1B3FA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with khk
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
b'ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Peptide binding protein
total genus 193
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3fA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3fA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3fA02
4IGRA 4C1UA 1ATGA 3VLUA 4TOZA 1OLAA 4DXUA 2R71A 1DOTA 5JTYB 4YB6A 3QXMA 4GVOA 2OJTA 2OWTA 1FQFA 2ONKE 4AQ4A 2I4BA 2UVGA 3O2AA 4LVQA 3VLWA 4KCDA 2H9BA 5JK4A 3R7XA 1NNTA 4H6DA 4Z0IA 5JTYA 3T9VA 4NF6A 1JW5A 4HCYA 3OEMA 1FQEA 4IY6A 3K6WA 3TUSA 3VE1B 2XXWA 5TP9B 1M5CA 1A8EA 4UACA 4DZ1A 1VFDA 3UGWA 4F2QA 3IORA 3K6UA 5CI5A 2O1LA 1B4ZA 2I3VA 4I8CA 3VV5A 3TCFA 3PV0E 3RPWA 2HEUA 3PPQA 3MAMA 1O64A 1A8FA 1IXIA 4HTGA 4GWOA 4POXA 1IXGA 3K02A 2UYFA 4DXBA 4U1ZA 4RNSA 3SEWA 3CI8A 3CSBA 1BLFA 2NUVA 3DLNA 3TELA 4OENA 1VSOA 1MY3A 1WVJA 3HV1A 2F78A 2XX7A 3C4MA 1SI1A 3N6TA 4QSCA 4EUOA 3SEVA 4NWCA 1IITA 3HSTA 3FXQA 3O6HA 1JW4A 4F1YA 1PEBA 2QS3A 3I5OA 5F7VA 3M3KA 2GHAA 3SETA 1XVXA 1AMFA 2ZYKA 2I0BA 1JEUA 4JSOA 5TPAB 4DDDA 1WDNA 2ZYNA 3GXAA 1FQAA 1TWYA 4ND9A 3A3UA 1S50A 4R9FA 1MXXA 3C36A 1Y3NA 2ESNA 4KD5A 5FHNA 3TTMA 3C32A 4FORA 1RYOA 4ZE8A 3MUQA 3DRKA 3R6UA 3RN8A 3DRFA 1Y3PA 3CG1A 1A55A 2OK2A 2V84A 1L5TA 2D3IA 2O1MA 2VGQA 5CC2A 2WOLA 5B70A 2ZYMA 3BBRA 1SDXA 4KYDA 1B58A 1FTOA 3MVXA 1Y4CA 5A5XA 4G4PA 1USYH 1MQHA 1IQ7A 4OXVA 5DYHA 1MQJA 3SDFA 1IZ1A 3PPOA 1EU8A 3U1OA 2LAOA 2Z8DA 3G3IA 1F9BA 1MY2A 4GL0A 5H8HA 5CM6A 1MDQA 3OOAA 1GTKA 3E9XA 4ISUA 3O66A 4M4GA 4WEDA 4GLIA 1N0TA 3SEXA 3MP6A 3K00A 2HAUA 4XIGQ 3PPRA 1B05A 4GQOA 1ZJLA 3E13X 3RT6B 3M3FA 2RKMA 1DTZA 3TTLA 3FJMA 5AA2A 1JNFA 2Y7WA 1FQCA 3V5AA 2DVCA 3MZBA 3A3CA 1ANFA 2VD3A 1P1UA 3USDA 3H7MA 1NNKA 4QFLA 3A09A 1PBPA 3KN7A 5CRYA 2O69A 3OO7A 4PFYA 1NH8A 3FZVA 1LAXA 3D4CA 3FVKA 2UVIA 1IXHA 2XX9A 3LSWA 1IIWA 4MFIA 5J1DA 5ICTA 3HN0A 1GR2A 