1B32A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kmk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Peptide binding protein
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b32A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b32A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b32A02
1UIVA 3VVDA 3OMBA 4LATA 1DPPA 1B3LA 3S9LC 3G3HA 2D3IA 3EN3A 1A54A 4G2ZA 2HZKA 4G68B 5M2VA 1NKXA 3ZS6A 4KYEA 4F1YA 1HSJA 4Q0CA 5EYFA 1Y3QA 3LUYA 4XTCQ 3H7MA 3Q25A 1OMPA 2PVUA 4GLIA 2DS9A 4F2OA 1M5FA 3KJTA 3G7WA 3MUQA 4G68A 1WVJA 5FTIA 4H6DA 1GVCA 5H8QB 2QS1A 1B0HA 4I8CA 4LZ5A 1URGA 2QS2A 4YMBA 1ZJLA 1PB7A 3HV1A 2NXOA 4KR5A 1II5A 4G68C 4THIA 2UYEA 4ZE8A 4DCYA 4EUOA 1A7LA 3QAXA 2O51A 3OO6A 5CMKA 3K1NA 5H8QA 4DDDA 5DT6A 1IZ1A 1B3HA 2Z8EA 4KYSA 3QSLA 2ZYOA 4R9GA 3RTWB 4QRZA 1MQDA 2GHBA 4PE5B 1D3KA 1NNPA 3SEYA 1FTLA 3PD8A 1MQIA 1XHYA 2QSXA 3DRGA 1TWYA 3V89B 4RJZA 3MPLA 4XXUA 2IA4A 2XXUA 3QK6A 2FNCA 1JETA 1IIWA 3HHFA 4XIGQ 4G77A 3EHUA 2H25A 1MRPA 4XKNA 4F22A 4TOZA 1QW0A 1MDP1 1XC1A 2F34A 4PFYA 1IUDA 3G3JA 5ITOA 2HAUA 1RYOA 4NWDA 2I0CA 4DXUA 3BKIB 4H5FA 1MH3A 3G3IA 1B3GA 1LCFA 1MY3A 3K0VA 3CVGA 2V3TA 2XX9A 1TFAA 4IB2A 4AB6A 2F6PA 1GGGA 4HW8A 1R6ZA 3DELB 3MAMA 3OD7A 4R6HA 4RNSA 1UTHB 1ZU0A 4U4XA 4F18A 3UIFA 3SESA 4M4GA 4EF1A 3RYAA 4ZE9A 2F35A 1GR2A 1URSA 2F7CA 3PAMA 4LVQA 2RKMA 1UTHA 2YPNA 3HO7A 4HS7A 5AE4A 3QUFA 1MQHA 1BP5A 1POY1 4UA8A 1YPNA 5AA4B 3K6WA 3TCFA 3PV0E 5L9SA 5ISUA 3M8UA 3ZKLA 2Q9TA 1D4NA 2B3BA 5I58B 3FXUA 3ZSFA 2X26A 3H03A 2B65A 1H76A 3IX1A 1LAGE 4WEPA 4X9TA 4P11A 5L9MA 3E9XA 2DVZA 5AA4A 3T9XB 2HZLA 2Y7KA 1ANFA 3BFUA 5I58A 3HSTA 5IKBA 1O63A 3BBRA 4PQJA 3R6UA 4ZEBA 2OBGA 3H6UA 4ZZEA 3SEWA 4P0GA 3TAJA 3VVEA 1US4A 1B51A 3MWBA 4QF9A 2DWAA 1B52A 1IQ7A 4X48A 1FCKA 1YAEA 4R9FA 4F1VA 5FHMA 3TCHA 5CRYA 1VSOA 4H8IA 4U2RA 2P1SA 3GXAA 3JV9A 4IY6A 1NH8A 3I6VA 1FTKA 3KG2A 2AIXA 1N7XA 4X1BA 1MXVA 3RTFB 4BDNA 4OEVA 4AB5A 3K1MA 