1B32A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kmk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b32A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b32A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b32A02
5I58A 1OVTA 4N07A 4PETA 3FUZA 4IO6A 1A40A 3H6VA 3VE1B 4GOTA 4MBPA 3WAEA 3A3CA 4IO3A 5CMMA 4IO2A 2A5TA 4ELOA 4FEDA 1S9TA 5J1DA 5LOMA 3UORA 1ZTYA 2WKYA 3KGCA 1DSNA 1USYH 4H0WA 5K2YA 3U1OA 4ZEFA 2Z8EA 3MQ9A 4GF8A 4NF8A 1CB6A 4OTEA 3PD9A 4JB7A 2HZLA 1PC3A 2ZNSA 1JW1A 1QKBA 4QSEA 4MF3A 4Q0CA 3N6UA 5CMBA 5B7DA 4JWOA 3RQTA 3FGSA 1MXXA 2Q89A 2Y7KA 2XXVA 3EPEA 3QIMA 3TTRA 1LAXA 5FHNA 1EU8A 4WEDA 2PBWA 1LFGA 1LFIA 1MXZA 3IR1A 4F2QA 4PFWA 4O3AA 3H3GA 1J1NA 5I84A 3IJXB 1B40A 3FV2A 4R6KA 3VXCA 4F3BA 4RA1A 3FVOA 2GFEA 2R6GE 4NF6A 3KOSA 2OZZA 4PQJA 2XX8A 3KFMA 3N6TA 1VR5A 1ZJLA 4LQ2A 3RUMA 2Q8JA 1SW4A 1H43A 3V83A 3IOUA 1OVBA 1MDQA 4F3SA 2ONKE 3M3LA 1Y3NA 1SQYA 3PMVA 1P1OA 4GVOA 4OEUA 3IJOB 1B7ZA 1MXWA 3FZVA 2FNCA 3ILUB 3TTNA 1EH3A 4LUBA 3T9XB 3E3KA 3B6WA 5TP9A 3LSXA 1SYHA 4F1UA 2HFBA 3C34A 4LP2B 4R75A 4H8JA 1NNPA 1D9VA 1LB8A 3HCQA 5KCJA 3PMWA 3K4UA 2P2AA 4F31B 3B7DA 2XX9A 4PFUA 2XXPA 5I59A 2XXUA 3N26A 4GXSB 1DTGA 3HO7A 3LR1A 3CG1A 2PMSA 4JXIA 1FTLA 4NF5A 1JQFA 3N5LA 1TFAA 4PP0A 1IXGA 1JW4A 1MY0A 2Z23A 1PBPA 3C35A 3B6TA 2RCBA 2DQVA 3C9HA 1Y3PA 4ELPA 4OVJA 3SESA 2QS2A 5AA4A 4F22A 3S9MC 2I0BA 4QFLA 3H6UA 3VV5A 3K01A 4BDNA 3S9LC 5DVIA 1QJMA 2FYIA 3JZJA 4TLMB 3FD3A 5JTYA 3Q29A 2ABHA 2DE3A 4FORA 5I2NB 1M5CA 1IZ1A 2DE2A 1O64A 2VD2A 1MH3A 1US4A 1SW2A 1JNFA 2NWJA 1Y3QA 1AH5A 4Q5TA 1UTBB 3S4UA 1UIVA 4HCWA 4OEVA 1AMFA 3HHFA 1FW0A 4KD5A 3TPAA 3MW0A 1WODA 5M2VA 4G68B 4YB7A 3W9WA 4FE8A 2Z22A 3JYRA 4GIZA 4N13A 1IXCA 1AL3A 4KI0E 2CMOA 4XTCQ 4LVQA 4KFQA 3O29A 4R72A 5I56B 2YPNA 3CSBA 3K2DA 2F8DA 2R9JA 2M8CA 4L17A 3SEVA 5DYHA 1NH8A 3H7MA 5FTHA 4O3CA 4KYSA 2O6AA 2DWHA 1SD3A 3OENA 3PAMA 4YMBA 1FQCA 3H6WA 3DRIA 