1AOVA

Apo duck ovotransferrin
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Preliminary crystallographic studies on duck ovotransferrin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferrin
molecule keywords APO-OVOTRANSFERRIN
total genus 186
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA03
1H43A 1Z7ME 3B6WA 3Q28A 3ILUB 1QULA 3R6UA 4DXUA 4GVOA 4QFNA 1PB8A 2DE3A 3MPKA 4OWDA 3VVFA 4EQ7A 1FTJA 1OVBA 1PC3A 5KCJA 1ZBMA 3N94A 4MLVA 1XS5A 5BUUA 3K02A 1FQAA 1HSEA 3QUFA 3V8XB 4GFRA 1EZPA 3MP6A 3OXNA 4GQOA 3VXCA 3S2VA 1LLSA 1MPBA 2DXRA 2RC8A 1IXIA 4P11A 4ZEIA 1B3LA 4YKPA 3VV5A 3KSJA 2ESNA 3KGCA 2H25A 2V3UA 2V84A 3B7DA 4G77A 1TWYA 2QS4A 1B3EA 1N0TA 4HS7A 2D5WA 4F3BA 2XX8A 2KLFA 2DXYA 2QRYA 4BDOA 3VLWA 2H5YA 4FORA 4MH5A 2Y7IA 3HV1A 1EZOA 3RN8A 2F7CA 4IO5A 3C33A 1JW5A 4YKIA 3USDA 4NF6B 5AA4B 3PPNA 3C9HA 1I6AA 3E4RA 2DOJA 5FTIA 3M3KA 4TQUQ 1IQ7A 2UVHA 3Q26A 4IGTA 1FCKA 1A8FA 1PBQA 1XT8A 1JW4A 2D21A 3IK6B 4DCXA 3IOUA 1UTHA 1YTVA 4O3BA 3W9WA 4ND9A 3VDFA 3TDJA 3I3VA 2UXAA 4H67A 1MG1A 4UA8A 2ZXTA 4Q30B 2F7AA 2H9BA 1SYIA 3CR9A 1MXWA 4Z0IA 3KN3A 5TP9A 4H6DA 1USYE 4QFPA 3ZKKA 4FIMA 4RY1A 2M8CA 3DP4A 4WEDA 1VR5A 5K2YA 5L9OA 1MQHA 5HPQA 2Q8JA 4TOZA 1JVXA 1BP5A 3JYRA 1QKAA 4FEBA 4KYEA 3UN6A 3FVKA 4HCYA 1TT1A 4QSDA 5DEXA 1MY0A 2QS1A 2XXYA 3IR1A 1R9QA 3LUYA 4KD5A 3VVEA 1B7UA 1O63A 2R9JA 2UVJA 3OENA 1URSA 4LQ2A 5H8HA 2ZNUA 2HEUA 3GLBA 3KJTA 4GL0A 3DLNA 3I6VA 4LUBA 3U92A 3VLUA 2DP8A 1Y3NA 2DS9A 4Q5TA 2P1SA 3KN7A 5H8NA 3T66A 3TTLA 5BWJA 4WEPA 4R6KA 2B3BA 3O97A 5AA2B 2F36A 2QMXA 3OO6A 3T9XB 1GR2A 2UYEA 4DE8A 2VOZA 3SERA 1LCFA 5CBSA 2VHAA 1PDAA 3K1PA 1H45A 3OEKA 4H8IA 1CB6A 2V25A 3CIJA 3KBRA 3LR1A 4U23A 1H3DA 2HCAA 4ESWA 2A5TA 1LAFE 1N3XA 2RF1A 1IEJA 2I58A 2O51A 3CG1A 3KOSA 3MPLA 3Q25A 1IZ1A 3TYHA 4DDDA 4OMBA 4NF4B 4R6YA 1GGGA 4BDMA 5I2NB 3QSLA 2D3IA 1P1WA 2Y84A 4JWXA 1RYXA 3QXMA 1B46A 4KCDA 4PFTA 4QHQA 4OFLA 