1B9JA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with klk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b9jA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b9jA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b9jA02
1QKAA 3QUFA 1TFDA 4OYVA 4P11A 1B1HA 3G3JA 2H25A 3LSWA 2B4MA 5I59B 3V89B 3EN3A 1H44A 3PUZE 4YAHX 1OIBA 4QF9A 2FYIA 4H1XA 5KDTA 3O6PA 5ITOA 1USYH 4R6KA 4LQ5A 4JWYA 3DRJA 3FD3A 1SI1A 2D3IA 3VVDA 1IIWA 4HW8A 4DIGA 3S9EA 1EZOA 2OK2A 3OOAA 4R6YA 2H5YA 1R1NA 2NVUB 1B05A 4R72A 1MH4A 4Q5TA 4Q30B 3MW0A 2UYEA 1WDNA 3MVXA 4EDPA 3K2DA 3Q25A 3ZKKA 4ZEDA 1LBCA 1GTKA 1MS7A 1B46A 5TP9A 2I49A 3IO4A 4KQPA 2LAOA 5DT6A 1FQBA 4LVQA 4JSDA 5ELVA 1P1OA 3OEMA 5JK4A 4H6DA 1MXVA 3O6GA 1QJMA 3DP8A 1SDXA 4GXSB 4MLVA 5DVFA 5H8NA 1WVJA 3MBPA 4QFOA 3V83A 3TDJA 1ZLQA 1B1XA 2HXWA 3QUJA 1NNTA 3H6UA 5H8QA 1MXUA 1NNFA 3W9VA 3B7DA 4YMAA 3K1NA 3OD7A 3T9XB 1I6AA 3O29A 5L9SA 5DVJA 2RCBA 3D4CA 2Y7PA 1O64A 4PFYA 5ICQA 2F7BA 5I57A 4RJZA 4WKMA 4BDLA 5DVIA 4F19A 2RC8A 3LVUA 5I56B 4OQOA 2QS2A 2P1SA 4R6HA 4ZE9A 2OBGA 3FUZA 1NNKA 3SEWA 3TZAA 4GQOA 3CG3A 3K00A 1PB7A 3H4ZA 3QYTA 3V8XB 1B3FA 1SW1A 3E4RA 1DPPA 4PETA 4ZDMA 2G93A 3CR9A 4N07A 1DMBA 4H67A 4X1DA 5A5XB 5I58B 1B58A 4OVJA 1MXWA 3UGWA 1A40A 4ESXA 4O3CA 1D9VA 3HHGA 2ZMBA 3KSXA 3IX1A 4ZE8A 5B70A 5CMKA 1PBQA 1HSEA 1FTKA 4XKPA 5AA1A 4F3PA 4X1BA 2RC9A 3LC8A 5KZTA 4EXKA 1POY1 2F34A 1UTBB 1SVXB 4FEBA 3SDFA 4NF4B 1GR2A 4OENA 4DZ1A 4R2FA 3L6GA 5I59A 5CC2A 4LZ8A 3DM0A 1D3KA 2ONSA 4JBZA 4YKIA 4F2QA 2HZLA 1LAHE 1LBBA 4F3BA 4G8HA 3TFLA 3PD9A 3RNNA 2F36A 3RT6B 4NF8A 3A09A 3U8QA 4YKKA 4ZECA 4POXA 2GHAA 4N13A 3ZKLA 3OSRA 4LZ7A 4WXJA 2ONRA 2V3TA 2HEUA 2P2AA 4N6PA 5I2NB 3HN0A 4IO7A 1FQDA 5TPAA 4NTLA 3U93A 1FW0A 3T9HB 3T96B 3BBRA 2HQ0A 4FECA 4ISUA 4RNSA 1QUIA 2AL5A 5DYHA 3O28A 2O1LA 1B7UA 2H4IA 3GBBA 3I6VA 4U1ZA 4H5FA 3N94A 2DWIA 2QRYA 3IOVA 1BKAA 3TTNA 4F22A 3G3HA 3K6XA 1FTMA 1M5CA 