1B4HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-diaminobutyric acid-lysine
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 194
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b4hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b4hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b4hA02
3FV1A 4KFQA 2IA4A 4GL0A 2FA7A 3TELA 4ZS9A 4JWOA 1LAHE 1Z7NE 2HXWA 4DZ1A 4G4PA 3U8QA 4TOZA 3G3FA 3H6UA 3MAMA 1IXCA 3FUZA 3MPKA 1GV8A 3KSJA 1MQDA 2R71A 3FV2A 4PQJA 4QHQA 3IK6B 2XX7A 1JEUA 1QKAA 4OZ9A 1QVSA 1DTZA 4LQ5A 1OVBA 2Q9TA 4H8IA 3SEWA 5FTIA 1PB8A 4ELRA 4C1UA 2ESNA 3OO8A 3SEVA 4YKIA 3B6WA 4OEVA 3LSWA 3U93A 5AA2B 4QFNA 1UIUA 3FD3A 2XD3A 3OELA 1XOCA 5TU0A 3UK4A 3LVUA 2XXPA 4YB6A 1B7ZA 5HM4B 3MP6A 1EZOA 4POXA 4F22A 2HZLA 4F2OA 4RY1A 3IORA 4U2RA 2E1SA 2UVHA 1PBPA 1MXVA 4C1TA 4I8CA 5I58A 2WOKA 4F29A 3B6QA 5DYHA 1JW5A 2VD3A 3EHUA 4ELQA 4EQBA 4U4XA 5IAIA 3KJ7A 4GLIA 3HSTA 1MXXA 2Q88A 5DEXB 1P1WA 3MWBA 5H8NA 1LCTA 1N3XA 4IO7A 4DIGA 3PPNA 2B4LA 2NOOA 2XXQA 1S7YA 3A3UA 5BUUA 3E9XA 3C35A 3Q29A 2OWSA 1NNFA 3QUJA 4F1UA 5AA4B 3S9LC 4RK2A 2Q2AA 5CC2A 1B7UA 5JTYB 3T93B 2G93A 3MJNA 2I0BA 2F8DA 3GZGA 4MF3A 3IB1A 4EDPA 1B3GA 1OQHA 4OFLA 3H6VA 3O28A 3KSXA 3TAJA 2ANJA 1DPEA 1JEVA 1CB6A 3ZSFA 4IGTA 2I3WA 2F7CA 3GLBA 3T9UA 3Q25A 2O51A 4NE4A 1B3EA 3DELB 1MY4A 3VVDA 1URGA 2Z22A 3VLUA 1DTGA 3EN3A 1D9YA 2D3IA 1IUDA 4PETA 3JYRA 3RUMA 4M4GA 2LAOA 4MH5A 4R72A 3C34A 3FJGA 1NL5A 3M8UA 3LSLA 1AIVA 2OZZA 4FEDA 1H76A 4MFIA 2PT1A 3TTLA 2QRYA 1M5DA 3K6UA 4XXUA 1SW2A 4R6HA 1MY0A 3OOAA 1MM7A 2ZNSA 4X9TA 2ZXTA 3KBRA 3MZBA 4X48A 4NF5A 1ZTYA 2ALUA 4X1DA 4JB7A 3TMGA 3IB0A 1XC1A 4R6YA 3V5AA 1SI0A 1MG1A 2QS2A 1R1NA 2DSFA 2I48A 4IO5A 3C33A 4EXLA 