1B3LA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kgk
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 181
structure length 517
sequence length 517
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3lA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3lA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3lA02
3FGSA 2XXYA 3UA8A 1MS7A 4F1UA 2GRVA 1OVBA 3CFZA 4ZEFA 1SVXB 2I0CA 1MDP1 1LBBA 4NWDA 4BDQA 3SKPA 1VFEA 1ZJLA 1MQHA 2Z8FA 3CFLA 4UA8A 4RPOA 2B4LA 2DVZA 2R9JA 4FATA 2UVHA 2X7QA 3C31A 3G3HA 4KPTA 2ZYOA 4WEDA 4YB6A 2XXUA 1JEUA 5CRYA 1B58A 1Q1KA 3KZGA 2DWAA 2H99A 3SETA 1FQDA 1WVJA 1SQYA 4FEDA 4TLLB 4PFWA 2ZYNA 3B6QA 3QK6A 1FW0A 2P1SA 3TODA 4O3AA 1VFDA 4XKNA 3I6VA 5ISUA 1UTBB 4KCCA 4TOZA 5CMCA 1IZ1A 2R71A 4EF1A 3FATA 1O63A 4R6HA 4YB5A 2UYEA 2HCAA 4F39A 5AA1A 3VVFA 4ISUA 1MH3A 3OEKA 3HO7A 2XHDA 1IQ7A 2Q9TA 1B46A 2XXVA 3C35A 3RYBA 5K2XA 5I2NB 4NTLA 4DIGA 3HHGA 1SYHA 3K00A 2M8CA 4G68A 4IO7A 5K2YA 4RYAA 4DXUA 2XXHA 4Q8RA 3KN8A 4YICA 1AOVA 1M5CA 1R6ZA 3QUFA 4JSDA 3DP8A 1NNTA 1MPBA 4RK2A 5DEXA 3CIJA 4P0IA 2RF1A 1BIYA 4NF4B 2O7UA 3LUYA 3I5OA 2BJJX 3IB0A 2THIA 1H76A 1Y20A 2REJA 3G3GA 4JB7A 3SERA 4NF6A 3IJXB 1TFAA 3D4CA 5IAIA 3CR9A 3KN7A 3HSTA 4H8IA 5CBRA 1JNFA 3VVDA 2ONKE 4KYSA 4GLIA 3K02A 4YU0A 2Q2CA 3KOSA 3E13X 5I56A 3G3FA 4H5FA 2ZNUA 3FXQA 1MXYA 2XXWA 4NF5A 2NWJA 5BWJA 3TDJA 4NWCA 2V3TA 2F8DA 4IO2A 4ONYA 3MJNA 3RTWB 3N94A 4PE5B 1OLAA 3R26A 1DPPA 4NF8B 5H8HA 3Q28A 4H1XA 2O1LA 3MP8A 4EXKA 2X26A 1B3FA 3T93B 4GVOA 3JV9A 2RCBA 3QYTA 4G8NA 3N6TA 1DTZA 1QKBA 3ZS6A 3MW0A 1LLSA 1JQFA 2DVCA 2QMXA 3U8QA 4KYDA 1BLFA 5H8NA 4QFLA 1LAXA 1P1WA 3KBRA 2Q8JA 2RCAA 1MY4A 4OMBA 1LAFE 3FJGA 4H5GA 3V89B 5I57B 5HPQA 3GXAA 4ELRA 2F36A 2HZLA 2D5WA 2Y7PA 4NE4A 1YAEA 3H03A 5I2KA 1B4ZA 2XX9A 1P1UA 1P1OA 4QSCA 2A5TA 4ECFA 1J1NA 3CHGA 3W9VA 5JK4A 3OMBA 1B40A 2VHAA 5JTYA 1N0TA 2PX1A 1FCKA 2FA7A 4FAJA 3V83A 4OWDA 1DPEA 4IO5A 2I49A 4E0XA 2Q89A 