1AOVA

Apo duck ovotransferrin
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords APO-OVOTRANSFERRIN
publication title Preliminary crystallographic studies on duck ovotransferrin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferrin
total genus 186
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA03
4N13A 1LSTA 3QUJA 1B3FA 4GL0A 4JWXA 1B7ZA 4QSEA 3PPQA 1UTBB 5IKBA 3CG1A 5J1DA 4YKPA 1HSJA 3LUYA 1ATGA 5HPQA 4BDOA 2H99A 3ZSFA 1XC1A 2RC7A 3N5LA 3VVFA 1LAFE 3KN3A 4X48A 3FIRA 1FQAA 3FVGA 3PV0E 3W9WA 4IO7A 4R2FA 1B9JA 1P1UA 3PPNA 2V25A 1M5CA 3KBRA 3N26A 2V3TA 2D21A 2I4BA 1A55A 4WKMA 4MH5A 1YAEA 3OELA 2ZMBA 3HV1A 5H8HA 4E0WA 4THIA 1LCFA 1UTHB 1YCJA 2X26A 3UN6A 2YPNA 1PB8A 1POTA 1PDAA 3I6VA 4IY5A 4FEBA 2Q89A 3MP8A 2ZYKA 3B7DA 4F3SA 1MG1A 4QSCA 4OYVA 1P1QA 5CC2A 1MQIA 4ZDMA 4MFIA 1M5BA 3TTMA 1GV8A 1BKAA 4Q0CA 1SYHA 4JWYA 4BDLA 4GIZA 3C31A 4BDQA 1Y1MA 2O84X 3G3JA 3IORA 3H6UA 5L8DA 4F19A 5TU0A 3K4UA 3O97A 2H5YA 2E1SA 2HCAA 2ONKE 4YU0A 2F5XA 3GBAA 3O6IA 3RTWB 2QPQA 2NVUB 4GD5A 3MQ9A 3KN7A 4KI0E 4OVJA 1IEJA 3G3FA 5ITPA 5DVIA 2HEUA 3JZJA 4U23A 2D3IA 3T66A 2ZYNA 5TPAB 2HQ0A 1EU8A 3TODA 1USYH 3HPIA 4O3CA 1VFEA 4QRZA 4QFPA 2F78A 2ONRA 1SW2A 3MZ1A 2R9JA 1SYIA 1RYOA 3K6VA 5ELVA 4GFRA 2ONSA 4MLQA 2Q88A 4ESXA 4G8HA 3MWBA 5KDTA 2O1MA 2PT1A 3IO4A 3MP1A 5K2YA 2H9BA 1Y3QA 2I48A 3E13X 1I69A 1WDNA 3ZKKA 4ZZAA 3T9VA 3CFZA 3V83A 3H6TA 3Q25A 1B05A 3K00A 2OBGA 4LZ7A 1B40A 4XKQA 2F6GA 2LAOA 5CMBA 3FVNA 4U2RA 4H8JA 1ANFA 3USDA 1NH8A 3TUSA 1USYE 3WAFA 2DE2A 4I62A 2F35A 4Q8RA 3K02A 2PYYA 3O2AA 3MPLA 2XXYA 5TP9B 4OFJA 1I6QA 5CMMA 3C36A 4HTGA 2AIXA 4GL8A 4OEUA 1QJMA 1UIVA 1NNFA 2X7PA 3MZ9A 4DCXA 2NOOA 2B65A 5L9MA 4NE4A 5I59B 1Y20A 1B5HA 4LZ8A 4NTLA 1OLCA 4JDFA 3TZAA 1Q35A 5FTIA 2F7AA 4X1DA 3SEYA 4LP2B 4NF5A 1MQDA 3PPPA 2V84A 3JV9A 2A5SA 3MVWA 4F39A 2NUVA 3JYRA 4DIGA 3DP6A 1P1NA 2Y7RA 2F6PA 2V3QA 3S9NC 2GHBA 5L9OA 2VD2A 