1B5XA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and x-ray analysis of six ser->ala mutants
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLACSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b5xA00
4ETEA 1JSFA 1GB6A 1GB0A 1T3PA 1LKRA 5HMJA 1LYYA 2Z19A 3CQLA 4G4BA 4Z46A 1LZSA 4WM3A 5APEA 5I4WA 1LSFA 1YROA 5LVGA 4FDYA 1PZYA 3A34A 1JPOA 2F4AA 3HFMY 3KAMA 1GF8A 1GPQC 4CFOA 2BQEA 1JKDA 1LSGA 1B7OA 1UICA 4MR1A 1A4VA 5HNLA 1IWXA 4WL7A 3AZ5A 3W6CA 2A7DA 3WH1A 1RCMA 1HELA 5LAGA 1IP3A 1GE0A 2F30A 1DZBX 1LZDA 3IJUA 3G3AB 1RI8B 5LA5A 3WMKA 2X0AA 2ZILA 4H93A 5FDJA 5KXPA 4WOAA 4B4EA 5C6JA 1JTOL 2YBIA 1W6ZA 2DQGY 4H9FA 3WPJA 2NWDX 3K3TA 1YANA 1GB5A 3A3QA 1IC5Y 2D4JA 5B07A 2MEGA 3A6CY 4HJVA 4MCKA 1IOCA 4ET9A 1HEMA 2XTHA 1LJGA 1B5UA 1GF5A 1LZAA 4ET8A 1REYA 1XSFA 3ATOA 1JIYA 1EQ5A 1OQMA 4A7DA 5KXNA 1QDTA 1JKAA 2BQAA 2ZQ4A 3A95A 4TUNA 1FLUA 3W6FA 2FYCA 1IWYA 1JHLA 1VDPA 1EQEA 4W94A 1IP7A 5LYMA 3WPKA 3BKVA 2XBRA 3WU7A 3ULRA 1INUA 1LMAA 2MEFA 1UIHA 1D9UA 1UIGA 4LYCA 5FHWA 5B05A 4O34A 5LVKA 3AZ7A 1XEJA 4H9IA 4NGZA 1JJ0A 4NSHA 3ZVQA 1VATA 4P2EA 2BQOA 1B5XA 5KY1A 1IEEA 1WQQA 3TMVA 4TX7A 2H9JA 3M18B 1NF5A 1CJ7A 1LHKA 1IP2A 4J7VA 3ZVQB 4ETBA 4KL7A 1LTMA 1BB6A 3WYHA 3P4ZA 1GFAA 4II8A 1JJ1A 1OUFA 5B59A 1UIAA 2XBSA 1C08C 4E3UA 2LHMA 3E3DA 3RW8A 1BWIA 1IO5A 1GF9A 4NGYA 1QUTA 5FCPA 3WUAA 1TCYA 3T36A 5LYZA 1G7JC 1XGRC 2PC2A 9LYZA 3W6BA 1MELL 5KXRA 3IWRA 5LYTA 1WQOA 1WQPA 4NIJA 1WVUA 4B4JA 4C3WA 4NGJA 4Z98A 4WM2A 1VDTA 5LVJA 1B5ZA 2DQJY 5A3EA 5FEKA 5KXSA 1YILA 5DN4A 1UCOA 1YIKA 1GFGA 1QTEA 4NGVA 4WG7A 3WW5A 3WXTA 4ML7A 1LJIA 4IJ4A 4HTKA 1HFYA 3HBEX 4TTDA 3A96A 4DDBA 1UIFA 1F0WA 1ZVYB 1LMOA 2C8OA 3LYMA 2A7FA 2G4NA 4H8ZA 2HUBA 1HEPA 3TXBA 3CT0A 4YM8A 1AT5A 1B7SA 1B9OA 1HFZA 4NSJA 2BQHA 5LA8A 1REXA 4WO9A 1BQLY 1IWZA 3BKHA 3EXDA 4NGOA 4UWUA 1OUCA 5F16A 1GBSA 3TXHA 2H5ZA 3ZEKA 1QQYA 2ZWBA 4NSGA 1CKFA 1OUHA 2ZQ3A 1IOQA 4YENA 2BQIA 4H8YA 4DYGA 1GF6A 5HNCA 1DPWA 1NBZC 1DXJA 4HSFA 5KKIA 3WVXA 1GE1A 1LSCA 5APFA 2ZIJA 1BWJA 4NGIA 4N8ZA 2BQFA 