1AT6A

Hen egg white lysozyme with a isoaspartate residue
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Succinimide and isoaspartate residues in the crystal structures of hen egg-white lysozyme complexed with tri-N-acetylchitotriose.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
total genus 48
structure length 128
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-08-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1at6A00
3MGWA 5IDDA 3J6KA 1LHMA 1LZNA 3FI7A 1GB9A 2HU3A 1UBZA 1LSMA 4WM2A 1HMKA 3QY4A 3A91A 1PS5A 4GCBA 1LHKA 1WQQA 1DKJA 2G4QA 1GFUA 4WLXA 1CKDA 2XBSA 2C8PA 1LZEA 4FDYA 4XENA 2C8OA 3A93A 1VAUA 3AW7A 2HECA 1CJ6A 3WXTA 1BB3A 1VDTA 5J7CA 1SQ2L 4PHIA 1GBOA 1IORA 5KXZA 4WM5A 4HTNA 3W6FA 1GFGA 2FYDA 1REXA 5LAGA 4RDSA 1JTPL 2MEHA 3B6LA 1GEZA 4GCEA 4KXIA 4BS7A 2HEAA 2XBRA 4ETAA 1GFKA 3LYTA 2EKSC 132LA 4GN4A 4ML7A 3HFMY 1I1ZA 3W6CA 1D0LA 1IEEA 5F14A 1QTEA 1QDTA 6LYTA 1CKFA 5M1YA 2DQAA 3EBAB 2ZNXY 2DQCY 2BQMA 3B72A 1ZVYB 2CDSA 4A7DA 1GAYA 2BQKA 3LN2A 5I5QA 3TXGA 3LYMA 3ZVQA 4DDBA 3A6BY 4NGLA 1GF9A 1GFAA 4NG8A 2X0AA 4NSGA 2HEBA 4LZTA 1JJ0A 4HTQA 3A90A 1ALCA 1VDSA 207LA 3TMUA 1LZGA 1GB6A 4AGAA 1YILA 4WG1A 5KKJA 1IOQA 1G7JC 1JSEA 1LSBA 3W6BA 3A34A 3BKHA 4CFOA 6LYZA 1F6SA 1HFZA 1YQVY 2YBLA 3AGIA 3CT0A 4HJVA 2D4IA 8LYZA 1XGPC 4J1AA 1GB5A 4AXTA 4H93A 4DYGA 1UIBA 1LSGA 1IC5Y 1LHHA 1REMA 4J1BA 1QUTA 1IP3A 4II8A 4TSCA 3WPLA 3WVYA 1LSNA 1JISA 1IWTA 3TXJA 5B59A 4NFVA 1B0DA 1LSYA 1LZ4A 5D5CA 3WW6A 3WU9A 1GF5A 1OUBA 1XGTC 1GB0A 1LZCA 1CKCA 4H90A 5LVGA 3GXKA 1IWYA 2Y8PA 3A3RX 1UIDA 1IWZA 4DDAA 4B4JA 2ZNWY 4GLVA 4XYYA 5FELA 4ET8A 4LGKA 1LSPA 4RLNA 1OUAA 5I4XA 1YAQA 1JKDA 5HNLA 1LZSA 4DWXA 4YEMA 3CQLA 4R0FA 1W6ZA 4LYCA 1DPWA 1KIPC 5LA5A 1GFTA 1GFEA 2BQHA 4EOFA 1FDLY 1LJEA 1QDRA 1GE1A 2LZ2A 4QEQA 1DQJC 1B7QA 4NGIA 1BWHA 1HF4A 2BQFA 1B5UA 3WPKA 4CFPA 4ET9A 5IHGA 4ETCA 4NEBA 4UWVA 3OJPA 2LYMA 1TCYA 4I0CA 1LYZA 1LYSA 2F2NA 1QSAA 4KT3A 1LSFA 4RW2A 4WO6A 3WH1A 3IWRA 1EL1A 1H87A 4H9CA 3TXKA 2BQLA 4HJYA 3IJUA 1LJ3A 1LKRA 1GWDA 2BQBA 4NHSA 1LPIA 1OUEA 4ETEA 1GF3A 