1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
molecule tags Dna integration
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
5KGWA 3K5NA 3NF7A 1RT4A 2BDPA 2Y1IA 1Q9YA 3FFIA 4ID5A 4DTMA 4WE1A 4DQQA 1XHZA 3VA3A 4CK3A 2BANA 2D0BA 1J53A 2X78A 2R7YA 4CHNA 4KI4A 1TAUA 1B9FA 3HP6A 4I2PA 2Z1IA 3PX6A 3SCXA 3VQ5A 1WSFA 4F2RA 3KK2A 1VSIA 3TAPA 1RTDA 4CE9A 2G8VA 4CEZA 4CERA 2Y1JA 3AVAA 3ZSWA 3OYGA 2D5RA 4JRPA 3S9HA 1BI4B 4DQSA 1U45A 4Z4IA 4RG8A 4CEAA 3IG1A 4CJSA 4FCYA 3KKRA 2Z1JA 3VQ8A 4PA1A 1RTJA 4OLBA 4R5PA 4E7LA 1UAXA 3RRGA 2ZQBA 3P5JA 4CEOA 4DTPA 4FJXA 3OYMA 1IKXA 1TV6A 1ASWA 2DFHA 3HPOA 4O44A 3ZT4A 4CHYA 1D5AA 2AJQA 3AO2A 3SUNA 1S1XA 3MEDA 4ELTA 3LANA 5CYQA 1SL2A 2X6NA 3EZ5A 3E01A 4CGDA 4KHUA 1ASUA 2HNZA 3PY8A 2HVIA 3ZCMA 4Z4HA 1IH7A 2ITGA 3AVBA 1I39A 1RDBA 2B6AA 1CZ9A 3G10A 2F96A 4FLTA 1L3TA 1VSFA 3DOKA 4M45A 1S9EA 2HMIA 4ELUA 1WNSA 4LSLA 1WSJA 1IKVA 4KTQA 4CCHA 1SKRA 4M3ZA 2HHUA 4E7IA 1X9SA 3DLRA 1TGOA 3VQBA 2X74A 3HYFA 3OYKA 3DMJA 3PO5A 4RW4A 3SQ4A 3V9XA 3C6TA 4K8XA 4KREA 4CJWA 3AVCA 4N47A 1U48A 2QXFA 3K58A 3LAMA 4FK0A 4AHVA 3LP3A 1WSHA 4DSFA 4DS5A 1NOYA 4KHSA 4CFDA 4DSKA 2Z1HA 5KTQA 4C8LA 4B8AB 2PZSA 4FZXC 1T8EA 3KD1E 3DLEA 1BI4A 4MFBA 2ZD1A 1BIZA 2VG5A 4LH4A 4W5RA 1LV5A 3HJFA 3M8RA 3V6DA 1L3UA 4FLVA 1KVCA 4FZYA 1KVAA 1NKBA 3MECA 4CK2A 3NH2A 5HLFA 1IKWA 1LWCA 3K5MA 4KHQA 4FJLA 4DSLA 1RT7A 4H4MA 3P83D 1ASVA 3VQ9A 1WSGA 4BDPA 5CYMA 4W5QA 4KPYA 4FJMA 4IG0A 2KZMA 4FYDA 3KD5E 3NGIA 1L5UA 4FJ8A 3JYTA 4H4OA 2IC3A 3OYJA 2KFZA 4TSXA 2FBYA 4KRFA 4QCLA 1SV5A 1Z26A 4NCAA 4FK2A 3V9WA 4NCBA 5T7BA 4Z4GA 1O1WA 1RDDA 4FVMA 4BACA 3QERA 3TI0A 1HMVA 3WNHA 4IBNA 3ZSXA 4CJEA 3AVKA 4DLGA 4NCGA 3WNEA 4E0DA 4W5NA 3OJUA 1HRHA 2OPQA 1Y97A 4OGEA 4KTWA 4FJNA 1BCOA 2WONA 3L2RA 4FLZA 4DSEA 3P1GA 1NJWA 4KFBA 4ZTJA 3SQ0A 2YNIA 1S1TA 2FBVA 1JLGA 4O5BA 3D0PA 2P5OA 1JL1A 3CM5A 4E3SA 4W5OA 4DTNA 1Q8IA 3OYHA 4FLXA 1A5VA 1LW2A 4KI6A 4DTOA 1KCFA 1WAFA 3AO1A 1TAQA 2OPSA 1XC9A 3VQCA 1RT1A 2O4GA 3HP9A 1G15A 4JS4A 3MXMA 5I42A 1T7PA 4FJHA 3HK2A 3RRHA 4DTSA 3PX4A 2D0AA 1DTQA 