1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
molecule tags Dna integration
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
2KTQA 1TKZA 1W9HA 1CXQA 4M41A 3OYGA 4E7LA 1XWLA 4N76A 4KREA 3AVMA 4I2PA 3MAQA 1NJWA 3ZT4A 4GVMA 4BDZA 4YNQA 3OYEA 3RR8A 4C8MA 4LSLA 2XO7A 3H08A 4AHRA 5J2NA 3I0SA 1Q9YA 4CGIA 3SQ1A 4AILC 4CCHA 2E6MA 1KRPA 4KPYA 3AA4A 5HBMA 4H4MA 3U3GA 4E7HA 4F3OA 5FRMA 1Q8IA 2KZMA 1U48A 4I9QA 4KTZA 3RTVA 4NYNA 3OS0A 3I8DA 1WN7A 2XY8A 1NKBA 3SPZA 4CESA 3EYZA 5KRTA 2D5RA 1UAXA 4IFVA 4DFPA 4CJUA 3NAEA 1GOBA 2FBVA 1S1VA 1ASUA 1TAQA 2DFHA 3HVTA 4IBNA 1YTAA 3KJVA 4DSEA 1D5AA 1I39A 5FRNA 3JYTA 4Z4IA 5KGWA 1S1TA 4RW8A 3NE6A 1TKTA 3T19A 1RBUA 1JLQA 4CHOA 3KLIA 5KRSA 1TV6A 1VRTA 4DTSA 1L3TA 1U45A 2YKNA 2XY5A 3VA0A 3M8PA 4JS5A 3KIOA 2IOCA 2HHTA 2P5GA 3OYCA 1L3SA 4B9NA 4CEEA 4FK4A 3DYAA 4KB1A 3AO3A 3QESA 4ELUA 4GW6A 1QSSA 1IO2A 2I5JA 4W5TA 4W5OA 1FKPA 3ZSOA 4CHNA 5CYQA 2HNDA 2Z1IA 3KLFA 3TWHA 4B9LA 3ULDA 3LWMA 1RILA 2O4GA 4DTJA 2HHWA 5K14A 2XY7A 4FK2A 4DSJA 2FBYA 2HHSA 3NF6A 2P5OA 3V9XA 3QINA 5DK5A 1VSJA 5FDLA 1S1XA 2E4LA 1XI1A 4FLTA 3PO5A 4FJXA 1RDAA 3OS1A 3SZ2A 4C8LA 3DLBA 4DQRA 1NK5A 3ZSZA 1DTQA 4AHVA 4E89A 4HUGA 4WE1A 4KHUA 3OYLA 4KRFA 1KVBA 4ELTA 4FJ7A 2P51A 1N6QA 3L3UA 3ZSQA 4FLUA 1TL1A 3OY9A 2F96A 1JLEA 3LP0A 2DY4A 4H8KA 4DSKA 2PYLA 3WNHA 4CIGA 1SL0A 3AO5A 3TI0A 3ZSYA 3G0ZA 3RMDA 1X9WA 1T7PA 4DQPA 4JS4A 4O5BA 5J1EA 3G10A 3SQ2A 1LW0A 1XC9A 4AHTA 4FJIA 4CJFA 5I42A 1HYSA 3M8RA 3TAPA 1WSGA 1RNHA 4Y1CA 1JLGA 4W5QA 2RF2A 3TABA 2X78A 4LH4A 3WNEA 3OS2A 5EU7A 3AVBA 3S3MA 4CF8A 3VQ8A 4OLBA 4CHYA 4F4KA 4Z4EA 3VQQA 4E7IA 3VQAA 2HNYA 3HP9A 3V9UA 2PY5A 4DTUA 3HPOA 1KTQA 3OYMA 4ID5A 2W42A 4FJNA 3LWLA 4E0DA 3ZSWA 4KHYA 3A2FA 1C6VA 5FROA 4BE2A 2XY6A 4CFAA 2X74A 3K5OA 4Z4CA 3HO1A 4PA1A 1ZBIA 3SQ4A 3CYMA 2BANA 3SUOA 3SNNA 1HPZA 4NCGA 4ZTFA 3AVGA 3UIQA 4EP4A 4OKEA 3MXIA 4BDYA 2DFEA 1U04A 4LY7A 4KHQA 4LD0A 4AHSA 1S9GA 5D3GA 1WLJA 4M3UA 3DLGA 1IKWA 4CHPA 3SUPA 1BIUA 1JKHA 3OYAA 2Z1GA 1LW2A 4O0JA 5CZ2A 3VQ9A 4DTXA 3DOKA 3LAMA 3K57A 4DQIA 1BI4A 3AO4A 