1B7UA

Structure of mare apolactoferrin: the n and c lobes are in the closed form
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of mare apolactoferrin: the N and C lobes are in the closed form.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (APOLACTOFERRIN)
molecule tags Metal binding protein
total genus 182
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA03
4QFNA 4JXIA 3O29A 4DE8A 3MVWA 4LQ5A 1YCJA 2Z8FA 1N7WA 2Q8JA 1XVXA 1DSNA 2H5YA 3N5LA 4H5FA 2UYEA 3IL1B 1A8FA 4O3BA 4AB6A 3MW0A 3E9XA 5AA2A 2RC7A 1VSOA 2F7CA 1FQEA 1LB8A 1VFDA 2FYIA 3HPIA 4FIMA 4F22A 4GL8A 1I69A 3TFLA 5L9MA 2DXYA 4ZZEA 4P0GA 4LATA 3PMVA 1USYE 3N6TA 1B52A 3R26A 4GD5A 3IR1A 3I5OA 3G3KA 2AL5A 3VFJA 1Y4TA 3A3UA 4GL0A 3VXBA 4GLIA 1PBQA 2O1MA 1Y20A 3S9NC 2P2AA 4Q30B 1M5DA 2DE4A 4X1BA 3TEPA 4KHZE 4C1UA 1HSLA 5ICTA 2HZKA 3TMGA 4R2BA 2CMOA 2UVGA 1NMUA 3LR1A 2D3IA 1MY0A 1P1OA 4THIA 1UTHA 4JB7A 3S9EA 2I0BA 4PQJA 4OTEA 1Q1KA 4ONYA 4PFUA 3K1NA 3QIMA 4U21A 4LP2B 2H9BA 4KYDA 5JEIA 4KI0E 4LZ5A 3HN0A 1VFEA 3IOUA 4MH5A 3KG2A 4R2FA 2I49A 1POTA 1JEVA 4GRKA 2QMWA 3KSXA 3EQ1A 4ECFA 3PPNA 4U4XA 3T93B 3MJNA 3VVEA 5TPAB 4BDLA 1OLAA 3U93A 1H76A 1M5FA 1OVTA 1A7LA 3PUWE 1B3LA 1B7HA 5I56B 2X7PA 1JW4A 2Z22A 3DELB 4TLMB 3S9MC 5ITPA 4G68C 1B7UA 5L9OA 2I4CA 2DXRA 4BDRA 1JW1A 3T9HB 1ZJLA 5DVJA 4BDMA 3LSFB 4RA1A 3IO6A 3H03A 1RKMA 2X26A 4KFQA 1ATGA 5AA1A 1TFAA 5CMMA 3FVNA 1H3DA 2OLBA 5AA2B 4BLAA 1IXGA 5CC2A 2QMXA 1S50A 4NTLA 2XX7A 1O63A 4M1VA 1NKXA 3O66A 4M4GA 3RY3A 3GBBA 3H6UA 1SI1A 4R6HA 2O7IA 3E13X 1DOTA 1HSJA 1I6AA 3SETA 3K1MA 1QULA 4BDQA 4UA8A 1QKBA 3LBSA 2RC9A 3TQLA 4EXLA 1B40A 4DZ1A 2Y84A 1LFHA 1FQDA 3JV9A 3TAJA 1NNTA 1OMPA 2VD3A 1GGGA 1XVYA 3PUXE 3SESA 5KCJA 4KYEA 1MDQA 5J1DA 4NF4B 4ELQA 3LSXA 1I6QA 3TUSA 3HHFA 4DCXA 3O6HA 3L6GA 2XXYA 1MXXA 3CFLA 4U2RA 1R1NA 4JDFA 2AYSA 1H45A 4H5GA 3FXRA 4Q0CA 4F39A 2Z23A 1IXHA 5B7DA 1FTLA 2XX9A 5DTBA 3IAZA 5F7VA 2O68A 