5FROA 4J2BA 2HHSA 1BCMA 4E89A 3I0RA 3CFPA 1EP4A 4KKOA 3MEEA 2RF2A 1DLOA 1B92A 3QEVA 1BISA 3HPHA 3NAEA 4O55A 4E7HA 4F3TA 3QO9A 3BDPA 4B3OA 4OPJA 1T03A 1BL3A 1UWBA 4DTUA 4AHTA 1FKPA 4KO0A 1QSLA 1S6PA 1NK4A 1J5OA 4CJTA 3B6PA 2ETJA 4C8NA 1RBUA 1NKCA 4J2DA 3L2VA 1KLNA 1U47A 1YT3A 2DFFA 3V1OA 4CHOA 2PYLA 4DTRA 3K2PA 4DQIA 3H08A 4CGGA 3KLGA 3T3FA 1S1UA 3F9KA 4DQRA 1ITGA 4YNQA 1JXBA 3SV3A 1FK9A 4DS4A 3CFRA 3RR7A 4XIUA 4O0JA 3UIQA 2YV0X 3CQ8A 3THVA 2IGIA 3SNNA 2OA8A 4PWDA 3NH1A 3NF8A 1A5XA 3LWLA 4M3UA 4BWJA 4B08A 4Q5VA 4B9SA 3L3VA 3LZIA 4AILC 3HM9A 4HCBA 1W9HA 3QESA 5KGXA 3I0SA 3LP2A 4B9TA 1N6QA 1RT5A 2XY6A 5J2PA 3QLHA 2F8TA 3KK3A 2VWJA 1HJRA 4I9QA 5CZ1A 1RILA 1VSEA 3O3HA 3WNFA 2YNFA 4M3RA 3L2WA 3SYZA 4KAZA 3KLIA 5J1EA 3ZT1A 4UQGA 1N5YA 4OKKA 2Z1GA 5D3GA 4B9NA 3QINA 1FKOA 3DRPA 3ALYA 2VG7A 1TL3A 4M42A 3CFOA 2WOMA 4CF2A 5HRPA 4FLYA 1JXEA 4N56A 2KTQA 4N5SA 1VK0A 2B4JA 4CGFA 4HCCA 1S1VA 3S3MA 4IKFA 2RN2A 3HXMA 3VQEA 3K57A 3V9ZA 4DFMA 1NK6A 2G8IA 4HHTA 4CF0A 4M3XA 5J2QA 2VG6A 3OJSA 2X6SA 1HQUA 4F8RA 4KHYA 4CF8A 2ATQA 3SI6A 4LD0A 4FJJA 4FM0A 5KRSA 1C1AA 2YHBA 3VQDA 3LDSA 4B8CA 4B9UA 3L2QA 1TK8A 3AVJA 1LWEA 3MAQA 1KFSA 1K6YA 1IKYA 1NK7A 4FW1A 4K8ZA 4J2AA 4M3WA 2XHBA 1RT6A 3S3OA 4HVJA 3SV4A 3ZSQA 3SUOA 4BWMA 3DRRA 5HBMA 3LPTA 3AVIA 4ZHRA 4OKJA 2JGUA 2XY8A 3ZSYA 4H8KA 4CJFA 5C42A 1C1CA 1MU2A 5CY4A 1GOBA 5JS2A 3LWMA 4FJ7A 4Y1DA 1TKDA 1HPZA 1ZBIA 3SPYA 1CZBA 3SJJA 3VQPA 1WLJA 4FLUA 1JLAA 3AO3A 3HPGA 3ZSZA 4CIFA 2YNHA 5FRMA 3NFAA 1HNIA 2VWKA 2IOCA 4OGCA 3ZT0A 3O3FA 3EY1A 1D9FA 2QKKA 3C95A 1KVBA 3SZ2A 4IFVA 2KFNA 4ID1A 2HW3A 4GMJB 1LWFA 3D45A 4FJGA 1HYVA 3V9SA 4DU1A 4C8OA 4CF9A 2O4IA 4FLWA 4CJQA 1QTMA 2G8KA 2KZZA 1NK9A 2OYQA 3VN5A 1TVRA 1U4BA 4IG3A 1NOZA 4HUGA 3VA0A 2YNGA 4I9LA 5J2NA 4FJKA 3AA2A 2W42A 4CJ4A 1RBTA 1D8YA 1VSDA 3CM6A 1KTQA 2GBZA 4CJUA 1L3VA 1KSPA 3BGRA 3RMBA 1YTUA 3M8QA 2DTUA 1QSYA 2P5GA 3PV8A 1XHXA 3VQ7A 3OS0A 3RMAA 3KTQA 3SQ2A 3VQ4A 4CJKA 3U6FA 4DFKA 1DTTA 3NDKA 1C0UA 2HHVA 2XY7A 1WAJA 5EU7A 3DLGA 3ZSVA 3AA5X 1RTHA 3A2FA 4CEBA 1X9WA 4Z4CA 1QS4A 1BIUA 