1B1HA

Oligo-peptide binding protein/tripeptide (lys hpe lys) complex
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Signaling protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 189
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b1hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b1hA02
3MP8A 4U4XA 4AB6A 2O84X 2O51A 1XVXA 2E0SA 5I58B 1Y20A 1US5A 3H03A 1B0LA 4ISUA 1R6ZA 2ONRA 1M5DA 4JSOA 3PUXE 2I6EA 2B65A 4ONYA 2I4CA 1TT1A 1B4HA 4KPTA 4HTGA 1B9JA 2QMWA 4JXIA 1M5FA 2RCAA 2X7PA 4OENA 4XIGQ 2Z8EA 3IX1A 4WXJA 4ELQA 4XKNA 3RTWB 3S9LC 4EUOA 1MM6A 4O3CA 4EQ7A 3C35A 2ZNSA 2GHAA 1B5JA 4ZZAA 3DRKA 1CB6A 2B3BA 5TU0A 3TKDA 2RCBA 4MF3A 3IAZA 5AA2D 4ZECA 5CMCA 5TP9B 1LBBA 1I6AA 1Y3QA 5DT6A 2F6PA 4DDDA 3SERA 2F5XA 1MY3A 4YKKA 3TCGA 3IOWA 5FTHA 5BWJA 3GBAA 5EHSA 3H4ZA 5AA4A 2XXWA 2ZNTA 3RT6B 3KJ7A 1BKAA 4HCYA 2V3UA 4F3SA 2FA7A 3H7MA 1A7LA 3TFLA 3MP1A 3TEPA 3T22A 2DWJA 1NL5A 1PC3A 3RGYA 4QHQA 2Y7IA 1MDP1 3TCFA 3MZBA 3WAEA 2REJA 1UTHA 2OBGA 3KGCA 3T66A 5HBCA 4NWDA 3RYBA 4G68B 5FTIA 5L9MA 4YKIA 3UP9A 3TTNA 1NH8A 1Y1MA 3K4UA 4NMYA 4MLQA 3C9HA 1XS5A 4LA9A 3GBBA 3IOUA 3E13X 4GIZA 1OMPA 1MXYA 3L6GA 1MQDA 4PP0A 1LFGA 1POTA 1PEBA 4GQOA 1N3XA 4N13A 1IZ1A 2OWTA 1NKXA 3IR1A 3HHFA 2UVIA 1FTLA 3FASA 1DMBA 5K2YA 2PVUA 4YU0A 4X1BA 4NF4A 2XXVA 4F1UA 4XKRA 1MXVA 2P1SA 4QSCA 1OQHA 3OEKA 5DVJA 2A5TA 2XXIA 3KZGA 3THIA 3OEMA 1B6HA 4HCWA 4TQUQ 4F3PA 4FIMA 2CMOA 1H45A 1B46A 3IB2A 1N7WA 4NF6B 2BJJX 3IB1A 3R7XA 4NF8B 2DWIA 2O69A 4ELRA 3FJ7A 5I2KB 4XXUA 2GH9A 3QSLA 1USYH 4OYVA 4RYAA 3U94A 1FQEA 1ZJLA 2O1MA 3B7DA 3C34A 3SEVA 3H06B 2HZLA 1Y3PA 4IY6A 5DEXA 1FQAA 1P1OA 5I57A 3B6WA 1GVCA 4I62A 2X26A 4U1OA 1ZTYA 4KCDA 4YB6A 2F97A 1SQYA 2WOLA 2I0BA 3BFUA 5I56B 1DOTA 5CBRA 4P0IA 3O6HA 3RN8A 2XXTA 1P1QA 1MXUA 1LGBC 3LSFB 4JDFA 3T9UA 3C32A 3W15C 1N0TA 1SVXB 3VDFA 3O9PA 3A09A 3IL1B 4NWCA 1URDA 2VHAA 3FGSA 3HCQA 5CMMA 1FW0A 3DP4A 3PPPA 3KN8A 1QUKA 3U72A 