1AOVA

Apo duck ovotransferrin
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferrin
publication title Preliminary crystallographic studies on duck ovotransferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords APO-OVOTRANSFERRIN
total genus 186
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA03
4C0RA 1MPCA 2PMSA 5DVJA 1MXUA 2RF1A 5H8NB 1JEVA 5K2XA 3AXFA 1R9QA 2Q2CA 1ZU0A 4ND9A 1B32A 4KHZE 1B1HA 2Z23A 4DLDA 1OVTA 3GXAA 3FVNA 1B7ZA 4YB6A 4AB5A 2H99A 4BDRA 4ZEDA 1IXGA 3KOTA 1B5HA 2RCAA 5CMKA 2DSFA 3ONMA 4U1OA 4X9TA 5JK4A 3N6UA 2HEUA 4N07A 4RXLA 4IO7A 3S9EA 2I48A 3VLUA 1JVYA 3DP8A 3QAXA 1QKBA 4NWDA 4U4SA 4JBZA 4F39A 1I6QA 2QS3A 4OTEA 3PMWA 3CFLA 3U1OA 5DEXB 1SI0A 1TXFA 5AA3A 1DPPA 2I4BA 2I0BA 3PV0E 3FV1A 3CI8A 3VV5A 5TP9B 2RC8A 3UIFA 1P1OA 2XX9A 1D9VA 5I58B 1XVXA 1S50A 1Q1KA 4KYDA 3PUYE 4F1UA 4G77A 2X7PA 4QRZA 4RPNA 3IOVA 2GH9A 3FIRA 1B9JA 1RYXA 1B7HA 3W9WA 4ELRA 5TPAB 2H98A 2QS2A 3HSTA 1HSLA 4DDDA 3EF7A 2QMXA 3IB0A 3TELA 4ZZAA 1L5TA 3LC8A 3KN8A 4JSOA 2THIA 1BIYA 1QUKA 3SETA 3MC2A 4JDFA 1MDQA 4PFWA 3PPOA 3PPPA 1SW2A 1IXIA 5I59A 1QJMA 4RNSA 3VLVA 5IAIA 3D4CA 3PUVE 1MH3A 1MXWA 2VP1A 1F9BA 4NF5B 2OLBA 3UGWA 1Q35A 2XXPA 3L6HA 1QKAA 5I56A 4KYEA 2FYIA 3GLBA 3CG1A 3RN8A 1LSTA 4R6KA 5BWJA 1YTVA 1MQHA 2XXVA 1LFIA 1XVYA 2DYXA 1MM6A 1N04A 4LA9A 4OFLA 4MF3A 1ZMGA 1H45A 3B6WA 3A09A 4YZZA 1S7YA 4NF4A 3S4UA 3P7IA 2V3QA 2E0SA 2UVHA 2ZYOA 3UORA 3MZ1A 4IO6A 3FASA 1D3KA 4FAJA 1IEJA 4R2FA 1WODA 3CVGA 3K1MA 3JV9A 1BKAA 4Q30B 2QJEA 3TQLA 5EHSA 3FUZA 3MW0A 3KJTA 2Z8EA 3QYTA 4IY6A 1VE4A 4HS7A 4QFNA 2AL4A 1Y20A 3RT6B 1I69A 2O7UA 4NF8A 4ONYA 5DVIA 3U92A 2NOOA 5BUUA 3MVXA 1LLSA 4H1XA 5CM6A 1B3LA 3QK6A 4OFJA 3M3LA 2CZLA 1O64A 4ELQA 4GOTA 5A5XB 4E0WA 2Y7RA 5ITOA 3PUWE 1SW1A 3RLFE 3K6WA 4UACA 5H8SA 3VVDA 3N94A 3OO9A 3KZGA 3FGSA 3IB1A 4NE4A 3U93A 3UN6A 2YPNA 3QUFA 4LUBA 1O63A 4RK9A 1TFDA 3G3KA 4KCDA 3KOSA 5FTIA 5L8DA 