1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
source organism Avian sarcoma virus
molecule tags Dna integration
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
3ASMA 1RDAA 4W5RA 1QSLA 1TL1A 4QOZB 3VQDA 5KGWA 1VSDA 3OS1A 4KTWA 3DI6A 4FJGA 3WNFA 3SUOA 3NF9A 4E3SA 2ATQA 4TSXA 3SUQA 4AILC 4M3YA 4DQIA 2RF2A 4HUEA 4ZTJA 4M3ZA 4FK2A 2QXFA 4DSIA 4OGCA 4I7FA 1S1WA 1JXEA 1W0HA 3DMJA 1VK0A 4OPJA 4CEFA 3TAGA 5C24A 4CK2A 4YNQA 4CGIA 3OJSA 2R7YA 3SI6A 4CGDA 3QETA 2IAJA 4E19A 1RBVA 1ZBFA 2F8TA 1A5WA 1KVBA 1R0AA 4OJRA 4N5SA 2LSNA 4BDPA 1WSIA 5HLFA 3DRSA 2ITGA 3K2PA 3SV4A 4M3XA 4DSLA 4AHCA 3SV3A 4CFCA 4HHTA 4DF8A 4OPKA 4DFKA 3I0RA 1KVCA 2Y1IA 4Y1CA 2OYQA 3IG1A 3B6PA 1GOBA 2B6AA 1S9GA 2D0AA 4FJLA 1KVAA 3KIOA 4ID5A 3LP0A 4FJHA 1EP4A 1UWBA 5EU7A 5CYQA 1IKWA 3HPGA 3ZT1A 4CK3A 3SCXA 4FJ8A 1TKZA 3ZSXA 2A1SA 3VQ5A 3L3UA 3AO5A 4ID1A 4M3TA 2PZSA 3VQBA 4J2BA 2FC0A 3QIOA 4CJVA 3C94A 3EY1A 3K59A 1NOYA 3BDPA 2VWKA 1JL2A 3AA4A 3LP1A 3M8QA 4N76A 4E7IA 1ZBUA 2WONA 3JYTA 3D0PA 4OKKA 4DTRA 4CJUA 4WE1A 2G8WA 4M3UA 2HHTA 2KZMA 1N6QA 4RW9A 3V9WA 2GBZA 1VSKA 1QSSA 5HP1A 3NH0A 3LALA 4FCYA 2XHBA 3CQ8A 5HRPA 3JSMA 3TWHA 3V9ZA 2B5JA 3OYHA 4MFBA 1KCFA 3VQ7A 4DMNA 3OYAA 3HK2A 3HVRA 4C8KA 1J53A 4Z4CA 4M45A 3QIPA 3TAMA 5KI6A 4CEZA 1A5XA 2IS3A 3QNOA 1XI1A 2G8HA 4CJFA 1S6QA 1LWFA 3ZSQA 4DTSA 3CFOA 3WNHA 4FLYA 3P1GA 2IC3A 2KTQA 1BI4A 3BGRA 3LP2A 4FM0A 3NGZA 1GOAA 1TV6A 1BCOA 3S3OA 4B9NA 1NK4A 4C8MA 2FBXA 4Z0UA 2HB5A 3K5NA 4PQUA 4K8XA 2RPIA 1VSIA 4DSEA 1C1BA 1BCMA 2B4JA 4JRQA 5CZ1A 2VWJA 4FLUA 3L2RA 1BHLA 1TVRA 3H08A 4DSJA 4FK0A 4O44A 5FRNA 5HRNA 1S9EA 1Q9XA 3KK3A 4KB1A 4DTXA 3ISNC 2QK9A 4AHVA 1FK9A 1NJWA 4FJJA 4PA1A 4H8KA 3UIQA 3EZ5A 2Z1HA 2G8IA 1RTDA 4BE2A 1HMVA 2YNFA 1WSGA 3M8RA 3QERA 3V81A 3QEWA 4O4GA 3RTVA 3MXJA 3DLBA 4FLZA 3V9SA 2E6MA 5SWMA 4LSNA 2Y1JA 3TI0A 4C8LA 3HP9A 4Z4GA 4CFBA 3ZSRA 1RT5A 1VRTA 