2OJTA 4NF8B 4BDNA 3OEKA 2THIA 1B3HA 1NNKA 4FAJA 3B6WA 1MRPA 3V89B 4FE8A 3FUZA 1YTVA 4KCCA 4OWDA 2GHBA 1J1NA 1EZ9A 5A5XA 5CI5A 2XXRA 2B3BA 3V83A 1TXFA 2HEUA 1B9JA 3M3LA 1OQHA 2ABHA 1MPCA 3IB2A 4YMBA 3U1OA 4F1UA 4YKIA 3OENA 5CMCA 4MLVA 3BKIB 4OQOA 1N84A 3UA8A 4F1YA 1NL5A 1PBPA 1RYXA 1UIUA 1MM7A 4YB5A 3OO7A 1LBBA 4FECA 3CG1A 2UVHA 4MFIA 1MPBA 1Y1MA 2E0SA 4ZEDA 1B4ZA 3QYTA 4EQBA 3CIJA 4Z0IA 3FXUA 2OWTA 3RQTA 3FV2A 5BUUA 1B3EA 4G77A 1P1QA 3Q26A 2BJJX 1XS5A 1F9BA 3MPLA 5CBRA 1MG1A 1UTBA 3MWBA 1RYOA 3ILTB 2F36A 3PU5A 4YAHX 3FASA 3IOWA 2O84X 3T66A 2VOZA 3MPKA 1MPDA 4NF5B 1R9QA 4F31B 4XKRA 5I59A 4WKMA 3T22A 4X48A 1MH3A 4KR5A 2E1SA 3SDFA 3WAFA 2Y7PA 4LVQA 1IIWA 3EN3A 2XXHA 1LBCA 1ZMGA 5H8HA 5AE4A 5JTYA 4JWXA 3TTRA 1B4HA 4F3GA 2OCUA 4C0RA 4JBZA 4G2ZA 4F1VA 3CI8A 3MVZA 4OXVA 1Q35A 4U1OA 3HHGA 3EF7A 1EZOA 2G93A 1MS7A 1VE4A 4OYVA 3W9VA 2ZYKA 3QUJA 3OSRA 3UP9A 3OOAA 4OFOA 2HXWA 3H4ZA 1KWHA 4QFKA 5H8FA 1DTGA 1FQFA 4XKPA 1FTOA 2VD2A 4ZE8A 1MDP1 1O64A 3ILUB 1IXCA 1L5TA 5ELVA 1Y4CA 5A5XB 2HFBA 2F6PA 3EHTA 3CVGA 1OQGA 4RY1A 2G29A 2A5TB 2PX1A 3KJTA 4FJPA 2CZLA 3MP6A 2F34A 3G3JA 2I3VA 3PUVE 2Q2CA 3RPWA 1M5BA 4IY5A 5BWJA 4NE4A 2GRVA 2ONKE 2ONRA 3IOVA 2GHAA 1IQ7A 4E0WA 3RT6B 1ZKBA 4DLDA 4IGTA 1SDXA 1URDA 1JVYA 3HSTA 4H67A 2WKYA 2F7BA 2XXUA 3C34A 1WDNA 2V3TA 2O7UA 3OEMA 3C4MA 1MQIA 1LAFE 1Y3NA 1DTZA 3KJ7A 2FA7A 2XD3A 5HBCA 1SW2A 5ITOA 3MVXA 1FTJA 4P11A 3B7DA 4I8CA 5KDTB 3C35A 3OXNA 1QW0A 1B0HA 5H8QA 4GQOA 3K00A 2UXAA 4IO5A 2Y7WA 2DE2A 3VXCA 2F7AA 4ZEBA 1ZTYA 3EPEA 2PMSA 1EH3A 3T9UA 4L17A 4PFYA 1MY1A 3ZKLA 2REJA 3FV1A 3TYHA 2Y7KA 1PB9A 5JTYB 4LQ2A 2HAVA 1MQJA 3M3FA 3PGFA 2M8CA 3QK6A 4F18A 4OEVA 1S9TA 2VP1A 3IORA 1A55A 1O7TA 3SEXA 3KSJA 5TU0A 2RCAA 1Z7ME 2XD2A 3FVKA 3CG3A 3CFZA 2XXIA 3TCGA 1HSEA 2H99A 2RINA 1SD3A 4EXKA 3K6VA 4U4SA 4QFOA 1B5HA 3O9PA 2I3WA 4H6DA 5FHNA 2V93A 2XX8A 1LCTA 3ONMA 3MZ9A 4XIGQ 4NWDA 1N76A 3A3CA 3MBPA 2O1LA 1B6HA 1WVJA 