1B9JA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with klk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Peptide binding protein
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b9jA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b9jA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b9jA02
1JVYA 2Z8EA 1ZKBA 4ESWA 1IZ1A 3G3FA 1OVTA 3HCQA 3KG2A 4FE8A 2ANJA 3KOTA 5CC2A 4R2BA 1M5FA 5DVFA 3S9NC 2O7IA 4X1DA 5CMCA 2QL3A 2ONRA 3UN6A 4KFQA 2VGQA 4O3BA 3N26A 3IJXB 4K3FA 2H99A 3D4CA 2DWJA 4F3BA 1GVCA 3Q26A 4DXUA 2F8DA 4YICA 4ELQA 1MM6A 3T9VA 2RKMA 1B52A 3T9UA 1BTJA 3MVXA 5FHNA 4F22A 5HBCA 5H8NB 2ZMBA 4U21A 2RCBA 4DE8A 3OO9A 2I0CA 2NWJA 4LA9A 4XKRA 3R6UA 1B7ZA 3LBSA 3K2DA 1I6QA 5AA2B 4PFTA 3IOTA 5CMBA 4E0XA 4GF8A 1EU8A 4IO5A 4I1DA 4IY5A 3IAZA 1OLAA 2DVCA 1FQCA 2D5WA 1B5HA 3ILUB 5I59B 4RXLA 1DOTA 2A5SA 4R9GA 1FTOA 1H43A 5I59A 2F5XA 1P1OA 3FXRA 4P11A 2O69A 2O84X 1NL5A 3HPIA 1NNPA 3DP4A 2AYSA 5DYHA 3CRBA 4BDOA 3PD9A 1MXZA 4HCWA 3CG1A 2VHAA 1FCKA 2ZYOA 3QXMA 3KJTA 2PYYA 2PT1A 1USYH 4RK9A 3FXQA 1HSLA 2XXIA 5KDTA 4QF9A 5TU0A 2YJPA 3KSXA 4G77A 4MLVA 1BIYA 3OO8A 3W15C 4GFRA 3FVOA 4XKPA 4OTEA 2I0BA 3H6WA 2DVZA 1URDA 4FIMA 3PUYE 3HHGA 1MPCA 1OVBA 3UGWA 1SI1A 2I3WA 2XX7A 1PB8A 5ITOA 3O6GA 2DOJA 2PMSA 2QS4A 4U4XA 3TTKA 1S9TA 4F3PA 1TXFA 1WVJA 1MDQA 4ELPA 4RNSA 4HTGA 3T9XB 5ISUA 1YAEA 4FATA 2XHDA 3M3KA 4POWA 1I6AA 4IGRA 4NF4A 3PUVE 3KEIA 3N6UA 1MPBA 3HV1A 3VLWA 4EQ7A 3OEMA 3IO6A 4OQOA 3PD8A 2DWAA 3H6VA 1FQFA 5AA1A 2B4LA 2Z8DA 4ELOA 1Q35A 2HFBA 2YPNA 1LAHE 2WOLA 3SEUA 4F19A 4KR5A 3O6IA 5L9OA 3ODBA 2ZYKA 4U23A 3MP1A 5A5XB 4YB7A 4OHNA 1A99A 2XD2A 2QS1A 1PDAA 2DYXA 3IR1A 3EQ1A 1SQYA 1UIVA 1PBQA 1Y3PA 2PVUA 4QFKA 3USDA 3N94A 4R74A 3FATA 3WAFA 4OENA 3RGYA 4KYSA 2OWSA 2DWIA 5H8QB 4DXCA 2XXUA 5L9SA 1EH3A 5H8QA 2W7YA 3RNNA 1XVYA 4DIGA 1EZOA 5AA4B 1QUKA 4LVQA 1LGBC 4R2FA 1IEJA 3SDFA 1B40A 4YZZA 1B5IA 2XXXA 3ONMA 2OCUA 3BFTA 4YMAA 