1AT6A

Hen egg white lysozyme with a isoaspartate residue
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Succinimide and isoaspartate residues in the crystal structures of hen egg-white lysozyme complexed with tri-N-acetylchitotriose.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 128
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-08-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1at6A00
2MEFA 1IP3A 1LZCA 1LMOA 1UIHA 1LZGA 2BQEA 2FBDA 1IWXA 1CKCA 1KIRC 1NMMA 4HPIA 3A90A 5KJ9A 2C8PA 1FKQA 1JTTL 1HEOA 4XJHA 135LA 3ZEKA 1OQMA 1F0WA 2H9KA 4G9SA 3TXKA 1WTNA 4OWCA 3WU7A 2ZNXY 4J0LA 1WTMA 1GFRA 4HTKA 4LFXA 4X3BA 1QUSA 6LYTA 4OWEA 1YIKA 4N0JA 1CJ9A 2D4IA 3D9AC 1C43A 3OK0A 1HC0A 2BQOA 1H6MA 2HEEA 4GLVA 4IATA 4H9FA 3TMWA 2YSSC 1B7OA 4YEOA 4TSCA 2BQKA 3AJNA 2DQAA 4HTNA 4TWSA 4NHTA 4Z3MA 1I20A 4IJ4A 4XJFA 4BADA 2HUBA 1GB0A 1W6ZA 5T3FA 4MR1A 4AGAA 1CKGA 2DQIY 2MEEA 2H9JA 4H92A 208LA 1E8LA 5F14A 4LFPA 1QUTA 1GE0A 3WUAA 1YQVY 5I54A 1B7QA 1XFPL 3AZ6A 3K3TA 4NY5A 1MELL 2MEDA 1JJ0A 1HNLA 3J6KA 1UA6Y 1WQMA 1XSFA 4KT3A 5LA8A 1YAPA 1TDYA 4B4EA 1UIFA 3HBEX 3N9AA 3LYMA 4H9CA 1CNSA 4O34A 1LJ3A 1DXJA 3TXHA 4CFPA 1TBYA 4QDNA 1B7NA 1LJGA 4ETBA 4YEMA 5J7CA 1FLWA 4PPOA 1GBXA 3P4ZA 3TXGA 1NDGC 1LSCA 1YKYX 4TUNA 2W1YA 1G7MC 1AT6A 1LHLA 5F9XA 1B7RA 1IWYA 2HECA 1UIAA 2ZIJA 1XEKA 3CT1A 5KXKA 4NHSA 1BWIA 5B1FA 1GXXA 4QGZA 4E3UA 1GF5A 1LYZA 5APEA 4N8ZA 1HHLA 1YAMA 1IP5A 2BQHA 3AYQA 1I56A 4XN6A 1GB9A 1XGPC 1G7HC 2BQAA 4WLXA 4B4JA 2ZYCA 2I26L 2BQNA 1AKIA 1JJ1A 1G7LC 2HTXA 4NGJA 4W96A 2ZQ4A 4WG7A 2HEAA 3CT5A 4I0CA 4LYCA 4DDAA 1HEMA 1REMA 5HMVA 1GF6A 4DD9A 1REZA 1OUBA 4LZTA 1AZFA 1QSAA 3LYTA 4FDYA 3A6BY 4LGKA 4WO9A 1JTOL 1QTEA 1QSWA 1LSEA 2MEHA 3GXKA 2EIZC 1IEEA 2D91A 4H9HA 1LKRA 2LZTA 4XENA 1LMCA 1JITA 2MEIA 5IELA 1NQIA 4LT0A 4GCBA 1VAUA 1J1XY 4R0FA 4HV1A 3TXFA 1BWJA 1GB2A 1RE2A 1LZ9A 1HFZA 2A7FA 1GE4A 4KL7A 2C8OA 1IR8A 4N1CC 3A96A 1LMQA 4RLMA 4CJ2A 4GLAA 1KIPC 1WQQA 4H1PA 4LYMA 5LVKA 5IDDA 1VDQA 1HMKA 1LZ4A 2YBLA 3W6DA 1G7JC 1GB8A 2DQFC 2RSCA 2ZNWY 1ZV5L 5LYMA 4H9EA 