4AHSA 4FLXA 1Q9YA 2XY7A 1NK6A 3LPTA 1NK9A 3VQ4A 4RW7A 3OYMA 4M42A 1HQUA 1WLJA 5CY4A 1BL3A 2OPQA 1HYSA 1T8EA 3K5MA 1ASWA 3LAKA 1SL0A 2HHWA 2DTUA 2DY4A 4CEBA 1YT3A 1IKVA 3KKSA 3AA2A 2W42A 4OKEA 3ALYA 4IDKA 2O4GA 4EP5A 4NCGA 1WSFA 3O3HA 4HUGA 1LW2A 3NGYA 4UQGA 1ZBIA 3QINA 4CJQA 4B9LA 2HHVA 4FJIA 2YNIA 3DOKA 4CCHA 1C1AA 5CYMA 4J2DA 4DQSA 3SQ2A 1D5AA 3DLRA 2E6LA 3IS9A 4DF4A 4FZYA 4I2PA 2Q3SA 3VQPA 1HYZA 5J2PA 1LV5A 1S1XA 3RMBA 1FKOA 1VSEA 3HVTA 4DTOA 2KZZA 5DMRA 4CF0A 3OYDA 2XY6A 4LSLA 1LWEA 1NK0A 1XC9A 1HRHA 2XO7A 3OYJA 1BIZA 3HXMA 3VA0A 2X78A 1IKYA 4G1QA 3TAPA 3AV9A 4FXDA 4M3RA 2BDPA 4ZHRA 4Q5VA 4ELVA 2I5JA 1I39A 3OYKA 1J54A 3C95A 4Y1DA 3LDSA 1JLCA 4AHTA 4CEQA 3LZIA 3S9HA 3KLHA 1UA0A 3V1RA 3ZSZA 5T7BA 3DLHA 3AVJA 3VN5A 3AVNA 4F3OA 3PX4A 4B9SA 4CJ3A 1Z25A 2OA8A 4FM2A 1WSJA 4LH4A 1S1UA 3U3YA 1NKEA 5JS1A 4FJMA 3L2WA 3ITHA 2P1JA 1RTIA 1NJXA 1T03A 1XHXA 1JL1A 5JS2A 4B8AB 1TK5A 4DLGA 4B9TA 1YTUA 3S3NA 4DS5A 1Z26A 3ZSVA 4CHOA 3QEXA 1SL1A 3PO5A 4FK4A 5I3UA 1KSPA 4DQQA 5J2NA 4JRPA 3WNGA 4BACA 4FLTA 4FJXA 3OY9A 3AVMA 3KD5E 1U04A 1CZ9A 1LWCA 4KO0A 3HO1A 4I9QA 4CIFA 4OLBA 3AO1A 1KLMA 3OYEA 4LH5A 3AVLA 4NCAA 2KFZA 3L8BA 3O4QA 1YTAA 1D9FA 4W5NA 3V1OA 4CJEA 3U6FA 1QSYA 3HM9A 3ULDA 3L2UA 2X6SA 1EX4A 1SKWA 3NFAA 1RT3A 2GV9A 2G8FA 3K57A 4FW2A 4FW1A 1F21A 1XHZA 3D45A 4ZTFA 4PWDA 3MEEA 3AO4A 3NF8A 2OPSA 1DLOA 4KTZA 4IBNA 3ZSYA 4CJPA 2HNYA 4CE9A 3NHGA 3VQ6A 4CF9A 4CHYA 1KLNA 1NKBA 3K5OA 3QEIA 4E1MA 1TK8A 2HW3A 1QHTA 1C6VA 1I3AA 2G8UA 4KTQA 4L8RB 4KHSA 3SQ1A 4CECA 3ZT2A 3TABA 1A5VA 5FDLA 3V1QA 3PV8A 3AO2A 1IKXA 1S1TA 3SUNA 1U47A 4JLHA 3T19A 4BE1A 3I0SA 3RR8A 1JLBA 3L3VA 3LWLA 4K8ZA 3DRRA 3DLGA 1O1WA 2KQ2A 1BQMA 2HMIA 4HCBA 4BE0A 2O4IA 1HNVA 2JGUA 1WNSA 3TR8A 2DFHA 2NUBA 3AVGA 3CFPA 3OYLA 3U3GA 4DLEA 4BDYA 3NE6A 3RMAA 1RNHA 2ZD1A 3RRHA 4F2RA 1EETA 4FJ5A 3MAQA 4KHWA 3PUFA 4GVMA 3OS2A 1QE1A 4FJKA 