1B6KA

Hiv-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 5
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords RETROPEPSIN
publication title Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b6kA00
2XYFA 5OYQA 4H3JA 1W5YA 3SKGA 4EJLA 4JPCA 5P1LA 4Y5NA 4FIVA 4XKXA 4FRJA 4H3IA 2V00A 3TPRA 3QBHA 2WF0A 4KE0A 3PBZA 4B1DA 2IQGA 5P8AA 5P5LA 5P5MA 1FB7A 2ZHVA 1BAIA 5P2VA 3RVIA 3VFAA 1W5XA 3LZUA 5OZUA 5I3VA 5P3AA 2AOEA 2VNMA 5P8CA 1HEFE 3GGAA 3SQFA 4APEA 5P0JA 3URIA 2NTRA 2Q54A 5P5NA 2QD8A 4K4RA 5BWYA 4I0IA 5P22A 3TOFA 4LXMA 5P8VA 3IA9A 4BFBA 1HPSA 3UFNA 5P7EA 3NU9A 5P45A 4EP3A 3DM6A 3APRE 5P1JA 3SFCA 5P6UA 2PC0A 5IVTA 2B8LA 3TKWA 5BRYA 2PSVA 4GJAA 3PRSA 3UF3A 5P7JA 3K4VC 5OZWA 4GIDA 3L38A 2QI7A 3EM4A 5P3VA 3OQKA 2WKZA 4K9HA 5P72A 1ZSFA 5P5JA 2FMBA 5P1PA 4CPQA 5HE4A 3PMUA 5P5EA 1EPNE 1F7AA 4Y39A 1BV7A 1W50A 3L59A 5P7WA 4YD5A 5DR8A 1OEWA 4RGHA 5P5ZA 5P5CA 4XX4A 5ENMA 2QHYA 1A30A 4LC7A 2WEAA 3IVIA 1D4HA 5P5HA 3NR6A 1D4IA 5P2BA 5E5KA 1ENTE 2RKFA 2RENA 1NH0A 3SA4A 1BXQA 4Y53A 5P15A 4BEKA 1YTJA 2AIDA 3QRMA 4LXAA 2I4UA 4X2LA 3TLHA 5P08A 4K4PA 2WEBA 3MSJA 3OY4A 4Y3RA 2ZDZA 1LYBA 4D85A 4DQEA 2OF0A 3JVWA 5P8KA 4OBZA 1HSGA 1WKRA 5P26A 3OXCA 4BFDA 4H3FA 5P2EA 2QMGA 5DGUA 1APWE 5KQZA 1A94A 4YA8A 3SO9A 5P0LA 4Q1YA 4YD7A 2FLEA 1MSMA 3O9HA 2QP8A 1YTGA 5P7MA 4Y3YA 2I4XA 4R93A 5P8SA 3UQPA 5P8UA 3F9QA 3QVIA 2J9KA 5OZ9A 3JW2A 5P6QA 2XYEA 2QMDA 5P55A 1UPJA 1FQ4A 4Y9WA 2AZ9A 1YTIA 5P3SA 3O9LB 4Y4TA 4XXSA 2QU2A 5P01A 4YD4A 3ZKNA 3L5CA 2J9JB 1MSNA 3VV7A 4E43A 4Y3QA 2ER9E 4RCDA 4Y43A 1EPRE 2F8GA 2WF4A 3NUOA 5DGWA 4OBJA 5P1MA 3RU1A 3NU4A 2FNSA 5OYSA 4I0HA 1SGUA 3D91A 5DR4A 1LEEA 1XS7D 5P4OA 2CEMA 2Q3KA 4Y4ZA 5P42A 1APVE 5P85A 3VYFA 4QJ9A 1VIJA 4FCOA 4I11A 3NYGA 