1B5WA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and x-ray analysis of six ser->ala mutants
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINARYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b5wA00
4J1BA 1LMTA 135LA 1HC0A 1JEFA 1LZTA 4TTDA 1GFEA 1JUGA 1ZMYL 1UCOA 1C46A 1HERA 1GAZA 1QSWA 1LZ5A 4H9HA 4HV1A 1H6MA 1EQ5A 4RLMA 2BQHA 4UWUA 3QNGA 3WU7A 3CT0A 1GFVA 1CKHA 4WLTA 2DQCY 3A8ZA 1GD6A 1QTEA 3CSRA 4DD7A 3AZ4A 1LZNA 1GFUA 4H92A 4OWCA 1GBOA 1XGPC 5I4WA 1HEMA 5L3IA 3A34A 3KAMA 5JENB 2CDSA 4BAFA 5IELA 1AT6A 1O23A 1RCMA 2MEAA 3J6KA 1B5WA 1GFKA 4N1EI 4GN3A 2ZYCA 2BQGA 2C8PA 4AGAA 1ZV5L 4NGJA 1YANA 1OUBA 1AKIA 2F4GA 5KJ9A 4XENA 3W6BA 1GB2A 4HTNA 5LA8A 1XGUC 1G7LC 1QDRA 5LYMA 2ZILA 2LYZA 4LYTA 1VFBC 4NY5A 4XADA 3A93A 2FBDA 4PPOA 4HSFA 4DD1A 3CT5A 4WL7A 2DKVA 5APFA 1NWGA 3W6AA 4B1AA 1NDMC 4ETEA 4IASA 4NSIA 5KXYA 1YKXX 4B0DA 1RI8B 2MEGA 3TXBA 1LJGA 2BQEA 4N8ZA 4KPMA 4J1AA 4NHQA 2IHLA 1IP6A 4BAPA 4NHPA 2Z37A 1T6VL 1HELA 2W1XA 3OK0A 1BHZA 4KT3A 3LYOA 4R6CA 1LZ6A 4H1PA 3P66A 5KXPA 1HEPA 1DZBX 4H9EA 2GV0A 4TSBA 4AXTA 1GE0A 1QSAA 1WTNA 1T3PA 2D4KA 2ZIJA 4OOTA 1JSEA 4GLAA 2BQAA 4LZTA 4NG8A 3AYQA 3B0IA 1WVUA 1LHIA 1IWXA 1MELL 4ETDA 3B72A 4WOAA 5KXOA 5LIOA 4II8A 4QGZA 1BB5A 4NHIA 1LZBA 1GEVA 1LZ9A 2NWDX 4LT1A 1LHJA 1TAYA 4NHSA 3A91A 1XFPL 5I53A 1LMPA 1GB7A 4B4JA 2HUBA 3AZ7A 4H8YA 2CWIA 132LA 1GF8A 2DBTA 1JIYA 1WQMA 4NGKA 4RW2A 4BADA 4CFOA 4DD9A 3ZVQA 5FHWA 1B7QA 2LHMA 5DLAA 3AW6A 3J4GA 1LTMA 1GE3A 1NQIA 5APDA 5HMVA 3A92A 5J7CA 1IOTA 3A3RX 3RW8A 4ANRA 3N9EA 4ETBA 4B4IA 2BQJA 4WM4A 3LYZA 1HF4A 4HJZA 2Z2FA 3AGHA 1LSPA 4WO9A 1IR8A 2ZYPA 5B59A 4DD0A 4GCEA 2BAAA 1LSDA 1IWYA 1WVVA 1XSFA 4HTKA 4MSTA 1GB0A 4G9SA 4J7VA 4LYBA 3N9CA 2I6ZA 5APEA 1LZ8A 2DQHY 1ALCA 1V7SA 1Z55A 3RU5A 1LZSA 3WUAA 2YVBA 1B7OA 1JKCA 3A95A 4DDBA 1D0MA 5D5CA 2YBIA 1J1OY 1JTPL 1LOZA 2EKSC 1C43A 4WM3A 1UIFA 5KKJA 2BQLA 1C7PA 1F10A 1GBWA 4GN4A 1GE1A 1LZCA 1FLQA 2BQOA 5B06A 2BQKA 5LVGA 1QTKA 4WG7A 1JITA 1GF7A 2Z12A 4NWHA 4HJYA 4YF2A 5A3ZA 3TXDA 1PS5A 