4O3CA 2UVGA 4JWOA 3TAJA 3C36A 3IAZA 1B52A 3RQTA 3O66A 3DM0A 4FIMA 2R6GE 3DP6A 2VP1A 3S4UA 2O51A 2YLNA 3K1PA 1L5TA 3H06B 3IO4A 1IITA 3EN3A 4ZS9A 3H4ZA 4YKJA 4BDLA 1GV8A 4XXUA 1XVXA 4FJPA 4RPNA 1DSNA 1DTGA 3SEXA 3O28A 3VXBA 4MLVA 4R73A 1US5A 3ECRA 3K01A 2Z23A 1JEVA 3EPEA 3K6WA 4F2QA 3KGCA 5H8SA 1SW2A 4GFRA 5EHSA 2B3FA 4I8CA 4I9DA 4OFOA 2V3UA 1II5A 1BTJA 4BDNA 4N6PA 3FV1A 1LAHE 2PVUA 5AE4A 1OMPA 4MLQA 5H8FA 2DS9A 4MH5A 2IA4A 4H65A 4N07A 2DE3A 3PMXA 3BKIB 4M1VA 3GLBA 3VE1B 2F6GA 3VLVA 3TUSA 1VR5A 4GL0A 3C9HA 3E3KA 2F35A 1Z7ME 2F97A 3K2DA 3LR1A 3OEMA 2QS1A 4IGTA 1PDAA 2GHBA 4THIA 4TLMB 1B0HA 2P2AA 5DEXB 3U1OA 1OVTA 3IR1A 3H6TA 1GTKA 3RYAA 3PUZE 4FECA 4POXA 4NF6B 3FVKA 3AXFA 3ILTB 3PMWA 3FIRA 3UK4A 1AL3A 2G93A 1TXFA 5ITPA 1URSA 4X1DA 3TTRA 1SBPA 4R6YA 3VDFA 5B70A 1D9VA 1HSLA 5I58A 5M2VA 2HFBA 4MF3A 3RPWA 5I59B 4QFOA 3T9UA 3U92A 3IK6B 5TP9A 3ZKKA 3N26A 3OSQA 1QJMA 2QS4A 2QJEA 3TQWA 1R9LA 3MPKA 3O9PA 3TTLA 3R6UA 1SI0A 4LZ5A 5CM6A 4KCDA 2OLBA 4F3GA 2ESNA 2XX7A 1NMUA 4JDFA 4ELQA 1BKAA 4F3BA 2HZKA 4GXSB 3R7XA 3PUVE 1LSTA 2XXXA 3T22A 4DE8A 1PB8A 4LA9A 3DRIA 3G3KA 4IY6A 1A54A 5FTHA 4X9TA 1B1HA 1A8EA 4UACA 1OLCA 3D4GA 2O1MA 1JW5A 4KD5A 1BP5A 5KCJA 1N3XA 1I6AA 5TPAB 1IXCA 2O84X 1MDQA 2DXYA 2A5TB 3TTNA 3DP4A 1XVYA 4IO4A 4JWYA 4GF8A 2F7AA 3SEVA 3C4MA 5DVFA 2DOJA 4H8JA 3K6UA 4AB5A 3A09A 1ZMGA 1JETA 4LZ7A 2ZYKA 2H98A 4R9FA 3FXRA 1Y1ZA 4Z7EA 4RXLA 2GFEA 1PB9A 3CG1A 4FEBA 4PFUA 5AA4A 1IUDA 4U4XA 3MZ9A 4ESWA 1URDA 3C34A 3B6TA 4GWOA 4GD5A 3U72A 2E1SA 3MP1A 3VV5A 1B5HA 3PPPA 3USDA 1URGA 3DLNA 1UQWA 3IB1A 3O2AA 3PD9A 1A8FA 5DVIA 2I4BA 3TTKA 2H9BA 2PBWA 4O3BA 4ZEKA 2F34A 1H44A 2YPNA 3E9XA 3C33A 3ONMA 4JXIA 4K3FA 1Q35A 4IB2A 3O29A 2IEEA 1ZTYA 5JEIA 2RINA 5DVJA 5FHOA 3DRFA 3DRHA 1UTHA 5EHMA 1S50A 4G77A 1SI1A 3H3GA 2ZXTA 3TQLA 3VXCA 3OO9A 1M5DA 5LOMA 1B32A 4KR5A 4LATA 3O6GA 5ITOA 2FYIA 1MQGA 2HAUA 2OK2A 4LZ8A 4QRZA 1FTJA 4QFPA 2ZYMA 2NOOA 5BUUA 5IKBA 