1B5UA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and x-ray analysis of six ser->ala mutant
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGIALANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b5uA00
1NBYC 1LZGA 1OUBA 3EO5A 1C46A 3AGIA 4XN6A 2EIZC 3TMVA 1LZTA 2LYOA 1GE3A 1JHLA 4UWUA 5B07A 1LJKA 2ZYCA 1SQ2L 4H9CA 4J1BA 5I5QA 1HFYA 1BHZA 5I4YA 5KXRA 1FDLY 2D4JA 2Z2EA 5LVGA 1IOCA 3B0OA 3HBEX 4N1CC 5D5CA 1WQRA 6LYZA 2EQLA 2BQKA 1LKSA 2XBRA 4TWSA 5F16A 4NGIA 2WARA 3P4ZA 2HEFA 5HNCA 4PPOA 1OP9B 1NBZC 1UCOA 4RLMA 1W6ZA 1C45A 2Y8PA 3AGGG 1DI4A 3N9AA 2DQHY 4DD9A 1QQYA 1XSFA 1GBOA 2MEGA 1G7MC 1ZVYB 1UC0A 4NFVA 1VDPA 1D9UA 1LMAA 4HSFA 5E9RA 4ZFPA 1LSYA 4XJDA 2H5ZA 3CT5A 4C3WA 3M3UA 1B7RA 4PGJB 5T3FA 193LA 1INUA 4Z46A 1JJ1A 1CKCA 4PRUA 4BS7A 1IWZA 2I26L 1NDMC 2BQOA 4OWHA 1WQPA 4W96A 5K7OA 3A34A 4DD1A 3AGHA 2LYMA 1IX0A 1CJ7A 1LSZA 1QIOA 208LA 2YBNA 2Z19A 4TSBA 1LJEA 1TEWA 4C5FA 1KIPC 4YF2A 5L9JA 1BB7A 4NWHA 3P64A 5HLLA 2HUBA 2YBIA 1JEFA 4CFOA 1BVKC 1GD6A 2ZILA 2XBSA 4HP0A 5KXPA 1LSMA 1MLCE 4DDAA 1KIRC 1WVVA 2F2NA 4LFPA 1UIHA 1HSXA 3GXRA 3A67Y 1BWHA 2LHMA 1BVXA 3G3BB 3LHMA 1C7PA 4LYOA 4NSIA 3WXTA 1TCYA 1REXA 1T6VL 1IEEA 5I53A 4AGAA 1GFJA 1GBZA 3CT1A 3A95A 3HBDA 3EXDA 194LA 1GPQC 1IP7A 1VDSA 3AW7A 1JKAA 3AZ5A 3CSZA 4NSHA 3WULA 3WUAA 1IWXA 5KXXA 3J6KA 4N1EI 3QE8A 1GB3A 4OOOA 4H8XA 2FYDA 1MELL 5F14A 4XJFA 4KL7A 2MEIA 2IFFY 3B72A 4DD3A 2BQIA 2BAAA 1GF7A 1KIQC 1OQMA 1UICA 2YBHA 1REZA 1JIYA 3FI7A 1BB6A 4J0LA 1IORA 5KXTA 2N5ZA 4HTQA 3WW6A 4P2EA 4B4IA 3N9EA 3W6EA 4XADA 2PC2A 4GLVA 1CNSA 1GE1A 1IP3A 5LVHA 5DN5A 3A8ZA 5KXKA 1BWIA 1HERA 1LYZA 4PJ2C 1SLYA 1UIGA 1YAOA 1LOZA 2A7FA 1TAYA 1UACY 2YVBA 4QEQA 5B1GA 1AKIA 4LYTA 2Q0MX 8LYZA 1WQQA 4H9HA 3AZ7A 4LYMA 1RI8B 3OK0A 1RJCB 1IC7Y 1IWWA 4HV1A 4IJ4A 1LMPA 1YANA 4LT3A 4TUNA 1D6QA 4B4JA 1GDWA 4WM5A 2ZYPA 1UIFA 3M18B 4QGZA 2ZWBA 2C8PA 3QNGA 1IC5Y 4DWXA 1IO5A 5F9UA 1OUAA 5DLAA 3RZ4A 4HTNA 3WVXA 4LT1A 1IY4A 4H9AA 3ZVQA 3WU9A 1UIEA 4AXTA 1LZ5A 5AMYA 5APEA 1J1XY 1XGPC 1LZEA 1QDTA 