1B5FB

Native cardosin a from cynara cardunculus l.
Total Genus 9
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
9
sequence length
87
structure length
87
Chain Sequence
EELQVDCNTLSSMPNVSFTIGGKKFGLTPEQYILKVGKGEATQCISGFTAMDATLLGPLWILGDVFMRPYHTVFDYGNLLVGFAEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (CARDOSIN A)
publication title Crystal structure of cardosin A, a glycosylated and Arg-Gly-Asp-containing aspartic proteinase from the flowers of Cynara cardunculus L.
pubmed doi rcsb
total genus 9
structure length 87
sequence length 87
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.4.23.-:
pdb deposition date 1999-01-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b5fB00
4OBZB 5IS4A 1TSUA 2HC0A 2SAMA 1RNEA 4OBGA 5P3CA 4J1EA 3PSYA 1WBMA 4FCOA 4OBDA 2VIZA 4Y41A 4K9HA 5P2EA 5P41A 4DJWA 3FIVA 2RKFA 1SP5A 1YTIA 4GIDA 1ZAPA 5IVTA 2OHPA 6APRE 3IVIA 3ZLQA 3EM4A 2F3FA 4FSLA 4E43A 5P6QA 4TVGA 5P75A 4ER1E 3IAWA 1EPQE 2PH6A 4EYRA 5P4JA 4JPCA 4HLAA 5P5AA 5HCOA 3GI0A 3TL9A 2WEDA 4D85A 3OHHA 1BV7A 1E81E 1PFZA 2OAHA 1YG9A 5P63A 3S2OA 3KM4A 4OBKA 3G72A 5P39A 1LEEA 3PRSA 4Y3XA 5I3VA 3GI4A 4R5NA 4HDFA 4Y3HA 3UDYA 4DQHA 1SH9A 3BXSA 1W51A 1IVPA 5P2KA 4Y3EA 3OADA 4QJ6A 4Y51A 4CPTA 2Q55A 5AHCA 1K6TA 3EL5A 5P2BA 5P13A 5P1VA 4DJPA 5OZGA 3L5EA 2R8NA 4DVFA 2AVVA 3VFBA 1LYWB 2I4QA 1PPKE 3CKRA 3WB4A 3OQAA 1HSHA 2Q11A 3FNTA 4EWOA 2JXRA 4N00A 1CMSA 1SDUA 3I7EA 1GNOA 3PBDA 5P1JA 1UH8A 1NPVA 5OZCA 1B6PA 4PYVA 3O99A 3NUOA 1EPNE 3Q6YA 5P0AA 2Q54A 2G1NA 5P0BA 1W50A 2WF4A 4NPTA 1ZP8A 2P4JA 3O9FA 1GNMA 2ZHVA 5OYYA 2O4LA 4EXHA 4I1CA 1KZKA 4XXSA 5P33A 3OK9A 5P3UA 4J54A 5P0DA 5P7IA 5P7YA 4Y9WA 1FB7A 5P78A 4APRE 1AM5A 4DQEA 4ZIPA 5P5MA 4XX3A 4CPQA 4Q1YA 5BRYA 5P11A 3RSXA 3K5GA 3OU4A 5ENMA 2IL2A 3UDMA 5P6YA 1AJVA 5P2RA 5P7FA 1MRXA 5AGZA 2CEMA 1ZPAA 4CPRA 4ZSPA 1TZSA 4Y4JA 2ER7E 5P74A 4Z2ZA 2IQGA 