1B0HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-napthylalanyl-lysine
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 192
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b0hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b0hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b0hA02
4EQ7A 1QW0A 4N6PA 3KN8A 2VP1A 5AA4B 4G2ZA 2V84A 2O51A 2NXOA 5B7DA 4JDFA 2DYXA 1US5A 2V3UA 3SEUA 1SD3A 2RC7A 4R2FA 4ZEFA 4H65A 3V89B 2ZNSA 3QYTA 3FATA 2P2AA 1PB7A 3C33A 3TTKA 2CMOA 1LGBC 1BP5A 1N0TA 3MQ9A 3KOSA 4DDDA 3PPQA 4G68C 2ZYKA 1M5BA 1H45A 5CBSA 4YZZA 1RKMA 1MXZA 1MXXA 2DE2A 1H3DA 1SYHA 3U1OA 5AA2B 1DSNA 4NF5A 4XKPA 1UTBB 3TODA 2ONSA 5EYFA 4MLVA 2QMWA 4N13A 1FTKA 4BDMA 1IXHA 3IOUA 3EQ1A 4E0WA 1QULA 3IOWA 1MM6A 1SW4A 1FQDA 1FTJA 5L9OA 2WKYA 3M3KA 3TCFA 4RJZA 3SETA 5KDTA 2H99A 3O6HA 1YTVA 3WAFA 1Z7NE 5I2KA 4QFKA 2G29A 1A54A 1HSEA 1H44A 2Y7WA 2I49A 5H8HB 3USDA 1N3WA 2GRVA 4H6DA 3H6TA 1I6BA 2GHBA 3TCGA 1EZ9A 1Y1ZA 4KYDA 3T96B 4F18A 4IO6A 4I1DA 4ESXA 3OO6A 4Q0CA 4DLDA 2H25A 1J1NA 1IEJA 3FJGA 5TP9B 4FE8A 2ABHA 3RTWB 1Y1MA 4PQJA 4QHQA 2F78A 1B3HA 3LVUA 3SDFA 3OOAA 5I56A 3JV9A 3PMVA 4PETA 2VD2A 1N76A 4IO7A 4R6KA 3THIA 1QJMA 1TFAA 2IEEA 3SERA 1QKAA 3BBRA 1LAXA 3DRGA 2XXIA 4HW8A 2D5WA 2VGQA 1B0LA 4OTEA 1B5JA 5ITOA 1LBCA 4U21A 4GWOA 4Q8RA 2GHAA 3N26A 3VLWA 2Z8DA 4U1ZA 1EZPA 3PUYE 5J1DA 3FUZA 2B3FA 3RYBA 1NNPA 1MQIA 4KCDA 4ZE9A 1LSTA 1ZKBA 3FV1A 1SQYA 3EHUA 2ANJA 3R7XA 1FTOA 2Q89A 4IO4A 2E0SA 2THIA 1IXGA 2XX8A 1IXCA 1MY2A 2QS4A 4U4XA 1OQHA 1JQFA 1LAGE 4C1TA 2D3IA 4POXA 3TAJA 3T9XB 5AA1A 3PPPA 5JTYA 3H6VA 3T93B 1VFEA 3OO8A 3L6GA 1MXUA 1KWHA 3FZVA 5CMKA 4ECFA 5TU0A 4FORA 4BDLA 5H8FB 2DXRA 1MPCA 4OEUA 3K1PA 3CIJA 3K6WA 2I4CA 4FJPA 3OXNA 1JNFA 4F39A 3KN3A 3DRFA 3OELA 1SVXB 3FXQA 3T9VA 4KHZE 3EF7A 3SESA 1B32A 3N5LA 2RKMA 3Q25A 1ZTYA 4OFJA 2ZYOA 3K01A 3O66A 5KDTB 4KCCA 5F1QA 3U92A 4DZ1A 1GVCA 4F2OA 1SYIA 4LZ7A 5I2KB 1ATGA 2NVUB 