1B4HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-diaminobutyric acid-lysine
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
b'ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Peptide binding protein
total genus 194
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b4hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b4hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b4hA02
5EHMA 4IB2A 4Q30B 5FHNA 3T66A 5JEIA 3MZ1A 4I9DA 4NF8A 4O3CA 4LA9A 4IO3A 4BDQA 2XXTA 4LZ8A 1Y4CA 4ECFA 4NF5B 2O1MA 2P2AA 4G68A 5KZTA 1US5A 4R74A 3DP6A 5ITOA 4GRKA 1XVXA 1JQFA 4GQOA 5L8DA 2F8DA 4AB5A 1JETA 1D9YA 3IAZA 3HHGA 4P11A 4F31B 2NVUB 2D5WA 4QFPA 4ISUA 1QW0A 1VE4A 4DCXA 2IA4A 2O7UA 4EXLA 3OENA 5I2NA 2B4LA 3R6UA 4GXAA 4PFUA 4KCCA 3IX1A 2I3WA 3O66A 1Y3NA 2AL5A 1MY1A 2ZYKA 3MWBA 3IORA 4Q0CA 4ZZAA 2A5SA 4MBPA 4NWCA 2X7QA 2XXIA 2Q8JA 1B7HA 2CMOA 2Z22A 4H8IA 1MPCA 1B5HA 1Y20A 4U4XA 3HCQA 5DVFA 1SD3A 4O3BA 2M8CA 2V3QA 5FHOA 4YKJA 4OHNA 1RYXA 5TU0A 2OJTA 1SW4A 2VHAA 4H8JA 3O28A 5EHSA 3TMGA 3LR1A 4ZEFA 1B52A 4G77A 3QSLA 3FVGA 1FTKA 3H6TA 3PUZE 3PUXE 4NEDA 1B1XA 3FATA 3FXRA 4EQ9A 3GBAA 1YTVA 1B32A 3PGFA 5H8QA 3E3KA 3K6VA 1ZIUA 2HEUA 1D4NA 4EQBA 3BKIB 1ZU0A 1O7TA 1N04A 4G2ZA 2ZYNA 2H99A 2XXRA 4FIMA 4BDRA 1FQAA 4MLQA 4TOZA 4KR5A 3N6TA 1RKMA 2WOLA 4F2QA 3RT6B 1VSOA 1PBPA 1B3EA 1LAGE 3B7DA 1A8FA 2XXWA 3G3FA 1XHYA 2UYFA 5AA1A 2O84X 4YB6A 1I6BA 4LP2B 3Q25A 1MY4A 1GVCA 4YU0A 1QULA 2D3IA 1OVTA 1URGA 4JSOA 2NOOA 1NMUA 1DMBA 4L17A 2H25A 3MPLA 1IZ1A 3GLBA 3ZSFA 1H44A 1T0KA 2DYXA 2F7CA 4C1UA 5DTBA 2HZLA 2XXXA 3K2DA 3H6VA 5I57A 3KJTA 4UA8A 4GOTA 2I4CA 2XXYA 4ZDMA 3H4ZA 1USYH 2HZKA 4F3SA 2QSXA 4G4PA 4P0IA 2B3BA 4ZE9A 4KYSA 2GHBA 3LSWA 3SEYA 2Q9TA 3EQ1A 2A5TB 3EN3A 3W9VA 4NF4B 3S9NC 4RY1A 1B0HA 3B6QA 3WAEA 2B3FA 4F3BA 3LSLA 4E0XA 3FVOA 3T9UA 4N6PA 1B9JA 4IGTA 4G68C 1FQEA 2IEEA 1XC1A 2O6AA 2O51A 4POXA 2OZZA 3CIJA 4HW8A 1WVJA 1PB9A 3Q29A 2UVJA 4DXCA 2FA7A 1WDNA 