4MCKA 3RU5A 3RNXA 1YKXX 1W08A 1D6PA 4G9SA 4MR1A 1B0DA 3ZVQB 3QY4A 5M1YA 2YDGA 1GBXA 1I56A 1NWGA 2Z18A 4HJZA 4NGOA 1QSAA 1LJ4A 4H90A 1QDRA 2ZIKA 1GFTA 1CKDA 1XGRC 1GE2A 5A3ZA 1LHKA 3G3AB 1FLUA 1HNLA 2YBJA 1LHMA 4GCEA 1JITA 1GF3A 1LYSA 4MSTA 4OW1A 3RW8A 2X0AA 4NGYA 5KXOA 1B7OA 2LZ2A 4WG1A 3WMKA 1LZ6A 1VDQA 2C8OA 4XJHA 3W6AA 1JPOA 1F10A 3A93A 4BAFA 1J1PY 1JKBA 1GXXA 4QDNA 1HENA 1GB9A 1NQIA 5KJ9A 4GCCA 1IY3A 2DQGY 2DQDY 5I54A 2HU1A 3TXJA 2DQFC 1IVMA 4H93A 4CHXA 4Z41A 4E3UA 1B5ZA 5B06A 1IP2A 4XJGA 5B05A 4GCBA 5LYMA 4WM3A 4ET8A 1QSWA 1C08C 2BQEA 4LFXA 2DQEY 4NGVA 3N9CA 4XJIA 4Z98A 5LAFA 1I1ZA 4RW1A 5EBHA 1VEDA 2AUBA 2BQDA 4B4EA 1UA6Y 3CB7A 3CT0A 3EBAB 1B5XA 1YIKA 1D0MA 2H9JA 4PRQA 5KXLA 2MEAA 3LYTA 4B1AA 4TSCA 4NHIA 4WOAA 1JISA 1ZV5L 2HEAA 2BQMA 4DYGA 1NMMA 4ANRA 4B0DA 5B59A 4NIJA 4LYBA 1YAQA 1B7SA 1LAAA 1OUHA 1RCMA 1WQNA 1LHIA 4EOFA 5LVJA 1LJNA 5C6JA 2B5ZA 1WVUA 2HEEA 5APCA 5I4WA 1HEQA 3LYOA 4Z3MA 1LJHA 2F30A 1LSDA 4I8SA 1LZYA 1AM7A 3AYQA 4TTDA 4OWEA 5FELA 3HBHA 1WQOA 4LYCA 5IELA 5E4PA 4EMNA 4UWVA 2ZNXY 1JKCA 5F81A 5HQ1A 5L3HA 1LTMA 4H8ZA 4H9BA 1IP1A 1V7SA 1LHJA 2G4NA 2F4AA 5LA5A 1LYOA 2D4KA 3LN2A 1JUGA 1LSGA 2Z39A 4ZEEA 1WQMA 1FKQA 1IWUA 4H9IA 133LA 4PHIA 4CJ2A 3LYZA 1YKZX 1LZ1A 2BQJA 1LZDA 3A96A 1LHLA 2DKVA 4GCDA 1GF8A 1HEMA 2BQAA 3WYHA 4G4BA 1B5UA 4ETBA 1JKDA 1PZYA 4B49A 1DKJA 2BLYA 1C43A 1LMOA 4NHQA 4WMGA 1XEIA 1JTOL 3W6FA 4RLNA 1IR7A 1OUGA 1TDYA 1YKYX 1FN5A 2BPUA 5LAGA 1HELA 4W94A 1IWYA 4L41A 4NGJA 1A2YC 2I6ZA 4NY5A 4WLXA 1LZBA 1KXYA 4GN5C 1HC0A 4RDSA 1GWDA 1QUSA 4HPEA 3TXEA 6LYTA 3K3TA 5DM9A 4CFPA 4HPIA 4U3XB 1B5WA 4NSJA 4H94A 5KY1A 2XJWA 1DQJC 1JWRA 1GFEA 1BB4A 4LT0A 4NGLA 4RW2A 4G4HA 1LSAA 1J1OY 4GN4A 5KXZA 4II8A 3LYMA 3WU7A 1GDXA 1LPIA 2W1LA 4WG7A 3TXKA 3TXDA 1HEWA 2ZNWY 5LXWA 1LZNA 3P68A 1GHLA 1VATA 3LZ2A 1BB3A 4GCFA 1IC4Y 4TX7A 1IOTA 1HEPA 4YOPA 1IP4A 1F0WA 1T3PA 1IP6A 3B0KA 4H91A 4DDCA 1CKFA 2W1MA 1BB5A 1NHEA 4FJRA 5DN4A 4LYZA 4YEMA 134LA 1ZVHL 4A7DA 3WH1A 4WM6A 3WL2A 3P66A 2BQBA 1GXV2 2W1XA 4ETDA 2GV0A 3B0IA 