3KN7A 1XC1A 2R71A 1BP5A 2WOPA 2QS4A 4F1YA 2F7BA 2DSFA 3K6XA 2I4BA 5ISUA 2PT2A 3KN3A 4UA8A 4XKNA 1QUIA 2B3BA 3K6WA 2CZLA 4EDPA 2Y7RA 1OQGA 2UYEA 5H8HB 3D4GA 1URGA 4RNSA 2OLBA 3MAMA 1AIVA 4DCXA 3IL1B 3TTMA 5A5XA 4DXBA 1VFDA 3SERA 1GR2A 1IIWA 3QK6A 1B51A 1H44A 3L6HA 1LGBC 3OXNA 3PV0E 4WKMA 1LFHA 4DCYA 2Y7IA 4KCCA 3DP4A 3CSGA 1BLFA 4YAHX 4DDDA 4U4SA 4NWDA 3OEMA 2RF1A 4NF4B 5DTBA 3M3KA 5DEXB 2Y7PA 1Y4CA 1NMUA 3TCFA 4OFLA 1B5HA 5CC2A 1O7TA 3O66A 2DVZA 4H67A 3KOTA 4DXUA 4ELRA 3LUYA 4U22A 1DMBA 3K00A 1DOTA 4I62A 1POTA 2Q2AA 1MDP1 1B5IA 4G2ZA 2HCAA 2RC7A 1P1UA 1LB9A 5H8FB 4ZDMA 2F35A 1LLSA 4NWCA 1LSTA 4JWXA 3IK6B 1PB9A 5EHSA 1IXHA 4NE4A 5KDTA 3S9EA 3U93A 4R2FA 1S7YA 1QVSA 3IB1A 4U1ZA 3DM0A 3K6VA 3RYAA 4POWA 1URDA 3TKDA 3FIRA 1IITA 1MXYA 2X7PA 3IO4A 2ZNUA 5L9SA 4OFJA 3BBRA 3K0VA 3T9HB 1FQBA 3GXAA 3WAFA 2UVHA 1A99A 1XOCA 1BIYA 3KG2A 2ONSA 4ISUA 1ELJA 2B4MA 4JWYA 1B5JA 4EQBA 3FXQA 4NF6B 1PDAA 2P0SA 4MH5A 4TLLB 3PUYE 4LZ5A 4YKJA 2KLFA 1MH4A 1YPNA 2P1SA 1JETA 2REJA 2AIXA 2RINA 4GFRA 2O7IA 1FTMA 2DWJA 2RCAA 3FASA 4RXLA 2H9BA 5CMKA 3H03A 1GTKA 2V3UA 1B0LA 2OJTA 3T96B 1P1NA 3MVWA 3DELB 5K2XA 3C4MA 2I3WA 1UTHB 1FCKA 1N7XA 2REGA 4H5FA 4ESWA 3DLNA 3MJNA 5HM4B 5H8QA 4BDMA 3FXRA 3UK4A 4U2RA 1TT1A 3H4ZA 4TQUQ 3PPNA 4DXCA 3RTFB 4IGRA 5TU0A 3G3FA 3S2VA 3HPIA 3QXMA 4LZ8A 5I2KA 4C1TA 1GV8A 3MVXA 2THIA 4DIGA 3MZ9A 1EZ9A 3PUZE 2Q9TA 3O6GA 1QKAA 2QL3A 4GD5A 4THIA 3EHUA 4POXA 1IQ7A 3FATA 4RPOA 1EZPA 4YB6A 2V3TA 3PPPA 4F2OA 2ZYOA 3EHSA 4JSDA 2UVJA 3DRKA 2H4IA 1UIUA 3IX1A 5AA4B 1B58A 1F9BA 3C31A 3PPQA 3DRJA 1B1XA 1RYXA 1XVXA 4MLVA 3IOVA 3TMGA 3CRBA 3R6UA 1US5A 2PYYA 3SEUA 2PVUA 2F7AA 1LAHE 5JTYB 3OMBA 4PFYA 4DE8A 4G4PA 2WOLA 3GZGA 4G8MA 4M4GA 1M5FA 5H8NB 3BKIB 1Y1MA 2F97A 1DPPA 3T93B 5CBSA 5JK4A 4PE5B 4GXAA 1NNTA 2F6PA 1BKAA 3CVGA 4H6DA 1MG1A 3RT8A 3MBPA 3U8QA 4I9DA 1SYIA 2BJJX 4YZZA 2F7CA 3TCHA 3OSRA 4NEDA 4R73A 3RNNA 1JVYA 2V93A 2GH9A 