1B11A

Structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with tl-3-093
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
VGTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEIN (Feline Immunodeficiency Virus PROTEASE)
publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
total genus 28
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b11A00
2O4NA 2AVOA 2PSUA 5P3XA 3T11A 4K8SA 1SIPA 2ER6E 1IZEA 5P51A 1NPAA 2I4WA 3L38A 3H0BA 3LIXA 1RL8A 3SACA 3S43A 3ZPTA 1FIVA 5P04A 5P4BA 1HVRA 2AZBA 5P5MA 3VYDA 1BWBA 1MRWA 1N49A 1TCXA 3PCWA 4DJXA 5P1RA 1Z1RA 5P2EA 1BWAA 1FMBA 5P5RA 3QPJA 5P6ZA 4ER4E 2RSPA 4GB2A 4RYCA 1W6HA 3APPA 1D4LA 1PSOE 3FNSA 4Y5BA 4Y48A 5AHCA 3OUDA 5HU0A 5P76A 3ZPUA 5P24A 5P61A 1HIVA 4OD9B 3EM4A 5P6CA 4D89A 5OZNA 3NSHA 4KB9A 3L5EA 3RSVA 3HZCA 1LF2A 2HPFA 3WSJA 5OZGA 4OD9A 1D4YA 3CMSA 5OZXA 3EL9A 5P5FA 4Y5CA 3O9AA 4I11A 5P4AA 4Y5GA 4L7GA 2I4VA 3NDXA 4FM7A 3EL4A 1EPLE 1FMUA 1TZSA 3MSLA 4YOBA 5P22A 5P72A 3O9FA 3SA6A 4Y3EA 3IN4A 4ACXA 3KT5A 4F75A 2QI0A 1BXOA 4IVSA 1K2BA 1QBSA 2ZHVA 5P0UA 5P8OA 4DQGA 4Z22A 4Q1YA 3FX5A 3KMYA 1VIKA 4AUCA 1FMXA 4J1FA 3BGBA 3B7VA 3OXCA 4YA8A 4Y9WA 2OHKA 2OHTA 4JOOA 5KAOA 2ZHRA 5DQ2A 4A6CA 1XE6A 3O9BA 5P0TA 2FGUA 3UTLA 4NJSA 4Y58A 5P0XA 3PLLA 3Q5HA 5P6DA 5P60A 3TNEA 5OZ3A 5BS4A 3OY4A 1LF4A 3OQDA 4Y43A 5JG1A 3R0WA 2RENA 5T4SA 3ZKSA 2V0ZC 4WY6A 3QROA 4H3JA 1EC0A 4EXGA 5P5NA 1KJ4A 2HIZA 5P6KA 5P6LA 4OC6B 1XE5A 5AH7A 2WEAA 2I1AA 3S2OA 2G27A 1OEWA 4DQBA 5SY2A 3IVHA 4OC6A 4Y39A 1VIJA 4DJRA 3GW5A 1ODWA 5P35A 3L59A 3ER5E 4I0HA 2PQZA 5P26A 1BDQA 1HVJA 4Y4DA 4OBFA 3MWSA 3SPKA 3TKGA 4ZSQA 3SABA 1MSMA 5KR0A 1DIFA 4Y3PA 5P8KA 5HTZA 2PC0A 1MESA 4Y56A 5P05A 3VF3A 3VFAA 4APEA 5P20A 3MSJA 3DV5A 1CZIE 1G6LA 3O9LB 1B6LA 5DGUA 1FFIC 2VJ9A 