1P1NA 5H8FB 3RN8A 1TT1A 3K1NA 3LSFB 3L6HA 4YKIA 3GLBA 4N13A 2XD3A 3RY3A 2HEUA 3U72A 2V3QA 4EQ9A 2ESNA 2V25A 3PUWE 1MDP1 3RTFB 1R1NA 4KCCA 2O1LA 3O6HA 2PT2A 4NF5B 4ECFA 3VXBA 4ND9A 3FJGA 3ZSFA 2QSXA 4NF5A 4AB6A 5I2KB 2F97A 4RYAA 4WXJA 3QK6A 4QHQA 1QUIA 1MY1A 3DP8A 1PEBA 2ZNSA 1SI0A 3FD3A 2Z23A 4OEVA 3ECRA 3K02A 3JV9A 1VFDA 3OD7A 3FTOA 3HSTA 1MY0A 1MXWA 2Q2CA 1GGGA 3KZGA 2HAUA 2RC8A 5IAIA 3VE1B 4QSCA 3IORA 4PFYA 3D4GA 2NOOA 2QMWA 3MZ9A 4QSEA 3DRJA 4FEDA 2ZYMA 3E4RA 1UTHB 1B7HA 1IITA 3LR1A 3TUSA 3K6XA 4IO2A 3VVEA 4G68C 3TQWA 4JBZA 5JK4A 3QUFA 3V83A 1MRPA 5H8HB 5H8SA 1PB7A 2I6EA 3IX1A 4IO6A 5H8HA 1Y1ZA 1QULA 3U92A 1Y4CA 4I62A 3MZBA 4QFPA 4Z0IA 5BWJA 3WAEA 3FJ7A 3TCHA 5CMKA 3IOUA 1B46A 2O1MA 1D9VA 1JEVA 2WKYA 3K6VA 3VVDA 4YKPA 4OERA 4ONYA 4KHZE 2IEEA 1P1QA 4BDRA 2F78A 1YTVA 4OVJA 4NWCA 3IB0A 4X9TA 1MXVA 2XX8A 4OMBA 4THIA 1JNFA 4EF1A 2XXWA 1N76A 3GZGA 1Y9UA 5I57A 4JWXA 1N04A 4GXSB 4G8HA 2G29A 4F31B 3DRHA 2I4CA 4OESA 2Z22A 1LCFA 2O68A 1NNFA 1FW0A 5TPAB 3PPNA 1QW0A 1P1WA 2E1SA 3OXNA 3MVZA 5CMMA 5I2NA 3CI8A 1YCJA 3DM0A 3C4MA 3DRGA 4G8MA 1SYHA 1AOVA 1PBPA 3FV1A 4PFWA 1Z7ME 4NMYA 2LAOA 1II5A 2OJTA 2B3FA 4F2QA 1N0TA 1VFEA 1URSA 1XS5A 1IXIA 3ZKKA 1A40A 4H1XA 3GBAA 2F7CA 4U4SA 1IIWA 3OELA 3K00A 5I56B 1P99A 3K1MA 3CFLA 3KOSA 1NNKA 1IUDA 4BDMA 3RYAA 3MAMA 3OMBA 4JSDA 3O97A 3EPEA 3JZJA 1DMBA 4RK2A 5CBRA 1ZTYA 4ZECA 4C0RA 2Y7PA 3EHTA 5H8NA 1ATGA 4GLIA 1ZU0A 4OFOA 4PE5B 1Q1KA 2UVJA 1O7TA 3OSQA 3SKPA 3VDFA 3T66A 3KBRA 4UA8A 2DXYA 1XHYA 4XKQA 2OZZA 5EYFA 1LFHA 5AA2A 2DXRA 2DE3A 2DWHA 4OFJA 3LSWA 1SDXA 4ESXA 4JDFA 4R72A 1Y4TA 3DP6A 4Q0CA 4GL8A 4HCYA 4LP2B 4RY1A 4EDPA 4MF3A 4WKMA 1XOCA 3LVUA 3KN7A 2OBGA 2REGA 1JW1A 1JW5A 4F18A 4GXAA 1ANFA 4R73A 5DVJA 1AH5A 3S9LC 3GXAA 3FVNA 3TMGA 3TTNA 1ELJA 4JXIA 2X7QA 3H06B 3Q29A 3K6WA 5DTBA 1D3KA 4FJPA 4ZEDA 2WOKA 2V84A 3FASA 2M8CA 2R6GE 5FTHA 1B5JA 2Y7IA 3O28A 2UYEA 2V93A 2B4MA 4HS7A 1GV8A 4ZZEA 4H0WA 1NKXA 