3U8QA 2XXYA 1AIVA 1ZJLA 4BLAA 1MPBA 4PFWA 3H7MA 4Q5TA 3T9UA 3H03A 4TQUQ 1ZIUA 2ZMBA 1EU8A 1POY1 3T22A 1P1OA 1CE2A 1A99A 3FVOA 3H6WA 4XKRA 3DRIA 2O1LA 3JYRA 4MBPA 4G68A 1TXFA 3LBSA 1DTZA 2ALUA 3FASA 5I56B 3UGWA 4AB5A 4HTGA 2HCAA 2F6PA 4FATA 1B7UA 3T66A 3K0VA 4G77A 2ESNA 1R9QA 1L5TA 3QXMA 4F3BA 2Y7KA 5DVFA 4WEPA 4GL0A 1UIVA 2Q2CA 4YMBA 1B3EA 2BJJX 4H0WA 1O7TA 1S50A 5ITPA 4GD5A 1PC3A 1MM7A 2F36A 3ODBA 4ZEKA 5L9SA 2DVCA 4H67A 2Z8FA 3PD8A 1RYOA 1B7ZA 3RYAA 2UVJA 2DE4A 1MY3A 1SI0A 3RTFB 1USYE 1R6ZA 1ZBMA 3G3IA 4H8JA 1QUKA 3OD7A 4LA9A 4E0XA 2FA7A 3OEKA 2OZZA 3CFLA 5AA2D 5JTYB 1IXIA 2Y7PA 1XC1A 3FVKA 3TTMA 2Z8EA 1LFGA 5H8QA 3DRKA 4GVOA 3QUFA 3IR1A 1DTGA 2DXYA 5I59A 2O7IA 5FHOA 1OIBA 2I6EA 2OWTA 4ELQA 2PVUA 1YCJA 2F7BA 4RYAA 1PDAA 4M4GA 4OWDA 2REGA 4GXAA 2A5SA 5I57B 2Q88A 4ZECA 2HXWA 1QUIA 4JSOA 1LFHA 1SW2A 1MQDA 2PT2A 2RF1A 3LUYA 4LONB 3BFUA 1OVTA 3MP1A 3OSRA 4ZEBA 1FTMA 3B6QA 1B0HA 2WOPA 2X7PA 1QVSA 4F22A 4JXIA 1PBPA 3KOTA 3R6UA 1MXYA 5H8NA 4YAHX 3MWBA 1SBPA 1N3XA 1VR5A 1IUDA 4ONYA 1FQAA 2I0BA 1MDQA 2O1MA 4YMAA 4DIGA 3QUJA 1DOTA 1BKAA 1NNFA 4ND9A 2QJEA 4F1YA 4R6YA 1P1QA 2AYSA 4H5FA 3MC2A 4R9GA 3G3GA 3HHFA 1Q1KA 3HPIA 3BKIB 3V5AA 3VVEA 3TZAA 4G68B 4I8CA 1B6HA 1VFDA 3TTRA 3MZBA 1MY1A 4OVJA 1PBQA 2ZYMA 4YB5A 4O3AA 2P0SA 3MVXA 3G3HA 1MDP1 1SW5A 4C0RA 1UIUA 3TDJA 2UYFA 1EZOA 1IZ1A 5H8SA 4KQPA 1B3GA 4DXUA 5ELVA 4NWDA 2UVHA 1MG1A 1YPNA 5FHNA 4THIA 4YKJA 4NWCA 1GV8A 3LSWA 3TKDA 4F3GA 1B9JA 2Y7IA 1SW1A 3K1MA 3FV2A 3IO6A 5ICQA 3DP8A 2V25A 2XD2A 1A7LA 3IB2A 5A5XA 5I58A 3MP8A 3S9LC 5KCJA 3ZSFA 3ZKKA 1ANFA 1MQGA 1EH3A 3K4UA 3EN3A 4IY5A 4H1XA 3FVNA 4NF8A 3TQLA 2I3WA 1B7HA 2Y7RA 3O2AA 5CMBA 3VDFA 5H8QB 4MFIA 4GXSB 4LP2B 3MBPA 1S7YA 2XXHA 4U2RA 1N04A 5DEXB 5I59B 1JEUA 2HAVA 4QFOA 5KZTA 3IJXB 1QUJA 3O97A 4L17A 4EF2A 4GLIA 4KR5A 3U72A 1P1UA 2PX1A 4EQ9A 3EHSA 3CSBA 3F11A 3VLVA 3IL1B 4OMBA 5F7VA 1PEBA 3OEMA 3K6UA 4KPTA 3MVYA 5HM4B 5H8NB 2REJA 3KG2A 