1BHLA

Cacodylated catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
total genus 43
structure length 133
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bhlA00
4CJTA 5HBMA 4CK3A 4HTUA 3KLHA 3QEXA 4OPKA 4TSXA 3SV3A 4O55A 4HCBA 2RN2A 5C24A 1ITGA 4Y1CA 4FW1A 2W42A 2G8IA 1J54A 4OLAA 3NFAA 1DTTA 3F73A 4CF2A 4EZ9A 4OVLA 1L3UA 1JLQA 1Q8IA 1Q9XA 3AA4A 2Y1IA 3SUQA 2HB5A 4OKKA 1G15A 3OJSA 1MU2A 4N56A 3OYCA 4O0IA 3QEVA 2HVIA 2RKIA 3KKRA 4CERA 3RMDA 3CFOA 3ZT4A 4CHYA 5HROA 3OYAA 1Z25A 2BE2A 3TWHA 2HHWA 1IKXA 4ELTA 1TK8A 1R0AA 3DMJA 4B9LA 1JXBA 1CXUA 2HNZA 4M3ZA 3VQQA 1TL3A 4BE0A 1VSFA 3L3UA 4CJPA 3ZSQA 1EETA 1HJRA 1RT7A 2FBYA 4MFBA 4H8KA 3K5NA 4E7KA 3PV8A 1XC9A 4WE1A 1QQCA 5KTQA 2A1RA 3IG1A 1NK5A 3KJVA 4BACA 1NOYA 1UAXA 3NE6A 3SQ2A 1FKOA 4M3YA 3HXMA 1GOBA 5J2PA 4C8NA 4I2PA 1NK8A 4AHUA 1Q9YA 4DSIA 2JGUA 2X6SA 3NHGA 4C8MA 5I42A 1Z26A 3QEWA 5KGXA 4DFJA 1S9GA 4FJ9A 2BGGA 4CIFA 1C1BA 3SUNA 1C0TA 1UA1A 3S9HA 4E7LA 3DI6A 5JS2A 1KFSA 1JLGA 3C95A 4KB1A 1S1WA 3HPGA 1VSMA 4M45A 3KD5E 3HP9A 3AO2A 3NF8A 4FLWA 4I9QA 1JL2A 4H4MA 1DTQA 4CF0A 1VRUA 4CGDA 1RT4A 4CGFA 1L3SA 4E89A 4W5NA 3CM5A 3KKSA 4CGGA 3OYGA 4FYDA 2QKBA 4CE9A 3T19A 1U04A 1WSHA 3VQEA 4DU1A 3HL8A 1N6QA 3AO4A 4CEDA 3ZSZA 1NJXA 4CFDA 1QSYA 3V81A 2P5GA 3TAFA 4CGHA 5J2NA 1KVCA 1HPZA 4JS4A 4CHZA 4DG1A 2B4JA 3ZT3A 4DQQA 2FBXA 3OVNA 3OYDA 4KB0A 3AVAA 4CHOA 3NF7A 4OKEA 4FJ8A 3OS1A 3EZ5A 4FJ7A 1BGXT 3C94A 1KCFA 1RTHA 1JLAA 4DTMA 1S9EA 2KQ2A 3AA5X 3F9KA 3TR8A 4DLEA 3TI0A 4E19A 2X74A 4C8KA 4DSLA 2YKNA 4RW7A 3AVCA 4IG0A 2OPPA 1XHZA 5J1EA 3HSTB 3OYBA 1TKTA 3RMAA 4Z4FA 4JS5A 1ZBIA 1TV6A 5CYQA 2YV0X 2WONA 3SQ1A 3LDSA 3HVTA 3O4NA 1IKVA 4FLXA 4QOZB 3AVBA 1BI4A 1UA0A 4KHSA 4B9MA 3TAGA 3OYLA 3TAMA 3V1RA 3EYZA 4HVJA 3AVIA 2DTUA 3RRHA 3DRSA 2OZSA 4CJVA 1L5UA 1KVAA 3PX4A 1NKEA 3ALYA 3AA2A 4Z4IA 4Z0UA 3CM6A 1RDBA 3IS9A 3MEDA 4H4OA 4OGEA 3QLHA 1B92A 3QIOA 3TANA 2F96A 3AO1A 1U45A 3RMBA 3DRRA 3L2WA 4ICLA 2QKKA 3LP2A 4FM2A 3MXMA 4DU4A 4FW2A 2P1JA 3NH0A 2ITGA 1GOAA 2OPQA 2IDOA 3VQ6A 3HM9A 3K57A 4YNQA 4FM1A 3V9ZA 3HK2A 3VN5A 4PQUA 