153LA 4BS7A 5KXLA 1IVMA 4M4OA 2EIZC 3CQLA 1YKZX 4ZIXA 1NBZC 1IC5Y 3WUMA 4DWXA 2I26L 5HNCA 2MEHA 2MEBA 4G4HA 2DQIY 1LYZA 3WPLA 7LYZA 1LSCA 1UBZA 4J0LA 5DN5A 1HSWA 3HFMY 1HENA 2ZNXY 3AGGG 2HEFA 3WVYA 1GFJA 2LYMA 2W1MA 4C3WA 1UUZC 1REXA 4N1CC 1IIZA 1LSMA 4LT0A 1B5ZA 1GBXA 5B1GA 1IY4A 3WUNA 1G7IC 1LSEA 2A7FA 1B0DA 1HFXA 1W6ZA 5EBHA 1QUTA 4H8XA 1LSGA 4OWAA 4XJHA 2BLYA 1TBYA 3WW5A 1IP5A 2WARA 3A94A 1B9OA 2Z19A 4H94A 2D4JA 3WPJA 1LCNA 5ILCA 1HMLA 1JSFA 4A7DA 1LJIA 4ETCA 4H91A 2C8OA 1QUSA 2MECA 3LYTA 5E9RA 4QY9A 1W08A 3BKHA 1UIEA 1B5XA 1GEZA 3SP3A 1DKJA 1GAYA 1OUDA 4EOFA 1KIPC 2YBHA 4Z46A 5IDDA 2MEEA 4TWSA 1GFRA 4RLNA 3CB7A 4WMGA 2ZNWY 3AGIA 5LVKA 1OUJA 4LYZA 2YSSC 5LXWA 2AUBA 1P2CC 5KXXA 1UIBA 1OUIA 2HEAA 3TXFA 1IO5A 1CJ6A 1LYYA 1VDQA 1LAAA 4Z41A 5KKIA 1ZVHL 3MGWA 4W96A 5B07A 4TUNA 4QDNA 4RW1A 4TSCA 1NF5A 4NFVA 3AZ5A 3TXHA 5F81A 208LA 2BQBA 3QE8A 3TXEA 1QIOA 1YAQA 2B5ZA 2MEIA 4GCBA 3E3DA 1UIDA 1FLYA 1QDTA 1G7MC 2ZIKA 9LYZA 1GF5A 4N9RA 2W1LA 4ET9A 2YBLA 1DPXA 1GB6A 1WQPA 4H9IA 3A3QA 3CSQA 1DXJA 1BVXA 1JISA 2XBSA 5B1FA 1F0WA 1GF4A 5A3EA 5F9XA 1GF0A 2BQMA 1LJKA 1LZYA 1NMMA 207LA 1B5YA 1KXXA 3LN2A 5KXSA 3TXJA 4CFPA 4ETAA 2DQAA 4XYYA 1REYA 1UIHA 1YL1X 5AMYA 1YKYX 1J1PY 1DKKA 5F9UA 4FJRA 4DDCA 1EQEA 1B7NA 4NSGA 4NHTA 3ATNA 4PHIA 4MCKA 4WL6A 1YIKA 5LVJA 1NBYC 1LMQA 1YAPA 1XGQC 1G7JC 3FE0A 1NDGC 3HBDA 154LA 4NGIA 4G4CA 3P64A 3RT5X 2YBNA 3P4ZA 5FDJA 1LPIA 4WM5A 1FBIX 1IC4Y 1B7LA 4WM1A 2BQFA 1B5VA 4NIJA 3ZEKA 4LT3A 1RFPA 3WXUA 1VEDA 1YAOA 4L41A 5LVIA 1FN5A 1B7MA 1A2YC 1B5UA 1UIGA 4N0JA 4QEQA 1CNSA 5KXKA 1HEQA 1TDYA 1C08C 1IP3A 5APCA 2F2NA 1FKQA 5LAFA 5T3FA 5L9JA 4LYMA 1YL0X 1GB3A 1LHHA 3WU9A 1IP7A 4NGLA 4WO6A 2D91A 3AJNA 1WTMA 2DQGY 1IX0A 1WQOA 1LMCA 1JJ3A 1KIRC 2I25L 2LZ2A 2Y8PA 1KXYA 4H90A 1LZRA 2EQLA 2VB1A 1GFHA 194LA 3QY4A 1IWVA 1XGTC 4NG1A 3WYHA 1EL1A 4XJIA 4W94A 4MR1A 4Z98A 1JHLA 3EO5A 4N5RA 2F30A 1FKVA 2FYCA 1IWUA 1D6QA 2HEEA 4H9CA 1BB7A 1LSFA 4I0CA 2G4QA 4YENA 1BB3A 1JJ0A 3B6LA 5LYZA 1LYOA 3T6UA 4KL7A 1PZYA 3RZ4A 2H9KA 1CKFA 