4GRKA 3IJOB 2VD3A 3ONMA 2F6GA 3EPEA 3UA8A 3KN7A 3OO9A 2B3BA 4RA1A 4IO5A 2OCUA 3HO7A 3CFXA 2Y84A 4F1VA 2O6AA 4QF9A 5LOMA 2UXAA 3I6VA 2FYIA 4DXBA 3DRHA 1ZLQA 1JW4A 3TTLA 4GL8A 4JWXA 3E13X 3N6TA 3PPRA 4ELPA 3GZGA 4YB6A 3RN8A 1D3KA 1MY0A 1JW1A 2B4MA 2RCBA 3IOVA 1SDXA 3CG3A 3M3LA 3S9NC 3TYHA 3A3CA 2XX7A 2F8DA 5CM6A 2OJTA 5DT6A 3C34A 1PB8A 3PUXE 5K2XA 3UIFA 4NTLA 3KSJA 1MPDA 3RNNA 3TTNA 2B65A 2R71A 1MY4A 3GBBA 3RUMA 3FXUA 1NH7A 4NF5B 2QS3A 1MH3A 2ONRA 3S4UA 4NMYA 4QRZA 2IA4A 2FNCA 4XKQA 1US4A 3VVDA 2HZKA 4ZDMA 2H4IA 5HBCA 5K2YA 1LLSA 4X9TA 2ONKE 5A5XB 4DCXA 2XXQA 5I58B 4GOTA 2ZXTA 2I48A 5KCJB 4R72A 4RPOA 4RPNA 1A55A 2X7QA 1NH8A 3A09A 3M8UA 2O68A 4NF8B 4QFLA 3RPWA 4FAJA 3IORA 1FQEA 3GLBA 3EHTA 1Y9UA 4KYEA 3TMGA 3MAMA 1FQFA 4PFYA 4YKKA 5IKBA 3QIMA 3IB1A 1IQ7A 2D21A 4F3SA 3G3KA 1B3LA 3BFTA 1O64A 3ECRA 4BDOA 5BWJA 3I3VA 1N84A 2P1SA 1JEVA 4EQBA 3RQTA 1N7WA 2O7UA 3PPOA 1F9BA 5B70A 4IB2A 2QMXA 4RNSA 1Q35A 3V83A 3HCQA 5CBRA 2DWAA 1N7XA 1A8FA 4R73A 4HCWA 1JVYA 4I62A 3FJ7A 4IGTA 1MXVA 1NNTA 3C32A 4MLQA 4FIMA 3PPNA 3KJ7A 3PUWE 4GFRA 5L8DA 3GXAA 2ZNUA 1T0KA 1UTHA 1I6AA 2YLNA 3RT6B 3UP9A 3FTOA 1TFDA 4Z7EA 4X1BA 3E3KA 2F97A 3K02A 3K6XA 3O29A 3CVGA 3H4ZA 2QS2A 2NUVA 2X26A 3OO7A 1B40A 4NF4A 3O6GA 3C4MA 4GIZA 3H6UA 3KZGA 4G8HA 1IIWA 5DTBA 1GR2A 2KLFA 1WVJA 3E4RA 4R6HA 4EF1A 4EXKA 3G7WA 4F31B 1R1NA 3VFJA 3A3UA 2V93A 4FEBA 2DWHA 3CR9A 3PMWA 1AOVA 1DPPA 2Q9TA 3FD3A 1NKXA 1LB8A 2DOJA 3G3FA 3RT8A 4YU0A 4ZEDA 1D9VA 2G93A 3TELA 1AL3A 1LFIA 1LAHE 3W15C 1YAEA 4KYSA 1DPEA 4ISUA 1FCKA 2RINA 4JB7A 4MH5A 2XHDA 4C1UA 3FXRA 1M5EA 1OQGA 3FGSA 5CRYA 3HN0A 4F1UA 1LB9A 1HSLA 2XXPA 3K1NA 1XT8A 4RK9A 4U22A 5ICTA 1GTKA 3O28A 1LAFE 2DSFA 1D4NA 3Q26A 2M8CA 2PMSA 1QKBA 1S9TA 4NEDA 4YB7A 4TOZA 4H8IA 2XXTA 4YICA 1M5FA 2A5TA 1FQCA 3TFLA 3PGFA 2HEUA 2XXWA 4PFTA 4JWOA 3UK4A 2GH9A 4JSDA 5JK4A 4PFUA 3MW0A 1LBBA 5ISUA 4OHNA 4ZZAA 4NF6A 1Y20A 3DLNA 4G8NA 3TPAA 5JEIA 2PT1A 4KI0E 