1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
b'PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
molecule tags Dna integration
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
1Z26A 1JLGA 4CJPA 3L3VA 3KK1A 3I8DA 1VSJA 4O5BA 4BE0A 4Z4IA 4CEQA 1HMVA 4OKJA 5KTQA 1QSLA 3SNNA 1ZBLA 4FW2A 1NK0A 3HP6A 4M3RA 3TAMA 4GVMA 3AO4A 1QSSA 4CJFA 2OZMA 4B9SA 1TKDA 1LW0A 3CM5A 1NK5A 3DLGA 3HSTB 4W5NA 1KSPA 4I9QA 2WONA 4LSNA 1KFDA 3PX6A 3D0PA 2G8WA 2E6MA 2OPSA 4O0IA 1W0HA 1U48A 4HUEA 2HHQA 3QNNA 5I3UA 4CERA 3ZT3A 4CGFA 3QEWA 1RBRA 3DRSA 4CJUA 4FJ5A 3C95A 3VN5A 4FLYA 3B6OA 3T3FA 3MXMA 2G8KA 3ZT2A 2HNZA 1RTIA 3PUFA 3CQ8A 3V9ZA 4WE1A 4FYDA 5CZ2A 1IKWA 3TWHA 4FLVA 4N41A 2RKIA 4ZTJA 3MXJA 1JLEA 3TAPA 4KRFA 4CK3A 2FBTA 3L2VA 1J5OA 3PO5A 4JRPA 1GOCA 4FM1A 1RNHA 2IDOA 2B5JA 3KTQA 3LAKA 4FLTA 4Z4GA 1KTQA 1TKZA 2XHBA 4CJ3A 2PYJA 2YNGA 2VG6A 3OJSA 3DOKA 4FZZA 3AA2A 5I42A 3A2FA 1MU2A 3KLIA 2Z1GA 3NF7A 3K59A 1BCMA 3LP3A 1IH7A 3LPTA 3DM2A 4QAGA 4OPJA 3OYFA 3KK3A 4CF8A 4I2QA 4K8ZA 1ZBHA 5JS1A 4JS5A 2P5OA 4DFKA 4IG3A 1REVA 5KGWA 4DQSA 1RT4A 5EU7A 3RRHA 4BE2A 3QIOA 2BGGA 4AH9A 4NYNA 1JLBA 1CXUA 4OGCA 4KPYA 3FFIA 3I0SA 2Z1HA 4IG0A 4LD0A 3V1RA 3MXIA 3KLGA 3IAYA 2IC3A 2HB5A 4CJSA 1NKCA 4RW4A 4CJLA 3L2UA 2YV0X 1RBSA 3O3FA 4M3ZA 4DWIA 2FBXA 3OS1A 3K58A 2OYQA 1VSDA 2RPIA 4FLWA 1B9DA 1D9DA 2HHTA 1XHXA 3WNFA 4W5QA 5DK5A 3SZ2A 1ITGA 4CK2A 3NH0A 1T03A 4DQQA 4CHOA 4KHSA 3RMDA 4CF1A 1WAFA 3PO4A 1IKYA 2XRIA 4B9NA 4RG8A 3V9XA 4FVMA 4QCLA 3V9UA 2LSNA 1QSYA 4O0JA 5T7BA 4DS5A 3PX0A 3NBPA 3AVMA 3U6FA 2HVHA 3UIQA 1FK9A 3BDPA 3AO1A 3HVRA 4K8XA 3T1AA 4C8OA 1U4BA 1JXEA 2ITGA 3BGRA 4Q5VA 4FLUA 4OVLA 5J2PA 3ISNC 4Z4CA 5KGXA 1JLAA 1KVBA 3SUNA 3RMAA 3QNOA 3AVGA 1SV5A 2IAJA 3DLBA 1RBTA 4E7JA 2E4LA 3PX4A 1L3TA 1KLNA 2X6SA 3VQ8A 4Y1CA 1IO2A 4H4MA 1BQNA 1KVAA 4C8MA 1LAWA 4MFBA 4J2BA 1BI4A 2D0CA 1VSMA 3ZSXA 4CEZA 3VQQA 1IKXA 3QERA 1BISA 1RTDA 4KHUA 5C25A 4HHTA 1RT2A 4EZ9A 4TSXA 1Q9XA 2Y1JA 3OYIA 4LH4A 4CK1A 1J53A 1O1WA 1X9SA 1NK6A 3I0RA 4M3WA 4CJEA 2OPPA 4CFAA 1JL2A 1TKTA 4CEBA 1BIUA 4AHRA 4CHQA 2YNFA 