3PI5A 3OADB 1FKNA 2IKUA 2NXLA 5OZ4A 2Q55A 2WJOA 2F3FA 5P0VA 3OU1B 5P57A 4Y3AA 3DCRA 5P5QA 1QDMA 3ZKXA 3LZSA 2F81A 4Y44A 5P0FA 3Q70A 5P7PA 1AAQA 5P0KA 3O9DA 1B6JA 3M9FA 4J1KA 5P6YA 1PFZA 2XFIA 5P6LA 4GJDA 4Y4UA 3O99A 1DIFA 5OZCA 4J0VA 1HSIA 2HPFA 3OHHA 5P64A 2BPYA 2APRA 5PEPA 4FM7A 3AIDA 5P2CA 4TRYA 5P5TA 4YHQA 5P8PA 4EXGA 5P07A 4TVHA 5DQ5A 4GJ9A 5I70A 4Y3TA 4DUSA 2IGYA 2B60A 2ZJMA 5P4MA 2Z54A 4Y4GA 5P4DA 1W51A 4RYGA 4Y45A 1DAZC 3G72A 5P4FA 2OHPA 1ZPKA 3LIZA 4Y54A 2BPWA 3SABA 4OBGA 4ER1E 3WZ6A 5P03A 2QZKA 2PWCA 2O4SA 1ZSRA 3BHEA 5JFUA 5C9DA 1FG6C 2ZJLA 2J9JA 2AZBA 3EL1A 5P6HA 2G24A 3BUGA 3KN0A 4NJUA 3FNUA 2HS2A 4JECA 5P1WA 1K6PA 5P60A 3SA6A 5OZTA 1G6LA 1TCWA 3OUDB 5P6SA 3FKTA 4QJ6A 3TOHA 4FE6A 1E5OE 2QI4A 2BPZA 4ZIPA 3PCWA 4YCTA 4ZPFA 3VLAA 2QCIA 5P2KA 4J1FA 1AIDA 4J54A 1FMBA 1RQ9A 2QNPA 2OHSA 4Y58A 5OZVA 2R3TA 1LF2A 1T6EX 5OZEA 5P3DA 3S54A 1W6IA 4Q1XA 4ZSRA 3NSHA 1QS8A 1ZAPA 1EBKC 3OU1A 5P8NA 3KFPA 4WY6A 5P87A 1T3RA 1C6ZA 5P5SA 4Y5LA 1D4JA 5P1QA 3LZYA 3RTNA 4Y5EA 2V0ZC 5P1VA 3KFRA 1MESA 5P7SA 3DCKA 5P6OA 2Q63A 2QNNA 5P6DA 5P0PA 1EPPE 2VJ9A 5HE7A 5OZJA 1IIQA 3NWQA 4QLHA 3T7QA 5P0SA 4Z50A 1E80E 5OZ7A 5ENKA 4B72A 5P4PA 5DR1A 3IXKA 2V13A 4ER2E 1RPIA 3U7SA 3FNTA 5AH8A 4DV9A 1EBZA 3LPIA 1HTGA 3IAWA 3NDWA 3SACA 5P20A 4GB2A 5F00A 3A2OA 5KR1A 2CENA 5P4GA 3OTYA 5P0NA 5P3JA 3VYDA 3R0WA 5P2GA 1HIVA 5P82A 5HCTA 4XX3A 1GKTA 3O9IA 5DR0A 4Y48A 4DJXA 1K2CA 5HDZA 2AOJA 3WZ8A 1ZPAA 2AQUA 5P1GA 5OZ2A 1HTEA 2AZ8A 2R43A 3SM2A 5P7FA 2O4PA 3EKYA 3I2LA 4RVIA 4Y3DA 1G35A 1EC1A 4LP9A 1PPKE 4L7HA 4DJWA 2Z4OA 3OUDA 5P3WA 2ER0E 2QZXA 2G1NA 5P66A 3OQAA 5P2FA 4NJVA 5P6WA 4FM6A 3K5GA 5P1DA 4GJ7A 5KR0A 3HZCA 4L7GA 5KQXA 1D4KA 1EPME 5EZZA 1META 3O9CA 4H1EA 1EBYA 5P4VA 5HU1A 