5L8DA 4XIGQ 4BDLA 3VE1B 3K6XA 3SETA 5TP9B 5I56A 4AQ4A 1A40A 4NWDA 3TELA 4ELRA 1POY1 1WODA 2QPQA 3AXFA 3QAXA 4H5FA 4O3AA 4PETA 4POWA 4C1UA 3PPQA 4JB7A 1ZU0A 5AA1A 3K6UA 3M8UA 1II5A 3K1MA 3PD9A 3WAEA 2ABHA 4GWOA 4WKMA 3H6VA 5TPAA 5AA2D 5I57A 3WAFA 1B32A 1R6ZA 4MF3A 3VVDA 4EXLA 1LFHA 3TEPA 3PUVE 3ZS6A 1VFEA 3H03A 3OD7A 3DP6A 3TCHA 3FVOA 4LONB 4R73A 1QW0A 3C35A 4I1DA 3HCQA 4JWYA 1GVCA 2HZLA 1Y3QA 3G3JA 5H8NB 2HQ0A 4UACA 4G8HA 4PE5B 4X9TA 2NXOA 1BLFA 1UTBB 1YPNA 2QMWA 3UK4A 3FJMA 1MY1A 3O6GA 4F29A 2ONKE 2F35A 5B7DA 3K2DA 2Z8EA 1AL3A 1B51A 3SESA 3U1OA 4F39A 3TCFA 2BJJX 1DMBA 1MH4A 2XX7A 1DPPA 2DYXA 2OCUA 5KZTA 4NF6A 2AYSA 3THIA 1FQBA 1B4HA 4O3CA 3SKPA 1D3KA 4YZZA 4FJPA 4F22A 5HM4B 1DTZA 4PFWA 3A3UA 3VXBA 1T0KA 4JBZA 4NF8B 3CFLA 4WXJA 3EHTA 4BDRA 2REGA 2ZNTA 4P0GA 4OZ9A 2O7IA 3O6HA 3OO7A 1B5JA 4OFJA 1Y1MA 1OLAA 4U4SA 4H8JA 3ECRA 3FD3A 5A5XB 4XKNA 1M5DA 1A55A 5I2KB 1NNKA 1IUDA 1YCJA 4ZS9A 2F6GA 4YAHX 3FV1A 1M5BA 1PB9A 3H6UA 3TKDA 4Z7EA 5I2NA 4ZECA 1AOVA 2VGQA 3GBBA 3C34A 3HHFA 1B1XA 4H5GA 3HPIA 2W7YA 4I62A 4QRZA 3W9VA 3TUSA 1FTMA 4ZEDA 1FW0A 5J1DA 5ITPA 4AB5A 4F1UA 5AE4A 1UTBA 4M4GA 3SEUA 1PB7A 3FASA 3S9LC 2F6PA 3SEVA 4NTLA 4C0RA 2I49A 3FIRA 3TQLA 4HW8A 1Y1ZA 3FXUA 1D9YA 1OQHA 1LSTA 1B6HA 1MM7A 2P0SA 2I3VA 2I0CA 3OO8A 3PU5A 3DELB 4ISUA 1A7LA 1S50A 4JSDA 1I6BA 3KEIA 3K6WA 3ODBA 3GXAA 2HXWA 2DE4A 5JK4A 3G3FA 3IOTA 2RCAA 3JZJA 5FTHA 1B3GA 5ISUA 1IXCA 2H98A 1N7WA 3M3LA 3MWBA 3OEMA 4BDNA 4Q8RA 4X48A 3E3KA 1URGA 5M2VA 3ZKLA 2I48A 1LB8A 1URDA 1OIBA 1USYH 3LC8A 4FEDA 2B65A 1UIUA 4LA9A 4XTCQ 3BBRA 3QUJA 4BDQA 4Q0CA 4THIA 3HHGA 2B3FA 4MBPA 4H0WA 4IO4A 4XKPA 2QSXA 3F11A 1MH3A 2RC9A 4G4PA 3LSLA 4JDFA 3EHSA 5LOMA 3DM0A 5H8FB 3D4GA 3PMVA 4OVJA 1B3HA 4R2FA 1SQYA 2O1MA 3C36A 3N6UA 1QUJA 2PT1A 3EF7A 5CBRA 1PBPA 2XXWA 4GL8A 4KYDA 3EN3A 2IEEA 4M1VA 3FVGA 3TTKA 2I0BA 4G68B 2V3QA 3KG2A 3L6HA 4NMYA 2I3WA 2PMSA 1MQIA 1LBBA 1MXVA 