4HA5A 5HU1A 5C9FA 3HAUA 3EXOA 3OXWA 4QJAA 3LINA 5P58A 3OUDA 3FKTA 4AA9A 3VF5A 4L7JA 3VUCA 2HIZA 1DAZC 3ER3E 1LF3A 3ZKXA 4S1GA 3S85A 1XN3A 4Y5BA 1BV9A 3ZKIA 3EKWA 4I0FA 2AIDA 3RTHA 2QI7A 3T7PA 2G24A 2V00A 3D3TA 2QZKA 3QAAA 3UDHA 5I3YA 1EBWA 1LYBB 2AZCA 4Y4UA 5P3HA 5P4IA 3U6AA 5P8JA 4AUCA 3A2OA 5DR0A 4ZPFA 2VNMA 4YCYA 5P7JA 4WTUA 3H5BA 4LBTA 3UDQA 2APRA 1OD1A 5OZ9A 4JOOA 2QMFA 4EHCA 1D4IA 4J1CA 5P6NA 2I0DA 1EPOE 3PM4A 4A4QA 2QP8A 2G20A 3EL1A 4I0EA 1BIMA 5SZ9A 2QZWA 3KDCA 4Y39A 2ZHTA 5OZ0A 5P3EA 3SM2A 4Y3MA 4GJ6A 1DP5A 1CPIA 1TW7A 2R3TA 4D89A 1QBSA 2ER9E 4QJ9A 3LZVA 4QJ7A 5P05A 5KR2A 4YA8A 4D8CA 5P5XA 2OHKA 4ZSMA 5P0SA 1FIVA 5P4OA 2RENA 3L5FA 5EZZA 1ZBGA 3TOHA 3SA9A 1QDMA 3PLDA 2QU2A 1OEXA 1BWBA 2AVMA 5P23A 5OZZA 2PYNA 1FQ4A 4LL3A 5P2OA 4Y4TA 3URIA 2Z54A 2V13A 3QIHA 1A94A 3SAAA 3LPIA 5P6LA 5OZ6A 5AH9A 3OQDA 3HW1A 2VA7A 3CMSA 1HIHA 5OYSA 1LYAA 3QROA 3OQKA 5OZOA 3UQUA 1Z1HA 5P77A 5P1CA 1QS8A 1CZIE 5ER1E 4Y3DA 4U7VA 1XDHA 5P4WA 5P1EA 5P0PA 3VLAA 5ER2E 5P7PA 1PSAA 5P3RA 1B5FA 5P6KA 2WEAA 5P8KA 2UY0A 3VF3A 5P37A 3NLSA 1FQ6A 4ZLSA 2PYMA 3VFAA 4X7IA 2WECA 3VF7A 4GJAA 3KF0A 1META 3K5DA 4YOAA 3VV7A 3EKVA 3LZUA 1VIKA 2OHLA 4GJCA 5OZWA 1ZTZA 2G1OA 2FDDA 3OU3A 5P3VA 1C6XA 2G26A 2FMBA 4TRWA 2XYFA 4B70A 5P87A 5I70A 3G70A 2UXZA 5P5GA 5HCTA 5P3PA 5P2AA 1SIPA 1B6LA 3SA7A 4J0YA 2RMPA 4CPUA 2WEZA 1N49A 5P4FA 5P7MA 4ER4E 4GJ8A 4COEA 3O9AA 5P3YA 3U7SA 5J25A 2BB9A 5P4DA 5P4QA 3D1XA 2MIPA 5P1SA 5P52A 2I0AA 2G1RA 3RTMA 1TCWA 2PMAA 1FG6C 3BUFA 3OXVA 5P83A 3U71A 5P8IA 5KR0A 5P4TA 4IVSA 2A1EA 5C9DA 1GVUA 3NDWA 3WZ6A 2G94A 1HSIA 3I2LA 5P8HA 5P7KA 4OD9A 3QVCA 1K1TA 1HEFE 1U8GA 2AOGA 1HPOA 5P5CA 5P0OA 3S8IA 5SXNA 5P1DA 1EPPE 2WF1A 5P7DA 3G6ZA 3L5BA 2O4SA 2IKUA 2R5PA 2QNNA 3BHEA 3MXEA 4I12A 5T4SA 3DV5A 5P16A 1UH9A 3CYWA 1MTRA 5P7UA 4I10A 4B77A 4WY1A 5P76A 3KYRA 1FFIC 1EBKC 2BQVA 5P8PA 2WKZA 3NU5A 5OYQA 3WZ8A 5P45A 