1BTJA 3KGCA 3C36A 3VXCA 4XKNA 2F7AA 2XD3A 1NFTA 4PE5B 1B46A 1ELJA 1POTA 4OESA 3MZ9A 4LATA 1I6QA 2OBGA 5H8FA 4O3CA 1BLFA 1UTHB 2V3TA 3MUQA 3R26A 2LAOA 2VOZA 5AA3A 3UORA 4FEDA 2OK2A 1HSJA 1CB6A 4PP0A 5I2NA 3LSXA 4ELOA 3QAXA 4LUBA 4ESWA 1H76A 3IAZA 1FQBA 1LCFA 1URGA 2Q8JA 4NF4B 2WOLA 4DE8A 4U4SA 5CC2A 4ZEIA 1NMUA 1B2HA 1XVXA 1A40A 3O6PA 2ZNTA 3CSGA 4YKPA 2F34A 3WAEA 4JWYA 3B6WA 4BDQA 3PD9A 3KFMA 2DS9A 3DP4A 4AQ4A 2RCAA 3C9HA 4IGRA 1LCTA 3C31A 4OFLA 4ZE8A 5I84A 2Z23A 3PU5A 4LQ2A 4UACA 2I3VA 3QSLA 1B05A 2RC9A 4LQ5A 1P99A 5CMMA 3H06B 3SKPA 2DP8A 3MVWA 1B51A 3OENA 1URSA 3ZS6A 3TCHA 1B3FA 4HS7A 4YKIA 3Q29A 4BDNA 3QK6A 4OEVA 1Y3QA 4F29A 2Q2AA 4TLLB 3LSLA 3P7IA 1VE4A 3ILUB 3G3JA 3D4CA 4P0GA 4WEDA 1Y4CA 3MJNA 4WKMA 1OLCA 2F5XA 3E9XA 2PYYA 4UA8A 3CRBA 4EXLA 5TPAA 4FECA 3AXFA 2DVZA 3U94A 2HFBA 2AL5A 3LC8A 1NNKA 2UVGA 1B5IA 3IO4A 3ZKLA 4OXVA 1R9LA 1Y3PA 2XXXA 1VSOA 3CFZA 3D4GA 1MQHA 5DVJA 3VLUA 5EHSA 1B1XA 2A5TB 2NWJA 1B58A 4QFNA 1Y3NA 3SEWA 4KD5A 2F7CA 2UVIA 3UN6A 1TWYA 2QRYA 1B52A 2YJPA 4NF6B 4M1VA 3VV5A 5IAIA 4LZ5A 3VE1B 4DXCA 1XHYA 4RY1A 4BDRA 3S9MC 4R74A 1OMPA 2NOOA 2W7YA 3HHGA 3N94A 2O69A 3K00A 1B4ZA 2QSXA 1H43A 2OLBA 1A8EA 4OYVA 4Z0IA 3CHGA 3Q28A 1XOCA 4LZ8A 2RC8A 4AB6A 4ZS9A 3KEIA 2DQVA 2YPNA 5CI5A 1GGGA 5I57A 5I2NB 4ELRA 2B4LA 2XX9A 1OVBA 3N6UA 3B7DA 1ZMGA 3K2DA 3K6VA 5FTIA 4POWA 3KBRA 2H5YA 3PUVE 3IX1A 1M5DA 1D9YA 3O6IA 2XXVA 1JVXA 4GF8A 4G8MA 1B4HA 3H3GA 3IOTA 2DWIA 4TLMB 3HV1A 1USYH 4OFOA 4X1DA 3U93A 3FVGA 3W9VA 3VXBA 4GQOA 1PB9A 3OSQA 4WXJA 2OWSA 1XS5A 2H9BA 2PBWA 3RY3A 1DMBA 2I0CA 3MPKA 1JETA 3TQWA 2R9JA 2R6GE 4OENA 4IY6A 1M5CA 1WODA 1ZU0A 1UQWA 4IO2A 5DYHA 3PAMA 1MQJA 1IITA 3T9HB 1P1WA 5AA4A 1AMFA 3I5OA 2E1SA 3M3FA 2AL4A 2DE3A 4QSEA 2O84X 1O63A 2QPQA 5FTHA 3MVZA 3JZJA 3HSTA 4R75A 4N07A 4JBZA 1Y4TA 3VVFA 3IB0A 2HZLA 3LR1A 4RXLA 4QSDA 1I69A 5AA2A 3FJMA 1TT1A 5TPAB 3KJTA 3FIRA 4QFPA 3GBAA 4XIGQ 1WDNA 1UTBA 2Z22A 4X48A 