1B4E | Genus

Total Genus 120

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	323
structure length	323
Chain Sequence	TDLSQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLKEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	X-ray structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase from Escherichia coli complexed with the inhibitor levulinic acid at 2.0 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (5-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE)
total genus	120
structure length	323
sequence length	323
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	1998-12-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1b4eA00

5EPDA 1JQVA 3F1QA 2E5BA 1JUBA 1H5YA 1GVSA 3OG3A 1GG0A 1JUKA 3P61A 4UXDA 2ZRUA 5C54A 3C8FA 1QDSA 2FTPA 1VLIA 3P5ZA 5FF2A 4DXVA 2VFIA 3P7YA 6TIMA 3ABQA 4WUIA 4AWSA 2ISVA 3L0NA 1SO3A 3P82A 1VGAA 1LRQA 4UTTC 2ZTJA 3HO8A 3CWNA 1ICPA 5AYZA 4CNNA 2C18A 3C2VA 3T40A 3TROA 2Q8ZA 3C2FA 5HUOA 4AXKA 4IJBA 4O53A 4CQAA 4XTDA 3UZ5A 5CZJA 4FEZA 5FF0A 3PSVA 3BLEA 1QWGA 1W8SA 3STGA 4UTUA 2GQAA 4UFLA 3LRLA 3CT7A 4E0CA 3TE9A 3G1DA 4JY8A 4N4PA 4O8RA 2NUYA 2ZBTA 4N6FA 4NJIA 3A5VA 3PB2A 3BV4A 1IF2A 2VEKA 1X6UA 4ALDA 4WY0F 3LB0A 2FB2A 1K3UA 4GC4A 1VCFA 1UASA 1W37A 5EL1A 2ZYFA 1J2WA 4LS2A 2Y7GA 2VEMA 5AN7A 5U7SA 3TMQA 3O6CA 1Y0EA 3NAVA 4K38A 3CM4A 5D05A 4M6QA 1TJRA 4TMBA 3C2RA 2VOMA 3BLIA 1VHNA 1YTKA 1TPFA 1OYAA 3DHDA 4I7UA 4UFKA 2ZRYA 3GB6A 1A5SA 4GWEA 1VQTA 4UFHA 4JTTA 4XQ6A 4HKPA 2QEZA 1W5PA 1PIIA 1FCVA 1LBLA 2QCDA 4TX9A 4QNWA 2WOQA 1Z44A 2E6YA 4EF8A 2RDWA 4LC6A 4JTFA 4MFEA 2P10A 2V82A 2FPYA 2YW4A 1H50A 2W79A 4GNJA 3TA6A 3JRKA 3C6CA 2ZFAA 1WOBA 1H62A 4OV4A 1JRCA 4Z08A 5LZLA 3T78A 3KRSA 5LNWA 4BWLC 4I7VA 4A21A 2QKFA 1LRTA 2ZA1A 1MEHA 5G1TA 3MBFA 3EX1A 3HQ1A 4WJEA 3G24A 5J5RA 1K03A 1KLZA 3S5OA 