4HCBA 3HXMA 2DFFA 2IGIA 4G1QA 3AVFA 4O44A 4DLGA 4CIEA 3DLRA 4N47A 2AJQA 1J9AA 2IAJA 3OJUA 1ASWA 1ITGA 1VSKA 4AHCA 1C0UA 3QNNA 4BDPA 3NHGA 2VWJA 3OYFA 3WNGA 3VA3A 3V9SA 2ZE2A 3K58A 1NKEA 4DSFA 1IG9A 1J54A 2VG7A 1JLCA 5HRPA 4N56A 1RT7A 3VQEA 3K5LA 4ZHRA 3THVA 3ZCMA 1REVA 1QTMA 4FLWA 1WAJA 4BWMA 4FLXA 3AVJA 4N41A 1ZYQA 4CK1A 3KK1A 3IAYA 3HPHA 2YV0X 4N5SA 4RW4A 4RW9A 3O3HA 3TR8A 4I9LA 2P1JA 1J5OA 2NUBA 4HUFA 4B8CA 3F73A 2ATQA 1XHZA 1U4BA 3KLEA 2OA8A 3RRHA 1B92A 1WSHA 3QIPA 4Z4FA 2VWKA 2Z1JA 4B9TA 3NGYA 1KSPA 4CEZA 3V81A 4W5NA 3OYNA 2ZD1A 4CJKA 3CM5A 1NK9A 2RKIA 4HTUA 3PX6A 3QEWA 1SL2A 1T8EA 3LPTA 4KHWA 1EP4A 2EHGA 4KFBA 3TAEA 4FLVA 5J2PA 2QKBA 4NCAA 4F2SA 3LP2A 4IG3A 3CG7A 4E1MA 4DU1A 4CEFA 3TANA 1NJZA 3DLHA 4DU4A 1D8YA 1BIZA 5J2QA 3NFAA 2XHBA 4FJJA 1IKXA 4J2AA 4DTRA 4M3TA 1EETA 2G8HA 4TSXA 4DG1A 4J2DA 3TAQA 3F9KA 3VQ4A 3T3FA 3ISNC 1X1PA 4B9SA 4KO0A 1RBVA 4HUEA 1HNVA 2QKKA 4KKOA 4RW6A 3AVNA 1NK4A 4K8XA 4CHQA 3ZSXA 3EY1A 2OZMA 1LWCA 4EP5A 1ZBLA 1QE1A 1HJRA 4GMJB 2HMIA 4CGGA 3PO4A 1RBTA 4KTQA 1VSMA 4CF2A 3PV8A 2HHQA 2ITGA 1DTTA 3P1GA 3DRSA 1TKXA 4OKJA 3RMBA 1TKDA 3E01A 3DRRA 4CJQA 3HL8A 3O3GA 1LAVA 4IDKA 5C24A 1S6QA 3CFRA 1EX4A 1RT4A 5HROA 4BE1A 4FZXC 2YNGA 1A5WA 3NH1A 1D9FA 3VQBA 4DTMA 4ICLA 4NYFA 5HRRA 4OVLA 3L8BA 4CJWA 1XHXA 3QEVA 3WNFA 4DLEA 3SQ0A 1NK8A 4DU3A 1FXXA 3HYFA 2GUIA 4QCLA 4K8ZA 3OYJA 3VQCA 3AVAA 3T1AA 4CF0A 3L3VA 4H4OA 3P83D 4O4GA 4AHUA 4CK2A 4YFUA 3M8SA 3HVRA 2OPQA 3LP3A 1SKWA 3C94A 3S3OA 4MFBA 3TAFA 2B5JA 1WNSA 1HNIA 3OYBA 4M3WA 1SKSA 2HHVA 1HQUA 5HP1A 4B9UA 4FW1A 1VSDA 1JL2A 4QAGA 1RTDA 4HCCA 3V1QA 3NF9A 3K5NA 3QEPA 3MXJA 1ZBHA 4ELVA 2FBXA 4E1NA 1TK5A 4IKFA 1BQMA 2B4JA 3NF7A 3QLHA 4Z0UA 4DFJA 2G8IA 4B9VA 2HW3A 1BI4B 1W0HA 1RT6A 1KCFA 4MQ3A 4CJTA 4DF4A 1X9SA 1VSLA 3RMAA 3CQ8A 1JL1A 1B9DA 4DMNA 5T7BA 3KK2A 1DLOA 3SJJA 3S3NA 1JXEA 1RTHA 2HHXA 1F21A 3KTQA 3CM6A 2PZSA 3RWUA 2G8KA 1A5VA 2RN2A 4OJRA 3DLEA 2B6AA 4HVJA 5I3UA 1RCHA 1TK0A 1K6YA 1C1CA 1KLNA 2HB5A 3OYDA 2HVIA 2OZSA 4C8KA 3O4QA 3V9WA 1Z26A 2O4IA 1LAWA 4FJGA 1VSFA 3V1OA 1ZBUA 4FLYA 