1B40A 4IGTA 2O84X 4NWDA 5J1DA 1LSTA 3T9UA 4BDOA 3OO8A 3HPIA 5AA2A 4BDNA 2DYXA 4ECFA 4R9FA 2FA7A 2D5WA 1QVSA 1N84A 1MPCA 1YTVA 2OJTA 2DVZA 4H8IA 4LUBA 1ATGA 1T0KA 2WKYA 4MLQA 3TTKA 3FJGA 2B4LA 1ELJA 4JWOA 3TEPA 1XC1A 4QFPA 2QMWA 4I9DA 2Q88A 1EH3A 2V93A 1ZJLA 5FTIA 4XXUA 1IUDA 5L9MA 5F1QA 5IAIA 2A5TB 1NH7A 1B3EA 2ONKE 3C4MA 4O3BA 1UTHB 3DRIA 5CBRA 3MQ9A 4PFWA 5DTBA 2ZNTA 1BTJA 3E9XA 5H8FA 5A5XA 1XT8A 4OESA 2X7PA 3MZBA 3I3VA 2HAVA 2UVGA 3FVKA 5AA4A 4G4PA 1N3WA 1JEUA 4EXLA 3OO9A 3RPWA 4PFTA 4NF6B 3CHGA 1N7XA 2H99A 5AE4A 4MFIA 4GIZA 2Y7KA 1BP5A 3MZ1A 1XOCA 2F7AA 2DS9A 4NF4A 2NWJA 5AA3A 4JDFA 4YB5A 3VDFA 3LSLA 4ZEKA 1MDP1 1II5A 1Y20A 1LFGA 1OVBA 4OFJA 2NUVA 3T22A 4EQBA 4JSOA 2P0SA 3DP6A 2DQVA 1A8FA 3C34A 1B3GA 3N5LA 1EZ9A 4YB6A 3USDA 2Q8JA 4X9TA 2ZYNA 1MDQA 3S9MC 1AL3A 4M4GA 3MPLA 4PQJA 1MXYA 1D4NA 4R75A 2IA4A 3VXCA 3E13X 1UIUA 1MPBA 2ZXTA 3H7MA 2HCAA 2REJA 3FXQA 5CI5A 3IOTA 4GWOA 4F2OA 3FVOA 4GOTA 1FTLA 5CM6A 3OO7A 3GLBA 5DEXB 1D9YA 2V25A 3G3IA 1QKBA 3FXUA 5LOMA 1URDA 2ZNSA 4LONB 1LAGE 1S7YA 3VXBA 4GL8A 4OFLA 1P1NA 4OTEA 4UACA 3OSQA 1B52A 2X26A 2NOOA 3TTLA 4QFNA 2VOZA 3OMBA 3S4UA 5I84A 1BIYA 2OWTA 2F78A 3RYAA 5CMCA 4RK9A 3QXMA 2I6EA 4QSEA 4KYSA 4KCCA 5ITPA 3IOUA 3OO6A 4M1VA 2ZYOA 4ELRA 4RXLA 1A54A 3RUMA 4RPNA 2QL3A 3BFUA 2OLBA 3I5OA 3ZS6A 3Q28A 4EF2A 3U1OA 3N26A 2Z8EA 3N6UA 4L17A 4IB2A 2BJJX 3C35A 1MG1A 3IB1A 3ONMA 1A55A 3B6TA 3IJOB 3KN3A 4G8NA 2XX8A 1DSNA 2W7YA 3WAFA 4C1UA 1JEVA 1JW4A 3JV9A 1P1QA 2GFEA 4JB7A 1B5HA 2QS1A 3BKIB 5BUUA 2DP8A 1DOTA 3TAJA 4OETA 4QFKA 3FXRA 2DXRA 4TLMB 4ZEIA 3UK4A 3IORA 1MM6A 1ZTYA 2RCAA 3PGFA 4FORA 1Q1KA 4HCYA 4GXAA 3QIMA 3CSBA 4Z7EA 1PEBA 1B51A 4XIGQ 2DWHA 1I69A 2QPQA 5FHMA 4KI0E 3VE1B 3LR1A 3W9WA 2OCUA 1FQFA 1I6QA 3DRKA 1AIVA 1Y4CA 1H76A 5B7DA 1B3LA 1N7WA 1POTA 2PT2A 3LUYA 2I58A 1B4ZA 1JW1A 4ONYA 3EHUA 1Y1MA 2XHDA 1VSOA 1JNFA 5ICTA 2O7IA 3CVGA 2Z23A 3PPRA 4IY6A 4FIMA 1FTJA 2DE4A 2VD2A 