1IIWA 1BTJA 2RCBA 3IX1A 3RTWB 3W9VA 3IOVA 3H4ZA 3OO9A 5I2KB 1EZ9A 4IGTA 5TPAA 1N04A 4BDLA 2F7CA 4WEDA 3R6UA 3FASA 1A8FA 2Z22A 3FVKA 3KZGA 5I58B 5I84A 1OVBA 4JWOA 1QUIA 4R6YA 4R75A 2RC9A 2H9BA 3OMBA 3FJ7A 4PFWA 4H8IA 1XVXA 2PT2A 1B4ZA 4G8NA 5AA4B 3B6TA 3K6VA 4R74A 1H76A 3SEUA 5CBRA 2AYSA 3FJMA 2AIXA 3MP6A 3MUQA 1LBCA 4OXVA 3BFTA 5ELVA 3KSJA 3K0VA 2P1SA 2ALUA 4RXLA 3SEWA 3T22A 4U4XA 5AE4A 2QL3A 3TTMA 2GFEA 1Y3NA 4FECA 2PT1A 1SW1A 2ZNSA 2M8CA 3IJXB 4RNSA 4TQUQ 4KQPA 1S7YA 5CRYA 3SERA 4F1YA 1YAEA 4G8MA 3MZBA 4M1VA 4DCYA 4Z0IA 2QMWA 3U8QA 3M3FA 1VE4A 4OWDA 2OZZA 3OELA 5HBCA 3G3IA 2DE3A 3V89B 2UYFA 4KCDA 5CMCA 3PUYE 1MXXA 3H6VA 3G3JA 4BDNA 3TYHA 1BP5A 4FIMA 3S9MC 1IXGA 1MH3A 3PD8A 3ZSFA 4I1DA 3MAMA 3T96B 3O29A 2V25A 4JB7A 4I9DA 5I2NA 1US4A 2HEUA 3S9LC 3LSFB 4GRKA 4H0WA 4EQBA 3T66A 1A8EA 3RT8A 1OQGA 3FGSA 3TQLA 2DWIA 5F7VA 2XX8A 4XIGQ 1ZLQA 2NWJA 2O1MA 3O28A 1M5FA 2D21A 1A40A 4ZEIA 2A5TA 4NF8B 3MWBA 5TP9B 2O6AA 1GR2A 1LGBC 2I4BA 1FCKA 4NMYA 4KYSA 3FV1A 5H8NB 1NL5A 1DTZA 2D3IA 3TAJA 1PDAA 1MQDA 5IAIA 3FXQA 2ZYKA 4DXCA 4YB5A 3UP9A 5K2XA 3VE1B 3KBRA 4NWDA 4ECFA 5CMKA 5H8QB 3FIRA 3DP4A 4QFPA 2QPQA 2E1SA 3OO7A 4H65A 1B1XA 4C1UA 2DOJA 1IXCA 4DIGA 3HV1A 4IB2A 1B05A 3BFUA 4PFUA 4ELPA 4G68C 3UA8A 3PU5A 4N6PA 1ZBMA 1JQFA 1IEJA 3VFJA 4HW8A 3E9XA 4G4PA 1UIUA 5CC2A 3VV5A 1ATGA 1GGGA 3LC8A 3DP8A 4IO7A 2O68A 5L9OA 4OFJA 4IO4A 4ZZEA 3K02A 3DLNA 2VHAA 3ONMA 3G7WA 1ZIUA 4FE8A 3R26A 3CVGA 1USYE 2XXWA 4EDPA 5DEXA 4R6HA 5ITPA 4NF4B 4MLVA 1CB6A 3TTNA 4Q8RA 4DZ1A 2O69A 4OERA 4ELOA 4QSCA 1Y20A 1FQDA 1B3LA 5DT6A 1B46A 1B3FA 3KGCA 2Y7IA 3FVOA 1IUDA 4ZZAA 3VVEA 5EHSA 4G8HA 5I56A 4GD5A 1I6BA 5BWJA 1F9BA 1P1UA 5A5XB 2XXUA 2KLFA 4ESWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BJIA 1B40A 4N4UA 1LB8A 3PPQA 5DVJA 5ICQA 2XXQA 1CNQA 1YZ0A 5AA1A 2HHMA 1NMUA 4NTLA 2X26A 1UTBA 4BDQA 4OFLA 4ISUA 4GX4A 1GVCA 3U93A 3H3GA 3T9VA 4EXLA 1B52A 4LUBA 3IOUA 3E3KA 3IFCA 5CMMA 4WXJA 3QAXA 4OQOA 2HPGA 1B3EA 2XXHA 3I3VA 1IMDA 1FTKA 1FTMA 2VGQA 3KN3A 1RDYA 2W7YA 3CG3A 4FJPA 1LBXA 5CI5A 3KN7A 3Q26A 3TZAA 1PBPA 1N76A 3OEKA 1Z7ME 3L6GA 2HCAA 4LN5A 4P1LA 1FJ9A 4G61A 2I3VA 2P3NA 2QSXA 3I5OA 1DCUA 1FPDA 4C0RA 4UABA 1MXWA 4NEDA 1ELJA 1JW5A 5ET5A 4U23A 1SW4A 2V3TA 3K00A 1MM7A 3VXBA 2XHDA 5FBPA 1MPCA 1YPNA 4ZEKA 2ONSA 2PYYA 4R73A 1NUXA 4QSDA 4XKRA 2GH9A 4PFRA 4H45A 4YMAA 2CEYA 3K6WA 4MJOA 4GWWA 1LCTA 3MP8A 4I40A 4DXBA 1I69A 3OO6A 3TFLA 4N91A 3A3CA 4KHZE 5HPQA 2I6EA 4Q5TA 3CSGA 3D4GA 3KC0A 3M8UA 1B51A 3PUVE 1B5IA 5AA2B 3JZJA 3GBAA 4QXDA 4NHBA 3IK6B 2FA7A 4OA4A 2F6GA 2THIA 4YKJA 3UN6A 4YMBA 2FIEA 4OYVA 3ZKLA 4RY1A 1LAXA 1MY4A 3QXMA 4ZEFA 5ITOA 2DWAA 3TUSA 3GYYA 4JDFA 1WODA 1DMBA 2O84X 4U1OA 2YJPA 3KSXA 4NE4A 4N8GA 1Y9UA 4MAGA 2XXYA 3B50A 1MY0A 3VDFA 2PCRA 3C36A 2CZHA 4KPTA 2OLBA 3U94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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