1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
1LWFA 1T05A 2VG7A 3TAFA 1C0TA 4CGFA 2HHVA 5KI6A 5E41A 4DTPA 1BISA 4CIGA 4F3TA 1JL2A 2QXFA 4CJQA 3VQQA 2VWJA 1BI4B 2GV9A 3MXIA 4DU3A 1S9EA 3ZSRA 3F73A 1CLQA 2HMIA 5KRTA 2B5JA 4H4MA 3TAPA 3PX6A 3AVNA 3THVA 4R5PA 4BWJA 3NDKA 3L2WA 4DLGA 1VSIA 1L3TA 4JRPA 3SV3A 1L5UA 4IDKA 4B8AB 3A2FA 1XHZA 1CZ9A 3VQ7A 3RMBA 1SL2A 3TAGA 3KLGA 3LWMA 4DQRA 1WN7A 4FJ9A 4FJKA 1RTHA 1NJYA 1JL1A 1RT5A 4Z4FA 3AO4A 4CJ3A 4FJ8A 4BWMA 1KRPA 4ELTA 3JYTA 1UA0A 4W5TA 4W5RA 3HYFA 3AVHA 4CEBA 3DRSA 3AO2A 2KW4A 3HL8A 1SL0A 2IGIA 2HB5A 2FBXA 4DTUA 3QEWA 4DWIA 4FJNA 3AVBA 1HYSA 1QE1A 4CGGA 3KK3A 3AVKA 4NYFA 2HNYA 3OYCA 3NH0A 1WSIA 3MEDA 1TV6A 3OS2A 4E0DA 1NKBA 4M3WA 4DSFA 4GW6A 5KGXA 3NGIA 1LAVA 4CHQA 3P5JA 4HCCA 1HRHA 1HQUA 4CHPA 4FZXC 5KTQA 2PYJA 1BGXT 4K8ZA 1RT3A 5DMRA 1RBTA 3LPTA 5CZ1A 4CFAA 4BDZA 2G8KA 2XRIA 3K5LA 2RPIA 4E7LA 4OLBA 4F3OA 1FKOA 1RILA 4M3YA 4FK4A 4FJIA 3DLRA 3KK1A 3PY8A 4M42A 4FK2A 1SKRA 3LP2A 3TARA 1L3SA 4LH4A 1RT1A 1BIZA 3G0ZA 4LSLA 5HRRA 1VSJA 1VSHA 3KLIA 4DFJA 2QK9A 3OYIA 4O44A 3NCIA 4C8NA 4B9UA 4JS4A 1TGOA 3C6UA 3ZT4A 3TABA 2IS3A 3DRRA 1NK5A 3QEVA 1J54A 2ZE2A 2G8IA 3S3NA 1C1BA 4Z4CA 4OKKA 3AA5X 4XIUA 2P51A 4HVJA 2G8FA 3ZT0A 2B4JA 3O3FA 3FFIA 3C94A 4IFVA 4FLVA 3PX0A 4GVMA 2FC0A 4CGJA 2HVIA 3OJUA 3ITHA 4E7IA 5I3UA 1A5WA 3V81A 5C42A 1Y97A 3SPYA 4FM0A 1BCOA 1QSLA 3L2RA 4B9TA 4KTQA 1ZBHA 1NK8A 4KB0A 4LY7A 4CJFA 3KKRA 2F96A 4DSEA 3AO1A 3ZT3A 1JLQA 4CHYA 3WNEA 3M8RA 4EZ6A 3OYDA 4KHYA 3QLHA 4OPJA 4DTJA 4H8KA 3AVAA 4BE0A 4QOZB 3S9HA 3S3OA 4FW1A 4CCHA 2D5RA 1VSLA 3ZSVA 3HP6A 4Z4GA 3V1QA 4CJRA 3LP3A 1REVA 2X6SA 1U45A 3I0RA 1NKCA 2PZSA 1MU2A 3CYMA 3K59A 5J2MA 4FZZA 2HHSA 2YKMA 4NYNA 1RBRA 3AA4A 1FXXA 1DTTA 3AVCA 4O5BA 4O4GA 3OY9A 4K8XA 1EP4A 1S1VA 5KRSA 4HUGA 3IAYA 4KREA 2WONA 4C8OA 1YT3A 5I42A 1YTUA 3IG1A 4J2DA 4AHVA 4CF0A 3VQ5A 3OYHA 1RTDA 1J5OA 1IKWA 4G1QA 4QCLA 2R7YA 3LAKA 3WNGA 4B9SA 4B9NA 4B9MA 4CIFA 4FW2A 3T1AA 2D0CA 4MFBA 4CFCA 3MXMA 3S3MA 1Q9XA 1JLBA 3E01A 1HNIA 5HP1A 2BDPA 4F2RA 4I9LA 