2Q9TA 4QF9A 2UVHA 3FVNA 1R9QA 3MVZA 2F7AA 3CFXA 2DS9A 2DWAA 4OESA 2I4BA 3G3JA 5CMBA 3VE1B 3EQ1A 3CFLA 4Q5TA 2YLNA 1JNFA 4KCCA 4X9TA 4ZZEA 1B51A 3QK6A 4R72A 4OFJA 1N3WA 1O7TA 4YB5A 2DXRA 3KJTA 4DE8A 2PX1A 3UGWA 4YMAA 1B3FA 4HW8A 2Z22A 1B3HA 3B6TA 1D4NA 2H9BA 5JK4A 4R73A 2KLFA 3KN3A 4POXA 2GHBA 1UQWA 1LAXA 5JTYA 3MC2A 4KD5A 3QUFA 4DZ1A 1Q1KA 1MDQA 1MQHA 3S2VA 3LVUA 2GFEA 3CHGA 3O66A 1MPDA 2PBWA 1MG1A 4EXKA 5DVFA 2LAOA 5H8FB 1MRPA 3VV5A 3CSBA 4NEDA 1MY1A 5TPAB 1OLCA 3UORA 3O29A 2IEEA 4JSDA 4F19A 4U1ZA 3BFTA 1Y1ZA 1TFAA 4XKPA 2UVJA 1QUIA 4LATA 3I5OA 5H8QA 4YB7A 3W9VA 2Y84A 5J1DA 1R1NA 1Y4TA 2ZNUA 4BDNA 3H6VA 1N04A 4YZZA 5H8FA 5EYFA 3EPEA 1TXFA 1B4ZA 4FORA 2O68A 4R6YA 1LFIA 3I6VA 4LONB 1B7UA 1XC1A 3EN3A 4ZE8A 4FATA 3BBRA 5KCJB 5FHMA 3VVDA 4ESWA 4LZ8A 4TOZA 2V84A 4ESXA 3MJNA 3OSQA 2DP8A 1US4A 3TZAA 5IKBA 4BLAA 2ALUA 4ZEDA 3U8QA 3H6UA 3OO9A 3M8UA 2O6AA 3RT8A 3TDJA 1ATGA 4M4GA 2QS3A 2M8CA 2H4IA 3DRGA 2I0CA 1B58A 2ANJA 3FD3A 4BDLA 1XHYA 4YKPA 1FQBA 2ZYNA 3PUYE 4IGRA 5I2NA 2WOPA 1MM7A 5HM4B 3DLNA 2CZLA 2ZXTA 2Y7PA 4PFWA 4ELOA 2RC7A 1A8FA 3KSJA 1JETA 3O6PA 3TODA 1NMUA 4ELPA 1MS7A 1B7ZA 4RK2A 1XVYA 1D3KA 2I58A 3DP6A 4H8JA 4O3BA 2O7UA 3JV9A 3DRIA 4H5FA 5I84A 1FQFA 4EDPA 1FTJA 5CM6A 2F78A 2R71A 2Q88A 2H25A 2WKYA 3ECRA 3IO4A 3C31A 1QW0A 5KDTA 4N6PA 5H8NA 3MQ9A 3N6TA 2DOJA 1YPNA 1B2HA 2HQ0A 4BDOA 2B4MA 3D4GA 3VVFA 4F1VA 2ZYMA 3DP8A 3OXNA 2E1SA 5ITOA 2RF1A 3KSXA 3DRFA 1UIUA 4GL8A 4LZ5A 2VD2A 3HO7A 1B40A 1SW5A 4JWOA 1SBPA 4IY5A 2HAUA 3EF7A 3TPAA 3IK6B 3OO8A 3K0VA 4QRZA 1Y4CA 2ZYOA 2DWHA 4NE4A 5AA2A 5AA4B 2OK2A 1LB8A 2W7YA 3JZJA 3W9WA 3RY3A 2V3TA 1A40A 4YMBA 4GVOA 1D9VA 3RNNA 3MZ9A 1P99A 1AH5A 4GWOA 2F6GA 1MY0A 4DXBA 2OJTA 4KYEA 3DELB 4F1YA 1N84A 1UTHB 4BDRA 4C1TA 4P0GA 3PUWE 3FVOA 1B5IA 3OSRA 1LAFE 3PMXA 1ZU0A 4LQ5A 4BDQA 5AA3A 3PPQA 1B0HA 2YJPA 4R6KA 2VGQA 3H6WA 2IA4A 4Q0CA 3FJGA 1H43A 1QUJA 3K1MA 4U2RA 2RINA 5F7VA 4RXLA 1NNTA 3PUVE 1MQGA 