3I6OA 5P5IA 1U8GA 1G35A 1ME6A 5P5QA 4DQEA 5IE1A 4NKKA 3KM4A 4EJKA 5P8AA 2JJIA 4PHVA 2HB2A 3QIHA 2G1SA 4DPIA 3EKQA 1HVSA 4I12A 2NR6A 5P44A 1APUE 5P66A 5P7PA 3SKGA 2ZJKA 4BFBA 4DJPA 4FAEA 3BGCA 3DCKA 5AHAA 2FXEA 2PH8A 1CMSA 4GJDA 4B77A 4GIDA 2QCIA 1LZQA 3SQFA 5P40A 2PWCA 5OYUA 3DM6A 5OZYA 1MT9A 5P4KA 5P06A 3INHA 2NXMA 1MRXA 4FS4A 3MXEA 5P3WA 3KT2A 5P8MA 3URJA 5P8NA 5P3KA 5KR1A 3OTYA 5HDZA 4FAFA 1IVQA 1Z1HA 5P25A 3RTHA 5KOSA 3G6ZA 2OHPA 1WBKA 1M43A 4U7VA 3N4LA 2PSVA 2R8NA 4TRWA 3PM4A 4DJQA 5P03A 3KFRA 1OD1A 3UQWA 5CONA 1QBRA 2QD6A 3OOTA 1B6KA 5P5PA 2BKTA 1EBZA 5P0KA 3OADB 5P14A 1HWRA 5OZZA 2AIDA 1ODYA 5AH6A 5BWYA 4HVPA 4YD7A 1DW6C 2ANLA 1WKRA 2I4UA 1TSUA 2OHNA 4YE3A 1B5FA 4YDGA 4LXMA 3IA9A 5P1MA 2FNSA 4J1HA 1BDLA 5OZ8A 5P1SA 5I3YA 2Q15A 3PEPA 4FRIA 4NJTA 1HXBA 1RNEA 3L5BA 3LNKA 5P10A 3K5DA 3O9GA 5P7IA 4HA5A 4N00A 1B6JA 5P3IA 3URIA 3FSMA 4YD5A 5FIVA 2CEMA 4Y5EA 1TSQA 5P0GA 3TLHA 5OYRA 1PPLE 4R93A 1M0BA 5P0EA 1T7KA 3OAGB 2ZGAA 3LHGA 4PEPA 5P79A 2ZDZA 5P50A 3TOGA 4J0ZA 2R38A 3CKPA 4TRZA 4J0VA 4EQ0A 4Y4WA 3PBZA 4QJ7A 5P2CA 4Y4TA 1ZPKA 1ODXA 4PPHA 5P4JA 3FKTA 4DI2A 5P1KA 4Y4AA 3TL9A 4RCDA 3NXEA 1SIVA 2ZHTA 5P1BA 4GJCA 1D4KA 3CYXA 3LPKA 3LZSA 5P52A 3OXXA 5P4FA 4R92A 5P7XA 3HAWA 2IL2A 5P18A 1Q9PA 2APRA 3IGBA 5P6RA 4ZPFA 5SY3A 5AH9A 1XDHA 1DMPA 5P5SA 2CENA 3INEA 1UH9A 1BVEA 3MXDA 3GGUA 1IIQA 4RVXA 5P59A 5P7UA 4FLGA 5P47A 5P4NA 2V13A 4XX4A 4EP3A 5ENKA 4RVIA 1D4IA 5P1LA 4Y3XA 5P5TA 5P8QA 5HVPA 5P1JA 5P2MA 2WEBA 5HU1A 4EQJA 4OBGA 3EC0A 1AXAA 2I0AA 3CIDA 3DK1A 1SH9A 4YD3A 7HVPA 2AOHA 4K4PA 5P6MA 1SBGA 2IKOA 2AVSA 2Z54A 1T7IA 1EPPE 5P0PA 4Q1NA 4GJAA 4QJAA 5P39A 3EL0A 5ENMA 5P1GA 4Y3MA 5I70A 5OYYA 5P3HA 3LZVA 1MSNA 4I0EA 5AGZA 5P6OA 5P6VA 3HVGA 4GJ9A 1EC2A 5EZXA 2Q63A 3N3IA 1TQFA 2G22A 