1B5HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-diaminopropanoic acid-lysine
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 194
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b5hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b5hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b5hA02
3TTLA 1I6QA 1ZLQA 5CMBA 1OLCA 1IXGA 1ELJA 3OSRA 4LUBA 2OBGA 4P0GA 3T9HB 3RTWB 3H06B 1ZBMA 5DVFA 2AL4A 4EQ7A 2DE4A 4KD5A 1ZKBA 1MH3A 1IXIA 1N3XA 1VE4A 4DLDA 4JWOA 3EHSA 4ISUA 2R6GE 1Y4TA 4H8JA 2PT2A 2GFEA 3BFTA 1EZOA 3MPLA 1NNKA 3QYTA 4OXVA 1SVXB 3O2AA 4F22A 3UP9A 2AL5A 3W9WA 1KWHA 2OWSA 3PD8A 3OO9A 1J1NA 1Z7ME 1SBPA 4XKPA 3FZVA 3IK6B 3MWBA 3K0VA 1OVTA 1O63A 1UQWA 5AA1A 2YPNA 2Z8DA 4G68A 5I2NA 2GRVA 1B4ZA 3O9PA 3D4CA 2H5YA 1POTA 4MLVA 3KN8A 3G3IA 3H7MA 2XD3A 3VVFA 1MDQA 3SDFA 2DVZA 3MZ9A 3TAJA 3FTOA 4BLAA 3VLVA 1CB6A 1LBCA 1AL3A 1M5FA 3F11A 4DXUA 4EQBA 2XXTA 1ATGA 3I6VA 5CBSA 1NKXA 4H5GA 2ONKE 1NMUA 2E1SA 3A3CA 2UVGA 1SYIA 5AA2B 3TODA 3CG3A 1LGBC 4F3BA 1IEJA 2IA4A 1I6AA 1XOCA 1JVYA 1VFEA 4QHQA 3FVKA 2V25A 2HAUA 1AIVA 1MRPA 5L9MA 1MQIA 3IB2A 1B51A 3IX1A 4JDFA 5H8FA 2CMOA 3VVDA 4AQ4A 1Y20A 5CBRA 1URSA 2V3TA 2ALUA 1PC3A 1B46A 3CR9A 1CE2A 2DXRA 4R6YA 2THIA 3OOAA 3O6IA 4LQ2A 4QFLA 3S2VA 4JWXA 4WKMA 2OLBA 4RK2A 4OFLA 1GV8A 4YKIA 3QUFA 4G68C 4U21A 4LQ5A 3KG2A 1EH3A 2XXQA 1URDA 3C31A 3RLFE 3M8UA 2PYYA 4XXUA 3MJNA 1SDXA 4RYAA 3DLNA 3TCGA 3PPNA 1LB8A 5I2NB 1B7ZA 1QW0A 4ZEFA 5TP9A 4X48A 3KZGA 1B6HA 1H3DA 4XTCQ 1WODA 3FATA 3R6UA 4GQOA 5H8QA 3S4UA 4F39A 1LB9A 4FATA 1Y1MA 3G3FA 2I3WA 3OO8A 1MXVA 3O28A 4GLIA 2NWJA 5AA3A 4U4SA 2RF1A 1ZU0A 4F29A 1Y3PA 4OESA 4H67A 2IEEA 2F35A 1VSOA 3TTKA 4JSOA 1TWYA 1Y9UA 2H4IA 1M5CA 1MQDA 