1VFBC 1ZV5L 2Z38A 5I54A 4WM6A 3QE8A 154LA 1LZ6A 3AW6A 1IY3A 1GF0A 1QQYA 5I53A 3BKVA 4LYTA 4W96A 4PRQA 5ILFA 1UACY 4HSFA 3WUMA 3P65A 1LMTA 4J7VA 4OW1A 5B1GA 2BAAA 1DZBX 3D9AC 4HJZA 1OUHA 1MLCE 2HU1A 4E3UA 3CT5A 1OUGA 5APEA 3WW5A 5KKIA 1BWJA 1C43A 1G7MC 4NHQA 5C6IA 1J1PY 1IC7Y 4MR1A 4GCFA 4DD3A 1YAOA 1YKXX 1UA6Y 4WLYA 1B7NA 1LJNA 2DQDY 1B9OA 4RW1A 3FE0A 2LZTA 4NGWA 5DL9A 1NBYC 5DN4A 4QY9A 1IWUA 4NGZA 1G7LC 3M3UA 2EIZC 3GXRA 1WQRA 1LZ9A 1NHEA 1QUSA 1RE2A 3HBEX 1GFVA 1JIYA 4LYBA 1B2KA 4N1CC 4NGVA 1BGIA 1GF4A 1JKBA 2ZIJA 1BVXA 5KXTA 3N9EA 4NWHA 3CSRA 2YBHA 4OOTA 1REZA 1FKQA 2HEDA 1FLQA 2BQIA 1TEWA 1IWVA 1P2CC 4LFXA 4B4EA 5FCPA 1IP5A 1D0MA 3WL2A 2BLXA 1LSDA 3RZ4A 3P68A 1GPQC 2W1MA 3P64A 4LYOA 2HTXA 4LT2A 2FYCA 5E9RA 1LMQA 3CSQA 5FDJA 3A95A 1HENA 2IHLA 2W1YA 1KIQC 1ZMYL 1HEWA 1ZVHL 2YBIA 2YBNA 1LZ5A 4NIJA 1HFXA 2Q0MX 1DI4A 5LAFA 1OUDA 2EPEA 1A2YC 1IO5A 1XFPL 4NSJA 1LHLA 1I56A 2DQJY 3A96A 1HHLA 1J1OY 1RCMA 4WL7A 1B5VA 1GEVA 5LYMA 1GFJA 4WMGA 3T36A 5KXOA 1GB3A 1OP9B 1YROA 1DXJA 2MECA 1JHLA 2W1LA 3WMKA 135LA 1BVKC 5KXLA 1KXYA 4WM4A 4LT3A 4NSHA 4CGEA 4ZFPA 1IOCA 1JUGA 2ZWBA 5LINA 1WQMA 4H8ZA 1WVUA 3AJNA 1YIKA 5FEKA 7LYZA 1NDMC 4XJIA 1VEDA 1IX0A 1JSFA 1HEMA 2MEGA 4NHTA 3W3EA 4H91A 1RJCB 1G7IC 1JWRA 2HEEA 3AGHA 4H9FA 4UWUA 4WL6A 3P4ZA 1OUIA 134LA 1QTKA 4B49A 4CJ2A 2MEAA 5FHWA 5HLLA 2FBDA 4DD2A 4G4CA 1NKHA 1OUFA 5I4WA 3AB6A 1D6QA 1LZDA 4C5FA 1B7RA 1GF7A 2IFFY 2CWIA 1JITA 1GDXA 2G4PA 5KXNA 5DLAA 4YF2A 1LZ8A 2H9KA 1UIEA 2F30A 1LHJA 1WTMA 1GF6A 1GB7A 1GXV2 1KIRC 2D4KA 4H94A 2DQFC 1IR8A 2Z2FA 3TMVA 4B4IA 1D6PA 5APCA 1JEFA 4G49A 4OWEA 1HMLA 3RW8A 3WXUA 2D91A 1LJKA 1HERA 1LSAA 4DDCA 1CJ9A 1HEPA 1WQOA 4IASA 4XN6A 1LYOA 3AZ4A 4NG1A 1IP6A 4WOAA 5L3IA 1VDPA 1Z55A 4HPEA 2BQJA 1B7MA 2BQCA 2HEFA 5B06A 1OUJA 2PC2A 3TXFA 1IVMA 1FBIX 5K7OA 2Z19A 3G3BB 2MEEA 1OQMA 4G4HA 3WULA 1GE2A 3W6EA 5LVJA 3AZ7A 3LZ2A 5KY1A 1XGRC 4DC4A 4GCDA 3W6DA 1BB7A 2Z18A 1LYYA 1LMOA 1TAYA 2I26L 4LT1A 2BQOA 5KXYA 5ILCA 3A6CY 4H9BA 3SP3A 1FLWA 2H9JA 4FJRA 1YKZX 1IC4Y 4N1EI 1UIAA 4NHPA 5I4YA 1AT6A 2BQAA 4D9ZA 1RFPA 5IELA 