3TCFA 3DM0A 2GFEA 4FATA 4YKKA 2DQVA 1NFTA 4BDMA 3B6TA 4H0WA 4DE8A 4FEDA 1MG1A 1UIUA 2DE2A 3O6GA 4F19A 1J1NA 2DOJA 3IOWA 4XKRA 3TTRA 1M5CA 5H8QA 3HHGA 1EZPA 3N26A 4RPOA 3PUZE 3MBPA 1II5A 3LSFB 4LZ5A 2ESNA 4TLLB 4KPTA 1IUDA 3PU5A 4IGTA 4GXSB 1ATGA 3LR1A 2Q8JA 3MPKA 5FHOA 5H8HB 4U2RA 1IXCA 3MP1A 1MXVA 3VXCA 3GBAA 1LGBC 3USDA 4ZDMA 4JWXA 2DVZA 1GR2A 2VD2A 4JWYA 1ZIUA 5DYHA 2O51A 2A5TA 1B46A 3K0VA 4GFRA 3IAZA 3IJOB 2O84X 3OELA 1NNPA 4EF2A 2W7YA 4LZ8A 5DVFA 1JETA 2X26A 1M5BA 4GL0A 4L17A 3FVOA 3H6UA 4F31B 4O3BA 4Z7EA 3S2VA 1H3DA 1MY3A 2ZMBA 4Z0IA 2DE4A 3G3GA 1UTBA 4DZ1A 4IO4A 2Y7IA 2FNCA 3MZBA 3HHFA 4RA1A 2O6AA 1MQGA 3K6XA 1POTA 2DXYA 2R71A 4YKIA 1B5JA 1B4ZA 1GVCA 5AE4A 3OMBA 2E1SA 3HV1A 1M5EA 2XXHA 4GLIA 3K6VA 3V89B 3O9PA 3OENA 3KGCA 3IJXB 4OZ9A 1MQJA 1FQAA 4X1DA 4U21A 1FQCA 3T9UA 3LBSA 5FHNA 3RQTA 2H5YA 3DLNA 4EQ9A 3B7DA 5JTYA 3JYRA 3H4ZA 1FQDA 1LBCA 4KR5A 3OO6A 4MFIA 1FQEA 2OCUA 3PMXA 3FD3A 3LSLA 4JSDA 3T9XB 3K4UA 4ISUA 4M4GA 4F3SA 2OJTA 1MXZA 2PT1A 4F3PA 3FXQA 4GD5A 2ONRA 3HO7A 2QS1A 4KI0E 4MLQA 3CSGA 1QVSA 2OBGA 3DP6A 4R6HA 2F7CA 4XKQA 1PB7A 5CMBA 1B3FA 4X1BA 1MPDA 3V8XB 2R6GE 3E3KA 4EDPA 2QMWA 1N7WA 3KN7A 2GHAA 1GTKA 5AA2D 5HM4B 1A55A 1NNFA 4XKNA 1TT1A 3EQ1A 2AIXA 1AIVA 2F36A 4R72A 1ELJA 4POWA 4KD5A 1JW1A 1UTHB 1URGA 3I5OA 2O69A 4ZECA 3A3UA 3KBRA 4O3AA 4YMBA 3Q27A 4QFOA 1IZ1A 3Q29A 3I3VA 2REJA 4QSDA 4XTCQ 4PQJA 3C35A 5LOMA 1OLAA 1MQDA 4QSEA 3ILUB 1AL3A 3T22A 4QFPA 2OK2A 3TQWA 1Y4CA 4HCWA 4NF6B 1HSEA 2D21A 3SEVA 2DS9A 5CMMA 4G8NA 2OWSA 4I62A 3ZSFA 4K3FA 1MH4A 1BLFA 1NL5A 3W15C 1FQBA 1B0HA 3RNNA 1LFGA 1QUJA 1XS5A 2F5XA 3QUJA 4PFYA 1JNFA 5H8FA 3C33A 4MH5A 5KCJA 2ZNSA 3IL1B 1N3XA 4R9FA 1USYH 4KQPA 2ZXTA 3IOUA 2OWTA 2IEEA 5B70A 3MPLA 1SD3A 3W9VA 3K00A 5H8HA 1ZKBA 1VFDA 4IGRA 4NWCA 3K2DA 2QRYA 1LAFE 1B40A 2O1LA 3PGFA 2GHBA 1B3EA 1LAGE 3MJNA 1A99A 2HFBA 4M1VA 5CC2A 4G68A 4IO3A 1MDP1 4X48A 1D9YA 5B7DA 3CR9A 