3ALYA 4NYFA 1WNSA 5HBMA 1RDCA 2YNHA 4AHSA 4DFMA 3ASMA 1J9AA 1Y97A 3ZT4A 4CGIA 1Q8IA 3CFOA 3K5OA 3ZSQA 3B6PA 3VQAA 3CM6A 5FRNA 4RW7A 1BIZA 1N6QA 1Z25A 1ASVA 3VQEA 4IFYA 3SCXA 1D9FA 3VQ7A 1JXBA 1A5XA 1HYVA 1WAJA 3G10A 4J2AA 5FDLA 4DU3A 4B08A 1YVUA 4CEFA 2YKMA 2YNIA 4E19A 3EY1A 3NCIA 3LP2A 3DRPA 4B8CA 4FK2A 3MAQA 1VSIA 1BI4B 1BGXT 4I9LA 3SV3A 4FXDA 1EX4A 3CYMA 5C42A 3V9WA 4KB1A 4FJ7A 3TANA 3VQCA 1QQCA 1SUQA 3DLRA 1UWBA 5CY4A 4Z4HA 3OYNA 3O3HA 3K57A 1UAXA 1WN7A 1ZBUA 4RW9A 5J2NA 1QS4A 3H08A 1S1UA 1BCOA 2DFEA 5SZTA 4HUFA 1S9EA 4DQRA 2XY5A 1NK8A 3V1OA 4BACA 1G15A 3OS2A 2YHBA 2X78A 3SQ0A 4H8KA 4CE9A 3KLHA 3ZSRA 1RT5A 1TAUA 3HPGA 1C6VA 3CFPA 1TV6A 4ID1A 1WSIA 3CFRA 1KVCA 3HT3A 1WSGA 1D8YA 3M8SA 4DSLA 3TAGA 3AVBA 3O3GA 1IKVA 3LPUA 2HHSA 3SUOA 3NGYA 3ZSVA 3ZSOA 4PA1A 2BDPA 3LP0A 4E7LA 2XY7A 2ZE2A 1FKPA 4RW6A 2OA8A 1HNVA 1HPZA 3AVNA 3LWMA 4ELTA 1S1XA 1KCFA 4C8LA 3OJUA 4CIFA 3L3UA 1A5VA 3VQPA 1S1VA 4DS4A 4NCBA 1CZBA 5HRSA 1RDBA 1HYSA 4KAZA 3AO2A 3MECA 2FC0A 3TAFA 4EZ6A 4OGEA 5SWMA 3NGZA 4DTUA 2KTQA 1WSJA 2JGUA 3ZSWA 1RT3A 4E1MA 4CF2A 4FJMA 4DF8A 3AV9A 4DSEA 3SI6A 4N5SA 1TK0A 1QTMA 4DG1A 4HCBA 4JS4A 1NK9A 4CJ5A 4YNQA 4UQGA 4KREA 5HLFA 3QLHA 3ZSYA 2GUIA 1BL3A 3KK2A 3DLEA 3NF9A 4BE1A 3RMBA 3THVA 2HNDA 4PQUA 3JYTA 1XWLA 1T8EA 1UOCA 4AHVA 4CIEA 3LZIA 1VSFA 2G8IA 3EZ5A 3NE6A 4CESA 1HQUA 1R0AA 4F8RA 1C1BA 3AVKA 2BE2A 1FXXA 3AO5A 4CHNA 3RR7A 4F3TA 3C6TA 3SPZA 4FW1A 3OYGA 3KD5E 2ATQA 1EP4A 1CXQA 4R5PA 4DQPA 2KZMA 1U49A 1UA1A 2ZD1A 3RWUA 2VWKA 4CHPA 3TAEA 3AVJA 3OY9A 4ICLA 4Y1DA 3U3GA 3S3OA 3DMJA 4FJXA 4CGHA 1S6PA 3SQ4A 4PY5A 2ETJA 2EX3A 1RBVA 1L3SA 4IFVA 1ASWA 4F2SA 3NH2A 3VQ9A 3SJJA 3SUPA 1JL1A 1K6YA 4KKOA 4BDPA 2DFFA 1EETA 3L2WA 4E0DA 4CEEA 2HVIA 3NDKA 2D5RA 4F2RA 4KHNA 3AA5X 2A1SA 5KRSA 3E01A 4FK4A 1RDDA 1NK7A 1VSHA 1NOZA 1WSFA 4CJRA 2VG5A 1S5JA 2XY8A 3NF6A 4DTOA 1C1AA 1NJYA 4E7IA 4I2PA 4DTPA 1LWEA 4NCGA 4J2EA 3RMCA 1B9FA 1RT6A 3HPHA 2E6LA 3M8PA 3IS9A 4M45A 3KLEA 4DTMA 5D3GA 3V9SA 2F8SA 2HHXA 3OYJA 5J2QA 1SL0A 1N5YA 1X9MA 4DU1A 3TARA 1SKSA 3RR8A 3WNGA 3L2QA 1NJWA 1L5UA 4KTQA 