2QS1A 5DVIA 3CI8A 3OMBA 1MS7A 4F19A 4OQOA 4EUOA 2UYEA 2H98A 4U23A 3PV0E 4XTCQ 3LSFB 1B1HA 4HCYA 3SEYA 4IO3A 1NL5A 3PUZE 3V8XB 5FHMA 1MH4A 4P11A 1B5HA 4QSCA 3IK6B 4OERA 4U1OA 3S9EA 5H8HA 1URDA 3SEXA 3DELB 5M2VA 3DP6A 1P1NA 4K3FA 3RLFE 2AIXA 3CG1A 4LVQA 1JW5A 2VHAA 3B6TA 2F35A 3TUSA 2CZLA 5EHMA 4RK2A 4O3BA 5DEXA 4F2QA 2HQ0A 5L9MA 3MZ1A 5TP9A 4OZ9A 4I9DA 4XXUA 3TEPA 1FW0A 2QL3A 4F3PA 1XVYA 3PMXA 2I4BA 4KFQA 1MXWA 2XXUA 4P0IA 4Q30B 4EDPA 2I58A 2WOKA 3DM0A 4OETA 1RYXA 2DWJA 5BUUA 1MRPA 2GFEA 2XXRA 4MF3A 5HPQA 3SEVA 3ILTB 5CMCA 3MPLA 4DCYA 3DRJA 3W9WA 1SI1A 2V3QA 1BIYA 1AH5A 3L6HA 3S2VA 3RGYA 4R2BA 1OLAA 4G4PA 2ZYNA 4NE4A 1II5A 4ZZEA 2HAUA 4H5GA 3KSXA 3O9PA 5AE4A 3C35A 3MP6A 4R9FA 1FTLA 3Q27A 1Z7ME
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PFIA 1QW0A 4N6PA 4EQ7A 3KN8A 2VP1A 1NUZA 5AA4B 4G2ZA 2V84A 2O51A 2NXOA 5B7DA 4JDFA 2DYXA 1US5A 2V3UA 3SEUA 1SD3A 2RC7A 4R2FA 4ZEFA 4H65A 1LBXA 3V89B 2ZNSA 3QYTA 4P1LA 3FATA 2P2AA 1PB7A 3C33A 3TTKA 2CMOA 1LGBC 4GWYA 1BP5A 1N0TA 3MQ9A 3KOSA 4DDDA 3PPQA 4G68C 2ZYKA 2P3VA 1M5BA 1H45A 5CBSA 4YZZA 1RKMA 4MEVA 1MXZA 1MXXA 2DE2A 1H3DA 1SYHA 3U1OA 1FBPA 5AA2B 1DSNA 4NF5A 4O7MA 4XKPA 1UTBB 3TODA 2HPGA 2ONSA 5EYFA 2QVUA 3B50A 4MLVA 2QMWA 4N13A 1FTKA 4MNCA 4BDMA 1IXHA 3IOUA 3D1RA 3EQ1A 4E0WA 1QULA 3IOWA 1MM6A 1SW4A 1FQDA 1FTJA 5L9OA 2WKYA 3M3KA 3TCFA 4RJZA 3SETA 5KDTA 2H99A 3O6HA 1YTVA 3WAFA 1Z7NE 5I2KA 4QFKA 2G29A 2FIEA 1A54A 4MMPA 1HSEA 1H44A 2Y7WA 2I49A 5H8HB 3USDA 1N3WA 2GRVA 4H6DA 3H6TA 1NV7A 1I6BA 2GHBA 1IMCA 3TCGA 1EZ9A 1Y1ZA 4HE0A 2XWKA 4KYDA 3T96B 4F18A 4IO6A 4I1DA 4ESXA 4XFEA 3OO6A 4Q0CA 4DLDA 2H25A 1J1NA 1IEJA 4GBWA 3RPLB 3FJGA 5TP9B 5EYHA 4FE8A 1NV2A 2ABHA 3RTWB 1Y1MA 4NGUA 4PQJA 4QHQA 2F78A 4H46A 1B3HA 3LVUA 3SDFA 3OOAA 5I56A 3JV9A 2V4CA 3PMVA 4PETA 2VD2A 1N76A 4IO7A 4R6KA 3THIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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