4N6PA 4KPTA 4WXJA 1GV8A 1XHYA 3LC8A 2Q89A 3G3IA 4ZS9A 1AIVA 3LSLA 4G8NA 3OO9A 2UVJA 4JSDA 2F97A 1SYHA 5M2VA 1B1HA 3BFTA 4KYSA 3PD8A 3IK6B 1B0LA 4O3CA 5IAIA 4GWOA 3IO4A 3FD3A 3TKDA 4E0XA 1B3FA 4OERA 2Z8EA 4OFJA 2VGQA 4R9FA 2AL4A 2HCAA 3ZS6A 4F3SA 4Q5TA 1N3WA 3TTMA 2V84A 2D5WA 1P1WA 3O28A 4R72A 2Y7RA 1MH4A 2ALUA 2X7QA 3VV5A 3RGYA 2REGA 3VE1B 4GFRA 5B70A 1DPEA 4NEDA 2F78A 4OETA 3I6VA 1MXWA 3O2AA 2DVZA 2P0SA 5H8QB 3L6HA 2ZMBA 1M5CA 1LB9A 4KCDA 4F3PA 3KFMA 1QUJA 4R75A 3RN8A 1Y3QA 4RYAA 3B6QA 4ZDMA 5HM4B 5EHSA 4PFWA 1USYH 4GIZA 2F8DA 4X1DA 3WAEA 2O6AA 2ZXTA 2NOOA 1UTHB 3KGCA 1QJMA 3RUMA 1D4NA 3C9HA 3KN3A 3USDA 4EQ9A 1QUKA 2LAOA 2PT1A 3MZ1A 4F2OA 1B5JA 3R6UA 2PT2A 2A5SA 1URSA 4OZ9A 1GR2A 3N6UA 2DS9A 2QS3A 3M8UA 4GF8A 3PV0E 3TZAA 3A09A 4H8IA 1FTMA 1DMBA 3W15C 3EHSA 3RTFB 2RCBA 2NWJA 3FZVA 3TTKA 4KD5A 4TQUQ 4N07A 1SW5A 1UIVA 2HZLA 4YU0A 3VDFA 1LAXA 2XXQA 3HCQA 4RXLA 1P99A 1T0KA 5EHMA 3PMXA 5FHOA 4GOTA 5I58A 3MZBA 1SW1A 3C31A 1JETA 4N13A 3K6XA 4ZEFA 4YKKA 2V25A 1BLFA 4ELPA 2PVUA 4Q8RA 5DEXA 3V5AA 2R9JA 2I6EA 1A40A 4HW8A 5CMBA 4R73A 2DYXA 4ESXA 4QFPA 1UQWA 5FHMA 4JSOA 1TT1A 3KEIA 2HQ0A 4G8MA 3HV1A 2AIXA 4YB7A 4IO4A 4ESWA 2DWAA 2F5XA 4MBPA 3ZSFA 3QXMA 3M3KA 3C36A 2QSXA 1AH5A 1PDAA 4XKNA 1FTKA 1II5A 3SEUA 1POY1 3IJXB 3UORA 1NH8A 3EHUA 4BDOA 2NUVA 3MC2A 2ONSA 3O6IA 3OMBA 2QS4A 3U92A 1LLSA 3DP4A 3MP8A 4OENA 5KCJB 4POXA 2R6GE 3TDJA 1N0TA 3G3FA 5H8NA 2F6GA 4RPNA 4FATA 3Q29A 3SEVA 3FVGA 1B32A 3H6TA 5CMKA 1P1UA 4C1TA 3B6TA 3GLBA 3D4CA 3ODBA 4YKPA 5L8DA 4NF6A 4HCYA 4H1XA 5DT6A 1MM6A 3PMWA 4ZEKA 1YAEA 1IZ1A 4EDPA 3SEWA 4DXUA 4F3BA 1OIBA 4DXBA 4PE5B 2IEEA 3TCHA 4U22A 4WEPA 1R9LA 3GXAA 3FXQA 5TP9A 3TTLA 3OD7A 2B65A 5AA2D 1SBPA 1OLCA 1ZU0A 3RT8A 2XHDA 1PB8A 3T9VA 3N94A 3I3VA 3FJMA 3DP8A 1SI0A 2OZZA 3IJOB 3TQWA 3MAMA 3BFUA 4I1DA 4OESA 1B05A 5TPAA 3AXFA 1JEUA 3GZGA 1Y3PA 1AOVA 3TCFA 4ND9A 1VR5A 1A99A 2RKMA 3H6WA 4F19A 1Y9UA 4H8JA 1Z7NE 