1B7HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-norleucyl-lysine
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
b'ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Peptide binding protein
total genus 184
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b7hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b7hA02
4EDPA 3FJMA 3V89B 3K02A 1R6ZA 5HBCA 3MVYA 1USYE 2ALUA 2THIA 5HPQA 4F18A 4YB6A 5I56A 1ZKBA 3RYBA 3N5LA 2Z22A 1JVXA 3S4UA 5FTIA 3H3GA 4F2QA 4GF8A 4EXLA 4FATA 5DVFA 2Y7IA 3MPLA 1XC1A 2WOKA 4LVQA 1GVCA 4PFYA 3HPIA 1FQEA 3T93B 3A3CA 3I6VA 1B46A 1VE4A 2B65A 5J1DA 4XXUA 1A54A 5IKBA 4NEDA 4IO7A 1ZLQA 1B3LA 1DPEA 1MXYA 3VV5A 3KFMA 3K6WA 5I57B 1B4HA 3RN8A 4ONYA 1N7XA 1A99A 3G7WA 2KLFA 3S9MC 4I8CA 4XKQA 3DRIA 1Z7NE 2BJJX 3QAXA 2XXRA 5I2NA 1US4A 1MQIA 3TELA 4AB5A 3MVZA 4KFQA 2XXIA 2G93A 3MVXA 4PETA 4ZDMA 4Z0IA 4KD5A 2R9JA 2DP8A 5FHOA 4BDOA 4H5FA 3W9VA 3KSJA 3RT6B 3DP8A 1B0LA 2XXHA 4DXUA 3OO7A 4R2BA 3C9HA 4OZ9A 4BDNA 1VFEA 4BDRA 2HQ0A 4OTEA 4RK9A 4LZ7A 1AH5A 3RLFE 4KCDA 3IJOB 4DDDA 5ELVA 3FVKA 2ESNA 3VVFA 4LATA 1FTOA 4IY5A 2QJEA 3CG3A 4C1TA 3UGWA 1BKAA 3T9VA 3ILTB 4F19A 1SW2A 3P7IA 5CC2A 3RYAA 4IO5A 4DIGA 2GHAA 1N3WA 4EUOA 5CMMA 2A5TB 2O51A 2ZXTA 3H7MA 1SI1A 1URGA 3MWBA 3C36A 1ZIUA 1ANFA 3C34A 4UA8A 1YAEA 4G8MA 1M5DA 2AYSA 2I48A 5L9OA 3S2VA 1LLSA 1NNFA 4RA1A 2Y7PA 2W7YA 2IA4A 3MZBA 2DWIA 3RUMA 4F31B 2OBGA 4FEBA 3G3FA 2H25A 3ILUB 3UP9A 4RXLA 1NMUA 1PB7A 2HZKA 4MH5A 4G68B 2RCBA 1ATGA 4ECFA 3BKIB 3WAEA 5AA4B 3L6GA 2XXTA 5FHMA 4O3CA 2OJTA 2REJA 1HSLA 4DLDA 4BDMA 1QVSA 4P0GA 2XX9A 3EHTA 3K1PA 2QPQA 2Y7WA 3RTFB 1SVXB 3OEKA 3N94A 5CMCA 3OOAA 3KBRA 4ZE8A 4Q5TA 2XXUA 2M8CA 4F3PA 2OCUA 1PB8A 1S7YA 2UVIA 2QS2A 1SW5A 5EHSA 1Y20A 3HV1A 5TPAB 1P1OA 5LOMA 1N76A 1QW0A 5DEXA 1MXUA 3MVWA 3T96B 1SW1A 3M8UA 1IIWA 2ZYKA 3RY3A 4R2FA 5H8FB 1B51A 2WOPA 2Z8EA 1NH7A 4FE8A 1ZJLA 1Y9UA 3SETA 1GV8A 3LSXA 4KCCA 3GLBA 3C32A 4ZEIA 5I56B 