1WVJA 3BFUA 4ZZAA 1MY2A 1POTA 5I58A 4YMBA 1FQEA 3MJNA 1IXGA 2XD3A 5K2XA 3S9NC 2G93A 2HAUA 1US5A 4TLLB 1XVYA 2Z23A 3TQWA 3S9EA 1R9LA 4OXVA 2O68A 4PP0A 3IOWA 2DWHA 1O7TA 1QKBA 1DSNA 4KR5A 2F78A 4U1ZA 2ZYKA 2Q2AA 1SD3A 4LVQA 4R9GA 4IB2A 4ECFA 2F8DA 3V5AA 4I8CA 1SI1A 2X26A 4NE4A 1I69A 3MZBA 1YAEA 2YJPA 3G3GA 1N84A 5KCJB 4YU0A 3HN0A 3CVGA 1JW1A 1EZ9A 3EQ1A 4R2BA 1FQDA 4RJZA 1VSOA 1JNFA 2QS2A 2PVUA 1MPDA 1R1NA 3BFTA 3MVYA 2LAOA 3GBAA 4OQOA 1S7YA 4F2OA 2R71A 2ZNSA 5B70A 4GLIA 5H8FA 4F3PA 1ZMGA 1FTOA 4OHNA 4G68C 4X1BA 1IITA 5L9SA 3FXRA 1N7XA 3MUQA 3PUXE 2XXIA 4RYAA 4DXBA 3MAMA 3ONMA 1UQWA 1AH5A 1LCTA 2CMOA 2ZMBA 3O29A 4QFLA 4EQ9A 3LBSA 1B40A 4G68A 4GXAA 1VE4A 5AA2A 4FE8A 2O6AA 3PGFA 4AB6A 1SI0A 2QS3A 5A5XA 1JETA 2GHAA 3W15C 3H06B 3ZSFA 1H76A 1SW5A 5FHNA 3IX1A 4YB5A 2RKMA 3RGYA 3PD8A 1JEVA 2O7UA 1ZJLA 4LZ8A 5F7VA 3LSXA 4ONYA 4IGRA 1MXUA 1EH3A 4G8MA 2R6GE 2HAVA 3H7MA 4KI0E 4NEDA 4R72A 4U1OA 3MC2A 3SEYA 2THIA 3D4CA 2PX1A 2XHDA 5I59B 2DE2A 3T9UA 1LFIA 2Y7WA 1SYHA 2YPNA 3G3IA 4JWOA 1ZLQA 2OWTA 3DP8A 1MXYA 2DVZA 2NVUB 1QUIA 4EXKA 2GHBA 1HSJA 1MQJA 2FA7A 2REJA 1XVXA 4NF5B 1B9JA 5CMBA 4FECA 4DLDA 2OBGA 2XXPA 2Z8DA 3CFZA 4YB6A 5CMCA 3MBPA 1QJMA 5KDTB 3B6QA 3M3FA 4RNSA 3PPOA 2F97A 1I6QA 2ZYMA 2O1LA 2GRVA 5JTYB 4LATA 1Z7NE 4QSCA 2Y7PA 2ALUA 3PUWE 5TPAB 1MXZA 2E1SA 5AA4A 1B4ZA 4ZZEA 1JQFA 4IO3A 3MZ9A 3RUMA 1BKAA 5TU0A 3H3GA 3O9PA 4RPNA 3U93A 2RCBA 2XXQA 4X1DA 1M5CA 1OQGA 1FTLA 3IO4A 3K1NA 4C1TA 4F31B 1QVSA 3RLFE 1LFGA 1A99A 2DQVA 3PPPA 1N04A 4IO7A 3PUYE 4IY5A 4QSEA 4YKKA 3SEXA 1NNTA 3TTMA 4F3SA 5ICTA 3QYTA 1A54A 1UIVA 2GFEA 2DWJA 2Z8FA 4KQPA 4R75A 3RQTA 2OWSA 4KPTA 1TFAA 3T93B 1B2HA 1MY3A 4LZ7A 5DVIA 3R7XA 4ELPA 1OLCA 4F1YA 3V83A 3HO7A 1LAXA 1B3FA 5F1QA 3S9MC 1NFTA 2PT2A 1Q35A 2F7BA 3OOAA 1AMFA 3R26A 4DCYA 1HSLA 2I6EA 4QFOA 1ELJA 3U72A 4U21A 2OJTA 2WKYA 3JV9A 1ATGA 4RA1A 2F34A 2DWAA 2XXVA 3K6VA 4K3FA 4XKRA 2UVIA 2F5XA 