1BCOA

Bacteriophage mu transposase core domain
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
303
structure length
295
Chain Sequence
EHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRGAANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGGLEEYVDKHPALAGAYTGPYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the bacteriophage Mu transposase core: a common structural motif for DNA transposition and retroviral integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE
molecule tags Transposase
source organism Enterobacteria phage mu
total genus 84
structure length 295
sequence length 303
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 1bcoA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bcoA01
2LSNA 3V9SA 2FBVA 4CHZA 3MEGA 3NAEA 1Q9YA 4F3OA 4Y1DA 1SL2A 4AHRA 4J2AA 4DU3A 2VG6A 4DQRA 4B9VA 1RT4A 1HQEA 3E01A 5SZTA 1O1WA 3KK1A 5C25A 4FJKA 3OYGA 3M8RA 4CHQA 3AA2A 2GBZA 3QINA 4I2QA 1RCHA 3LWLA 1UWBA 3SQ4A 3MXIA 4DTOA 4OVLA 4ZTFA 2KZMA 4W5OA 5J2MA 3V9UA 3VQ7A 4CFCA 4DFMA 1GOCA 3D0PA 4E0DA 3V9ZA 1XC9A 1RDDA 4ID1A 3LALA 4CEZA 3NF7A 3CG7A 4OGEA 1BIZA 3QEXA 1KTQA 3LDSA 1L3SA 1BI4A 2E6LA 4IDKA 4MQ3A 3MXMA 3SJJA 1KVBA 3DLRA 3KLGA 4FLXA 4KHNA 4DSJA 1LW2A 2VG5A 2G8FA 1BL3A 5HBMA 3WNEA 2OZSA 4KHQA 4QCLA 3ULDA 4CIEA 2YHBA 4WE1A 3KLEA 2OYQA 4KO0A 3K59A 5HRSA 3KD1E 1CLQA 4CGIA 3HM9A 4RW6A 4B9TA 1RT2A 1KRPA 4DFKA 1NOYA 4E1NA 5EU7A 3KLHA 1JLFA 3OS1A 3DOKA 2QKKA 4CEEA 2F8SA 3DLGA 1J53A 4CECA 3OYHA 3VN5A 3VQCA 5SWMA 1BCMA 3AVMA 4LSNA 1NK9A 2OA8A 4B8CA 3LP3A 4C8MA 3DRPA 3HVRA 1CZBA 1ZBUA 4PA1A 5HROA 2Z1GA 3SI6A 1WSFA 2PYLA 1VSEA 1A5VA 3BGRA 4FJ5A 3QEWA 1N5YA 4DSLA 3CFPA 1TL3A 4ICLA 2XY8A 3HPOA 1HYVA 4KKOA 1YT3A 4N47A 2XY6A 3NCIA 4F3TA 4DMNA 4CIFA 2P51A 3SUNA 4M42A 3DLEA 1WAFA 3VQ5A 4CK2A 1RTIA 3HPGA 1K6YA 4CERA 