4EP4A 3DLHA 4KHWA 3OS0A 4ZTFA 3V9UA 4FLZA 3CFPA 1VSEA 3TAPA 4R5PA 3ZT0A 3VQAA 3V6DA 4DWIA 4FK0A 3ZSRA 2YKMA 2XY5A 2Z1JA 3T1AA 1EXQA 4JRPA 3DYAA 3OJUA 4E3SA 1I3AA 4PWDA 1XWLA 4CCHA 2E6MA 3M8QA 1HNIA 1U49A 4DLGA 1LV5A 1SUQA 2HHTA 1W0HA 5HRPA 4ZTJA 3TARA 1KSPA 2YHAA 3CFRA 1D9DA 4CF8A 1A5VA 4CK2A 4J2EA 4M41A 1D5AA 4C8OA 4N76A 2OPSA 4Z4HA 3QERA 3CG7A 3LP1A 4DMNA 1JL1A 3ZSVA 5SZTA 1D8YA 4O5BA 1KLMA 2KW4A 1D9FA 2F8SA 3DOKA 2G8FA 4Q5VA 4AHRA 2RF2A 4CHNA 1WLJA 3NF9A 4ID1A 4IFYA 1J9AA 1LAWA 4M3WA 1NOZA 3K5OA 2BDPA 4KPYA 2BANA 1IKWA 4PA1A 4KI4A 2Q3SA 4FZXC 3JSMA 2E6LA 4DTNA 1SKRA 3RRGA 3PX6A 5DK5A 3U6FA 1QS4A 2R7YA 1KFDA 2LSNA 4E0DA 3CQ8A 4FXDA 3SQ4A 3PUFA 4FJMA 1QHTA 1KLNA 2FBTA 1J53A 3SYZA 3HPHA 3LZIA 3SV4A 3WNGA 4I9LA 2ETJA 1NKBA 3OS2A 3AVMA 1JXEA 3ZSYA 2DFFA 4J2AA 1IKYA 4KRFA 3VA0A 1LWFA 2RPIA 2QK9A 3MAQA 4FJKA 2GUIA 3LAMA 3DRPA 1L3TA 3V9SA 4KHUA 2PZSA 2YNFA 4G1QA 1TAUA 3KIOA 3ZCMA 4IBNA 3SJJA 3HP6A 3NBPA 4FVMA 3NGZA 1N5YA 5J2QA 4BDPA 2FC0A 1VRTA 4FZYA 1QE1A 4QAGA 4LH4A 4XIUA 4B08A 1CZ9A 3QIPA 3DLGA 5CZ2A 1GOCA 2B6AA 3K5MA 1X9MA 4B9SA 1HQEA 5FRNA 1YVUA 1JLEA 4CFBA 4CEZA 1EX4A 1RNHA 1RT1A 3HVRA 4DTRA 1NJYA 1S5JA 3VA3A 2F8TA 3SZ2A 1CZBA 1BCMA 3V1OA 3D45A 4BWMA 4DF4A 1IG9A 4LH5A 5C42A 1BQMA 1VSIA 3L3VA 4M3TA 2Z1HA 3AVLA 1A5WA 1NK9A 4HUEA 3AVFA 1L3VA 2VG6A 1X9WA 3AA3A 4B8CA 1U47A 3KK2A 5EU7A 3KD1E 4FCYA 4F2SA 4FM0A 2PYJA 4FJJA 2DY4A 1ZYQA 3BDPA 4CJKA 4N41A 4KI6A 1BQNA 4IG3A 3K58A 2A1SA 4CGJA 2P51A 1S1XA 3HO1A 2O4IA 1WSIA 2NUBA 3LALA 4KV8A 3VQ7A 2HNDA 2FBVA 4JLHA 3ZT2A 4DQIA 4BDYA 1BHLA 2YNIA 4IDKA 1BIUA 3V9WA 1X9SA 4NCBA 4CFCA 4GMJB 3HPOA 4KHYA 4DS5A 5CY4A 4KHQA 2WOMA 4DSJA 1JLCA 1DLOA 3DM2A 1BL3A 2IOCA 4RW9A 4CK1A 3M8SA 1JKHA 4CECA 2HW3A 4F3OA 1RDDA 1NK0A 2P5OA 1CXQA 4F2RA 4FK4A 3VQ8A 3BGRA 4CJUA 2ZQBA 1C6VA 1RT3A 1ASVA 1RTIA 4N47A 3OYHA 5SWMA 4DTJA 4OLBA 5JS1A 4O44A 1NJWA 1REVA 1T03A 2G8UA 3HYFA 1ZBFA 3OYNA 1SL1A 1JLFA 3M8RA 4B9NA 3RR8A 3QEIA 2I5JA 2G8WA 4CJRA 3KK3A 4LD0A 4Y1DA 4CEFA 2JLEA 3RMCA 4FLYA 4FJNA 2ZD1A 4AILC 1TVRA 3TAEA 2HVHA 2OA8A 1LWEA 1RT6A 4FJHA 