3SETA 4OFJA 2GHAA 2PYYA 5L8DA 1B4HA 4R73A 3ILTB 4GQOA 3TTLA 4JXIA 2AL4A 1XVXA 3HPIA 4HTGA 5DVIA 2Y7PA 3CSBA 2QMXA 3H06B 1JQFA 4ELRA 2DXYA 1JW1A 3WAFA 2I3WA 2XD2A 3PMVA 4GOTA 3K4UA 3Q26A 3S9MC 2HCAA 1N0TA 2DE4A 2H5YA 5CI5A 1MPCA 3Q29A 4YZZA 3FIRA 4U23A 3S2VA 1ZMGA 1LFIA 3DP6A 2AL5A 3RUMA 2G29A 2ZYKA 3KBRA 4QSCA 1USYE 2DQVA 1QKAA 2DSFA 3FXRA 4PFUA 4GL0A 4FIMA 2F36A 2O1LA 2Q8JA 3PU5A 2R9JA 4ELPA 3SEVA 3B6WA 4BDOA 3MC2A 5F1QA 4MF3A 3FV1A 2BJJX 1SQYA 4FJPA 1SI1A 2Q2CA 4R6KA 4BLAA 4RYAA 4U22A 2OWTA 1J1NA 3FD3A 3CIJA 4E0XA 1Y3PA 2XXRA 3TQLA 3PUYE 3VVFA 4KCCA 2HEUA 3C33A 4F31B 5H8FB 3KOSA 4G4PA 4C1UA 4YMAA 2REJA 2R6GE 3KOTA 3DRJA 1TXFA 1B2HA 3LBSA 5CBRA 4BDRA 3HCQA 1BTJA 3H6VA 4YKPA 1ZLQA 3QUJA 4QSEA 2GH9A 1NNFA 2QS4A 1TFDA 5H8FA 1DOTA 3TMGA 1FTJA 1MXUA 4JSDA 4F29A 3U92A 3CFLA 3OO7A 3UA8A 3PUVE 1JNFA 3VXCA 4NF5B 3MVYA 1B32A 3KZGA 1MPBA 2E1SA 1B9JA 4NF4B 4IO6A 4ONYA 1Y1MA 3TQWA 5DVFA 3VLWA 2O68A 5DVJA 2OJTA 4PFWA 3O6PA 4F2QA 3USDA 3TUSA 3IK6B 3VFJA 4NF5A 4C1TA 2KLFA 1JEUA 1VFDA 5J1DA 3TODA 4NF4A 4JWOA 4Z0IA 4YKKA 3IJXB 4LZ8A 1B05A 4FEDA 3A3CA 3MBPA 2FYIA 2ONRA 3U8QA 2Y7RA 4NWCA 1QUJA 3MP8A 5B7DA 2OZZA 1OQGA 2HXWA 1MY4A 2XXQA 3OEMA 1SBPA 1B7ZA 4RXLA 4U1OA 3MZ1A 3VXBA 2PT2A 2NUVA 3GZGA 2XD3A 2XXXA 2CZLA 4YAHX 3TFLA 1I6BA 3DRIA 2I6EA 2V3QA 2B4LA 2RINA 4LZ7A 3SDFA 3CFXA 1B5JA 4RK2A 1FQAA 3OXNA 1DTZA 1LFGA 2O6AA 5DEXB 1B5HA 4NF6B 2I3VA 3PPQA 1SVXB 1URDA 5I84A 4HCWA 1DTGA 1A99A 2GFEA 5TU0A 1POTA 3T22A 3VE1B 4ECFA 1NL5A 5DEXA 5BUUA 4KI0E 1MPDA 1AOVA 3FJMA 4GXAA 4NF6A 1MH4A 4GFRA 4RPOA 4N07A 4IO4A 3FASA 3LSLA 1JW4A 3E13X 2XXPA 4NEDA 5H8NB 4U21A 1JW5A 4OFLA 3IAZA 1SD3A 5ELVA 2XXTA 1ATGA 3ODBA 1IITA 4H0WA 2UVIA 2H9BA 3MVWA 2RC9A 2DWHA 2UXAA 5I2KB 1FQDA 3PGFA 5H8NA 3I5OA 3K6XA 4ZS9A 1IXIA 3TPAA 3RQTA 4R2FA 3CRBA 3LR1A 4NTLA 1F9BA 2Y7IA 4TLMB 4K3FA 4LQ2A 2QMWA 2X7QA 5I2KA 2LAOA 3L6HA 4N13A 3N6TA 4LP2B 3G3FA 4JWYA 2H98A 4KCDA 4LQ5A 3CG3A 