2P1JA 3TR8A 2HHXA 3QLHA 1GOBA 1QS4A 3AVNA 1I3AA 4NCGA 5CYMA 4CJKA 4BACA 3TWHA 3VQQA 1XHZA 2DFHA 1S5JA 4IFYA 4FLVA 4E3SA 4GMJB 4E7LA 2DFFA 1S9EA 5KRTA 3AA3A 3NGZA 1D9DA 1VSJA 1VRTA 4CJ4A 1TKXA 3OS2A 3NHGA 4DFPA 4CCHA 4KAZA 3TARA 4KI6A 4KHUA 4KV8A 2B6AA 1A5WA 4CF8A 3MECA 2D0BA 1B92A 1QSLA 3UIQA 4TSXA 3O3HA 3ALYA 3VQBA 3OYCA 4CHPA 1QTMA 3QEVA 1BQNA 2XY7A 4Z4EA 1W0HA 3AA4A 3KKSA 4DQPA 4KB0A 4LY7A 4FYDA 2WONA 3F9KA 4AHSA 1Z25A 3O4NA 2IGIA 3T3FA 1TK5A 3DMJA 2D5RA 2YNFA 4Z0UA 4B9NA 4B8AB 4DS4A 1T03A 4LH4A 3PO5A 4ELVA 1WAJA 4DSIA 1HNVA 4EP5A 4CFAA 3RR7A 1BISA 3NFAA 1TKZA 2WOMA 3L3VA 3U3YA 3BDPA 2VWJA 1DLOA 4DWIA 1QQCA 4B08A 3IAYA 4DTXA 2YNIA 3OJSA 3S3NA 3AO1A 4O5BA 3V1OA 4I9LA 1UA0A 4BWMA 1F21A 4NYFA 1TAUA 2HNDA 3P1GA 1SL0A 1QSSA 1U4BA 4CGHA 2F8TA 1HMVA 3EYZA 3HT3A 3HJFA 3TABA 1KLNA 3OYKA 4FLYA 2BE2A 1SKWA 1QSYA 2HHUA 3O4QA 4CHNA 3AA5X 1BGXT 1RBRA 5J2PA 4W5TA 3CFRA 1C0UA 2IOCA 2HNYA 4LSLA 3VQPA 3VQEA 4DG1A 4CJRA 3WNHA 1S1UA 2IS3A 2YKMA 3L2QA 4HTUA 4J2BA 3K58A 1WSHA 3I8DA 1L5UA 3VQ4A 3SUQA 1D9FA 1JLGA 4PUOA 4EZ6A 3LAKA 5K14A 1S6QA 4N5SA 3DM2A 2XRIA 4FJ8A 1XI1A 4Z4HA 4M3YA 1JL1A 1FXXA 3KLFA 3P83D 4BE0A 4AHTA 2HHTA 1B9DA 1Z26A 4BWJA 5FDLA 3KD5E 4OJRA 3L2RA 1HNIA 5DK5A 4CFBA 1FK9A 1CZ9A 1NK4A 4Z4IA 3ZSWA 4F4KA 1MU2A 3V9XA 3S9HA 4PWDA 3RTVA 1NK5A 1NKEA 3DYAA 3V9WA 4O4GA 5CZ2A 4CJSA 4E7KA 4FJHA 3RMDA 4FCYA 3ITHA 4LH5A 3RRGA 2FBYA 3DLKA 3M8PA 5KRSA 4CJTA 3PV8A 3T1AA 3SCXA 1X1PA 1RBUA 4J2EA 4AH9A 4W5QA 3OY9A 4BDYA 2HHWA 2KQ2A 3TAQA 2YV0X 3QEPA 3CM6A 3RWUA 1C0MA 3VA0A 1C1CA 3NGYA 3CYMA 3D45A 1LAVA 1Y97A 4DF8A 4RW8A 3V1QA 4KB1A 4CK1A 3K5OA 3QIPA 1JL2A 3SPYA 4NYNA 3RMCA 3CQ8A 2DFEA 1RNHA 1UOCA 2ZQBA 3LPTA 2ETJA 5C24A 3CM5A 3ZT4A 4EP4A 4E7IA 5JS1A 4HUFA 3VQAA 4Q0BA 3ZCMA 2OPQA 4W5RA 1JLQA 3QNNA 4XIUA 3L2VA 1TKTA 4JS5A 4FLZA 4DTRA 3K2PA 