2O6AA 2OWSA 4ELOA 4R6YA 3E13X 1URDA 5JK4A 2D5WA 2B3FA 4QFNA 1FW0A 3O66A 1O63A 3UN6A 3DP6A 3OO9A 1XHYA 4NF6B 4QSEA 1B52A 4PFUA 1DOTA 3QUFA 4F2OA 2FYIA 3OENA 1I69A 3EPEA 1JW5A 2PYYA 2V25A 4F1UA 1H45A 4R72A 4F29A 3O9PA 3KEIA 3CHGA 2NXOA 5L9MA 5CBRA 2Y7RA 2NUVA 4EQ9A 1MY4A 4OERA 3KN7A 1II5A 4JWYA 2O69A 5I2NB 2DWAA 4YKJA 4DCXA 3V5AA 4JSOA 3EF7A 5H8QA 4TLLB 3O6HA 3MBPA 1B58A 3SEXA 1FQBA 4RK2A 3FIRA 5K2XA 2XXXA 4BDQA 1NH8A 4LP2B 1POTA 1A40A 1IXHA 4EF2A 1B05A 3FTOA 1WVJA 1FTLA 2RCAA 4F3BA 4NF4A 2XX7A 2I3VA 3DRHA 4F1YA 4ESXA 4LQ5A 4E0WA 2HEUA 1GGGA 3V83A 3B7DA 4O3BA 1XS5A 3U8QA 5H8HA 4G77A 5I84A 3FZVA 1S9TA 1PBQA 3KSXA 3W9WA 2H9BA 2V93A 4GLIA 4X9TA 2PX1A 3KOSA 3TMGA 3HHFA 2RINA 1FCKA 2XX8A 4H67A 4ELQA 3TCHA 1Y1MA 3U1OA 3K0VA 1IQ7A 1LFGA 4MLQA 3UA8A 4NTLA 3ZSFA 3KJTA 3QXMA 1B32A 1OMPA 4GIZA 2YJPA 4GQOA 4QSCA 4Z7EA 1IUDA 1XVYA 1B7UA 2AIXA 4OQOA 2H4IA 5JEIA 4YU0A 2ZYOA 3O6GA 3TUSA 4OXVA 1B3FA 1OLAA 4EQBA 1JEVA 3H6WA 5H8NA 4OEUA 3THIA 1AMFA 4U21A 1B2HA 1CB6A 3K6UA 3C4MA 4F22A 5L8DA 4XIGQ 3S9NC 4Q30B 4EF1A 1SYIA 3D4GA 2I58A 3U94A 4TOZA 2VD3A 3Q27A 4DCYA 3FJGA 4JB7A 4OMBA 1UIUA 2Q89A 1UTBA 3LUYA 3GZGA 3IB0A 1NNKA 1L5TA 2Y84A 4X1BA 2IEEA 1B5IA 3LSWA 3OD7A 4WEPA 2F97A 3TDJA 3IAZA 1PEBA 4KR5A 4PE5B 2Z8DA 3O29A 2FA7A 4YKIA 3TTNA 3VLVA 1M5EA 4FORA 2RC7A 5H8SA 5M2VA 3ZS6A 4QFKA 5TP9A 2DSFA 2G29A 3CRBA 3T9HB 2NOOA 4ISUA 2D3IA 3E9XA 3SERA 2O7UA 4Q0CA 3FGSA 4JWOA 1B4ZA 2Q2AA 2GHBA 1R1NA 3KOTA 1MDQA 3S9LC 4GL0A 2B4LA 1LBCA 3FUZA 4JWXA 2I0CA 4XTCQ 3CFLA 5ICQA 5B7DA 2UYEA 2DE3A 2ZNTA 3MC2A 3O97A 1XT8A 5CI5A 3PU5A 3IB1A 1MY2A 3IR1A 1MM7A 4NMYA 3I5OA 1P1QA 1N3XA 3H6TA 2XD2A 1XOCA 1JVYA 5AA1A 1MQDA 4R74A 4OENA 3RGYA 1QUJA 3HHGA 1ZBMA 4H6DA 3FXRA 2RC9A 2XXPA 3R7XA 3DRKA 3OELA 5I58A 2H99A 5KZTA 1B5JA 3KG2A 2V3UA 2Y7KA 1P1WA 3MW0A 4C0RA 3MZ9A 2ZNUA 4JXIA 1B1XA 2ONKE 4IO2A 1TT1A 2GFEA 4HTGA 1USYH 3JYRA 2I4CA 3Q26A 3PUYE 4LZ8A 4YICA 4H1XA 4AB6A 1MPDA 3G3KA 3VVDA 