3WZ6A 3KFSA 5P2OA 3UQXA 3PJ6A 2ZE1A 4Y5LA 1LYAB 3VV8A 3UQRA 2OHUA 1ZBGA 3CKRA 5P6PA 1NPWA 5AHBA 2I0DA 3BC4A 2XFJA 2P3BB 3BUHA 5P3RA 4Y44A 3CKTA 5P80A 3LINA 3SA9A 3ZKGA 5P7LA 5P8CA 4YBFA 2VJ7A 4HZTA 1BDRA 3PVKA 5P82A 4Y3LA 4EJLA 2B8LA 1HVCA 2Q54A 1K2CA 1MIQA 1KZKA 2Q5KA 3PB5A 3NDWA 4Y3ZA 4LL3A 2AVMA 1XN3A 1LV1A 5P4IA 3PWMA 5P5BA 5P1XA 4YCTA 5P73A 5P3OA 4Y3DA 1SDTA 1W5VA 5P5CA 5P8PA 5ER1E 5P8BA 5OZOA 3DV1A 2ZJNA 2QK5A 1RQ9A 3PI5A 1K1UA 4EXHA 3ZOVA 2QD7A 3U7SA 3HW1A 2ZJJA 1SP5A 5OYSA 1ER8E 2R43A 4HEGA 4Y45A 5P17A 5P2SA 5P2RA 1MT8A 1T6EX 5OZQA 5P0BA 2OHSA 2WECA 3QRSA 5P7TA 3KDBA 5COKA 4LBTA 5P1OA 3UQUA 2QU2A 2Q11A 4L1AA 3S43B 3NXNA 1BV7A 5P4MA 3CICA 1LYBA 5P0YA 2ER0E 4LP9A 4M8XA 1D4HA 2FGVA 4Y3SA 5OYZA 3JW2A 4Y5PA 1HOSA 1FF0C 5P3CA 1E80E 4CPTA 3OUDB 4Q5MA 5OZ2A 1GNNA 3I7EA 1E81E 4FM6A 2I4QA 4I0GA 3OGQA 4TVGA 5P8DA 4LXKA 3O9DA 4AA8A 3BXRA 2JJJA 5P6YA 2ZJMA 3UHLA 5P4DA 4Y3FA 1TCWA 2FMBA 2IGXA 8HVPA 1HVIA 2R3WA 1MERA 4J17A 3K5FA 2QAKA 5OZ9A 5P0NA 5P07A 2VIYA 4U7QA 4KUPA 1W5XA 3ST5A 4OBZB 4J0TA 2IQGA 4YBIA 2P83A 3EKTA 3IXOA 2OF0A 5P6TA 4J1KA 4I1CA 4EPJA 4OBZA 5P4VA 4ZIPA 4CPUA 1IZIA 4JPCA 4APRE 2PH6A 3PI0A 5IVRA 4H3GA 1HSHA 5P86A 3KN0A 3NUJA 5P4PA 4EYRA 2OHRA 3IXJA 5P29A 5P8EA 5P2VA 1SGZA 2AZCA 4Y4XA 3PSYA 2VIEA 5P1ZA 3OUAA 4OBJA 3T3CA 4M8YA 1FG6C 3T7QA 4OBKA 2R5PA 5DQ4A 2BPZA 1C6YA 3LIQA 5P4ZA 5OZIA 1FQ7A 3ZKQA 1XL5A 1TW7A 3EKWA 1B11A 5P58A 5P3YA 2BJUA 3LITA 4QJ2A 4ZSMA 5KQFA 5P7HA 3ZL7A 2QZLA 1RV7A 1GVUA 3K1WA 7UPJA 3UDPA 3EL1A 5P63A 5P7JA 2XFIA 2F3EA 4Y4GA 1A8KA 2PYNA 2V11C 3SAAA 2FDPA 3S8IA 2QI7A 3PMUA 5AH8A 3KYRA 5P8UA 3OU1A 2V16C 1A9MA 3HAUA 4DVFA 1MTBA 2WHHA 3Q6YA 3L58A 4RYGA 5P0IA 5P88A 4TVHA 4RCEA 4RZ1A 3K4VC 2P3AA 3EMYA 2VA5A 1HSGA 2XYFA 2FDDA 2VIZA 3I25A 5P5YA 5P1YA 