2YYUA 2CLFA 4UMBA 4EVZA 4O17A 3QRHA 5KZDA 4AHOA 2PRMA 4N9BA 3S8HA 3W1MA 3O05A 3M0ZA 4ADSA 4IQLA 2QCNA 1WX0A 4OWGA 4QITA 2HSAA 3DAQA 2UV8G 4HPXA 5CSRA 2LLEA 5EYWA 3GXTA 3W1LA 4LVFA 3TQKA 3RNDA 2DZPA 1K7EA 1ZAIA 1O94A 1GVOA 1TV7A 3FJLA 2C6QA 1B3OA 4NZJA 3LTPA 2RKXA 1QPQA 3TW7A 1TYGA 3UQNA 4Z1CA 3OVPA 2Y62A 5F2IA 3SJ3A 3W1XA 4MIMA 3T55A 1C8VA 3TSDA 2TRSA 3NM3A 4UMAA 4JN6A 4O10A 3B8DA 4JYDA 1D3GA 3P80A 5FESA 1ALDA 5I3FA 3NQ8A 3EXTA 2RFGA 4RXGA 1VCGA 3OIXA 4C1LA 4UR7A 4GXMA 3GXNA 5F4XA 3G18A 3W2UA 4O11A 1ME8A 1EWEA 2OCZA 1SSDA 3S1VA 1IXOA 1ZAHA 3I7SA 4NNAA 1LOSA 1W31A 1RV8A 4O1DA 2AQWA 1QFEA 5K9CA 4LVGA 4M6PA 3H54A 4FXRA 4J9JA 4MKNA 3G0SA 1SZGA 1YTEA 4YLWA 2PRHA 2Z6IA 3DGRA 4O1AA 2CLLA 3W1UA 3DXIA 1LBFA 2C1HA 3QSRA 4LUJA 1SO5A 1H51A 5DBTA 4ZVJA 4NX5A 3C52A 1UUOA 4FNQA 3ZR4A 4UNKA 4HPJA 2CZEA 5HWJA 1VR6A 2DZSA 4I9AA 3LXCA 3RF9A 3G1FA 3M6YA 1F76A 1T8XA 1KBJA 5LNSA 4ORMA 3CEPA 3NQFA 3MO7A 3W7MA 1DQWA 1B57A 2BTMA 5D2WA 4Q4KA 1OFEA 1ZFJA 5G4WA 3TV8A 3ANYA 4LS0A 3TNOA 4TR9A 4O18A 5D32A 2HMCA 2QCLA 3FIGA 3S9YA 1Z48A 1C9DA 4LV4A 5CPNA 1ONRA 4HNTA 1WOAA 1V7YA 1OX4A 3PC0A 3FA5A 1F2JA 2I1OA 3TCEA 1AW5A 1CW2A 1LOQA 3R2GA 2RDUA 4DF0A 1TQXA 1MO0A 4KFPA 4BI7A 3N14A 4L4MA 3HGOA 3NPVA 3PY2A 4UTKA 1ICSA 3O16A 2IQTA 2NV1A 5I3GA 2C14A 3VKJA 3W7QA 5F1UA 4QISA 3S5NA 4O28A 1FX6A 2WQPA 2DZXA 1SZFA 3MI3A 2WO5A 4ICNA 4EOUA 3L67A 2JK2A 3STCA 1GYNA 4WX2A 1XDLA 3TFXA 1FCUA 2QJIA 2OX1A 4DBDA 3S1XA 2JKAA 4DPQA 5LGXA 5A8GA 3DFQA 1RQHA 3GDTA 3JR2A 1VS1A 3W86A 3L0GA 5KSWA 4N9EA 3DH7A 5DY3A 3A21A 1PCWA 4IWWA 2QJHA 4MYAA 3MJYA 2BX7A 1ZALA 5FEZA 5K4XA 4C1KA 5AHEA 2BXVA 2Q3RA 1GYLA 1OX5A 1YXDA 4XKYA 5D38A 3C0JA 1L2UA 4S2CA 3DI1A 5EA9A 4IUOA 1TJPA 4EF9A 2ABAA 4HN4A 1UBSA 4UNLA 1JULA 3E12A 3G8RA 1BEUA 3S1WA 1LTDA 1WA3A 2QDHA 1H7OA 1JR1A 3QMSA 3F4NA 2OJPA 5DY2A 5BW6A 2V9DA 5K7JA 