3FJGA 4WEPA 1MXUA 2YPNA 4PP0A 1B40A 1IEJA 3LVUA 2H9BA 2Z8EA 3A09A 1IQ7A 1M5BA 3FV2A 4DDDA 1VFDA 5H8HA 3IR1A 3OEMA 3CFLA 2HFBA 1B5IA 1A54A 1Y3QA 1QUKA 2O1LA 3C34A 3BBRA 5EYFA 2F35A 4JSDA 1HSJA 4OENA 4YKIA 1CE2A 2G93A 3IB2A 1A99A 4FECA 1MY2A 3K02A 1PDAA 2F7AA 5H8NB 2GFEA 3RLFE 1F9BA 4GF8A 1GGGA 3RT8A 3IB0A 4H65A 3DRJA 1B05A 4LQ2A 5KCJA 5I84A 1DPPA 1IITA 1XS5A 5DVJA 1LAHE 1VFEA 3PD9A 4DXBA 4GXSB 4LATA 4BDLA 4IO6A 1LCTA 3ILTB 4LZ7A 2Q88A 3FJMA 1IIWA 1HSLA 4THIA 1MRPA 1PB8A 4OTEA 1OMPA 4EF2A 5AA3A 1ZMGA 1P1WA 2ZYOA 1OLCA 3TUSA 2VD3A 1Y4TA 4DXUA 3TZAA 3QXMA 1MXXA 1MQJA 4F1YA 1B6HA 4LUBA 3L6HA 4KHZE 2BJJX 3K1MA 2HCAA 2XXPA 4P0GA 2RC7A 3MJNA 1CB6A 2QS4A 2PYYA 1OIBA 3K6UA 3MQ9A 4PE5B 1I6AA 5KDTB 5ICQA 3N5LA 2B4MA 4H6DA 2DWHA 1YAEA 2Y84A 3QIMA 4GL0A 5CBRA 3MVXA 3F11A 4DE8A 4F1UA 3C32A 3H6UA 3OXNA 1TT1A 4JB7A 5F7VA 1NNKA 4GIZA 3SETA 4RYAA 3RYAA 1MDQA 2F78A 4XKPA 3FIRA 3PUVE 1I69A 2F34A 3MC2A 3QYTA 3S4UA 2THIA 3Q27A 4IO2A 2UVGA 1SQYA 1TFAA 4U4SA 3V8XB 1QUJA 5I2KA 3MBPA 3LSFB 4OMBA 2OWTA 4TLMB 4OZ9A 3SKPA 2Y7IA 5BUUA 4C1TA 1MXWA 1H76A 3MVYA 3QK6A 3DP8A 2HXWA 5CMMA 4ZZEA 4KD5A 4GFRA 2FNCA 2Q2CA 3C33A 2WKYA 3VVFA 4ELRA 2H98A 4FEBA 2AL4A 3GXAA 1DSNA 4EUOA 1JW4A 1N0TA 4F19A 1Z7NE 2XX9A 3S9MC 1P1NA 1M5DA 5L9OA 5DEXA 1MY0A 3C9HA 4JWXA 4JWOA 3ZKLA 3TPAA 2OWSA 1MH3A 2DS9A 2QJEA 4G68B 3DRIA 4DIGA 2RINA 5JTYA 1B2HA 4RK9A 3UORA 2QS3A 1XVYA 2ONRA 3TCHA 1B7ZA 3CR9A 1LFIA 1BLFA 3I3VA 3K6XA 5A5XB 1B46A 1IUDA 5I2NB 1M5CA 4K3FA 4QFNA 3S9LC 3IJOB 3PPOA 1PBQA 1LAFE 5TP9B 1OVBA 2PX1A 3HO7A 1MXZA 5CM6A 1H43A 3E9XA 1B4HA 4U1OA 4WKMA 4QFLA 4ELPA 1JVYA 1EZPA 1YCJA 4WEDA 4RPOA 1XT8A 1MPDA 1PB7A 2X26A 3OD7A 4NF5A 3T9XB 2DOJA 1MS7A 2O69A 5AA2A 3A3CA 4YICA 5CBSA 2R71A 4H0WA 3HHFA 1LB9A 2FYIA 3ONMA 4OEUA 1PC3A 3VFJA 2ONSA 4XTCQ 4I62A 2W7YA 3IL1B 5K2XA 4EDPA 1H3DA 4H1XA 1LSTA 1NL5A 1DTGA 3D4CA 5J1DA 2OLBA 3H7MA 1UQWA 3WAFA 4HCWA 3V5AA 3BFTA 1P1OA 3RTWB 4X9TA 2DE4A 5B7DA 1SW5A 5I59B 