4ZHRA 3OYMA 1U48A 1ZBHA 4HVJA 3SQ1A 3KJVA 4HUEA 4F8RA 4OLAA 3THVA 1NK8A 1J5OA 5CZ1A 3AVAA 1FKOA 3SYZA 2A1SA 4DTMA 3IRXA 1ASWA 4DTUA 4OLBA 1TL1A 1YTUA 2FBXA 5KGWA 2B4JA 3LP1A 3RRHA 3V81A 3DLBA 2P5GA 2KW4A 4F2SA 4M3ZA 1LW0A 1TAQA 1S9GA 4EZ9A 3QESA 2XY5A 3SQ2A 1R0AA 1KSPA 4CGDA 3OYJA 4KTQA 3A2FA 1BCOA 1WN7A 1ZBLA 3ZSVA 4B9MA 4FJGA 4RW9A 1EX4A 4H4OA 1LWFA 3SV3A 3HP9A 3DRSA 4KTZA 4DTSA 1VK0A 1YTAA 4DTJA 1U45A 1X9WA 2IAJA 4CGFA 3IS9A 1VSHA 1ZBFA 2FC0A 4CJFA 2YNHA 3OYEA 1CXUA 1HYZA 3TAPA 3B6OA 4OGCA 4F2RA 2G8HA 3SPZA 4M3XA 2HMIA 1Q8IA 1KVCA 1HJRA 4CF1A 3HP6A 3QETA 4AHVA 2A1RA 3VQ9A 1L3UA 4BDPA 4FJNA 4Z4FA 1RT7A 1GOAA 3AO4A 3C94A 3OYBA 2HVIA 3AVJA 5J1EA 3PY8A 4B9SA 4JLHA 4FM1A 4FLUA 3MEEA 3ASMA 4CF2A 3PX6A 2RN2A 1UA1A 4E7HA 2Z1IA 2X6NA 4FLWA 3OYNA 1NOZA 4DLGA 3AVLA 3RMAA 4KFBA 5HRPA 4FJJA 3EY1A 3L8BA 1LAWA 1JKHA 1RTDA 3MXJA 5CYQA 3M8SA 5FRNA 1VSLA 4M3WA 4CJUA 2HHVA 4IG0A 1ASUA 4ELUA 1DTQA 1RT1A 3SQ0A 3B6PA 3JSMA 2OPSA 4OKJA 4NCAA 3L2UA 2QXFA 1FKPA 1EP4A 3KLIA 4DSFA 3C6TA 4OPKA 4I2PA 3TAGA 5HP1A 4CJLA 1JXEA 3OYAA 3LAMA 1IH7A 3K57A 4CEBA 1C0TA 2PYJA 2RKIA 2X74A 2E6MA 1RDAA 2BANA 3ZSZA 4B9LA 3G0ZA 4H4MA 4J2DA 3U6FA 3V6DA 4Z4GA 5J2QA 4FZXC 2YKNA 5HRNA 1TKDA 2X6SA 4FW1A 3NH2A 1BQMA 4ZTJA 4FLTA 1EXQA 4FVMA 1D8YA 5FROA 4E89A 5C42A 3CFOA 1X9SA 2P5OA 4FZYA 4FJ9A 3NDKA 3LP2A 4AHCA 5I3UA 1RBVA 3RR8A 4FK4A 3OYLA 1RT3A 3AO2A 4KRFA 3AVBA 1EETA 3KIOA 1L3TA 1JXBA 1ZBIA 1ITGA 4AHUA 2G8UA 2HHQA 2O4IA 3EZ5A 5FRMA 4W5NA 2FBTA 4FJIA 4CIGA 2OPPA 3VQDA 3V4IA 3G10A 4IBNA 4O44A 3WNFA 4CK3A 4UQGA 3P5JA 4L8RB 1VSFA 1J54A 1G15A 2ATQA 1S6PA 1KFDA 4RG8A 4CJQA 1S1TA 4KREA 4I9QA 4OKEA 1RTHA 1VSKA 1C1AA 2GV9A 3C95A 3TAMA 5KI6A 3TAFA 3QNOA 4M3UA 1SL1A 4GVMA 3OYDA 2XO7A 4Y1CA 1WSGA 2EHGA 3NH0A 1CXQA 4ELTA 1JLAA 3LWMA 1KVAA 3QO9A 1TK8A 2KFZA 3DRRA 1JLBA 4OPJA 