3ZPSA 1G2KA 3SFCA 4H3FA 1DAZC 2JXRA 4LC7A 1QDMA 4D8CA 3EL5A 1A94A 3TOFA 5P5HA 4PZWA 2B7FA 3IXKA 5DR1A 2BKSA 4J54A 5P2AA 5P5JA 4F73A 2PSGA 5P43A 3OU4B 4AA9A 1F34A 4D85A 2AOJA 5P6SA 1HRNA 2HB4A 2WKZA 4RRNA 5F00A 1FEJC 9HVPA 5P2HA 3OU4A 2HC0A 3TH9A 4ZLSA 4HDBA 2QHCA 5P3AA 5B18A 5C9FA 4H3IA 4Y4BA 5OZMA 5P6QA 5P89A 3K5CA 5P5DA 4L7HA 4HDPA 1GVVA 5P6NA 2ZHUA 2QMPA 3D3TA 5C9DA 5P1PA 1EBKC 5P0DA 3PWWA 3T6IA 2G1YA 4Y41A 2PWRA 5DR4A 1YM2A 5P3TA 5P2DA 5P6WA 4Y4UA 2B60A 5P1WA 3SLZA 2RMPA 4Y3WA 5P7YA 2QMFA 2FLEA 1PROA 5P85A 3S54A 3TPRA 5P56A 3K5GA 1BV9A 5PEPA 4Y4EA 2P3CA 2FXDA 5P4TA 2O4KA 1HVKA 5HD0A 1IBQA 5P01A 2VNMA 4Y4ZA 4ZE6A 2WL0A 5P0SA 3UFLA 1K6TA 3VFBA 3BVAA 5P2IA 2HS1A 5P4QA 1ZTZA 1FQ6A 5P1AA 2QNNA 4MC2A 2F81A 4X7IA 5P2WA 5DPZA 3QBFA 3UPJA 4YCYA 5P2KA 1EC3A 2UXZA 3WB5A 2R9BA 5OYTA 5OZPA 3BUGA 5P23A 2IGYA 5P09A 2G20A 4Y6MA 1MT7A 3OXWA 5P8RA 1EBYA 3JVWA 4RROA 4HE9A 3VLAA 4Y57A 1B5FB 1Z8CA 5P16A 1YT9A 5OYXA 5P11A 4Y5AA 1FKNA 1YTIA 4K9HA 4NJVA 5P4LA 4ZPEA 3GGXA 2WEZA 1T3RA 1MEUA 3UDQA 2AQUA 2SAMA 5HE4A 5P3BA 2AZ8A 2QI6A 3EXOA 3NDTA 4CPRA 3I8WA 2I4DA 5P38A 5P0MA 5P4CA 5P6HA 3UFNA 5P6UA 3PSUA 4DJOA 3FIVA 3R1GB 3TTPA 1EEDP 4FRSA 2AZ9A 2FNTA 2QI1A 4Y5KA 1PSAA 1LS5A 5DR0A 4X2LA 4DPFA 4Q1WA 2QI5A 1KJFA 2G26A 3VLBA 5P1UA 3L5FA 4DJVA 5DR7A 5P0CA 3S85A 1W6IA 5P1TA 5P4EA 5P1EA 1QBUA 4BFDA 5P67A 4I0IA 1BIMA 5P1CA 3TPPA 5P7RA 4CPWA 2OHQA 3QAAA 5P3MA 3R2FA 5JODA 5DR3A 3JVYA 3S7LA 2AVVA 4I0JA 5P3EA 1A8GA 5P2BA 2B8VA 4PZXA 5P7OA 1K1TA 5P49A 1ZJ7A 4UPJA 3KA2A 2HS2A 3LIZA 3EBZA 5P8IA 3NR6A 5P3NA 4Z2ZA 1D4SA 4DUSA 3VF5A 4GJBA 2O40A 5P3DA 1EPOE 3KDDA 2JE4A 2WF0A 5P54A 5P3ZA 3CYWA 4LXAA 2G1RA 5I3VA 5HDUA 2ZJLA 5DR8A 2OHMA 3OQ7A 2R5QA 2CEJA 1F7AA 4Y54A 5OZDA 4GJ7A 5P3UA 4EJDA 5P5VA 4GJ8A 4B1DA 4CP7A 5P3SA 