3RUMA 4RY1A 1EZPA 4TLLB 3CR9A 2O7IA 1IQ7A 4FEDA 2QS2A 3G7WA 4JB7A 4NF4B 2I48A 1NNPA 3I3VA 3E9XA 4ZEKA 4U23A 4QSEA 2A5TB 3U1OA 4OTEA 2I49A 3M3KA 2THIA 3SEXA 5BUUA 5I59A 4OEVA 1IXIA 3TTLA 4NTLA 1B3LA 2O1LA 1S9TA 3K02A 4F39A 2D21A 4L17A 3HN0A 4F3GA 4MFIA 3K6UA 2DE2A 3QIMA 3G3KA 2A5SA 1FQDA 1BP5A 2F36A 3V89B 3PPNA 5DEXB 2DYXA 3DM0A 3N5LA 5I57B 3ZSFA 1NH7A 2B3FA 2DQVA 3PMWA 4DXUA 1LFHA 4FECA 4C1UA 3T96B 5HPQA 1EZOA 4ZDMA 3UA8A 2ABHA 3OO6A 3QUJA 3PMVA 2RC8A 4F18A 4G77A 4LQ2A 1SW1A 3H6TA 4GRKA 1URSA 1SI1A 2RC9A 4Q8RA 2AL5A 3K2DA 1B32A 2DE4A 4OEUA 3UN6A 3MUQA 3CFZA 3T93B 4OVJA 1O64A 3G3HA 1VR5A 1GR2A 4IO4A 2OLBA 3LSXA 3FV1A 5H8HA 5L9SA 2QSXA 3PAMA 3MPLA 1MXWA 1EH3A 4H5GA 4O3AA 1CE2A 1DPEA 4K3FA 1DTGA 4KYSA 1GV8A 4RPNA 4R75A 5K2XA 3K00A 2F35A 5CMKA 3D4CA 2QJEA 3KG2A 1AIVA 3MWBA 3A3CA 1SDXA 3IJXB 3PD8A 4OETA 1FQCA 5ICQA 1ELJA 3TYHA 1SYHA 1YTVA 4PFYA 1J1NA 2R6GE 3MAMA 2NUVA 3N26A 3CG1A 2Y7RA 3ZKKA 1ZMGA 4QFOA 5JTYB 5ISUA 3M3FA 2VP1A 3O6IA 4DCXA 3DRHA 4DCYA 1WVJA 5CI5A 3V8XB 4G8MA 4LVQA 3MBPA 1HSJA 4OMBA 4F22A 1YAEA 2XHDA 3BKIB 2XXHA 3QAXA 2QRYA 2P2AA 1UTBA 3FJMA 3Q27A 1MH4A 2DVCA 1RKMA 1WDNA 1II5A 2XXRA 5H8QB 4XKQA 3MP6A 3PGFA 3LBSA 3TMGA 1TFDA 2XD3A 2UYFA 4DIGA 1IUDA 4KQPA 3G3FA 3B6QA 4JWXA 1PB8A 3GZGA 3SDFA 4H0WA 4JBZA 3CG3A 3MPKA 5F1QA 1GTKA 3LUYA 1LB9A 4IO5A 4XTCQ 1Y9UA 1LAHE 1DTZA 2D3IA 1H76A 1A8EA 1MXZA 3CVGA 1BIYA 4NF5A 2Y7WA 2I3VA 1LBCA 3VLUA 2OZZA 5A5XA 3MW0A 3CIJA 3GXAA 1MY2A 4I1DA 3UK4A 3M3LA 4EQBA 1MPCA 2OWSA 1HSEA 1L5TA 3KOSA 1IXCA 1BLFA 1YCJA 1IIWA 3O2AA 5I2NB 5CRYA 3O97A 4GL0A 4YKJA 4FEBA 4IGTA 4N07A 4R2BA 2UVGA 5FHNA 4HS7A 1T0KA 2F7BA 1LLSA 2FNCA 2NXOA 1O63A 1RYXA 3FIRA 4F2QA 3TCHA 2X7QA 3USDA 4FE8A 3KEIA 2PT1A 3TQWA 3KBRA 1B5HA 1IXHA 3CRBA 3PD9A 2HEUA 4LZ7A 1PB9A 1F9BA 4F29A 3CI8A 3LSWA 4OWDA 4R6HA 5KDTB 5H8NB 3E4RA 3IJOB 1H3DA 4OFOA 4R74A 1RYOA 4OZ9A 3C36A 1PBPA 3FUZA 1JQFA 3VLWA 1QVSA 1M5EA 2XXYA 4PFTA 3TELA 