4OD9A 4Y36A 2FIVA 2QHZA 4FGXA 2AZCA 3H0BA 2QHCA 5P3XA 5P24A 3VV8A 4RRSA 5P32A 4A4QA 5OZMA 4B1CA 5P7ZA 3NXEA 1HXBA 4PZWA 5OZOA 5JODA 3GW5A 3TTPA 2ZJJA 2P4JA 3K1WA 1RL8A 3PJ6A 4GJCA 4I0ZA 4U7QA 1QBUA 2O4KA 3S7LA 2H6TA 2QD6A 3BGCA 3BVBA 5P5BA 3URJA 2AOIA 2ZJHA 1ODXA 4B0QA 2G1SA 1T7JA 3FNSA 3LIQA 4OC6B 2I1AA 5AHAA 1PPME 5OYWA 3IGBA 5P37A 5P8DA 5HTZA 4RZ1A 5P5KA 1K6VA 2FNTA 5P09A 1T6GA 5P4HA 4Y3EA 5OZSA 3VFBA 5P5GA 3EKTA 4YDGA 3NDUA 5KQYA 3Q4BA 5P47A 5P4AA 1BV9A 5FIVA 3R4BA 4AZYA 1BVGA 4Y5PA 5P0WA 5OZ3A 4AUCA 3SPKA 3KFNA 2VJ6A 5P73A 5P14A 5P0ZA 1XL5A 2V12C 4HA5A 2R5PA 1B6LA 5P00A 3FIVA 5P5VA 1GVVA 1J71A 4ZPEA 3ER5E 5P28A 1OEXA 3OHFA 4TVGA 2OHRA 5OZYA 1HIIA 3SA8A 4F74A 1NSOA 1B5FB 1GNOA 1TW7A 1GVXA 4Y56A 4CPRA 2G21A 5HDUA 3K5DA 5OYZA 4B1EA 1VIKA 3OUAA 4D89A 1HSHA 5P1BA 3K4VA 4R95A 5P7RA 3GI0A 5P7DA 4CPXA 3EKXA 4L1AB 5P4TA 1YTHA 5P5UA 5P41A 5P6XA 4DJUA 5KOQA 3IXOA 5P4LA 3CIDA 5P2RA 3PEPA 5HDVA 2I4QA 3UQWA 5P04A 5P44A 2WECA 2BJUA 2NPHA 2OAHA 1HEGE 4B77A 3ZKSA 1BVEA 5KQFA 3MSKA 5B18A 4JP9A 3LINA 3VUCA 3INDA 3BXRA 5P3IA 5P7OA 3VV6A 3PWWA 2NXDA 2O4LA 3ZPTA 1EAGA 4R5NA 5P7BA 4I0GA 5ISJA 3VLBA 5AHBA 2QI0A 3EL4A 5P5YA 4NPUA 5OZBA 5P5OA 5P4SA 3TPLA 4Y3FA 3LHGA 1A8GA 4Y5AA 4RCEA 4Y57A 3EBZA 2ZJKA 5P6JA 4NJTA 5P0AA 3MSLA 1ODWA 1NPAA 1DPJA 3OXWA 1FQ7A 5IVRA 1IBQA 1ER8E 5P4IA 4A6CA 1FQ5A 4DJPA 3SAAA 1WBKA 3HAUA 5P7QA 4Y3ZA 1D4LA 2G1YA 3O9GA 2I4VA 3NU5A 5P3TA 2PQZA 4Y3LA 4Q1WA 1YM4A 3NU6A 3EKVA 5CLMA 5P0DA 2VS2A 2WHHA 4YOBA 5P50A 3HDKA 3HD8A 2PYMA 2QI5A 2B7FA 2WL0A 2A1EA 1B5FA 2VA6A 1MT9A 3VG1A 5P0MA 5P6IA 2AVOA 3WSJA 3S85A 1AXAA 3D20A 1W5WA 2IENA 4DJQA 3PWRA 3DV5A 1F34A 1HPOA 3KT2A 1MVPA 5P2MA 1RV7A 4CPUA 2SAMA 2UXZA 4OBFA 4B00A 2G26A 4FRKA 5P3BA 3WB4A 1HWRA 