1OUDA 4ZFPA 4KPMA 1F10A 1UIBA 1YL0X 2W1XA 5JENB 5KXOA 1E8LA 2MEBA 2HU1A 4RLMA 3TMWA 1BGIA 1RJCB 4ETDA 5F9UA 4NHQA 1YL1X 2BQLA 2XJWA 5KXYA 2IHLA 3AZ6A 2I26L 1CJ6A 3CT5A 4G4CA 1LYSA 3TXEA 1GWDA 1GB2A 1MLCE 1HEQA 1GF0A 4XENA 1C45A 1TAYA 4BAFA 3WPLA 5A3ZA 1LHLA 4KXIA 5LAFA 3FI7A 5KXXA 1B7LA 1OP9B 2LZ2A 1UUZC 3EBAB 4HTNA 2W1MA 2IFFY 4B1AA 1LZBA 2EIZC 2AUBA 2BLYA 1LSDA 2HEAA 1LZ5A 1FKVA 2EQLA 4DC4A 3M3UA 2Y8PA 5DLAA 4OW1A 4BADA 1CKGA 3LZ2A 2BQMA 5D5CA 1IOTA 4HP0A 1IP6A 1GFTA 1LZCA 3WU9A 1VEDA 4MSTA 1J1OY 1LOZA 2F2NA 1TEWA 2Z12A 3LYOA 4XN6A 3P64A 1LJNA 1QUSA 1YKZX 4LGKA 1ALCA 3AW7A 4OWCA 2Z18A 208LA 3TXKA 3A90A 2FBBA 4WM6A 6LYZA 1YQVY 1LSNA 4HJYA 1GBYA 4XADA 5KJ9A 1C7PA 4H8XA 1UBZA 1C43A 4PPOA 5L3IA 5ILCA 3WW6A 1B0DA 1LZYA 3T6UA 2ZNWY 1BHZA 5J7CA 1LPIA 3CB7A 1LSBA 1IY4A 1IC7Y 3A91A 5L9JA 1LSAA 1FLQA 2RSCA 3J6KA 1LSMA 1I56A 1GBZA 3RU5A 5ILFA 1JWRA 3WUNA 1LAAA 2HECA 1LSZA 1WQMA 2DQIY 4NWEA 4LT3A 1G7MC 1SLYA 2MEDA 4CHXA 1NKHA 1VAUA 1IORA 2N5ZA 1GXXA 4CFPA 4XJIA 4M4OA 2D4IA 4H9BA 1IVMA 1IR7A 1OUBA 2DKVA 3CSQA 3P66A 1G7HC 3W6DA 4R6CA 2LZTA 3RT5X 4NGLA 1B7NA 2HTXA 2LYMA 5B1GA 4H91A 3WU8A 6LYTA 4QGZA 1LZ4A 3EMSA 4OWHA 4KT3A 4GCFA 4TWSA 1TDYA 1RFPA 2EKSC 3G3BB 1IP4A 4LYTA 5C6IA 1GBOA 4GLVA 4NG8A 4RDSA 4ZEEA 1C46A 1NHEA 1REZA 1LHMA 3GXKA 1EL1A 1IWTA 1GFJA 2BQDA 4WLTA 4DD3A 5IDDA 4NWHA 1GB8A 2D6BA 8LYZA 4PJ2C 4WG1A 1LMNA 1LZNA 1OUAA 4WLDA 2BQCA 1NWGA 3TXFA 2YDGA 2DQFC 2HEEA 4ZIXA 1IP1A 1DPXA 2YBMA 5HMVA 207LA 1CKCA 1GE2A 1RE2A 2MEHA 1GXV2 3CSZA 1F6SA 1LZ6A 2D91A 4H94A 5APCA 4ETAA 1A2YC 1IOSA 1UIDA 1IP5A 1GFRA 1WVVA 4PRQA 4YF2A 1JITA 2BQJA 2CDSA 1JJ3A 1OUIA 4LZTA 2C8PA 2ZIKA 5HLLA 154LA 3A3RX 3WXUA 1GE4A 3CT1A 4H1PA 1QIOA 1XEIA 4LT1A 1LHHA 3A92A 1UIEA 3J4GA 1BB3A 4L41A 4CJ2A 4IASA 1BB5A 4WL6A 1GEZA 2BQNA 1FKQA 4WLXA 4C5FA 1LJ4A 4OWBA 3TMUA 2GV0A 2YVBA 1GF4A 4W96A 2BQBA 4WLYA 1LZ9A 1YAPA 4HV1A 3QNGA 1WTMA 2YBJA 2DQHY 3AGIA 5F9XA 3ATNA 4FJRA 1O23A 5DM9A 1B2KA 1GFEA 1W08A 1YKYX 3LYTA 1CJ8A 4N1CC 3SP3A 4LT2A 3D9AC 3TXJA 4Z3MA 5M1YA 