4FJ7A 3M8SA 4C8OA 5FRMA 2Z1JA 2OZMA 3QNNA 3ZSOA 3HPOA 1T05A 3DLEA 4CHZA 2IOCA 3OYNA 1RT4A 1FXXA 1UAXA 4F3TA 3C6TA 4J2AA 1RCHA 2BGGA 3RMCA 4IG3A 1TK0A 4KI4A 3HSTB 3OYBA 4B3OA 4KHQA 5HROA 1J5OA 3DRPA 1RT6A 4CIEA 4Q0BA 2IGIA 4IKFA 2YV0X 2D5RA 5CZ2A 4CJ4A 4Z4FA 1NOZA 4N41A 3AVBA 4O0IA 3HL8A 1HQEA 2QKBA 2FBTA 4OLAA 3DYAA 3LP3A 1X1PA 3C6UA 3P83D 1JXBA 4DWIA 1L3TA 1SUQA 3AVFA 1Q8IA 4E0DA 3KK2A 4E7LA 1VSLA 3LANA 3QLHA 4LD0A 2G8VA 3M8PA 4AHUA 4E7HA 1WAFA 4CGJA 4CHQA 3VA3A 4DU1A 4F8RA 2OZSA 4CGGA 3K5LA 4JS4A 2PYLA 4KKOA 1U49A 3OJUA 1KFSA 1JLGA 3RMDA 4FZZA 1JLQA 2RKIA 3OYGA 1K6YA 4E7KA 4KAZA 4EP4A 1NK5A 5FROA 5J2MA 1ZYQA 1RBUA 3K58A 4FLWA 3MEDA 3CG7A 4YFUA 1XWLA 1WSEA 4FLVA 4KRFA 3AVCA 2HNDA 4BDZA 1IO2A 1L3UA 1W9HA 2HVHA 4E7JA 4KB0A 3CM5A 5I42A 1LAVA 3IAYA 4KI6A 1X9SA 3DOLA 4W5OA 4H4OA 4OVLA 4E89A 4FJ9A 1TAUA 1BISA 3SJJA 2X6NA 2KFNA 1RT7A 1TKTA 3AA3A 2ZE2A 3O3GA 4GW6A 5SZTA 4DFJA 3MXIA 1RTHA 4FM1A 2FBVA 2X74A 4CEEA 5J1EA 2P5OA 4MQ3A 4CJLA 1CXQA 3SPYA 2RN2A 4PUOA 4IFVA 4DTNA 4PY5A 1CXUA 1VSJA 3OVNA 2XY5A 4KREA 4I9LA 4CJ5A 4W5QA 4FZXC 3KLFA 4M41A 4IFYA 3ZT3A 4CFAA 3SZ2A 4KHUA 1IG9A 3HJFA 4NYFA 3TAFA 1UA1A 1J9AA 4W5TA 2FBYA 4FJNA 3SNNA 2HHUA 2P51A 5J2QA 4LY7A 3SUPA 2HHSA 4KHYA 3KLEA 3NF7A 1NJZA 2EX3A 5HRRA 3L2VA 3QO9A 5KRTA 1ZBLA 2YHBA 4R5PA 1VSFA 4O55A 3HP6A 3KK1A 2HVIA 3EYZA 2XY8A 3LWMA 1HJRA 3HT3A 1ZBHA 4RW8A 3QEPA 4J2EA 4HTUA 1WN7A 2EHGA 5C25A 4AHRA 1EKEA 3ZCMA 3PX0A 1U45A 4NCBA 3NAEA 1KTQA 1DTTA 2GUIA 1B9DA 4O5BA 3IRXA 3T3FA 5E41A 2DFFA 1WAJA 1RBRA 3THVA 3P5JA 4DSKA 1RDDA 3AVAA 1ASUA 2HHQA 3MECA 3OS0A 1NK8A 2VG6A 3AVHA 3KLIA 4AH9A 3NH2A 1BIUA 2VG5A 1GOCA 4DFPA 2QKKA 3RWUA 2F8SA 2JLEA 3DLKA 4Z4HA 1MU2A 1TGOA 1L3VA 1QTMA 1HPZA 3PX6A 1EXQA 2YKNA 2IDOA 4NYNA 5HRSA 3KTQA 3V4IA 1UOCA 2WOMA 4EZ6A 1CLQA 4RW6A 4CESA 4CHPA 1B9FA 5KRSA 1NJYA 1BQNA 2BANA 1NKCA 1KFDA 5K14A 3NBPA 1SKRA 3TAQA 