1B5FA

Native cardosin a from cynara cardunculus l.
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
GSAVVALTNDRDTSYFGEIGIGTPPQKFTVIFDTGSSVLWVPSSKCINSKACRAHSMYESSDSSTYKENGTFGAIIYGTGSITGFFSQDSVTIGDLVVKEQDFIEATDEADNVFLHRLFDGILGLSFQTISVPVWYNMLNQGLVKERRFSFWLNRNVDEEEGGELVFGGLDPNHFRGDHTYVPVTYQYYWQFGIGDVLIGDKSTGFCAPGCQAFADSGTSLLSGPTAIVTQINHAIGAN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (CARDOSIN A)
publication title Crystal structure of cardosin A, a glycosylated and Arg-Gly-Asp-containing aspartic proteinase from the flowers of Cynara cardunculus L.
pubmed doi rcsb
total genus 58
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.4.23.-:
pdb deposition date 1999-01-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b5fA00
3B7VA 4Y3EA 5P50A 5P5EA 3VSXA 1SIVA 3PRSA 1FG8C 4LXMA 2QNNA 5P24A 5P3RA 3K5FA 4FRKA 2B60A 5P1PA 2UXZA 5P1TA 5P3ZA 5P0LA 5P14A 5OYTA 5P1HA 3WZ6A 4H3FA 4JPCA 4AA8A 5P7VA 1AJXA 5KOSA 1FFFC 2XYEA 2QMDA 1PPLE 5P7BA 3LHGA 1DP5A 4B1DA 1K2CA 3DCRA 4D88A 4QJ9A 5P2UA 5P6RA 3NR6A 3R2FA 2O40A 4J0TA 5P04A 1EPQE 3KN0A 5IE1A 1GKTA 3DUYA 4FM7A 4CPXA 3PWMA 5BWYA 5AHBA 4XXSA 3LITA 5P7SA 3INFA 2ER9E 5P56A 3JVYA 4GJDA 5P7AA 3TOGA 2AOGA 1EBYA 4D89A 4YCKA 4TRWA 5P6OA 3KDBA 2Q15A 5P7FA 4ZPFA 3TH9A 5P2RA 2V11C 1ZJ7A 1HVSA 1QRPE 3D91A 5P15A 1ZP8A 5P6KA 2EWYA 5DQCA 5P68A 5P8CA 2B8VA 2IGYA 5P4AA 5P6TA 2G24A 5P0PA 3H0BA 5P2YA 1QBSA 2FGUA 5P2OA 2AZBA 3FV3A 3GI4A 4Q1XA 2QAKA 5OYQA 2Z54A 5OZJA 5P23A 3L38A 5P6WA 2P3AA 3KFSA 1ME6A 5OYSA 3L3AA 5P3VA 5OZ7A 3CIDA 1LYAA 1TSUA 1SMRA 1FF0C 5P20A 4GIDA 4B70A 4J17A 2ZHSA 3S43B 3OXVA 4JOOA 5P35A 3OWNA 5P7NA 2PK5A 1EPPE 5PEPA 2PK6A 3RTNA 3OUDA 5OZKA 1YTGA 1ZAPA 4Y4XA 3OHHA 5P4YA 2BPXA 1APUE 5TOLA 5P6UA 1HEGE 3SFCA 2I0DA 2QI5A 1A8GA 2WF0A 2WEZA 4L7HA 1MT9A 2BQVA 5P3GA 2IS0A 5P0MA 5P4EA 1LYBB 1W6IA 4DQBA 4EPJA 5DGWA 4E43A 5OZ2A 4Y3AA 5OZ3A 5P4VA 2JXRA 2B42A 5P57A 1HPSA 4J54A 5P8SA 1XL5A 4OBGA 3FIVA 5OZGA 3OHFA 4PHVA 3ZKNA 2I4QA 3SA5A 4DUSA 2HPEA 5P69A 3INDA 3L5EA 5P3EA 1HPOA 5EZXA 5P0NA 1HTFA 5P4JA 5P0AA 