1JTTL 1IR8A 2XTHA 5FCPA 1VDTA 2DQJY 1P2CC 2NWDX 2BQCA 4I0CA 1QTEA 1QUTA 1WTMA 2HTXA 1B5YA 1FKVA 4UWNA 4WL7A 3WW5A 1GFAA 3AW6A 2MECA 5LVKA 3WPLA 3BKHA 1DPXA 5APFA 1FLYA 5FHWA 3A3QA 1OUEA 2BQFA 1AT6A 1GEZA 5IDDA 1LZRA 4WL6A 4HJYA 1IOSA 4ML7A 1LJGA 1REMA 2CJLA 2EPEA 1FLQA 3TXHA 4IASA 4ETEA 4ETAA 2Z12A 1GAZA 2BQLA 4DDBA 4NHPA 4ZIXA 3T36A 1AT5A 1B7PA 4KT3A 2G4PA 1JJ3A 2Z37A 5A3EA 1DXJA 1LSPA 2D91A 4N5RA 3WVYA 1LMTA 4KPMA 1IR9A 1LJIA 2ZQ4A 3B6LA 135LA 1B7MA 1GFGA 3IWRA 3OJPA 1LMQA 1LCNA 2DQIY 5KXWA 2Z2FA 4H92A 4DT3A 1HF4A 4NEBA 1BQLY 5DL9A 1XGUC 2HEDA 1OUDA 4WO9A 2FBDA 5LINA 3WXUA 4H9FA 4HV2A 1LZ4A 2DBTA 1HMKA 1GF6A 3CSRA 3LZTA 1CJ6A 1GFKA 1UIBA 5LIOA 1EQ5A 2IHLA 2MEEA 5FEKA 1B2KA 4WLDA 1H87A 1YAPA 4OWCA 1LSFA 1BGIA 1LZAA 3TMXA 1RE2A 5HMVA 1HHLA 1LJJA 4DC4A 4WM2A 2HU3A 4NG8A 3WU8A 4H1PA 2DQAA 1AZFA 4WLTA 5KKJA 4OOTA 2CWIA 1B7LA 1XGTC 3ZEKA 1HFZA 5FSTA 2Z38A 2FYCA 3FE0A 1ALCA 1XEJA 1LZSA 4NGKA 5ILFA 3RT5X 1DI5A 1HFXA 3A6CY 1WTNA 1G7IC 4BADA 1YL0X 3CSQA 2A7DA 1UIDA 1QTKA 3F6ZA 1GFRA 3IJVA 1DKKA 2RSCA 3GXKA 1UBZA 1DPWA 4XYYA 1I20A 4FDYA 1JSEA 1GE4A 4H9EA 4ET9A 2MEHA 4G49A 1IWTA 1D0LA 2DQCY 2MEDA 3A94A 3J4GA 4NHTA 7LYZA 1B7QA 4H8YA 1OUIA 2BQNA 4YENA 5J7CA 1GF0A 154LA 1O23A 1UUZC 1VFBC 207LA 1F6RA 3AZ6A 4G4CA 3P65A 4O34A 1CJ8A 3A3RX 4D9ZA 4LT2A 1B7NA 5APDA 153LA 1GFUA 4N8ZA 5I4XA 3W3EA 5L3IA 2D4IA 1CKGA 1LHHA 2D6BA 5II3A 4GLAA 1CJ9A 5KXYA 5KXSA 1OUFA 1NKHA 3ULRA 1E8LA 1IOQA 1GB2A 1YILA 5F9XA 3BKVA 1EQEA 1GB8A 1GB5A 1IP5A 1FBIX 1JSFA 1VAUA 1YAMA 4NGWA 3TXIA 4NHSA 1LSBA 1XGQC 4DD7A 5HMJA 3CQLA 5ILCA 3WPJA 1NF5A 1GEVA 4IATA 2I25L 3AB6A 1REYA 1PS5A 4M6DA 3VWOA 1V7TA 1YROA 2HEBA 4LZTA 4XJBA 1GF4A 2LZTA 1KXXA 4NWEA 1LSCA 2YBMA 2W1YA 3A90A 3AZ4A 1C10A 4HTKA 3W6BA 5LVIA 5KXNA 2BQGA 2EKSC 5D5FA 3KAMA 3W6CA 1LZ9A 2HECA 9LYZA 3A92A 3TXFA 2YSSC 1F6SA 132LA 2H9KA 2ZIJA 3A6BY 3ATNA 4WM4A 1GF5A 2FBBA 2VB1A 3TMWA 4XENA 1B9OA 1LMCA 1Z55A 4NG1A 5KXMA 4M4OA 1LSEA 1EL1A 4WM1A 3SP3A 4BAPA 4N9RA 3T6UA 1B5VA 1LKRA 2YBLA 1GFVA 1HMLA 1FLWA 1XFPL 3D3DA 