3QSLA 1WODA 4IGRA 2ZNSA 3VVFA 3FJ7A 4YICA 4ZE9A 3PPPA 1A54A 3Q25A 1FW0A 5DEXB 2PBWA 3K0VA 2OBGA 4LA9A 4JWYA 1AMFA 3DLNA 1JQFA 1FQBA 3E4RA 2QJEA 3PUZE 3KOSA 4U23A 4FEBA 1AL3A 4OFLA 5H8SA 1M5EA 4QFLA 4I9DA 5DYHA 4ZZAA 4H0WA 5K2XA 1P1NA 2O69A 5K2YA 1B3GA 1NFTA 1PB7A 4PFTA 3H06B 1LFGA 3TODA 4AQ4A 1UTBB 3RLFE 1B58A 3U94A 4G68A 2UYFA 1TWYA 4GVOA 5I57A 3CRBA 1I6BA 3PPRA 4ZECA 4YKJA 1B7ZA 5F1QA 2YPNA 5I59B 3G3HA 2GH9A 2Q2AA 4Z7EA 3VLWA 4DCYA 1ZLQA 1B1XA 5H8NB 4KQPA 4HTGA 4IO7A 2H25A 3RNNA 4NF4A 5H8HB 5I2KA 3SEYA 1D9YA 1IITA 2DWHA 3C32A 3IX1A 4G8HA 1MQDA 4TOZA 2DQVA 5AA3A 2ZNTA 1MXUA 1ZIUA 5CBSA 2H98A 3TTNA 3K01A 4NF6B 3PPOA 2XXXA 3KBRA 1EU8A 2O51A 4XKQA 4QSEA 5LOMA 5H8FB 2OK2A 4EQ7A 1R6ZA 1DPPA 3Q28A 4NF8A 1MXZA 3T96B 1MY2A 5TP9B 1PC3A 1SYIA 3C33A 3QAXA 1ZBMA 4R74A 1US4A 4DIGA 4F2QA 2DOJA 3CSGA 3LSWA 3BBRA 3UN6A 2RC8A 1BP5A 3H7MA 4G4PA 4R6YA 4YB6A 1EZPA 2QS2A 3K2DA 2DE3A 3H6VA 4NWCA 1MXYA 4RK9A 2GFEA 3FVOA 4QSCA 1GVCA 1QVSA 2ZYNA 1H43A 5KZTA 2ZYOA 2ZYMA 4I62A 3SKPA 3DP6A 4P0IA 4MF3A 3O97A 2XXTA 4GXAA 1XC1A 1QKAA 4DXCA 4IB2A 3K4UA 4OVJA 1NNPA 2Y7IA 4IO3A 1LSTA 2R71A 1YPNA 3IB1A 5EYFA 1BIYA 2V3UA 3JYRA 3MQ9A 3LUYA 3OO6A 2QS1A 3N26A 4IO2A 3U8QA 2PYYA 4MLQA 4HS7A 1MXVA 2NVUB 4G68B 1XT8A 4QRZA 3W9WA 3K02A 4ELOA 5I57B 1B46A 2NXOA 1N3XA 2QPQA 3IOTA 2W7YA 3G7WA 2YLNA 3KZGA 4ZEIA 5AA4A 4NF5A 1LAGE 1MY3A 3OO8A 4EF2A 1B5IA 5CRYA 4QSDA 5I2KB 4EF1A 3E3KA 3TPAA 3CFXA 1JNFA 1CB6A 3FATA 5I2NA 4DDDA 1S7YA 2DSFA 3TELA 3FIRA 2DP8A 3O6GA 4F29A 4QHQA 1Y1ZA 2H4IA 1IXIA 2F35A 3HO7A 3S9LC 1FCKA 1QUIA 1ELJA 3SERA 5CM6A 1N04A 3OSQA 2IA4A 3K1PA 4R6KA 3Q27A 1XOCA 1FQAA 1US5A 1H44A 3FJGA 1IUDA 4JWOA 4HCWA 4IO6A 3UIFA 4K3FA 2V3QA 3DM0A 3UGWA 4X9TA 2VHAA 4LUBA 4IY6A 2OWSA 1NNFA 3PPQA 2RF1A 1GTKA 2KLFA 1B51A 2A5TA 4TLLB 2I0CA 4AB5A 1TFDA 1A8EA 4UACA 5HPQA 3MVYA 3PUYE 1LFIA 2HAUA 3MUQA 4O3AA 5FTIA 1URGA 1OVBA 2D21A 3K6WA 1SVXB 3PD9A 3ZKKA 1BTJA 3QUFA 