3HV1A 1UTBB 5H8QB 5JK4A 1DOTA 4NMYA 2Q89A 4G8HA 3TDJA 5I58B 1B0LA 3ZKKA 4H5GA 3KG2A 2F7BA 2F36A 4GLIA 4U22A 3R7XA 2VD2A 1URSA 2NUVA 4OFJA 2XD2A 1B3HA 1AOVA 2OCUA 2HAUA 5TPAB 3CHGA 4FE8A 4C0RA 4ZEDA 1Y1ZA 4EF1A 2HAVA 3PPNA 2D21A 3B6TA 3VE1B 2DE2A 4ZEIA 3UA8A 3PV0E 4LONB 1MQHA 5H8FB 2DVZA 3LBSA 3MVWA 3KBRA 5ISUA 3VVDA 4JWYA 4YKKA 1KWHA 3RPWA 3HPIA 1S50A 2QRYA 3U93A 1N7XA 3AXFA 3FUZA 3O2AA 2F6GA 4R9GA 3TCGA 1AMFA 4AQ4A 4FAJA 1POY1 3O6PA 4FATA 3IOWA 1BP5A 3TTMA 4KPTA 2AIXA 3FVKA 3U92A 4H67A 1UTHA 3IOTA 1FQFA 4ESWA 2P0SA 3S2VA 2Z23A 1R9QA 4LZ5A 4F39A 2YLNA 3RTFB 4YB7A 4IY6A 5I56B 3MPKA 2XD3A 5I57B 3C31A 1S7YA 3KOTA 4MF3A 2WOKA 1NH7A 2RF1A 1LBCA 4Q8RA 1B51A 3DP4A 3EHTA 5CRYA 3DELB 3RYBA 4R72A 2PT2A 3TAJA 1BKAA 3ODBA 2QMXA 4QFOA 3E13X 3KSXA 2QS1A 5IAIA 3DLNA 3N26A 1R1NA 1JEVA 1FCKA 3TELA 2QPQA 4I8CA 2F6PA 4NF6A 4YB5A 5FTIA 2Y7PA 4ELQA 1R9LA 5CMCA 5DVIA 3G3KA 4ZECA 2B65A 4R6HA 3CFZA 2AYSA 2RC9A 4U23A 2CZLA 4PFYA 1SW2A 3KOSA 5K2YA 2GHAA 5AA4A 1SYIA 3O9PA 4PFTA 3G3JA 2R6GE 2XX8A 4F1VA 2KLFA 2E1SA 3M3FA 1N76A 3K00A 2A5TA 4FORA 3H03A 2F5XA 1GTKA 4TLLB 3I5OA 2H5YA 1OQHA 4RPNA 1N7WA 2H4IA 3VV5A 1M5EA 4PQJA 3QUFA 2GH9A 3LC8A 4QSCA 1PEBA 4U2RA 4RJZA 1LGBC 3O6HA 4X1BA 5HM4B 2O7IA 3N6UA 1USYE 3SEWA 4ONYA 3KSJA 2R9JA 4U1ZA 5KCJB 2XXHA 4XIGQ 2XHDA 2DXYA 1N3XA 1IXGA 1ZJLA 2ZMBA 3CSBA 5DT6A 4EQ7A 3E4RA 4MFIA 2ALUA 1LCFA 1UIVA 2I49A 3OO7A 3H6WA 5ICTA 1OQGA 3FVNA 3FXUA 3USDA 3C4MA 4ZEBA 3SDFA 1O64A 1MQIA 1DPEA 1Y9UA 4KYEA 3KFMA 3K1NA 3ECRA 1ANFA 3IOVA 4BDOA 4QSEA 5H8SA 2NWJA 2DQVA 5LOMA 3DRGA 4LQ5A 2I0BA 4KFQA 1QKBA 4BLAA 3G7WA 3FV1A 1D3KA 4LVQA 4F2OA 4RXLA 3O29A 4WXJA 3PAMA 5DYHA 3H3GA 1DTZA 3IO4A 3MAMA 1MXVA 3TFLA 1FTJA 1LFGA 1TXFA 1ATGA 3D4GA 1AH5A 3MVZA 3IOUA 3O6GA 2QS2A 2QL3A 4N07A 5AE4A 1A7LA 3U72A 5HBCA 4DZ1A 4Z0IA 1NNTA 3TTLA 2RCAA 4GWOA 5KDTA 2VOZA 3HN0A 4JDFA 3EHSA 1N84A 3SEUA 3G3IA 4BDMA 4NTLA 1D9VA 1B5JA 3I6VA 3U94A 1LFHA 3DM0A 4JXIA 1GV8A 1R6ZA 1I6QA 