5KCJA 3CHGA 3SEYA 3DP6A 4NF8A 1FQEA 4IO6A 4RPNA 2Q2AA 4QSCA 2H25A 3DRIA 2ZNSA 1UTHB 4P11A 3A3UA 2HAVA 3U94A 2O1MA 1DMBA 1B3LA 2QSXA 4ZE9A 3ZKLA 3VFJA 1PEBA 1NNPA 4Z7EA 2QRYA 3FGSA 4ZE8A 2Y84A 3OENA 4G77A 3FASA 4POWA 3N26A 1PBPA 1JQFA 2BJJX 4GL8A 4ESWA 3TPAA 3VXBA 3DP4A 3EF7A 5DEXB 5ELVA 4FIMA 3FJGA 2G93A 2G29A 1R6ZA 3CG1A 1I69A 1N7WA 1P1NA 2NXOA 5DVIA 1A54A 4JB7A 4ZZAA 3UGWA 4KPTA 2Z23A 2F34A 4GXAA 1SW5A 2FNCA 3K6UA 5H8NB 2XXUA 3R7XA 4GRKA 1MY4A 3ODBA 4H1XA 5FTIA 3C9HA 3E9XA 2Q88A 2OWTA 3G3KA 4F2OA 4ELQA 4IO5A 5H8QB 1YTVA 4NF4B 5EHSA 3K2DA 1MY2A 5HBCA 3SEXA 3C4MA 4YMAA 1MH4A 1DTGA 2P0SA 1MPCA 4QFPA 3RNNA 2R9JA 3KFMA 3M3LA 4ZEKA 2F78A 1BP5A 4FAJA 2B4MA 3TYHA 4HS7A 1BKAA 3HPIA 3U72A 3B6WA 5KCJB 4HCYA 2RINA 4F3GA 1JVXA 1R9QA 3EQ1A 3LR1A 4I1DA 3HHGA 3K1NA 1MM7A 2KLFA 4OMBA 5CMMA 2Q2CA 3N5LA 4NF5B 4AB5A 4RPOA 3S9LC 4EF2A 2F8DA 2VOZA 3TMGA 3Q29A 5EHMA 3VLUA 4F3PA 5I59A 2X7PA 2RC8A 4OEVA 4I9DA 1TT1A 3FVNA 3G3GA 4N13A 1LCTA 4OTEA 3BFUA 1LFHA 5JEIA 2O68A 1FQCA 3D4GA 1S7YA 3SESA 4FJPA 1N84A 1M5DA 4QRZA 4R73A 3K1PA 3TUSA 4LVQA 3DRFA 1B05A 1FTMA 2XXYA 3CSGA 3K02A 1EZPA 2Y7WA 2RKMA 2V3QA 2QS3A 1A99A 4K3FA 1IXCA 4KFQA 1MXXA 4IY5A 2O7IA 4H65A 3LSXA 3DELB 3V8XB 2I6EA 4RA1A 2O69A 2DWHA 4OENA 3M3FA 3OO6A 1JEUA 3EPEA 3KOSA 4NTLA 1Q1KA 3QIMA 4ELOA 1OLAA 3KGCA 5KDTA 1TFDA 2O1LA 2DSFA 2HXWA 4DZ1A 4PFTA 4PQJA 1DPPA 1D9VA 2B65A 3TCFA 4BDOA 1UIUA 2ZYNA 1US5A 2PMSA 1S9TA 4X9TA 2VP1A 1MG1A 2GH9A 5ICTA 3PPOA 5HPQA 4GXSB 4IO3A 3T66A 5IAIA 2X7QA 4IY6A 2RCBA 3K1MA 5CMKA 1EZ9A 1IXHA 1N76A 4DE8A 3H3GA 3UN6A 2HZKA 1MM6A 4OZ9A 2DWIA 4U4XA 5I59B 5A5XB 3S9NC 3MBPA 1N04A 1GTKA 3IAZA 1XT8A 3PUWE 1Q35A 2VD2A 2CZLA 4TQUQ 4ELPA 2XXPA 2RCAA 4R72A 1SI1A 1QJMA 