1GBSA 4DD1A 2ZYPA 2YDGA 1F6RA 5LVHA 2MEFA 1XGUC 1DI5A 2DQIY 3A94A 1OUCA 2XJWA 2ZIKA 4N8ZA 5L9JA 1IR7A 2H5ZA 5KXSA 2LYOA 3E3DA 2BLYA 3F6ZA 4DD7A 1NMMA 3G3AB 1EQEA 1IOSA 4XJBA 3WU8A 2ZYCA 1EQ4A 2VB1A 2DQGY 3A92A 4WLTA 4CHXA 4UWNA 1LCNA 3ULRA 1AZFA 5DM9A 1IP2A 1B7LA 1C46A 1F0WA 1GE4A 4H9EA 1I20A 1LMAA 3HBHA 3LHMA 3OK0A 4LYZA 1F10A 2CGIA 3ATOA 5B1FA 5C6JA 1YAPA 5FSTA 1T6VL 3EMSA 1GBXA 2AUBA 2F4GA 1C45A 2GV0A 4EMNA 1LMCA 1GF8A 1YAMA 5T3FA 2WARA 3ATNA 4HTKA 4P2EA 1XSFA 2ZQ3A 4TTDA 4L41A 4XADA 1NBZC 3AGGG 2F4AA 4G9SA 3A3QA 1FKVA 4GN3A 1QSWA 208LA 1UIHA 5F16A 1BWIA 1BQLY 3VWOA 4HV2A 4XJFA 4BAFA 2D6BA 5B05A 5LYTA 1CJ7A 1LJHA 1XEJA 4XJGA 4OWBA 5A3ZA 3KAMA 1C10A 2EQLA 2LYZA 2DQEY 1GFHA 4OWHA 4M4OA 1NWGA 1YL1X 4NGYA 5LVKA 1UIGA 4H9IA 5KXXA 1PZYA 4WG7A 4YENA 4ANRA 4LFPA 3TXDA 1LSEA 5KXMA 1LSCA 4ZEEA 2BQGA 4H9AA 2A7FA 3TXEA 1GE3A 3QNGA 3RT5X 4C3WA 1LHIA 4X3BA 1GBYA 1INUA 1IOTA 3EO5A 5KXKA 1V7TA 1HFYA 1GB8A 5F9XA 1WTNA 5F81A 1A4VA 1MELL 1UCOA 3HBDA 1FLYA 3A8ZA 4NWEA 1D0KA 1GBWA 1LJ4A 1TBYA 1BHZA 4HPIA 4OWAA 1GE0A 4N9RA 3AZ6A 3TXHA 3WU7A 3N9CA 1LJGA 1YL0X 2BPUA 3B0IA 3CB7A 1IR9A 1LJIA 1XEKA 2YBJA 5APFA 1NDGC 1JKAA 1GXXA 1B7OA 4NGOA 4NHIA 3RNXA 1IP1A 3LYZA 4W94A 2YSSC 1B5YA 1WQPA 1XGQC 4WM3A 4QGZA 5HNCA 3ZEKA 1CKGA 2DQHY 5HQ1A 2Z12A 4NY5A 4H9HA 2I6ZA 1REYA 1B7PA 1JTOL 3M18B 4MSTA 1HSXA 1O23A 2RSCA 1UICA 4XJDA 5E4PA 3TXBA 4PJ2C 2MEIA 1LZYA 4B1AA 1IIZA 3WUAA 1CJ8A 1T3PA 4N5RA 1IP7A 1TDYA 1LZTA 4H8XA 1JKCA 1WVVA 2NWDX 4KL7A 1BB4A 1B5XA 4RLMA 1HSWA 2BQEA 5F9UA 3WUNA 1GD6A 4I8SA 4Z41A 1GBZA 3B0KA 4H92A 3B0OA 193LA 4KPMA 1N4FA 1LAAA 1C08C 4ETDA 1HELA 1GFRA 4Z3MA 1BB5A 4YOPA 1DPXA 4WM1A 2LHMA 1CNSA 1LZBA 1VATA 3K3TA 4YM8A 3RU5A 1LZ1A 4HV1A 4PGJB 2MEBA 1JJ1A 5LA8A 4GCCA 3W6AA 1B5WA 2D4JA 4ETBA 1V7SA 2CJLA 4NGKA 5B07A 3N9AA 1XEIA 1UUZC 1JJ3A 1UIFA 2FBBA 1HEOA 3LYOA 4LT0A 5LIOA 1LJJA 4WLDA 1GAZA 1UC0A 1DI3A 2A7DA 2DBTA 2YBMA 1B5ZA 3ZVQB 2I25L 4B0DA 2HUBA 1BB6A 5C6LA 3CSZA 2Z39A 3EXDA 1IY4A 3J4GA 1FLUA 5KXWA 3TXIA 1GHLA 1QIOA 9LYZA 5II3A 1JTTL 3AZ5A 1IWWA 1HNLA 3CT1A 4TSBA 5KXRA 4DT3A 