1GF9A 4NGOA 3W6EA 1DI4A 2Z18A 1IOCA 3EBAB 5I4XA 1VATA 4OWBA 2ZWBA 1LSZA 4LYOA 4PJ2C 2FBBA 4UWNA 4XJBA 1GDWA 5LVHA 1XGRC 1GBSA 5KXWA 1HMKA 1GB9A 4H8ZA 4DD2A 2BQCA 3WVXA 1WQRA 4DD3A 1ZVYB 4CGEA 1B7RA 1IR9A 4IJ4A 3TMVA 3WH1A 1LMOA 4G4BA 3AZ6A 5E4PA 4NGVA 1JTOL 4R0FA 3TXKA 3M3UA 3IJUA 3G3BB 1LZEA 3A6CY 4UWVA 1MLCE 5FEKA 1JJ1A 1F6RA 1FLUA 1D0KA 3IWRA 1NKHA 3W6CA 3FI7A 4LFPA 5I5QA 4P2EA 2BQIA 3TMUA 3P68A 4RDSA 3CT1A 3A90A 8LYZA 1DPWA 5KXZA 4DDAA 1GE2A 1CJ8A 1LHMA 2DQDY 4GCFA 1LJEA 3HBEX 4OWHA 1LJJA 1AZFA 6LYZA 1H87A 4C5FA 1IEEA 4B4EA 1BQLY 5M1YA 4XN6A 5HMJA 1LJ3A 1LKSA 1GFAA 5LAGA 3AW7A 1VAUA 134LA 193LA 5D5FA 1QQYA 1AT5A 5DN4A 2BPUA 2D4IA 2PC2A 4GN5C 1FDLY 1KIQC 2Z38A 4HPEA 1CKGA 1IR7A 4WM2A 4GLVA 1BGIA 133LA 1XEIA 2BQNA 1JKBA 1OUCA 3AB6A 3P65A 5KXRA 1GE4A 4HV2A 2HECA 4XJDA 3BKVA 1I1ZA 5F16A 5FCPA 1UA6Y 2D6BA 4WLYA 2BQDA 1A4VA 1GF3A 1RJCB 1DI3A 1B7PA 1GBYA 1DI5A 1I20A 3TXGA 1GHLA 1IWWA 2G4PA 5FSTA 4PRQA 1IORA 5HLLA 3TMWA 4OWEA 4NEBA 1I56A 5B05A 3G3AB 1D0LA 1IWTA 4DC4A 3W6DA 4LFXA 1CKDA 1D6PA 3LYMA 1G7HC 4NGYA 3WU8A 3A6BY 1BWIA 5C6IA 1OUFA 3VWOA 1LJHA 4Z3MA 1OUHA 2LZTA 2N5ZA 5LA5A 1JTTL 4TX7A 2DQFC 5K7OA 1C10A 4HP0A 3OJPA 2Q0MX 3W3EA 1VDTA 1HFZA 1BWHA 1HHLA 1GF6A 1GFTA 1LMAA 1OUGA 1REMA 2CJLA 1XEJA 5IHGA 2YBJA 2A7DA 4M6DA 3ULRA 1LSBA 1GDXA 4LGKA 1LSAA 4CHXA 3WXTA 1EQ4A 1OUEA 1FLWA 3IJVA 1HNLA 4WG1A 5DM9A 2XJWA 3CSZA 4H9AA 2ZQ3A 3N9AA 4OW1A 4X3BA 1CJ7A 1OQMA 1TCYA 1B7SA 3GXRA 4KXIA 1YAMA 1BVKC 1N4FA 3LZ2A 4FDYA 2Z39A 3ATOA 1IOSA 1OUAA 3WULA 3EMSA 3TMXA 1BB4A 1HFYA 1GPQC 1RE2A 1C45A 2DQJY 3GXKA 3LZTA 4NGZA 5DL9A 3T36A 4CJ2A 5KXNA 2MEDA 1YROA 2HTXA 4NSHA 3WMKA 1WQQA 2Z2EA 3F6ZA 4YM8A 1UACY 5HQ1A 3LHMA 5KXMA 2H9JA 1GWDA 4HTQA 4YEMA 1JKAA 5C6LA 1GBZA 4PRUA 5I4YA 1D9UA 1GXV2 1UICA 4PGJB 5L3HA 2HEBA 4D9ZA 1HEOA 6LYTA 4H93A 1VDSA 1LYSA 2CGIA 1IWZA 4HJVA 4I8SA 3M18B 4NGWA 1TEWA 1JKDA 1YQVY 1INUA 4GCCA 3TXIA 1IC7Y 1CKCA 4XJGA 3A96A 4XJFA 3B0KA 4NSJA 4WLDA 1J1XY 4B49A 4ET8A 4E3UA 1DQJC 5ILFA 1LZ4A 3B0OA 1JWRA 2HEDA 1LSYA 3K3TA 1IP2A 