3K5MA 5SZTA 4FJXA 2X78A 1TKXA 1TKZA 3CM5A 3PUFA 4B08A 4KTZA 2G8HA 1XWLA 4F8RA 3VA3A 3AVMA 3B6PA 4FLYA 4N41A 3LZIA 1ITGA 4ID1A 2O4IA 3L2UA 1WAJA 1LW2A 4CF1A 2Z1IA 3BDPA 3AO3A 1WSHA 3DYAA 2E4LA 4C8MA 2HHWA 1IH7A 3QNOA 4EZ9A 1KVAA 4DG1A 4M3UA 3UIQA 2DFFA 3OYMA 2EX3A 1TKTA 1NKEA 4OGCA 4OPKA 4IG0A 3U3YA 3QNNA 3HVTA 4IG3A 3QEXA 2OPQA 4KAZA 4CGIA 3QEPA 3KLFA 5FDLA 1U4BA 2LSNA 4L8RB 2RN2A 1CXQA 1J9AA 3H08A 3OYBA 4ZHRA 3K58A 1RBUA 4OGEA 3V9ZA 3DOLA 3NE6A 4CERA 3DMJA 1J53A 4Z4IA 4FCYA 2JLEA 4OKJA 2ITGA 2OYQA 3QEIA 4ID5A 4DTNA 3LZJA 1UA1A 4FXDA 3AVJA 1TAUA 1I3AA 4I7FA 4NCBA 1X1PA 1VSDA 1Q8IA 1FK9A 4YFUA 1GOBA 1S5JA 2AJQA 3AO5A 2IAJA 2WOMA 4M41A 5J2NA 4E7KA 5C25A 3PV8A 1HYVA 4FJGA 2HW3A 3KD1E 1KVBA 1TL3A 1JKHA 3ZT1A 4N47A 4Q5VA 2HHUA 4KV8A 1YTAA 1SUQA 3ALYA 4B9VA 4PQUA 4M3RA 4JS5A 3VQ6A 1QQCA 4RW4A 2KTQA 3SUNA 1LWCA 3U3GA 4DQQA 1VRTA 4W5OA 1XI1A 3PO5A 4HHTA 3NF7A 1U04A 3VQ9A 1S1TA 2YKNA 2VG5A 3OYLA 4DTXA 4TSXA 3EYZA 3LPUA 3I8DA 2DY4A 2O4GA 4YNQA 1B9FA 3QESA 4FM1A 2BANA 2DFHA 1RDAA 3HPGA 1TK0A 4CJSA 3HP9A 2HNDA 4J2EA 4KHWA 2YV0X 1NOZA 1C1CA 2D0AA 4CF8A 3WNFA 3LANA 3ZSZA 4FLUA 1JXEA 4Z0UA 4AILC 2IC3A 4CJTA 3SNNA 1NK6A 1HPZA 3T19A 3HO1A 1KSPA 3KD5E 1LV5A 4F4KA 1JLFA 2KQ2A 1C1AA 3ZSYA 4DQIA 3V9SA 2Z1GA 2ZQBA 2P5OA 4CEDA 1VSFA 1WLJA 3VQ4A 3MAQA 2HNZA 4DU1A 2XY7A 4CIEA 1B92A 2KFZA 3OVNA 4E89A 3SQ2A 2G8UA 4GMJB 1I39A 1S1WA 1RTJA 4JRQA 1EXQA 3NF8A 2OZMA 3VQ8A 4RG8A 2KFNA 5J2QA 4E1NA 4CHNA 4OJRA 4MQ3A 1SKWA 1IG9A 2BE2A 1KTQA 3F9KA 4F2SA 1W9HA 3OYKA 4CK2A 1UAXA 4CK3A 3VN5A 4KRFA 1JLAA 4FJMA 2JGUA 3ISNC 3AVIA 1BIUA 4CFDA 3RRHA 3QIPA 4IFYA 4FJ5A 3SUQA 2OA8A 2YHAA 4W5QA 3DI6A 4DMNA 4HCBA 3D45A 3CFOA 3PO4A 4DQPA 1RT6A 3V4IA 5HRPA 3AA2A 3P83D 1KCFA 2IOCA 4CK1A 2EHGA 3JSMA 1NJWA 1D9DA 4FJHA 4KI4A 3RMCA 1L3UA 4I2QA 2BGGA 1IKYA 4KB1A 3SV4A 4N5SA 3TAQA 1DTQA 1VSEA 4CHOA 3TR8A 4FJ7A 3HXMA 1IO2A 4RW7A 1RDCA 3EY1A 3HPOA 3ASMA 3RR8A 3MECA 2FBVA 1VSKA 3MEEA 1YVUA 4H4OA 4RW6A 3AVLA 4B8CA 1NJZA 2QKKA 3K57A 4DFPA 4BDPA 3AVGA 1NJXA 4LH5A 2YHBA 5EU7A 4LD0A 3SQ0A 