2Y1IA 3HL8A 5JS2A 1SKRA 3HO1A 2DY4A 1NK0A 4CF9A 4DSEA 5KTQA 4FJ7A 2VWKA 1YVUA 4DQIA 3LZJA 1I39A 2OPRA 3C6UA 4KHWA 4CJWA 2PZSA 4CJ5A 3HSTB 1WSEA 5KGXA 3L2WA 4BDZA 3OJUA 3S3OA 3S3MA 4KHYA 3H08A 3DOLA 1LWCA 1QHTA 1NJWA 4JS4A 3TANA 4Z4CA 3HPHA 4ID5A 3NH1A 3AVHA 1L3VA 2F96A 4H8KA 3F73A 1RT6A 1LV5A 3DI6A 4KHSA 2JGUA 1T7PA 4DTPA 3SNNA 4FZZA 4QOZB 4I7FA 3AO3A 3AVKA 3KK2A 4RW7A 4CEOA 3O3FA 3TI0A 4M45A 1NJXA 1N6QA 1D5AA 3O3GA 3PO4A 2B5JA 4JRPA 3HYFA 4YNQA 3JYTA 4FJXA 1IKVA 4PY5A 1XWLA 1U04A 2VG7A 4Q5VA 3PUFA 4CF0A 1IKXA 3TAEA 2XHBA 1TK0A 1EKEA 4O0JA 2HW3A 3ZT0A 1ZYQA 1DTTA 3ZSYA 1BIUA 3KTQA 1WLJA 4IG3A 3NGIA 2YNGA 3AVFA 3SV4A 2O4GA 5I42A 2Z1JA 4FM0A 4KPYA 2HHSA 2HB5A 2NUBA 1NKCA 1WSJA 4DU1A 1XHXA 3K5NA 4FK2A 1U47A 1C1BA 5E41A 4N76A 1JLCA 4CJPA 1SUQA 1RBTA 1WSIA 4CGGA 3SUPA 4M3TA 3ZSOA 1A5XA 3U3GA 4K8ZA 1RILA 4HHTA 4CEFA 4O0IA 3QERA 2KZZA 4G1QA 3ZSXA 4CESA 3NF6A 1JLEA 1UAXA 2ZE2A 4K8XA 4CHOA 1KFSA 1LWEA 1NK6A 4RW4A 5CY4A 3K5LA 4KTWA 3NE6A 2D0CA 3VQ8A 3ZSRA 2ZD1A 2JLEA 2G8VA 3AO5A 2HVHA 3ZT3A 4JRQA 3HK2A 3AV9A 4BE1A 2BDPA 2D0AA 4FK0A 3SUOA 2IC3A 2OZMA 4C8LA 2RPIA 4AILC 4IKFA 3VQ6A 1NJYA 4CJEA 4O55A 4FXDA 2IDOA 1IO2A 4B9UA 2KFNA 2G8WA 3LANA 3OVNA 3K5MA 2PY5A 1T8EA 4FW2A 4CJVA 3VA3A 4DFJA 2BGGA 1VSDA 3PX0A 5D3GA 1HPZA 4QAGA 4C8KA 3LPUA 4DTNA 1RBSA 1NJZA 1S1VA 2X78A 4HUGA 4DLEA 4M41A 2DTUA 4E1MA 4DSKA 2I5JA 4CGJA 4E19A 3ZSQA 1B9FA 4FM2A 1IG9A 2W42A 1C6VA 4BE2A 3I0SA 3ZT1A 3WNGA 3HXMA 3NF9A 4DU4A 1TGOA 1VSMA 3PX4A 1NK7A 1RDCA 2AJQA 4C8OA 1RT5A 2Z1HA 1ASVA 1NKBA 5HLFA 4DS5A 1S1WA 4KI4A 3LZIA 1BHLA 1VSIA 4CFDA 1T05A 3L3UA 2ITGA 1TV6A 1HYSA 4DQSA 3AVCA 2RF2A 4CEAA 1SV5A 4CEDA 3AVGA 3M8QA 3OYIA 1S1XA 3NF8A 4N56A 4OKKA 3KK3A 2QK9A 4CEQA 2GUIA 4LD0A 1KCFA 1Q9XA 2Q3SA 4HCCA 3LP0A 4FJLA 2QKBA 1J9AA 4M3RA 1IKYA 2EX3A 4PQUA 3QEIA 4DF4A 3IG1A 