5C6IA 5JENB 1A4VA 1GAYA 2G4QA 4YM8A 3EMSA 1GE0A 1LJ3A 2ZQ3A 2MEBA 4OWAA 1UIAA 1D0KA 1JTPL 4QY9A 5LA8A 2MEFA 3MGWA 1LJFA 1G7JC 1H6MA 4HJVA 3TXGA 5FDJA 5KKIA 2LYZA 1GB6A 4OWBA 1LZ8A 1N4FA 1LMNA 1EQ4A 3TXBA 1HSWA 3D9AC 1GBSA 1GB0A 1LYYA 4YEOA 2BLXA 5HNLA 3WUNA 1ZMYL 4X3BA 4DD2A 3W6DA 1BWJA 1DZBX 2CGIA 1JJ0A 1IIZA 4LGKA 4J1AA 1XEKA 4KXIA 5IHGA 4N0JA 3A91A 2CDSA 3HFMY 1GBWA 1YQVY 4WO6A 1KXWA 1OUCA 3AJNA 3E3DA 2BQHA 4WLYA 1CKHA 5C6LA 1GB7A 1LSNA 5LYZA 3IJUA 4DD0A 1HEOA 2F4GA 4J7VA 4NSGA 4R6CA 4R0FA 1GBYA 1GF9A 1OUJA 3TMUA 3ATOA 3WPKA 1G7LC 1LZCA 3WUMA 4GN3A 4CGEA 1G7HC 1GFHA 4ETCA 5LYTA 1TBYA 5B1FA 1NDGC 1DI3A 1IWVA 1RFPA 4NGZA 1YL1X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBYC 1C46A 4XN6A 1LZTA 2LYOA 1P37A 1LJKA 4H9CA 123LA 1T8AA 4I7OA 5I4YA 2D4JA 233LA 2O4WA 1CV1A 190LA 3HBEX 5D5CA 6LYZA 2BQKA 2HEFA 4PPOA 175LA 1QQYA 1L79A 4PK0A 1XEPA 1LMAA 4HSFA 2H5ZA 2RBSA 5T3FA 4Z46A 4PRUA 1IWZA 1D3JA 4C5FA 2F47A 137LA 1TEWA 4YF2A 1BB7A 3P64A 2CUUA 1GD6A 217LA 1L80A 230LA 1T8FA 4DDAA 1KIRC 1UIHA 169LA 3HH3A 1P46A 3G3BB 1BVXA 4LYOA 184LA 1L19A 238LA 159LA 2RAYX 3HBDA 194LA 1GPQC 1VDSA 3AZ5A 3WULA 1C6JA 2MEIA 1OQMA 1IORA 4S0WA 1L47A 5DN5A 239LA 166LA 1SLYA 1LOZA 1L40A 1TAYA 1UACY 1L90A 8LYZA 3AZ7A 4LT3A 1C6FA 119LA 1IC5Y 1OUAA 5DLAA 140LA 3UONA 1CV5A 4AXTA 1LZ5A 1J1XY 1QDTA 4MCKA 1C6MA 1SX2A 4G9SA 1B0DA 1GBXA 2Z18A 1QSAA 1GFTA 1CKDA 1GE2A 1FLUA 3RW8A 2X0AA 4WG1A 3W6AA 1J1PY 232LA 1IY3A 2DQDY 1IVMA 4E3UA 5B05A 4GCBA 2QB0B 1L55A 1QUDA 1OV5A 2BQEA 3N9CA 3OE8A 2QARC 3NY8A 1VEDA 2BQDA 3CB7A 229LA 3CDQA 4TSCA 1JISA 1L73A 1LYDA 4LYBA 168LA 1C6NA 5LVJA 5C6JA 2B75A 2HEEA 1LJHA 1L10A 2RBPA 4I8SA 1AM7A 4LDLA 2B6TA 1L85A 1L36A 5L3HA 3C81A 4H8ZA 1L54A 256LA 1LHJA 2G4NA 2F4AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NBY C;  1LZG A;  1OUB A;  3EO5 A;  1C46 A;  3AGI A;  4XN6 A;  2EIZ C;  3TMV A;  1LZT A;  2LYO A;  1GE3 A;  1JHL A;  4UWU A;  5B07 A;  1LJK A;  2ZYC A;  1SQ2 L;  4H9C A;  4J1B A;  5I5Q A;  1HFY A;  1BHZ A;  5I4Y A;  5KXR