4IY6A 4N13A 1N3WA 5JEIA 1XOCA 1XHYA 1MPCA 2X7QA 2Y7KA 4KFQA 4QF9A 1DPEA 3G3HA 4PFUA 1B7ZA 4LP2B 4RK9A 1J1NA 2G29A 2Q88A 3IAZA 3Q27A 1L5TA 2ZYOA 3RT8A 3T22A 3FGSA 3H6WA 2Z22A 4ZEKA 4GD5A 4KCCA 2HFBA 2XXUA 3G3KA 4KYSA 1LBCA 5DTBA 2I4CA 1ZKBA 1DTGA 4LQ5A 4PFYA 5H8QB 5CMMA 4HCWA 4ZE9A 1MQGA 3FXQA 4F2QA 1DOTA 1P1QA 4DIGA 1Y9UA 1OMPA 2PBWA 2A5TB 2YLNA 2A5SA 3CI8A 3UGWA 4DXCA 2ONSA 3UA8A 5IKBA 2H4IA 4ZE8A 4G2ZA 1B0LA 1FTKA 4U4XA 4MFIA 1D4NA 2ONRA 1MXXA 4KHZE 2NOOA 3H6TA 1IXHA 3L6GA 3OELA 4BLAA 4ESXA 2FYIA 3CSGA 3RTWB 4PQJA 4OERA 3FJ7A 1PEBA 1BTJA 1Y4TA 3KN8A 3K01A 4HTGA 4L17A 3EPEA 4MLQA 5I84A 5I59A 5ICQA 4I9DA 4FATA 4ZEFA 3KSXA 3H4ZA 3GZGA 4OETA 3TPAA 5I57B 3PMWA 4R6HA 3MVWA 4RK2A 1M5FA 4OENA 2HZKA 1TFDA 2O84X 2AL4A 3N6TA 5KDTA 1MY4A 2VD2A 3TODA 3MZ1A 3TZAA 4EUOA 2XX9A 3HSTA 2V93A 4IO2A 3T96B 4YICA 5HBCA 1B5IA 1P1NA 2XD2A 3EHUA 1F9BA 3PPRA 3C32A 1UTHB 3RPWA 3U8QA 4OEVA 1MDQA 3C4MA 3MP8A 4ZEBA 4E0XA 1WDNA 3OO9A 3VLVA 5DYHA 3K0VA 4OFOA 1KWHA 4GIZA 3MVXA 3O6IA 1AIVA 5H8HB 1RYOA 3RNNA 2ZYNA 5CMKA 1SW2A 3FV2A 3OSRA 4U22A 1MM6A 3IOVA 5DEXB 3TAJA 1N76A 1B58A 2FNCA 2VP1A 3IB2A 1MS7A 2ANJA 3Q29A 1SDXA 2OZZA 3QK6A 2V3TA 3N5LA 4GF8A 4GXSB 5CI5A 2RINA 1B05A 1GV8A 4ELOA 1FQCA 2GH9A 3FATA 4F18A 3UIFA 1TXFA 4OTEA 4XXUA 2O69A 5CM6A 4R9FA 2Q89A 1B0HA 1SW1A 5FHMA 1Y3PA 5EHSA 1NH8A 4XKQA 3VFJA 1MRPA 5AA3A 3K4UA 2AIXA 4TLMB 5H8SA 1LB9A 1GTKA 1US4A 2QJEA 1JEUA 2QL3A 3PV0E 4H1XA 1OVTA 4H65A 4NF4A 1SVXB 4GOTA 4OYVA 4RXLA 1S9TA 3E13X 3T9HB 2Q9TA 4NF5A 1EU8A 3P7IA 2I4BA 3T9VA 3UP9A 1M5EA 1QUKA 3KZGA 1B7HA 5L9MA 1LAHE 3I5OA 2NUVA 3E9XA 2CZLA 2DWIA 1Y20A 3MVZA 1CE2A 2XXTA 5FHOA 5DVJA 4IO6A 4QFKA 1SBPA 5JTYA 4G8NA 2VD3A 1B5HA 1NKXA 3KFMA 3CFXA 3OMBA 4OEUA 1IIWA 4YB7A 5DT6A 3TMGA 4EF2A 1LGBC 4EDPA 1ANFA 1Q1KA 2DSFA 3ILTB 3MQ9A 1O64A 3QIMA 3FZVA 3O2AA 1P1OA 3CRBA 1B52A 2DVCA 3KOTA 3IB1A 4POXA 3RT6B 3V89B 4FAJA 4NF8A 3BKIB 1NMUA 3FJGA 