3GXAA 3PD9A 4GXAA 3KOTA 3Q28A 1D3KA 4H65A 4KPTA 1IITA 1US5A 3QUFA 1US4A 1OQHA 3KG2A 1BTJA 3FZVA 2DVZA 4ZEDA 2DXYA 4DCYA 1IXCA 2ZNUA 1Y9UA 3Q26A 2QL3A 5ITOA 3LSWA 1B3GA 3C32A 2CMOA 1B3LA 1D9YA 3KZGA 1A7LA 3PUYE 3QXMA 4HCWA 5I57B 2RC8A 4FEDA 4I1DA 3N94A 4HCYA 1LFIA 1MY4A 1OVTA 5CM6A 3F11A 1DPPA 4ONYA 3DP4A 1PEBA 3RQTA 3VDFA 4UACA 4WXJA 2O51A 1FQFA 2XX7A 1N7XA 5CBRA 2P0SA 2QJEA 3D4CA 2OZZA 3FJ7A 3FVKA 5I57A 2E0SA 2A5TB 4GLIA 1SW5A 3VLUA 3ZKLA 2PX1A 1IIWA 2OWTA 5JTYB 4OXVA 3TDJA 4DXBA 4GWOA 3V5AA 3EHTA 1B4ZA 3RT8A 3MC2A 3HN0A 3T9UA 1KWHA 1EZPA 4IO4A 4YB7A 2ZYOA 1MXWA 1IUDA 4ECFA 4F3BA 4GQOA 3V8XB 1DPEA 1SBPA 1NL5A 1QUKA 2R6GE 3G3HA 5K2XA 4OFOA 4I9DA 3SEUA 3C33A 3LSXA 3ONMA 2G29A 3PPOA 3VE1B 5JTYA 4NF8B 2BJJX 4EXKA 4LUBA 5I2NA 5I58B 1SD3A 1O64A 2UYEA 3C35A 1XOCA 4NF4B 1ZU0A 4JSDA 4HS7A 1Y4CA 5B70A 2O1LA 2REGA 2XX8A 1GVCA 3GZGA 3FXQA 5H8QB 1TFAA 4U21A 1I6BA 1MM7A 2PBWA 2FNCA 1IQ7A 3K01A 3U92A 2VOZA 1QUIA 1SW4A 5CI5A 3C4MA 1MH4A 3K1PA 4P11A 4OFLA 5AA2B 3ILUB 1SVXB 3P7IA 3IB2A 4OERA 2VD3A 3C9HA 4XKPA 3TQWA 4OENA 4G4PA 4QFLA 1XHYA 4YB6A 3CRBA 4TLMB 4U1OA 1WODA 4BDMA 4IB2A 3K6UA 3MZBA 3G7WA 3OXNA 1NNTA 3S9EA 1I6AA 1UTBA 3H6VA 3VLWA 1IXIA 3OSRA 5AA2A 2HAVA 2Z23A 1A54A 4EXLA 1MH3A 4M1VA 4G77A 4PQJA 2DWAA 4ZEKA 5AA3A 4O3BA 1RYXA 4M4GA 1B5JA 4EF1A 4F3GA 3OOAA 2YJPA 3Q27A 1BP5A 4X1BA 2WKYA 4OWDA 1II5A 3OO8A 1Y3NA 4PETA 2O6AA 2B3FA 3S2VA 3TCFA 4XIGQ 2XX9A 4G68C 2CZLA 1GR2A 3KJ7A 1UTHA 3TKDA 1B2HA 1PB9A 3EHSA 1AH5A 3PUZE 5JK4A 3T9XB 1SI0A 5DYHA 5B7DA 3BBRA 3D4GA 3W9VA 1LB9A 1N76A 4F29A 1GGGA 1H3DA 4RPOA 3RT6B 1PBPA 1MQJA 2REJA 3FJMA 1MDP1 4JXIA 3MBPA 1B6HA 4F2QA 4H5GA 3K6XA 4G2ZA 3VFJA 4I8CA 1NNKA 3EF7A 2GH9A 1A8FA 4OHNA 5BUUA 4PFTA 3IAZA 3VVDA 3OO6A 5AA2D 1B4HA 1MY0A 1M5FA 4F31B 4YZZA 1LAGE 1LFGA 5ICQA 3BFTA 5ICTA 3FGSA 3PMWA 1AMFA 3M3LA 1A40A 4ZE9A 2I49A 5HM4B 4DXCA 5ISUA 1BLFA 3IK6B 1URGA 4OESA 4NEDA 1N3WA 1AOVA 1QKAA 