3MUQA 2O68A 1YCJA 3U94A 3LSLA 4QF9A 2FA7A 3K1NA 1ZIUA 3HN0A 5CM6A 3KSXA 4YU0A 3HHGA 2Z8FA 3OO8A 4OFOA 4ESXA 4XKPA 1D4NA 2IA4A 4P11A 1XT8A 4F18A 1DTZA 4QHQA 2RC9A 4XXUA 4BDQA 2DVCA 1WVJA 5L9OA 1A8FA 3HSTA 2X7QA 3UGWA 1FQDA 3PD8A 3L6GA 2QS3A 2I58A 2OWSA 3G7WA 1ZMGA 3CR9A 4HTGA 4F39A 2XXHA 4OESA 4ND9A 2E1SA 4FJPA 1SW1A 3IO6A 4ZE9A 1NFTA 1LBCA 2DP8A 3THIA 1XHYA 2HQ0A 2F5XA 5CRYA 2UYFA 3I3VA 4XKRA 1P1QA 1HSLA 4MLQA 1D3KA 4JBZA 3VLVA 3CFLA 4BDOA 4E0XA 1Q35A 1MQIA 2Y7WA 4BLAA 3GBAA 1SBPA 2F6GA 2HXWA 1MM6A 1MQGA 5A5XB 4R2BA 1VSOA 3OEKA 3U92A 1USYE 3EQ1A 4C1UA 4U4XA 4XIGQ 3TELA 3T9VA 2B65A 3TEPA 1QULA 3MP1A 4GQOA 1JEUA 1N0TA 1B3HA 2XXQA 5CBRA 5F1QA 4ZEBA 3RT6B 2NOOA 2D3IA 4F3GA 1OMPA 1SDXA 1MS7A 1FTOA 2YLNA 2HAUA 4F29A 1LBBA 1FQFA 4OETA 2F36A 4KQPA 1B3EA 3TTKA 4QFKA 4ZEIA 4X48A 4GWOA 3OSQA 2H5YA 4WXJA 4M1VA 1GVCA 2PX1A 1B3LA 2A5SA 3PPRA 2DWIA 1QW0A 3USDA 1ANFA 3O6IA 3T66A 4C0RA 3UA8A 3FTOA 5BWJA 1AOVA 3DP8A 4NTLA 1MQDA 2RC8A 3KJ7A 1Y20A 3FXUA 1B7UA 3V5AA 4RPNA 2ZYKA 4JDFA 3A09A 1B3FA 3EHTA 1A55A 1B2HA 1FTJA 2GHAA 1B9JA 1IEJA 3V89B 5TPAB 2XXWA 5BUUA 1H76A 5I2NA 2DXRA 5DT6A 4F1VA 3K1MA 1MY3A 4F3PA 3TFLA 1B0HA 4QSDA 2XXXA 1MM7A 4K3FA 1YAEA 1RKMA 2G29A 5AA2D 4O3BA 1LCFA 3PGFA 1B32A 3CIJA 1NNFA 1B7HA 2H98A 2D5WA 3OELA 5CI5A 2OBGA 4G68C 4IO4A 2O1MA 3CFXA 5I57B 3MPKA 4G68A 4EXKA 3TDJA 3G3IA 5I58B 2VHAA 3G3JA 2VP1A 5I56A 5ITPA 5HPQA 5DVJA 4PFTA 5L9MA 1R6ZA 3RLFE 1MQJA 2A5TB 1POY1 4EF1A 3R7XA 1I69A 1OLCA 4KPTA 5IKBA 1ZKBA 3MZBA 2XHDA 3QAXA 4ONYA 3OOAA 3IAZA 4NF8B 4ZZAA 2QRYA 3A3UA 1PB7A 3HV1A 1Z7NE 3G3HA 3ECRA 1B05A 3I6VA 5DVFA 1OQHA 3PMXA 2VGQA 3R26A 3QYTA 5F7VA 3W9VA 2HAVA 4HS7A 3TODA 4IGTA 3RY3A 1SI0A 3EF7A 5H8HA 4FEBA 5H8QB 1N3XA 2UVIA 4RJZA 1PB8A 2LAOA 3VVDA 2D21A 3ZSFA 5CMCA 3G3KA 4BDLA 5I2KB 3O6PA 2X26A 4DZ1A 5L8DA 2E0SA 3PPOA 1YTVA 4Q30B 2ZYMA 3FJMA 2XXRA 1MPBA 3C36A 3Q25A 4IO5A 2H25A 2AL5A 2XD2A 4NF4A 3LC8A 4FIMA 