1YTUA 4KFBA 4DFJA 4DMNA 3LAMA 3OS0A 2G8FA 4OLAA 3M8QA 4L8RB 3LDSA 1X1PA 3TAQA 1RDAA 2KW4A 1HNIA 4E7KA 1RT7A 3OYEA 1SL1A 4Q0BA 3VQBA 3QESA 4IDKA 4OJRA 2ZQBA 1W9HA 1L3UA 5HRNA 4FJJA 4KI4A 1D5AA 3M8RA 4ID5A 3SQ2A 1HQEA 3TI0A 1RCHA 3K5LA 3CG7A 4EP4A 2Y1IA 4MQ3A 1VSEA 2XO7A 1FKOA 2PZSA 4B9MA 1LWCA 3OVNA 4Z4EA 5C24A 3OYKA 2R7YA 5HRRA 1JKHA 1CZ9A 1U04A 2A1RA 2X74A 1XC9A 4B9LA 5CYMA 3L8BA 1TKXA 1BQMA 4CECA 4FZXC 4KHQA 4DTNA 4C8KA 3DRRA 4DLEA 4W5RA 3QIPA 3KJVA 1U47A 3WNEA 2QKKA 3D45A 4O44A 1NJXA 2PY5A 4PUOA 2P51A 3HYFA 2KFZA 4DU4A 3HL8A 2P1JA 1LAVA 1S9GA 4AILC 4FZYA 2F8TA 4CEAA 2IS3A 3HVTA 5E41A 4NCAA 3JSMA 4DSKA 3K5NA 3SYZA 4CF9A 3AVIA 3P5JA 1LW2A 1L3VA 3SPYA 4GMJB 4FJHA 4OLBA 1C0MA 2B4JA 4BWJA 3VQ5A 2HHWA 1WSHA 2HW3A 1I3AA 3KKSA 1SKRA 3P1GA 3V6DA 4M3XA 2GV9A 4M41A 4DSFA 2F96A 2Z1JA 3MEGA 2G8HA 3V81A 5JS2A 1KLMA 2DY4A 3PV8A 4YFUA 1WSEA 1IG9A 1RTHA 1TAQA 2GBZA 1YT3A 2O4GA 4Z0UA 4CJ4A 4EP5A 2FBVA 5KRTA 3ULDA 2PYLA 4BWMA 1C1CA 4CJWA 3OYAA 4F3OA 4FJIA 3QEVA 2W42A 4LY7A 1S6QA 2D0AA 4AHCA 3MEEA 3LWLA 4DLGA 5CZ1A 3DI6A 1RILA 4CF0A 2AJQA 1DTQA 3WNHA 4DF4A 3AVCA 3RTVA 3ZCMA 3HM9A 4CHZA 1J54A 2VG7A 1ZYQA 1UA0A 4N47A 1JLQA 4CGGA 1HRHA 3LZJA 1KFSA 1GOAA 2IGIA 4FJNA 3SQ1A 4DQIA 3AVFA 4J2DA 4CFCA 4M3UA 2KZZA 4AHTA 4F4KA 1S1TA 4PWDA 3HPOA 3IRXA 2HHUA 5HROA 5HRPA 1TL1A 4CEOA 1TVRA 1VK0A 1QHTA 4LH5A 1NKBA 1I39A 4RW8A 4CGJA 3TR8A 4CHYA 2BANA 4OKEA 4AHUA 4DFPA 5FROA 4B3OA 3AVLA 1EKEA 2NUBA 2Q3SA 2OZSA 1X9WA 5J1EA 4DTSA 1SKWA 1DLOA 1NJZA 1KRPA 2IOCA 2OPQA 1XHZA 3O4QA 4DSJA 4ELVA 4ELUA 3AA4A 1TGOA 3NH1A 4FLZA 1RBUA 4CFDA 1ZBIA 2B6AA 4HTUA 4LSLA 1CLQA 4JRQA 2I5JA 4E7HA 4FCYA 2QK9A 3PY8A 1C0UA 3AA3A 3QETA 3QINA 2FBYA 3F73A 4CFBA 3NFAA 2QKBA 4HUGA 2RN2A 4H4OA 3LALA 2YHAA 3VQ4A 4B8AB 4CJKA 4BDYA 4KV8A 5DMRA 3VQ6A 1VSLA 4KTZA 1NK4A 2XY6A 1VRUA 3C6UA 4FJGA 5CYQA 2HNYA 2KFNA 3KIOA 4ZHRA 3NGIA 2X6NA 3F9KA 3SV4A 3U3YA 1C0TA 2G8VA 1F21A 4C8NA 2KQ2A 2OPRA 4CJVA 3OYBA 1YTAA 4DTXA 4B9TA 2RF2A 1JLFA 4M42A 4GW6A 1NOYA 3S9HA 3EYZA 4M3YA 2HMIA 3OYLA 4JLHA 4KO0A 1HYZA 4O4GA 4HVJA 1RT1A 4OPKA 3L2RA 4CCHA 