1B3FA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with khk
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 193
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3fA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3fA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3fA02
1L5TA 4BDOA 3LSWA 4KHZE 2HXWA 3V8XB 4R74A 1YPNA 3HSTA 1XVYA 4F29A 2Q2CA 2V3TA 2GH9A 3B6TA 1AIVA 1VE4A 2QL3A 4XKQA 1WODA 2I3VA 3U94A 2RC9A 1B6HA 1Y1ZA 3IJXB 1B1HA 1SBPA 3RTFB 1GR2A 1A8EA 1R9LA 3U92A 2FYIA 1MY3A 4KD5A 3IR1A 1NNTA 5FHOA 3GXAA 3FJ7A 4JSOA 4KCDA 3C4MA 3TKDA 5K2XA 2VD3A 3SEXA 3T96B 3PAMA 1SVXB 5F1QA 5TP9B 4OEVA 1P1WA 3M3FA 4WEPA 3K6WA 2BJJX 3TQLA 5H8QA 2Y7RA 5JEIA 1ZMGA 2HQ0A 4YKPA 4LVQA 4NF8B 5JTYA 2DWJA 5IKBA 4YB6A 5BUUA 1DOTA 1YCJA 1Y3NA 1MH3A 2AL5A 5B7DA 4FJPA 2W7YA 3MZBA 2ZYMA 4LQ2A 1FCKA 1QULA 3USDA 3K00A 4X1DA 1B40A 4KPTA 2PT1A 1II5A 5KCJA 4UA8A 4AQ4A 4NTLA 4ZZAA 3LUYA 5CC2A 4YICA 5H8HA 4ELQA 3MVYA 4I1DA 1LAXA 3TTKA 4MF3A 1B7UA 1EH3A 3OO9A 4THIA 4LONB 2A5TB 4R9FA 1S7YA 3CVGA 3KJ7A 1B0LA 4MFIA 3TMGA 4F1UA 2I0BA 2ANJA 2REJA 3MWBA 2F6GA 2Y7WA 2KLFA 5LOMA 2XX9A 4RPNA 3TEPA 1ZTYA 4NF4B 3FXRA 3ZKKA 3DRJA 2ONSA 2ESNA 4OZ9A 4NWDA 5L8DA 3KJTA 3O6PA 2ZNTA 5I2NA 1A55A 1OLAA 3SEWA 3AXFA 4R6KA 1JETA 3EHTA 3JV9A 3PUYE 3CRBA 4HCYA 1D9VA 4BDNA 1PB9A 3RT8A 3I3VA 3MC2A 3T93B 3V89B 2D5WA 2QS4A 4FATA 4C0RA 3LBSA 1HSJA 3C34A 1T0KA 3T9HB 1MY2A 4ELRA 5AA4A 3HPIA 2AL4A 3PMWA 4HW8A 2DWAA 3IK6B 1YTVA 1IQ7A 3G3JA 1XT8A 4RK2A 3CSGA 1XS5A 3U1OA 3D4GA 4WXJA 2XXTA 3RNNA 3R6UA 4KYEA 1LFHA 3TCFA 1LBCA 2B3BA 4ZDMA 3SDFA 3IOVA 4G8HA 1N84A 1P1OA 3OOAA 3EHUA 1SYIA 3DP4A 2VGQA 4GQOA 2DS9A 4ZEIA 3FV2A 4MBPA 3IOUA 2I49A 4YKKA 3E4RA 1SYHA 1UTHA 1JEVA 3HHFA 1LB8A 4NF5A 2H5YA 4OFLA 1Q35A 2DE2A 2ZXTA 4QSEA 4YMAA 2O1MA 2OWTA 4U22A 5I59B 4PFTA 3T22A 5TU0A 2RF1A 5I56A 1VSOA 3VXBA 3OD7A 2GRVA 4DCXA 5CMKA 1POY1 3T9VA 3KN3A 2M8CA 3L6GA 1I6AA 1B51A 4JB7A 4LA9A 