4FK0A 1B9FA 4Q0BA 1Z25A 3MEDA 1VK0A 1NK0A 4CFDA 3QETA 3VN5A 1SL1A 2KFNA 3S9HA 1EKEA 4Z4HA 3MEGA 3NBPA 4DTNA 3ZSRA 1BISA 2WONA 4DSLA 1QQCA 4LH5A 4CEBA 3L2QA 2G8FA 1RBRA 1C1BA 1RT3A 3RMCA 3DMJA 1UWBA 1RT5A 5KGXA 2OYQA 2HHUA 2KFZA 3U6FA 4I7FA 4W5RA 3LALA 1BCMA 1BQNA 2JLEA 3TAMA 3LPUA 4E3SA 3SPYA 4KHSA 3HSTB 4FZZA 4FYDA 1I3AA 2BE2A 4DTPA 3QO9A 2IDOA 3PX0A 3VQ7A 1T05A 3PY8A 2FBTA 4KAZA 4CE9A 1EXQA 2OPRA 4O55A 1LV5A 4CGFA 3ZT1A 3IS9A 2KW4A 3QIOA 4LSNA 5CZ1A 4DF8A 2BDPA 2F8TA 4F3TA 5DMRA 2Q3SA 3PUFA 1KLMA 2Y1IA 4CJSA 1RDDA 1HMVA 1CXUA 2D0AA 3O4NA 1TAUA 3VQPA 3OVNA 3ZT0A 1FKOA 4PWDA 1SKRA 3B6PA 4FM2A 4OLAA 1QS4A 1WSIA 3LZIA 2YKMA 1VSIA 2OPSA 4OPKA 3NGZA 3IG1A 4E7KA 1TGOA 3NGIA 1ZBFA 4OGEA 5SZTA 1JLBA 2D0BA 1HYVA 4FJLA 4KB0A 4B8AB 1U47A 3DI6A 4DQSA 4CECA 4C8NA 3HPGA 2FC0A 3IRXA 1KFDA 1MU2A 1IKYA 5HLFA 1WSFA 1VRUA 1J53A 2YHBA 3ITHA 2Z1HA 4PY5A 1CLQA 1L3VA 1TL3A 3U3YA 3C6UA 3V6DA 3SUNA 4M42A 1C0MA 4CJ4A 1D9DA 4F8RA 3L2UA 3SUQA 4IFYA 4CJPA 4DTOA 2F8SA 1JLFA 4M45A 4M3YA 4CJ3A 1IKVA 2VG6A 3K5MA 3LANA 4CIFA 2A1SA 3HM9A 1Q9XA 4RG8A 3AO2A 3SV3A 3P5JA 3SCXA 2G8WA 3C95A 2GV9A 1YT3A 1BGXT 2EX3A 2RPIA 1GOAA 1QHTA 4FCYA 1NK6A 1S6PA 4CGHA 4XIUA 4FJHA 1S9EA 1BL3A 2WOMA 4CEAA 4CJEA 3OYHA 4UQGA 4EZ6A 4M3XA 3O3FA 5HRSA 3AA2A 1KVAA 3L2VA 2XRIA 1SV5A 2VG5A 3DLKA 4FVMA 2KQ2A 4FJKA 3LAKA 3CFOA 3V9ZA 3QNOA 3ALYA 3QEIA 4CJLA 3NH0A 3ZSVA 1HQEA 4HHTA 2G8UA 4JRPA 1NOYA 1N5YA 3VQ6A 1RDCA 1X9MA 3RR7A 4PUOA 1TK8A 5SWMA 4CF9A 1R0AA 4FJ5A 3C6TA 3AVKA 4M3RA 2R7YA 1UA0A 4R5PA 3KD1E 1LWEA 4ID1A 4Q5VA 4KHNA 4KV8A 3NCIA 4FJ9A 1JXBA 1CZ9A 2IS3A 1NK7A 4DSIA 4E7JA 4PQUA 5CYMA 3BDPA 2PYJA 3TAGA 4CJRA 3DOLA 4CGJA 1KVCA 1VSEA 3AVIA 4KI6A 2A1RA 3KD5E 3ASMA 1T03A 4CJVA 2X6NA 2YNHA 3K59A 3I0RA 1U49A 1S1UA 1FK9A 1WSJA 2HVHA 5HRNA 4CK3A 1VSHA 3LP1A 4Y1DA 4CGDA 3MECA 2X6SA 1YVUA 3V4IA 3SV4A 2JGUA 2DTUA 3NH2A 4FM1A 2KZZA 2YNFA 1CZBA 3KLGA 4B9MA 3VQDA 4OGCA 4KI4A 3DRPA 4CFCA 4OKKA 3MXMA 3JSMA 3OYKA 1LWFA 3K2PA 4KTWA 1S1WA 4BWJA 1BHLA 4JLHA 3FFIA 4J2BA 1L3UA 3SYZA 2GBZA 3DM2A 4OPJA 3QEXA 3EZ5A 4I2QA 2QXFA 