3QE8A 4NHPA 5F81A 2MECA 3N9EA 2DQEY 1HMLA 4X3BA 2W1YA 2Z39A 4D9ZA 4GCCA 2LYOA 2HEFA 4J1BA 1LMPA 1XGPC 2BLXA 4XJBA 3OJPA 3TMXA 1D0LA 1GFHA 4GLAA 4XJHA 4UWNA 4N9RA 1LJFA 4GN5C 1GBWA 1B5YA 1GAYA 5II3A 4NHIA 4NGWA 4HV2A 1WQNA 5FSTA 5KXTA 3TXIA 4DDAA 1LZTA 4G9SA 4DD1A 1UC0A 3LHMA 3OK0A 1JKBA 132LA 2I6ZA 5E9RA 4M6DA 5K7OA 1TBYA 2HU3A 3N9CA 1JUGA 1WQRA 2W1LA 5B06A 4DT3A 2I25L 3A67Y 4NG1A 5APDA 5LIOA 1LJ3A 4ANRA 5LXWA 4LYOA 5KKJA 4H9CA 1LZ1A 3A6BY 3LN2A 5EBHA 3N9AA 3AW6A 5E4PA 5IHGA 4EMNA 1B7MA 4NY5A 4HPIA 1B7QA 1CKDA 2Q0MX 4LFPA 1GB9A 1LYOA 2FBDA 2DQAA 1AZFA 1FBIX 1DI4A 2YSSC 1B7PA 1Z55A 2MEAA 4N0JA 4NEBA 1YAQA 3B6LA 1FLWA 1N4FA 1AKIA 4DD9A 1LJKA 3EO5A 3HBDA 1LZGA 3B0KA 1JEFA 193LA 4H9HA 1VFBC 3B0IA 4CGEA 3FE0A 1LSPA 1D6PA 1G7LC 2VB1A 3B72A 1PS5A 1LJHA 1HMKA 5B1FA 1XGTC 1ZV5L 4WM1A 1GF3A 4PRUA 3AZ4A 2Z2FA 4OOOA 5D5FA 1GEVA 1ZVHL 1GFUA 4N1EI 3A93A 135LA 1V7TA 2BAAA 4J0LA 1V7SA 4EOFA 1HSWA 1BB7A 2CGIA 1GFKA 2Z2EA 1HNLA 1T6VL 2G4PA 4U3XB 5LINA 133LA 1B5VA 2CWIA 3A8ZA 1KIRC 4OWEA 153LA 3TXDA 1GD6A 4GN4A 1UA6Y 1B7RA 3AGHA 2BQGA 1F6RA 1REMA 1BB4A 2YBHA 1NDMC 1IC4Y 1YAMA 1JSEA 1LZRA 1QTKA 1LJEA 3LYZA 4LYMA 4HPEA 3RNXA 3WUMA 134LA 1JISA 1NDGC 4Z41A 1QSAA 1JTTL 1D0KA 1DQJC 4LYBA 4TSCA 4R0FA 5DN5A 5F14A 5I4XA 1KXYA 4WO6A 5HQ1A 1GBXA 2BQKA 3VWOA 1FN5A 2LYZA 3W6AA 1EQ4A 4DDCA 1LHIA 1HF4A 2YBLA 2F4GA 1XGQC 1LCNA 4J1AA 4GCBA 4NGKA 4N5RA 5FELA 1IY3A 1HERA 5LVIA 2Z37A 3WULA 4QDNA 1VDQA 1VDSA 194LA 2BPUA 1B5WA 1BWHA 1IWVA 1LHJA 4YOPA 1D0MA 1DKKA 3RZ4A 1OUJA 4RW2A 4I8SA 1LSEA 5KXMA 1DKJA 1CNSA 1HEWA 1HSXA 4H9AA 3TXGA 3AGGG 4QEQA 1HFXA 3P65A 1GAZA 1BVXA 4GCDA 1KIQC 2EPEA 1HENA 4NHSA 3W3EA 1XEKA 4YEMA 5L3HA 4RLNA 2ZYPA 4LFXA 7LYZA 1HEOA 3A94A 4H90A 1GDXA 1QDRA 2YBNA 1BVKC 3IJVA 2CJLA 4H9EA 1GHLA 1C10A 2HEDA 3AJNA 4IATA 1P2CC 4RW1A 4TSBA 5I5QA 5I4YA 1NQIA 3AB6A 1UACY 1LMTA 5I53A 4DD0A 1JKCA 2MEEA 4B4IA 1HC0A 2ZYCA 1IR8A 2MEIA 2DQDY 4BS7A 4WM4A 3MGWA 4XYYA 4AGAA 4LT0A 4B49A 4XJFA 1AM7A 4NFVA 1FLYA 1IX0A 3F6ZA 4DWXA 4YEOA 1GB3A 1GDWA 3W6EA 4NHTA 