4NKKA 5P2MA 5P34A 3PWMA 1ER8E 2OHQA 3QP0A 5P2YA 1A30A 3K5FA 4Y54A 5OZKA 1KJ7A 1VIJA 4B72A 4A6CA 4ZPEA 5P8BA 2ZHUA 3AIDA 5P0MA 4Y3TA 4F73A 3S43B 3CICA 1EPRE 3OAGA 2F81A 5P43A 3TKGA 5F00A 3SA5A 5ISKA 1LF4A 2B60A 4LXKA 5P61A 4GJ5A 1JLDA 3OUBA 3MSKA 3TPRA 2QMPA 3BGCA 2XFJA 1BILA 2O4KA 5P62A 3PSUA 2Q63A 5P1FA 5P3JA 4GJ7A 2PSGA 5P40A 2P3DA 2G69A 2NXMA 5IVRA 1C6ZA 2IRZA 4Q1WA 5P7VA 1FQXA 2FNTA 5P0EA 3NR6A 1ZPKA 2I1AA 5P7XA 4J0TA 3HZCA 5P3IA 5P06A 4OBHA 2AZ8A 1BXQA 3NYGA 4EXGA 5HE7A 4MC1A 5P1AA 3PWWA 5P5NA 1PSOE 3S7LA 2P3CA 3URLA 5P2XA 2FS4A 3OOTA 5P0RA 1GVWA 5P8LA 5P84A 2BPWA 2VIYA 3L38A 3DCKA 4RVJA 3TPLA 4YOBA 2P3BB 4HDBA 4BFDA 2QHZA 4Y5GA 4ZE6A 4FRJA 5P3TA 5P4XA 2G1SA 2PSVA 4HZTA 1AIDA 5P07A 5P4HA 5DQ1A 3SA8A 5P0LA 2CENA 5P7QA 3N4LA 5F01A 4ZSRA 5P6FA 5P2JA 5OZ2A 2ZJKA 4MC6A 4I0ZA 3L59A 4CPSA 5JG1A 3VYEA 5P69A 1F34A 5P56A 5P4ZA 3LPKA 3UTLA 4WY6A 5P6VA 4AZYA 2Q3KA 3VEUA 1HXWA 2QNQA 1FFFC 5P00A 4Z4XA 3BRAA 2ZJNA 5AH6A 1APWE 2O4NA 4PZXA 3DUYA 4Y3YA 3T11A 2F80A 3Q4BA 3TPJA 1Q9PA 2VJ9A 4I0HA 4DJRA 5HVPA 5P73A 2FIVA 1D4YA 5P12A 1E82E 3OU1A 3EBZA 3OHFA 4Y4DA 5P6AA 2BPXA 4H3GA 5P8GA 5P7OA 4YBFA 3ZKGA 1FLHA 1FMUA 5P0CA 3VYDA 1K6CA 1IDAA 3LZSA 3PB5A 5DR3A 1BXOA 3KFPA 4TRZA 3RVIA 3HAWA 1T7IA 4KE0A 3OY4A 5OZRA 1SMRA 4EJKA 1FMXA 2RKGA 2QI4A 5OZVA 5P2LA 3L5DA 1HVSA 3OGPA 4DQBA 5P67A 1KJ4A 2NMYA 3IN4A 3OXCA 3O9CA 1FKNA 5P4UA 3KDBA 1AXAA 1MERA 4Y44A 3PGIA 2BKSA 1RQ9A 4BFBA 4FAFA 4XKXA 2R5QA 3LIZA 3PJ6A 4NPUA 5P31A 2QU3A 7HVPA 4TVHA 4OC6A 3ZKQA 2P83A 4Y35A 5P4CA 2JJJA 3KT5A 3LNKA 5COOA 5P1BA 4D88A 3SKFA 1M43A 3MSJA 3ECGA 1E80E 5P48A 1MT7A 3WSJA 5P4KA 2I4UA 4NJTA 4R93A 1IDBA 3PMUA 1J71A 3EKYA 5KQXA 5P6MA 5P7GA 1AAQA 5P79A 4YD6A 5P80A 2WL0A 5HDUA 2PWRA 2BPZA 4Y3WA 5DGUA 5DQ4A 3EC0A 2I4XA 5OYRA 4Y3RA 5P0IA 5P20A 3SKGA 4RCDA 1B6KA 2VA6A 5P50A 4B78A 2WHHA 4Y57A 4JP9A 3IN3A 2B8VA 5P4YA 5P1IA 1HTGA 5P3SA 