5H8SA 4Q8RA 4RPNA 2F78A 3KG2A 1N7WA 4KYEA 3MW0A 4IGRA 4JDFA 3MVYA 5K2YA 5AA1A 4PE5B 2VD2A 5AE4A 5I2KA 1SQYA 3WAEA 2DP8A 4U23A 2ZMBA 1B0LA 2GFEA 3PPRA 2H4IA 1ZU0A 1MM6A 4F31B 1YPNA 5I2NB 1A7LA 2IEEA 1A99A 1UTBA 2D21A 1KWHA 1FQAA 3O6PA 4G8MA 2XHDA 3OSRA 1UTHA 3O9PA 1BP5A 4NF6A 4OXVA 3T66A 1T0KA 2KLFA 2A5TB 1D9VA 4ND9A 3TYHA 2O1LA 4YKJA 4OFJA 4RYAA 5TPAA 3DRHA 5KDTA 1AMFA 4NMYA 3H6WA 5I57A 2XX9A 4ELOA 1BIYA 1ZIUA 3OEKA 1FQCA 1N04A 2Y7WA 5HPQA 3KGCA 4N13A 5I56B 4Q0CA 5H8QA 3M3LA 2ONKE 5KCJB 2HEUA 1LFIA 2YPNA 4UACA 1BKAA 1B3FA 1PC3A 3OO9A 2F6GA 2UVGA 2GHBA 1EZ9A 1LLSA 3IOTA 3S9MC 2RC7A 4EUOA 2PT2A 3FVGA 2DS9A 4YMAA 3F11A 1PB9A 4ZEKA 3K01A 3QK6A 3ONMA 3O66A 3OXNA 4DXUA 3FVKA 1H44A 2XXHA 4YMBA 1FTJA 2XX8A 3H3GA 1TXFA 2OWTA 3JZJA 3MZ1A 1Y1ZA 3LUYA 4JXIA 2ZNUA 3FJMA 3BFTA 1Q1KA 3T22A 1LCFA 4IO4A 5FHNA 3UA8A 4WKMA 4U1OA 2P2AA 5CMKA 4P11A 4NF4B 3FZVA 1Y3NA 4H67A 2DVCA 4TLMB 3FXQA 4NEDA 4KR5A 2F7BA 2QMWA 2Z8FA 1IIWA 2X7QA 1M5EA 2HZKA 2O68A 1B2HA 1URSA 3K6VA 5EHSA 5DVJA 1FQEA 4DXBA 3PV0E 1B9JA 1XHYA 3PMVA 1MDQA 5HBCA 3VE1B 3C32A 4KCDA 3LC8A 1EH3A 1Y20A 1LBCA 4LA9A 3TKDA 1NKXA 2ZYKA 1I6BA 4ZEIA 3O6GA 2HAUA 1LB8A 1OLCA 3RLFE 3I6VA 3VXBA 3IOVA 3S9EA 4XKRA 4QFKA 4R2BA 3PUZE 2I49A 3MP1A 1H45A 1XVYA 4C0RA 2B4MA 1II5A 2XXWA 1M5FA 3Q26A 1R9QA 1ZJLA 4R74A 2NWJA 4ELPA 1ANFA 2F97A 4F1VA 4F3GA 4BDNA 3LSFB 1JVXA 1OQGA 4FJPA 1B1HA 5A5XB 3RT8A 2O69A 5FTHA 4EF1A 2AL5A 3OENA 1A40A 2Y7IA 3TCFA 5CRYA 2F7AA 4BDOA 2A5SA 4F18A 3O6IA 3C9HA 4FATA 3G3GA 4U21A 4Q5TA 4U22A 3PUVE 1I6QA 4AB6A 3KN3A 3V89B 1OMPA 1S9TA 2H99A 3MQ9A 3O29A 1O64A 1SD3A 4LONB 3FIRA 3IOUA 3HCQA 5CI5A 2ZYMA 4OQOA 1SI1A 4YB7A 3DP4A 3K6WA 3H7MA 1M5CA 1B3HA 4F3SA 4JSDA 3N5LA 2G29A 3BBRA 