4G68B 2H4IA 3KFMA 4LQ2A 3H3GA 4R6YA 3HSTA 3HHFA 3RGYA 5CRYA 1JVYA 1ZBMA 2HZLA 1H45A 4EDPA 2UVGA 4HW8A 3TFLA 5TPAA 1MY2A 1JW1A 3FATA 3EHUA 4R75A 2NXOA 1M5DA 3MVYA 5I84A 4ISUA 1H44A 3H06B 3RLFE 3VV5A 2XXQA 1R9LA 1O63A 3PUXE 2HZKA 1GTKA 4Q5TA 3QYTA 4XKNA 2Y7PA 4GXSB 3ILTB 1S50A 4QSDA 3V89B 3KN8A 1SQYA 2QRYA 3TCHA 4JB7A 3K2DA 4L17A 2XXXA 3SESA 2OJTA 3U8QA 3CVGA 3MVZA 4R9GA 1LBCA 2XHDA 4QHQA 3O66A 3LSFB 5H8FB 1F9BA 4OMBA 3T22A 1DTGA 3UGWA 2FA7A 1P99A 3HHGA 4EUOA 1POY1 1H76A 1FQEA 2OWSA 1MS7A 1FTOA 4LATA 3KGCA 4PFYA 4KHZE 1CB6A 1Z7ME 5F1QA 5DTBA 1LLSA 3L6HA 2F7CA 3OO9A 4MBPA 1Y3PA 3IOUA 3KJTA 4ELPA 2XD2A 1VE4A 3THIA 4RNSA 2Q9TA 1N84A 3IB0A 4G8MA 2DS9A 2Y7IA 5JEIA 2ZYMA 4IO2A 5TP9A 5H8FA 3M3KA 3S9LC 1UIUA 3R6UA 4H6DA 3FXRA 4XKRA 1S9TA 4LQ5A 4YKJA 3IB1A 1B3HA 4OTEA 3TTLA 3LBSA 2QMXA 3SERA 5I59A 3CG3A 3KSJA 1B32A 4KQPA 4ELRA 3IX1A 4YMAA 3SEXA 5I56B 3FUZA 4C1TA 4FAJA 3IO6A 3OEMA 3U1OA 1QVSA 3E9XA 4DLDA 4K3FA 4H5FA 4C1UA 4POWA 4C0RA 2DWIA 2XXTA 4GOTA 4MLVA 4OZ9A 4IO3A 4DZ1A 4JWOA 1MY3A 2ZXTA 1Y4TA 5CMKA 2Z22A 2QS4A 3SKPA 3QSLA 3CSGA 2I0CA 3LR1A 4Z0IA 3O28A 2QS1A 4GF8A 2DXRA 2XXWA 1AL3A 2UXAA 1OLAA 3UP9A 2XXVA 1EH3A 2UVHA 3IL1B 1D4NA 4F1UA 1ZIUA 2THIA 3H6WA 3FD3A 3QK6A 4RA1A 5EHSA 3CIJA 3A3CA 4N07A 1NMUA 1NKXA 4ZECA 2X7QA 1FTJA 5DT6A 3ZS6A 5FHMA 1FTLA 3TPAA 2KLFA 1TFDA 2GHAA 3AXFA 2DWHA 4PP0A 4KD5A 3EPEA 4NWDA 2Q2CA 3QAXA 4OQOA 3I3VA 3K1NA 4YKIA 1B51A 2ESNA 1H43A 3MJNA 3PD8A 4AB6A 4IGRA 1QKBA 4G8NA 5EHMA 4FJPA 1J1NA 3G3GA 1P1WA 2UVIA 1SDXA 4U1ZA 5AE4A 2RCAA 3TTNA 2Y7KA 1JETA 3IOTA 4YMBA 1IXGA 3CFXA 2I3VA 4UA8A 4FATA 1IXHA 2A5TA 1MQHA 5M2VA 5BWJA 4N6PA 4EQ7A 1MDQA 3TYHA 4POXA 2VP1A 3ODBA 3TCGA 1MM6A 2IA4A 2DYXA 4IO6A 4BLAA 3H03A 1LAHE 3O9PA 4YKKA 4RK2A 2PT2A 1DOTA 1B46A 1N04A 3GBBA 2P2AA 3K0VA 2H25A 5CMCA 4BDNA 5FTHA 3UORA 4R2BA 2FYIA 2PVUA 4FE8A 3KOSA 5EYFA 1ZMGA 1IZ1A 1LCTA 4NF8A 2DVCA 4F1VA 4AB5A 5I58A 4YB5A 