1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
molecule tags Dna integration
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
2JGUA 2E6MA 3PX6A 5J2MA 2D0BA 1LWFA 1RBSA 3CYMA 4Y1CA 4H8KA 4W5QA 1RILA 3U3GA 3SUPA 2HVIA 1C6VA 3OVNA 3MXMA 4CJVA 3RTVA 1S6PA 1U04A 3MEDA 4NYNA 4R5PA 4CEBA 4M3WA 4FLUA 4AHCA 3HP9A 4M3YA 2D0CA 4B9UA 1VSKA 3L8BA 1CZ9A 3DYAA 4OKEA 4CHZA 2G8UA 2QKBA 4CF9A 3SUNA 4M3UA 1GOCA 1WSHA 3NHGA 3ZT2A 4M3RA 4CHYA 1S6QA 4DLGA 3DM2A 3QIOA 1IKXA 3OYFA 3SPZA 2VG5A 1NOZA 4CECA 1RTJA 3RRGA 5I42A 4N56A 3NCIA 5HBMA 3C95A 3VQEA 3K57A 1SUQA 3HL8A 3TAEA 3QIPA 4WE1A 2HVHA 4FYDA 2IS3A 2YNGA 1HPZA 4JRPA 3WNGA 3ZT0A 4CJRA 3OS2A 4DQRA 1X9SA 3G10A 4JRQA 4B9LA 4FW1A 3V9XA 3TABA 3SQ1A 3ZSVA 1C0MA 3LWMA 4I9QA 1JL2A 1I3AA 1ZBFA 3ITHA 3KIOA 2E4LA 4FW2A 3OYNA 4F2SA 2RPIA 4DTXA 4RG8A 3QEXA 3S3MA 4L8RB 3KKSA 1UAXA 3HM9A 1D9DA 5D3GA 2IAJA 1C1CA 1FK9A 1A5VA 3FFIA 1G15A 3NFAA 2X6SA 1NK8A 4FJJA 1BQNA 5CZ2A 4DQQA 4FVMA 4DTMA 3C6UA 2KQ2A 3HP6A 1S1WA 2GUIA 4CF8A 3L2RA 4O55A 4E3SA 3S9HA 1EP4A 1CXUA 4AHSA 4IG3A 4B8CA 4FJ9A 3ZSRA 3DLEA 4DS4A 3MXIA 4OJRA 1K6YA 2JLEA 3CM6A 4I2PA 2NUBA 4CJWA 4FM2A 3SV4A 2IOCA 4DQSA 5HP1A 1KVCA 1SKSA 3OJSA 4KB0A 4N76A 4O4GA 1QSYA 1T8EA 4DSEA 4GVMA 4CFCA 1RTIA 1D8YA 4CJFA 1IKYA 4FLWA 2KZZA 1KTQA 2IC3A 1B9DA 1RT2A 3QO9A 4LSNA 4E7IA 4OGCA 3TWHA 4CIFA 3QESA 2A1SA 4CF0A 4QCLA 4DSIA 5T7BA 3KLHA 3B6OA 3TAPA 3OYHA 3VA0A 3PV8A 1SV5A 5HRSA 3M8RA 1NKCA 1Q9YA 2ITGA 3TANA 3TAQA 3OY9A 2G8WA 1VSLA 3NF8A 3LWLA 1WLJA 3CG7A 3U6FA 1W0HA 1LAWA 3OYKA 2KZMA 1C1AA 1S9GA 4DF8A 3LP3A 4CHPA 3WNHA 4KHSA 2XY7A 1S5JA 4BE1A 4FJXA 1JXEA 3M8SA 1X1PA 2DTUA 2D5RA 2IGIA 1O1WA 4Z4IA 4Q0BA 4Z0UA 4CJ3A 3LZIA 2R7YA 2BDPA 1TVRA 1J9AA 3NGIA 3OS1A 1NK7A 1IG9A 3LANA 4C8KA 3AVKA 4CESA 1NK5A 4DTUA 3AV9A 1NK4A 4DTPA 3NF7A 1HYVA 3SZ2A 1L3TA 2HHTA 4M3TA 1ZYQA 1GOBA 5DMRA 4ELUA 2DFFA 3HSTB 4FLVA 3U3YA 3NAEA 4AHTA 2KFZA 1S9EA 3AA5X 1RBRA 2ZQBA 1ZBLA 3AVIA 2Q3SA 2O4GA 3VQ9A 4CGGA 1J53A 4DLEA 4FK4A 5J2NA 4DMNA 3PY8A 4O44A 3ZSOA 1S1UA 2D0AA 1VSHA 3P5JA 4AHUA 1RDDA 5KI6A 4IBNA 