2G29A 3MPLA 3CG3A 1M5FA 2LAOA 3T9VA 3SESA 4EQ7A 1MXUA 1NL5A 4OEVA 1O64A 4X1BA 3U93A 3RT6B 1F9BA 1B51A 1Y3NA 2UXAA 1VSOA 4ZEIA 1XOCA 2Y7IA 3TTMA 1B7UA 3L6HA 3OENA 1P99A 1A55A 1LFIA 2AIXA 2REGA 1H43A 2RC7A 2DQVA 1I6BA 2I0BA 4QFKA 1PC3A 3PMVA 1CE2A 1H45A 3RLFE 2V93A 3OD7A 4XTCQ 3TZAA 2DXRA 3LSWA 3T9HB 3N6UA 5DTBA 3A3CA 3B7DA 3GBAA 1YCJA 3MQ9A 3G7WA 3HPIA 4ZE9A 1B7ZA 1MPDA 4HTGA 3IOVA 4TQUQ 1EH3A 1SYIA 4ZZEA 1B3GA 4H0WA 4QF9A 5A5XB 4U1ZA 3K1NA 5TP9B 1UTBA 1ANFA 1USYE 3IO6A 4R72A 2Y84A 3HN0A 1NNPA 2DE4A 3WAEA 3OO8A 3VLUA 1JVXA 3MC2A 3FJMA 2VOZA 4JSOA 4OERA 1LB8A 3FJ7A 1D4NA 1XHYA 4DCXA 2I3VA 1MXWA 2PT1A 4XKQA 1Y4TA 4OESA 4Z0IA 3K0VA 4YMAA 2CZLA 3QUJA 3CSBA 1Y4CA 3SEYA 5I2NA 1PEBA 1POY1 2QL3A 3KJTA 2GHAA 1QW0A 1H3DA 4LVQA 3FVOA 4PQJA 3MVZA 1SDXA 1FTLA 2W7YA 2O6AA 2I48A 4Q30B 4WXJA 3S9LC 2DP8A 1AIVA 1ZLQA 4DLDA 3LVUA 4LP2B 3FUZA 2RKMA 3IOWA 3IL1B 4YMBA 3V8XB 4MBPA 1B3EA 1DMBA 3MUQA 1B1XA 5FHNA 3FVGA 4F1VA 5KCJB 1NFTA 3S2VA 4OZ9A 2A5SA 5F7VA 2DWHA 3MWBA 3TCGA 3TPAA 4BDRA 5L9OA 4FORA 4KQPA 3TKDA 5CMMA 3ODBA 1A40A 5CMKA 4BDMA 4QSEA 4F2OA 4OFJA 1WDNA 3QSLA 1DOTA 2ANJA 1QUJA 3PD8A 4OETA 1FQFA 3TCFA 1XT8A 1MY0A 2B3BA 1OQHA 1MM6A 5DYHA 2XXPA 5ELVA 3PGFA 4IO3A 2PT2A 1MG1A 4G68B 3UORA 2H5YA 3ILUB 4EF2A 3RT8A 1R9QA 3U94A 3A3UA 4QSDA 3KN3A 1UIUA 3FTOA 3OXNA 1PB7A 2F6PA 5L9SA 4YKPA 3T9XB 4C1UA 5KDTA 1XS5A 3VFJA 3JYRA 2UVJA 3FV2A 3Q25A 3UP9A 1FTOA 3M3KA 3K4UA 2AYSA 4G4PA 4JBZA 4GRKA 2ONRA 4ELOA 4KHZE 5HM4B 4F19A 4N13A 3OOAA 3LSXA 4RNSA 2XXTA 3H7MA 1UTHB 1FTKA 2VGQA 4HS7A 3MVWA 2V3QA 3G3JA 2E0SA 1LFGA 2XXQA 2QMWA 2D3IA 2Y7RA 1US4A 3RUMA 4R75A 1LBCA 2QRYA 1POTA 3P7IA 5I56B 3UIFA 5I57A 3QXMA 5AA2D 1MRPA 5J1DA 1EZOA 1MY2A 3KJ7A 4NF5B 4OFLA 1NH7A 1NH8A 4R9GA 2Q2AA 3ZKLA 3MP6A 1IXIA 2OWTA 3CRBA 1S9TA 4OTEA 5ICQA 2H4IA 3PPRA 5H8HB 3CVGA 2HAVA 3TYHA 2XD3A 1EZ9A 3PUYE 3RGYA 3DRKA 5CC2A 3OO7A 4PETA 1QUKA 3I3VA 1NKXA 5CBSA 1ZBMA 1IIWA 5H8QA 3IB2A 2I58A 5H8NB 