1PB7A 1MS7A 4OWDA 3TTRA 1LCFA 3FASA 2I48A 1LFIA 1PC3A 2B3FA 1GVCA 3SEYA 5ICTA 4KYSA 1JW5A 2OZZA 3S9MC 4KFQA 2PMSA 3DRHA 4R6YA 2DWIA 2G93A 3MVWA 3FV1A 4G8MA 1ZJLA 4H5GA 1SD3A 1IXHA 5CMBA 3FD3A 3M8UA 1MXXA 3B6WA 3H6VA 2XXHA 1IXIA 2XXPA 2REGA 3U8QA 3KOTA 4AB6A 4DIGA 1JW1A 1RKMA 4FIMA 4U4SA 1FQFA 2XHDA 5F7VA 1SI1A 3QSLA 3VVEA 2R9JA 4MLQA 1H3DA 1NH8A 3FATA 3M3KA 4DDDA 3GBAA 3P7IA 3DRGA 4XXUA 5DYHA 2XX8A 1ZBMA 4YKIA 1OQGA 3O29A 4QFNA 3UP9A 4KCCA 4GOTA 2DXYA 5AA3A 4BLAA 3PPQA 2VHAA 2OK2A 3QAXA 3KEIA 1OVBA 2ZNUA 5ISUA 1B3HA 2XD2A 3TPAA 3H4ZA 1HSLA 3H3GA 1Z7ME 4H0WA 4XKRA 3GZGA 1PBPA 1Z7NE 2WOKA 3H6WA 2GHAA 4JSDA 3EHSA 5JK4A 4ESWA 4LP2B 3FGSA 4N13A 4H1XA 1B5IA 2GHBA 1EU8A 3C36A 4E0XA 2D21A 3ZKLA 3QUFA 5I2KB 1IXCA 4JWOA 4QFLA 1EZPA 1TFAA 5J1DA 5H8QB 2Z22A 4IO2A 5JTYB 4F18A 4P11A 1MM7A 4FORA 3LVUA 4PE5B 1URGA 3HCQA 3SERA 1MQGA 2WKYA 3KN7A 4ISUA 3TAJA 1JQFA 1QKBA 2XXWA 4GL8A 2CZLA 3S9NC 3RGYA 1LBBA 5KCJB 3OEMA 4QFPA 3VDFA 4QFOA 3DRKA 4U2RA 2P1SA 4QRZA 1PBQA 3SESA 1MDP1 5H8HB 1LAGE 1H44A 4JWYA 4HTGA 1MPBA 2ALUA 3ILUB 1MY1A 5HBCA 3U72A 1UIUA 4NWCA 4BDRA 2P0SA 4BDMA 3K6UA 3S2VA 2FA7A 5HM4B 5H8FA 3FJGA 1FQBA 2XXRA 5EYFA 1MQIA 3ECRA 1XC1A 1B58A 4R75A 3OXNA 3IOWA 3JYRA 4Q5TA 3PMVA 3H6UA 1XVXA 5DVJA 4U1ZA 5CMCA 5I2NB 2ZYKA 1POTA 1WDNA 4FE8A 4OTEA 3TODA 3I5OA 1VFDA 3OMBA 3BFUA 4FAJA 1TWYA 1B2HA 3C9HA 1B1XA 1TFDA 3GLBA 3PUXE 3K4UA 2I6EA 2NWJA 3MP6A 3PD9A 4EXKA 3H7MA 5DT6A 3W9WA 3S9EA 2H9BA 5AA4B 4IO5A 3DRIA 4R2BA 2R6GE 4LUBA 3T9XB 3N94A 4PP0A 1BIYA 1S50A 3RT6B 3VV5A 4BDLA 2DOJA 3CHGA 5I2KA 2F5XA 2QMXA 2PVUA 3OSRA 4F3SA 4O3BA 1D3KA 5AA2D 1B3GA 5L9SA 3PD8A 4F31B 1LAHE 1MRPA 2NVUB 3MPKA 1Y4TA 4RK9A 4FECA 2I58A 4ELOA 1P1UA 2YLNA 1UTHB 2F97A 1MPDA 2I0CA 3KG2A 4NF5B 1SW5A 1MXZA 1MG1A 3MQ9A 1RYOA 3O6GA 3PU5A 4R9GA 3B7DA 1OMPA 3LSFB 4ZEBA 2X7QA 3IB0A 2LAOA 5I56B 3C32A 4IO6A 4F39A 4R73A 2H98A 3H6TA 4BDQA 4ELPA 3O2AA 4N07A 5M2VA 4I62A 1B7ZA 3Q29A 