1BLFA 2REJA 4G77A 3RY3A 2VP1A 4NWCA 4DE8A 3EQ1A 5H8FB 4XIGQ 1B4ZA 1YTVA 2AL4A 1QUJA 1RKMA 3SDFA 2QPQA 4IO2A 1Y3PA 4FIMA 1AOVA 2D5WA 4FAJA 3K1PA 5AA2D 1FTMA 4MBPA 5F7VA 2XD2A 3IR1A 2NUVA 1B4HA 2DWAA 2DWIA 5M2VA 3ZKKA 5EYFA 1DPPA 2R6GE 3TTNA 1MH3A 2QS1A 5B70A 3P7IA 1OIBA 3L6GA 3IAZA 4PFWA 3RNNA 4IY6A 2Q2CA 3O2AA 3KJTA 3TDJA 3TCGA 1QKBA 4OETA 3D4GA 3S2VA 4FORA 4DLDA 2V3QA 4EQ9A 1HSLA 1JVYA 1R9LA 2DWHA 2O7UA 5DEXA 1SYHA 2B3FA 4I9DA 3DM0A 3EHTA 3GBBA 4R6KA 2Z23A 4NF5B 3B7DA 1B3LA 4E0XA 1IXGA 4AQ4A 2Q89A 3CFLA 3U92A 3T96B 4U1ZA 1OLAA 1A8FA 3UGWA 3UIFA 4YICA 2O6AA 5I59B 3CRBA 1MQIA 2H25A 1AH5A 2VOZA 5AA4A 3G7WA 1NH7A 1B46A 1DOTA 3THIA 5JTYA 4R9GA 5ICQA 2GHAA 1US5A 4G68A 5LOMA 3N94A 3C31A 2OCUA 3U94A 2Y84A 5KZTA 2Y7PA 1POY1 3RTWB 3IOWA 2PYYA 2XXUA 3EHSA 4OEUA 2FNCA 3RTFB 3DRGA 3HHGA 3IJOB 1B51A 2DXYA 4HS7A 4NWDA 4TQUQ 4X1BA 1IITA 3RYAA 1QW0A 3MBPA 4JWYA 1QULA 3CSBA 1FW0A 3K00A 4NF6B 3R6UA 1FTLA 4RXLA 1L5TA 3PAMA 4U4SA 3E4RA 3T9VA 4OVJA 4PP0A 2O7IA 2HAVA 2B65A 3DP6A 5DVIA 5ICTA 3PMWA 3V8XB 4JBZA 2WOLA 4LATA 1NNTA 1H43A 1LAGE 3VVFA 4ZECA 1TWYA 3K1MA 5I84A 4L17A 3E3KA 4DCYA 3B6TA 1SYIA 3TODA 4ZEBA 1ELJA 2RC9A 5H8HB 3PUWE 4LUBA 1GTKA 5JK4A 1O63A 1TT1A 3C36A 4ESWA 1MQGA 3PPQA 5CMCA 3TUSA 2Y7KA 2E0SA 2OLBA 3CFXA 1P99A 4GD5A 1GGGA 5TP9B 1LGBC 1Y1MA 2QS3A 3TCHA 3VLWA 3H03A 1HSJA 4AB5A 3RT6B 3FASA 2ZYNA 3A3CA 4ZZAA 1POTA 5I2NA 3UP9A 1MH4A 1BTJA 3KOSA 2UYFA 4LQ2A 4ZEDA 4BDMA 1MY1A 4PFUA 3PMXA 3PGFA 2A5TA 1PDAA 4FE8A 2DE4A 1N84A 3ILUB 3I5OA 3MVZA 4QSDA 1SBPA 1B5IA 2RCBA 1GVCA 3K1NA 4NF8B 3IX1A 1RYOA 1LBBA 4OYVA 4OWDA 3SEXA 4OTEA 3SEYA 3HO7A 1XS5A 2HQ0A 2XXYA 3T9XB 3V83A 3K6XA 1N7XA 1UQWA 1MRPA 1VE4A 2X26A 1MQHA 4PFTA 5KCJA 1MXWA 3FXUA 