1RTDA 2D0CA 4DTSA 3ISNC 2GBZA 1VSLA 2Y1JA 1LAVA 3NCIA 1TKXA 3ITHA 4E7HA 4DTOA 3ASMA 2O4GA 5HLFA 2YNHA 5FRMA 3WNFA 4B9VA 1VK0A 4NYNA 1I39A 1LW2A 3QNOA 3LP0A 1RDAA 4DQSA 4KTZA 3SUPA 4NYFA 4DFPA 4LY7A 4NCAA 3O3HA 4DTUA 3AO5A 4FK2A 2ZE2A 2AJQA 1T05A 4BWJA 1IO2A 3A2FA 5HRNA 4J2BA 2EX3A 1BCOA 2HHUA 1UWBA 3O3FA 3TABA 3NGIA 3G10A 2PY5A 1ZBHA 1RBSA 1SL2A 2B5JA 4HUGA 5FDLA 4W5QA 3HT3A 1NK6A 3CYMA 4CFAA 2IS3A 4BE1A 3L2QA 4F4KA 3KLFA 1BI4B 4UQGA 4CEOA 4DQRA 1HNVA 2GV9A 4KAZA 4CJWA 5HP1A 3O4QA 3LWLA 2X78A 1TAQA 1W9HA 4HCCA 2IGIA 3OYEA 2Z1IA 1S6PA 1F21A 1S1VA 2VG5A 3S3OA 4FJLA 1ZBLA 2KZZA 3LP3A 3MXJA 1XHXA 1KTQA 3LPTA 3P5JA 3OY9A 1TKZA 4CJ3A 3RTVA 3V1QA 4DS4A 4DTPA 4KTQA 3K2PA 4CF1A 3SCXA 4O4GA 4M3RA 1WSJA 3VQ9A 3IAYA 1RBTA 1RDCA 4CIGA 3KTQA 3VQCA 2XY8A 4GW6A 3MXIA 4Z4EA 1S1TA 4CESA 5E41A 1NK7A 2G8HA 1TK0A 3U3GA 5HRSA 4YFUA 4IKFA 4DSFA 2D0AA 2DFHA 3KK1A 1J5OA 3AVKA 2VWJA 3PY8A 1NJZA 2OZMA 4O0JA 3U3YA 5KI6A 3KLGA 3T3FA 4CF9A 1S6QA 3WNEA 3L8BA 3LZJA 1A5XA 4DF8A 4Z4GA 3P1GA 4CJLA 1O1WA 3DOLA 3KLIA 3S3MA 4CJQA 1U48A 3ZSXA 4Z4CA 1CLQA 4MQ3A 3V4IA 1B9FA 4OPJA 1TKDA 4ELUA 1ZBUA 3SI6A 2E4LA 1NK4A 4CJ4A 4EP5A 4F8RA 2XY7A 4ELVA 3G0ZA 4I7FA 4N5SA 3DLEA 1UOCA 5CYMA 4E1NA 3B6PA 1VSKA 1WAFA 3NDKA 2DFEA 4CGIA 2VWKA 3MECA 4HHTA 3QINA 4IFVA 5CZ1A 1T8EA 3JYTA 3PO5A 4B9TA 1KVBA 5DMRA 1VSJA 3VQDA 4K8ZA 1FXXA 4AHSA 3QESA 3NH2A 4LSNA 3RWUA 4KKOA 1BISA 4GVMA 4BE2A 3TAQA 3OYMA 1ASUA 3M8PA 1TL1A 1HYZA 2D5RA 3E01A 2PYLA 3OYKA 1TGOA 4L8RB 2EHGA 3L2UA 1EKEA 3I8DA 4JRQA 1U4BA 4M42A 4DSEA 4F3TA 4ZHRA 2HHVA 3ZT1A 4I2QA 2IC3A 2Z1GA 1HMVA 3VQBA 1LWCA 1RCHA 2G8VA 1K6YA 4AHTA 4E7JA 4KHNA 3OYFA 1WSGA 3I0SA 3LPUA 1SKSA 3OYIA 4W5RA 2XY6A 4QCLA 3AO3A 4AHVA 4CEBA 4FLTA 4CIEA 1YTUA 3QNNA 2OYQA 3C6UA 3ZSOA 4FJIA 1HYSA 4B9UA 3MEEA 5J2MA 1T7PA 5FROA 1QTMA 1RBVA 2OPRA 1EP4A 4RW4A 3DLRA 3SUOA 4C8LA 4M3XA 1C1CA 1HYVA 1JLBA 4NCGA 3OYJA 1HRHA 2YNGA 1RT5A 1FKPA 1SV5A 1YTAA 4KFBA 4OKJA 3SNNA 1B9DA 2QXFA 2D0BA 3NF6A 3K59A 3L2VA 3K5LA 3THVA 4M3UA 5KRTA 4K8XA 2KZMA 3H08A 4PUOA 4RG8A 2HHQA 2KFNA 5KGWA 1WN7A 5HRRA 4W5OA 1NKCA 