1EL1A 1FKVA 2CDSA 2LYZA 1BB3A 2Z37A 1LJNA 1LZYA 3WMKA 1FLQA 1GBSA 1REXA 2ZWBA 1HERA 1GFKA 2BQGA 4R6CA 4DD0A 3WVYA 1VATA 3M18B 1I1ZA 4NIJA 4DYGA 1GWDA 2DQHY 1HEWA 1HSWA 5F81A 5KXZA 5LVJA 4PHIA 1QIOA 3TXJA 1YKXX 4OWAA 4ML7A 1UACY 1GF9A 3MGWA 5D5FA 1OUHA 2I6ZA 4NGOA 2YBHA 4H94A 4HSFA 5DN5A 5M1YA 1DKKA 3WVXA 1A4VA 2BQMA 1LSDA 2Z12A 3AW7A 1LMAA 2DKVA 3HBDA 1LJHA 1OUJA 3IJVA 4WLYA 4G4HA 4M6DA 1IOTA 5B1GA 2X0AA 4ETCA 194LA 4NHPA 2XTHA 3A34A 4WL7A 1B5YA 5E9RA 3RU5A 3WH1A 3KAMA 4NG8A 1CKHA 3TMVA 1LOZA 4ETAA 4LYBA 1D6QA 4YENA 1LZSA 3RZ4A 1LJFA 5I53A 5L3IA 2AUBA 1GBOA 4NSIA 1TEWA 1F6RA 4GCEA 1ZVYB 1GF8A 5C6LA 3CSZA 3TXEA 3WXUA 3BKHA 5KXOA 1VDPA 3P68A 1JSFA 4P2EA 3TMUA 2IHLA 2XBRA 5DL9A 1KIQC 1GFAA 3N9CA 3AZ4A 2YVBA 1LKSA 5FEKA 4Z98A 5C6IA 3WUNA 1WQPA 1GFGA 2BLXA 1JKCA 7LYZA 1IC4Y 2NWDX 3J4GA 2G4QA 1GBWA 5LYZA 1C46A 1GF7A 1PZYA 1RI8B 1QQYA 2F4AA 2EPEA 2FBBA 1B5UA 3TXDA 1BB5A 1IR7A 1C7PA 5F16A 1IP2A 5FELA 1HELA 2BPUA 4G49A 4H8XA 4W94A 1OUEA 1NBZC 1GE3A 1GFJA 1IY4A 1T3PA 1GXV2 5HNLA 1CJ8A 1UBZA 1IP6A 5II3A 1GFEA 4OW1A 3G3BB 1HSXA 4NG1A 4H8YA 4WLTA 1LPIA 1D0LA 1VDSA 3LYZA 5EBHA 1LZ8A 1NWGA 1LTMA 3P66A 4QEQA 2BQCA 1HEPA 5A3ZA 2HEBA 1BGIA 4C3WA 1GEZA 1UIEA 1AM7A 1KXYA 3RNXA 5LAFA 5I4YA 1GDWA 1GDXA 1HFYA 5DM9A 4GN3A 1JPOA 1GPQC 5F9UA 4G4CA 1WVUA 3WXTA 1B2KA 207LA 1BWHA 2FYCA 5LA5A 1RFPA 1XGRC 5LIOA 2HU1A 5KXRA 1OUCA 3HBHA 3E3DA 4OOTA 153LA 1YKZX 4Z41A 4WOAA 3A93A 1INUA 1JKDA 4UWUA 1GFUA 4RDSA 2D4JA 2W1MA 1AT5A 5KXWA 3AW6A 1DI5A 4LYZA 1YROA 4H9IA 4N1EI 2DQEY 3A3QA 3D3DA 1IIZA 1IWWA 2DBTA 2MEGA 1IX0A 5B07A 4HV2A 1LSPA 1B7PA 4OWBA 1LMTA 3P65A 2DQDY 4WG1A 1GBYA 1IO5A 3A3RX 1DKJA 4PGJB 1GAZA 3CSQA 2Y8PA 4HP0A 2F4GA 5B06A 1FBIX 5L3HA 2BQJA 1LSGA 5FSTA 5APCA 2DQJY 5B05A 3TXBA 4I8SA 5HQ1A 1IOCA 1CJ7A 4HPEA 5KXMA 1IWUA 4B1AA 5HMJA 1IP1A 2DQGY 2MECA 4J1AA 1IP7A 1UIBA 4A7DA 4CHXA 4HJZA 1EQEA 3RW8A 5APFA 1LSBA 4D9ZA 1B5ZA 1F6SA 3B72A 1LHJA 1GB5A 4YF2A 4HTQA 1B5VA 2XBSA 3A95A 3B0KA 4EOFA 1REYA 5K7OA 1BQLY 2EKSC 3W6CA 3WU9A 1B7LA 1Z55A 5FCPA 132LA 1LJ4A 1LSNA 2LZ2A 2Z2EA 4XADA 1F10A 1IOSA 