3V9SA 3BDPA 4KHYA 4CJSA 3SNNA 4HHTA 4DFKA 4OLBA 3OYEA 3KLIA 1SL0A 4PA1A 4UQGA 4Z4GA 4DSFA 3IS9A 4PQUA 1NOYA 1LWCA 4LD0A 3I8DA 1DTTA 3OYAA 1DTQA 3M8QA 2XRIA 4RW7A 4CJTA 3CQ8A 1BQMA 2EHGA 4CJUA 1VK0A 1CZBA 4IG0A 1JLFA 4O0JA 2OPRA 3TAMA 2GBZA 4O0IA 3K5MA 1SKWA 3SUOA 3K5NA 3ZSZA 4CJ4A 5C25A 3DRRA 1FKOA 1RDBA 4RW8A 3TR8A 4K8ZA 4FLXA 4F2RA 4Z4FA 1BI4A 3QERA 2BE2A 1RT6A 2QK9A 4KTQA 4HUFA 4KKOA 4DFJA 4CK1A 4DTNA 4FZYA 1EX4A 5C24A 2XY5A 1ASUA 4TSXA 3KK3A 2P1JA 3KK2A 3ULDA 1KLMA 3AVLA 4MFBA 5C42A 3AVJA 4ID1A 1RDCA 1C0UA 3HYFA 3SQ0A 1SL1A 4F8RA 1L5UA 4J2EA 4FXDA 1QSLA 4KTWA 2B6AA 4CJKA 3VQQA 2YKNA 1Y97A 1JXBA 1U47A 2ZE2A 4AHRA 4J2BA 1XWLA 4CGDA 4AHVA 4FLYA 2G8IA 4HUEA 3MEGA 5KGXA 1NJXA 5JS1A 4DWIA 1RBTA 4ZTJA 1HQUA 4DU3A 1U4BA 1WAFA 1SKRA 1U49A 3AVBA 1VSIA 5FRMA 4CK3A 1Z25A 3PO5A 1JLAA 1ZBUA 3HK2A 1S1XA 1W9HA 2FBXA 4CFBA 4CEZA 4BWMA 1RDAA 1QS4A 1WN7A 4M42A 3T1AA 3RR8A 1QSSA 2W42A 3DLGA 4KI6A 4FK2A 3LPUA 4CHNA 3O3HA 4E7KA 3KLFA 4FJ8A 3AO2A 5HRNA 3NE6A 1RCHA 1A5WA 3B6PA 1X9WA 1HYSA 4J2DA 4B3OA 4Z4CA 2WOMA 2G8FA 2IDOA 1QHTA 3C94A 3ZT4A 3IRXA 4KHNA 4KB1A 3SQ2A 2HHVA 1IKVA 4DFMA 4CK2A 4B08A 3SUQA 3AO5A 4O5BA 4NCBA 3AA4A 1T03A 3HPHA 3ZT1A 3OYDA 3RMAA 3VQ8A 2Z1IA 1MU2A 3KLGA 5CYQA 4E7HA 3VQDA 4HUGA 3TAGA 2YV0X 3G0ZA 4IKFA 4GW6A 3KLEA 5SWMA 4NYFA 2VWJA 1Q9XA 3PUFA 2LSNA 4H4MA 4B9VA 3VQAA 1RT1A 3IAYA 3RWUA 4KHWA 2YNIA 2VG6A 3DI6A 1BHLA 1UOCA 2ATQA 4CE9A 2HHWA 4DSLA 4B9MA 1X9MA 1TV6A 1EXQA 3AO1A 3HPOA 4BDZA 3D0PA 4IDKA 3PX0A 3NDKA 3HT3A 2XHBA 3KD1E 4W5NA 4KHQA 1TAQA 4FK0A 1GOAA 4E1MA 3DLKA 2HNZA 4I9LA 4NCGA 1LV5A 4FJMA 3ALYA 1BGXT 2FC0A 4RW9A 3OYIA 2PYJA 4CIGA 2DFHA 2YHBA 1R0AA 1YTAA 4CIEA 3ZSXA 3JYTA 2I5JA 1WSJA 3OS0A 1S1VA 1JKHA 4I7FA 2XY8A 1WSIA 4KFBA 1TK0A 1I39A 1REVA 4DSJA 1TL3A 1ZBIA 2FBTA 3QNOA 1JL1A 4CF1A 2OZSA 1T05A 1N6QA 4CJ5A 2HNYA 3AVCA 4LH5A 5K14A 3ISNC 3OYBA 4M3XA 4CGIA 3K5OA 3TAFA 3KKRA 4CEAA 1RT7A 3P1GA 3V81A 1KSPA 1YTUA 1U48A 4CF2A 3LP2A 1Z26A 3AVMA 3K2PA 4C8NA 3KD5E 3VN5A 3L2QA 3A2FA 4DTOA 1KLNA 1ZBHA 1RTHA 3THVA 3ZSWA 1KRPA 4FJ7A 3KK1A 4BDYA 4FLTA 