3ZKLA 2QMWA 3IX1A 3PUZE 4LQ2A 4DXCA 1OLCA 5CMBA 5A5XA 5H8QB 4KPTA 2I3WA 5I59B 1LSTA 2P0SA 2H98A 3FXQA 1R9QA 4P0IA 2O84X 4QRZA 5DVJA 1ZTYA 1MDP1 2O68A 3K1MA 3K01A 3CSBA 4NF4B 2OK2A 2PVUA 2ONSA 4YZZA 1JW4A 4MF3A 1XVXA 4IO3A 3HCQA 4R9FA 2DXYA 4HS7A 3U72A 3T22A 3KJ7A 2PMSA 3KN8A 4DXBA 2QS3A 5H8HB 1J1NA 1EZOA 3MJNA 1NKXA 1LAGE 3IB2A 4F3GA 1VFDA 5KCJA 2F7CA 3KN3A 2GRVA 3OO6A 4Q8RA 2H5YA 1US5A 3FV2A 3KGCA 3D4CA 3R26A 3CI8A 2WKYA 1WODA 2OWTA 1LAXA 4GRKA 3SEYA 4YMAA 3CIJA 3RPWA 3OSQA 3VFJA 3QSLA 1R9LA 2NVUB 1M5FA 1A8FA 1LBBA 4ZS9A 4ZZEA 3A09A 4O3AA 4OESA 3IJXB 3FATA 3UORA 4G68C 4NF8A 5H8NB 5B70A 1B1HA 1WDNA 1BTJA 4GL8A 3SKPA 4RPOA 4C1UA 2Z23A 4LUBA 1MQHA 2RKMA 1TFDA 1H43A 1FQAA 2UVGA 4WKMA 4I1DA 2X7QA 2NWJA 3DRFA 3SEUA 1UTBB 1SW4A 1Y3NA 4ELPA 4UACA 3ONMA 2X26A 1AOVA 1BLFA 1OQGA 3T9XB 4LZ5A 1M5BA 4H8IA 4OETA 1IXGA 4L17A 1SDXA 3RTWB 1DSNA 3G3IA 1LFHA 3MP6A 1A8EA 1IEJA 3FASA 5JTYA 5TP9B 3RNNA 3O28A 4GWOA 1B7ZA 4ESWA 4E0XA 3ODBA 2UVJA 3K2DA 1B7HA 2F35A 4OYVA 1QKAA 2XXVA 3CFXA 2ZNSA 5CM6A 1MXZA 2OZZA 3SESA 3PV0E 1H44A 3GBBA 4HCYA 3USDA 3GXAA 3IOWA 1N04A 3LSFB 2XXQA 4H0WA 1RYOA 1DTGA 1UQWA 2AL5A 1H3DA 1MS7A 2O1LA 3IL1B 1QULA 1MPBA 4HCWA 2D21A 3A3UA 3FXUA 4IGRA 1B3HA 1ELJA 4HW8A 4ND9A 1VSOA 3DP4A 2DWJA 4IY6A 5FTHA 1PB9A 3RQTA 1MH3A 4FJPA 3UK4A 5FHNA 2Q9TA 3VDFA 3O6PA 2GH9A 2P2AA 4GXAA 3TQWA 2I0BA 3EHSA 2DVZA 3IOVA 4KYDA 3G3HA 1D9YA 1LGBC 3VXCA 3ECRA 4ZEBA 1BP5A 4KYSA 5I58B 2QMXA 4IO6A 5I2KA 1FQFA 4GXSB 4IGTA 4GOTA 1LCFA 3MP8A 3QUJA 4MBPA 1F9BA 3IK6B 3QIMA 1FQCA 2PT1A 3TTMA 4OVJA 4YB7A 2DWHA 1RYXA 3SEVA 2ABHA 2B3BA 2VGQA 4R75A 2UVHA 3PPNA 3IORA 3LBSA 2QS1A 4JDFA 2F34A 1N84A 5IAIA 5TU0A 3TZAA 5L9SA 3M3KA 2PT2A 5EHMA 4AQ4A 2YPNA 4OHNA 2Q88A 3LR1A 3PAMA 3H6UA 3TCGA 4NF5A 5A5XB 1ZU0A 1MY3A 3PD9A 1MXXA 1D9VA 1UTHA 4H8JA 4PFTA 3PPRA 3BBRA 4LONB 2VHAA 3F11A 3T66A 2LAOA 5F7VA 1D3KA 2HAVA 1TXFA 1URSA 3TAJA 3I3VA 3RT8A 1A55A 2B4MA 2P1SA 4PP0A 4PQJA 