4U4SA 3ECRA 4NF4A 4FECA 1WVJA 3U72A 4TQUQ 3K1MA 1B1XA 2XXRA 4JSOA 1B58A 5H8QA 5DVFA 4X9TA 3W15C 2Y7WA 5H8HB 1SW1A 2F34A 3TEPA 2I3WA 3MAMA 1MPBA 5H8NB 4P0IA 1B0HA 4H1XA 2ABHA 3T93B 2M8CA 1XVYA 3EN3A 3S4UA 4IGTA 2ZNTA 1HSEA 4RPNA 4QF9A 4ZZEA 2RINA 2XXPA 3MPKA 3FVOA 5AA1A 4YICA 3TAJA 4H0WA 2DP8A 4TLLB 3TTRA 4LVQA 3E3KA 2Y84A 4KFQA 2AL5A 3OO7A 2AYSA 5H8NA 4Z7EA 5IAIA 4QFOA 1MY1A 2AL4A 1JQFA 2R71A 3U94A 3RTFB 1Y1ZA 3L6GA 1SI1A 5FHNA 1TWYA 4ZE8A 1MPDA 3BFUA 2GRVA 3VLVA 1RKMA 1B52A 1OMPA 3Q29A 3MUQA 4F18A 4O3AA 2XXUA 1LFHA 1L5TA 1TXFA 3A09A 3G3IA 4EQBA 3CR9A 1B7HA 2I58A 1CE2A 1NFTA 1ZLQA 2XD3A 2B3BA 1OQGA 2UVJA 1A99A 4RY1A 3OD7A 3IR1A 1R6ZA 3SDFA 4PE5B 5CBSA 1B0LA 4H8IA 4DDDA 3RNNA 4F22A 5KDTB 1B5IA 1S7YA 4ND9A 2DWJA 1JW5A 2ALUA 1B1HA 1VSOA 3TQLA 2VHAA 1MXYA 1MPCA 1N3XA 4ZEIA 4R6KA 2YLNA 2O7UA 5LOMA 4GVOA 4RK9A 1DTZA 5KCJB 1D9VA 1ZTYA 1YPNA 3VVEA 2QS2A 2O7IA 2PMSA 3E4RA 4KCCA 3SETA 1Q1KA 1FW0A 1FQBA 4MF3A 3UK4A 4RJZA 1N0TA 1T0KA 1NH7A 4PFUA 2P1SA 3GLBA 3MVXA 2G93A 4R9FA 3OEKA 3PGFA 4DXUA 1XS5A 3O29A 3DELB 5KCJA 1URSA 4NWCA 4G68A 3C34A 3PMVA 3IOWA 1M5EA 1FTMA 1EZOA 2F8DA 2ZNSA 3BKIB 5H8SA 4NF6B 2DE4A 1UQWA 1LGBC 1PC3A 4PFWA 2NWJA 4ZEFA 3CI8A 3O6HA 1JNFA 4E0XA 2W7YA 4NF5B 4NMYA 3FJGA 4RYAA 5DVJA 2UYFA 5AA4B 3OENA 3RPWA 4LONB 1B3EA 3OMBA 2XXIA 2OCUA 2Q8JA 4F1YA 2V93A 1R9QA 2RKMA 4IO5A 3FV1A 4AQ4A 4NF6A 3LC8A 4XTCQ 2VGQA 2F97A 2DSFA 4Q30B 1JVXA 1N7WA 3UIFA 5FHOA 2DOJA 3VXBA 2RC9A 3T9HB 4ELQA 3B6TA 4LZ5A 3HCQA 1JW4A 4R72A 3O6GA 2HXWA 1URDA 5AA4A 3TTKA 2IEEA 2Z8DA 4FORA 3R26A 3WAEA 2GFEA 1LAXA 3IJOB 2QMWA 5A5XB 4ZEBA 3QIMA 1EZ9A 4ZS9A 3DP8A 2V3UA 1HSLA 5I2KB 4QFNA 1A8EA 2HAUA 3IOVA 4ESWA 1XVXA 3MW0A 3T96B 3UA8A 3SEWA 1B7UA 2ANJA 1NNPA 1JEVA 2O69A 1FQDA 4P0GA 1MXVA 5A5XA 4TOZA 4ELOA 3R7XA 4WEDA 3VXCA 5I56A 3RY3A 3RN8A 4OEVA 4QFKA 2I0BA 3TELA 3G3KA 5I2KA 3K6WA 3U93A 3B6QA 3PPRA 2I6EA 4KYEA 3DLNA 4WEPA 4H67A 1O7TA 