3GI6A 5P2JA 5P78A 1FMUA 2ASIA 1BVGA 3PCZA 4Y5KA 3IVHA 1LYWA 3OOZA 1C70A 2F81A 3KYRA 5P55A 3EL9A 4LAPA 4HDFA 5P46A 3VCMA 2O4PA 1SGUA 2P3BB 2FLEA 5AH9A 4ZSRA 5P7RA 1K6TA 1EPNE 4FS4A 4YD6A 4J0YA 1APWE 3OOTA 4Y58A 3ZOVA 3CICA 3KDCA 3PWRA 3UFLA 5I3WA 2VIYA 5C9FA 4XKXA 3KF0A 3TKGA 3OADA 4APEA 2G21A 1C6XA 5OZEA 1UH8A 1J71A 5P7IA 1EPRE 4B0QA 3GI5A 3NLSA 2AIDA 3R0YA 3VV7A 2G1RA 1BVEA 4Y3QA 1ZPKA 5P1YA 5P54A 1BAIA 1RV7A 5P2ZA 4OBZA 3ZKIA 4J1FA 1MTRA 2NPHA 3DV1A 3NYGA 3U71A 2Q55A 3TOHA 4YBFA 3EL5A 1HSGA 3H5BA 3HW1A 5P7DA 4ZSMA 5P76A 1LYWB 2B8LA 4Y5GA 4Y4AA 5P0BA 2QK5A 3QI1A 4Y5AA 3ST5A 1EEDP 4GJ8A 3QS1A 3NU9A 5P7XA 4AZYA 1IVPA 4LXAA 5P77A 1M43A 1MESA 2OHPA 3MSLA 3QROA 3NUJA 4QJ8A 5P4BA 1PPME 4B1EA 5P7KA 4Y5EA 5HDUA 4DJPA 2J9KA 5P0CA 3UF3A 3DV5A 3OADB 5P7WA 5BRYA 2NNPA 2PC0A 3OUAA 1HVHA 1D4HA 3K4VA 3OQDA 5P2CA 5OZIA 1MEUA 2AZ9A 5P16A 5P4ZA 1HHPA 4Y9WA 1D4IA 4J1KA 1BWAA 5P42A 5OZCA 5P12A 2G1SA 3K5DA 4YDFA 3VF7A 1HTRB 3EKWA 5P6GA 5OYXA 3ER3E 3UFNA 2P4JA 2IEOA 3S54A 4Y5PA 5OYYA 5P19A 1EBWA 2QI3A 2PWCA 3PGIA 3OQ7A 5P8VA 2VIJA 3OGQA 3O99A 3Q70A 4I0ZA 3K5CA 5HCTA 2AZCA 5P1IA 2IDWA 1ZSRA 1W5YA 5P5AA 4NJTA 4KB9A 1YTIA 3OXXA 5T4SA 3KDDA 5P2GA 3L59A 4Y3GA 3S7LA 2QI4A 3BVBA 3N4LA 2P3DA 1DAZC 2FDEA 4BFDA 3JVWA 3D1YA 2OHLA 2QI0A 4RZ1A 4YOBA 3HDKA 5P6QA 1E5OE 5P1JA 5P4HA 8HVPA 5P2IA 4Y37A 5P2EA 3TLHA 2VIEA 3OQAA 1K2BA 5P89A 3T7PA 3LINA 3OU3A 1PSOE 3URIA 3VYEA 5OZMA 1C6ZA 5KR2A 5P1DA 1IBQA 2FXDA 4L7GA 5COOA 1DW6C 1FMBA 3ZKXA 1NSOA 2OHRA 2H6TA 5P43A 2CEJA 4Y3RA 4B05A 3KMYA 4WTUA 3RTMA 4I0DA 5P6BA 2OAHA 2VNNA 5P07A 4Y45A 4Y5MA 4FE6A 3IN4A 1FFIC 1BDRA 5OZ1A 5P3JA 3APPA 5KR0A 2VA6A 1RQ9A 4Q1YA 5P18A 1QBTA 4RRNA 1FQ7A 4HA5A 5OZ4A 4ACUA 1MERA 1WBKA 3UDPA 4EP3A 5P0UA 5AH8A 5P8NA 3UDRA 3HZCA 3AIDA 1HSIA 2SAMA 4NPTA 5P1KA 5KQZA 3OU4A 4EJDA 3BUGA 1YM4A 4QJ2A 3KFNA 5P6HA 2NXMA 4FAEA 5P1QA 5SY2A 2ANLA 3PI0A 3VYDA 3MSJA 5P73A 3SA3A 2WKZA 3EL1A 3UQPA 2BPZA 5AHAA 1AM5A 2V16C 2R3TA 4ZIPA 4Y4UA 2QHYA 3TOFA 4H3GA 5P0EA 4NPUA 4I0FA 4B72A 1HPVA 5P47A 1D4LA 2BKSA 2I0AA 3TTPA 2I4VA 1MIQA 5P4MA 