3O3GA 3ULDA 4OJRA 2XO7A 3MEGA 4ID5A 4DTXA 4FZZA 3AVJA 4CJFA 1IH7A 4OGCA 1RBUA 4EZ6A 4RW8A 4FJ5A 2HHSA 3NGYA 3SPYA 5D3GA 2KFZA 3NH1A 2ATQA 3LANA 3KLEA 4CHQA 3B6OA 4KO0A 4DQPA 4B8AB 1YT3A 3QETA 3PX0A 4CEAA 3PO4A 3WNHA 2HMIA 4E1MA 1RILA 3EY1A 4B3OA 2G8KA 4CJEA 4CHPA 3LAKA 4FLUA 3VQ5A 1WNSA 5K14A 3AVNA 3QEPA 3DLKA 3RR7A 4FJXA 1TK5A 1SL0A 5I3UA 3VQ4A 1HQUA 3V9XA 4BDZA 3QO9A 1WSFA 4CEQA 1C0UA 1RT2A 4KREA 3SQ0A 3C6TA 1SKWA 1BIZA 1Y97A 1X1PA 4RW6A 3AV9A 3ZSWA 5T7BA 3SPZA 3S3NA 1LW0A 3AVHA 3I0RA 4KTWA 4FLVA 4DFMA 4DFKA 1C0MA 1ASWA 2HNYA 1WAJA 2X6NA 1WSEA 2XRIA 5KRSA 4HUFA 4DU3A 3L2RA 1QSLA 3UIQA 3NAEA 4AH9A 4PY5A 1KRPA 1RBRA 1XI1A 4CJSA 3IRXA 3FFIA 4DSKA 4Q0BA 2VG7A 4LSLA 4E7IA 3AVGA 2HHXA 3VQPA 4J2DA 2XHBA 1VSDA 3P83D 3HJFA 1QSSA 3LWMA 4CEEA 4W5TA 1VSHA 4FJGA 4CJ5A 1S1UA 5C25A 4AHCA 1RTJA 2IAJA 2YHBA 2KTQA 3DLBA 3D0PA 1FK9A 1C1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AGKA 4BR5A 3KLHA 4OPKA 4TSXA 1HNXK 3MWTA 3SV3A 1VQ4N 1EQYA 5C24A 2G8IA 4OLAA 5BPNA 2ZWHA 1L3UA 5AQYA 1DT9A 4CZEA 3O9TA 3J81O 2HB5A 4OKKA 4YOTA 3QEVA 3KKRA 4CHYA 1TK8A 3E1YA 3M1FA 4DR4K 3M6GA 5EX5A 2A1RA 3NE6A 3W3DA 3IKMA 5AQFA 4AHUA 2W40A 5AQIA 2X6SA 3WXMB 3NHGA 5I42A 3QEWA 1S9GA 2BGGA 3I56N 1C1BA 1C0TA 5C0YA 1NGHA 1E4FT 4KB1A 2GELA 3HPGA 2IIRA 3KD5E 3AO2A 4FLWA 4CF0A 1DTQA 4CGDA 1RT4A 1L3SA 2OCEA 4ISGA 3KKSA 3EEQA 1IJJA 2QKBA 3BF1A 4BC3A 1U04A 1WSHA 3HL8A 1C0FA 4CEDA 3CQXA 3TAFA 1KVCA 4ISEA 3M5RA 2P9SB 2V52B 2ZGZA 5ADXA 3ZX2A 3QDKA 4DV4K 4OKEA 2A5XA 2QWPA 4OPHA 3IMXA 1KCFA 4O5FA 3ID6A 4YDUC 3P4IA 3EE8A 3AA5X 3TR8A 5E26A 5BREA 1XHZA 1TKTA 3RMAA 3WEEB 2O8CA 3LDSA 4KHSA 4B9MA 3AARA 3TAMA 2OZSA 4CJVA 1IBLK 3QETA 4H4OA 3QLHA 3D7EO 2FXUA 3WQTA 3VGLA 4ICLA 3HRGA 4J8FA 4LF7K 2P1JA 1NNEA 3VQ6A 3HK2A 3K57A 4YNQA 4FM1A 3VN5A 2IVOA 4ZTFA 3V9UA 3VQAA 3ZEUB 2WBNA 4CZKA 1I3AA 1XWLA 1SUQA 3O80A 1N33K 4ZTJA 1KD1O 1NWKA 3CFRA 1D9DA 4CK2A 4C8OA 1GLDG 3QERA 3J80O 4JK9A 1JL1A 3ZSVA 3CCEN 1KLMA 2D4WA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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