1FQCA 3DM0A 5HBCA 1OIBA 1VR5A 2RCBA 4LA9A 1VFDA 5DEXB 1TT1A 3LSLA 1R1NA 1FCKA 2O68A 1DSNA 4IY6A 4FIMA 2H98A 1ELJA 2Z8FA 3TMGA 3H4ZA 4KYSA 4EF2A 1BIYA 1DMBA 4YAHX 4U4XA 3PUWE 3N6TA 1LB8A 5L9SA 4KR5A 4EQ9A 2QS3A 1ZKBA 2F7BA 3B6WA 2HFBA 3H7MA 3M8UA 3A3UA 3IJXB 3KSXA 2DQVA 5DEXA 3FXUA 4BDRA 2F36A 4R6HA 5F7VA 4R74A 4R73A 3KEIA 4JBZA 1AIVA 5I2NB 3S9MC 3CSBA 3MP6A 2DE3A 4KYDA 3RUMA 3CFLA 2XXHA 3PMXA 1YTVA 3FV2A 1PB7A 3OSQA 1JEUA 1ZJLA 1MQGA 1MXUA 1QW0A 2D5WA 4XXUA 4F3PA 2Q2AA 1PBQA 1XT8A 2OLBA 3HO7A 2I4CA 3PU5A 3PUVE 1MRPA 3FASA 3EQ1A 4U22A 5KZTA 1MXZA 1QUJA 3I5OA 1FTKA 2RF1A 4DE8A 1OVBA 4KCDA 3M3FA 1LBBA 1P1OA 2Z8EA 4F2OA 2OK2A 1Z7NE 4OETA 1MXXA 3SEVA 2QSXA 4RXLA 1QULA 3N6UA 4GRKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N13A 1LSTA 3QUJA 1B3FA 3SZPA 4GL0A 4JWXA 1B7ZA 4QSEA 3PPQA 4I3YA 1UTBB 5IKBA 3CG1A 5J1DA 4YKPA 1HSJA 3LUYA 1ATGA 5HPQA 4BDOA 3CHGA 2H99A 3ZSFA 1XC1A 1FPEA 2RC7A 3N5LA 3VVFA 1LAFE 3KN3A 4HXVA 4X48A 3FIRA 1FQAA 3FVGA 1FPBA 1XI6A 3PV0E 4I3EA 3W9WA 4IO7A 4O8MA 4R2FA 4N15A 1B9JA 1NUZA 1P1UA 1DK4A 3PPNA 2V25A 4PFRA 1M5CA 3KBRA 3N26A 2V3TA 2D21A 2I4BA 1A55A 4WKMA 4MH5A 1YAEA 3OELA 2ZMBA 3HV1A 5H8HA 4E0WA 4THIA 1IMAA 1LCFA 1UTHB 1YCJA 1IMBA 2X26A 3UN6A 2KQZA 2YPNA 1PB8A 1POTA 1PDAA 3I6VA 4IY5A 4FEBA 2Q89A 5LDZA 3MP8A 2ZYKA 3B7DA 2WYKA 4F3SA 1MG1A 4QSCA 4OYVA 1P1QA 2WEFA 5CC2A 1NV7A 1MQIA 4ZDMA 4MFIA 1M5BA 3TTMA 2B4MA 3A29A 1GV8A 1BKAA 5J16A 4Q0CA 1SYHA 4JWYA 4BDLA 4GIZA 3C31A 4BDQA 1Y1MA 2O84X 3G3JA 3IORA 3H6UA 5LTCA 4NGUA 5L8DA 4F19A 5TU0A 3K4UA 3O97A 2H5YA 2E1SA 1NV0A 2HCAA 2ONKE 4YU0A 2F5XA 3GBAA 3O6IA 3RTWB 2QPQA 2NVUB 4GX3A 4GD5A 4PC9A 3IFCA 4IR8A 4XF5A 4GWZA 3MQ9A 2XA5A 3KN7A 4KI0E 2XWIA 1IEJA 2VT5A 3G3FA 4OVJA 5ITPA 2BJIA 4PDDA 5DVIA 2HEUA 3JZJA 4U23A 2D3IA 3T66A 4MAGA 2ZYNA 5TPAB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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