1MQGA 3VLUA 3G3GA 3OELA 4PP0A 4YMAA 1D3KA 2I58A 3UK4A 3CSBA 4GXSB 1CE2A 1SQYA 3T9XB 1SW4A 2XXWA 3K6UA 3THIA 5ISUA 3KN8A 1D9VA 4POWA 3VVDA 3VLVA 3H3GA 4OMBA 5KDTA 4RNSA 3IB0A 3R7XA 4OEUA 4XTCQ 5FTHA 4FEDA 3U72A 3V8XB 1LAHE 3CR9A 1PEBA 2DVCA 5AA4B 2DWJA 5I84A 4PETA 2YJPA 2ZNUA 2Q88A 2QL3A 4OHNA 5I2NB 2QRYA 1IEJA 4RJZA 1BKAA 4LZ8A 2FNCA 3D4GA 2P1SA 1ANFA 4YZZA 1N7XA 1JW5A 4EUOA 4RPOA 3GBAA 4WEDA 2I4BA 3KOTA 1B2HA 3S2VA 2Z8DA 3MP1A 4LZ7A 4QF9A 4ELRA 5DVIA 2I48A 1NH7A 3JZJA 2UVIA 1FQCA 5L9SA 3FGSA 1LGBC 2XXPA 2DWIA 4R9GA 4NMYA 2Q9TA 5ICQA 1MY4A 2XXVA 1LCFA 5JK4A 4LONB 4RK2A 4XXUA 5I56A 5IKBA 3KN7A 3ECRA 2ESNA 4FORA 3S4UA 3F11A 5I58B 3P7IA 4ISUA 4U1ZA 5DVFA 2ANJA 3RTWB 1MQHA 4H65A 2B3FA 1JVXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QFNA 4JXIA 3O29A 1CNQA 4DE8A 3MVWA 4LQ5A 1YCJA 2Z8FA 1N7WA 2Q8JA 1XVXA 1DSNA 1EYKA 2H5YA 3N5LA 4H5FA 2UYEA 3IL1B 1A8FA 4O3BA 4AB6A 3MW0A 3E9XA 5AA2A 2RC7A 1VSOA 2F7CA 1FQEA 1LB8A 1VFDA 2FYIA 3HPIA 4FIMA 2XA5A 4F22A 4GL8A 1I69A 3TFLA 5L9MA 2DXYA 4ZZEA 4P0GA 4LATA 3PMVA 1USYE 3N6TA 1B52A 3R26A 4GD5A 3IR1A 3I5OA 3G3KA 2AL5A 3VFJA 1Y4TA 3A3UA 4GL0A 1RDZA 3VXBA 4GLIA 1PBQA 2O1MA 1Y20A 2CEXA 3S9NC 2P2AA 4QXDA 4Q30B 1M5DA 2DE4A 4HE1A 4X1BA 3HFUA 3TEPA 4KHZE 4C1UA 4I40A 1HSLA 5ICTA 2HZKA 3TMGA 1FPFA 4R2BA 2CMOA 2UVGA 1NMUA 3LR1A 2D3IA 1MY0A 1P1OA 4THIA 1UTHA 4O94A 4JB7A 3LUZA 3S9EA 2I0BA 3PTYA 4PQJA 4PDHA 4OTEA 3B50A 1FPKA 1Q1KA 4ONYA 1FPDA 4PFUA 3K1NA 3QIMA 4U21A 4O7IA 4LP2B 2H9BA 4KYDA 5JEIA 4KI0E 4LZ5A 3HN0A 1VFEA 3IOUA 1FSAA 4MH5A 3KG2A 4R2FA 2Y5KA 2I49A 1POTA 1JEVA 4GRKA 4AS5A 2QMWA 3KSXA 3EQ1A 4ECFA 3GYYA 3PPNA 4U4XA 1DK4A 3T93B 3MJNA 3VVEA 5TPAB 4BDLA 1OLAA 3U93A 4HE0A 1H76A 1M5FA 1NV1A 3B8BA 1OVTA 1A7LA 4N8GA 3PUWE 1B3LA 1B7HA 5I56B 2X7PA 1JW4A 2Z22A 3DELB 4TLMB 3S9MC 3IFAA 5ITPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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