3ZSFA 2DE3A 2Q89A 3TQLA 1B5IA 1HSLA 1JNFA 4XKQA 4O3BA 1PB7A 5TPAA 3KJTA 1B52A 4M1VA 3SEUA 1NL5A 4O3AA 3RYAA 4YU0A 3PUVE 2DYXA 4EUOA 1BIYA 4NEDA 4EF1A 3RYBA 3UIFA 3PMXA 2NVUB 2LAOA 1MQJA 1US4A 5DYHA 1JETA 3UORA 2GHAA 3CFLA 4RNSA 3E4RA 2UYFA 4G8NA 1RKMA 1NNTA 2Z8EA 4KCDA 4R74A 3WAFA 4F3SA 2I49A 4OYVA 1HSJA 4JXIA 4H6DA 5KDTB 2HCAA 3VLWA 1OQHA 1A7LA 3LSWA 1FTJA 3I5OA 1O7TA 1B3EA 3RT6B 2F7AA 3O6HA 4I62A 5AE4A 1NH8A 1QUKA 1R9LA 5ICQA 1MXZA 3T9VA 3KJ7A 3MP8A 4WEPA 5FHMA 1UTHA 4UA8A 3RGYA 2Z22A 4Q30B 1AH5A 5I58B 1TXFA 4XKNA 3KOTA 3ECRA 1NH7A 2PX1A 1IIWA 4LZ7A 4G4PA 1A8FA 1B3GA 3M3KA 3Q25A 2OZZA 2QPQA 3IJOB 4IO4A 5DEXA 4H0WA 3CVGA 3PV0E 1AOVA 3OSQA 3DP8A 1UTBB 3B6QA 4HCWA 4I8CA 1LLSA 4O3CA 2V3UA 1URGA 1FQDA 3LUYA 3TDJA 3U1OA 3KSJA 5I84A 5H8HB 2B4LA 1H43A 3BBRA 4L17A 4R75A 4OVJA 1XHYA 2P1SA 2F36A 1B9JA 5TPAB 1DPEA 1AMFA 2E0SA 1QUJA 3G7WA 3B6TA 5L9OA 2UVHA 5H8NA 2Q9TA 2XXVA 4ZEDA 3T96B 3FD3A 3R26A 4NF4A 3FJMA 4IO7A 4OQOA 3CIJA 1MQHA 3PUXE 4ELRA 4YMBA 3ONMA 5H8SA 1WDNA 1P99A 1RYOA 3T9XB 1B4HA 4OERA 1OIBA 3HN0A 1VR5A 1B3FA 4BDMA 4IGTA 5ISUA 1I6BA 3C35A 1B7HA 2RC9A 3FV1A 4PFWA 3H03A 1LBBA 3MVYA 3T22A 1B7UA 4F19A 2XXIA 4KCCA 4IB2A 3QUJA 4JSDA 4EDPA 5CI5A 1XC1A 4GIZA 3VXCA 3PMWA 3TQWA 4PP0A 4NF5A 3VV5A 4GOTA 2XXRA 3SKPA 4ONYA 3EHUA 1B2HA 4YICA 4BDLA 2P2AA 5HM4B 2OJTA 3IOVA 1ANFA 1R1NA 5DT6A 4PFUA 3MAMA 1FTLA 4PFYA 3SEWA 2UYEA 1H45A 1N3WA 4LONB 2QMXA 4LA9A 3TKDA 5KZTA 4G8MA 3MP6A 2HFBA 4FORA 1ZJLA 2X26A 3RTFB 2ONSA 3PD9A 2Y7PA 3OO7A 3O6GA 1UIVA 4GD5A 2I4CA 1QUIA 5ITPA 4YB6A 2UVIA 1M5EA 1DTZA 1FW0A 3MQ9A 2Y7IA 2Y7RA 1VFDA 4Q8RA 3C36A 5IKBA 3QSLA 1A40A 1XS5A 3OXNA 1GGGA 1NNFA 5JTYA 1LAHE 5CRYA 1IQ7A 5BUUA 3USDA 3MVXA 4BDNA 2D5WA 3OEKA 