4IY5A 3FZVA 5HM4B 1PB9A 2A5SA 1ZKBA 4C1TA 4G68B 4KD5A 4R74A 3ZSFA 1ZIUA 2PMSA 3S2VA 3PUWE 3ODBA 4NE4A 2V3QA 1FQCA 2VHAA 2PT1A 3RYBA 2UYFA 4H65A 5H8SA 1Z7ME 4Q8RA 3L6HA 1TFAA 4OEVA 3DLNA 2AYSA 5KCJB 3KFMA 2H9BA 1S9TA 1M5BA 4JXIA 4KYDA 3DELB 3FGSA 2Y7RA 2I0CA 3KOTA 3KGCA 1MQIA 2D21A 3MPKA 3H3GA 3R26A 1SD3A 4LP2B 4IO6A 3FV1A 1MY4A 3RN8A 3PMWA 2XXIA 2Q89A 5CMMA 3PUYE 1B9JA 1MXXA 1PB8A 2UVHA 2AL4A 3M8UA 4H0WA 1B0LA 5JEIA 1HSJA 2DE3A 3HO7A 1OQHA 2I3WA 2CZLA 3CFLA 1B0HA 4IO3A 5EYFA 1OMPA 3N6TA 1FCKA 3GXAA 2UVIA 1B3HA 2FNCA 3GBAA 1USYE 4BDRA 3KG2A 3O97A 4KCDA 2O69A 1P1WA 1IEJA 4WEDA 4RY1A 1XS5A 3K1PA 3FASA 1US5A 2I48A 1JETA 2DE2A 2F5XA 1MRPA 2B3FA 3IAZA 1KWHA 4OMBA 4P0IA 3RT8A 3CIJA 1AMFA 2DWAA 2NXOA 1SW2A 3OEKA 4JWXA 3A3CA 4GD5A 4AQ4A 4NMYA 5EHSA 3O6HA 3JYRA 1L5TA 3FV2A 3QK6A 2XD2A 2WOKA 2ABHA 1MPDA 1YAEA 1YCJA 5I56A 1DTGA 3K02A 4R2BA 1J1NA 5TP9B 3O9PA 4ND9A 2F6PA 1UQWA 1P99A 4U23A 1JW5A 3LSXA 2R71A 2QS3A 4DLDA 1NH8A 2B65A 4NWCA 4WEPA 3PD8A 2Q2CA 2XX9A 3K01A 2XXHA 1URGA 1SYIA 3CI8A 1FQAA 4LQ2A 1TXFA 1RYXA 4YMBA 3C36A 3FVNA 1XVXA 1B2HA 3PV0E 3TELA 3IL1B 2XXQA 4NF5B 1B4HA 1MY0A 1RYOA 3KN7A 5I58A 2XXUA 2I3VA 4QRZA 4XKQA 3PMXA 2XXRA 5FHNA 1OLAA 1H43A 4F39A 4OXVA 2F97A 4HTGA 4G68A 3FTOA 3UN6A 2Z8FA 3R6UA 2WOLA 2Q2AA 3M3LA 1UTBA 2I4CA 3T9VA 1MXZA 4LZ5A 1QUJA 4C0RA 5M2VA 1B5IA 2F8DA 5CRYA 1JVXA 2WOPA 2I0BA 1GVCA 4U1OA 3CFZA 3C9HA 1H45A 2IEEA 1N3XA 5KCJA 3PAMA 2RC7A 3JZJA 3UIFA 1RKMA 4TLLB 4YKPA 1JQFA 3VFJA 4K3FA 2VP1A 4G2ZA 3F11A 3O66A 4ELQA 1N0TA 3C31A 1S50A 4FATA 3QSLA 2PVUA 3TCHA 2DSFA 5EHMA 4FEDA 5I2NA 2O1MA 4EUOA 1EZPA 5HPQA 3OELA 1A7LA 1Y3QA 3SEVA 4DDDA 4GF8A 3FJ7A 3FJMA 3K6WA 2E0SA 5IKBA 4I62A 5F7VA 2UVJA 3MUQA 3PU5A 3Q26A 3M3FA 2QMXA 4ZS9A 1MQDA 2XXVA 3AXFA 2OWSA 4IO4A 1R6ZA 1NNPA 3U72A 2HZKA 3HHFA 4HCWA 4LA9A 1M5FA 2YPNA 4OWDA 2VGQA 4NF8B 3SKPA 2I4BA 1M5DA 4F18A 3PMVA 3DRHA 4F1VA 3MZ9A 2XXPA 3MJNA 2Y84A 2XD3A 