2IA4A 3A3CA 1CB6A 4R6HA 3SKPA 3VXCA 2O7IA 2DVCA 3EQ1A 3MVXA 1N3WA 4YZZA 3N26A 1JW4A 4OYVA 1LAFE 2F78A 2V25A 1J1NA 2HFBA 1MXYA 2F8DA 1EZOA 3S4UA 3PMXA 1LB9A 1B9JA 3VLWA 2PX1A 2FNCA 4F3PA 5H8NB 5FTHA 1RYXA 1A40A 4OFOA 3KBRA 1BKAA 1R9QA 3TTMA 2UVIA 2RCBA 4LZ8A 3Q26A 1LLSA 5CRYA 3K1MA 1A7LA 3KSJA 4C1UA 1URSA 4DCYA 3OENA 1PB8A 1DPEA 3I6VA 4RY1A 1NNFA 5A5XB 4G4PA 1B3FA 3G3KA 2B65A 3K0VA 4H65A 2HEUA 3N5LA 3CFXA 2H4IA 2YJPA 1MH4A 3PUVE 3FVNA 5DVIA 3O97A 5H8SA 5I58A 1FTMA 2O68A 3JZJA 3FJMA 3CFZA 4O3AA 1P99A 5DEXA 1VR5A 2ONKE 4NMYA 3DRFA 4YKJA 4XKPA 5K2YA 3PPNA 4ZZEA 1FQEA 4EQ7A 3MJNA 4TLLB 4JDFA 3FVGA 3RN8A 2OWSA 2QMWA 1I6BA 2GFEA 4Q8RA 3MP8A 1MDQA 1AL3A 1N0TA 1Y3QA 4WKMA 3T66A 3O9PA 1ZLQA 1QUIA 5CI5A 1N04A 4ESXA 2O7UA 5L9MA 1MPCA 1MY0A 3R7XA 4U4XA 4RYAA 5B70A 3EF7A 1PEBA 2UXAA 4HS7A 3UGWA 3W15C 2THIA 4WEDA 4JWXA 1QKAA 3O6IA 4EQBA 2DYXA 1H76A 1B32A 4I8CA 1MXUA 4GVOA 3LSLA 3IX1A 2VP1A 4R2FA 3UORA 2Y7PA 4K3FA 4OENA 1O64A 4Q0CA 4TOZA 2RCAA 5H8NA 1B5JA 1JVXA 2PT2A 4ZS9A 3W9VA 1NNKA 3FIRA 5H8FB 1B4ZA 1EZ9A 3VFJA 1AMFA 1IUDA 3V83A 3K6VA 1MQDA 3T9UA 1TT1A 1Y3PA 2DQVA 5DVFA 5A5XA 2Y7KA 4GRKA 1VFEA 2DE3A 2Q9TA 5ELVA 3N6TA 4H5FA 4U1OA 3RYBA 1H43A 5I57A 4QSDA 3WAEA 2O84X 1DTGA 4HCWA 1B4HA 3D4CA 2NXOA 4OMBA 3Q28A 4H6DA 4DLDA 4M4GA 4OEUA 1SQYA 1BP5A 2D3IA 1NFTA 2ZNSA 1UTBA 4F3GA 1Y9UA 1WVJA 4P0IA 1QJMA 3Q27A 4FEBA 1A8FA 1QUJA 2E0SA 2Q2AA 4JBZA 3N6UA 3ODBA 1Y1MA 3CIJA 2Z8EA 3UA8A 1ZKBA 2HAVA 3MZ9A 1FQDA 4IGTA 4I9DA 5BWJA 4DXCA 4U21A 1IXGA 5CBSA 3FTOA 3MPLA 3FVOA 3FVKA 5I84A 1OQHA 1D4NA 1S9TA 1USYE 4ONYA 3A3UA 5CMMA 1N76A 5IAIA 2F7BA 1LSTA 2O1LA 4RNSA 2DSFA 4LATA 2QRYA 2I3WA 2AIXA 4ECFA 4ZEFA 4OERA 1I69A 3H03A 4TQUQ 1OLCA 4E0WA 3BFTA 4L17A 1FQAA 1URDA 1B3LA 1P1QA 4KI0E 1B5HA 5KDTA 2XX7A 3CSBA 4EF2A 5KZTA 1FTLA 3UIFA 3G3IA 1ZIUA 4G8NA 3M3LA 5FTIA 1GGGA 3K1PA 3KSXA 3Q25A 4OVJA 2QS2A 4DE8A 3K2DA 1MM6A 1JNFA 4IGRA 1R6ZA 4GD5A 1Y20A 1TXFA 3TUSA 