3KJ7A 5ITPA 3EF7A 3OMBA 1FTMA 1RYOA 1IXHA 3OSQA 3K01A 1EZOA 4NF8B 2XXQA 4KI0E 2Q2AA 3K4UA 1QVSA 1B7UA 4MLVA 1FTOA 4DLDA 1ZTYA 3FXQA 4QFKA 1MM7A 4ESXA 2I48A 1MH4A 3G3GA 5BWJA 2Y7RA 1URDA 4KYDA 4N13A 1Q35A 4IO5A 4OYVA 4OWDA 1Q1KA 3SESA 5HPQA 2PVUA 2DP8A 4NE4A 3IJXB 2REJA 2REGA 2UVIA 3TTNA 4F3GA 2YJPA 3VLWA 4U21A 2I58A 1Y3PA 4R6YA 3PMWA 1ELJA 1BTJA 3TQLA 5AA2B 3VLUA 4ZS9A 2RKMA 1MPBA 3SERA 2DXRA 3EHUA 3PPQA 1S9TA 4IGRA 2RC8A 3EPEA 3TTRA 5A5XA 4OQOA 1II5A 3HSTA 3R26A 1MY3A 1SBPA 3FTOA 3H06B 1FQBA 4YMBA 1US4A 3VVEA 2VGQA 4PETA 5TP9A 3M8UA 3DRHA 3KN3A 3OOAA 4YMAA 2O68A 3TCFA 3KN8A 1IXCA 3OO8A 4IY5A 4DCYA 1LLSA 3T96B 5IKBA 3ILUB 3TYHA 4OERA 4FEDA 4XXUA 3V89B 2G29A 3PPPA 4QRZA 4OVJA 1FTLA 2RCBA 2PBWA 5L9SA 4F3PA 3VXBA 1XOCA 1TFDA 3K0VA 3KZGA 1Y1MA 3MP6A 2DWJA 4MH5A 3B6WA 3RGYA 2P1SA 4G8NA 1N3WA 3MP8A 4Q5TA 1UIUA 4R2BA 3TODA 2UVHA 4HS7A 2GRVA 4OEVA 4TQUQ 4G8MA 4OFLA 5I59A 1OLAA 1UTBA 1B4ZA 1TWYA 5I58A 4YAHX 4XKNA 3DRFA 3C36A 4O3AA 5F1QA 2V3TA 1AIVA 3IB1A 2I4BA 1UTHB 2ZNTA 2PT1A 1WODA 5TPAA 3UP9A 3OO6A 2UYEA 2X7PA 3OSRA 3SEVA 2DWAA 1Z7ME 1JEUA 2ZYMA 1MQGA 3KGCA 1A40A 5H8FA 4R9FA 1SDXA 1FQDA 3M3LA 4RA1A 5CMBA 1LBBA 2V25A 1B3LA 3MZ9A 2DVCA 3CSGA 3BFUA 4POWA 3UK4A 1SI1A 2QMWA 1SI0A 5M2VA 1B3FA 4YZZA 3DRKA 3CG1A 3CRBA 3FGSA 5B70A 3UGWA 3G3HA 4GD5A 2XXUA 1SW1A 3W15C 1P1QA 2HQ0A 3T93B 2ZNUA 3K6WA 2DWIA 2Y7KA 4NF6B 4OESA 3TKDA 1BIYA 2LAOA 4PFWA 4KQPA 2XX7A 3V83A 1O63A 1JVXA 2E0SA 5I56A 2I3VA 1FQCA 3PUWE 3K1PA 5AA4B 3JV9A 2I0CA 4FJPA 3THIA 4IO7A 1NNFA 3LSXA 3A3UA 2ESNA 3OO9A 3FASA 3VXCA 1ZKBA 4X48A 5CI5A 1QUIA 3QUJA 3FJ7A 2ZNSA 1ZLQA 3PPRA 3CVGA 5H8HB 5FHMA 3TQWA 4QSDA 4R2FA 2F97A 3S9EA 4GL8A 4F29A 4NF4A 4F18A 2V84A 1B58A 3ZS6A 1EH3A 1L5TA 3PMXA 1A55A 4YKPA 1NKXA 4M4GA 2ZXTA 1JW5A 1B1HA 4Z7EA 3CG3A 1A8EA 1AL3A 4R75A 2V3UA 3RQTA 3VLVA 3PUYE 3MZBA 3GBBA 3U8QA 3MP1A 4X1DA 5L9MA 1POTA 4RK2A 1MXYA 3UN6A 1FW0A 1VR5A 3T9VA 1P1UA 1MM6A 1NFTA 3GZGA 5CC2A 1LAXA 2PMSA 