2DVZA 1SD3A 1MQIA 5DVFA 3KN8A 5KCJB 3VXBA 1B5HA 1MXUA 2H4IA 1QUIA 4G68C 4H67A 2DYXA 4KFQA 5AE4A 1JVYA 4Q30B 2ABHA 4KYEA 4OEVA 1MQGA 1XS5A 2QS4A 3S2VA 3MVZA 3MJNA 3DP4A 4PETA 3TZAA 2QMWA 2YJPA 5DVJA 3FXRA 4QSEA 4C1TA 1LAFE 2Y7RA 3K4UA 3MW0A 4ZEBA 2A5TA 4RK9A 4F29A 3TTKA 1MY1A 3KSXA 1ZU0A 2B3FA 3VFJA 1BKAA 4FEDA 3KJ7A 3O6GA 3E3KA 4LZ8A 4PQJA 2RCBA 4YB5A 3IO4A 3G3GA 1JEVA 2FA7A 1LBCA 1UIUA 1YTVA 3T9UA 1D3KA 2OCUA 4U4XA 3W15C 1UIVA 3CRBA 3R26A 2XXTA 2QL3A 5AA1A 3B6TA 3IR1A 3UORA 1Y1ZA 1DSNA 4IO4A 1EZPA 3TCGA 4QFOA 5EHSA 4FAJA 3TDJA 1B1XA 3LSXA 4LQ5A 4P11A 2HZKA 4NF8A 3C31A 1POY1 2X26A 3KZGA 3HPIA 3W9VA 4EQ7A 1URGA 4H5GA 3E4RA 3DP8A 5FTHA 3Q29A 1M5DA 3SERA 3SEYA 1EZ9A 4RPNA 4RPOA 5I56B 2P2AA 3KOSA 3UIFA 3MP8A 5I58B 2D5WA 4YKJA 1B5IA 4OERA 1QULA 1LBBA 4RA1A 4OESA 2XXVA 5M2VA 5KDTB 2XD2A 1GV8A 2RC8A 2IA4A 4NF4B 2PBWA 5ITOA 3KJTA 1T0KA 2Q9TA 3ILTB 3PPNA 4BDMA 3JYRA 2VP1A 4ZEIA 3O29A 2H5YA 3PUYE 3PD9A 3RLFE 2HFBA 3DELB 4WKMA 5I59A 3EPEA 2FNCA 1OVTA 4HCWA 2G29A 3O6IA 2B4LA 1MDP1 2ALUA 1MPBA 5H8FB 1O63A 1FTKA 3V89B 3K1PA 2QPQA 1MQDA 1LB8A 1O7TA 3MWBA 1LSTA 1M5FA 2NOOA 3PUWE 4U21A 1Q35A 1Y3QA 3U94A 4FATA 5I84A 4KCCA 4LATA 4U22A 1ZMGA 4NMYA 4X9TA 1TXFA 1R1NA 2NVUB 4LZ5A 2DE3A 2Y7KA 2I58A 3W9WA 5CMMA 2DOJA 4O3AA 2O68A 4JBZA 2GRVA 5H8SA 3TQWA 5I2NA 3H03A 5DEXA 3RT8A 1MG1A 4EQ9A 1MXYA 4NF6B 4KYSA 3K1MA 1HSLA 3EHUA 2DE4A 3IL1B 2AL5A 4U23A 2XXQA 3TQLA 3GBAA 5L9MA 3K2DA 4F2OA 1Y9UA 4KQPA 3TPAA 2ONSA 4OTEA 2RF1A 4ZS9A 4EXLA 2QS1A 4JWYA 3Q25A 5H8QB 4R2BA 1N84A 3KOTA 3IB0A 1MXVA 4RYAA 1GGGA 2X7PA 1B1HA 3T93B 3V83A 2P1SA 1YAEA 1JVXA 3S4UA 3TTNA 5CBRA 1USYE 5FTIA 1PC3A 3G3JA 3WAFA 1N7XA 5BUUA 2IEEA 1DPEA 1H3DA 3DRJA 1ZKBA 5H8QA 3QK6A 4ZEDA 3IAZA 5H8NA 1B3HA 4AB6A 3L6GA 3FATA 1SVXB 4QSDA 3FVOA 4OFLA 1LAHE 1LAGE 1IXCA 2OZZA 4I9DA 3ILUB 5B7DA 1PB7A 4GF8A 1B3FA 3K6VA 4PP0A 1Y20A 1B40A 3C33A 4YMAA 4ZDMA 2F8DA 4I62A 3N6UA 1R9QA 4XTCQ 3EHSA 3QYTA 1OIBA 4IO6A 4H5FA 