1JETA 4U1OA 4TQUQ 1POY1 3S9EA 5F1QA 3U92A 4OEVA 5ICTA 3G3GA 4EXKA 3U93A 2RF1A 4XKRA 3R6UA 4X48A 1I6AA 1B0HA 4QFLA 2V3QA 2F7BA 3FD3A 3LC8A 3V8XB 1EZ9A 4U22A 3FVGA 2Z8FA 3PMWA 1OVBA 1LB8A 1JEUA 1D4NA 3OO8A 2E0SA 4DZ1A 5KCJB 1LFIA 4FECA 2R71A 5AA2A 3JZJA 4PFWA 3TKDA 3CR9A 3C33A 3TCFA 3DM0A 4OFJA 4NF6A 2HXWA 1OVTA 5CBSA 1KWHA 4IO4A 4MFIA 1ZMGA 5DEXB 1MXWA 2QS4A 2QSXA 4YMBA 3HO7A 2X7PA 2XHDA 2R6GE 1N7WA 3OSRA 3C31A 2F5XA 5KDTA 4NF8B 1DMBA 3K4UA 2VOZA 2ANJA 2CMOA 2Q2CA 1MQJA 3FJ7A 3VE1B 2UXAA 4NWDA 4H65A 4RNSA 1Q35A 2DXRA 2QRYA 3O6IA 1HSJA 2F8DA 1NFTA 3H06B 4IB2A 1Y3PA 5DVIA 3BFTA 4G8HA 4GD5A 3K1NA 4F3SA 3Q28A 4TLMB 1O7TA 3G3JA 1YPNA 1BIYA 1Y1ZA 3N6TA 3W15C 1H76A 2F6GA 2HAUA 3MUQA 1MH4A 1JQFA 4OFLA 3VLUA 4NWCA 3N6UA 1A7LA 3VLWA 3B6QA 5JTYB 5CRYA 3Q29A 1SI0A 3MQ9A 3TTRA 1MY0A 2E1SA 3FVOA 1YCJA 1EH3A 3B6TA 2XD3A 3K6VA 4KHZE 2HZLA 1LCTA 3KZGA 1LAHE 3TTLA 4GVOA 1Y4TA 4ZECA 1TWYA 3DELB 1EU8A 3TPAA 4M1VA 3CG1A 1GTKA 4QF9A 4NE4A 2F36A 2DYXA 3N26A 4FAJA 5DYHA 4WEDA 2I49A 1VR5A 4H5GA 3MPKA 1MY1A 3DLNA 4ELRA 1RKMA 3C35A 2AL4A 1SD3A 1HSEA 3MZ1A 2VD2A 3IO6A 4G4PA 3TTKA 2F7AA 5I2KB 3PPOA 4BDLA 5ITPA 4WXJA 2V84A 1PC3A 2DQVA 2YLNA 3GBAA 1SQYA 4LA9A 1MM6A 2RC8A 4OFOA 3LVUA 1MRPA 1DTZA 2FNCA 3DRGA 3TQLA 2HCAA 4POXA 2O1MA 4U4XA 1N0TA 1QKBA 5ITOA 4F39A 1JNFA 2I4BA 3O2AA 4EQ7A 3QK6A 3OEMA 4GFRA 4THIA 5I57A 2REGA 1B5HA 1I6QA 4NF5B 4U2RA 3PUXE 3TFLA 2DE2A 3Q25A 1UTHB 1B6HA 4KYEA 1Q1KA 1FTKA 3EQ1A 4X1DA 4ZEDA 2PBWA 3E4RA 2ZYMA 4R73A 4JSDA 3MP1A 1B9JA 4YKPA 4M4GA 3IOUA 1TFAA 4N13A 1CE2A 1P1UA 3IO4A 3K6XA 1LB9A 4U4SA 3PPPA 2CZLA 5DTBA 3H4ZA 3LSLA 4DE8A 4XKNA 1NL5A 2VP1A 4U1ZA 1MG1A 5AA2B 1M5CA 2ZMBA 3M3LA 1Y4CA 2OLBA 3VXBA 2O7IA 3PUVE 4U23A 3CVGA 4QFPA 1Z7ME 4K3FA 3WAFA 3CSGA 5EYFA 1IITA 4R6KA 2HFBA 2A5TA 4YB5A 3PPQA 4I9DA 1DPPA 1T0KA 1EZPA 4G8NA 5KDTB 5CMKA 3UIFA 3EHUA 4RY1A 4BLAA 2I6EA 3AXFA 3VVEA 4KQPA 5AA2D 1QJMA 5K2YA 4FIMA 2A5SA 5AA3A 1QUKA 3HSTA 4OWDA 