4P0GA 4FE8A 3A3UA 4YZZA 3KEIA 5JTYB 4YB7A 3CFXA 3EF7A 3MP6A 3EHTA 4FAJA 4XTCQ 3TTMA 5TPAB 1OQGA 2R6GE 4R9GA 2GHBA 3IB0A 3K6VA 1NL5A 1LGBC 3KBRA 2DXYA 5K2XA 1VR5A 1MY1A 2RINA 5K2YA 4MBPA 3G3GA 1WODA 1R9LA 2O7UA 5H8HB 1MQHA 4F1YA 2B3BA 4ELOA 2A5TA 2DOJA 3H06B 4OFOA 1B7ZA 1UTHA 2QS4A 3TCGA 2THIA 3RTFB 3GZGA 3WAEA 4GFRA 3Q29A 4NF5A 1GGGA 1SI0A 4MF3A 4Q0CA 3SERA 3IO6A 2YJPA 2O6AA 2QSXA 4GRKA 3TODA 3PUXE 3K0VA 4YKJA 1QUKA 1F9BA 1P1UA 3VVFA 2KLFA 3DP4A 3K1MA 1LCFA 4DCYA 5AA2B 2F6GA 1Q35A 4NF6A 3TYHA 1QULA 1MM7A 3DRFA 2AIXA 4U4SA 3TTRA 3SETA 2XXYA 5TU0A 1AOVA 2V3UA 3TPAA 1LCTA 2UXAA 4U21A 3V5AA 1LFHA 3IK6B 3IB2A 1GV8A 2F35A 3U94A 4R73A 1IXIA 3VLUA 1OLCA 3O2AA 3OXNA 3EQ1A 4E0XA 3RY3A 1B6HA 4ZEFA 2O51A 4THIA 3H6TA 3PPPA 4G8MA 4U2RA 3TUSA 4H5GA 4I8CA 2X7QA 2ANJA 3CSGA 3MC2A 1VFEA 5H8FB 3LSFB 1MQGA 3ILUB 4PE5B 2OZZA 2O68A 3PPQA 3RGYA 3C32A 1AH5A 1PDAA 5AA4B 2ESNA 2DWJA 3ILTB 3G7WA 2PBWA 1Y3NA 1VFDA 3IOWA 4BLAA 1VE4A 4U4XA 1ZU0A 3EPEA 4KFQA 1PC3A 5DEXA 3MAMA 3U92A 3FVGA 3DRGA 3PUVE 3TQLA 1Z7NE 1TT1A 1ANFA 4PP0A 3O6IA 2VD3A 4RPOA 1FTOA 1TWYA 1OVTA 4XKRA 2XXWA 3UA8A 2Y7IA 3G3KA 3RTWB 1B7HA 1US4A 2XXXA 3H6WA 4HS7A 3KZGA 1LAFE 2ZNUA 2YLNA 3E3KA 2R9JA 1IXGA 4G68C 3KN8A 4DXUA 2ZYMA 4KYEA 3B6WA 4NEDA 1B5JA 5I2KB 4E0WA 5JTYA 4F1UA 4X48A 2F7CA 5CMBA 1ZMGA 4F31B 1I6BA 3S9LC 5FHOA 1NKXA 4KR5A 4ELPA 1SYHA 4TOZA 1NMUA 4POWA 3VV5A 1EU8A 4AB5A 4KHZE 3EHSA 3H03A 3LBSA 1HSLA 4LATA 5H8HA 3CRBA 5HBCA 2HFBA 3ECRA 4ESWA 5KDTB 4EF1A 3VVEA 3KSJA 4QFLA 4AB6A 2XX7A 4KPTA 4PFUA 1SBPA 3W15C 1O63A 1N76A 1IXHA 1R9QA 3B6QA 3K4UA 1Y1ZA 3T93B 4ZEBA 3TCFA 1H3DA 3S9NC 2M8CA 3IR1A 4O3AA 3UORA 4Z0IA 3MVZA 2GRVA 3Q27A 4UA8A 4U22A 4EQ7A 2XXTA 4I1DA 2H98A 1A8EA 3T66A 5AA2D 3C33A 3MP1A 3CG1A 1CE2A 1IQ7A 1BLFA 3FATA 4ZZAA 1MY2A 4F3GA 3PPNA 5H8NB 2RKMA 5L9OA 2REGA 3UP9A 5ISUA 1Y4TA 3P7IA 4F3SA 2Z22A 4OERA 4RA1A 3MWBA 4RYAA 2RF1A 4GVOA 2ALUA 5H8QB 1URSA 3M3KA 