4AILC 2OA8A 1B9FA 1RT5A 3EZ5A 1C1BA 4CEFA 4E7JA 2YNFA 4W5OA 2RF2A 1LAVA 4KI4A 5CY4A 3V1QA 1ITGA 4G1QA 2X6NA 1L3SA 4EP5A 4W5TA 3DRSA 3OYJA 4PUOA 4JLHA 4CHQA 3ZSQA 2KFNA 2Z1GA 3QINA 4FJIA 2HW3A 2Y1JA 2OZMA 1BISA 3DOKA 2P51A 3AVGA 4DTSA 1J54A 3SPYA 1JLGA 1TKZA 2XO7A 3VQPA 3EY1A 4OKKA 2HNDA 5FDLA 4HTUA 3V1OA 3K59A 3JSMA 1SL2A 3HVTA 3NGZA 4KRFA 2HMIA 4M41A 4LSLA 2KW4A 4QAGA 3LP1A 3VQ5A 3AVAA 4CFAA 4OKJA 2ZD1A 5DK5A 1NKEA 4DF4A 2XY6A 2EX3A 4NCAA 2VG7A 3DLRA 3AVNA 4C8MA 4CGHA 2ETJA 1IKWA 1VSJA 4DS5A 3VQBA 5J2PA 4EP4A 3QLHA 3KJVA 1HNVA 4FJHA 4DU4A 3LALA 1QTMA 1VSEA 4FZZA 1C0TA 1JLQA 4OLAA 3E01A 3V9UA 1T7PA 3SYZA 1BIUA 1KVAA 3AA2A 4CEOA 3MXJA 1U45A 3HPGA 3LP0A 1KFSA 1WAJA 1HNIA 2P5GA 3AO3A 3WNEA 5SZTA 3OYMA 3CFRA 4KO0A 4CEDA 3SQ4A 4ZHRA 1XI1A 4CGJA 4E89A 4KV8A 3LDSA 3EYZA 4CJLA 4GMJB 3PO4A 1LW0A 4FZXC 3O3FA 1BL3A 1YT3A 4CGFA 4CJQA 3F9KA 4DTJA 3OJUA 4E1NA 4DFPA 5I3UA 3ZCMA 2B4JA 4CEEA 3H08A 1NK6A 2P5OA 4IFYA 2G8KA 5FRNA 2PZSA 4QOZB 3M8PA 1FKPA 5EU7A 4YFUA 3NBPA 3I0RA 3AVHA 2Z1HA 3K5LA 4Z4EA 4F3TA 3NH0A 1RNHA 2PYLA 4BE0A 1S1TA 3O3GA 1UA1A 1NKBA 2HHUA 1WSEA 1IO2A 1YVUA 2QKKA 3TARA 1NK9A 4HVJA 1EKEA 4RW4A 1N5YA 1DLOA 1UWBA 2F8SA 1JLBA 5CYMA 3OYCA 2YKMA 2F96A 4XIUA 4FJ5A 1JLEA 2KTQA 3LPTA 2YNHA 1XHZA 4DSKA 2G8VA 1XHXA 1TK8A 3NF9A 4F4KA 1BIZA 2HHXA 1Q8IA 1HJRA 3CM5A 5HRRA 4KPYA 3NH2A 1ASVA 1KCFA 3V9ZA 3V4IA 1HYZA 3SI6A 1J5OA 4FM1A 4B8AB 3QEIA 2RKIA 1UA0A 4FLZA 3LAMA 1LW2A 3VQ4A 1NJYA 4ELTA 1QE1A 1TKDA 4IFVA 4FJNA 4OPJA 1RT4A 3D45A 3L2VA 4JS5A 4M45A 1RTDA 4KREA 2HHQA 3HJFA 1VSFA 1BCMA 2OPQA 3MECA 4J2AA 2DY4A 1VSDA 3UIQA 3DLHA 2G8HA 1FXXA 2PY5A 3MAQA 1TKTA 1EETA 2DFEA 4CJEA 4OVLA 1KFDA 1TK5A 4CFDA 2FBVA 4DU1A 3L3UA 1VRUA 3DMJA 4KTZA 3L2UA 4OPKA 5KGWA 3HXMA 1VSMA 5HRPA 2BGGA 1D5AA 3L3VA 2X74A 3RMDA 3QEPA 3RR7A 4HCCA 4KAZA 4M3ZA 1WSGA 3O4NA 4EZ6A 1ASWA 3WNFA 3C6TA 3NGYA 1IH7A 1RBVA 4CHOA 3S3NA 1WSFA 3T19A 3VQ7A 4C8OA 4ICLA 4BE2A 4BDPA 2FBYA 3AA3A 4CCHA 4F3OA 4Q5VA 3OYGA 5J2QA 3QETA 1A5XA 2HB5A 2OYQA 2BANA 5FROA 3KTQA 3HO1A 1JLCA 2A1RA 3HVRA 3V6DA 4E19A 3ZT3A 4MQ3A 