5P5RA 5AH7A 5P6UA 3KFRA 4J1KA 1EBZA 3ZKNA 1IZIA 5P36A 4OBJA 3PEPA 4RRSA 4Z50A 4RCFA 2J9JA 5P4GA 2G1YA 3UQWA 5I3WA 5DR1A 3QRMA 5OZ4A 1T6EX 4RCEA 4FAEA 1XL5A 2FXEA 3QVIA 5P1RA 4MC2A 1OHRA 3DJKA 4L1AA 1FQ8A 3UDKA 5P6GA 1HIVA 1BVGA 4B1DA 4YCTA 5OZHA 3UDRA 3PI5A 5P0GA 1PROA 4B1CA 1T7KA 4U7QA 1YTGA 5P5YA 3EL9A 4R95A 3KT2A 4EQJA 3NXEA 2QHCA 4EJ8A 4M8XA 5P2GA 5P2CA 4RLDA 3VLBA 5P6WA 3UCBA 1W5YA 5P1UA 3GGXA 3NU3A 5P5HA 3EM6A 3BGBA 4H3IA 4OBZA 3DCRA 3VSWA 2ZJJA 5P26A 3H0BA 1MSNA 3BUGA 5P6JA 1LS5A 3GW5A 1ME6A 5P3OA 5OZTA 2AOCA 4GYEA 3UFNA 1NSOA 5P4AA 1G35A 3M9FA 3UDPA 2A4FA 5P01A 4CPXA 1PPME 1HPXA 1IZEA 4Y37A 5P14A 3IXKA 4J1FA 5P5WA 4YCKA 5P7TA 2QD7A 4EJDA 3BVAA 5OZUA 1GVTA 5OZ1A 5P55A 5JFUA 4RROA 4RRNA 4L6BA 3BXRA 5P6HA 2QI3A 2QI1A 2V0ZC 3JW2A 4YD3A 2BPVA 2VJ6A 3DM6A 4L7GA 3S45A 4DJXA 5COPA 2QD6A 2ZYEA 4GB2A 4Q1NA 4RVXA 2HPEA 4B00A 1HVLA 2AOIA 3GGAA 3JVWA 4Y3NA 1MSMA 3NU6A 4FRIA 5OZ8A 5P2TA 3OUAA 1BWAA 3S56A 1IZHA 2HPFA 4Y4BA 3OQ7A 4KE1A 4CMSA 1A8GA 5OYWA 4NJVA 1WBKA 5P5UA 3T7QA 5P5BA 5CONA 1B6JA 2AVSA 4ZEAA 4Q1XA 2VNNA 5P25A 3UQPA 1DMPA 5P65A 4J5JA 5P1OA 1A8KA 1K2CA 4QLHA 5P8EA 3AUPA 1G0VA 1HIIA 2P3AA 3S7MA 5DQ2A 5P60A 3PCWA 5ENKA 5P5ZA 1LYWA 5OZFA 2QNPA 2PK5A 1YM2A 3O9LB 1HBVA 5OYXA 4Y3SA 4Y4GA 5P82A 1MEUA 3OOZA 2NXDA 4AA8A 4HDPA 4Y47A 1APUE 5P49A 2OHNA 4Y5KA 2FDEA 2FLEA 5DQCA 3K4VA 3RSVA 3KN0A 2FNSA 5P70A 2ZJIA 5SY3A 3ZOVA 5OZ7A 4J17A 5OZEA 4Y36A 4DQFA 1NPWA 5P4BA 5P0UA 2OHUA 4Y5LA 3PMYA 2ASIA 4Y3QA 1KJGA 2AQUA 4Y43A 5P29A 3O9BA 5P4LA 1GVXA 6UPJA 4B05A 1MVPA 4R8YA 4HEGA 4K4QA 4Y3AA 5P2ZA 4ACUA 1LZQA 1HVRA 5P81A 3CIDA 2ZE1A 5P0VA 1IVQA 2I4WA 1OEWA 5DGWA 3INHA 3LHGA 3S54A 5DR4A 1BBSA 4F75A 4Y4ZA 5P2QA 3O9HA 5P1MA 3EKPA 2IKOA 4F76A 2G21A 5OZQA 1KJFA 5E5KA 2UPJA 4U8WA 3NWXA 3HBOA 3R2FA 1GKTA 4BEKA 3O9DA 3FV3A 5OZXA 2F8GA 5P0FA 1RL8A 1Z1RA 3GGVA 2Q64A 2WF3A 4Y6MA 4RYGA 1HRNA 5P2SA 1LYBA 