1SMEA 4APRE 4J1HA 5P16A 5P5DA 1W5VA 5P6PA 1FF0C 4J1IA 4EHCA 5P5FA 1GNNA 4Y35A 5P4EA 4RLDA 5P89A 2IEOA 1B6MA 1IDAA 2VKMA 1XN3A 5P70A 2OHLA 4TRZA 5P05A 2O40A 3SM1A 1MT8A 1C6XA 4WTUA 1IZIA 3ZPUA 2B8VA 3ZPSA 5P31A 4Y50A 4Y4EA 2BQVA 2Q11A 5COKA 3T7XA 5E5JA 1M0BA 1BWBA 3QRSA 2G1RA 3DV1A 5P7IA 2ZGAA 1TSQA 4U8WA 1ZP8A 3S7MA 5P63A 3SA9A 5P1ZA 2HB2A 4J1CA 3LIXA 5IVQA 5P54A 5AH6A 4QJAA 1HHPA 5OZXA 1SIVA 4PHVA 5OYXA 3BRAA 2PWRA 5ER1E 2ASIA 1TCXA 3EL5A 5P4CA 2WF2A 1LF4A 4CMSA 1ZBGA 5HD0A 1E81E 1SGZA 2AOCA 5P48A 3HVGA 1HVKA 4Y37A 5P7KA 5P78A 2NMZA 2EWYA 5P7LA 4K8SA 4Y3XA 5DQ2A 5P2AA 5P53A 2F3KA 5P2QA 3UDYA 2G22A 2FS4A 5HCOA 1EC3A 3ZKQA 3PWMA 5P5WA 5HDXA 3EKQA 4Y4JA 2VNNA 5JG1A 5OYYA 5P46A 3N3IA 8HVPA 4MC9A 5AH9A 4AMTA 3IVHA 5P6ZA 5P2SA 5P1AA 4FSLA 2AVVA 4J0ZA 2FDEA 2FDPA 5P10A 1QBRA 7UPJA 3O9LA 4FL8A 3TPPA 5P4UA 3UDMA 5SXNA 3VEUA 2ZHTA 5P33A 1HPVA 4ACXA 5P8IA 2G1OA 3VCMA 4EJ8A 5P1XA 3PMYA 6UPJA 2P3CA 3OXVA 4Y4AA 5P79A 5P75A 3AUPA 5OZFA 1BXOA 2JYSA 5DR7A 3EL0A 5P02A 2OHMA 5P2YA 5P69A 2VIEA 1MERA 5P6FA 3MXEA 1C6YA 2JE4A 5P8JA 2R8NA 3K5CA 4GJ8A 1IVPA 3LPKA 3MWSA 4EYRA 3OADA 1PSAA 4LBTA 1FLHA 5P35A 3GI5A 1CZIE 3SKFA 4F75A 3BGBA 1FQ6A 4ZSPA 4ZSMA 5J25A 1FFIC 1FEJC 3TKGA 2P3DA 4HVPA 2WF1A 5P25A 4DJRA 3PI0A 5T4SA 2NXMA 3OU3A 4YDFA 5P6CA 3CKPA 5P0IA 3L5BA 3PLDA 3UQXA 5KR8A 5P2TA 3C9XA 3SA3A 5COPA 5COOA 5P59A 5P58A 5OZ5A 3CICA 4M8XA 3FSMA 5P2XA 1ZJ7A 3DUYA 1HXWA 4JPEA 3KMYA 4B70A 3QPJA 4J1EA 4DQCA 4DJYA 3EC0A 5P1IA 5JFPA 5AGZA 1T7KA 1AM5A 2ZYEA 3KDBA 5P3UA 2R38A 1IZDA 5SY2A 2I4DA 2AVSA 5P2IA 4A6BA 1K6TA 1AJVA 5OZNA 4YBFA 2P3BB 4Y4WA 3INFA 2Q64A 4MC2A 5P0RA 5P81A 4BELA 3QBFA 1DP5A 2OHTA 1HVLA 5P2ZA 1ZLFA 3R1GB 5IS4A 4ZEAA 3VYEA 5P7TA 3GI4A 1FIVA 1YT9A 1SDUA 4ZPGA 