3PO4A 4FJ5A 3IAYA 3TWHA 3HSTB 4E7KA 3MXJA 3LAKA 1SL1A 3VQQA 1CXQA 4DFJA 4DF8A 3OY9A 3K59A 1RNHA 3AVNA 2A1SA 3KKSA 2XY5A 1WSIA 3V81A 2HHWA 4CEEA 4CK1A 3F73A 1WSEA 4EZ9A 2IDOA 5J2MA 3OYFA 3LZJA 3QNNA 3V4IA 4MQ3A 4DSJA 3OS2A 1T05A 4OKEA 4M41A 4CHZA 4M3YA 1VSHA 2JLEA 4QAGA 4CJ3A 3NHGA 3K5LA 3SQ1A 3SUQA 2D0CA 3RR8A 4EZ6A 4CJRA 2YHAA 5DMRA 1JLFA 4C8MA 1SUQA 3TAGA 1UA1A 1NJZA 3SUPA 3I8DA 4HUFA 1LAVA 3OYLA 2HVHA 2HHXA 2PYJA 4FW2A 4CEQA 4BE1A 3S3NA 3NGZA 3ISNC 4AHRA 1VSLA 2P51A 3AVLA 3T1AA 3AVFA 4O4GA 4HTUA 2KW4A 3DI6A 3TAFA 5FRNA 4AHCA 5KRTA 1JKHA 3MXIA 3L3UA 4JS5A 1EXQA 1C6VA 2P1JA 2RPIA 1QSSA 1X1PA 1Q9XA 3DLKA 1UA0A 2OPPA 2B5JA 4RW6A 3AO4A 3OYDA 3AA3A 4EP5A 1LW0A 3QEXA 3TANA 1ZBHA 3DOLA 5SWMA 1QE1A 4CJLA 4AHSA 4FM1A 1D9DA 1JLEA 2OZSA 4CEDA 4L8RB 4OVLA 4CGIA 3SPZA 3NF6A 3TARA 1WN7A 3ZSRA 4CJ5A 3AVGA 3LALA 1TKXA 1SKSA 1SKWA 4KHNA 1EKEA 4DLEA 4E1MA 1SL0A 3U3GA 4FZZA 1HNVA 2IAJA 4AH9A 4FM2A 2KQ2A 1TL1A 4GW6A 4DF4A 3G0ZA 1RCHA 2BGGA 3RMDA 3KLHA 1CXUA 5FDLA 3LP1A 3QEPA 3QNOA 3HO1A 3OVNA 4KTZA 2BE2A 1C1BA 2E4LA 1RBSA 3CG7A 3IS9A 4AHUA 1VSJA 4G1QA 3QEWA 3U3YA 4E7JA 2G8WA 3ULDA 4CJVA 3M8SA 4ZTFA 1IO2A 2G8FA 2G8UA 4OPKA 4LH5A 2I5JA 1XI1A 4DG1A 2YKMA 4E19A 4BE2A 1S9GA 4FK4A 1C0TA 1EX4A 4B9LA 1U04A 1HQEA 1YTAA 3C6UA 3KJVA 1BHLA 4IFYA 3VQAA 3DLHA 4F4KA 3DRSA 4J2EA 1L3SA 2ZE2A 3RWUA 4ELVA 2F8SA 1NK8A 1JLBA 4FJIA 5DK5A 1RT3A 1TK0A 5HRNA 4Q0BA 5K14A 1GOCA 1X9MA 3B6OA 2EX3A 4FJ9A 4JLHA 2XRIA 4RW7A 4CESA 4DU4A 5CZ2A 4DMNA 1RDAA 5C24A 3VQ6A 4B9MA 2LSNA 5C25A 3CYMA 2XO7A 4NYFA 4PQUA 1W0HA 2E6MA 1I3AA 2E6LA 1ZBFA 3KIOA 3WNGA 4N76A 3AA4A 4Y1CA 4CJPA 3OYEA 4F3OA 3ITHA 1BQMA 2YKNA 1KRPA 3HVTA 2Q3SA 1VRTA 4CGJA 4CHQA 3TABA 2HHQA 1JL2A 4BE0A 1JLQA 1J54A 2EHGA 4GVMA 1ZYQA 4KHWA 3AO5A 3V1QA 2IS3A 4W5TA 3TAQA 1ZBLA 4Z0UA 5HP1A 2QKBA 4LY7A 4ICLA 2G8HA 1NK0A 1RT2A 2RKIA 3K5OA 4OJRA 3ZSOA 2OPRA 2OZMA 1IG9A 3QEIA 1TK5A 4I7FA 4DTXA 3NCIA 1UOCA 3TAEA 4FXDA 3L8BA 3NF9A 3O4NA 4CFBA 3IRXA 5HRSA 5SZTA 4O0IA 3O3GA 2DY4A 1S5JA 1J9AA 1EETA 2FBXA 2NUBA 1A5WA 3V1RA 3NE6A 3C94A 2QK9A 4KB1A 4CFAA 