3DRKA 4QFKA 3MPKA 1P1WA 5AA4B 2I58A 1L5TA 2Q8JA 4GWOA 4ZZEA 3KN3A 2DVCA 4QF9A 3IOUA 4RXLA 1II5A 4R6HA 1DOTA 1FTOA 3MUQA 4MH5A 4ND9A 4PETA 1FQBA 1Y3NA 2NUVA 4C0RA 3THIA 1OVBA 4PE5B 2HQ0A 3B7DA 4U2RA 3H6WA 1ZMGA 1Y4CA 3OMBA 1LCFA 4X1BA 2RC7A 2YLNA 1LAFE 2QS2A 4N07A 3Q27A 3DRHA 2GHBA 3PUYE 3CFZA 5A5XA 2HZLA 3DM0A 1B0HA 2I0CA 4OWDA 3MVZA 1GR2A 3A09A 3O29A 4FEBA 4YAHX 3DRJA 3FVOA 4YZZA 4U22A 3U8QA 2QMWA 1A55A 1IITA 4IGRA 1XVXA 1MQGA 4AB6A 2ZYOA 3JYRA 4BDQA 4OFJA 2ZNTA 3N6TA 3C33A 2M8CA 1D4NA 2H9BA 3EN3A 3N6UA 3LC8A 4C1UA 4TLMB 3IORA 2XHDA 2Z8FA 3VVEA 1TFAA 2FA7A 1SW4A 4Q0CA 4JBZA 1NFTA 5F1QA 4YB7A 3IJXB 2VHAA 1B5JA 1LFGA 5JTYB 3FIRA 1D9YA 4NMYA 5I2KB 1B5HA 5FHNA 4WEDA 2QS4A 3N94A 1YAEA 5TU0A 1N7XA 3LVUA 1BTJA 2XX8A 4OETA 1IZ1A 2YJPA 3FV2A 2DP8A 1MDP1 1SQYA 1EU8A 3MP1A 1F9BA 1QKBA 3FVGA 4YB5A 3FXQA 3RQTA 2A5TB 1QULA 3QXMA 3G3HA 3OD7A 3GZGA 4LP2B 3H6VA 2DXYA 1MXUA 5I58A 2XXWA 2O6AA 3H6UA 4R2BA 1JEVA 4WXJA 3K01A 4KR5A 1MXYA 4R9FA 1MY1A 1FCKA 4F18A 5FTHA 3GXAA 3MZ1A 3SERA 3UA8A 2ESNA 1N0TA 2D21A 3I3VA 5I56A 4YKJA 1MY0A 3P7IA 3GLBA 1UTBA 4THIA 5M2VA 2DWAA 3IL1B 4OFOA 5K2YA 5H8HA 4OEUA 5L8DA 4KYDA 4MLQA 4X1DA 2ABHA 2UXAA 2F6PA 4MFIA 1LAXA 2WOKA 4YKPA 3IOWA 1PB9A 4KI0E 1P1QA 2REJA 4F1YA 3AXFA 2Y7KA 4ZEBA 4GL0A 4RY1A 1O64A 1QKAA 4P0IA 1BLFA 4ZS9A 1MPDA 1SW1A 3GBAA 3IOTA 4LZ5A 4LZ8A 1JW5A 4U1ZA 1M5BA 3IO4A 2PBWA 4BDRA 4KHZE 4F2QA 1B32A 1B1XA 4XIGQ 2QS1A 1ZIUA 2ZYMA 4NWDA 3DRGA 3FXUA 3K00A 2A5SA 3E3KA 1P1UA 5CM6A 3KSXA 3K4UA 4DDDA 3VE1B 3T9UA 1JW1A 5DVJA 3MW0A 3MVWA 3TEPA 4R2FA 3IB0A 4QSEA 2WOPA 2I3VA 2VD3A 3QK6A 4ESXA 3PPPA 5F7VA 2ONRA 4MF3A 1POY1 2O84X 1MS7A 2XX9A 2XX7A 1S50A 4QSDA 2FYIA 5LOMA 3G3JA 3BKIB 4KYSA 3O97A 5I56B 4KYEA 