3WYHA 2Z37A 4DD9A 4PPOA 1VDQA 2BQNA 4R6CA 4TX7A 2DKVA 2MEDA 1YKYX 2ZQ4A 5KXPA 3T6UA 5A3EA 5AMYA 4J0LA 4OOOA 1NQIA 2G4NA 1LJFA 1AM7A 133LA 1H6MA 4TUNA 3AYQA 3TMXA 4LYMA 2Z2EA 1KXXA 4XJHA 5D5FA 1GB2A 5JENB 1E8LA 4O34A 4U3XB 153LA 2BQDA 1C7PA 4WO9A 1LTMA 5HMVA 5HMJA 4N0JA 4BADA 2N5ZA 4H8YA 1KXWA 1J1XY 4YEOA 1G7HC 1D9UA 4G4BA 1EQ5A 4GLAA 4PRUA 1HC0A 5APDA 4BAPA 1IWXA 1LSZA 3D3DA 3P66A 4GN5C 5DN5A 5L3HA 4OWCA 2YVBA 5LYZA 4NGJA 3WPJA 1LMNA 1LOZA 4H1PA 194LA 1CKHA 1DKKA 1YANA 3LZTA 4Z46A 1WQNA 4Z98A 2W1XA 4IATA 2B5ZA 1LZAA 3WVXA 1GDWA 4ZIXA 5LVIA 1B7SA 1LKSA 2XTHA 4IJ4A 4DD0A 4QDNA 1AT5A 2ZILA 1JPOA 4M6DA 5KJ9A 1HEQA 1W08A 4NSIA 1AKIA 5EBHA 4HP0A 3TMWA 1FN5A 5LXWA 1NF5A 1LZRA 3A67Y 1RI8B 4TWSA 1LMPA 1SLYA 3IJVA 1IP4A 4MCKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QT7A 2HU3A 1L22A 1OV5A 2B6WA 3QY4A 1CTWA 149LA 1LHKA 1GFUA 2C8PA 1LZEA 4FDYA 1C61A 1QSBA 1L36A 4XENA 3WXTA 5J7CA 3CDVA 1GBOA 1L04A 3OE0A 250LA 1L79A 1L73A 2OU8A 1GFGA 2RBRA 2FYDA 1REXA 2MEHA 1GEZA 4BS7A 1GFKA 157LA 3W6CA 2LCBA 1I1ZA 1C62A 1L59A 150LA 2ZNXY 2DQCY 3CDRA 2BQMA 4A7DA 2BQKA 5I5QA 3TXGA 3LYMA 3A6BY 1LGXA 1JJ0A 195LA 1VDSA 1L99A 1GB6A 1CVKA 1G7JC 1LSBA 6LYZA 3A34A 1HFZA 1DYGA 1SSWA 1QS9A 4GBRB 1IC5Y 4TSCA 1LGWA 1P64A 1LSNA 3TXJA 1IWTA 1L24A 4NFVA 1XGTC 3G3VA 4I7JA 2Y8PA 1L26A 1QT4A 224LA 248LA 1L91A 4GLVA 1OUAA 1YAQA 1L40A 177LA 4R0FA 1W6ZA 1DPWA 3G3WA 1GFTA 3GUNA 212LA 4EOFA 4I7LA 1DYAA 4NGIA 1HF4A 2BQFA 4CFPA 4ARPA 4ETCA 4NEBA 4I7SA 1L42A 2LYMA 3OJPA 152LA 1LYSA 1L51A 1QSAA 4I7RA 1LSFA 4RW2A 145LA 4H9CA 1GWDA 4W54A 1OUEA 1VFBC 3SB7A 154LA 3CDTA 127LA 1P56A 4W96A 2XQOA 3NY9A 209LA 4J7VA 2BAAA 2HU1A 4E3UA 1OUGA 5APEA 1BWJA 4NHQA 1IC7Y 1YKXX 1CU2A 2CUUA 4RW1A 1G7LC 3M3UA 2EIZC 1QTDA 1WQRA 185LA 1LZ9A 4N1CC 5KXTA 2YBHA 219LA 1T8FA 1QTHA 1TEWA 1IWVA 1P2CC 4B4EA 1G0QA 2BLXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MGW A;  5IDD A;  3J6K A;  1LHM A;  1LZN A;  3FI7 A;  1GB9 A;  2HU3 A;  1UBZ A;  1LSM A;  4WM2 A;  1HMK A;  3QY4 A;  3A91 A;  1PS5 A;  4GCB A;  1LHK A;  1WQQ A;  1DKJ A;  2G4Q