4QFLA 3RPWA 3O2AA 2HFBA 3LSWA 3I3VA 3QYTA 3C32A 3EPEA 3D4CA 3LSFB 2ONSA 4KFQA 3T9VA 3FTOA 3FZVA 1SYIA 2B4MA 1LSTA 1PB8A 1VR5A 1AL3A 4H1XA 3KSJA 3R7XA 3DP4A 4YU0A 3K00A 2X7PA 3H4ZA 2ZMBA 1VFEA 2RF1A 3Q27A 2I48A 1MXZA 2W7YA 3U93A 3PUZE 4EQBA 4HCYA 2VD2A 3TCGA 1S9TA 3THIA 3G3KA 4QFNA 2IEEA 2OK2A 4IO2A 1OVTA 2Z8DA 1B6HA 4M1VA 3OO8A 3TZAA 4FAJA 3A09A 3C35A 2HAVA 1R9QA 5CM6A 3KSXA 4O3BA 4OHNA 1B7UA 4OQOA 1QKBA 3C31A 4N6PA 3DLNA 2R71A 4JBZA 1CB6A 1IEJA 4FEBA 1S7YA 1P99A 3A3UA 3FJGA 1WODA 3IR1A 4R75A 1FQFA 4Q5TA 1N76A 1P1NA 4G8MA 2D5WA 4MFIA 1GTKA 2VHAA 1OQHA 3TTNA 4NMYA 3E4RA 4TLLB 3HHGA 3M3KA 1A55A 4OETA 3VLVA 1QUKA 4OYVA 1H3DA 3IB2A 3AXFA 1JEVA 4MLVA 1B3FA 4LA9A 1JVXA 3SEXA 1RYXA 2YJPA 1UIUA 3O9PA 4EF2A 3HN0A 2QJEA 1US5A 3T9HB 1MG1A 2QL3A 4OMBA 4YICA 3RGYA 3H3GA 2XX8A 4U1ZA 4F3BA 4GD5A 1N84A 5I56B 1OVBA 4DCXA 4H5GA 1PBPA 3E3KA 3S9EA 5TP9B 5LOMA 5DTBA 2XXIA 4R74A 2ZNUA 4OVJA 5HM4B 3LSXA 4OEUA 5HBCA 3W9VA 2Z22A 1N3WA 5I56A 2H4IA 1MY0A 2A5SA 2XXWA 3PPOA 5TP9A 1QULA 1Z7NE 1B58A 1AH5A 2DOJA 4ELOA 3FV2A 2YLNA 4G8HA 2NVUB 3TTMA 2NOOA 2ONKE 3G3GA 4DE8A 1O7TA 4DXBA 1LAFE 1P1OA 4XKRA 1IXHA 1SW5A 1USYH 4ZEIA 2O7IA 4I9DA 3PMWA 1ZIUA 4EDPA 1AIVA 3MW0A 4RY1A 4IO5A 4F3SA 1H45A 1P1QA 2XXYA 1LCTA 1YCJA 5AA1A 1MM7A 4XKQA 1I6AA 4BDLA 2XHDA 1JVYA 5BWJA 3K6UA 3IB1A 3TEPA 2DVCA 4OFOA 4MH5A 3H6TA 1LAXA 2F5XA 2THIA 4ND9A 3DRFA 3VDFA 4YB5A 2UVJA 5B70A 4FORA 5KZTA 3UK4A 4Z7EA 1SW1A 1M5EA 5EHMA 2QRYA 1N3XA 4F19A 4KPTA 3GBAA 1EZPA 4TQUQ 4QSDA 3IB0A 1SYHA 4G8NA 3DRKA 1FQBA 4ZDMA 5AA2B 4H8JA 1S50A 4RA1A 4ZEDA 3PUXE 1Z7ME 2WOKA 1D9VA 5EHSA 4JDFA 2V84A 3OEKA 3C36A 2UVGA 1M5BA 2Q2AA 2RCAA 5I59B 3RN8A 2DWJA 1A40A 2F78A 3OSQA 1MXWA 3O6GA 5AA2A 1FTMA 1Y20A 1AMFA 3KFMA 1QJMA 2OCUA 5ICQA 1B5IA 1MQGA 3IJOB 1LFHA 3T96B 3C4MA 3CHGA 3RYBA 1M5CA 1EU8A 1Y9UA 2DWIA 5I59A 3V5AA 4FATA 3JYRA 3TTKA 3TYHA 2V3UA 3FATA 5KCJB 4JB7A 1LBBA 1P1UA 4JSOA 3C34A 5TPAB 1MY2A 3SERA 2GRVA 