3TEPA 3QYTA 3H03A 1IZ1A 3JV9A 1B3GA 3FVNA 4ZZAA 5I59A 4ZEKA 1I6BA 3B6WA 4POWA 3SEWA 1YTVA 3K00A 3E3KA 5ISUA 2QL3A 1B40A 3DRJA 3IOTA 4I62A 3TODA 1PDAA 3PMXA 3MAMA 1O64A 4G68A 4FEDA 3L6HA 3EN3A 5AA4A 1OQHA 1S50A 1UIVA 3PD8A 4RPNA 1FQDA 3SDFA 1P99A 4ZEFA 3CFZA 2F6PA 5BUUA 2WOLA 4QSDA 1MXVA 4KI0E 4YKKA 1SBPA 4N07A 4RYAA 4P11A 3PMVA 1AIVA 1Y3QA 4MLVA 1NNTA 2DVCA 1LAFE 2XXYA 3BFUA 4XKPA 3PGFA 1GR2A 1JW1A 1P1NA 4R9GA 5AE4A 3H6VA 2DS9A 3TYHA 1MPCA 1MQGA 3OXNA 1QUIA 1AL3A 3FV1A 2UYFA 4ZE9A 3OMBA 2V3TA 4QHQA 2DOJA 1OIBA 1IXCA 3M3FA 2F78A 4JBZA 1PBPA 4N6PA 2XXWA 5TPAA 1B3EA 4R6HA 5HM4B 1FTMA 2Q8JA 2ZYNA 4RJZA 5DT6A 4G2ZA 3PUWE 3HN0A 1SYHA 5BWJA 1FTJA 1NNPA 2ONRA 4F1VA 4YAHX 4QFOA 2DE4A 5H8FA 3ZKKA 3T9UA 1IXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PCDA 4EDPA 3FJMA 3V89B 3K02A 1R6ZA 5HBCA 3MVYA 1USYE 2ALUA 2THIA 4PBHA 5HPQA 4F18A 4YB6A 5I56A 1ZKBA 3RYBA 3N5LA 2Z22A 1JVXA 3S4UA 5FTIA 3H3GA 4F2QA 4MHFA 4GF8A 4EXLA 4FATA 4IR8A 5DVFA 2Y7IA 3MPLA 1XC1A 2WOKA 4LVQA 1GVCA 4PFYA 3HPIA 1FQEA 3T93B 3A3CA 1VDWA 3I6VA 1B46A 1VE4A 2B65A 3T1BA 5J1DA 4XXUA 1A54A 5IKBA 4NEDA 1D9QA 4IO7A 4OVRA 1ZLQA 1B3LA 1DPEA 2XWOA 4AS5A 1MXYA 3VV5A 3KFMA 3K6WA 5I57B 1B4HA 3RN8A 4ONYA 1N7XA 1A99A 3G7WA 1LBZA 2KLFA 1FPKA 3S9MC 4N91A 4I8CA 4XKQA 3DRIA 1Z7NE 2BJJX 3QAXA 2XXRA 5I2NA 1US4A 1MQIA 3TELA 4AB5A 3MVZA 4KFQA 2XXIA 2G93A 3MVXA 4PETA 3RPLA 4ZDMA 4Z0IA 4KD5A 2R9JA 2DP8A 5FHOA 4BDOA 4H5FA 3W9VA 3KSJA 1RDXA 3RT6B 3DP8A 1B0LA 2XXHA 4DXUA 1Q9DA 4I3EA 2XWIA 3OO7A 4R2BA 4I40A 3C9HA 4OZ9A 4BDNA 1VFEA 4BDRA 2HQ0A 4OTEA 4RK9A 4PAIA 4LZ7A 1AH5A 3RLFE 4KCDA 3U65A 3IJOB 4AS4A 4DDDA 4HE0A 5ELVA 3FVKA 2ESNA 3VVFA 4LATA 2HPGA 1FPJA 1FTOA 4IY5A 2QJEA 4NAPA 3CG3A 4C1TA 3UGWA 1BKAA 3T9VA 3ILTB 4F19A 1SW2A 3P7IA 5CC2A 4PAFA 3RYAA 4IO5A 4DIGA 2GHAA 1N3WA 4EUOA 5CMMA 2A5TB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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