A;  1GFU A;  4WLX A;  1CKD A;  2XBS A;  2C8P A;  1LZE A;  4FDY A;  4XEN A;  2C8O A;  3A93 A;  1VAU A;  3AW7 A;  2HEC A;  1CJ6 A;  3WXT A;  1BB3 A;  1VDT A;  5J7C A;  1SQ2 L;  4PHI A;  1GBO A;  1IOR A;  5KXZ A;  4WM5 A;  4HTN A;  3W6F A;  1GFG A;  2FYD A;  1REX A;  5LAG A;  4RDS A;  1JTP L;  2MEH A;  3B6L A;  1GEZ A;  4GCE A;  4KXI A;  4BS7 A;  2HEA A;  2XBR A;  4ETA A;  1GFK A;  3LYT A;  2EKS C;  132L A;  4GN4 A;  4ML7 A;  3HFM Y;  1I1Z A;  3W6C A;  1D0L A;  1IEE A;  5F14 A;  1QTE A;  1QDT A;  6LYT A;  1CKF A;  5M1Y A;  2DQA A;  3EBA B;  2ZNX Y;  2DQC Y;  2BQM A;  3B72 A;  1ZVY B;  2CDS A;  4A7D A;  1GAY A;  2BQK A;  3LN2 A;  5I5Q A;  3TXG A;  3LYM A;  3ZVQ A;  4DDB A;  3A6B Y;  4NGL A;  1GF9 A;  1GFA A;  4NG8 A;  2X0A A;  4NSG A;  2HEB A;  4LZT A;  1JJ0 A;  4HTQ A;  3A90 A;  1ALC A;  1VDS A;  207L A;  3TMU A;  1LZG A; 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 1B5Z A;  3ZVQ B;  2I25 L;  4B0D A;  2HUB A;  1BB6 A;  5C6L A;  3CSZ A;  2Z39 A;  3EXD A;  1IY4 A;  3J4G A;  1FLU A;  5KXW A;  3TXI A;  1GHL A;  1QIO A;  9LYZ A;  5II3 A;  1JTT L;  3AZ5 A;  1IWW A;  1HNL A;  3CT1 A;  4TSB A;  5KXR A;  4DT3 A;  3WYH A;  2Z37 A;  4DD9 A;  4PPO A;  1VDQ A;  2BQN A;  4R6C A;  4TX7 A;  2DKV A;  2MED A;  1YKY X;  2ZQ4 A;  5KXP A;  3T6U A;  5A3E A;  5AMY A;  4J0L A;  4OOO A;  1NQI A;  2G4N A;  1LJF A;  1AM7 A;  133L A;  1H6M A;  4TUN A;  3AYQ A;  3TMX A;  4LYM A;  2Z2E A;  1KXX A;  4XJH A;  5D5F A;  1GB2 A;  5JEN B;  1E8L A;  4O34 A;  4U3X B;  153L A;  2BQD A;  1C7P A;  4WO9 A;  1LTM A;  5HMV A;  5HMJ A;  4N0J A;  4BAD A;  2N5Z A;  4H8Y A;  1KXW A;  1J1X Y;  4YEO A;  1G7H C;  1D9U A;  4G4B A;  1EQ5 A;  4GLA A;  4PRU A;  1HC0 A;  5APD A;  4BAP A;  1IWX A;  1LSZ A;  3D3D A;  3P66 A;  4GN5 C;  5DN5 A;  5L3H A;  4OWC A;  2YVB A;  5LYZ A;  4NGJ A;  3WPJ A;  1LMN A;  1LOZ A;  4H1P A;  194L A;  1CKH A;  1DKK A;  1YAN A;  3LZT A;  4Z46 A;  1WQN A;  4Z98 A;  2W1X A;  4IAT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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