3ISNC 3HVTA 2YHAA 3MAQA 2HNZA 4MFBA 4B3OA 3ZT2A 3RMBA 2KTQA 4E7JA 3AVIA 1WNSA 4DQQA 3OS0A 1REVA 4CE9A 3SZ2A 3DLHA 5DMRA 1VRUA 1HQUA 3T19A 2G8KA 4FJMA 1BI4B 1W9HA 1HRHA 3QIOA 3V1RA 1RDBA 4R5PA 1X9MA 4C8NA 3MEDA 5J2NA 4CJ3A 1U49A 1RTJA 4IFVA 1SKSA 4N41A 3OYFA 1TVRA 4GW6A 2E4LA 1IKWA 3KKRA 5T7BA 2R7YA 3FFIA 4HCBA 4NCBA 1KLMA 1QE1A 4YFUA 3I0RA 2Y1JA 5HRRA 4CHYA 3NBPA 2G8IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QVGS 5LJ5e 1G3SA 2FBVA 5JVGL 4A5BA 2PUOB 3CCET 4Y1DA 2A7YA 2EKHA 1SL2A 2L5QA 1KC8C 4ZGDB 1Z6RA 1VQ6T 3HTVA 1KD1C 2YSQA 4FPAA 4DU3A 2YI1A 4B9VA 2VVKA 1HQEA 4RTXA 2F1LA 4CHQA 3H8ZA 4PK4A 4BRMA 1V4TA 3LWLA 1HK9A 4ZTFA 4DTOA 5L8RE 2IIRA 4B3TK 2RHKA 4DFMA 2R5AA 2YHWA 3THKA 3D0PA 1KFZA 3V9ZA 5GMKj 5AQJA 5E84A 3LALA 3QFUA 4N0AA 5AQKA 2YHXA 1VQNA 1KTQA 1L3SA 3M0QA 1BI4A 2MYSA 3EKUA 3CXCA 2O8DA 3SJJA 3CD6Q 3DLRA 1K8KA 3KLGA 4KHNA 3CCSA 2VG5A 1IRXA 5KQDA 4FWKA 1NMNA 4AMCA 5AQTA 2Q1NA 4JLIA 1XUPO 2RHYA 3LDPA 1CLQA 1Q81O 3CEYA 1UFFA 3CJ9A 1KRPA 3UPUA 1N8RR 4E1NA 5M1KA 1JLFA 1NGFA 3I55A 4N4IA 3OS1A 5JICA 2F8SA 4H5NA 1J53A 3KWGA 4ZGJB 4A63B 3LP3A 1PNJA 3VF6A 1CZBA 4PA1A 5GAMe 1QZ5A 1YJNA 1ZUUA 3JCMV 3VGMA 1OOTA 1TL3A 5KYXB 3Q7BA 1YBYA 3NVKA 3VTHA 1HD3A 1Q86O 4GNIA 4N47A 3T69A 2V1RA 5AQPA 4AG2C 4A54A 4FSXA 2NLUA 3I56N 1AD5A 1ZQ1A 2EYQA 5HY6A 1NM7A 1WAFA 3KVGA 3CCUT 2AKKA 2DXUA 3CCLN 4B1WB 4CI6A 4CERA 1NYFA 1GOBA 3AVNA 5IHKA 1YP5A 5KCHA 2LNVA 4NS5A 4CJKA 5FPDA 1Q81U 2V7ZA 2DFHA 3TWHA 1QQNA 1XHZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1HYS A;  4DQS A;  3AVC A;  2RF2 A;  4CEA A;  1SV5 A;  4CED A;  3AVG A;  3M8Q A;  3OYI A;  1S1X A;  3NF8 A;  4N56 A;  4OKK A;  3KK3 A;  2QK9 A;  4CEQ A;  2GUI A;  4LD0 A;  1KCF A;  1Q9X A;  2Q3S A;  4HCC A;  3LP0 A;  4FJL A;  2QKB A;  1J9A A;  4M3R A;  1IKY A;  2EX3 A;  4PQU A;  