1QDTA 5LVGA 5I5QA 1LMPA 2H5ZA 1SLYA 4NWEA 5ILFA 1OUGA 2ZYPA 4UWNA 1PS5A 4NHQA 1YANA 4BAPA 1DPXA 5KXTA 1LYOA 4N9RA 1LAAA 4WLDA 3B0OA 4XJGA 2ZQ3A 2XJWA 4J1BA 4PJ2C 1OUFA 5KKJA 1LZDA 1HMLA 1P2CC 1QDRA 1UCOA 1WVVA 3AGGG 4H9AA 4NGVA 4XYYA 3A67Y 1EQ5A 5I4XA 1XGQC 1V7SA 4IASA 4BS7A 4ZEEA 1DI3A 1LZAA 2D6BA 1BB6A 2ZILA 3F6ZA 1GFVA 2HU3A 3AGHA 1LSAA 2BQDA 1W08A 4GCDA 1A2YC 1IWVA 2VB1A 1GFHA 1IOQA 1TCYA 1V7TA 4G4BA 3W3EA 3BKVA 4DDBA 1UUZC 4LT3A 4NGIA 1NDMC 3ATOA 2B5ZA 1JJ3A 1NBYC 1YL1X 1UC0A 1LJJA 1ZMYL 4NSGA 4DD2A 5KXSA 4WM5A 4H90A 1H87A 3W6AA 4NGLA 1IC5Y 4XJBA 4ZFPA 1GBZA 1T6VL 4WL6A 3SP3A 5A3EA 1VEDA 2CWIA 2I25L 4LYOA 4Z46A 1BVXA 5C6JA 3LHMA 2ZIKA 3A94A 4TTDA 1JISA 4EMNA 1IWZA 5B59A 5KXNA 1LHKA 3TXIA 5KKIA 2YBNA 1LHHA 1LYSA 1OUAA 2PC2A 3EXDA 3ULRA 1SQ2L 1GD6A 1JKBA 1C10A 4B0DA 1NF5A 3EMSA 4PRUA 3RT5X 1GF4A 4H9BA 3WPLA 1HENA 4M4OA 1JEFA 4HJYA 3ZVQA 2LYMA 3QNGA 1JUGA 1LJIA 1LZTA 2G4NA 4UWVA 4ET9A 1JWRA 4II8A 5APDA 5LAGA 5KXXA 4RW2A 1IORA 4WM1A 134LA 3AGIA 4WM6A 3LN2A 3LYOA 4KXIA 1RCMA 1UICA 1HEQA 1B0DA 1LZNA 3B6LA 4LT2A 1C45A 2W1LA 1LZ6A 2MEAA 4KPMA 4J7VA 2FYDA 1DI4A 1LZ1A 5D5CA 5LVIA 1OUDA 1ZVHL 1GF0A 3CSRA 3IJUA 2A7DA 4DD3A 2CJLA 3QY4A 1RJCB 4RW1A 1KXXA 1KXWA 2Z38A 1LJKA 1LYYA 3A8ZA 3G3AB 2YBIA 4TX7A 4RLNA 4GCCA 4YOPA 1DPWA 2HEFA 1GFTA 1JKAA 1D9UA 3GXRA 3N9EA 1MLCE 4NSHA 3WYHA 4DC4A 2BQFA 1LCNA 4GN4A 2LYOA 3WW6A 1YAQA 4CFOA 1JSEA 1YAOA 2Q0MX 5DN4A 4H91A 5FDJA 1JHLA 1IC7Y 4NGZA 4NHIA 1BVKC 1GEVA 2GV0A 3T6UA 2LHMA 1WQRA 3LZTA 1TAYA 1B7MA 1D6PA 3TMXA 9LYZA 2BQBA 3QE8A 1G7IC 5I4WA 4FJRA 5HLLA 5L9JA 4ET8A 4H8ZA 1IP4A 1QTKA 4ETDA 1CJ6A 4HJVA 1XGTC 1GB6A 4L41A 5KY1A 4WM3A 2DQCY 2Z2FA 2YBMA 1GE2A 3WULA 4B4IA 4C5FA 1B5WA 4ETEA 5HNCA 1YILA 1LMNA 1OP9B 1J1PY 1IY3A 1N4FA 1XEJA 3ATNA 4GCFA 3CB7A 2F30A 4XJDA 3WPJA 5DLAA 3T36A 1HFXA 3A6CY 4XJIA 3VWOA 3W6BA 1IWTA 1NKHA 1FLUA 4NWHA 5LYTA 2N5ZA 3AB6A 2CGIA 5KXYA 1GB7A 1HF4A 1O23A 4GN5C 1GF3A 1LSZA 1IVMA 2BQIA 1JTPL 2MEBA 4OOOA 4WO6A 5LVHA 1D0MA 1VDTA 1YL0X 5LXWA 3WU8A 5IHGA 4PRQA 1WQOA 1LSYA 2D4KA 3LZ2A 4OWHA 4NGWA 4DDCA 6LYZA 