5P7GA 2AVOA 1NPVA 5P4NA 5FIVA 4YCYA 1TCWA 2F3EA 4L1AA 2QU2A 5P2AA 3AUPA 3OXWA 5OZ9A 5P86A 4Y5NA 4YBIA 2QMFA 5P1EA 5P41A 3VYFA 2IKOA 3HD8A 1W51A 3UDQA 3LIXA 1YTJA 5P60A 1EPLE 3UDYA 4ZPGA 2VS2A 2FS4A 5P4FA 4H1EA 4FM8A 3TL9A 3WSJA 2ZJJA 3FSMA 5P6XA 3NU5A 3SA8A 4Y3XA 1SMEA 4YD5A 3PM4A 4I0IA 5P6LA 3TNEA 3SM1A 1W50A 1SH9A 5HU0A 5P5IA 2OHKA 4AMTA 2PWRA 2AOJA 1HXWA 1HIIA 3LZUA 5P38A 4HLAA 4J1EA 3PMUA 3SO9A 4Y3YA 3F9QA 2Q64A 3OTYA 2QI1A 3PCWA 3VFAA 1W5VA 4OD9A 5P5VA 5P8JA 1BBSA 3LIYA 4U7QA 4DQFA 3IVIA 4I0EA 2NTRA 3OU1B 2I4XA 3C9XA 5P48A 5P1BA 4OC6B 1G6LA 1MSMA 1HVIA 5P6SA 4DQCA 3R4BA 3NDXA 5JFPA 1SP5A 1KJFA 2G22A 4EXHA 2BJUA 3OUCA 1FQXA 4CMSA 1B5FB 5P85A 5P08A 3O9GA 3L5FA 3D20A 5P0HA 5P3SA 3U7SA 5P27A 2QZLA 5HE5A 3EKTA 4BELA 5P5LA 4Y3LA 3T3CA 3IN3A 5P3UA 3S7MA 2QD7A 4LHHA 1MT8A 2G20A 4DJYA 1G35A 1GVTA 2IRZA 2WECA 4MC6A 1AZ5A 5P4IA 3QP0A 2Q63A 2ZHRA 4DH6A 5I3XA 5APRE 1Q9PA 3S2OA 4HE9A 3BRAA 4K9HA 3OY4A 5OZSA 2R8NA 4QJAA 3NU3A 3IA9A 3LPIA 5P3HA 1OHRA 2QZKA 3GGAA 4J0VA 2QCIA 5P0XA 1GNOA 5P6CA 2G1NA 3UDHA 4DJRA 4XX4A 4DJOA 1META 4A4QA 2P83A 3G70A 3PSGA 2OHTA 5P8BA 3ZKGA 1GNNA 4TVGA 5HE7A 3KFRA 3T7XA 4DI2A 5P1RA 3OTSA 3LZVA 1QBUA 5OZNA 3UQRA 4Y3TA 5ENKA 5P0GA 5SY3A 4LP9A 3B80A 5I3VA 4UPJA 3BGCA 5P0FA 3L5DA 2WF3A 1K6VA 4Y3FA 4M8YA 5P5TA 5P7JA 3IXKA 4LC7A 1HVKA 4GYEA 5P0JA 1AAQA 3VF5A 2NNKA 1XE5A 5P8TA 1RL8A 1HOSA 4I0GA 4Y51A 4DJVA 1JLDA 3SABA 5JFUA 3FKTA 4ZPEA 5P61A 3K1WA 3DK1A 3R1GB 4X7IA 4EHCA 2HS2A 4Z2ZA 1T7IA 1APTE 2XFIA 5P5FA 5P5UA 5P0YA 5ER2E 4PZWA 5P8LA 1KJ4A 5P5NA 5F00A 3M9FA 4QGIA 5P2FA 5P0ZA 2J9JA 1LYAB 2VA5A 5DPZA 1C6YA 5JODA 2PQZA 3RU1A 2HPFA 3RSXA 1IZHA 5P4TA 4NJSA 4KE1A 4DV9A 5P6IA 3D3TA 2FDDA 4Y35A 4FSEA 4Y53A 5P6ZA 1IDBA 1NH0A 4EYRA 6UPJA 3OUDB 3QRVA 1BIMA 4GJ7A 3SLZA 1ENTE 2ER7E 2ZJIA 5P5ZA 2H6SA 2ZYEA 3EM3A 5OZDA 5OZXA 4RCEA 3HVGA 4AUCA 4EQ0A 4BFBA 2HB3A 5P8EA 4B1CA 2WL0A 5IVTA 1Z1RA 5P3AA 4GZFA 3CKRA 1UPJA 4Y4DA 3Q3TA 4I8WA 5KR8A 5COPA 3HAUA 5P52A 3VF3A 4Y6MA 2QP8A 5P1CA 5HTZA 1FB7A 2O4KA 2R38A 5DR1A 1F34A 1LS5A 3I2LA 4X2LA 5OZQA 2Q11A 