2HXWA 1LCTA 3TDJA 4O3AA 3KN8A 4RPNA 3KJ7A 1QKAA 3MJNA 1UTBB 3OO7A 1LAGE 1JETA 3MWBA 1I69A 4ZEIA 4H5FA 4AQ4A 2FA7A 3FGSA 1AL3A 4LONB 2P0SA 1UTBA 3TELA 3M8UA 1Y3NA 5K2YA 1R9LA 3IOWA 1B05A 2CZLA 5EHSA 2ABHA 2D3IA 4GQOA 1NFTA 2ONSA 5IKBA 4JSOA 1MY3A 3LUYA 1Z7NE 3TKDA 1A8FA 5I58B 3SEXA 1SW1A 3H7MA 1MPDA 3F11A 5I58A 2A5TB 4N6PA 2UVGA 3SEVA 1ZJLA 2XXPA 1A55A 3ZS6A 3CSBA 3IOVA 3IB2A 2FNCA 1BKAA 4NF6B 1OMPA 2F7AA 1PB9A 3PPPA 4IGTA 3K1PA 4MBPA 1M5CA 4NF6A 3RTWB 4YU0A 4DLDA 3QYTA 3HHFA 4OZ9A 5A5XA 5JEIA 5F1QA 2I3VA 4X48A 3M3FA 2R71A 4EF2A 3SESA 4U22A 5FHMA 4KI0E 2ZNTA 1Y20A 3KFMA 1MS7A 2OWTA 5AA2D 4UACA 1MQDA 3GBBA 1B4ZA 1B4HA 1OIBA 2HZKA 3FIRA 3TPAA 3H6TA 5FTIA 1HSEA 2HQ0A 4GD5A 1MQHA 5AA4A 1FTMA 1LFGA 3W9VA 3G3JA 3LC8A 5KZTA 2Z8FA 3E3KA 1TFAA 2F7BA 3DRFA 4F1VA 2Y84A 1US5A 4NWDA 2DE4A 5H8FA 1JQFA 2GRVA 2H9BA 1MXUA 5J1DA 2Q8JA 2QS3A 2XXQA 4EQBA 3H03A 1B3LA 2DE2A 1SW5A 5CM6A 2ONKE 3TZAA 3OSRA 2RC7A 1B7UA 3MUQA 3MP6A 2E0SA 1B3HA 1IXGA 3OENA 5AE4A 2F6GA 2QPQA 5I2KA 3I6VA 4IO3A 4OETA 5B70A 4RA1A 3S4UA 3RT8A 1MY4A 3N5LA 1IQ7A 3PV0E 4FEBA 1B9JA 2VD3A 1QJMA 3MC2A 4HW8A 4MH5A 1O63A 4H6DA 4DCXA 3SERA 1USYE 2B3BA 1JEUA 2QMXA 4M4GA 3EN3A 2HAVA 2QS2A 4KYDA 1CE2A 3QAXA 3G3IA 3SEWA 1EZPA 4NTLA 3FVGA 4POXA 4QFOA 1H45A 3OO6A 4OYVA 2REJA 3R26A 1RKMA 1UTHA 4RJZA 3T9HB 3PPRA 4Q30B 3H3GA 4IB2A 4L17A 4ZDMA 3KN3A 1VR5A 3O9PA 1B3FA 3I3VA 4GIZA 2Q2AA 4NF8B 2AL4A 4EUOA 5ITPA 2Q88A 1MM7A 3PPOA 3EF7A 3A3CA 1T0KA 1QKBA 1LAFE 5ICTA 4YMBA 3G3HA 3RT6B 1DTZA 1OQGA 4PP0A 5ELVA 4F1YA 1P1UA 2H25A 3C34A 4IY6A 5HPQA 2GHAA 5CI5A 3C32A 4JWYA 4F2OA 1OQHA 1B0HA 3KGCA 2I58A 2HZLA 4H65A 3FVKA 3MQ9A 3QUJA 1MQGA 2UYFA 4PQJA 5TPAA 3S9MC 4TOZA 2H98A 5TP9B 4OEUA 4BDLA 3SETA 1JVXA 3N6TA 4DXBA 1FQBA 3BKIB 4ZEBA 3T93B 4F1UA 3DLNA 1SW4A 3DRIA 3VV5A 5CBSA 3EHSA 1MXXA 3VVFA 4G4PA 1B1XA 3TTRA 1YPNA 3BFUA 1HSJA 5DVIA 2X7PA 3HN0A 3PPQA 3VLVA 3FV2A 1S7YA 4QSDA 3B6QA 3B6WA 3IB1A 3SEYA 5L8DA 