1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
molecule tags Dna integration
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
4CGDA 4GMJB 4EP4A 3KD1E 4KI6A 3ZSYA 3QEPA 4FK2A 3EYZA 1VSEA 1C1BA 1JLEA 1NK4A 2IS3A 4HUGA 1KCFA 4CF0A 2HMIA 2OPPA 1UOCA 3VQDA 3K57A 3M8RA 4B8CA 2I5JA 4CEQA 3K2PA 3SQ0A 1NJWA 4N41A 1S1XA 4DS5A 2IAJA 3VQQA 3RRHA 4BWJA 4KHNA 4O55A 1I39A 3TAGA 3V9XA 4RW7A 4AHUA 1UWBA 1A5WA 2ITGA 1F21A 1TKDA 1QSYA 3AV9A 5C25A 1I3AA 1HQUA 1QSLA 2KFNA 4FW2A 3AO3A 4KO0A 4PA1A 3OYCA 3AA3A 4BDYA 3PY8A 4FJXA 4CE9A 1RTHA 3KLEA 4FLWA 4DSJA 4J2DA 1XWLA 3QEVA 4FJ9A 1HNVA 3DLEA 4OKJA 2G8UA 3RR8A 4QOZB 4KRFA 2DTUA 4BACA 4DF4A 2QKBA 1S6PA 5KTQA 4O0IA 3AO2A 4JRQA 4RW9A 4KHWA 5HRRA 2RF2A 1U4BA 1X9WA 4EZ9A 3AVCA 4FVMA 3OY9A 2Z1IA 4K8ZA 4CHYA 2B6AA 5E41A 3K59A 4M41A 4PWDA 2KTQA 3U3YA 1TL3A 2VG5A 4M3TA 3SYZA 1TAQA 1XHXA 3H08A 2YNHA 3PO4A 3A2FA 3KK2A 3SI6A 2HHVA 2D0BA 2FBXA 3NH2A 4BDZA 4FCYA 1X9SA 4PQUA 3O4QA 1WSIA 1VSIA 3AO5A 3DM2A 5J2PA 4DTOA 2KZZA 4W5NA 3PX4A 4IG0A 4W5TA 1B92A 4CGIA 2Y1JA 4J2AA 3QNNA 1BI4A 1HNIA 3ZT4A 4CJVA 3NHGA 4E3SA 1QQCA 2EHGA 4JLHA 2ZQBA 4AILC 2HHTA 2GV9A 4CJEA 4FLYA 3V9ZA 4XIUA 4CEEA 3VQ9A 1X1PA 3VQ8A 3TAMA 4FLTA 4DTJA 3SQ2A 1CZ9A 1MU2A 2RN2A 5CZ2A 4ID1A 2PZSA 4OGEA 4LSLA 4LH5A 1JL2A 5KI6A 2OYQA 4MFBA 1EKEA 4CFAA 3NCIA 3QEIA 1SKRA 4OKKA 1TGOA 2IGIA 4CIFA 3NH0A 1FK9A 3DLKA 4IDKA 3V9WA 4J2BA 1FXXA 1YVUA 2VG7A 2GBZA 3C6TA 4CGFA 4DMNA 2HNDA 4LH4A 3O3HA 4BE1A 2O4IA 4L8RB 5FDLA 1XI1A 1RDCA 1TKXA 4AHVA 3JYTA 1IO2A 1IG9A 1X9MA 3SUQA 3RWUA 4CHNA 1VSMA 1T7PA 4DSLA 4CIGA 3NH1A 4CEAA 3I8DA 2Z1HA 4UQGA 4B3OA 1L3TA 1LWFA 3AA4A 2B5JA 4CK1A 4CIEA 4N56A 3OYKA 3SZ2A 1J5OA 1ASUA 3ZSQA 1JKHA 3DLBA 1WN7A 4WE1A 4DSEA 4BDPA 1GOAA 3EZ5A 3P1GA 1T03A 2KFZA 3OYNA 1SKWA 2F8SA 1U04A 3S3OA 2WONA 1KLMA 1BL3A 1A5XA 4RW6A 4CJFA 4FXDA 1HYZA 4IKFA 1S5JA 1WAJA 4NYNA 3V1RA 3HXMA 3TARA 4E19A 5EU7A 3S3NA 2B4JA 3AVBA 2Z1JA 2YHBA 3L3UA 3KLFA 1TV6A 3QETA 1A5VA 4ICLA 4F2SA 1HMVA 1RBRA 4QAGA 3DLGA 1C6VA 3RTVA 4DQSA 2XY6A 1Q9YA 2KZMA 4I7FA 4FM1A 4CHPA 4ZHRA 2BDPA 2P5GA 