3QEI A;  4DF4 A;  3IG1 A;  3ISN C;  3HVT A;  2YHA A;  3MAQ A;  2HNZ A;  4MFB A;  4B3O A;  3ZT2 A;  3RMB A;  2KTQ A;  4E7J A;  3AVI A;  1WNS A;  4DQQ A;  3OS0 A;  1REV A;  4CE9 A;  3SZ2 A;  3DLH A;  5DMR A;  1VRU A;  1HQU A;  3T19 A;  2G8K A;  4FJM A;  1BI4 B;  1W9H A;  1HRH A;  3QIO A;  3V1R A;  1RDB A;  4R5P A;  1X9M A;  4C8N A;  3MED A;  5J2N A;  4CJ3 A;  1U49 A;  1RTJ A;  4IFV A;  1SKS A;  4N41 A;  3OYF A;  1TVR A;  4GW6 A;  2E4L A;  1IKW A;  3KKR A;  5T7B A;  2R7Y A;  3FFI A;  4HCB A;  4NCB A;  1KLM A;  1QE1 A;  4YFU A;  3I0R A;  2Y1J A;  5HRR A;  4CHY A;  3NBP A;  2G8I A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1QZ5 A;  1YJN A;  1ZUU A;  3JCM V;  3VGM A;  1OOT A;  1TL3 A;  5KYX B;  3Q7B A;  1YBY A;  3NVK A;  3VTH A;  1HD3 A;  1Q86 O;  4GNI A;  4N47 A;  3T69 A;  2V1R A;  5AQP A;  4AG2 C;  4A54 A;  4FSX A;  2NLU A;  3I56 N;  1AD5 A;  1ZQ1 A;  2EYQ A;  5HY6 A;  1NM7 A;  1WAF A;  3KVG A;  3CCU T;  2AKK A;  2DXU A;  3CCL N;  4B1W B;  4CI6 A;  4CER A;  1NYF A;  1GOB A;  3AVN A;  5IHK A;  1YP5 A;  5KCH A;  2LNV A;  4NS5 A;  4CJK A;  5FPD A;  1Q81 U;  2V7Z A;  2DFH A;  3TWH A;  1QQN A;  1XHZ A;  2J6O A;  2E20 A;  4IFY A;  3WEE A;  5J3B A;  3LW5 E;  4GMJ B;  1KSW A;  1H3H A;  1OX8 A;  4C5G A;  2DPP B;  5KE2 A;  4KAZ A;  3OS2 A;  1WHH A;  3TAR A;  4KHU A;  3QO3 A;  4KUI A;  2RJF A;  1A5W A;  4CF8 A;  3MEC A;  2EKO A;  3GPL A;  1B92 A;  1NPP A;  1KC8 O;  2O8E B;  1KD1 O;  3ALY A;  2DEQ A;  3CC4 A;  4BRE A;  4Z4E A;  2KY9 A;  3KKS A;  2LNH B;  1SRL A;  1WXU A;  1M8M A;  2R58 A;  4J6Y A;  3A8Y A;  4A4G A;  2QGG A;  4RTV A;  3CC2 Q;  5AYF A;  3O4N A;  2X4J A;  3T3F A;  5IXB A;  4H5V A;  3C12 A;  2CGK A;  3BUZ B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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