1W5XA 5P3PA 2VKMA 3PWWA 5P8OA 3IXJA 1ZBGA 4YOAA 4Q5MA 2IGXA 2AOFA 5P0IA 5P1NA 3NXNA 5P6FA 2WF2A 2UPJA 5UPJA 1B6MA 3QN8A 4Y3ZA 3EMYA 2QI6A 3CMSA 2QI7A 3Q6YA 5P1FA 2AOHA 4FL8A 2VNMA 5OYRA 1FLHA 3EKYA 4Y5CA 3MXEA 4MC2A 4JP9A 2JJJA 1APVE 3NU6A 3O9HA 1WKRA 5P67A 1M4HA 3ZKQA 3T7QA 1MRXA 2G94A 1E81E 4DQGA 3UQXA 2OF0A 5P8DA 4Y3PA 2JYSA 3DJKA 1HRNA 2CENA 3ECGA 2R5PA 5P80A 5DQ1A 2ZDZA 4FCOA 5P6AA 1KJHA 3ZMGA 5KQXA 5P7EA 5P4WA 3SM2A 2PSGA 2FNSA 2F3KA 3UCBA 2AVSA 4Y4ZA 3RSVA 2JJIA 4OBZB 5OZVA 1XN3A 4BEKA 3GGVA 1DPJA 5P17A 5OZ6A 3RTHA 4FLGA 4FRIA 5OZFA 3VLAA 5KOQA 5HCOA 5P40A 5P8FA 1EC3A 5P7ZA 1MRWA 1YG9A 4TRZA 3Q4BA 4OBFA 4Y47A 3DOXA 4DPIA 2HS1A 3ER5E 3T6IA 2RMPA 4RVXA 3INEA 5P66A 1HTEA 4L7JA 2NXLA 4DQEA 2V12C 2PMAA 3L5CA 1XDHA 5P0DA 1HXBA 5P5OA 4Z50A 4Y5BA 1GVWA 3UHLA 3ZPSA 3CKTA 5ENMA 1FMXA 4U8WA 2RSPA 1VIKA 2NMYA 1HVLA 4MC9A 1FGCC 3WB4A 4GJ9A 1SDTA 5P02A 3OAGA 2V0ZC 3D1ZA 5OZYA 5P7QA 1SDUA 1BXOA 2AVQA 4Y3DA 2WJOA 5P4GA 4PZXA 4YA8A 4AA9A 5P0KA 1AVFA 5OYUA 5OZTA 5P8RA 2OHUA 2PYNA 4YD3A 5P8AA 3UDKA 3O9FA 2AZ8A 1PSNA 4CPQA 1HBVA 1RPIA 5E5KA 3EL0A 5HDXA 1IDAA 2JE4A 2ER0E 5P5JA 5OZOA 2PYMA 3PBDA 5P28A 1B6PA 3HBOA 3T11A 2QD8A 5P74A 3CIBA 5P7CA 5P3IA 5P62A 4DJQA 2AODA 3JW2A 1GVVA 4OBKA 5P6DA 5P3LA 5P10A 5P26A 4Y39A 4R93A 4F73A 2QNPA 4S1GA 1BDQA 1B6KA 5P0WA 1B6LA 1MT7A 3BUHA 3LPJA 3OAGB 4R95A 5P2WA 4Y3SA 3QBHA 1IIQA 5P5SA 2QHZA 1BDLA 5IVRA 5P1VA 4WY6A 5P4QA 3WB5A 2AVVA 4D83A 4EJKA 5P7YA 4RLDA 1Z8CA 3I6OA 1VIJA 4NJVA 3WZ8A 4YD4A 5P87A 1HVCA 3LIZA 2XFKA 1G2KA 3APRE 2ZJLA 3LZYA 1W6HA 5P3TA 3QRSA 5P5XA 3S85A 4PYVA 5P13A 4COEA 1HSHA 2Q5KA 5HU1A 5P1ZA 3OK9A 2VJ9A 1NPWA 3VLBA 3L5BA 5P6JA 2V10C 5P6EA 3Q5HA 1ZTZA 5C9DA 2Z4OA 2ZHUA 3EKQA 4HEGA 1MUIA 3OU4B 1GVXA 3BVAA 5P8UA 5HVPA 1EAGA 3SA4A 1FEJC 2IENA 1B6JA 4APRE 4Y57A 3QVCA 1OEWA 3PVKA 3NXEA 4RGHA 2MIPA 4YD7A 5P5BA 4ER1E 5P2SA 1LF4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B7V A;  4Y3E A;  5P50 A;  5P5E A;  3VSX A;  1SIV A;  3PRS A;  1FG8 C;  4LXM A;  2QNN A;  5P24 A;  5P3R A;  3K5F A;  4FRK A;  2B60 A;  5P1P