1BHLA

Cacodylated catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 43
structure length 133
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bhlA00
3VQCA 4FZZA 1QS4A 4JS5A 3AA5X 2ZE2A 1UAXA 4FZXC 1DLOA 4DFJA 3D45A 3G0ZA 2G8KA 3AO1A 1N5YA 4HUGA 4GVMA 3KJVA 4F2SA 4F3TA 2HVIA 1L3TA 2OPRA 1RBUA 1TL3A 4M41A 4I2PA 4RW8A 4CHZA 3TARA 3OYKA 4CF2A 1C0MA 4FJGA 1RBVA 5FRNA 2HHXA 4KAZA 5KGXA 4J2DA 4PUOA 4FJJA 3PV8A 1R0AA 3ULDA 4LSNA 2ITGA 3AVLA 1LWCA 2BE2A 3CM5A 5CYMA 4CFCA 4CJ5A 3OYJA 4DMNA 4Z4FA 5JS1A 1CLQA 1RILA 1ZBFA 2OPSA 3ZSVA 3LWMA 1BISA 4E7HA 3V1OA 4LD0A 1UWBA 2GUIA 3T3FA 4OJRA 1NK7A 3LP3A 1WSFA 3OYLA 3HP6A 4FLYA 2XY5A 1NJYA 2YKNA 2WOMA 3LAKA 4HCBA 1TAQA 1XHXA 3KKRA 4W5QA 3KK3A 3WNHA 3SCXA 4J2BA 1VRTA 1JLBA 3I0SA 5E41A 4OGEA 4OGCA 1EX4A 2XRIA 4CJVA 4CEBA 5CYQA 3OY9A 4HTUA 1L3UA 1VSDA 1EETA 3K5LA 4B08A 4BACA 2Y1IA 3SQ2A 5CY4A 3HPHA 1XI1A 4CEFA 3SQ4A 3SV4A 4BE2A 3HP9A 3DLRA 4KTQA 2DFFA 1YT3A 1LWEA 3I0RA 3NBPA 3SV3A 4Z4IA 4K8XA 3HVRA 4DQQA 3AVAA 1WSHA 3DLEA 4CK1A 4CFAA 4OVLA 3TAEA 3CFOA 5HRSA 4J2AA 4DF8A 2YNGA 1T8EA 4C8KA 4CEDA 4CGDA 1F21A 3OJSA 1VK0A 4FJHA 1LV5A 3NGIA 2KFNA 1IKWA 2B4JA 3DI6A 3LP0A 3L3VA 3KTQA 1TKTA 3NAEA 2D0BA 4B9MA 1RNHA 2XY8A 4B9UA 1NKCA 1BIUA 4KRFA 2XO7A 3DRPA 2HW3A 4DSLA 4DQSA 4IKFA 4RW6A 1ZBIA 3MXJA 3P1GA 1W9HA 3ZSQA 3P83D 1U4BA 4YNQA 4B9TA 4OLAA 1SUQA 3QEXA 2PYLA 2A1SA 4M3WA 3LAMA 3OYGA 1ASWA 1TKZA 4C8OA 4AH9A 5I42A 3OYBA 2HHVA 3TAFA 3TAQA 2YV0X 4GW6A 4M42A 4G1QA 1CZ9A 3DLGA 3SQ1A 3QESA 5HP1A 3V81A 1X1PA 4N47A 3ASMA 4JRQA 1NK9A 4BDYA 3HXMA 3K5MA 5SWMA 1RCHA 2YHAA 3NH1A 3OYHA 3LZIA 4M3RA 4I2QA 3HK2A 1N6QA 1K6YA 3CQ8A 3ALYA 3SPZA 3TWHA 2YNFA 1KVCA 4LY7A 3K2PA 4B8AB 1RT6A 1RBRA 2KW4A 4DWIA 4CJ4A 4EP5A 1HQEA 3LP2A 4M3UA 3RR8A 1WSJA 1BIZA 1IH7A 2HHSA 3ISNC 2R7YA 2QKKA 5KI6A 4TSXA 3JYTA 4DTPA 3P5JA 4ZHRA 1VSMA 