2DP8A 1XC1A 1MY4A 2XXQA 1B58A 1LCFA 3DELB 5AA4B 4OHNA 4YB7A 4E0XA 3MWBA 5I84A 1EH3A 1JEUA 4PE5B 1FTKA 1RKMA 2I6EA 4YKPA 2HZLA 3L6GA 4XIGQ 1LBBA 4BDOA 3HPIA 3PPNA 1TFAA 5CRYA 1B3HA 1HSJA 2QPQA 3CSBA 1AMFA 4U4XA 2YJPA 2NXOA 3TMGA 2AYSA 3KJ7A 3C32A 3TEPA 3UK4A 3MUQA 1JW4A 4DIGA 2F8DA 2QSXA 1MQIA 5I2NA 2Q89A 4R74A 3CFZA 1WVJA 1NH8A 3K02A 4F29A 4RJZA 2O68A 5CBRA 4ZEIA 2V3TA 2ABHA 3KN3A 2AL5A 3IX1A 3H06B 2Q88A 2F34A 3G3JA 4FEBA 4G4PA 1DOTA 4U23A 5I2KA 1USYE 2F7AA 4H8JA 1SQYA 3MAMA 1N7XA 2HAUA 3TODA 1NMUA 2H9BA 3LSWA 5AA2A 4TQUQ 3OEMA 3F11A 2F6PA 5L9MA 5CI5A 3HCQA 3G3HA 2XXTA 3V83A 5H8NA 1R6ZA 4N13A 4KYSA 4F22A 4KFQA 3S9LC 1MRPA 4FE8A 1DTGA 3U72A 4RYAA 3FJ7A 4O3CA 3EHTA 1GV8A 4QFKA 3FXRA 4ECFA 3MP8A 3RGYA 2D3IA 3OO7A 1AH5A 3K6UA 4YICA 4F3BA 3MQ9A 1PBPA 3FJGA 2F7BA 2Z22A 2I4CA 4P11A 4H65A 2I3VA 4IO2A 4U22A 2XHDA 2FA7A 3FXUA 4GL8A 2XXYA 3RUMA 3FV2A 5I57B 4H67A 2Z8FA 3M8UA 2B3BA 3WAFA 3E9XA 1FTJA 1H44A 4G8HA 2NUVA 2ANJA 3O97A 3H6WA 5I59B 4LZ7A 4MBPA 3IO4A 5EHMA 4NTLA 2RC7A 3VFJA 3IB2A 1B2HA 5DEXA 1PEBA 1Y3PA 1NNTA 1VSOA 4OWDA 1P1WA 1MXXA 5TP9A 4MLVA 3OEKA 5FTHA 1QULA 2HXWA 5I58A 1BP5A 5I56B 5KDTB 2VHAA 4RK2A 2M8CA 4AQ4A 2ONKE 4C1TA 2XXXA 5F1QA 2I49A 4OQOA 2P1SA 1SW5A 1US5A 3T93B 1XHYA 3FVKA 2DWHA 4R9GA 3MVYA 5TPAA 1B52A 4EXKA 4PP0A 3TPAA 4NF4B 2XD3A 4G8MA 3DP4A 4H6DA 1ZTYA 4I8CA 2XX7A 3TTKA 3KG2A 1Y1ZA 1FTMA 3CIJA 3B6QA 3C9HA 2B3FA 2NWJA 4OERA 3FATA 1YPNA 2RCBA 2I58A 4F2OA 3PD9A 1B51A 1A8FA 3GBBA 4Q0CA 3RPWA 5CMCA 3H3GA 3K01A 4QSCA 3UP9A 4GF8A 3SEWA 4NF5A 3ZS6A 1MY0A 4ZZEA 2Y7WA 3OD7A 1FTLA 4NF8B 2H25A 3K1NA 1Y1MA 2H4IA 2VOZA 4WEDA 3EN3A 3E13X 1A40A 1PC3A 4P0GA 1IQ7A 2ZYNA 3PUXE 1RYOA 4DCYA 2P0SA 1S9TA 3N5LA 1OQGA 4ZE9A 1N76A 1LFHA 3SEXA 4UA8A 3SDFA 1ZBMA 3SERA 4FJPA 4ZEFA 1R9LA 1B0LA 3IOTA 3U8QA 4OYVA 4HW8A 4EXLA 3IO6A 4I9DA 1JW5A 3O6HA 1EZOA 3TCHA 3VLWA 3EPEA 2V3UA 3R26A 1YCJA 1GGGA 2ALUA 1R1NA 2I0CA 3O29A 