4F2SA 3PO4A 3S3MA 1L5UA 4KPYA 3SPZA 2YNHA 3NF6A 3A2FA 3VQ8A 4E1NA 1BGXT 1D8YA 3ZSWA 1C0TA 2G8KA 3RRGA 4KV8A 3MEGA 5C42A 4CJRA 4RW4A 4DQPA 1RTJA 1YVUA 2DFEA 3B6OA 1X9WA 4FYDA 2YNGA 3SYZA 4B08A 4DTMA 1X9MA 4BWMA 1VSMA 3SQ4A 4C8NA 1S6PA 4ICLA 4CJKA 3TANA 1RDBA 1L3SA 1BI4B 5D3GA 3MXMA 3VQEA 4RG8A 1CZBA 3QESA 3TAEA 1HYVA 4CEOA 3KLGA 3TARA 4HCCA 2HHXA 1C0UA 3OYFA 3VQAA 4O0JA 3I8DA 3G0ZA 1C0MA 4DG1A 3G10A 3V9UA 4BWJA 4CIGA 1ITGA 4HUFA 1TKDA 1RBTA 2E4LA 4F4KA 4DS4A 2D0BA 4CF2A 1LAWA 1S5JA 2XRIA 3LPUA 1DTQA 4CERA 4ELTA 4XIUA 3AO3A 3V6DA 2BE2A 1REVA 4CJTA 1T7PA 1HNIA 4DU3A 3KJVA 2OPPA 3ZT4A 1QS4A 1LW0A 2YHAA 5HBMA 3E01A 2AJQA 4CFDA 3RR7A 3SQ0A 3NH1A 3O3FA 3OYIA 4I2QA 3ZT0A 3NDKA 4JS5A 3T1AA 2PY5A 4Z4IA 3PY8A 3F9KA 4CEDA 4CHNA 3NGIA 3OYCA 1D9DA 2VG7A 3O4NA 1G15A 1S1VA 1TKXA 2OPRA 4KFBA 1WSHA 1TAQA 4FVMA 1IH7A 3HPHA 2PYJA 2Z1GA 1KRPA 4CGHA 3CM6A 1SKSA 1FKPA 4CK1A 4CEAA 3VQ9A 1JLFA 2A1RA 4EZ9A 1N5YA 4DSFA 4DTUA 3CFRA 1VSHA 2YKMA 5DK5A 1C1CA 3NCIA 3L2QA 1U4BA 1NK7A 2ZQBA 1RILA 1RT1A 2D0CA 3DM2A 1JLAA 1RDCA 4M3WA 4CGFA 4CF1A 3QEVA 4Z4EA 4CF8A 3WNEA 4OKJA 1B92A 1JLEA 4DQRA 4DFMA 2KW4A 4B8CA 3V9XA 3CYMA 1SV5A 4DTJA 4DU4A 1SL2A 4B9UA 3KD1E 4CJSA 1JKHA 2HNZA 3VQQA 4B9MA 4ELUA 4IG0A 4N56A 2ETJA 3LZJA 3AVIA 2P5GA 4CJWA 5KGXA 4HVJA 2F96A 3AVKA 3HYFA 3F73A 4N47A 1Y97A 5KTQA 1QQCA 4DTPA 1RT2A 4QCLA 4B9VA 1RBSA 1VRUA 3LAMA 4H4MA 4GMJB 1U48A 1ASVA 4QAGA 3VQCA 4OGEA 4KHNA 3KKRA 1TL3A 3AA5X 3FFIA 2Z1IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VTIA 4CZFA 4W5RA 4I6MA 5KGWA 3OS1A 3O5BA 4KTWA 3DI6A 3ZX2A 4E3SA 3O9RA 4DQIA 2RF2A 4FK2A 2QXFA 5JMVA 4A57A 4CI6A 3MWTA 4LF5K 1JXEA 4KH6A 3BEXA 4CK2A 5EXWA 3OJSA 4DQ8A 4E19A 1RBVA 3OW2M 1WUAA 1YF5L 3DRSA 2ITGA 3K2PA 5E26A 1NM1A 5AQQA 3SV3A 4CFCA 3I0RA 2Y1IA 1HJOA 4Y1CA 2OYQA 3B6PA 1KVAA 1EP4A 4BQLA 5CYQA 3ZSXA 3F2KA 4DR4K 3VEOA 4GV6A 4QS7A 5C2FA 2FC0A 