1LFIA 4OEUA 1LB8A 2V84A 2Y7WA 3BFTA 1MH3A 1DTZA 1SW5A 3MVYA 3TQWA 1MY3A 4BDMA 2G29A 4QHQA 4XKNA 2PX1A 4YU0A 4RK2A 5I57B 1LAXA 3FIRA 1PBPA 3VLVA 4H8JA 3MVWA 3VLWA 4DE8A 3PPOA 1O7TA 2HAUA 3RLFE 3R7XA 1Y9UA 4IGRA 3QAXA 1JVYA 1NFTA 1SQYA 5BWJA 4G77A 2ZYKA 3TKDA 3TMGA 4QSCA 4EQ9A 1CB6A 4DXCA 3MP8A 3KJTA 4YICA 3HSTA 4DXBA 1N04A 1IZ1A 1B32A 3RQTA 1DPEA 4OHNA 3SEYA 3OENA 3K6UA 4QSDA 4TQUQ 4FJPA 1IXCA 4GLIA 1UIVA 5CBSA 1SW4A 3IJXB 3KJ7A 1QW0A 5L8DA 3SEUA 4F29A 1YPNA 1A99A 3SESA 4GL0A 4DCXA 1MQJA 4MH5A 4OZ9A 4IO5A 1M5EA 4BDQA 2E1SA 3D4GA 1XHYA 2GH9A 3G3FA 3HCQA 3THIA 1FQEA 2QJEA 4ZZEA 1ZBMA 5I2KA 1LB9A 1IITA 2CMOA 4IO2A 3SEXA 3H6VA 2Z8DA 2PYYA 5FTHA 1Y3PA 1XVYA 1LLSA 2DVCA 2Q9TA 3HV1A 3KOSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QKAA 3QUFA 1TFDA 4OYVA 4P11A 1B1HA 3G3JA 2H25A 3LSWA 3MYUA 2B4MA 5I59B 3V89B 3EN3A 1H44A 3PUZE 4YAHX 1OIBA 4QF9A 2FYIA 4H1XA 5KDTA 3O6PA 5ITOA 1USYH 4OVTA 3RPLA 4R6KA 2WBDA 4LQ5A 1FBDA 4JWYA 3DRJA 3FD3A 5FBPA 1SI1A 2D3IA 3VVDA 1IIWA 4HW8A 4DIGA 3S9EA 1EZOA 2OK2A 3OOAA 4GBVA 4R6YA 2H5YA 1R1NA 1DCUA 2NVUB 1B05A 4R72A 1MH4A 4Q5TA 4Q30B 3MW0A 2UYEA 2MKZA 1WDNA 3MVXA 4EDPA 4N81A 3K2DA 3Q25A 2OWZA 3ZKKA 4ZEDA 1LBCA 1GTKA 1MS7A 1B46A 5TP9A 2I49A 3IO4A 2FBPA 4KQPA 2LAOA 5DT6A 1FQBA 4LVQA 4JSDA 5ELVA 1P1OA 3OEMA 5JK4A 4H6DA 4PFIA 1MXVA 3O6GA 1QJMA 4HXVA 3DP8A 3ISPA 2KQZA 1SDXA 4GXSB 4MLVA 5DVFA 5H8NA 1WVJA 3MBPA 4QFOA 3V83A 3TDJA 1ZLQA 1B1XA 4GWXA 2HXWA 3QUJA 1NNTA 3H6UA 5H8QA 1MXUA 1NNFA 3W9VA 3B7DA 4NGUA 4YMAA 3K1NA 3OD7A 3T9XB 1I6AA 3O29A 5L9SA 5DVJA 2RCBA 5IZ3A 3D4CA 2Y7PA 1O64A 4PFYA 5ICQA 2F7BA 5I57A 4RJZA 4WKMA 4BDLA 5DVIA 4F19A 3LUZA 2RC8A 3LVUA 5I56B 4OQOA 2QS2A 5J16A 2P1SA 4R6HA 4ZE9A 2OBGA 3FUZA 1NNKA 3SEWA 3TZAA 4GQOA 3CG3A 2ZZXA 3K00A 2ZZVA 1PB7A 3H4ZA 3ROJA 3QYTA 3V8XB 1B3FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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