A;  2UXZ A;  5P1T A;  5P3Z A;  5P0L A;  5P14 A;  5OYT A;  5P1H A;  3WZ6 A;  4H3F A;  4JPC A;  4AA8 A;  5P7V A;  1AJX A;  5KOS A;  1FFF C;  2XYE A;  2QMD A;  1PPL E;  5P7B A;  3LHG A;  1DP5 A;  4B1D A;  1K2C A;  3DCR A;  4D88 A;  4QJ9 A;  5P2U A;  5P6R A;  3NR6 A;  3R2F A;  2O40 A;  4J0T A;  5P04 A;  1EPQ E;  3KN0 A;  5IE1 A;  1GKT A;  3DUY A;  4FM7 A;  4CPX A;  3PWM A;  5BWY A;  5AHB A;  4XXS A;  3LIT A;  5P7S A;  3INF A;  2ER9 E;  5P56 A;  3JVY A;  4GJD A;  5P7A A;  3TOG A;  2AOG A;  1EBY A;  4D89 A;  4YCK A;  4TRW A;  5P6O A;  3KDB A;  2Q15 A;  5P7F A;  4ZPF A;  3TH9 A;  5P2R A;  2V11 C;  1ZJ7 A;  1HVS A;  1QRP E;  3D91 A;  5P15 A;  1ZP8 A;  5P6K A;  2EWY A;  5DQC A;  5P68 A;  5P8C A;  2B8V A;  2IGY A;  5P4A A;  5P6T A;  2G24 A;  5P0P A;  3H0B A;  5P2Y A;  1QBS A;  2FGU A;  5P2O A;  2AZB A;  3FV3 A;  3GI4 A;  4Q1X A;  2QAK A;  5OYQ A;  2Z54 A;  5OZJ A;  5P23 A;  3L38 A;  5P6W A;  2P3A A;  3KFS A;  1ME6 A;  5OYS A;  3L3A A;  5P3V A;  5OZ7 A;  3CID A;  1LYA A;  1TSU A;  1SMR A;  1FF0 C;  5P20 A;  4GID A;  4B70 A;  4J17 A;  2ZHS A;  3S43 B;  3OXV A;  4JOO A;  5P35 A;  3OWN A;  5P7N A;  2PK5 A;  1EPP E;  5PEP A;  2PK6 A;  3RTN A;  3OUD A;  5OZK A;  1YTG A;  1ZAP A;  4Y4X A;  3OHH A;  5P4Y A;  2BPX A;  1APU E;  5TOL A;  5P6U A;  1HEG E;  3SFC A;  2I0D A;  2QI5 A;  1A8G A;  2WF0 A;  2WEZ A;  4L7H A;  1MT9 A;  2BQV A;  5P3G A;  2IS0 A;  5P0M A;  5P4E A;  1LYB B;  1W6I A;  4DQB A;  4EPJ A;  5DGW A;  4E43 A;  5OZ2 A;  4Y3A A;  5OZ3 A;  5P4V A;  2JXR A;  2B42 A;  5P57 A;  1HPS A;  4J54 A;  5P8S A;  1XL5 A;  4OBG A;  3FIV A;  5OZG A;  3OHF A;  4PHV A;  3ZKN A;  2I4Q A;  3SA5 A;  4DUS A;  2HPE A;  5P69 A;  3IND A;  3L5E A;  5P3E A;  1HPO A;  5EZX A;  5P0N A;  1HTF A;  5P4J A;  5P0A A;  3GI6 A;  5P2J A;  5P78 A;  1FMU A;  2ASI A;  1BVG A;  3PCZ A;  4Y5K A;  3IVH A;  1LYW A;  3OOZ A;  1C70 A;  2F81 A;  3KYR A;  5P55 A;  3EL9 A;  4LAP A;  4HDF A;  5P46 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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