5IELA 1XFPL 3P68A 4XJGA 4BAPA 1OUEA 1NMMA 1I20A 4OWAA 2HEBA 1D6QA 3AYQA 1GB7A 1IR9A 2D4KA 3WVYA 1FDLY 4XJDA 1AT6A 1LMQA 1LZ8A 2WARA 4H92A 4ETCA 5C6LA 4HTQA 1LJJA 3B0OA 2ZNXY 1IWWA 5KXWA 2G4QA 4GN3A 3GXRA 1DI3A 1YKXX 1LKSA 1LSYA 4NSIA 2Z38A 3QY4A 1KXWA 4G4HA 1DI5A 4B0DA 2DQCY 1YAOA 5KXZA 1H6MA 1LZEA 3HBHA 4PHIA 4HJZA 1CKHA 1J1PY 5DL9A 4DD2A 4GCEA 1HHLA 1ZMYL 1NBYC 4QY9A 4PGJB 1SQ2L 1XGUC 1JTPL 3D3DA 2DBTA 4LYZA 1LMCA 1IIZA 1GF7A 1LYZA 1CJ9A 4WM5A 3LZTA 4WMGA 1KIPC 1OUGA 2H9KA 1GE3A 5KXKA 3WL2A 4DD7A 2FYDA 1I1ZA 4UWVA 4OOTA 5T3FA 5KXLA 4AXTA 4G49A 4I0CA 5LVHA 1KXXA 5I54A 1IWUA 1J1XY 1GFVA 3CSRA 2B5ZA 1G7IC 1H87A 1WTNA 5AMYA 1QSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JSFA 3GULA 1LYYA 255LA 4WM3A 5APEA 5LVGA 1GF8A 3OE8A 142LA 1IWXA 3AZ5A 2A7DA 1KW5A 1HELA 5LAGA 1QT7A 1IP3A 1GE0A 2F30A 3G3AB 141LA 3WMKA 2ZILA 3UONA 5C6JA 1L18A 148LE 4H9FA 4EPFA 3K3TA 1L92A 195LA 1GB5A 2D4JA 4HJVA 1IOCA 1QTVA 122LA 2XTHA 1B5UA 3C83A 1XEPA 167LA 3DN4A 5KXNA 4W54A 3SBBC 1IWYA 1IP7A 3WPKA 3BKVA 1L00A 227LA 2XBRA 3ULRA 1UIHA 1D9UA 5FHWA 1L30A 2BQOA 1B5XA 5KY1A 2F32A 109LA 1WQQA 3TMVA 1IP2A 3WYHA 1JTNA 1JJ1A 1OUFA 4E3UA 1CU6A 1GF9A 1TCYA 3W6BA 1MELL 3IWRA 5LYTA 1WQOA 1PQDA 229LA 2A4TA 1WVUA 3VW7A 1VDTA 5LVJA 2LCBA 169LA 1LGWA 4WG7A 3WW5A 1L44A 4DDBA 3A96A 1F0WA 2QARC 2C8OA 1QTZA 1B9OA 4NSJA 1L40A 3DNAA 1BQLY 4UWUA 1OUCA 1GBSA 3ZEKA 2ZWBA 2BQIA 4H8YA 1GE1A 2OU0X 5APFA 3HH3A 2ZIJA 3DN6A 1OUDA 2MEBA 2HU1A 3TMWA 1GWDA 1HEQA 1TAYA 1QUDA 1PQIA 3C7ZA 4S0WA 5A3ZA 144LA 4DKLA 1P2RA 209LA 1L93A 1G0LA 1LZ5A 1QT5A 2EQLA 1CKGA 5D5CA 215LA 1LZCA 3WU9A 260LA 3LYOA 4XN6A 1CU0A 1QUSA 1ALCA 4OWCA 3TXKA 4HJYA 1LSNA 5KJ9A 1C43A 226LA 4PPOA 3T6UA 1LZYA 1LPIA 1L48A 1IC7Y 5L9JA 2RSCA 3HUQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ETE A;  1JSF A;  1GB6 A;  1GB0 A;  1T3P A;  1LKR A;  5HMJ A;  1LYY A;  2Z19 A;  3CQL A;  4G4B A;  4Z46 A;  1LZS A;  4WM3 A;  5APE A;  5I4W A;  1LSF A;  1YRO A;  5LVG A;  4FDY A;  1PZY A;  3A34 A;  1JPO A;  2F4A A;  3HFM