3IO6A 1D9VA 1H44A 3LSFB 4JSOA 4GRKA 4N07A 2XXRA 2Y7RA 1P99A 3CSBA 3IB0A 3IJOB 3MP1A 3UORA 4ELQA 4EQBA 5ELVA 4F19A 3IL1B 4R74A 3SEWA 4EF1A 1XC1A 1Y4CA 5H8QA 3SDFA 4JXIA 2E0SA 3A09A 2P2AA 2UVGA 1BIYA 2Q2CA 4NWCA 5CC2A 2IA4A 3B6TA 1B1HA 3OSQA 1MDP1 2AL5A 2H99A 2PYYA 3TTNA 1NL5A 2OLBA 3TFLA 1MQDA 1ZTYA 5I58B 3IORA 2OK2A 5EHMA 1RKMA 4U2RA 3S4UA 4OESA 1NH7A 3PMXA 5DVFA 4F3GA 3CG3A 3A3CA 1JVYA 4ZDMA 3FVNA 3TCGA 4E0WA 4F1VA 5EYFA 3IJXB 1P1UA 2X7PA 3K00A 3O28A 4P0IA 4YKJA 3MW0A 3PUZE 2NWJA 1NNPA 1LAGE 2RC7A 2XXXA 3KJ7A 1A8EA 3G7WA 3O66A 4LZ5A 4RPOA 5ITOA 1VFDA 3RY3A 3U94A 5IAIA 5I56B 3N26A 1SW4A 4N6PA 3RTFB 5I2KA 2UYFA 3TTRA 1ZIUA 5CRYA 4DZ1A 1NNFA 4YMAA 1FQFA 3FUZA 3LSWA 2XXHA 3C31A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z7ME 4NF0A 3ILUB 1FJ6A 1NV1A 1FBCA 1XS5A 3V8XB 3QUFA 1FPBA 3OXNA 3VXCA 1LLSA 2DXRA 4P11A 4XF5A 1B3LA 4YKPA 4ZEIA 3KSJA 2H25A 2V3UA 4F3BA 1FTAA 1IMCA 1FCKA 4O3BA 2FIEA 3I3VA 4UA8A 2ZXTA 4OVPA 2XWVA 4RY1A 1FPIA 3DP4A 1VR5A 5L9OA 3JYRA 3FVKA 3IR1A 1R9QA 1B7UA 3OENA 2WBBA 1URSA 2HEUA 3KJTA 4LUBA 3I6VA 2DP8A 4OVTA 5AA2B 2F36A 4O94A 3OO6A 1GR2A 5CBSA 1LCFA 3K1PA 1H45A 2OX3A 3KBRA 1H3DA 2ZZWA 1IEJA 2O51A 3MPLA 4R6YA 1GGGA 4BDMA 2Y84A 1P1WA 3QXMA 4XIGQ 4BDLA 4AQ4A 4O3AA 1FJ9A 3WAEA 2ABHA 4WKMA 1R6ZA 4MF3A 3VVDA 4EXLA 1DCUA 1VFEA 3OD7A 2MKZA 1QW0A 4I1DA 4JWYA 2HZLA 3G3JA 5H8NB 2HQ0A 4X9TA 1UTBB 1YPNA 2QMWA 3UK4A 2ONKE 2VPNA 3BIGA 4MAGA 1B51A 3RYDA 1DPPA 2DYXA 2AYSA 1BK4A 1DTZA 2VPOA 3A3UA 3CFLA 3EHTA 3MSTA 1Y1MA 4H8JA 1FBHA 4XKNA 3H6UA 1M5BA 3TKDA 1FPEA 2CZHA 1INPA 5AE4A 4M4GA 2F6PA 3SEVA 4HW8A 2I3VA 4IR8A 3IOTA 2RCAA 5ISUA 4BDNA 3OEMA 3RPLB 4Q8RA 4X48A 1URGA 5M2VA 2I48A 1NV0A 4BDQA 4XTCQ 3BBRA 3QUJA 3F11A 3D1RA 3LSLA 5LOMA 2O1MA 4H46A 1NV2A 2PT1A 5CBRA 1PBPA 4MJOA 4X8RA 4GL8A 3EN3A 2V3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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