3FZLA 1NOYA 4JKCA 2QI2A 4IXCA 3BDPA 3N4QA 3M8QA 4N76A 3LP1A 4R79A 4E7IA 2WONA 4BRPA 3P31A 4FWQA 2GBZA 1VSKA 3V9WA 1NNEA 1QSSA 4JHDB 3VF2A 3TWHA 3TSPA 3VQ7A 3OYAA 4C8KA 5AQWA 5KI6A 5AQKA 5M1NA 1A5XA 2IS3A 1DGKN 3CJBA 4B9QA 3WNHA 2IC3A 3K0SA 1BI4A 1Z05A 3PIOL 4FM0A 3TSUA 4B1VA 1VQPN 1NK4A 4C8MA 4Z0UA 5A2QO 3DWLA 2HB5A 4PQUA 2RPIA 3C65A 5LJVA 4FLUA 1NWKA 4WF9L 4FK0A 2QK9A 1IG8A 3KK3A 4KB1A 1BU6O 3E9OA 3P39A 1NJWA 4WQ5C 2G8IA 3D2EB 4LSNA 1OKJA 1VRTA 4AHSA 5H1SQ 1Q9YA 1NK6A 3T1HK 2YHWA 4WCEL 1C0FA 4JI7K 1BL3A 2OPQA 1HYSA 3K5MA 1SL0A 1YXQA 2DY4A 1KXPA 3WQUA 5E84A 1XNRK 4HWIA 2NRZA 3ALYA 4UQGA 2FF3B 2Q97A 3QINA 3G4SN 2HHVA 4FJIA 3DOKA 4FZYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VTI A;  4CZF A;  4W5R A;  4I6M A;  5KGW A;  3OS1 A;  3O5B A;  4KTW A;  3DI6 A;  3ZX2 A;  4E3S A;  3O9R A;  4DQI A;  2RF2 A;  4FK2 A;  2QXF A;  5JMV A;  4A57 A;  4CI6 A;  3MWT A;  4LF5 K;  1JXE A;  4KH6 A;  3BEX A;  4CK2 A;  5EXW A;  3OJS A;  4DQ8 A;  4E19 A;  1RBV A;  3OW2 M;  1WUA A;  1YF5 L;  3DRS A;  2ITG A;  3K2P A;  5E26 A;  1NM1 A;  5AQQ A;  3SV3 A;  4CFC A;  3I0R A;  2Y1I A;  1HJO A;  4Y1C A;  2OYQ A;  3B6P A;  1KVA A;  1EP4 A;  4BQL A;  5CYQ A;  3ZSX A;  3F2K A;  4DR4 K;  3VEO A;  4GV6 A;  4QS7 A;  5C2F A;  2FC0 A;  3FZL A;  1NOY A;  4JKC A;  2QI2 A;  4IXC A;  3BDP A;  3N4Q A;  3M8Q A;  4N76 A;  3LP1 A;  4R79 A;  4E7I A;  2WON A;  4BRP A;  3P31 A;  4FWQ A;  2GBZ A;  1VSK A;  3V9W A;  1NNE A;  1QSS A;  4JHD B;  3VF2 A;  3TWH A;  3TSP A;  3VQ7 A;  3OYA A;  4C8K A;  5AQW A;  5KI6 A;  5AQK A;  5M1N A;  1A5X A;  2IS3 A;  1DGK N;  3CJB A;  4B9Q A;  3WNH A;  2IC3 A;  3K0S A;  1BI4 A;  1Z05 A;  3PIO L;  4FM0 A;  3TSU A;  4B1V A;  1VQP N;  1NK4 A;  4C8M A;  4Z0U A;  5A2Q O;  3DWL A;  2HB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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