3T66A 1OLCA 2Z23A 2ANJA 1N04A 5CBSA 4F39A 1B4ZA 3CI8A 4ESWA 1MS7A 3CG1A 3PMXA 1NH7A 3MVXA 5KCJA 3U94A 3LC8A 1NNTA 5TPAA 1DSNA 3QXMA 3K01A 1QUIA 5H8HB 3IO6A 2REGA 2V93A 1PB9A 3L6GA 2F8DA 2VD3A 4F3PA 4YKIA 2D21A 3B6TA 1I69A 1LAHE 4GF8A 1KWHA 3O66A 2PMSA 2NWJA 2V25A 3OSRA 5H8HA 1XOCA 5FTHA 1BKAA 4WKMA 3IORA 3MZBA 4O3AA 4DXCA 4WEDA 3EHTA 1D9YA 2XX7A 2Q89A 2E0SA 3CFZA 3MQ9A 5I57B 4IO7A 4DLDA 5JTYB 3EQ1A 2DYXA 2ZXTA 3UORA 1XS5A 1IXCA 5HPQA 3MP6A 4MLQA 1TT1A 3K1PA 3TTRA 3T9UA 4F1UA 4Q30B 5I57A 3K2DA 1PBQA 3RLFE 3ZKKA 5JTYA 4ZEFA 3JZJA 4IGTA 4RPNA 3SEUA 3Q28A 4GXSB 1SW2A 1WDNA 3RT8A 3FXQA 1NMUA 3ILUB 3GBBA 3MP1A 3IOWA 2ZNTA 2WOLA 1R9LA 4QFOA 2Y7WA 2A5TB 4BDMA 3TKDA 2XXVA 2M8CA 5IAIA 4OTEA 3U1OA 5K2XA 3GLBA 1ZTYA 3MJNA 1Y3NA 4BDQA 1DPEA 1B1HA 1N7WA 3B6QA 1EZOA 5AA3A 3PPNA 5FHNA 2ZYMA 4PP0A 4LONB 2A5TA 4OENA 4EXKA 4DZ1A 4X1DA 3RY3A 4C0RA 1EH3A 4POXA 3ECRA 5H8SA 4IY5A 1IXGA 4EQ9A 4KD5A 3TDJA 1B7HA 3CSGA 3V83A 3DRHA 1B46A 4YB6A 4IGRA 3V8XB 4RK9A 3T93B 1LB9A 4NF8B 2G93A 3SKPA 1B0LA 1O64A 1FQCA 3MVZA 3MZ9A 1MXYA 2I0BA 3BFTA 4H67A 1OIBA 5JK4A 3UN6A 1I6QA 4KQPA 2CMOA 1ZBMA 3O6HA 3P7IA 4OESA 4P0IA 2O84X 2VOZA 4NF8A 3FGSA 3S4UA 1A8FA 2I49A 3MPKA 3DP8A 5KDTB 1B40A 1VE4A 2HQ0A 4OZ9A 1GV8A 1MXXA 1MQJA 1XT8A 4LUBA 2ALUA 2PBWA 3W15C 3FUZA 2I4CA 4EXLA 1L5TA 4OXVA 4OWDA 3IOTA 5CMCA 2ZYNA 2DXRA 1ZKBA 1Q35A 1SI0A 5KDTA 5F7VA 3O29A 4PFTA 5I2NB 1Y1ZA 3IL1B 3K02A 4IO3A 1LLSA 3KN7A 4FECA 5ICTA 1BIYA 3K6VA 1B3EA 5CC2A 4ZEKA 1SDXA 4KYDA 5I2NA 1UTBB 3KEIA 3ONMA 2F7BA 3FJ7A 2WOPA 1A8EA 4UACA 3IOUA 3FVKA 3OO9A 4I62A 1PEBA 5CMMA 4Q8RA 1LBCA 1B1XA 4ELQA 4OERA 2DE2A 3IO4A 2ESNA 1P1WA 1UTBA 2DE3A 2RC7A 4YKJA 3H6WA 1FTOA 2VGQA 4GIZA 2Q88A 3EF7A 2DP8A 3EHSA 3IOVA 2I4BA 5L9OA 2XXHA 1HSLA 4WXJA 3KN8A 3W9WA 2Y84A 4NE4A 3VLUA 3N94A 3LVUA 4MBPA 4GWOA 4EQ7A 1NFTA 3KGCA 4PETA 3O97A 3TELA 3S9NC 2PX1A 4QHQA 1OLAA 2VP1A 2RC8A 4ESXA 1FQEA 3DM0A 1Y4CA 2B3FA 4JWXA 4R6YA 4QFKA 