4P0GA 4G2ZA 1IEJA 4YB7A 3IL1B 1BLFA 4PFYA 3RPWA 1PDAA 3TCHA 2A5SA 1IITA 1LFGA 1A99A 2UVHA 2RINA 3V5AA 2QPQA 3RLFE 1N7WA 1OVTA 1MQJA 4F3BA 4POWA 4GWOA 5AA1A 3G7WA 2DWHA 1SI0A 3PPRA 3DM0A 5ICQA 2RKMA 1NL5A 2VD2A 4AB5A 2OCUA 4POXA 1LCTA 2PYYA 2V3QA 1FTJA 1CE2A 1Q1KA 2DVZA 2VOZA 2F6PA 3QUJA 5TPAB 1D9YA 4NEDA 3MAMA 3G3GA 4RA1A 3RTWB 1NKXA 3TDJA 1GV8A 2H99A 1FW0A 2UYFA 3FUZA 5CM6A 5I58B 2CMOA 2HZLA 3TTNA 3MZ1A 2Z23A 3SETA 3O28A 5EHMA 1O7TA 3DP6A 5DEXB 2Z8DA 1MXVA 3O6HA 2HAUA 3HN0A 1MY4A 4OHNA 3QIMA 1MQHA 3K6XA 4YB5A 3GBBA 5HPQA 4C1TA 4NF6B 1DTZA 3F11A 3E9XA 1F9BA 4DZ1A 1ANFA 3CI8A 4R72A 1BTJA 2WOPA 2I4CA 4X48A 3TZAA 3O66A 3ONMA 3IB1A 2XXVA 3G3FA 3S9LC 1QW0A 1UIVA 3EPEA 1B05A 2Q88A 1JVYA 2UVGA 2XD3A 3BBRA 5AA2A 4O3CA 1JEUA 4ZEDA 1FQCA 2F35A 3SEVA 1B46A 4M1VA 5AE4A 2RC8A 3IAZA 2DE4A 1R1NA 2XXQA 3K02A 3C35A 1M5EA 5ITOA 3VE1B 4G68C 3IB2A 1DMBA 3G3HA 2UYEA 1KWHA 1UQWA 1N3XA 1Y4CA 4PQJA 3MP1A 3EN3A 5ITPA 2F7CA 1LGBC 2O51A 2YPNA 4ZEKA 2DXRA 1SW1A 5I57B 1HSEA 4QSCA 5TPAA 4PETA 3DLNA 3OSQA 1NNPA 1QUKA 4OFJA 4KYDA 1USYH 5CBRA 3CR9A 3HHGA 4F19A 5TP9A 4PFUA 4GXAA 2Q89A 1UTBB 4NF8A 4ZECA 2G29A 3A09A 3LC8A 2ABHA 2V84A 2AYSA 1US4A 2PBWA 3VVFA 2O6AA 2ZYOA 4TLMB 3PUWE 1XOCA 2ZYNA 2OLBA 4XKNA 4Q30B 3ILTB 3K1NA 4NF6A 4QFKA 3IO4A 4GIZA 1QVSA 2Q8JA 3L6HA 4GF8A 3B6QA 4ZE9A 1ELJA 3BKIB 2WOLA 1XHYA 3OO6A 4G77A 4LZ5A 3LR1A 3KN8A 4Z7EA 4EUOA 2A5TA 2XXXA 2X26A 2Y7IA 3HO7A 3IORA 4FEDA 4H67A 3QYTA 1OIBA 1A54A 3CFLA 4RJZA 2QJEA 3PV0E 5DTBA 4IY6A 2HZKA 1NH7A 2F36A 4F1YA 2I4BA 1M5DA 2IEEA 3TYHA 4EXLA 4KR5A 5EHSA 2UVJA 4LZ7A 5KDTB 4ZE8A 3UK4A 3E3KA 2HCAA 3LSXA 4NF4A 3TQWA 2XXUA 4IO3A 4DXUA 3OEKA 4X9TA 2QSXA 3E13X 3MUQA 2P2AA 4EQ9A 4OXVA 3MVZA 1YAEA 3PGFA 3RQTA 1M5FA 3TFLA 2QS3A 3FXQA 3KGCA 3PPPA 3KZGA 4OETA 4IO7A 4PFWA 4OQOA 1M5BA 4MH5A 4GLIA 4GFRA 3K01A 5FHNA 1I6QA 4UACA 1ATGA 4OESA 4F2OA 2B4MA 4G68B 4F22A 3IJOB 2B4LA 2NUVA 2V3UA 1SW2A 3VLUA 1B3EA 1ZU0A 