2NVUB 5KCJB 3OEKA 3DRKA 4U2RA 1UQWA 1SYIA 3MP8A 5F7VA 5I56A 5KCJA 4R6HA 3RUMA 1R9QA 1B51A 1BP5A 2GHBA 4I8CA 4Q5TA 4LATA 4LZ5A 3R7XA 4N07A 1M5DA 3QSLA 1NMUA 3MVWA 1DPEA 3UP9A 2QRYA 4OWDA 1R6ZA 3TQLA 4NE4A 2ZYNA 2I4BA 4M1VA 3M3LA 3MZ1A 1DPPA 4TLMB 1N3WA 3FJMA 3T22A 2GH9A 3C31A 1LFIA 3P7IA 1RYXA 4IO7A 3G3KA 3PMVA 2THIA 1XVXA 1H3DA 2DP8A 1ZLQA 3H6UA 3C35A 1FTLA 2XXVA 2UXAA 4KCDA 1AMFA 4ZEFA 4KYEA 1OLCA 2XXYA 4R6KA 4DCYA 1B3EA 3IL1B 3K0VA 1B2HA 1Y1MA 1B0LA 3L6GA 2R9JA 3E13X 1O64A 3PAMA 4WEDA 4F29A 1TFDA 2O51A 3TAJA 3V5AA 3Q28A 1FQAA 2Y7KA 1I6BA 3ZKLA 4C1TA 1MG1A 3DELB 4OXVA 2F34A 1D4NA 5K2XA 4GRKA 4BDQA 2Y7WA 3VXCA 2P1SA 3U93A 2DSFA 2O7UA 5KDTB 1N7XA 4G2ZA 3PMWA 4OFLA 3C33A 1GTKA 3PMXA 3U8QA 3TCGA 3O6PA 3CFZA 1SD3A 2IA4A 1VE4A 1NH7A 3CHGA 1EZ9A 1MY2A 3FXUA 1GR2A 2BJJX 3VFJA 2AL5A 4YAHX 3U94A 3MW0A 1QVSA 2F35A 4R6YA 3W9WA 3MPLA 3K4UA 1MXYA 4DDDA 1LBBA 2NXOA 3CFXA 3JYRA 2ZXTA 3H4ZA 4H67A 3G3GA 1N84A 5DT6A 4X1BA 4XTCQ 4YKJA 3I5OA 4G68B 3TTLA 4LUBA 4H5GA 3PU5A 4NF4B 1LB8A 2A5TA 2P2AA 3EHUA 2AIXA 4G68A 3UA8A 1A8EA 2PX1A 1ZIUA 2VOZA 1LB9A 1AIVA 4XIGQ 1M5BA 1MQIA 3CIJA 4ISUA 4JB7A 5BUUA 4EXKA 1LAXA 2H4IA 1CB6A 3B6TA 2GFEA 1ZBMA 3TFLA 3TCFA 4WEPA 1POTA 1IXCA 1B6HA 4R75A 3FZVA 4KPTA 4RPOA 2XXHA 3ILTB 4GWOA 4LQ5A 3PUXE 4PETA 3Q25A 4BLAA 3UIFA 4G8NA 3RLFE 5ICQA 4I9DA 2XX9A 1UIUA 3PGFA 3OOAA 1B1HA 3TTMA 4YKKA 2V3TA 3CSGA 3V8XB 2OK2A 1FTKA 2I48A 2RINA 2YLNA 3A3UA 3S9EA 4AB5A 4LZ7A 3V89B 1MQJA 1POY1 1Y3QA 4QRZA 4ZZAA 1XC1A 4ZEKA 4Q8RA 1ZMGA 5AA3A 1A7LA 4H8IA 3E9XA 3RQTA 3RYBA 2ZNUA 1SW2A 3IO4A 3LSXA 3THIA 5LOMA 1B3GA 3KSJA 3S2VA 1LSTA 5FHOA 4F39A 1M5EA 3CG3A 5CRYA 1IXHA 1LLSA 4P0GA 2X26A 2UVIA 1FTJA 2HCAA 2O6AA 3PUZE 1URGA 3IJOB 4EXLA 3UORA 3A09A 5L9MA 5JTYB 1F9BA 2OLBA 2FYIA 4FECA 3G7WA 2Q89A 4LQ2A 1H44A 5JTYA 5I84A 2V3UA 1SBPA 5EHMA 1JW4A 4FAJA 4E0WA 4Z7EA 3LSLA 2PBWA 4KQPA 2XXRA 4ZS9A 3C9HA 4GOTA 2DQVA 2CMOA 1XT8A 4ZE9A 4MFIA 3VLUA 3CVGA 