1HVJA 3SABA 3VV8A 3I6OA 5P53A 5OZMA 1SDVA 2AZBA 3OADB 5P5EA 5P71A 1YTHA 5P6TA 4FM6A 2JYSA 2QI6A 5PEPA 1G2KA 4J0PA 3NDXA 3VCMA 3PCZA 3CKTA 3O9IA 1T7JA 2V10C 5P0NA 1QRPE 5P7EA 5P6DA 1Z8CA 2HB2A 5IVQA 5OYUA 4A6BA 1D4JA 1EC1A 2AOHA 3NU4A 4Y4XA 3UQXA 2ZHRA 5P0XA 1EPLE 5P4NA 2NXLA 5OZNA 3APPA 2B8LA 3UF3A 3UHLA 1M4HA 1XN2A 5P5DA 4I0JA 1SGUA 5P08A 4MC9A 4DPFA 3KA2A 5P2VA 1EC2A 3L58A 5P44A 2QK5A 3S53A 1BDRA 5P6XA 4Y5AA 3EM3A 5P4RA 2F3KA 3GI6A 1LF2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBZ B;  5IS4 A;  1TSU A;  2HC0 A;  2SAM A;  1RNE A;  4OBG A;  5P3C A;  4J1E A;  3PSY A;  1WBM A;  4FCO A;  4OBD A;  2VIZ A;  4Y41 A;  4K9H A;  5P2E A;  5P41 A;  4DJW A;  3FIV A;  2RKF A;  1SP5 A;  1YTI A;  4GID A;  1ZAP A;  5IVT A;  2OHP A;  6APR E;  3IVI A;  3ZLQ A;  3EM4 A;  2F3F A;  4FSL A;  4E43 A;  5P6Q A;  4TVG A;  5P75 A;  4ER1 E;  3IAW A;  1EPQ E;  2PH6 A;  4EYR A;  5P4J A;  4JPC A;  4HLA A;  5P5A A;  5HCO A;  3GI0 A;  3TL9 A;  2WED A;  4D85 A;  3OHH A;  1BV7 A;  1E81 E;  1PFZ A;  2OAH A;  1YG9 A;  5P63 A;  3S2O A;  3KM4 A;  4OBK A;  3G72 A;  5P39 A;  1LEE A;  3PRS A;  4Y3X A;  5I3V A;  3GI4 A;  4R5N A;  4HDF A;  4Y3H A;  3UDY A;  4DQH A;  1SH9 A;  3BXS A;  1W51 A;  1IVP A;  5P2K A;  4Y3E A;  3OAD A;  4QJ6 A;  4Y51 A;  4CPT A;  2Q55 A;  5AHC A;  1K6T A;  3EL5 A;  5P2B A;  5P13 A;  5P1V A;  4DJP A;  5OZG A;  3L5E A;  2R8N A;  4DVF A;  2AVV A;  3VFB A;  1LYW B;  2I4Q A;  1PPK E;  3CKR A;  3WB4 A;  3OQA A;  1HSH A;  2Q11 A;  3FNT A;  4EWO A;  2JXR A;  4N00 A;  1CMS A;  1SDU A;  3I7E A;  1GNO A;  3PBD A;  5P1J A;  1UH8 A;  1NPV A;  5OZC A;  1B6P A;  4PYV A;  3O99 A;  3NUO A;  1EPN E;  3Q6Y A;  5P0A A;  2Q54 A;  2G1N A;  5P0B A;  1W50 A;  2WF4 A;  4NPT A;  1ZP8 A;  2P4J A;  3O9F A;  1GNM A;  2ZHV A;  5OYY A;  2O4L A;  4EXH A;  4I1C A;  1KZK A;  4XXS A;  5P33 A;  3OK9 A;  5P3U A;  4J54 A;  5P0D