1N04A 4KYEA 4F22A 3KEIA 1ATGA 5AA2A 1RYOA 3TEPA 3PUXE 3PPQA 2PMSA 1NNKA 4EUOA 2OBGA 3IOUA 4R6KA 2HQ0A 5I2KB 3W15C 1N7WA 4IGRA 3RN8A 4WEPA 4QFNA 3RTFB 3LSLA 4OXVA 1S7YA 3KSJA 5JTYB 4RA1A 1QULA 4OQOA 4ELPA 3QAXA 4HCWA 1B4HA 2NUVA 2XX8A 4YB7A 3Q27A 1LCFA 1SW4A 4KFQA 4ZZAA 1QVSA 5I84A 1SW5A 5FTIA 1GR2A 3IJOB 3DRJA 1WODA 3MZBA 2Z8EA 5CMBA 3IX1A 2RC9A 3QIMA 3S9NC 3FASA 1T0KA 2OJTA 5B7DA 1MY1A 1TT1A 1Z7NE 4I1DA 4POWA 4YKIA 3T96B 4PP0A 1JVYA 4DZ1A 2X7PA 1OIBA 1GGGA 4M4GA 4PFYA 1IXHA 4I62A 4LQ2A 4U4SA 1P1QA 1Y3PA 3FZVA 1HSEA 3O6IA 5L9MA 3L6GA 4LQ5A 3OELA 1YTVA 3CI8A 2XXIA 3MVYA 1MM7A 2XD2A 4R2FA 2QSXA 3BFUA 3EHTA 2O69A 4U2RA 2FNCA 1FQBA 2ABHA 4U21A 3CSGA 1D9YA 4F1YA 4GOTA 5H8FB 3BBRA 1Y3QA 1UIVA 4C0RA 3S9EA 1TWYA 2DE2A 3PPNA 4LUBA 2WKYA 3TMGA 3VVEA 4IY5A 3FD3A 1QKAA 2I4CA 4YKKA 1FTMA 5I59A 4OENA 3V5AA 4DXCA 3FVNA 5DT6A 3DELB 3PAMA 1NNFA 3ZSFA 3SEWA 2UVIA 4Q0CA 1B3LA 1RKMA 4GL8A 3UN6A 1B5JA 5KDTB 1ELJA 4WKMA 3JZJA 3KG2A 2ALUA 1SW1A 4NEDA 4G8HA 4G8MA 2F5XA 1OQGA 3K6VA 4EQ9A 4GIZA 2WOLA 4P0GA 1TFDA 2ZNTA 3OSRA 3O97A 2AL4A 2OCUA 1N7XA 4YZZA 3LC8A 2F7CA 1A7LA 1GVCA 4F31B 3BFTA 1RYXA 3OO6A 2D21A 1USYH 2ONSA 4XIGQ 1M5BA 1I6QA 2NXOA 2CMOA 4BLAA 3SEUA 3FXUA 3K1MA 1I69A 3M3FA 3PU5A 5I58B 5HBCA 4OEUA 2O7IA 1SD3A 1PBPA 2PYYA 1MXZA 4PFTA 3Q26A 2XXRA 3EHSA 2DWIA 2Z8DA 4F3SA 2AL5A 4DXBA 4RJZA 5TPAA 1AMFA 2WOPA 1MH4A 1B7HA 3H6VA 2ZNSA 1VE4A 2Y7WA 3GBBA 5AA3A 1MQDA 1JW4A 4ZEDA 4AQ4A 4NMYA 4MFIA 3TCHA 4ZEBA 4XKPA 1PBQA 1Y9UA 5EYFA 3K6XA 4L17A 2UYFA 4P11A 1FQCA 1Y1MA 1MQIA 5CI5A 1M5EA 4ND9A 5TU0A 4KI0E 1B05A 3O6HA 2WOKA 4RK9A 1O7TA 1MQJA 1JW1A 4R2BA 5H8QB 1KWHA 1D3KA 4X48A 3G3IA 5AA2B 1YPNA 2V25A 3KSXA 4XKRA 1B9JA 4U1OA 2DWJA 3B6WA 3HHFA 1HSJA 4ZECA 4GQOA 4ESXA 2QPQA 4NF4A 3MAMA 3HCQA 1LCTA 4QHQA 3THIA 3KFMA 3VLWA 3KOTA 3EQ1A 4EXLA 1B3HA 3O6PA 2ZMBA 5FHMA 4OHNA 1IEJA 3MZ1A 1LB9A 1MY3A 4U22A 1QUIA 2Z22A 3N5LA 3SDFA 3PUWE 4DCYA 1ZU0A 1ZKBA 2H25A 4YAHX 