3KD1E 4E1NA 4DTRA 4CIGA 1BHLA 3NAEA 4KB0A 2O4IA 3HXMA 1RTJA 3G0ZA 4W5OA 3S3NA 1T05A 1NKEA 4N56A 3OYCA 3VQDA 1LV5A 3P83D 3QO9A 1S1WA 1U45A 3HK2A 1VRTA 5FRMA 1A5WA 5HP1A 4FJLA 1Q9YA 5KI6A 5J2MA 1T7PA 4FM0A 2VWJA 4HCCA 4G1QA 3ZT0A 3QEXA 3HP9A 4N76A 1LWFA 4QOZB 3NF8A 1EXQA 3OYMA 4OKKA 4CEDA 3DLHA 1JLCA 2YKNA 4BDZA 1TK5A 4CJTA 3TABA 3DOLA 3QEIA 3HJFA 4FLXA 3DYAA 2P5GA 3LANA 2QXFA 3SUQA 2G8UA 4FJ8A 4Z4FA 3QEPA 1QE1A 4B9UA 4FJKA 3S3MA 4M3TA 2D0BA 3AO3A 4O55A 4E89A 4E3SA 1SL2A 4I7FA 3IG1A 3RRGA 4KHWA 1VSKA 3K2PA 5K14A 3MEDA 4W5TA 1XI1A 4IKFA 3ZSZA 4DSIA 4XIUA 3AVHA 3VA3A 3OYDA 3AVAA 2Z1IA 1GOBA 3OYHA 2DFHA 3K5MA 1WLJA 4FK0A 1TL3A 3C94A 3ZT1A 3NHGA 1HJRA 3DLKA 3V4IA 1ZBFA 3KKRA 4B9VA 3V1QA 4FM2A 4CGDA 2EHGA 3KLFA 3VA0A 2WOMA 4KI6A 1DTTA 3ITHA 3O4NA 3LP1A 4KTWA 3HO1A 4IBNA 4DTJA 2JLEA 3T19A 1ASUA 1B92A 4ZTFA 4CJQA 4FJ9A 2DTUA 1TK8A 2HHVA 4KHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLGA 5BRFA 1ATNA 1NGBA 2YI1A 1NK0A 4GVMA 2W40A 4CJFA 3J7YP 1TKDA 4PHTX 4OPHA 5C15A 3QFPA 4BRPA 3FGUA 1XUPO 2OPSA 4CERA 3QEWA 3D7EO 1RBRA 4FLYA 4DV7K 2ZM6K 5AQGA 3PUFA 1SZ2A 3CQ8A 4FYDA 1Q18A 3VESA 4FLVA 3TWHA 2D0OA 4BRGA 2RKIA 4ZTJA 3MXJA 3TAPA 4CK3A 3L2VA 1V4TA 4JK8A 4C1NI 1GOCA 4JRPA 2IDOA 3KTQA 1KAYA 1KTQA 2PYJA 4B1YB 1RDWX 4LFCK 3A5LC 3KLIA 2Z1GA 3NF7A 4EHTA 3LP3A 3BZCA 2WBNA 4I2QA 3BEXA 4CF8A 4JS5A 4DFKA 4IG3A 5KGWA 4DQSA 4NYNA 1JLBA 4EIAA 4IG0A 4LD0A 4MDAA 3MXIA 5M1QA 4DR2K 3AAPA 4DR3K 4A62A 3O3FA 5BPMA 4M3ZA 4DWIA 2FBXA 3T1HK 1VSDA 1V4SA 2OYQA 3EL2A 1B9DA 3E9PA 1D9DA 2HHTA 3WNFA 3VEXA 4CK2A 3NH0A 1U2VB 4A5BA 3A5OC 4RG8A 3V9XA 1K8KA 4ISGA 4QCLA 1QSYA 4DS5A 3PX0A 3AVMA 5JLHA 3GOIA 1FK9A 3AO1A 3HVRA 3VETA 3VTIA 3C7NA 5FPMA 1JXEA 2ITGA 3BGRA 1KXPA 3ISNC 1JLAA 3DLBA 2IAJA 1RBTA 3PX4A 1KLNA 1C0FA 2OTLN 1HKGA 5I9EB 1KVAA 4C8MA 1BI4A 4CEZA 1VSMA 4FPAA 3VQQA 1OH6A 2E20A 5C25A 4HHTA 4WQ4C 4FWMA 1Q9XA 2BH1A 1J53A 4DV0K 1P8ZA 4CFAA 5IWAK 1BIUA 4AHRA 2ASMA 4DFMA 1VAZA 1RDCA 4CW7B 4H0XB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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