4ZFPA 1B2KA 1E8LA 2HU3A 5I54A 1LSNA 4EMNA 1GXXA 1GFGA 5FELA 2XTHA 3WW6A 1LZ1A 2W1YA 3EXDA 1IP4A 2XBRA 1LJFA 4GCDA 1AM7A 1YILA 4LYCA 4HPIA 4H9FA 1IOQA 1LHLA 1LJ4A 1BWJA 1LHKA 5II3A 1XEKA 2IFFY 1KXWA 1SQ2L 1UIAA 3A67Y 1OP9B 4H9BA 1IP1A 1HSXA 1V7TA 3D9AC 4OOOA 5KXTA 3HBHA 3D3DA 2YDGA 5HNLA 3WL2A 3W6FA 2LYOA 2RSCA 5LYTA 2DQEY 2EPEA 2ZQ4A 1SLYA 2MEFA 3WPKA 2X0AA 4YOPA 4WM6A 1JPOA 5KY1A 3RNXA 4LT2A 1NHEA 4ML7A 1GB8A 4DYGA 4NWEA 1BB6A 1WQNA 2F4AA 1CJ9A 2FYDA 3ZVQB 2G4NA 1GB5A 1VDPA 4DT3A 4ZEEA 2HU1A 2H5ZA 1LZGA 1LKRA 1LZAA 5C6JA 4WLXA 5LINA 5F14A 1LZDA 1UC0A 4IATA 4YEOA 1IY3A 2BLXA 4G49A 2YBMA 4O34A 1LJNA 1HEWA 4U3XB 1LMNA 1F6SA 1REZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L81A 110LA 1ZMYL 1UCOA 1EQ5A 3WU7A 3A8ZA 1L71A 1GFUA 4H92A 4OWCA 2RH1A 1XGPC 120LA 222LA 1HEMA 3CDTA 5L3IA 1CTWA 3C7WA 1AT6A 1RCMA 3L2XA 1LGUA 4N1EI 2OE4X 1L60A 2C8PA 1AKIA 2NTGA 5LA8A 3F8VA 2LYZA 4XADA 2FBDA 4HSFA 1L89A 4DD1A 4B1AA 4ETEA 1YKXX 4LDEA 4KPMA 4J1AA 3ODUA 4KT3A 1BHZA 4R6CA 139LA 4H9EA 4I7TA 1WTNA 2ZIJA 1T3PA 1JSEA 2QB0B 3B0IA 1L33A 4WOAA 1L07A 1XFPL 2HUBA 1JIYA 1KW7A 4NGKA 187LA 2LHMA 2OE7X 5HMVA 1T8FA 3HTGA 4ANRA 2BQJA 2B73A 1HF4A 1L64A 1LSPA 1IR8A 2ZYPA 5B59A 4DD0A 4GCEA 3CDVA 1WVVA 4HTKA 4G9SA 1C60A 1QTCA 3A95A 1D0MA 2YBIA 1C43A 5KKJA 2BQLA 1L96A 1LZCA 1C6TA 1OVJA 1QTKA 4WG7A 1L18A 2Z12A 153LA 1L27A 2ANXA 1NBZC 1QUDA 4G4HA 1L66A 1LYZA 1L59A 4J0LA 2B74A 1HENA 3WVYA 1LYFA 1UUZC 1PQDA 2RAYX 1QSQA 1LSEA 1L74A 1W6ZA 107LA 4OO9A 4XJHA 4OWAA 1C6MA 3WW5A 2O4WA 1LCNA 1HMLA 1JSFA 4DAJA 4I7NA 4H91A 2MECA 1W08A 3BKHA 1UIEA 3HUQA 1KIPC 5IDDA 104LA 2MEEA 3SBAA 1PQIA 1L87A 1KW5A 237LA 5KXXA 3NYAA 1LAAA 3HU8A 3MGWA 3AZ5A 208LA 1YAQA 3VW7A 1DYCA 3DN4A 1FLYA 2ZIKA 1GF5A 4I7SA 1DPXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1B A;  1LMT A;  135L A;  1HC0 A;  1JEF A;  1LZT A;  4TTD A;  1GFE A;  1JUG A;  1ZMY L;  1UCO A;  1C46 A;  1HER A;  1GAZ A;  1QSW A;  1LZ5 A;  4H9H A;  4HV1 A;  1H6M A;  1EQ5 A;  4RLM A;  2BQH A;  4UWU A;  3QNG A;  3WU7 