4E0WA 5KZTA 4H6DA 1EU8A 5L8DA 3H6WA 3H6UA 1MXVA 3CFXA 3RY3A 5ICTA 2HEUA 5AA4B 1N76A 4FE8A 3M3LA 1P1NA 3LSFB 1LFHA 2F7BA 4G2ZA 1MPCA 4JWXA 2VD2A 4F3PA 3PV0E 4OYVA 3TELA 2DSFA 1FQAA 3GZGA 1R1NA 1B5IA 1MXXA 3T66A 2GH9A 3S9MC 2DYXA 3MBPA 4LONB 3TFLA 3IORA 2QS2A 3MVXA 2OWSA 3IOTA 3Q29A 4NF8A 2NVUB 1B2HA 1LAGE 4DDDA 3F11A 2QS3A 2F78A 4Q5TA 3E4RA 2VD3A 4IO6A 1N3WA 2YJPA 4AB6A 2OZZA 2B65A 1FQEA 3EF7A 2B4MA 4EQBA 3C32A 1B6HA 3PPOA 1IXGA 4GXAA 4F29A 1A99A 3W9WA 2Q88A 2I3WA 3HV1A 2P0SA 2HXWA 2V84A 2O68A 2Y7KA 4C1TA 4RY1A 4U23A 4H67A 1XC1A 4OVJA 3DRGA 4HW8A 1AH5A 1EZPA 3M8UA 3EHUA 4HCYA 4R74A 4F18A 1CB6A 4ZDMA 1LGBC 2I6EA 3WAFA 2KLFA 3RNNA 1N84A 4ZE8A 3UGWA 4G68C 5F1QA 2RC8A 1ZIUA 4BDOA 5A5XA 1B0LA 3LBSA 4EDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X8RA 3FGSA 2XXYA 3UA8A 1MS7A 4F1UA 1FPJA 2GRVA 1OVBA 3CFZA 4ZEFA 1SVXB 2I0CA 1MDP1 4MAGA 1LBBA 4NWDA 4BDQA 3SKPA 1VFEA 1ZJLA 1MQHA 4MCOA 2Z8FA 3CFLA 4UA8A 4RPOA 2B4LA 2DVZA 2R9JA 4NG7A 4FATA 2FIXA 2UVHA 2X7QA 3C31A 3G3HA 4KPTA 2ZYOA 4WEDA 4YB6A 2XXUA 1JEUA 5CRYA 4HXVA 1B58A 1Q1KA 3KZGA 2DWAA 2H99A 3SETA 1FQDA 1WVJA 1SQYA 4FEDA 4N8YA 4TLLB 4PFWA 2ZYNA 3B6QA 3QK6A 1FW0A 1FBEA 2P1SA 4O3AA 3TODA 1FSAA 2KR0A 1VFDA 4XKNA 3I6VA 5ISUA 1UTBB 5IZ3A 4KCCA 4TOZA 5F24A 5CMCA 1IZ1A 2R71A 3QMFA 4MX6A 4EF1A 3FATA 1O63A 4R6HA 2XA5A 4YB5A 2JJKA 2UYEA 2HCAA 4F39A 5AA1A 3VVFA 4MHFA 2GQ1A 1KA0A 4ISUA 1MH3A 3OEKA 3HO7A 2XHDA 1IQ7A 2Q9TA 1B46A 2XXVA 3C35A 1FJ9A 1RDYA 3RYBA 5K2XA 5I2NB 4NTLA 4DIGA 3HHGA 1SYHA 3K00A 5IZZA 2M8CA 4G68A 4IO7A 5K2YA 4RYAA 4DXUA 2XXHA 4Q8RA 3KN8A 4YICA 1AOVA 3NOHA 1M5CA 1R6ZA 3KC0A 3QUFA 4N91A 4JSDA 4OVTA 3DP8A 1NNTA 4PAIA 5EQ9A 1MPBA 4QBAA 4RK2A 5DEXA 3CIJA 4P0IA 2RF1A 2VT5A 1BIYA 4NF4B 2O7UA 1RDXA 3LUYA 3I5OA 2BJJX 3IB0A 2THIA 1H76A 1Y20A 2REJA 3G3GA 4JB7A 3SERA 1NUXA 4NF6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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