5JS1A 2A1RA 2HB5A 4EP4A 2HNDA 5E41A 4KB0A 4DSIA 1FXXA 3RTVA 3OYCA 2GUIA 1REVA 4CECA 1QQCA 3AVMA 3OS1A 1R0AA 1KFDA 1B9DA 1VSMA 1RDCA 3NGYA 1Z25A 3HT3A 4Z4EA 2HHTA 3JSMA 4DFPA 1S6QA 4CIEA 4N41A 1BGXT 3T19A 3M8PA 1LAWA 1NK5A 4PUOA 3L2UA 1C0MA 4CGHA 3AV9A 1RBVA 3KLFA 4YFUA 4HUEA 3DLBA 4DQPA 4JRQA 2DFEA 1VSKA 1ZBUA 3LP0A 3TR8A 3QIOA 4KV8A 4RW8A 4CIGA 4CF1A 4Z4FA 3QETA 2FBTA 4PY5A 1TKTA 5KI6A 4RW9A 5HROA 3OYIA 4BDYA 3DM2A 1U49A 1NKEA 1CLQA 1QHTA 1JLCA 3PUFA 4OLAA 3V9UA 5I3UA 4M3TA 1TKZA 3KLEA 3EYZA 1NJXA 1HYSA 3OYNA 2PY5A 4IDKA 4QOZB 4DU3A 3ZT3A 4CFCA 3NH0A 4DTJA 3HVRA 3LPUA 4CEFA 1BQNA 1HYZA 3MEGA 4CHPA 4NYNA 1NJYA 3KK1A 3NBPA 1YVUA 1VRUA 3DYAA 3HL8A 3QIPA 3PX0A 3RMCA 4DWIA 1RTIA 4E1NA 4BDZA 1XWLA 4I2QA 3O4QA 4LSNA 5HRRA 3TAMA 1S1WA 3OYBA 3OYAA 1KLMA 4C8KA 2GV9A 2HNYA 4F2SA 2FC0A 1GOAA 3ASMA 1RBRA 3ZT2A 1F21A 3AVHA 4B9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KGWA 3K5NA 3NF7A 5JMVA 3FFIA 4DQQA 3L4QA 4BRPA 3CCVN 2BANA 2D0BA 4JI5K 2O8EB 2VGNA 1NGAA 2R7YA 1TAUA 3HP6A 2Z1IA 5JLHA 1WSFA 4QS8A 1RTDA 2ZWHA 3O8MA 2WC9A 1BI4B 1U45A 4FCYA 3IG1A 3VQ8A 4DR5K 1OVQA 2GX9A 1BDGA 3P5JA 3OYMA 4PL8A 4DUZK 4RCHA 3ZT4A 2AJQA 1NGBA 1S1XA 3E1YA 3EZ5A 1BO5O 4CGDA 1ASUA 2HNZA 4A2AA 4Z4HA 1IH7A 2ITGA 1CZ9A 1L3TA 4DR6K 3UE5A 2HMIA 1YUWA 2P9KB 5FPEA 4ELUA 4LSLA 1WSJA 1IKVA 4KTQA 2HHUA 4BGAA 3VQBA 1TGOA 1X9SA 3HYFA 3OYKA 4PKGA 1Q81O 3RVCA 3SQ4A 2W6LA 3WXMB 3D2FB 3C6TA 4K8XA 4N47A 1U48A 4DSFA 5CE3A 4CFDA 2Z1HA 5KTQA 4BRFA 3CF5L 4C8LA 2UXCK 4A62A 3NVKA 1NGJA 2VG5A 4LH4A 3HJFA 1LV5A 4FLVA 3MDQA 3ZETB 3R3LA 2FSNA 1NKBA 5HLFA 3SBGA 2UUAK 1IKWA 2W41A 2RE2A 3O6WA 1ASVA 3VQ9A 1OH6A 5CYMA 4KPYA 1VQON 4IG0A 2KZMA 4BRKA 3W0LA 3VEOA 3OYJA 4ISEA 3K0SA 4QCLA 4MO4A 1MDUB 4IDHA 4NCBA 5TKWA 1EWQA 4NCGA 1S22A 3WNEA 4OGEA 5JVHL 2E2NA 2WONA 4PHTX 5BR8K 2YNIA 1S1TA 2ZGZA 3CM5A 3VF6A 4H0PA 3VEYA 4DTNA 1Q8IA 1X3NA 1ATRA 4DTOA 4IOXA 1KCFA 3LDPA 1JCEA 3VQCA 3HP9A 1WOQA 3MXMA 2UUCK 5AQQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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