A;  3CT0 A;  1GFV A;  1CKH A;  4WLT A;  2DQC Y;  3A8Z A;  1GD6 A;  1QTE A;  3CSR A;  4DD7 A;  3AZ4 A;  1LZN A;  1GFU A;  4H92 A;  4OWC A;  1GBO A;  1XGP C;  5I4W A;  1HEM A;  5L3I A;  3A34 A;  3KAM A;  5JEN B;  2CDS A;  4BAF A;  5IEL A;  1AT6 A;  1O23 A;  1RCM A;  2MEA A;  3J6K A;  1B5W A;  1GFK A;  4N1E I;  4GN3 A;  2ZYC A;  2BQG A;  2C8P A;  4AGA A;  1ZV5 L;  4NGJ A;  1YAN A;  1OUB A;  1AKI A;  2F4G A;  5KJ9 A;  4XEN A;  3W6B A;  1GB2 A;  4HTN A;  5LA8 A;  1XGU C;  1G7L C;  1QDR A;  5LYM A;  2ZIL A;  2LYZ A;  4LYT A;  1VFB C;  4NY5 A;  4XAD A;  3A93 A;  2FBD A;  4PPO A;  4HSF A;  4DD1 A;  3CT5 A;  4WL7 A;  2DKV A;  5APF A;  1NWG A;  3W6A A;  4B1A A;  1NDM C;  4ETE A;  4IAS A;  4NSI A;  5KXY A;  1YKX X;  4B0D A;  1RI8 B;  2MEG A;  3TXB A;  1LJG A;  2BQE A;  4N8Z A;  4KPM A; 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 4PGJ B;  5L3H A;  2HEB A;  4D9Z A;  1HEO A;  6LYT A;  4H93 A;  1VDS A;  1LYS A;  2CGI A;  1IWZ A;  4HJV A;  4I8S A;  3M18 B;  4NGW A;  1TEW A;  1JKD A;  1YQV Y;  1INU A;  4GCC A;  3TXI A;  1IC7 Y;  1CKC A;  4XJG A;  3A96 A;  4XJF A;  3B0K A;  4NSJ A;  4WLD A;  1J1X Y;  4B49 A;  4ET8 A;  4E3U A;  1DQJ C;  5ILF A;  1LZ4 A;  3B0O A;  1JWR A;  2HED A;  1LSY A;  3K3T A;  1IP2 A;  4ZFP A;  1B2K A;  1E8L A;  2HU3 A;  5I54 A;  1LSN A;  4EMN A;  1GXX A;  1GFG A;  5FEL A;  2XTH A;  3WW6 A;  1LZ1 A;  2W1Y A;  3EXD A;  1IP4 A;  2XBR A;  1LJF A;  4GCD A;  1AM7 A;  1YIL A;  4LYC A;  4HPI A;  4H9F A;  1IOQ A;  1LHL A;  1LJ4 A;  1BWJ A;  1LHK A;  5II3 A;  1XEK A;  2IFF Y;  1KXW A;  1SQ2 L;  1UIA A;  3A67 Y;  1OP9 B;  4H9B A;  1IP1 A;  1HSX A;  1V7T A;  3D9A C;  4OOO A;  5KXT A;  3HBH A;  3D3D A;  2YDG A;  5HNL A;  3WL2 A;  3W6F A;  2LYO A;  2RSC A;  5LYT A;  2DQE Y;  2EPE A;  2ZQ4 A;  1SLY A;  2MEF A;  3WPK A;  2X0A A;  4YOP A;  4WM6 A;  1JPO A;  5KY1 A;  3RNX A;  4LT2 A;  1NHE A;  4ML7 A;  1GB8 A;  4DYG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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