1DSNA 2RC8A 4O3CA 3CFZA 3W15C 1URDA 5ISUA 1LB9A 1Y4TA 5FHOA 1Y9UA 2ABHA 4ISUA 4THIA 4LZ7A 3CSGA 2WOPA 4K3FA 3CG1A 2CMOA 2RINA 1DMBA 1NNKA 1P1OA 3RYBA 3MZ9A 4BDRA 2V3TA 3CHGA 1FQDA 2QMXA 1B1XA 1N3WA 3QSLA 2VHAA 3HV1A 1NMUA 3SEUA 2UYEA 1NFTA 1ZLQA 2PVUA 3HN0A 1ZBMA 1WODA 3MP8A 3OMBA 2PMSA 4IO3A 2I0CA 4QSCA 1B5JA 2DQVA 5F1QA 5CMMA 4KHZE 3AXFA 3DRKA 3TQLA 4WEPA 4KQPA 4YU0A 1TFDA 1I6AA 1B58A 1SW5A 2I6EA 4F1YA 2AIXA 1B0HA 4I1DA 1RYXA 4GVOA 3TTKA 4NF4A 2RF1A 1MS7A 1O7TA 1H3DA 3FXRA 2X7PA 4N6PA 4R73A 1M5BA 3S4UA 4R75A 3SKPA 3C4MA 1MXYA 3EF7A 1F9BA 2V3UA 4BLAA 4H5GA 4JSOA 1VFEA 3KFMA 1JW4A 4HCWA 3UN6A 3I3VA 2ONRA 3W9VA 4Z7EA 3CVGA 3WAFA 2F35A 3S9NC 4KCCA 3KZGA 4DXCA 3OEMA 1P1NA 4FEBA 1PEBA 3G3HA 1B7HA 2XXTA 5I58B 2DOJA 4F2QA 2YJPA 4GXAA 4Z0IA 4F19A 3K0VA 3O6HA 3KOTA 1JW1A 3MPLA 3T9HB 5H8NB 1A8EA 4KYSA 3OO6A 3MVWA 1QJMA 4KI0E 3VV5A 1AL3A 1EU8A 3FJ7A 1HSEA 5ITPA 3H4ZA 4ECFA 4OESA 1S50A 1YAEA 2I4BA 4R2FA 1IZ1A 1I69A 1USYH 1IQ7A 5A5XA 3SETA 3QYTA 1Q35A 4I62A 5CBRA 2DVZA 3FATA 4G8HA 3TFLA 4F3PA 4ZEFA 4KPTA 2Y7RA 2QL3A 2GRVA 3VXCA 3QUFA 2GH9A 4ZE9A 1N76A 4FECA 1FTOA 2H9BA 3FTOA 4LZ5A 4XKQA 2F34A 2DE2A 3MC2A 4MLVA 5L9OA 3EPEA 3R7XA 3ODBA 2I4CA 1P1UA 3O97A 3ILTB 3CIJA 4ZE8A 3LR1A 1ATGA 5AA2A 3DRJA 5L9SA 2XXXA 3HHFA 2DE3A 4QFOA 2AYSA 4OERA 3GXAA 1D4NA 3BKIB 1PBQA 2ZNTA 5B7DA 5JEIA 3ZKLA 3G3KA 2RCAA 4ZZEA 4GL8A 4EQ7A 1JQFA 2V25A 5CBSA 5CMBA 1TFAA 2OK2A 2I3VA 3KN8A 2F5XA 3IJXB 4EF2A 3D4CA 2FYIA 3OSQA 5H8FA 2H5YA 2M8CA 4G68B 3QIMA 2THIA 4DCXA 3CR9A 4M1VA 3K2DA 3A09A 1QUIA 2Z8DA 2F6PA 3PD8A 1VSOA 1LSTA 1NNPA 4RK9A 2I58A 1GR2A 2QJEA 2P0SA 4GRKA 3MUQA 4O3AA 3M3KA 2V84A 3KEIA 4H8JA 4ZDMA 3H6TA 4OENA 4BDQA 1ZKBA 3U72A 1XT8A 1SVXB 1P1QA 4GOTA 