4FM0A 3NH1A 3P83D 3ZSYA 1TKXA 4B9NA 4RW6A 1NK0A 4N47A 2E6LA 4K8XA 1RBUA 3BGRA 4LY7A 4FJKA 3PX4A 4E0DA 4ELVA 1CLQA 3ASMA 3SCXA 1BCOA 5KRSA 1HMVA 4AH9A 3SV3A 3NF6A 3L2WA 3MEEA 4LH4A 4C8LA 4HCBA 4N41A 3SJJA 2O4IA 5HLFA 4FCYA 3VQCA 4E7LA 1XC9A 2QXFA 2Z1JA 4DQIA 3TI0A 2B5JA 4OGEA 4DTRA 2RN2A 2WONA 3RMCA 1KVBA 1HRHA 1D9FA 5KRTA 4B9TA 2Y1IA 3K58A 3QNNA 3RRHA 4PWDA 1LWEA 4ID5A 3LZJA 4EZ9A 1TGOA 2YHAA 3CFPA 3QEWA 1WNSA 2OPPA 4CERA 4W5RA 5J1EA 5E41A 3F73A 3CFOA 3VQ6A 3DRPA 3T3FA 3LAKA 4N5SA 4BWJA 3VA3A 3AO4A 5HROA 1RT3A 1NJZA 4I2QA 4Y1DA 1QQCA 1TL1A 1VRTA 3V1RA 2OPSA 3QEVA 2F8TA 3S3OA 4Z4HA 1B92A 1F21A 3IG1A 4DG1A 1NJWA 3DLBA 2HHSA 2VWKA 2X78A 4YNQA 3O4QA 5KTQA 3I0SA 1L3UA 4CJPA 4H4OA 1BI4B 2GV9A 1CXQA 4CEQA 2AJQA 3AVFA 1HQEA 4ZTFA 1TAUA 3OYLA 3RMBA 4FJLA 5JS2A 4JS4A 4KHUA 4FJGA 4DQPA 4BACA 1L3VA 3DOLA 5CZ1A 4B9SA 4PY5A 3V9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E2OA 3PX6A 5J2MA 1RBSA 4H8KA 3O1BA 4W5QA 1RILA 2HVIA 2GELA 3OVNA 3GL1A 1D4XA 4M3YA 4B9UA 1KAYA 1VSKA 4CHZA 2G8UA 4RTFD 3A5OC 1ATNA 4DKWA 4IDHA 3R1XA 3ZT2A 4DLGA 1S6QA 4ISEA 3VEYA 3DM2A 4GV6A 4FO0A 4DR3K 4IOXA 4BRCA 3VQEA 3K57A 1WB9A 3HL8A 3TAEA 4WE1A 2HVHA 2E1ZA 3ZT0A 3G10A 4JRQA 3VEZA 3ZSVA 1I3AA 3DXMB 4FW2A 4YHHK 3OYNA 2Q36A 4DTXA 2O8EB 1A5VA 2V7ZA 1BQNA 5CZ2A 4FVMA 1EWRA 5BN9A 2ASPA 2HBJA 3HP6A 5C10A 2GUIA 3L2RA 2A3ZA 4AHSA 3ZSRA 1K6YA 4IO8A 3CM6A 5HP1A 3KZBA 4FM2A 4GKKK 3DAWA 3BZKA 4KB0A 1QSYA 1T8EA 4DSEA 1GLFO 4CFCA 4I6MA 5JVHL 1HR0K 4FLWA 2KZZA 1KTQA 3C6AA 4OGCA 4MDAA 1YITN 5BPLA 3OTOK 2KKZA 3TAPA 3VA0A 3BF1A 4A57A 3M8RA 3BZCA 3CIPA 3TAQA 3OY9A 1VSLA 3NF8A 3LWLA 2YHWA 3F2KA 3CJ1A 4BE1A 2IVOA 4BC2A 4Z4IA 2Q0RA 4CJ3A 4F3TA 1NK7A 2GTDA 4C8KA 4IOCL 3AVKA 4DTUA 2NRTA 1L3TA 1WBDA 4M3TA 4LFBK 1ATSA 2A40A 3N4QA 5KPZA 3ZEUB 3E9LA 2Q31A 1ZBLA 3AVIA 3L0QA 4FK4A 4FWRA 4DMNA 4AHUA 3P5JA 3BDPA 4IBNA 3J7AP 4DUYK 3KLIA 3IS9A 1SZ2A 4PQUA 1NOYA 2A6AA 4YORA 1DTQA 1ILYA 4CJTA 3CQ8A 4JKHA 1BQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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