2Q3SA 4DFPA 1ZYQA 5I3UA 1ZBUA 2OZSA 1NK8A 3NF8A 4Q0BA 3DRPA 4HTUA 2ATQA 4Z4HA 3RRGA 3VQEA 3KLIA 3VQ7A 1RCHA 1WNSA 4FJ7A 4YFUA 3HJFA 1LW0A 4G1QA 1KVAA 1EXQA 1NKBA 4FJ8A 4Z4CA 4DTSA 3V1QA 1NK0A 3TABA 2VWJA 1EX4A 2YKMA 1XHZA 3OS1A 1HJRA 4RW4A 1C0MA 2OPSA 3AA2A 1VSDA 3OYJA 4BE0A 4CJ5A 4H4OA 3T19A 4R5PA 3LZIA 2YKNA 4DSFA 4F8RA 2IC3A 2HVHA 4CGHA 4KHUA 1D9FA 1EETA 4I9LA 2FBYA 1C1AA 4FLXA 3FFIA 3TR8A 4Z4IA 1CXQA 1SKSA 3MEEA 3UIQA 4Z4GA 3KIOA 3VQ4A 4C8LA 2HVIA 2AJQA 5KRTA 2QXFA 2OZMA 3HYFA 4CERA 1LAVA 1VSKA 3WNEA 1TVRA 4CGJA 4B9TA 3AVLA 4DLGA 3NFAA 4DFMA 3WNGA 2OPRA 1KRPA 3DLHA 1BGXT 1BQNA 4KTWA 4BWMA 2F8TA 3L2QA 3C94A 3L2RA 3V9UA 4DU1A 4GW6A 1KSPA 1IH7A 1S9EA 2XHBA 1WSEA 3PUFA 1HRHA 3G10A 3M8QA 4I2QA 1RT7A 1RBUA 3O3FA 4NYFA 5HLFA 4MQ3A 3OS0A 4KREA 4RW8A 1TK8A 4FYDA 4CK3A 3ZSXA 4DFJA 4KI4A 3THVA 4CCHA 2FC0A 4F4KA 5JS1A 4JS4A 4ID5A 4AHCA 2RKIA 1NK5A 3QIOA 1HPZA 1T8EA 4PUOA 4GVMA 4M3RA 3PX6A 5HROA 3SPZA 4ELTA 3NF7A 4PY5A 1J53A 3HL8A 3LAMA 5K14A 4CJLA 2E6LA 3K5NA 4LD0A 4B9VA 1Y97A 4B9NA 4E1MA 2YNGA 3MEGA 4O0JA 4DQQA 1SL0A 1D8YA 3HP9A 3QO9A 4DG1A 4OGCA 3E01A 3SCXA 1RNHA 5C42A 4FZXC 3NE6A 2P1JA 1L3UA 1K6YA 4NCGA 3M8SA 4C8NA 4Q5VA 3KKRA 1UA0A 3TI0A 3OS2A 4AHSA 3AO1A 4OPJA 3AO4A 1N6QA 3QESA 3RMDA 1NK6A 4E1NA 1BCOA 3U3GA 3NF9A 4W5QA 3IAYA 5FRNA 4ZTJA 2JGUA 4O44A 3HPOA 2JLEA 3OYMA 1NJZA 1RDBA 3AVKA 2XY7A 1NJYA 3VA0A 3ZSRA 3TANA 3LANA 1LW2A 1VSHA 2DFFA 2GUIA 4DU4A 2ETJA 3IS9A 3TAFA 1U48A 4K8XA 3ZT1A 4M45A 5CZ1A 3ULDA 3AVMA 3QINA 4KB0A 5J2NA 4JRPA 3DOLA 1WSJA 3SUNA 4I9QA 1CLQA 4NCAA 1U49A 4ELUA 4FM0A 3NGZA 1RBSA 3F9KA 4CJRA 4E7KA 4CF8A 4ZTFA 4AHRA 1ITGA 2HNZA 3CM5A 5SZTA 2NUBA 3VQBA 3OYAA 3QLHA 5KGXA 1ASWA 3LP2A 5J2QA 4DFKA 2VG6A 1Q9XA 4DSIA 2QK9A 3L2UA 3QERA 4CEDA 1KFDA 3RMBA 4KTZA 1KFSA 1SV5A 4IG3A 3LWMA 2PYJA 3CM6A 2HW3A 3I0SA 4FJNA 3HPHA 4E7HA 4OKEA 3F73A 4CGGA 1L3VA 4KHYA 3NBPA 2IDOA 2FBTA 4DQIA 1S1UA 1LV5A 2XO7A 1VK0A 4B08A 3AVGA 3NGYA 1S1WA 2WOMA 3ZSOA 3P5JA 1VRTA 4CFCA 4YNQA 2X78A 3DRSA 4RG8A 3S3MA 3TWHA 2KW4A 4HVJA 2E6MA 3LWLA 1NKEA 4CHQA 4M3XA 1RT5A 