A;  5P7I A;  5P7Y A;  4Y9W A;  1FB7 A;  5P78 A;  4APR E;  1AM5 A;  4DQE A;  4ZIP A;  5P5M A;  4XX3 A;  4CPQ A;  4Q1Y A;  5BRY A;  5P11 A;  3RSX A;  3K5G A;  3OU4 A;  5ENM A;  2IL2 A;  3UDM A;  5P6Y A;  1AJV A;  5P2R A;  5P7F A;  1MRX A;  5AGZ A;  2CEM A;  1ZPA A;  4CPR A;  4ZSP A;  1TZS A;  4Y4J A;  2ER7 E;  5P74 A;  4Z2Z A;  2IQG A;  4HA5 A;  5HU1 A;  5C9F A;  3HAU A;  3EXO A;  3OXW A;  4QJA A;  3LIN A;  5P58 A;  3OUD A;  3FKT A;  4AA9 A;  3VF5 A;  4L7J A;  3VUC A;  2HIZ A;  1DAZ C;  3ER3 E;  1LF3 A;  3ZKX A;  4S1G A;  3S85 A;  1XN3 A;  4Y5B A;  1BV9 A;  3ZKI A;  3EKW A;  4I0F A;  2AID A;  3RTH A;  2QI7 A;  3T7P A;  2G24 A;  2V00 A;  3D3T A;  2QZK A;  3QAA A;  3UDH A;  5I3Y A;  1EBW A;  1LYB B;  2AZC A;  4Y4U A;  5P3H A;  5P4I A;  3U6A A;  5P8J A;  4AUC A;  3A2O A;  5DR0 A;  4ZPF A;  2VNM A;  4YCY A;  5P7J A;  4WTU A;  3H5B A;  4LBT A;  3UDQ A;  2APR A;  1OD1 A;  5OZ9 A;  4JOO A;  2QMF A;  4EHC A;  1D4I A;  4J1C A;  5P6N A;  2I0D A;  1EPO E;  3PM4 A;  4A4Q A;  2QP8 A;  2G20 A;  3EL1 A;  4I0E A;  1BIM A;  5SZ9 A;  2QZW A;  3KDC A;  4Y39 A;  2ZHT A;  5OZ0 A;  5P3E A;  3SM2 A;  4Y3M A;  4GJ6 A;  1DP5 A;  1CPI A;  1TW7 A;  2R3T A;  4D89 A;  1QBS A;  2ER9 E;  4QJ9 A;  3LZV A;  4QJ7 A;  5P05 A;  5KR2 A;  4YA8 A;  4D8C A;  5P5X A;  2OHK A;  4ZSM A;  5P0S A;  1FIV A;  5P4O A;  2REN A;  3L5F A;  5EZZ A;  1ZBG A;  3TOH A;  3SA9 A;  1QDM A;  3PLD A;  2QU2 A;  1OEX A;  1BWB A;  2AVM A;  5P23 A;  5OZZ A;  2PYN A;  1FQ4 A;  4LL3 A;  5P2O A;  4Y4T A;  3URI A;  2Z54 A;  2V13 A;  3QIH A;  1A94 A;  3SAA A;  3LPI A;  5P6L A;  5OZ6 A;  5AH9 A;  3OQD A;  3HW1 A;  2VA7 A;  3CMS A;  1HIH A;  5OYS A;  1LYA A;  3QRO A;  3OQK A;  5OZO A;  3UQU A;  1Z1H A;  5P77 A;  5P1C A;  1QS8 A;  1CZI E;  5ER1 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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