A;  1FDL Y;  2D4J A;  2Z2E A;  5LVG A;  1IOC A;  3B0O A;  3HBE X;  4N1C C;  5D5C A;  1WQR A;  6LYZ A;  2EQL A;  2BQK A;  1LKS A;  2XBR A;  4TWS A;  5F16 A;  4NGI A;  2WAR A;  3P4Z A;  2HEF A;  5HNC A;  4PPO A;  1OP9 B;  1NBZ C;  1UCO A;  4RLM A;  1W6Z A;  1C45 A;  2Y8P A;  3AGG G;  1DI4 A;  3N9A A;  2DQH Y;  4DD9 A;  1QQY A;  1XSF A;  1GBO A;  2MEG A;  1G7M C;  1ZVY B;  1UC0 A;  4NFV A;  1VDP A;  1D9U A;  1LMA A;  4HSF A;  5E9R A;  4ZFP A;  1LSY A;  4XJD A;  2H5Z A;  3CT5 A;  4C3W A;  3M3U A;  1B7R A;  4PGJ B;  5T3F A;  193L A;  1INU A;  4Z46 A;  1JJ1 A;  1CKC A;  4PRU A;  4BS7 A;  1IWZ A;  2I26 L;  1NDM C;  2BQO A;  4OWH A;  1WQP A;  4W96 A;  5K7O A;  3A34 A;  4DD1 A;  3AGH A;  2LYM A;  1IX0 A;  1CJ7 A;  1LSZ A;  1QIO A;  208L A;  2YBN A;  2Z19 A;  4TSB A;  1LJE A;  1TEW A; 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 5D5F A;  3KAM A;  3W6C A;  1LZ9 A;  2HEC A;  9LYZ A;  3A92 A;  3TXF A;  2YSS C;  1F6S A;  132L A;  2H9K A;  2ZIJ A;  3A6B Y;  3ATN A;  4WM4 A;  1GF5 A;  2FBB A;  2VB1 A;  3TMW A;  4XEN A;  1B9O A;  1LMC A;  1Z55 A;  4NG1 A;  5KXM A;  4M4O A;  1LSE A;  1EL1 A;  4WM1 A;  3SP3 A;  4BAP A;  4N9R A;  3T6U A;  1B5V A;  1LKR A;  2YBL A;  1GFV A;  1HML A;  1FLW A;  1XFP L;  3D3D A;  5C6I A;  5JEN B;  1A4V A;  1GAY A;  2G4Q A;  4YM8 A;  3EMS A;  1GE0 A;  1LJ3 A;  2ZQ3 A;  2MEB A;  4OWA A;  1UIA A;  1D0K A;  1JTP L;  4QY9 A;  5LA8 A;  2MEF A;  3MGW A;  1LJF A;  1G7J C;  1H6M A;  4HJV A;  3TXG A;  5FDJ A;  5KKI A;  2LYZ A;  1GB6 A;  4OWB A;  1LZ8 A;  1N4F A;  1LMN A;  1EQ4 A;  3TXB A;  1HSW A;  3D9A C;  1GBS A;  1GB0 A;  1LYY A;  4YEO A;  2BLX A;  5HNL A;  3WUN A;  1ZMY L;  4X3B A;  4DD2 A;  3W6D A;  1BWJ A;  1DZB X;  2CGI A;  1JJ0 A;  1IIZ A;  4LGK A;  4J1A A;  1XEK A;  4KXI A;  5IHG A;  4N0J A;  3A91 A;  2CDS A;  3HFM Y;  1GBW A;  1YQV Y;  4WO6 A;  1KXW A;  1OUC A;  3AJN A;  3E3D A;  2BQH A;  4WLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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