2P5OA 1NOZA 1S6QA 4DQRA 1NOYA 1RTJA 4TSXA 1SUQA 2HNYA 3L8BA 2HHUA 5C24A 3ASMA 1SL2A 1DLOA 3OYLA 3HO1A 5I42A 1RT2A 4N76A 1UA1A 1VSFA 4FJJA 1QTMA 1HYSA 4DTXA 1RT3A 3LP3A 3ZSVA 3AVHA 1JLBA 3QIPA 2YNIA 3HK2A 4CF2A 3PX0A 1FKOA 3TAPA 2Y1IA 4CJ3A 3KK3A 4W5OA 3MEDA 3EY1A 4N47A 3RMCA 5KGWA 1FKPA 3DMJA 3V81A 4DTNA 4DTMA 1GOCA 4O4GA 4QCLA 1WSFA 3V4IA 4CESA 3OJUA 3NAEA 1TKTA 3K58A 1RT1A 2Z1GA 2ZE2A 2KQ2A 2HHQA 4KV8A 1RDDA 2BGGA 2EX3A 1B9FA 4H8KA 2G8KA 4DSKA 3ZCMA 2DFHA 2BANA 5HRNA 4CEBA 1BISA 1XC9A 3LDSA 1JLGA 1S1TA 1YTUA 1DTQA 4FM2A 3L3VA 4FLUA 1TAUA 3OYIA 3CFRA 1TKZA 4E7LA 4CECA 4I2PA 2VWKA 5SWMA 4W5RA 2O4GA 3AVFA 5CY4A 4OPKA 3JSMA 4CJSA 4M3YA 1S1VA 3KKSA 1YT3A 3DYAA 5J1EA 3NGIA 4E0DA 1J54A 4FJKA 3KLGA 2IOCA 4CJQA 1D5AA 4Y1CA 1IKXA 1NJXA 2DY4A 3LPTA 2X6SA 3DOKA 4E7IA 1BIZA 3SPYA 2G8IA 5HRPA 4F2RA 3BGRA 1WLJA 4CF1A 1RTIA 1YTAA 1BHLA 4KHSA 4KKOA 1KVBA 4AHTA 1RDAA 5DMRA 3HSTB 1KVCA 1B9DA 1RT4A 4Z4EA 1BCMA 2R7YA 1VSJA 3MAQA 3VQ5A 3VQ6A 2YHAA 1NK7A 4M42A 4IBNA 1JXBA 4DQPA 2E4LA 5HBMA 2D5RA 5J2MA 1BQMA 2YV0X 1UAXA 3CFOA 1Z25A 4Z0UA 1IKYA 3WNHA 4DU3A 3K5LA 2G8WA 3CG7A 1HYVA 1N5YA 3LZJA 4HUEA 4FJLA 2HB5A 3AA5X 4KPYA 2HHXA 4CJUA 1D9DA 3ZSZA 1ZBFA 3LP0A 4Y1DA 3U6FA 4Z4FA 4DWIA 3IRXA 3M8PA 4ELVA 1ASVA 3L2WA 3LALA 5CYQA 5FRMA 3PV8A 4CJTA 4M3UA 3L2VA 3PO5A 1BI4B 1BIUA 3ITHA 4BE2A 1NKCA 5KRSA 1JXEA 1GOBA 1L3SA 3BDPA 4OVLA 4CFBA 2PYLA 2W42A 1RT6A 4B9UA 3OYGA 3C95A 4CHOA 4E89A 2X74A 2A1RA 3V1OA 4B9MA 4FJ5A 2X6NA 1NK9A 5CYMA 4C8KA 3ZT2A 3SUPA 3VQCA 2OA8A 4LSNA 3O3GA 4CHZA 1QSSA 2G8FA 4FJGA 4CJWA 1O1WA 4HCBA 4F3TA 4DS4A 1Q8IA 3OYEA 4FK4A 1R0AA 2D0CA 3LPUA 1KTQA 4CEZA 4FJHA 3RMAA 1U47A 1W9HA 3O4NA 4O5BA 5JS2A 2D0AA 3KTQA 4F3OA 3NDKA 5D3GA 4B9LA 3K5OA 1KLNA 1L5UA 4FK0A 3DRRA 1G15A 3V6DA 3SV3A 3VA3A 3QEXA 4IFVA 1IKWA 4HCCA 4LY7A 3TAQA 3MXMA 4KAZA 5FROA 4CJKA 4IFYA 3CFPA 4E7JA 3SUOA 1REVA 3SNNA 3IG1A 1VRUA 2G8HA 2XY5A 4CJPA 4DTRA 3VN5A 4C8OA 3ISNC 4AH9A 3D0PA 2P51A 3KK1A 3CQ8A 3QEWA 3MXIA 3T1AA 4NCBA 3RR7A 1C0TA 3LAKA 2A1SA 1QE1A 2ZD1A 4C8MA 3OYFA 3SQ1A 4FZZA 1WSHA 4OJRA 5DK5A 