4O19A 3R8RA 5CZTA 1SQ7A 2EF9A 3GAKA 3V75A 5F4WA 4IMDA 3TSMA 1OFRA 3G22A 3BW3A 2QUUA 4RLIA 4UTLA 2B0MA 4BI6A 2ZZ6A 3EXSA 1R2SA 5LGZA 3ZS4A 3WK0A 3UWQA 2ZRZA 1FBAA 4UTWA 4K7YA 3LGEA 3C61A 4S1FA 2YFNA 5I3IA 5K9XA 3T7VA 4ZQNA 4WD0A 3WK2A 4KFOA 1NSJA 4Y9AA 1I2QA 4Z0SA 1TIMA 3S6DA 1KBIA 1MXSA 4ZQMA 1T99A 4ZL1A 3CTLA 4MOZA 3TKFA 1TTJA 3MP5A 1FCQA 4LY8A 5D30A 2FJKA 1SW0A 2AAMA 3G1HA 3O63A 3SI9A 3AJXA 4GRSA 1Q45A 4E38A 3S42A 3GXPA 1W3TA 3LM7A 3QFEA 1WXJA 5LSMA 4O12A 1TREA 3Q37A 4MY9A 3L5LA 1WBHA 2R91A 5E0KA 3TU9A 3QW4B 3RLVA 4IX0A 2QDGA 3NM1A 3HOJA 2J9YA 1OFQA 3PBUA 1XKYA 5AC8A 3TC6A 5EMUA 1I2RA 1QNVA 4GUHA 5T26A 4MUZA 5C2XA 2DZUA 3MYOA 4RCXA 3GIYA 2VFEA 2XN2A 3O8AA 3TQVA 4NJHA 1A5BA 3DKLA 4A22A 3FEMA 4O0ZA 2GQ9A 4O54A 1N55A 3UXAA 3KHJA 3SGZA 1DQXA 3CWOX 3LHWA 3LBMA 1A5AA 4BI5A 1RVGA 2VKZG 3RLUA 1IXQA 5CG7A 1ZENA 1QCWA 5D2XA 3UY7A 2V5BA 4WOQA 4N9CA 4GUGA 3QPYA 2DZWA 3HF3A 2B7OA 2ZZ4A 1JUEA 3LCIA 4R34A 5HUPA 3VI2A 4POCA 4ORIA 4DPPA 1KFJA 3DENA 2X2GA 4AWUA 3KAOA 3P62A 2QUTA 1A50A 1YLVA 1DBTA 2FIQA 4MFDA 3KOFA 1UB3A 1YPFA 1K02A 3UWUA 5KTLA 4OE7A 3P8JA 1VPXA 4ZQRA 3W75A 3E96A 1EB3A 3ZWTA 3EWXA 4R53A 4E2DA 2PCQA 1P4CA 3HBLA 1AW2A 5D04C 4DELA 3QZEA 1KA9F 3W85A 3B0UX 1CX9A 3C3NA 2Q3OA 1K7FA 1YDVA 1TPH1 4H3DA 4RKAA 3NZRA 2ZZ2A 4JR5A 4RZ4A 1SW7A 3DI0A 4QSHA 1GT8A 2C13A 3LV6A 4M19A 1G67A 2Y70A 2ZQ0A 1W5OA 3C56A 3BGJA 4TMCA 4XTIA 1ADOA 4AB4A 1W5NA 1O4UA 1OFAA 1TO3A 3DFTA 4O13A 4FXSA 4LNYA 3VCRA 4PFMA 4DQWA 3IV3A 3TR2A 1PHQA 2YYTA 2FFCA 2QCDB 1KFLA 3G0UA 3OEXA 3LCLA 1JCJA 1X1ZA 3LTSA 4JD4A 3TUUA 2NXHA 4PL1A 4UCGA 4HNNA 1C29A 3QQ1A 4M5PA 2VELA 1SU5A 4OU1A 3TXVA 4QJ1A 1TSIA 5TIMA 3HG5A 3R12A 1THFD 3KVJA 3MBDA 2WNZA 4LRTA 3FS2A 3EWZA 4UTHA 4HNUA 2VC6A 3PS7A 2YZRA 3QMTA 2ISSA 4JTKA 2ZRXA 1IIGA 3PULA 5IBXC 3TH6A 4JTIA 3NA8A 3LLFA 4NNCA 4TU1A 5L9FA 4RZ5A 2YSWA 