3FATA 4GOTA 4ZE9A 2REGA 1OVBA 1B1HA 2Y7KA 2V93A 2ZMBA 2OCUA 4PE5B 5AA2B 2XD2A 1IXGA 2GRVA 4GF8A 4F31B 1DPPA 2F8DA 3ILTB 3T9XB 5M2VA 3MVWA 4RNSA 4R9GA 1PDAA 1LAGE 3MZ1A 3PPRA 3MVXA 5DTBA 4LUBA 4JWYA 4THIA 3PUZE 4GFRA 1OIBA 2AYSA 3FXRA 4E0XA 2DVZA 1Y3NA 1JW4A 2NOOA 2HAVA 4P11A 4POWA 2PYYA 4GLIA 2XXPA 4FAJA 1A55A 2DE3A 2AL4A 1MH3A 4ZEFA 1S50A 4IB2A 3U93A 4YICA 4IO7A 4WKMA 3RTFB 4Q30B 5AE4A 1D9YA 3HSTA 3K01A 4QFKA 4H1XA 3JYRA 4DXCA 1URGA 5I58A 4RA1A 3GLBA 1GGGA 1P1UA 4AB5A 2Q2CA 1N7XA 3KOTA 3A3UA 4ZEBA 2ZYKA 4PETA 3RPWA 4UACA 4EF2A 3PPOA 1POY1 5IAIA 4H65A 1VFEA 3EHUA 2G93A 3Q26A 4QSDA 4GXAA 1VSOA 3F11A 3WAFA 5I59B 3S4UA 1PBQA 2F34A 2RKMA 4OERA 1B3EA 4X1DA 1JVXA 5AA1A 2G29A 1PB7A 2H99A 2VOZA 4BDMA 3LSLA 5TP9A 1JVYA 4M1VA 3O6GA 1MQJA 2ONKE 1SD3A 1QULA 2H5YA 1IITA 2D5WA 2QS1A 2V25A 1QJMA 1P1NA 3FTOA 1FCKA 3C33A 3E3KA 5CC2A 3N6UA 4UA8A 5L9OA 3IB0A 1SW4A 5ITPA 1VFDA 2Q2AA 3K1PA 4KI0E 4C0RA 4G68A 3SKPA 1B7HA 1S7YA 1Z7NE 5H8HB 1AOVA 5H8SA 4H6DA 3HHGA 3Q29A 3ZKLA 1SI0A 2FYIA 3EHTA 3P7IA 3VLVA 3SESA 3KFMA 4I9DA 1ZIUA 4EXLA 1FTOA 5DYHA 2PT2A 1VE4A 1JW5A 3RQTA 4WEDA 5EHMA 4TLMB 1USYE 3MVYA 1JEVA 1SYIA 3R26A 3FVGA 4FJPA 4OXVA 3S9MC 4QFNA 3FXUA 2DSFA 4MH5A 4ECFA 1MQIA 3Q25A 3T9HB 4Z0IA 2B4LA 2R9JA 3VVEA 1LCFA 4H8IA 1EU8A 2NVUB 3PU5A 4GD5A 1SW2A 5LOMA 2ONSA 4I8CA 3ODBA 1NNKA 4NF6A 2XXUA 1UIVA 3OO7A 1P1WA 4NF8A 3OOAA 1ANFA 4E0WA 4MBPA 3V5AA 1B05A 3S9EA 5JEIA 5I2KA 5ELVA 2QMXA 3UIFA 2YPNA 4R2FA 3N94A 4AQ4A 3QYTA 1UTBB 3OELA 2QS4A 3IOTA 3K1NA 3VFJA 4PFUA 4ND9A 2DXYA 3PV0E 2XX8A 2Z8FA 3V83A 2HFBA 4RJZA 1N76A 4KYDA 2HCAA 3R6UA 4QFLA 5I56A 4QFPA 2Z8DA 4KFQA 2Q8JA 5FHOA 4U4SA 2QPQA 5CBSA 4G8HA 3ZS6A 4U21A 1R9LA 3FXQA 1I6BA 1AL3A 4RPOA 4IO3A 4DLDA 3IO6A 4G68C 4G8NA 1MPBA 2UYEA 4KR5A 3TTKA 1AMFA 2HXWA 4OHNA 2WOKA 3IOVA 4YAHX 3HV1A 4NF5B 4GXSB 3LC8A 5A5XB 4RK9A 3VXCA 3S9NC 4G2ZA 1NNFA 3QXMA 4EF1A 3VXBA 1OVTA 1ZLQA 2P0SA 3G3IA 2PMSA 3TQLA 1DSNA 2F7CA 