1DSNA 1N7WA 1NH8A 3TODA 2QJEA 1NNTA 2KLFA 3MBPA 4GVOA 4R9FA 1N3XA 5B7DA 3MPKA 1B58A 1FQEA 3O29A 1S50A 1TWYA 3U1OA 2B65A 4TQUQ 1D9YA 4NF8A 4XXUA 2D21A 4YB5A 2F36A 3AXFA 4GL0A 5DEXB 3BBRA 1MH4A 4TLLB 1J1NA 4MLQA 2RC9A 4JWOA 5DEXA 4ZE8A 4YB6A 3UK4A 4BDNA 2RF1A 4QFLA 3RPWA 2WOPA 3K01A 1A54A 1MH3A 4KD5A 4PFUA 4ELRA 1BLFA 4LZ8A 2VD2A 1VSOA 1QUJA 3HO7A 4O3CA 5M2VA 4IO4A 4NEDA 2NUVA 5HM4B 2Q9TA 4U1OA 1WODA 2DS9A 3O2AA 2H5YA 4H8JA 2F6PA 5I57B 1FQDA 1LBCA 2RCAA 1RYOA 3TYHA 3FUZA 2XXTA 4P0IA 3T96B 1SVXB 1B32A 3B7DA 2ALUA 3C36A 3Q27A 4F3SA 1US4A 1H76A 5TP9A 4C1UA 2Y7RA 4U1ZA 5I2NB 4DZ1A 4FORA 3TEPA 4XKNA 1PC3A 3IK6B 2G93A 2I49A 1L5TA 3O66A 1KWHA 3K6UA 4F3GA 4QFNA 3MVYA 2UVHA 3QIMA 1WDNA 3CR9A 1DTGA 2VP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JVYA 2Z8EA 1ZKBA 4ESWA 1IZ1A 2OWZA 2WYKA 3G3FA 1NV0A 1OVTA 3HCQA 3KG2A 4FE8A 1FPJA 2ANJA 3KOTA 5CC2A 2R8TA 4R2BA 1M5FA 5DVFA 3S9NC 2O7IA 4X1DA 5CMCA 2QL3A 2ONRA 3UN6A 4KFQA 2VGQA 4O3BA 3N26A 4GX3A 3IJXB 4DI4B 4K3FA 2H99A 3D4CA 2DWJA 4F3BA 5DW8A 4NGUA 1GVCA 3Q26A 3D1RA 4DXUA 2F8DA 4YICA 4ELQA 1MM6A 3T9VA 2RKMA 4MX6A 1B52A 3T9UA 1BTJA 4HE0A 3MVXA 5FHNA 4F22A 5HBCA 5H8NB 2ZMBA 4U21A 2RCBA 4DE8A 1RDYA 3OO9A 2I0CA 2FBPA 2NWJA 4HE2A 1LEVA 4LA9A 4XKRA 3RPLB 3R6UA 1B7ZA 3LBSA 3K2DA 1I6QA 5AA2B 4PFTA 3IOTA 4PFRA 5CMBA 3RPLA 4E0XA 2P3NA 4P1EA 4GF8A 1EU8A 4IO5A 4I1DA 4IY5A 4X04A 3IAZA 1OLAA 2DVCA 1FQCA 2D5WA 1B5HA 4XEQA 3ILUB 5I59B 4RXLA 1DOTA 2A5SA 4R9GA 1FTOA 1H43A 5FBPA 5I59A 2F5XA 4MEVA 1P1OA 3FXRA 4P11A 2O69A 2O84X 1NL5A 1NUZA 1K9ZA 3HPIA 1NNPA 3DP4A 2AYSA 4GBWA 1CNQA 5DYHA 3CRBA 4BDOA 3PD9A 1MXZA 4HCWA 3CG1A 2VHAA 1FCKA 5ET7A 2ZYOA 3QXMA 4PAFA 3KJTA 2PYYA 2PT1A 1USYH 4N15A 4RK9A 3FXBA 3FXQA 1HSLA 2XXIA 5KDTA 4QF9A 5TU0A 4OVQA 2YJPA 4O8MA 3KSXA 4G77A 4MLVA 1BIYA 3OO8A 2ZZWA 3W15C 4GFRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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