2OBGA 4DE8A 1OLCA 2OWSA 2QMXA 4PFTA 2Q89A 1AIVA 4P0IA 3B6WA 5A5XB 2R6GE 4Q5TA 3H4ZA 3UP9A 1B7ZA 4BDRA 4U1OA 4EF2A 2V3UA 4YMBA 1N76A 3KG2A 1B9JA 2DP8A 3JV9A 4F1UA 4NE4A 1LCFA 5HBCA 5H8HB 3KFMA 3LUYA 2F7AA 2V3TA 5CMCA 3TAJA 1KWHA 2ZXTA 3UA8A 3RTFB 4G2ZA 1QUKA 2D21A 4GXSB 1MXWA 3MBPA 3I3VA 2XXIA 3TODA 5CMBA 5AA2B 1D9YA 4F3SA 2RC7A 3CVGA 3S9LC 3DRGA 3MC2A 3OSRA 3H6VA 2O84X 1XHYA 2UVJA 4F19A 4ZEFA 3U8QA 2B4MA 2HQ0A 1UQWA 5F1QA 4OQOA 2H25A 1LFGA 2ZNTA 1P1NA 3OELA 2P0SA 4LQ2A 3G3KA 3IB1A 1I6AA 4GRKA 1ZLQA 4PE5B 3FD3A 4BDOA 4KI0E 1N3WA 2QS2A 4R2FA 2DSFA 2H99A 3PPPA 1XC1A 1SI0A 3OENA 4K3FA 3IOVA 3O97A 4KR5A 4F3GA 3LBSA 1J1NA 2G93A 4YKIA 1UTHA 2AL4A 3T9XB 3ZKLA 4YB7A 2GH9A 4IO7A 2A5TB 4LUBA 4F1VA 4HS7A 1QKBA 2XX8A 1Z7ME 1MS7A 1URDA 2F34A 1B6HA 4XXUA 4E0XA 3FJGA 3QAXA 3BFUA 1B2HA 4KPTA 2I6EA 3H6WA 3RUMA 1NMUA 1B0LA 4R73A 3RY3A 2DWIA 3RYAA 2QSXA 2I3WA 4Q8RA 1QUJA 4PFUA 1MM6A 4I1DA 1NL5A 4GIZA 5FHOA 2DE2A 5AA2D 5I2KA 5DTBA 1PB9A 3RGYA 1B46A 1HSJA 1A54A 1AOVA 1D9VA 3ONMA 4NF8B 1FTMA 2VOZA 4FJPA 3O28A 4YZZA 4POWA 3IOWA 1B4HA 3IOUA 2DWAA 4H0WA 4MH5A 2XXPA 2W7YA 1B5JA 1PBQA 4XKQA 1RYXA 2Q88A 2REGA 1VFEA 2THIA 1R9LA 4DLDA 1Y1MA 4OVJA 2Q2AA 4R6HA 2V93A 3T96B 4IO2A 2ZNSA 3EHTA 1QVSA 1I6BA 3KBRA 4JXIA 2I48A 1GVCA 1CE2A 3OO8A 4OHNA 5ELVA 2PYYA 1ELJA 4U2RA 5ICQA 3BFTA 3UN6A 3H6UA 2ZMBA 1SW4A 4G77A 4ESWA 2HAVA 2B65A 4O3CA 4C0RA 4F39A 3CG3A 1TFDA 5I59B 2DXYA 3KN3A 1B3GA 2NWJA 3H6TA 1FQDA 1BTJA 3VXCA 1XVYA 3LC8A 3Q26A 3OO9A 3U92A 1OQGA 1LB9A 4TLMB 3C35A 3KEIA 3CFLA 2UYEA 1YPNA 4G68A 3ZSFA 3GLBA 2I0CA 4IB2A 3PUZE 2UXAA 2Z8EA 3B6QA 4QHQA 1AL3A 2Y7IA 2PX1A 1A7LA 1MM7A 4JB7A 4OFOA 4MBPA 3FVNA 4NF5A 1A40A 5L9SA 3B7DA 5AA4A 5L8DA 3TEPA 4LZ7A 3PMVA 3AXFA 4ELOA 2M8CA 2XXUA 1MY0A 5I2NB 5DEXB 5I57B 1TFAA 2HZLA 3HO7A 2ZNUA 3RYBA 2WOKA 2O7UA 3S9EA 5EHMA 3CHGA 2Y7PA 2O51A 1EZOA 2F6PA 3QSLA 2GHBA 2F7CA 2YPNA 4NWDA 3K6XA 1B52A 4R72A 4RJZA 2KLFA 3THIA 1SW5A 4LA9A 3G3HA 2XD3A 