1K6VA 3RTNA 2QP8A 4CPQA 4L7JA 5IS4A 2VA7A 4J0YA 2FDEA 3DJKA 1IDBA 4JPEA 5P8JA 4DJYA 2NMYA 4Y47A 2J9JB 1UPJA 5ER2E 3WZ7A 1UH8A 2AOEA 5P8GA 5CLMA 2BPVA 4J1EA 5ISJA 4DV9A 1XS7D 3QRVA 5P12A 2J9JA 1FQ4A 5P4HA 4Y3TA 5COOA 1BBSA 5P7ZA 1MPPA 3MSKA 3PRSA 2QI4A 3R0YA 3ZKXA 1D4JA 1ZSRA 4R8YA 4ACUA 5P4YA 1OEXA 1ZAPA 2AOIA 5P3LA 4CMSA 1GNMA 5P6AA 1DPJA 1GVXA 3VYEA 6APRE 5P0HA 5UPJA 1QS8A 2QI3A 4OBHA 5P7KA 1AZ5A 5P7VA 5OZ5A 1K6CA 4J55A 1UH7A 4QJ8A 3QRMA 3F9QA 3HLOA 1HEGE 3INFA 5P4SA 1HPSA 4FL8A 5P0RA 5P1FA 5P4XA 3S7MA 5ISKA 1FGCC 5P02A 1HVLA 5IVSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4N A;  2AVO A;  2PSU A;  5P3X A;  3T11 A;  4K8S A;  1SIP A;  2ER6 E;  1IZE A;  5P51 A;  1NPA A;  2I4W A;  3L38 A;  3H0B A;  3LIX A;  1RL8 A;  3SAC A;  3S43 A;  3ZPT A;  1FIV A;  5P04 A;  5P4B A;  1HVR A;  2AZB A;  5P5M A;  3VYD A;  1BWB A;  1MRW A;  1N49 A;  1TCX A;  3PCW A;  4DJX A;  5P1R A;  1Z1R A;  5P2E A;  1BWA A;  1FMB A;  5P5R A;  3QPJ A;  5P6Z A;  4ER4 E;  2RSP A;  4GB2 A;  4RYC A;  1W6H A;  3APP A;  1D4L A;  1PSO E;  3FNS A;  4Y5B A;  4Y48 A;  5AHC A;  3OUD A;  5HU0 A;  5P76 A;  3ZPU A;  5P24 A;  5P61 A;  1HIV A;  4OD9 B;  3EM4 A;  5P6C A;  4D89 A;  5OZN A;  3NSH A;  4KB9 A;  3L5E A;  3RSV A;  3HZC A;  1LF2 A;  2HPF A;  3WSJ A;  5OZG A;  4OD9 A;  1D4Y A;  3CMS A;  5OZX A;  3EL9 A;  5P5F A;  4Y5C A;  3O9A A;  4I11 A;  5P4A A;  4Y5G A;  4L7G A;  2I4V A;  3NDX A;  4FM7 A;  3EL4 A;  1EPL E;  1FMU A;  1TZS A;  3MSL A;  4YOB A;  5P22 A;  5P72 A;  3O9F A;  3SA6 A;  4Y3E A;  3IN4 A;  4ACX A;  3KT5 A;  4F75 A;  2QI0 A;  1BXO A;  4IVS A;  1K2B A;  1QBS A;  2ZHV A;  5P0U A;  5P8O A;  4DQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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