5CMKA 3SEXA 3PU5A 1GR2A 4GVOA 1NH8A 5AA2D 4ZEKA 3JZJA 3T22A 2DSFA 1MQDA 3OEKA 3L6GA 5H8NA 4IO4A 1J1NA 4OETA 2XXVA 2ANJA 4AB6A 4KCDA 3CI8A 3O6IA 3TEPA 3FZVA 3KEIA 1NNPA 1QJMA 3U1OA 1ZBMA 3RUMA 2VP1A 1JW1A 1M5FA 3UIFA 2V93A 4R73A 1LB8A 4H5FA 3O97A 3MW0A 4ND9A 4QHQA 1EU8A 4I1DA 3C35A 1HSEA 3RNNA 4F22A 2OBGA 3IO6A 5I2KB 1P99A 3OELA 4RNSA 1SVXB 4EXKA 2OK2A 4E0WA 4JBZA 4XKRA 4UACA 4ELOA 3W9WA 4OFOA 4M1VA 3P7IA 1EZ9A 1SYHA 1B3GA 5ELVA 3Q28A 1H45A 2Y7WA 4HTGA 5DEXB 2I6EA 3KN7A 3PD8A 3M3KA 3IK6B 4BDNA 1QKAA 4ZE8A 3TTKA 4R6KA 2ONKE 1JNFA 4NWDA 3VDFA 3T9HB 3MUQA 2ABHA 3LUYA 5JTYB 2NXOA 4XKQA 4QF9A 2UXAA 5FTHA 1MG1A 1IXIA 3RY3A 1YPNA 3Q26A 3PMVA 3QAXA 4OXVA 4HCYA 3RN8A 2DE3A 2Z8DA 3CFXA 3FD3A 2WOPA 3JYRA 2Z8FA 3N94A 1MDP1
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EHMA 4IB2A 4Q30B 5FHNA 3T66A 1FPIA 4O7MA 5JEIA 3MZ1A 4NHBA 4I9DA 2FIEA 4NF8A 4O3CA 2FHYA 4LA9A 4IO3A 4BDQA 2XXTA 4LZ8A 1Y4CA 4ECFA 4NF5B 2O1MA 1FBPA 2P2AA 1FJ9A 1LBWA 4G68A 5KZTA 1US5A 4R74A 3DP6A 5ITOA 4GRKA 1XVXA 1JQFA 4GQOA 5L8DA 2F8DA 4AB5A 1JETA 1D9YA 3IAZA 3IFAA 1NUXA 3HHGA 4P11A 4F31B 2NVUB 2D5WA 4QFPA 4ISUA 1QW0A 1VE4A 4DCXA 2IA4A 2O7UA 4EXLA 3OENA 5I2NA 2QVVA 2B4LA 1FPBA 3R6UA 4GXAA 4PFUA 4KCCA 3IX1A 2I3WA 3O66A 1Y3NA 2AL5A 1MY1A 2ZYKA 3MWBA 3IORA 4Q0CA 4ZZAA 2A5SA 4MBPA 4NWCA 2X7QA 3E79A 2XXIA 2Q8JA 1B7HA 2CMOA 2Z22A 4H8IA 1MPCA 1B5HA 1Y20A 4U4XA 3HCQA 5DVFA 1SD3A 4O3BA 2M8CA 2V3QA 5FHOA 4YKJA 4OHNA 1RYXA 5TU0A 2OJTA 2ZZVA 1SW4A 1NV7A 2VHAA 3O28A 4H8JA 5EHSA 3TMGA 3LR1A 4ZEFA 1B52A 5EQ9A 4JVDA 4G77A 3QSLA 3FVGA 1FTKA 3H6TA 3PUZE 4N91A 3PUXE 4NEDA 1B1XA 3FATA 5IZZA 3FXRA 4EQ9A 3GBAA 1YTVA 1B32A 3PGFA 5H8QA 3E3KA 3K6VA 4N8YA 1ZIUA 2HEUA 1D4NA 4EQBA 3BKIB 1ZU0A 1O7TA 1N04A 4G2ZA 2ZYNA 2H99A 2XXRA 4FIMA 4BDRA 1FQAA 4MLQA 4TOZA 2JJKA 4KR5A 1EYKA 3N6TA 1RKMA 2WOLA 4F2QA 4O7IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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