2VFHA 2YCEA 2YFOA 2NUWA 1W5QA 5HR7A 4LC8A 3LV5A 2D73A 3ABRA 1W0MA 4QM1A 1GTEA 1FDJA 2E6DA 1DHPA 1XBVA 3NQAA 3A5FA 3IIZA 1GVQA 1SSGA 1EUNA 4QIUA 2V2DA 5E1QA 2WSRA 3A23A 3G8EA 4IMGA 1M7PA 4K6AA 3PSWA 3G1XA 3CEUA 2E1DA 3FKRA 5KZEA 2YDAA 2E77A 3A24A 2A1YA 3P5YA 2C16A 1G4EA 1KTCA 4LTSA 3H53A 4JS3A 3INPA 3L2IA 3PBWA 5G1YA 3M47A 2ISWA 2ZZ5A 3W73A 3LHVA 3HJZA 2RHGA 4P61A 3W7CA 3SZ8A 4LRSA 3NOEA 3W07A 1AG1O 2Q8LA 3W72A 3NXFA 1F6PA 4JYFA 1F73A 1NEYA 1AW1A 2A85A 4JIPA 4ZQOA 5TQLA 1CI1A 3GVGA 4Q33A 3TC7A 1L6WA 4GBUA 2V81A 1Q6OA 4IPJA 4MY1A 3N2XA 3IRDA 5GVJA 3LCFA 3GK0A 2VXNA 5F2LA 2OMAA 1J5TA 4N4QA 2Y7DA 3PM6A 4X3ZA 4O50A 1G6CA 4AHPA 2A7NA 2EKCA 4MZ1A 2CZDA 3GLCA 4M7SA 3W2NA 4UTTA 2I9EA 5HWMA 3NPUA 1HO1A 3PWAA 3TAKA 2VFDA 3B04A 3UD6A 1M6JA 3B06A 1XBZA 4GFSA 1L9WA 4JGDA 4X2RA 3GYEA 4BK9A 3IGSA 3QM3A 1RD5A 5F2GA 2FDSA 4JX5A 2H8XA 4BF9A 2PURA 1FXQA 1FCBA 2PE4A 1SO6A 3IVSA 1NFBA 2B4GA 1DL3A 3I7RA 3GAYA 2CU0A 3LOTA 3LXBA 3OA3A 3P84A 3GDLA 1QR7A 4O1CA 1YXYA 5HR6A 3T44A 1FWSA 2ALDA 3UNDA 5F4SA 3P67A 4O14A 5DBUA 3UWVA 3TMLA 1DVJA 3GX9A 2B7NA 4CCEA 3OBKA 4FB7A 3V1PA 4CQ9A 3LTYA 2C15A 4IOTA 3LLDA 1KTNA 2GVLA 3LCHA 5BNKA 1UJPA 4FNPA 1JCMP 3G1VA 4H4IA 1AMKA 2Y85A 3SIZA 3W2MA 2VEPA 5I3KA 6ALDA 1T96A 3QEZA 3NQ7A 1TPC1 1M7OA 1OFOA 2QJGA 3BO9A 1Z42A 1DOSA 3GNNA 3PUEA 3CC1A 3W71A 1OFDA 4MYXA 1FWWA 1XUZA 2GQ8A 2H6RA 7TIMA 3KVKA 1PE1A 2ATMA 2G5WA 3CB8A 3UPBA 1JQXA 1K8YA 3EWBX 4GE8A 1ML1A 1EPXA 1BKSA 2XN0A 1Q6RA 1HTIA 2XN1A 4LVBA 5HULA 4RK8A 2A4AA 1G4PA 1OYBA 1HUVA 1QO5A 1VCVA 2PC4A 1PL9A 4WXZA 2JGYA 4CCDA 4CQ8A 3W23A 1MSSA 1OYCA 2ZZ7A 4JTJA 5CGQA 3MI6A 1EIXA 5CPOA 1LRNA 1V5XA 3N2MA 4BWLA 2NUXA 4IMFA 1I2PA 3MP3A 1YDNA 1EP2A 1VLWA 3N73A 5FF3A 4X9SA 3TX9A 3ELFA 1NF7A 3NGJA 2BLEA 3DHFA 3E0IA 3NQGA 1I45A 5LHFA 1WDWA 3HPSA 3MWAA 3H55A 1QMLA 1LLZA 5C5YA 3WK1A 3U8GA 3NQEA 