3TQLA 4F19A 3IOTA 4QFPA 1MPCA 5DEXA 5KZTA 2DYXA 4X1BA 4JSOA 4H1XA 3MP6A 3MVZA 4H65A 2QPQA 5FHMA 2ZYNA 3VLUA 2QSXA 2B4LA 1VFEA 3VFJA 1UQWA 4LZ7A 3CG3A 4GL8A 3B6QA 1B1HA 4GLIA 2I48A 4QRZA 5H8FA 4QFNA 2Q2CA 1N84A 4YICA 3QUJA 5TP9B 4IY5A 4FAJA 5AE4A 2NXOA 3GBBA 3C32A 4X1DA 4YB5A 4EQ7A 4LQ5A 3SEWA 1QUKA 3LBSA 3FJ7A 5KCJB 4ELQA 5AA1A 5I59B 3KJTA 1Y1ZA 2XXTA 2IEEA 4U1OA 1Z7ME 1M5EA 3ZKKA 4FATA 1OIBA 4NF5B 3LSWA 2AL4A 1O63A 2ZXTA 1JW5A 5AA2A 4OERA 4EF2A 5IAIA 3O6HA 4TOZA 4OENA 4ECFA 1IXIA 3BFTA 2ALUA 1KWHA 2V25A 3SEXA 1BTJA 4R6YA 3DRFA 1A54A 4I1DA 3PU5A 4U23A 3ZS6A 1CE2A 4QFOA 2Y84A 3MC2A 3VDFA 2O84X 2ZNTA 4H8IA 1A7LA 5JEIA 1MY4A 2DXYA 4R9FA 2DOJA 1ZBMA 4OWDA 1SI1A 1L5TA 4N6PA 1N7WA 3O9PA 4ZS9A 1TWYA 1HSJA 1JEVA 1HSEA 4KYDA 2RKMA 4R74A 3VLWA 4U21A 3CFZA 3FVNA 3FVKA 1B4ZA 1XS5A 1DPEA 4Z0IA 1GGGA 3Q26A 1B46A 2V3QA 3U72A 4OQOA 4G8HA 4X9TA 2PT1A 1T0KA 3OO6A 3Q27A 3SDFA 3TCGA 2ANJA 2OWTA 1UTHA 5FTIA 1ZU0A 3D4CA 2I49A 4E0WA 4KHZE 3E13X 2Z8DA 3QSLA 3N94A 3UIFA 5H8SA 4R9GA 1M5BA 4EUOA 4IO7A 5FHOA 3S9NC 3PUWE 1MXUA 3LSFB 3G3GA 1RYOA 3PUVE 3K02A 4AQ4A 2DWAA 3SETA 3RTWB 1VE4A 1S50A 4LONB 3TAJA 4RY1A 3UN6A 3O28A 4YKPA 4EQ9A 1JVXA 2XXIA 1R9LA 2OCUA 3RYBA 3DP6A 1MY2A 1NKXA 1MQHA 1B6HA 2O51A 1I6BA 2QS1A 1N76A 1NNKA 2AYSA 4EXLA 3KZGA 3RN8A 1MXVA 2YJPA 2VD3A 3VVEA 5H8NA 3TQWA 1B4HA 1LAGE 1P99A 2I0CA 1H3DA 2W7YA 5ICQA 3IB2A 2QJEA 5ICTA 1MY1A 2NUVA 3M8UA 3RGYA 3FJGA 3O97A 4ZECA 4YKKA 1QUJA 2I4CA 1XVYA 1NL5A 3AXFA 4RK9A 3MVYA 3T9UA 4H5GA 3EN3A 5ELVA 1EZOA 3KEIA 3M3FA 1WDNA 2XXYA 5B70A 3KBRA 3FV1A 2QMXA 3DRHA 3TTLA 1FTKA 3H06B 4G8NA 3E4RA 3CI8A 2XX7A 2DS9A 2ESNA 2GRVA 4HCYA 4I8CA 2QMWA 1PEBA 2O69A 1ZLQA 2GHBA 4R6HA 5KDTB 3MP8A 3PUXE 3SKPA 4RK2A 3GLBA 1Y4TA 4KCDA 4ZEKA 4OHNA 1II5A 1NH7A 2OK2A 4P0GA 5EYFA 3RPWA 4DLDA 4XKQA 4YMAA 2NVUB 1H45A 5HBCA 1B52A 1MRPA 3P7IA 1P1WA 3E9XA 2G93A 3ONMA 2Q88A 2WOKA 1D9YA 1N3WA 2UXAA 1UTBA 3TYHA 3VVFA 