4LT1A 2F2NA 3CQLA 4B49A 1BHZA 3W6EA 1FLYA 1XGUC 5KXLA 2BLYA 133LA 2Z19A 2YDGA 1FDLY 5FHWA 2EQLA 4NSJA 3B0IA 1UIGA 1LZRA 3A91A 3IWRA 3WL2A 4TSBA 5E4PA 1CKDA 2BQLA 3W6FA 1JIYA 1GAYA 3HFMY 1BB7A 1BB4A 2HEDA 1FN5A 2YBJA 4MCKA 4WM4A 1LHIA 1VFBC 1GE1A 3M3UA 5LINA 1XEIA 5AMYA 4DD7A 1GB3A 5JENB 3FI7A 1EQ4A 4WMGA 4DD1A 2WARA 4NFVA 4NGKA 154LA 3AZ5A 1D0KA 3WW5A 3WUMA 3WPKA 8LYZA 5ILCA 1B7SA 1J1OY 4NGYA 1LZEA 193LA 1GHLA 3OJPA 4AXTA 1DZBX 2Z39A 1WQNA 4NEBA 4BAFA 1LSFA 2G4PA 2Z18A 3AZ7A 1LHMA 4WM2A 4DT3A 4H93A 2BAAA 1ALCA 1B9OA 4MSTA 4U3XB 4ZIXA 3P64A 2IFFY 3EO5A 3A92A 4QY9A 4DWXA 5KXPA 3ZVQB 1C08C 4YM8A 1LZ5A 4N5RA 1LZBA 4ANRA 1CKFA 1DQJC 4CGEA 4LYTA 3CT0A 1LSMA 1IR9A 1LJEA 1NHEA 1UIDA 2W1XA 3FE0A 1B5XA 1OUIA 3EBAB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIHA 2FBDA 3C83A 217LA 1FKQA 1D3FA 1HEOA 1C6JA 198LA 1PQMA 2H9KA 4G9SA 1C68A 2ZNXY 1WTMA 4OWEA 190LA 3D9AC 1P46A 1L20A 3OK0A 1KY1A 4GLVA 3TMWA 4H9FA 4ARMB 4YEOA 4Z3MA 1OVJA 4IJ4A 2HUBA 1CKGA 4H92A 2H9JA 1QTBA 3G3VA 4LFPA 1QUTA 109LA 1B7QA 1LI2A 3VW7A 1UIFA 3LYMA 3TXHA 1TBYA 248LA 195LA 1L48A 1GBXA 4TUNA 2W1YA 1G7MC 1AT6A 1XEKA 242LA 5KXKA 4QGZA 1HHLA 1YAMA 3SBBC 1L36A 1G07A 1T97A 1L37A 2HTXA 188LA 4LYCA 1QSAA 205LA 1P7SA 1QT7A 4PJZA 1QTEA 155LA 3NYAA 1IEEA 1LKRA 2LZTA 3HUAA 2B6WA 4R0FA 2O79A 3TXFA 3SB6A 1LZ9A 4KL7A 4I7PA 143LA 4RLMA 2Q9DA 4CJ2A 4GLAA 1WQQA 1VDQA 2RSCA 1LJNA 3HU9A 1LYDA 1HERA 3ODUA 1GFKA 1L24A 177LA 3M18B 2ANXA 1LYHA 1HSWA 1PQIA 2ANVA 1QIOA 4ML7A 1UACY 1L42A 229LA 5D5FA 1OUHA 220LA 4NGOA 1CVKA 5DN5A 4HSFA 5M1YA 1A4VA 3AW7A 1L86A 1OUJA 4WLYA 1L05A 2X0AA 194LA 1LYFA 3A34A 3HDFA 4WL7A 5E9RA 4YENA 1LZSA 3RZ4A 1GBOA 1OWYA 237LA 3TXEA 3WXUA 1G0KA 1C6HA 230LA 7LYZA 3J4GA 4ARJA 131LA 5LYZA 1C46A 1GF7A 1PZYA 1QQYA 2EPEA 4YXAC 3L64A 1OV7A 3TXDA 5FELA 181LA 4H8XA 1CU3A 1C6GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MEF A;  1IP3 A;  1LZC A;  1LMO A;  1UIH A;  1LZG A;  2BQE A;  2FBD A;  1IWX A;  1CKC A;  1KIR C;  1NMM A;  4HPI A;  3A90 A;  5KJ9 A;  2C8P A;  1FKQ A;  1JTT L;  1HEO A;  4XJH A;  