4KHZE 2ESNA 3RYAA 3RLFE 2HZKA 1ZKBA 3K6XA 3Q28A 3KN7A 4OFLA 4MLVA 3H3GA 1NFTA 3OMBA 5KZTA 1IEJA 1FTKA 3AXFA 4F2OA 1H44A 4F3BA 1LSTA 1A99A 2NWJA 4R9FA 4IO6A 5B70A 1M5CA 3K6WA 1XOCA 3G3GA 5DVIA 3EHSA 1I6QA 3FVKA 4ZS9A 3IORA 1Q35A 4EQ9A 4OQOA 3L6HA 3DRJA 1B52A 5TPAA 3LR1A 2UXAA 5L8DA 1ZBMA 5ICTA 1OLAA 2XX9A 3T9VA 2V3QA 3SETA 2I3WA 1JW1A 1MXXA 1JEUA 3TTMA 4G4PA 4U22A 3U92A 2AIXA 1XT8A 2XXQA 3SEWA 3TUSA 2Z23A 1LCTA 3ONMA 3FV2A 4LP2B 3TTRA 2XXXA 1WODA 3OENA 1B3GA 2XX7A 3HPIA 3FZVA 4Z7EA 2H98A 4X48A 3SEYA 5B7DA 4PQJA 1QKAA 3ILUB 4ZEIA 1BTJA 5KCJA 4WEPA 3O28A 4H67A 1KWHA 1B1XA 3SEUA 3TAJA 2VD3A 2QL3A 3CSGA 1QKBA 1Z7ME 1TWYA 1I69A 1FTMA 1OQGA 3K6VA 1A54A 4IO2A 1HSLA 3OD7A 1EZ9A 1MY4A 1M5BA 3C4MA 2Q89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MP8A 4U4XA 4AB6A 2O84X 4NX1A 2O51A 1XVXA 2E0SA 5I58B 4QBAA 5ET7A 1Y20A 1US5A 2P3NA 3H03A 1B0LA 4ISUA 1R6ZA 2ONRA 1M5DA 4JSOA 3PUXE 4GWZA 2I6EA 2B65A 4ONYA 2I4CA 1TT1A 1B4HA 4KPTA 4HTGA 1B9JA 2QMWA 4JXIA 1M5FA 3T0JA 4PAIA 1EYJA 2RCAA 2X7PA 4OENA 4MNCA 4XIGQ 2Z8EA 3IX1A 4WXJA 4ELQA 1YXIA 4XKNA 3RTWB 3S9LC 4EUOA 1MM6A 4O3CA 4EQ7A 3C35A 2ZNSA 2GHAA 1B5JA 4ZZAA 3DRKA 2OX3A 1CB6A 2B3BA 5TU0A 3TKDA 2RCBA 4MF3A 3IAZA 1FPFA 5AA2D 4ZECA 4P56A 2FIXA 5CMCA 5TP9B 1LBBA 1I6AA 1Y3QA 5DT6A 2F6PA 4DDDA 3SERA 4P1EA 2F5XA 1MY3A 4YKKA 3LUZA 3TCGA 4MCOA 3IOWA 5FTHA 5BWJA 3GBAA 2VPOA 5EHSA 3H4ZA 5AA4A 4PF8A 2XXWA 2ZNTA 3RT6B 3KJ7A 1BKAA 4HCYA 2V3UA 4F3SA 2FA7A 3H7MA 1A7LA 3TFLA 3MP1A 3TEPA 3T22A 2DWJA 4GX6A 4HE0A 1NL5A 1PC3A 3RGYA 4QHQA 4NF0A 2Y7IA 1MDP1 3TCFA 3MZBA 5EYHA 4P9KA 4O8MA 3WAEA 2REJA 1UTHA 2OBGA 3KGCA 3T66A 5HBCA 4NWDA 3RYBA 1FRPA 4G68B 5FTIA 5L9MA 1IMAA 4YKIA 3UP9A 3TTNA 1FBFA 1NH8A 1Y1MA 3K4UA 4NMYA 4MLQA 3C9HA 1XS5A 4LA9A 3GBBA 3IOUA 3E13X 4NGUA 4GIZA 1OMPA 1MXYA 3KC0A 3L6GA 5I3SA 1MQDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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