1S5JA 3HT3A 3AVLA 1HRHA 2YHAA 2G8VA 4FXDA 4CEOA 3MEEA 1NOZA 2QK9A 1NKCA 3AV9A 4CHZA 3KKSA 4E19A 1WSEA 4CEQA 4FJ8A 4FW2A 3AA5X 3M8QA 3KK3A 4L8RB 3L2WA 3CFPA 1YTUA 1ASVA 3VQ5A 4CFBA 4F2RA 4DS4A 5C42A 1TVRA 1JLAA 2OPPA 3B6OA 2D0CA 1NJXA 3V1RA 4O0IA 1HYZA 5CY4A 3LZJA 4B3OA 3D45A 5J2MA 1WAFA 1O1WA 4DS5A 1RDBA 1KFSA 1BCOA 1SUQA 3BGRA 2BGGA 1UOCA 5KTQA 3TARA 1QSYA 3SI6A 3AA3A 3HK2A 3AO1A 3ZT2A 1RTIA 4FM0A 4DWIA 1G15A 5JS2A 3L2RA 5C25A 4DQQA 4DFMA 4J2EA 4EZ9A 3NDKA 4IG0A 3OYIA 3QERA 3KKRA 1C0TA 5KI6A 2LSNA 2E6LA 4JRQA 5JS1A 1RT1A 4B08A 1IH7A 1NJYA 3AVCA 4CEDA 4C8OA 1RT2A 4CF1A 2ETJA 4AH9A 5E41A 3RRGA 4CJ5A 1C1AA 1UA1A 4FLZA 1RBSA 1A5XA 3LDSA 2IC3A 2Y1JA 4DFKA 3HP6A 4CERA 4FJMA 1Y97A 1L5UA 4BACA 4M3ZA 3OJSA 4NCBA 4ZTJA 3ZT3A 1RTJA 3D0PA 2YNIA 3KLHA 1QSLA 3NF8A 4BE0A 4FZYA 3AVHA 3HJFA 1GOCA 4RW7A 4QOZB 4Z4GA 2HNZA 3PX4A 2ZQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DGKN 1TKZA 3CQYA 1Q7YO 3OYGA 1W97L 4N76A 4KREA 3UB5A 3MAQA 4BDZA 2WC9A 3OYEA 3RR8A 4C8MA 3AAPA 5J2NA 4AHRA 1Q9YA 3VGMA 4CGIA 4M7YA 1KRPA 4X64K 4IEEA 1Q8IA 4I9QA 4KH5A 5I9EB 2WUSA 2I7PA 3OS0A 2P9NA 3HZ6A 5ADXH 3SPZA 4DFPA 2NRHA 4FWSA 1TAQA 4WFAL 4IBNA 4DSEA 5BRDA 3VF4A 1D5AA 3CCVN 2Q1NA 1OVYA 4RW8A 3T19A 1RBUA 5KRSA 1L3TA 2GX9A 3G4SN 3T1HK 1U2VB 4HTLA 3QESA 2I5JA 1NK0A 4W5OA 1D9DA 4B9LA 3EL2A 3KLFA 2HF4A 4Z94A 4DTJA 2HHWA 2XY7A 4FK2A 1EWQA 3V9XA 4BRLA 3PO5A 5IT9O 5MLCQ 4DQRA 3VF2A 1NK5A 3NMUA 4AHVA 4E89A 3A5OC 1VQ7N 3CC4N 4HUGA 4WE1A 4ELTA 2VQFK 4JK9A 1I94K 3THWB 4JKCA 4JI3K 1JLEA 2KKZA 3ZX2A 4DHYA 2QWPA 4M7XA 3DXKB 3WNHA 5C2DA 4DSKA 4JKEA 1BO5O 1JCEA 3ZSYA 3RMDA 1X9WA 4GY2B 2E2QA 4O5BA 2W6KA 1V4SA 4FJIA 4CJFA 1HYSA 3M8RA 1JLGA 2X78A 4JAXA 4BRAA 5LL6Z 3VQ8A 4OPAA 3WXIA 3HP9A 1T3VA 3L6QA 2VWBA 2Q2RA 4BQZA 1C6VA 2V52B 4BE2A 4CFAA 1U6ZA 2W6LA 3QBXA 5BPLA 4DKWA 1IJJA 1HPZA 3AVGA 2P9UA 1U04A 4JNEA 2O8CA 4LD0A 1S9GA 3PIOL 4M3UA 4WYBA 1BIUA 3VQ9A 3DOKA 3K57A 3F5TA 4BGAA 5GAGP 4CIEA 3ID6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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