135L A;  3ZEK A;  1OQM A;  1F0W A;  2H9K A;  4G9S A;  3TXK A;  1WTN A;  4OWC A;  3WU7 A;  2ZNX Y;  4J0L A;  1WTM A;  1GFR A;  4HTK A;  4LFX A;  4X3B A;  1QUS A;  6LYT A;  4OWE A;  1YIK A;  4N0J A;  1CJ9 A;  2D4I A;  3D9A C;  1C43 A;  3OK0 A;  1HC0 A;  2BQO A;  1H6M A;  2HEE A;  4GLV A;  4IAT A;  4H9F A;  3TMW A;  2YSS C;  1B7O A;  4YEO A;  4TSC A;  2BQK A;  3AJN A;  2DQA A;  4HTN A;  4TWS A;  4NHT A;  4Z3M A;  1I20 A;  4IJ4 A;  4XJF A;  4BAD A;  2HUB A;  1GB0 A;  1W6Z A;  5T3F A;  4MR1 A;  4AGA A;  1CKG A;  2DQI Y;  2MEE A;  2H9J A;  4H92 A;  208L A;  1E8L A;  5F14 A;  4LFP A;  1QUT A;  1GE0 A;  3WUA A;  1YQV Y;  5I54 A;  1B7Q A;  1XFP L;  3AZ6 A;  3K3T A;  4NY5 A;  1MEL L;  2MED A;  1JJ0 A;  1HNL A;  3J6K A;  1UA6 Y;  1WQM A;  1XSF A;  4KT3 A;  5LA8 A;  1YAP A;  1TDY A;  4B4E A;  1UIF A;  3HBE X;  3N9A A;  3LYM A; 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 5KXY A;  1GB7 A;  1HF4 A;  1O23 A;  4GN5 C;  1GF3 A;  1LSZ A;  1IVM A;  2BQI A;  1JTP L;  2MEB A;  4OOO A;  4WO6 A;  5LVH A;  1D0M A;  1VDT A;  1YL0 X;  5LXW A;  3WU8 A;  5IHG A;  4PRQ A;  1WQO A;  1LSY A;  2D4K A;  3LZ2 A;  4OWH A;  4NGW A;  4DDC A;  6LYZ A;  4LT1 A;  2F2N A;  3CQL A;  4B49 A;  1BHZ A;  3W6E A;  1FLY A;  1XGU C;  5KXL A;  2BLY A;  133L A;  2Z19 A;  2YDG A;  1FDL Y;  5FHW A;  2EQL A;  4NSJ A;  3B0I A;  1UIG A;  1LZR A;  3A91 A;  3IWR A;  3WL2 A;  4TSB A;  5E4P A;  1CKD A;  2BQL A;  3W6F A;  1JIY A;  1GAY A;  3HFM Y;  1BB7 A;  1BB4 A;  2HED A;  1FN5 A;  2YBJ A;  4MCK A;  4WM4 A;  1LHI A;  1VFB C;  1GE1 A;  3M3U A;  5LIN A;  1XEI A;  5AMY A;  4DD7 A;  1GB3 A;  5JEN B;  3FI7 A;  1EQ4 A;  4WMG A;  4DD1 A;  2WAR A;  4NFV A;  4NGK A;  154L A;  3AZ5 A;  1D0K A;  3WW5 A;  3WUM A;  3WPK A;  8LYZ A;  5ILC A;  1B7S A;  1J1O Y;  4NGY A;  1LZE A;  193L A;  1GHL A;  3OJP A;  4AXT A;  1DZB X;  2Z39 A;  1WQN A;  4NEB A;  4BAF A;  1LSF A;  2G4P A;  2Z18 A;  3AZ7 A;  1LHM A;  4WM2 A;  4DT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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