Y;  3KAM A;  1GF8 A;  1GPQ C;  4CFO A;  2BQE A;  1JKD A;  1LSG A;  1B7O A;  1UIC A;  4MR1 A;  1A4V A;  5HNL A;  1IWX A;  4WL7 A;  3AZ5 A;  3W6C A;  2A7D A;  3WH1 A;  1RCM A;  1HEL A;  5LAG A;  1IP3 A;  1GE0 A;  2F30 A;  1DZB X;  1LZD A;  3IJU A;  3G3A B;  1RI8 B;  5LA5 A;  3WMK A;  2X0A A;  2ZIL A;  4H93 A;  5FDJ A;  5KXP A;  4WOA A;  4B4E A;  5C6J A;  1JTO L;  2YBI A;  1W6Z A;  2DQG Y;  4H9F A;  3WPJ A;  2NWD X;  3K3T A;  1YAN A;  1GB5 A;  3A3Q A;  1IC5 Y;  2D4J A;  5B07 A;  2MEG A;  3A6C Y;  4HJV A;  4MCK A;  1IOC A;  4ET9 A;  1HEM A;  2XTH A;  1LJG A;  1B5U A;  1GF5 A;  1LZA A;  4ET8 A;  1REY A;  1XSF A;  3ATO A;  1JIY A;  1EQ5 A;  1OQM A;  4A7D A;  5KXN A;  1QDT A;  1JKA A;  2BQA A;  2ZQ4 A;  3A95 A;  4TUN A;  1FLU A;  3W6F A;  2FYC A;  1IWY A;  1JHL A;  1VDP A;  1EQE A; 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 1C10 A;  2HED A;  3AJN A;  4IAT A;  1P2C C;  4RW1 A;  4TSB A;  5I5Q A;  5I4Y A;  1NQI A;  3AB6 A;  1UAC Y;  1LMT A;  5I53 A;  4DD0 A;  1JKC A;  2MEE A;  4B4I A;  1HC0 A;  2ZYC A;  1IR8 A;  2MEI A;  2DQD Y;  4BS7 A;  4WM4 A;  3MGW A;  4XYY A;  4AGA A;  4LT0 A;  4B49 A;  4XJF A;  1AM7 A;  4NFV A;  1FLY A;  1IX0 A;  3F6Z A;  4DWX A;  4YEO A;  1GB3 A;  1GDW A;  3W6E A;  4NHT A;  5IEL A;  1XFP L;  3P68 A;  4XJG A;  4BAP A;  1OUE A;  1NMM A;  1I20 A;  4OWA A;  2HEB A;  1D6Q A;  3AYQ A;  1GB7 A;  1IR9 A;  2D4K A;  3WVY A;  1FDL Y;  4XJD A;  1AT6 A;  1LMQ A;  1LZ8 A;  2WAR A;  4H92 A;  4ETC A;  5C6L A;  4HTQ A;  1LJJ A;  3B0O A;  2ZNX Y;  1IWW A;  5KXW A;  2G4Q A;  4GN3 A;  3GXR A;  1DI3 A;  1YKX X;  1LKS A;  1LSY A;  4NSI A;  2Z38 A;  3QY4 A;  1KXW A;  4G4H A;  1DI5 A;  4B0D A;  2DQC Y;  1YAO A;  5KXZ A;  1H6M A;  1LZE A;  3HBH A;  4PHI A;  4HJZ A;  1CKH A;  1J1P Y;  5DL9 A;  4DD2 A;  4GCE A;  1HHL A;  1ZMY L;  1NBY C;  4QY9 A;  4PGJ B;  1SQ2 L;  1XGU C;  1JTP L;  3D3D A;  2DBT A;  4LYZ A;  1LMC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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