1FTOA 3IO6A 3TCGA 2O69A 2V93A 3QXMA 1AH5A 1DSNA 4GL0A 2XXIA 3DELB 3RUMA 4U23A 4EF1A 2H25A 1SW4A 3OO8A 2E1SA 4DXBA 4F1VA 3R26A 2ZMBA 3ZSFA 1P1NA 3THIA 4X1BA 1IIWA 4KQPA 3PUZE 3HV1A 3MBPA 4YU0A 4F2QA 1B7HA 2XXYA 2X7PA 5FHMA 3FZVA 3OELA 1H45A 1MXWA 2QS1A 3RYAA 1US5A 4H8JA 4YMBA 1B52A 3VLVA 5I59A 4XTCQ 4RXLA 4GXSB 3OO7A 4H8IA 3IOTA 3TELA 3MW0A 3TTLA 1DPPA 3U93A 4QF9A 3PPOA 1M5CA 2R71A 2F34A 3SEUA 3KOSA 3C31A 3VVDA 3CG1A 2RC7A 2OBGA 4YAHX 2F7AA 3CG3A 2Y84A 1NMUA 3WAFA 4XIGQ 1B0HA 3RY3A 3C33A 1N7XA 1SDXA 1O63A 1GTKA 4MLVA 4LQ5A 2Z8FA 4NE4A 4QHQA 4IY5A 4JXIA 4IO4A 4IB2A 3ZS6A 1IZ1A 3KFMA 5AA2B 2DP8A 3DP8A 2OJTA 3FXUA 2NOOA 4RPOA 1FTKA 1AOVA 3H06B 4ND9A 4EDPA 2ONRA 3QK6A 3UN6A 5L9OA 4N6PA 4G68A 4Z0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KBZA 1L5TA 4BDOA 3LSWA 4KHZE 2HXWA 3V8XB 4R74A 1YPNA 3HSTA 1XVYA 4F29A 5DW8A 2Q2CA 2QVVA 2V3TA 2GH9A 3B6TA 1AIVA 1VE4A 2QL3A 4XKQA 1WODA 1NV1A 2I3VA 3U94A 2RC9A 1B6HA 1Y1ZA 3IJXB 1B1HA 1SBPA 1FPKA 3RTFB 1GR2A 1A8EA 1R9LA 3U92A 2FYIA 5IZ3A 1MY3A 4KD5A 3IR1A 1NNTA 5FHOA 3GXAA 3FJ7A 4JSOA 4KCDA 3C4MA 3TKDA 5K2XA 2VD3A 3SEXA 4DI3D 3T96B 5J16A 4JVIA 3PAMA 1SVXB 5F1QA 5TP9B 4OEVA 1P1WA 3M3FA 4WEPA 3K6WA 2BJJX 3TQLA 5H8QA 2Y7RA 5JEIA 1ZMGA 2HQ0A 4YKPA 4GWWA 4LVQA 4NF8B 5JTYA 4N81A 2DWJA 5IKBA 4YB6A 4PFBA 4PFRA 4PGNA 5BUUA 1G0IA 1DOTA 1YCJA 1Y3NA 1MH3A 2AL5A 5B7DA 4FJPA 4PBQA 5EQ9A 2W7YA 3MZBA 2ZYMA 4LQ2A 1FCKA 1QULA 3USDA 3K00A 4X1DA 1FPIA 1B40A 4KPTA 2PT1A 1II5A 5KCJA 4UA8A 4AQ4A 4NTLA 4ZZAA 3LUYA 5CC2A 4YICA 5H8HA 4ELQA 3MVYA 4I1DA 1LAXA 3TTKA 4MF3A 1B7UA 1EH3A 3OO9A 4THIA 4LONB 2A5TB 4R9FA 1S7YA 3CVGA 3KJ7A 1B0LA 4MFIA 3TMGA 4F1UA 2I0BA 2ANJA 2REJA 3MWBA 1NV5A 2F6GA 2Y7WA 2KLFA 1FRPA 2VT5A 5LOMA 1INPA 2XX9A 4RPNA 3TEPA 1ZTYA 4P56A 4NF4B 3FXRA 3ZKKA 3DRJA 2ONSA 2ESNA 4OZ9A 4NWDA 5L8DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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