3KD5E 4DTUA 4KHQA 1W0HA 1SL1A 1LWCA 4EP5A 3CYMA 5T7BA 1JL1A 5HRSA 4N5SA 1VSLA 3D45A 3TAEA 5HP1A 2HHWA 4B8AB 4EZ6A 4CK2A 2BE2A 3VQPA 4CJ4A 2PY5A 3KJVA 4FLVA 1ZBIA 3NF6A 1RILA 4DTPA 1HQEA 1RBTA 2YNFA 3OYHA 4HHTA 3SV4A 4DF8A 1TK5A 1JLQA 1JLFA 3QNOA 4OLAA 2HHSA 1U45A 1ZBHA 4JS5A 3HVTA 4M3WA 3ZT0A 4M3ZA 2RPIA 2QKKA 4FJIA 1TL1A 3HVRA 3T3FA 2FBVA 3AVNA 1C0UA 1IKVA 3MXJA 3HT3A 3K5MA 4OLBA 1EP4A 2XY8A 2LSNA 2F96A 3B6OA 3DLRA 3HPGA 3OJSA 4FJMA 4DLEA 2OPQA 1WSGA 3AVAA 3LP1A 4CFDA 3MECA 3I0RA 2G8VA 1JLCA 4B9SA 1C1CA 3ZT3A 3HP6A 1DTTA 3SJJA 1TK0A 1LWEA 3B6PA 3ZSWA 1ZBLA 3AVIA 4FLZA 4FZYA 4HUFA 3HM9A 3OYBA 1Z26A 3WNFA 4J2EA 1JLAA 3V9SA 1RBVA 4CEFA 3P83D 4KFBA 4CEOA 1CZBA 4KB1A 3SQ4A 3AVJA 4CF9A 1QS4A 1S9GA 4FW1A 3OVNA 3OYDA 1J9AA 3KLHA 3ALYA 3G0ZA 2DFEA 1RTDA 1CXUA 4KTQA 3C6UA 3DI6A 1WAFA 3S9HA 1T05A 1QHTA 2XRIA 4H4MA 1LAWA 3VQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ENBA 4EP4A 4DV5K 1VSEA 1JLEA 5B8HA 3M3ZA 3L4IA 1BDGA 4CF0A 2HMIA 4JKFA 4A2AA 2OPPA 5JVHL 5GINA 3O6WA 3K57A 1N34K 2I5JA 1S1XA 2IAJA 4BWJA 2Q31A 1X3MA 1TKDA 1QSYA 1MDUB 4IO8A 3OYCA 4KO0A 3PY8A 3EE8A 2P9UB 3ZX0A 4CE9A 4I6MB 4FLWA 5AQNA 2G8UA 2GELA 1VQ4N 5KTQA 3AO2A 3QICA 2CGKA 3K9JA 1XNRK 4JI0K 5E41A 4M41A 3G6EN 3U3YA 3SYZA 3KK2A 4BDZA 4Z94A 4PQUA 1WSIA 3P39A 3AO5A 3DM2A 3PX4A 1IG8A 3FGUA 3D2EB 4MDAA 4DR3K 3ZT4A 1NGGA 2HHTA 4XIUA 3KK7A 3ZLJA 3VQ8A 5AQXA 4ILGB 1EKEA 4OKKA 4CIFA 1FK9A 3EE9A 3CC4N 3J7YP 1FXXA 2VG7A 3O3HA 2HNDA 4LH4A 2O4IA 5FDLA 2P9KA 1RDCA 5AQVA 1TKXA 3F2KA 2BUPA 3RWUA 4CHNA 4FWQA 4CIGA 4YOWA 3CIPA 4N56A 3OYKA 3SZ2A 1J5OA 1WN7A 4QS9A 2QM1A 3A5MC 1U04A 4CZGA 4B3SK 1NMDA 1KLMA 4RW6A 3O9RA 3M5RA 4JI1K 3L3UA 1BWFO 3C7NA 3W3DA 4QAGA 3OTOK 3DLGA 3RTVA 2XY6A 1Q9YA 1C0FA 4CHPA 3DXKB 5BN8A 2BDPA 4WF9L 4DFPA 1E4GT 5I3UA 2HF3A 4EFHA 1GLDG 3DRPA 4BRCA 4Z4HA 4YFUA 1LW0A 1KVAA 3WXIA 2O8FA 2YKMA 1C0MA 1VSDA 4BE0A 3TSUA 4R5PA 4BRMA 2FBYA 1OKJA 4JI5K 5LMNK 1QVGM 3VQ4A 2AJQA 2QXFA 1GLFO 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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