5DT6A 1NNFA 1QW0A 1UTBA 4TQUQ 1JQFA 3PMWA 2AYSA 5K2YA 2H98A 5I57A 3PMXA 3CSGA 4O3BA 2VHAA 1B7UA 1QJMA 4GFRA 1TT1A 5EYFA 1WODA 3EF7A 3MQ9A 2RC9A 2PVUA 4N07A 1P1QA 1YCJA 2ZYOA 2F5XA 3V8XB 4OYVA 2CZLA 3IO6A 1OVBA 4XKNA 3LSFB 1SQYA 3T22A 4F22A 1B7HA 4YKPA 3KSJA 3TKDA 3H06B 3UK4A 5HPQA 3D4GA 1SBPA 1EH3A 3MPKA 5H8NB 1JW1A 3RTWB 1P1OA 2ONRA 5FHMA 1B32A 3T66A 1US4A 4UA8A 3PAMA 2FYIA 4OMBA 1N3XA 1H76A 3HHGA 1LLSA 4F3BA 4Z7EA 3MZ9A 2HXWA 4HW8A 4G8MA 3Q28A 3FGSA 1JETA 2OLBA 4R6YA 3DRIA 3KGCA 3QIMA 4ESXA 4M1VA 3K0VA 4ZE9A 1FTLA 2Z8FA 2YLNA 4IGTA 3VVDA 1P99A 1XT8A 2F7BA 1FCKA 4Q0CA 3S9NC 5TP9A 2V25A 4AB5A 5KZTA 4FECA 2I4CA 4P0GA 2I49A 1MXZA 1Z7NE 1US5A 4MLQA 1OMPA 2DXRA 1N7WA 4QFPA 1D4NA 4ECFA 3TYHA 4OWDA 1MPDA 3P7IA 1BIYA 4QF9A 3ODBA 2PMSA 2DQVA 1NFTA 2AIXA 3FVGA 3LR1A 2GFEA 3TMGA 3DM0A 4JSDA 1VR5A 4OZ9A 2F97A 1MH3A 2REJA 4X1BA 4IY5A 3RNNA 4OFJA 3SEUA 3IB2A 4E0WA 1SYHA 4EDPA 3FV1A 1ZIUA 2XXRA 1II5A 3IJXB 1R6ZA 5TPAA 4FE8A 3S9MC 3PUXE 4N13A 4OETA 1XOCA 1PDAA 1LGBC 3HHFA 1Y4TA 1MRPA 3M8UA 4ZZEA 2X7QA 3PUVE 3C9HA 4RY1A 4FEBA 3LSLA 3SKPA 3CR9A 2Z22A 1URSA 4GL8A 2Z23A 4EF1A 4RK2A 1UTHB 4R9GA 1DMBA 4MF3A 2WOPA 4DCXA 3G3FA 5IKBA 3MVYA 1FW0A 4RXLA 3QUFA 5DVIA 3IX1A 3ZKKA 2DS9A 1NNPA 3ZS6A 1M5BA 2Y84A 5K2XA 1CB6A 3BKIB 4JWXA 3RQTA 1NKXA 4DIGA 4KHZE 3O9PA 3WAEA 1IUDA 3FTOA 4G8NA 2HCAA 4ZECA 3M3LA 4JWOA 2DWJA 3IJOB 3U72A 2BJJX 3L6HA 5HM4B 3TFLA 4THIA 1HSEA 1H44A 4OEUA 4BDQA 2ANJA 3GZGA 3DRHA 3FUZA 5I2KB 4H8IA 1P1WA 3G7WA 4XKRA 4MLVA 3IK6B 4YU0A 3MP1A 4JDFA 1MY4A 1B0HA 3N94A 1VE4A 4ONYA 3LVUA 1IEJA 1H45A 2NXOA 4ELRA 1QKAA 3MZ1A 4DCYA 4H8JA 2WKYA 3CFZA 4BDLA 5ISUA 2UVHA 4TLLB 1B3EA 2F35A 4QFNA 4XKPA 3FIRA 4G8HA 1RKMA 4IO5A 3DP6A 4ELPA 3PGFA 5IAIA 3VDFA 2XXHA 4R6KA 3QUJA 2V3QA 5KCJA 3VLVA 2Q2CA 2RCAA 1DPPA 4X1DA 1ZBMA 3GBBA 2F6GA 4F18A 1AH5A 3ECRA 4EQBA 5BWJA 2Q8JA 4X48A 4ELQA 4ZEKA 1S7YA 2A5SA 3IOTA 1SW2A 2QJEA 3OXNA 2PT1A 4H1XA 1SW1A 4QFKA 4YICA 1Q1KA 3I6VA 