5P7HA 4Y3SA 5P8EA 5OYTA 1B11A 2UY0A 1QRPE 1G2KA 1GVTA 5P30A 5P40A 5IVSA 3DOXA 5P71A 3LPJA 1HBVA 1XN2A 5AHCA 4Z4XA 4I8ZA 3SA7A 2AOFA 3NLSA 4KUPA 5P5IA 1HTFA 4CPSA 5P84A 5OZAA 3JVYA 3EM6A 1APTE 2FXDA 3T6IA 3NXNA 5KAOA 1FQXA 4AA8A 2IL2A 5KR2A 5OZHA 2QI3A 1QBSA 1OHRA 1PROA 6FIVA 3I6OA 4CKUA 3EKWA 4EPJA 5ER2E 2P8HA 5P3FA 4DQBA 2R9BA 5P0UA 2IRZA 4CPWA 1HTRB 3RSXA 3Q3TA 1FMXA 5SZ9A 3T3CA 3RTHA 1NPVA 2IKOA 4DQHA 3PBDA 2BPVA 5AH7A 5P1HA 4RRNA 4QJ7A 3L5FA 1KJHA 4LL3A 1MEUA 5P61A 3CKRA 4Y3MA 3HAWA 3R2FA 4Y3JA 4I12A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XYF A;  5OYQ A;  4H3J A;  1W5Y A;  3SKG A;  4EJL A;  4JPC A;  5P1L A;  4Y5N A;  4FIV A;  4XKX A;  4FRJ A;  4H3I A;  2V00 A;  3TPR A;  3QBH A;  2WF0 A;  4KE0 A;  3PBZ A;  4B1D A;  2IQG A;  5P8A A;  5P5L A;  5P5M A;  1FB7 A;  2ZHV A;  1BAI A;  5P2V A;  3RVI A;  3VFA A;  1W5X A;  3LZU A;  5OZU A;  5I3V A;  5P3A A;  2AOE A;  2VNM A;  5P8C A;  1HEF E;  3GGA A;  3SQF A;  4APE A;  5P0J A;  3URI A;  2NTR A;  2Q54 A;  5P5N A;  2QD8 A;  4K4R A;  5BWY A;  4I0I A;  5P22 A;  3TOF A;  4LXM A;  5P8V A;  3IA9 A;  4BFB A;  1HPS A;  3UFN A;  5P7E A;  3NU9 A;  5P45 A;  4EP3 A;  3DM6 A;  3APR E;  5P1J A;  3SFC A;  5P6U A;  2PC0 A;  5IVT A;  2B8L A;  3TKW A;  5BRY A;  2PSV A;  4GJA A;  3PRS A;  3UF3 A;  5P7J A;  3K4V C;  5OZW A;  4GID A;  3L38 A;  2QI7 A;  3EM4 A;  5P3V A;  3OQK A;  2WKZ A;  4K9H A;  5P72 A;  1ZSF A;  5P5J A;  2FMB A;  5P1P A;  4CPQ A;  5HE4 A;  3PMU A;  5P5E A;  1EPN E;  1F7A A;  4Y39 A;  1BV7 A;  1W50 A;  3L59 A;  5P7W A;  4YD5 A;  5DR8 A;  1OEW A;  4RGH A;  5P5Z A;  5P5C A;  4XX4 A;  5ENM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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