3TZAA 3Q28A 3VXBA 2I6EA 4Z7EA 3I5OA 1FQEA 1Y9UA 5EHMA 1N04A 1M5DA 3MWBA 4OMBA 1A8EA 3IOWA 4WEPA 4KYEA 4OYVA 1R1NA 3KN8A 1IUDA 1SW5A 4MFIA 1MPDA 3CHGA 1TFDA 4P0IA 1SVXB 2HZKA 4G77A 3T22A 4NMYA 1LAFE 4GL0A 3UP9A 1B3GA 1PBQA 3OO9A 1LCTA 2DE4A 3H6TA 2B3FA 4AB6A 3OO7A 2ZMBA 3BFUA 3QUFA 1I6AA 3SEYA 4Q8RA 4OZ9A 3DRGA 1R9QA 3JV9A 2UVGA 1OLAA 3ODBA 4IY6A 4KR5A 2F78A 3IB0A 4GRKA 4LATA 2HEUA 3ZKLA 3W15C 3ILTB 4UACA 4BDRA 4YKIA 2I3VA 3MPLA 3TUSA 5AA3A 3C33A 1Q1KA 3OD7A 4QSCA 5TPAA 4ZZEA 2F34A 2V84A 1ATGA 3MZ1A 5AA2B 3F11A 3K1PA 1I6QA 2XD3A 4AB5A 3FVGA 4IB2A 4OXVA 1URSA 4ZEDA 2O7UA 2O1LA 4FECA 1FQAA 1TXFA 3K6UA 4ZE8A 3LVUA 2ONRA 2VOZA 5I57A 3IORA 3KSJA 3O2AA 5ITOA 3V8XB 4LA9A 2H99A 4RYAA 4HW8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I58A 1OVTA 4N07A 4PETA 3FUZA 4IO6A 1A40A 3H6VA 3VE1B 4GOTA 4MBPA 3WAEA 1FJ6A 3A3CA 4IO3A 5CMMA 4IO2A 2A5TA 4DXBA 4ELOA 4FEDA 2XWVA 1S9TA 5J1DA 5LOMA 2HXRA 3UORA 1ZTYA 2WKYA 3KGCA 4P1EA 1DSNA 1USYH 4MAGA 4I3EA 4H0WA 4LN5A 5K2YA 3U1OA 4ZEFA 4PE3A 2XWKA 3BIGA 2Z8EA 3MQ9A 4GF8A 1FSAA 4NF8A 1CB6A 4OTEA 3PD9A 4JB7A 4JVDA 2HZLA 1PC3A 2ZNSA 1JW1A 1QKBA 3LV0A 4QSEA 4MF3A 4Q0CA 2PFZA 2QFLA 3N6UA 5CMBA 5B7DA 4JWOA 3RQTA 3FGSA 1MXXA 2Q89A 2Y7KA 2XXVA 3EPEA 3QIMA 3TTRA 1LAXA 5FHNA 1EU8A 5I7IA 4WEDA 2QVRA 2PBWA 1LFGA 1YXIA 1LFIA 1MXZA 3IR1A 4F2QA 2ZZVA 4PFWA 4O3AA 3H3GA 1J1NA 5I84A 3IJXB 1B40A 3FV2A 4R6KA 3VXCA 4F3BA 4RA1A 3FVOA 2GFEA 1K9ZA 1IMAA 2R6GE 3KOSA 4NF6A 2OZZA 4PQJA 2XX8A 3KFMA 3N6TA 1VR5A 4I3YA 1ZJLA 4LQ2A 3RUMA 2Q8JA 1SW4A 2F3BA 5ET6A 4N8GA 1H43A 3V83A 4P1LA 3IOUA 1OVBA 1MDQA 4PGPA 5EYGA 4F3SA 2ONKE 3M3LA 1Y3NA 2CZHA 1SQYA 3PMVA 1P1OA 1EYJA 4PC9A 4GVOA 1INPA 1RDYA 1Q9DA 3A29A 4OEUA 3IJOB 1B7ZA 1MXWA 3FZVA 5IZ3B 2FNCA 3ILUB 3TTNA 1EH3A 4LUBA 3T9XB 3E3KA 3B6WA 5TP9A 3LSXA 1SYHA 4F1UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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