3PD8A 3FV2A 4G68B 3FASA 2R9JA 3FXUA 4EXKA 2RINA 3VVFA 1I69A 3EQ1A 3H3GA 4PFWA 5JEIA 3EN3A 3OMBA 4N6PA 4WXJA 3SESA 2QRYA 1BP5A 4DXCA 3K01A 4NF5B 4YKKA 2XXXA 5AA4B 1OQHA 3K1NA 4R74A 2CMOA 5ITPA 5LOMA 3N5LA 3O6PA 4LONB 1LCTA 4BLAA 4GXAA 1B3LA 2VD2A 1N04A 3CIJA 3JZJA 1B51A 1NH7A 1PB8A 3PU5A 5TU0A 4YAHX 3OSQA 3C34A 1MPCA 4BDNA 1S9TA 1ZTYA 4F31B 4H65A 4F3PA 3OD7A 4ZZAA 3U93A 3F11A 5I56A 3TCHA 1A99A 1MH4A 5CBSA 3T9HB 5CMKA 3OO6A 5I58A 1UTBB 3MPLA 4GD5A 4L17A 2B3BA 1DTGA 3N26A 2XHDA 2DWHA 3FJ7A 5KDTA 2PT2A 1FTJA 2XXYA 3TTRA 5L9OA 4NF4A 1H43A 5AA3A 1LFIA 2O6AA 3CFXA 4U4SA 4NTLA 3HCQA 4WEPA 1M5EA 1POTA 1I6QA 4LP2B 2E0SA 3Q27A 1LFHA 1FQBA 4NEDA 2O7IA 3MVWA 4IO3A 4QRZA 4GOTA 3VVEA 3OEKA 1SYIA 5H8FA 4FIMA 2F36A 4R75A 2E1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXKA 4IGRA 4C1UA 1ATGA 3VLUA 4TOZA 4LN5A 1OLAA 4DXUA 2R71A 1DOTA 5JTYB 4YB6A 3QXMA 4GVOA 2OJTA 5I7IA 4GWWA 2OWTA 1FQFA 3B8BA 2ONKE 5IZ1A 4AQ4A 2I4BA 2UVGA 3O2AA 4LVQA 1KA1A 4KCDA 3VLWA 2WYKA 2H9BA 2VPOA 5JK4A 3R7XA 4UABA 1NNTA 4H6DA 4N91A 4Z0IA 5JTYA 3T9VA 4NF6A 1IMEA 1JW5A 4HCYA 4P9KA 3OEMA 1FQEA 4IY6A 3K6WA 3KC0A 3TUSA 3VE1B 2XXWA 5TP9B 1M5CA 1A8EA 4UACA 4DZ1A 1VFDA 3UGWA 4F2QA 3IORA 4GX6A 3K6UA 5CI5A 2O1LA 1B4ZA 2I3VA 4I8CA 3VV5A 3TCFA 3PV0E 3RPWA 2HEUA 3PPQA 1FBHA 3MAMA 4O8MA 1NV0A 1O64A 2VPNA 1A8FA 2KR0A 1IXIA 4HTGA 4GWOA 4POXA 1IXGA 3K02A 2UYFA 4DXBA 4U1ZA 4RNSA 3SEWA 3CI8A 3CSBA 1BLFA 2NUVA 3DLNA 3TELA 4OENA 1VSOA 1MY3A 1WVJA 3HV1A 2F78A 5IGAA 2XX7A 3C4MA 1SI1A 3N6TA 4QSCA 3T1BA 4EUOA 1FPKA 3SEVA 4NWCA 1IITA 3HSTA 3FXQA 3O6HA 1JW4A 4F1YA 1PEBA 2QS3A 3I5OA 5F7VA 3M3KA 4MMPA 2GHAA 3SETA 1XVXA 1AMFA 2ZYKA 2I0BA 1JEUA 4JSOA 5TPAB 4DDDA 1WDNA 3E79A 2ZYNA 3GXAA 1FQAA 1TWYA 4ND9A 4XFEA 4GWZA 3A3UA 1S50A 4R9FA 1MXXA 3C36A 1Y3NA 2ESNA 4KD5A 5FHNA 3TTMA 2JJKA 3C32A 2FIEA 4FORA 1RYOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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