2XD2A 3CFXA 4C1TA 1OMPA 3CI8A 2DE2A 2QL3A 4RK9A 2F7BA 2ZXTA 1WVJA 4ZECA 1MPBA 4UACA 1FQFA 5L9SA 2ANJA 1SYHA 1PDAA 1LAGE 1FTKA 3VDFA 2V93A 1USYH 4ECFA 4F1UA 3LBSA 3FJ7A 3H6TA 3JZJA 1T0KA 3PU5A 3RUMA 3H4ZA 2PVUA 2QJEA 3O6PA 3L6HA 4G68B 4TOZA 4NWCA 4U1OA 2F5XA 3PAMA 1HSEA 4EXKA 3MZBA 5AA4A 4G2ZA 2F6GA 4G8HA 2R71A 3W15C 1YPNA 3MC2A 3W9VA 1Y1ZA 4EQ9A 1IUDA 5B70A 3FXRA 4FE8A 3HV1A 3V5AA 3V83A 3LSFB 5JK4A 3OEMA 4HW8A 3IB1A 1GVCA 1P1OA 2V84A 4Z0IA 2DQVA 3TTRA 2W7YA 2DS9A 2I4BA 3T93B 5BWJA 3JV9A 3TZAA 4N6PA 2WKYA 3L6GA 2UVJA 4FECA 2NOOA 4YKKA 5H8FB 4GF8A 3PPQA 5ITOA 4ZDMA 2I0BA 3PPRA 1B3HA 1USYE 3S9EA 3IO6A 2F97A 5J1DA 2XXHA 4OHNA 1JW4A 3ZS6A 1YCJA 4MBPA 3TFLA 2F7CA 5CC2A 3HSTA 1A8EA 1Z7NE 5I57A 3OELA 3EHTA 1MY3A 2H98A 4FEDA 3WAEA 4JWYA 4H5FA 4IO2A 1XVYA 3TTMA 4R6KA 4NF6A 4DCYA 4DCXA 2AYSA 3K6XA 2OK2A 3IR1A 4TLLB 2REGA 5TP9B 5I2KA 3RY3A 2DWJA 2HEUA 3C32A 4E0XA 1MXWA 4EXLA 4F31B 1DSNA 2B3BA 3K6WA 2O7UA 1B58A 2A5TA 4DIGA 1SD3A 4NE4A 4XKRA 1H76A 3ILUB 5DTBA 1Y3QA 1B40A 3CSBA 1PBQA 1RYXA 1OQGA 2PT1A 2DOJA 4QFOA 3O66A 4KQPA 4NF8B 5EYFA 2OCUA 4RJZA 3TCHA 1QVSA 2WOLA 3HCQA 3KEIA 3SEVA 4H8IA 4U23A 3TTNA 1LFIA 3ZKKA 3Q26A 4QFNA 5CMCA 2H99A 3PGFA 3HHFA 4POXA 3QAXA 4LATA 5I57B 4F1VA 3C34A 3K6VA 4GFRA 2AIXA 3GBBA 5K2XA 3Q28A 4DXBA 2O51A 3TELA 4HTGA 1SW2A 4NF6B 4Q5TA 2ZNUA 3S9MC 4R9GA 2D3IA 3RN8A 4M4GA 3PMVA 3U93A 1B0LA 1SI0A 5B7DA 2B3FA 3HO7A 3FUZA 3KBRA 3ILTB 3RPWA 1ZTYA 3SETA 4GVOA 2VGQA 2ZYKA 3RT8A 1H44A 3U92A 1B1HA 5AA2D 3LSLA 4DXCA 1PB8A 5FHOA 4E0WA 1LSTA 2I48A 3UK4A 2ZMBA 2XXXA 4ZEIA 3V89B 3KN7A 3PUZE 3CRBA 3E13X 1D3KA 5AA2A 1FQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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