4G8NA 1Z7ME 1JETA 1A54A 2QS4A 4P0IA 3QXMA 2P1SA 4GIZA 5I2KB 1PB7A 4QRZA 5FHMA 4UA8A 1SW1A 4F3BA 5BWJA 3G3JA 2B3BA 4YB5A 3PPPA 3QAXA 3VVEA 4E0WA 5L8DA 2YLNA 1UTBB 4N07A 1MY2A 2Z8EA 3TZAA 5J1DA 4YKPA 1UTHB 1LFGA 2QSXA 4LP2B 3TQWA 1NH8A 3MVXA 1A55A 2REGA 5I59A 2DWJA 3OD7A 3VFJA 5TPAB 3DP8A 2HFBA 2WKYA 4LVQA 4XKNA 5KDTB 1FTKA 5I57B 2H98A 4QF9A 5EHMA 3FVOA 3DLNA 5L9MA 1VR5A 4JWXA 1N0TA 4G2ZA 4ONYA 4GF8A 1LAXA 1R6ZA 2ZYOA 3PU5A 1B5HA 3FGSA 4RA1A 4OMBA 5H8QB 3IL1B 4OHNA 4H65A 3H06B 4P0GA 1YCJA 1MDP1 2V93A 3IO6A 3SESA 3Q27A 3R26A 5IKBA 4RNSA 4GQOA 1Y4CA 3LBSA 2ONSA 4YAHX 3TTMA 1FQBA 3VLVA 4KYDA 4H6DA 4O3BA 4RJZA 4QFLA 1Y3QA 2R9JA 4IB2A 3G3IA 2XXIA 4QSEA 5ITOA 1MXZA 4TLLB 1SDXA 4YKKA 3ECRA 1B6HA 1MPDA 1IXHA 3DRFA 4BDLA 3FVNA 3HPIA 2CZLA 3PUXE 5DTBA 2W7YA 5AA3A 4YZZA 4PFYA 4MLQA 1D3KA 3KN7A 4GFRA 3TPAA 3IO4A 1ZMGA 2UVJA 1UIVA 1IEJA 3VDFA 3PUYE 3USDA 4KD5A 5H8HA 4IY5A 3JV9A 3E13X 4XKPA 1MQJA 3LSXA 1EZPA 1MPCA 4ESXA 2F36A 4EXKA 2BJJX 4WXJA 2Q8JA 2O1MA 3U1OA 3RN8A 3N6UA 3UORA 4LZ8A 2UXAA 4GXSB 1B05A 3OO7A 5TP9A 3RGYA 2XXRA 1WVJA 1JNFA 1QUKA 5I56A 3PPOA 1B40A 2NVUB 1B32A 5DVFA 3Q28A 2OBGA 4XTCQ 3RPWA 1J1NA 4H0WA 1WDNA 1MY3A 1B52A 2UVIA 4F39A 3GBAA 1XVXA 4OFOA 2OJTA 5DT6A 1MPBA 3W9WA 4NF8A 1FCKA 4RPOA 2DXRA 4GWOA 1LFHA 1FQFA 1VFDA 4HCYA 4DDDA 3DRIA 1US4A 2RKMA 4QFPA 4G68C 3ZS6A 2PBWA 1OVTA 3N6TA 3IB2A 4H5FA 1SW4A 4HW8A 3K4UA 3M3FA 1MXUA 2XXVA 4NTLA 2NXOA 4H1XA 4R9FA 2HCAA 3CG3A 5ELVA 5CM6A 3N26A 1LAFE 1USYE 3K02A 2VGQA 4IO6A 5K2XA 4WEDA 3BFUA 2DYXA 4Q30B 3CI8A 3L6HA 3RQTA 1CE2A 3TEPA 3SERA 2O84X 1IXIA 3TTRA 3PD9A 2PX1A 4POWA 4HTGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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