4WOZA 4JTUA 3KFTA 3THAA 1GWJA 3W3OA 2FPVA 4AH7A 4WY0B 3EWUA 3G0XA 4Z1DA 3LI0A 3FFSA 2V2HA 1LLWA 2JBMA 4IMEA 3EX3A 3DZ1A 4BR1A 1TV8A 1JCLA 4MZ8A 4X22A 3W7RA 2QCFA 1VYPX 5AFDA 4Z1BA 3LBCA 2A6NA 4NQ1A 1KM1A 4Y96A 5MHBA 2NXGA 4LOCA 1TB3A 4JDBA 4GUJA 4XUGA 3RU6A 1PHWA 3W1AA 4O4VA 5DCDA 1P1XA 3ZWSA 3NL6A 3QSTA 1QAPA 4E2BA 2HS8A 1Z41A 3SW6A 3W9ZA 3B0PA 3TIMA 2V8ZA 3PBVA 4UTMA 1IXNA 4BFAA 5K3VA 1ZAJA 5LNRA 4XBKA 4YCPA 4IPIA 2ZTKA 1BWKA 3BVJA 4HNVA 1XXXA 1L6SA 4FO4A 1QPRA 2Z1BA 1I2NA 1FDZA 3DFOA 1ZJIA 1RQEA 1OFBA 1NVMA 2P1FA 2NWRA 2NX1A 3G3MA 2R8WA 5HJLA 2VFGA 5F2MA 4DEFA 3CU2A 1H61A 1OABA 3LCXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1KM2 A;  3L21 A;  4HT3 A;  4HA0 A;  3WFL A;  5BMW A;  4MNM A;  3HZ3 A;  3LI1 A;  3I6T A;  4J28 A;  5LIK X;  4JTG A;  1T0O A;  1SGJ A;  4O15 A;  2E68 A;  1OHL A;  1QHO A;  4NU7 A;  1QW8 A;  3STE A;  3AIU A;  1VJI A;  3UEQ A;  3DER A;  3M43 A;  1BQC A;  2WZE A;  4D2J A;  4LU0 A;  4JQ3 A;  4D1J A;  1B0I A;  4L56 A;  2CEQ A;  2PDI A;  4ILS A;  2VX4 A;  3VKD A;  5DEZ A;  1XIB A;  1BG9 A;  2J62 A;  2A0N A;  3A12 A;  1W3I A;  3FDG A;  4CCC A;  1Y5W A;  4IXH A;  4XWU A;  3QXB A;  1S5T A;  3NVD A;  3V5F A;  4C6B A;  4FXJ A;  2QUV A;  4HNO A;  4WR3 A;  1XS2 A;  4LCR A;  2XHY A;  1DID A;  3V0T A;  3SUW A;  5I3J A;  1K6W A;  5CZS A;  2FPT A;  2I9U A;  5EY5 A;  4MTV A;  1W9U A;  1ISZ A;  1A5C A;  4TO8 A;  3VNL A;  4Q8U A;  1YBQ B;  3TZN A;  1A0C A;  4S3B A;  4RZB A;  1OF8 A;  4O0K A;  2V30 A;  1CDG A;  2D3N A;  1QNS A;  4AAJ A;  3K30 A;  4RNF A;  4UFM A;  4UTW C;  1EIB A;  3HJE A;  4H9T A;  3NO1 A;  1SM9 A;  2P0O A;  2BDQ A;  3SUU A;  1LL6 A;  1C8Q A;  3CT2 A;  2B7Q A;  5I6S A;  3N29 A;  3W0K A;  1TE1 A; 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1B4EA

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