2WKYA 2HCAA 3KSJA 3RY3A 2DWJA 4LQ2A 2Y7PA 1VR5A 5HPQA 3BFUA 4LONB 4F2QA 3T9VA 5F7VA 2D5WA 1B05A 4G68C 2UVJA 4FIMA 5KZTA 5K2YA 2ONSA 2VD3A 3MVZA 4GIZA 1N0TA 5J1DA 1B5IA 4N6PA 3EHSA 1PB8A 5IKBA 4Q5TA 5H8QB 3C4MA 5A5XA 1O7TA 3C31A 3FJMA 3G3IA 4IO5A 4BDNA 4ELOA 5L9OA 2GRVA 4OVJA 4XKPA 3H7MA 1LAHE 2F6GA 1Y3QA 5HBCA 3TTLA 1OIBA 3C36A 4YB5A 2XD2A 3TDJA 4H5FA 1Y3NA 1T0KA 4PFTA 4F1YA 1DPEA 2DXRA 4FECA 3T96B 3EHUA 1NNKA 3O2AA 3RTWB 2F97A 1Y4TA 4P0IA 4ZE8A 2F35A 3ECRA 3TTNA 3BBRA 5L9SA 2A5TB 3K1PA 2R9JA 2XXIA 4WKMA 4YMAA 1PBQA 3G7WA 3KFMA 2DE3A 3ZKKA 1M5DA 2XX8A 4BLAA 5ICQA 3TKDA 1ZLQA 3PMVA 3H6VA 3V5AA 3CG3A 3UA8A 3CFXA 4DCXA 1CB6A 3N6TA 1IXHA 1LCTA 4IB2A 1MXYA 5I57A 1UTBB 2UXAA 3A3CA 1I6BA 3BKIB 4H5GA 3LUYA 4R2BA 3T9HB 4ELPA 3TFLA 3QXMA 4IY5A 3I6VA 2O7IA 1JQFA 3SESA 4R73A 3O6IA 1IIWA 5JEIA 4QFLA 1XOCA 3BFTA 4EF1A 1WDNA 1EZ9A 3MP6A 3MZ9A 4DXBA 5KDTA 3G3FA 4LP2B 3TCGA 3TTMA 3ODBA 1POY1 2UYEA 3PD8A 2PX1A 3TZAA 5JTYB 5ELVA 4F1VA 3THIA 4TLMB 2Z8DA 2QL3A 3OSRA 1UIVA 3TUSA 4PETA 4LQ5A 1H76A 2RC9A 1B3GA 4F3GA 3IORA 2LAOA 4AB6A 4G2ZA 3R6UA 2DWAA 4OEUA 3MVWA 2X7QA 3FZVA 3HN0A 2F78A 2UVGA 1H43A 2ZYKA 2UVIA 1VFEA 2RINA 3WAEA 1B6HA 1US4A 1LB8A 2HAVA 1Z7NE 2Q9TA 3JZJA 1P1NA 2HZKA 1P1UA 3D4GA 4HCYA 4OETA 4DXCA 3OXNA 2Y7KA 4ZEKA 4WEPA 2V25A 4R75A 3VVFA 2VGQA 1BTJA 4TOZA 2BJJX 2O1MA 1FW0A 1ZJLA 1N84A 1MS7A 4GVOA 2ZNTA 1D4NA 1OLCA 1FTOA 3VDFA 1NH7A 1IITA 2V84A 4KCCA 1XT8A 3QSLA 3PPRA 1QW0A 2G29A 3ILTB 4GXAA 5CBSA 3M3FA 4OESA 3LSXA 1PB9A 1OMPA 2DWIA 4POXA 3KSXA 1AOVA 4QF9A 1CE2A 3SKPA 4ESXA 4Q8RA 3IR1A 3T66A 5DTBA 2I3WA 1LB9A 2Y84A 4OFOA 4RY1A 1ANFA 3KEIA 3Q25A 4THIA 1DSNA 1P1QA 4JB7A 2ZNUA 3SEYA 1MY1A 2QS4A 2V93A 3VE1B 4ZEBA 2PBWA 4NEDA 5ITPA 3PPQA 4OENA 2REGA 2DVCA 2XXRA 1FCKA 1MPBA 3S9NC 2HQ0A 1A7LA 3RT8A 4YAHX 2IA4A 1OVBA 1SYHA 1N3WA 3U94A 5H8FB 3CRBA 2XXUA 3OOAA 1B7UA 1KWHA 4EQBA 5KCJB 1SYIA 4QHQA 4EQ7A 1I6AA 1UTHA 1YAEA 1JVXA 