4L17A 4R2BA 5DYHA 3M3LA 2UYFA 3F11A 3O6IA 4FE8A 3FVGA 2H99A 3FVNA 2O69A 5ITPA 5A5XB 1CE2A 3WAEA 1Q1KA 1PDAA 4POWA 5JEIA 4DIGA 1MDQA 1NNKA 3VV5A 1Y4TA 1T0KA 4I1DA 4ISUA 5K2YA 1H44A 3N5LA 4ZECA 2PT1A 3D4GA 4ZZAA 2P0SA 5A5XA 1HSEA 2F7AA 3KN3A 4H65A 1EZ9A 3U72A 3UP9A 5AA2D 5FHOA 3OENA 3KJ7A 1R1NA 3FVOA 2QS3A 3CR9A 4YB7A 4F3GA 1DMBA 3PPRA 1M5DA 1LB8A 3OELA 2AYSA 4KHZE 2P2AA 5CMBA 2O7UA 3RT6B 3QIMA 4AQ4A 3N6UA 4E0WA 4GVOA 2FA7A 4GL8A 1LGBC 2F6GA 2Z8FA 2ZNSA 3PUWE 2ABHA 3M3FA 1PC3A 2WKYA 3OOAA 3PD9A 3PPPA 1XVYA 1MY1A 1ELJA 1RKMA 4R72A 1BLFA 2I58A 3C9HA 2F97A 3R26A 3N26A 3UGWA 4XKPA 1FW0A 2QPQA 4GRKA 3B7DA 2OWSA 4QFPA 4O3CA 2RCBA 1UQWA 4U4SA 3O28A 2OLBA 1QVSA 1SW4A 1H43A 3RNNA 2O1MA 1YTVA 2UVHA 1MM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIVA 3VVDA 3OMBA 4LATA 2PFZA 1DPPA 1B3LA 1IMDA 3S9LC 3G3HA 2D3IA 3EN3A 1A54A 4G2ZA 2HZKA 4G68B 5M2VA 1NKXA 3ZS6A 4KYEA 4F1YA 1HSJA 4Q0CA 5EYFA 1Y3QA 3LUYA 4NF0A 3ROJA 4XTCQ 3H7MA 3Q25A 1OMPA 2PVUA 1NUWA 4GLIA 2DS9A 4F2OA 1M5FA 3KJTA 3G7WA 3MUQA 4G68A 1WVJA 5FTIA 4H6DA 1GVCA 5H8QB 4PAFA 1NV3A 2QS1A 4PGNA 1B0HA 1CNQA 1RDZA 4I8CA 4LZ5A 1URGA 2QS2A 4YMBA 1ZJLA 1PB7A 3HV1A 2NXOA 4GWWA 4KR5A 1II5A 4G68C 4THIA 2UYEA 4ZE8A 4DCYA 4PFBA 4EUOA 4N6KA 1A7LA 3QAXA 2O51A 3OO6A 2F3BA 3IFCA 5CMKA 3K1NA 5H8QA 4DDDA 5DT6A 1IZ1A 1B3HA 2Z8EA 4KYSA 3QSLA 2ZYOA 4R9GA 3RTWB 4QRZA 1MQDA 2GHBA 1FPDA 4PE5B 1D3KA 1NNPA 3SEYA 1FTLA 3PD8A 4XEQA 1MQIA 1XHYA 2QSXA 1KA0A 3DRGA 1TWYA 3V89B 4RJZA 3MPLA 1FBCA 4XXUA 2IA4A 2XXUA 3QK6A 2FNCA 5DW8A 1JETA 1IIWA 3HHFA 2XXKA 4XIGQ 4G77A 4NAPA 3EHUA 2H25A 1MRPA 4XKNA 1RDXA 4F22A 4TOZA 1QW0A 1MDP1 1XC1A 2F34A 4PFYA 1IUDA 3G3JA 5ITOA 2HAUA 1RYOA 4NWDA 2I0CA 4DXUA 3BKIB 4H5FA 1MH3A 3G3IA 1B3GA 1LCFA 1MY3A 3K0VA 3CVGA 2V3TA 2XX9A 1FPKA 4N81A 1TFAA 4IB2A 4AB6A 2F6PA 4JVDA 1GGGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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