3TI0A 3DLEA 1Q9YA 1R0AA 3EZ5A 4KO0A 4M45A 2FBTA 2ZD1A 1TK5A 3NH1A 5HLFA 3WNHA 4FLWA 3DLGA 2DFEA 4BDYA 4RW8A 1GOAA 3MXJA 1GOCA 1RT4A 4CEAA 3OYFA 2OPSA 1ASUA 4OKEA 1QS4A 1N5YA 3AV9A 2E6MA 4CJ5A 2X74A 4CEEA 2Z1JA 3QETA 3BGRA 3LALA 4CECA 2VG6A 5J2PA 3VQPA 1X9WA 3TANA 3QIOA 4AH9A 4CFBA 2OPPA 3T3FA 3CG7A 3V1RA 4HUEA 4BE2A 1HNVA 1X9SA 5HBMA 5CY4A 4AHRA 4NCGA 3ULDA 4FZYA 3RMAA 3TAEA 1KVCA 5FRNA 3V9UA 1HMVA 3ZCMA 3CFRA 1TL1A 3CM6A 5FROA 4CJEA 3AVFA 2A1RA 4CJLA 4KHUA 3HJFA 2IDOA 1ZBUA 1RBVA 3KKSA 1LWEA 4CF2A 2B6AA 1CZBA 2X6NA 1EKEA 1NK9A 1HJRA 2KZZA 4M3ZA 3HSTB 4O0JA 3DLKA 4E3SA 3L3VA 5C24A 4HTUA 3CQ8A 3V1OA 1NOYA 3L3UA 1C0MA 3K2PA 3NFAA 4JLHA 1SV5A 4LSNA 3V9XA 1BL3A 2E6LA 3OJSA 1XHXA 2ETJA 3IS9A 4FK0A 3VQEA 5CZ2A 1RNHA 4FM2A 4CJPA 4OVLA 4CEOA 3LP0A 3KIOA 4AHCA 4I2PA 1U49A 1C0UA 3M8PA 3LDSA 4DFMA 4E1MA 4CF9A 3SYZA 4M3XA 3SUPA 4B3OA 3RRGA 3TAMA 1T7PA 4KHQA 4PY5A 1TK8A 1TKDA 1WSJA 4FYDA 2XY5A 1XC9A 1W0HA 2XO7A 4KFBA 1QHTA 3RTVA 4EP4A 4KI6A 1S1UA 3DLBA 2P5GA 1S6QA 4CEQA 3SCXA 4PWDA 4KHNA 2GBZA 5HRSA 4FJJA 3HK2A 1LAWA 2RF2A 2P1JA 3NF9A 5CYMA 4CGHA 3VA0A 2PY5A 4W5NA 1HQEA 1VSMA 2W42A 1EETA 3O3GA 4KTWA 4CEFA 1SKSA 1WSFA 4DSJA 3HM9A 1RDDA 1RT7A 4BACA 4C8KA 4M3TA 3OS1A 1LW0A 4CJVA 1BQNA 1ZYQA 1T8EA 4CJUA 4Y1CA 2HVHA 3B6OA 4DTOA 3OYJA 1JXBA 2Q3SA 1KLMA 3LWLA 4DU4A 4CGDA 2XY6A 2OPRA 3OYGA 2G8VA 2NUBA 1S6PA 3KJVA 4ELVA 5K14A 3NH2A 2RKIA 4AHTA 1SL1A 1S9GA 1D5AA 3K5OA 3OYNA 4B9LA 3KTQA 1X9MA 3RMDA 4DSLA 4IKFA 2KZMA 4C8LA 1QTMA 4DFKA 1ZBIA 3HVRA 3NHGA 4N76A 4KHSA 2PYLA 3QO9A 4BE1A 3ZSOA 3G10A 3KLHA 3HPHA 3LAMA 2YNHA 3MEGA 3SQ4A 2G8WA 3PX4A 4ZTFA 2HHTA 1FKPA 1VRUA 1NK0A 4ELUA 1RT2A 3OYAA 4I9QA 3VQAA 4Q0BA 1A5XA 1D9FA 2Y1IA 3V6DA 3VQBA 5JS2A 1RBSA 1EX4A 4IBNA 4CJ4A 3DLHA 1HYZA 4RW9A 2QKBA 3DRPA 3O4NA 4KPYA 3D0PA 1IKVA 4FVMA 5SWMA 1CXUA 3AA3A 3O3HA 4FLZA 2Y1JA 1KFDA 4CHZA 4E7HA 4DTRA 3QINA 1ZBLA 3ZSQA 1QSYA 4FLXA 3SQ1A 4DTSA 4KKOA 4J2BA 4FLTA 1O1WA 4NCAA 5JS1A 1A5VA 1D8YA 5KGWA 3U6FA 1Z26A 2YNFA 4CJKA 4DF8A 3NGZA 1F21A 4AHUA 1U48A 1UOCA 3I0SA 3SUOA 