4OMBA 2OZZA 1SBPA 3GZGA 1A54A 4OXVA 1MM7A 5ISUA 4BDLA 1Y9UA 4I1DA 3E4RA 3H6TA 2B65A 2NVUB 1B1XA 1Z7ME 1EU8A 5AA1A 5ICTA 4GQOA 4DXUA 4JWOA 2YLNA 1SI1A 4NF6A 1TWYA 4NMYA 4G68B 2PT2A 5FHMA 4LATA 4LVQA 1NKXA 4C1UA 1PDAA 3TAJA 1SVXB 1FQFA 4R6YA 3FVGA 3OO8A 1A8EA 2XXWA 2ZYMA 2A5SA 3M3KA 4H8IA 3RTFB 2RKMA 4EUOA 1UQWA 1OQHA 1DMBA 1DTZA 1URSA 4OEVA 4YU0A 3TYHA 4U1ZA 5M2VA 3SEUA 3Q28A 2Q2AA 4ZS9A 3S9MC 3VVEA 2CMOA 4BDQA 1P99A 1URDA 4JXIA 4PFUA 2PVUA 3QIMA 5DT6A 2PYYA 3C34A 4YKJA 3R7XA 3O28A 5I2NB 4GWOA 3OSQA 1MY2A 4FORA 1B4HA 4XXUA 2G93A 1M5FA 1SDXA 3VXBA 1SW4A 2P2AA 2UYFA 5TU0A 5EYFA 5I2KB 3Q26A 3H03A 4F18A 2KLFA 3IK6B 1LAXA 3ZKLA 3O66A 1QUIA 4WXJA 5AA4A 4ESWA 4GRKA 5AA2B 4HTGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ET8A 4C0RA 1MPCA 2PMSA 5DVJA 1MXUA 2OX3A 2RF1A 5H8NB 1JEVA 5K2XA 4X04A 3AXFA 1R9QA 4PDHA 5IGAA 4GWSA 2Q2CA 1ZU0A 4ND9A 2XWIA 1B32A 4KHZE 1B1HA 2Z23A 4DLDA 1OVTA 3GXAA 3MYUA 3FVNA 1B7ZA 3PTYA 4YB6A 4AB5A 2H99A 4BDRA 1KA0A 4ZEDA 1IXGA 3KOTA 1B5HA 2RCAA 2Y5KA 5CMKA 2DSFA 4P9KA 3ONMA 4U1OA 4X9TA 5JK4A 3N6UA 2HEUA 1EYKA 4N07A 4RXLA 4IO7A 3S9EA 1KA1A 4P8BA 2I48A 3VLUA 1JVYA 3DP8A 4GBVA 3QAXA 1QKBA 4NWDA 2FIXA 4U4SA 4JBZA 4F39A 1I6QA 2QS3A 1RDYA 4OTEA 3PMWA 3CFLA 3SZPA 3U1OA 5DEXB 1SI0A 1TXFA 5AA3A 1DPPA 2I4BA 2I0BA 3PV0E 3FV1A 3CI8A 3VV5A 5TP9B 2RC8A 3UIFA 1P1OA 2XX9A 1D9VA 5I58B 4NG7A 4MAGA 1SPIA 1XVXA 1FJ9A 1S50A 1Q1KA 4KYDA 3PUYE 4F1UA 4G77A 2X7PA 4QRZA 4RPNA 4P56A 3IOVA 2GH9A 3FIRA 4N8GA 1B9JA 1RYXA 1NV5A 1B7HA 3W9WA 4ELRA 5TPAB 4KXPA 2H98A 1RDZA 2QS2A 3HSTA 1HSLA 3EF7A 4DDDA 2QMXA 3IB0A 3TELA 4ZZAA 2PFZA 1L5TA 3LC8A 3KN8A 4JSOA 2THIA 5T3JA 4OVTA 1BIYA 1QUKA 3SETA 3MC2A 4JDFA 1MDQA 4PFWA 3PPOA 3PPPA 1SW2A 1IXIA 5I59A 1QJMA 4RNSA 3VLVA 4NQ8A 4PFBA 5IAIA 4N4UA 3D4CA 3B8BA 4PAKA 3PUVE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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