3C95A 4CE9A 3NAEA 2HHXA 3OYEA 1T03A 4O55A 3C6TA 3TWHA 2HHQA 4PUOA 5CYQA 2A1SA 1WSEA 3RWUA 3IRXA 3SPZA 1DLOA 4Z4EA 2GUIA 1C6VA 3NF6A 3KK2A 3OS0A 4OLAA 1RTIA 1ASWA 1L3VA 1K6YA 2YNIA 3HT3A 2DTUA 3V9WA 3L8BA 3P1GA 4HUFA 2VWKA 1NK4A 3VQDA 1N6QA 3M8QA 3SZ2A 4CESA 3CFPA 5HRNA 1BI4A 4Y1DA 4QAGA 2XY8A 1TVRA 4WE1A 3ZT2A 4AHSA 4CJWA 3KLEA 2YNGA 3SJJA 4DF4A 3SI6A 4DSKA 2D0BA 2ATQA 4ICLA 3VQCA 1NK7A 3NBPA 3L2QA 3RR7A 4DSIA 2F8SA 5DK5A 4EP5A 4DS5A 2XHBA 2OZSA 1ASVA 4N56A 1S1XA 5T7BA 5D3GA 1RDBA 1U47A 3M8SA 1IKXA 2FBYA 1BCMA 1WSGA 4Z4HA 1ZBFA 1JLGA 4DS4A 1QSSA 1KFSA 1WNSA 1Z25A 1WAFA 2Z1HA 3O4QA 4FJLA 4J2AA 2I5JA 5FRMA 1TAQA 1BQMA 3QERA 4DLEA 1B9DA 1JLCA 1JLEA 1RCHA 3DM2A 4UQGA 1KLNA 1BHLA 4DQSA 5HROA 1G15A 3ZSWA 3NGYA 4PA1A 4E7JA 4DTMA 4ZTJA 4CEZA 3K5NA 4O0IA 3LP1A 5J1EA 2F8TA 3DOKA 3ZSXA 3L2VA 1UWBA 4E19A 1VK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LWFA 2HHVA 4R79A 4IZ9A 4CIGA 4F3TA 4CJQA 1BI4B 2GV9A 5JMVA 3MXIA 1GLBG 4DU3A 3F73A 2V7YA 4IWVA 2HMIA 4H4MA 4RCHA 3THVA 1NJIO 2OCEA 4RTFD 4DLGA 1VSIA 2A6AA 2IVOA 1L3TA 4JRPA 1GLAG 4IDKA 4B8AB 2ITMA 5EY4A 2QWRA 3VQ7A 3KLGA 1WN7A 4FJ9A 1RTHA 1RT5A 4BRHA 2GWJA 3MCAB 3EE8A 4LF8K 3DRSA 1SL0A 1EWQA 4CVNE 2FBXA 5AQTA 2UXBK 1X3MA 5FPNA 2QI2A 3NH0A 4E0DA 3AAPA 1TV6A 3NGIA 5JLHA 4CHQA 3P5JA 4HCCA 3BF3A 4YOUA 4EFHA 3EO3A 3JAMO 3K9JA 4AQYK 3OA9A 3EL2A 4F3OA 4M3YA 4FK4A 4H0TB 3EEQA 3GDQA 1D4XA 3SMPA 3BUZB 4FK2A 1SKRA 3ENBA 1HNWK 3TARA 4EZ6A 3WXIA 4BRLA 3KLIA 2HOEA 3NCIA 4B9UA 4JS4A 3CD6N 2O8DA 2G8IA 1C1BA 5M1QA 3AA5X 5FPDA 3FFIA 3WQTA 3VF4A 4E7IA 3ITHA 5I3UA 4B3MK 1BO5O 3L2RA 3TSPA 1M90O 3RSEA 2D4WA 3TU5A 4O8KA 3CC2N 1JLQA 3HZ6A 1Z6RA 4CHYA 3M8RA 1WBBA 3K0SA 3IDHA 3S9HA 2D5RA 4FO0A 5E84A 1J5EK 3F9MA 2X6SA 1U45A 3CYMA 5J2MA 5AQVA 3K59A 2HHSA 2QWQA 1RBRA 1IV0A 3AVCA 1NBWA 5AQNA 3MWPA 3CPWM 2O8DB 4M7YA 4C8OA 3IG1A 1J5OA 1IKWA 4QCLA 4B9MA 3LAKA 4B9SA 4B9NA 4A2BA 3T1AA 3MXMA 3S3MA 3RSEB 5HP1A 4F2RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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