1VSFA 3AA3A 5K14A 3AA4A 3SYZA 1BCOA 1KTQA 2BANA 1HJRA 5T7BA 1NK4A 3KLFA 1SV5A 3VA0A 1A5VA 1J53A 1UOCA 4NCBA 1S6QA 4B9NA 4CHNA 2NUBA 4W5NA 3VQBA 4NYNA 3VQPA 1IKXA 1YVUA 2FC0A 3MEDA 1X9WA 1S9EA 1BCMA 2X74A 3TR8A 2O4GA 2PZSA 4ID1A 1HYVA 1S9GA 2E6LA 4DTXA 3MXMA 4OLBA 1BQNA 3L2RA 2ZQBA 3OS1A 4FJ5A 5J2QA 1J54A 4CJKA 2YKMA 3SPYA 1U45A 3IAYA 4FJIA 3AO4A 4HCCA 2Z1IA 1IG9A 1ZBLA 3FFIA 3WNFA 4DFPA 4ZTJA 1TK8A 2XY6A 4W5RA 1WAFA 3OS2A 3TAGA 4F3OA 5HLFA 3HJFA 3SUNA 4BDZA 1BHLA 3NF6A 5C24A 1Q8IA 2FBVA 3ZSWA 4AHVA 3VA3A 3MECA 3S3MA 1KCFA 1EKEA 1Z25A 2KZZA 2E4LA 1BL3A 2KFZA 2HNZA 1CXUA 1Q9YA 1DTQA 2GBZA 3HSTB 1ZYQA 1BI4B 2HNDA 3ZSYA 4FCYA 1LW0A 4BDPA 4ELVA 4O44A 4FXDA 1J5OA 4DTOA 4PQUA 3KD5E 4E7LA 3OYIA 1IKVA 1RDBA 4IG0A 4W5OA 3ITHA 4FLUA 3SNNA 4CHYA 2G8WA 1RT1A 4FK2A 2F8TA 1VSIA 4DFKA 2O4IA 2Z1JA 3VQ6A 4CHPA 4CJPA 3V9SA 2ATQA 1HYZA 2QKBA 1RBSA 3NH0A 1SKSA 2I5JA 4O4GA 3OS0A 1JLEA 4DTJA 4XIUA 1SKRA 4CHOA 3KLGA 1S5JA 3HM9A 4BE0A 1VSJA 4CGIA 1S1TA 4CF1A 4F8RA 4CJLA 4F2RA 3L2UA 3U3GA 3EYZA 3ZSRA 1JKHA 1GOCA 5HROA 1NJZA 4LSLA 1HRHA 1Y97A 3KD1E 1LWFA 3ZSZA 3D0PA 1HPZA 3VN5A 3K5NA 3M8QA 1RT2A 4DSKA 4KHQA 4C8NA 3VQAA 1Q9XA 1JLCA 3MAQA 2IS3A 4I9LA 5J2PA 1W0HA 1QSLA 4QCLA 3S3NA 1NOYA 2OPPA 2IC3A 2VWJA 4KHSA 3DMJA 1HNVA 4HVJA 1EP4A 1KFSA 1C6VA 2X6SA 1BI4A 2P51A 3RMBA 2P1JA 4CGJA 4FJMA 1O1WA 3SUPA 4FLTA 2KZMA 1XHZA 4I9QA 3ZSOA 3F73A 4B9LA 3M8RA 3SUOA 1KVAA 4DSFA 2QXFA 4ELTA 3LANA 5KRSA 3THVA 2HHWA 3ZCMA 3RMAA 1RTIA 3C6TA 3LPTA 3NF7A 2IAJA 1JLAA 3V1RA 1QSSA 1MU2A 4FW1A 3ZT0A 1NKBA 4DTSA 1LW2A 3IS9A 4NCGA 1JXBA 1T7PA 4FJLA 1S1VA 4OKKA 1I39A 4Z4CA 1RT4A 4O0JA 2G8UA 3MEEA 1FXXA 1LAVA 1VSHA 3ZT3A 2GV9A 4CJ3A 1JLGA 3L8BA 4DS5A 4FZYA 4FJKA 2HB5A 4RW9A 1XC9A 2B6AA 3ZT4A 2HNYA 4CJQA 3V9ZA 3AO2A 1SL0A 4FW2A 1D8YA 5DMRA 1WAJA 4ZTFA 4PY5A 3OYFA 4FLWA 1TK0A 4DFMA 4FLVA 4RG8A 4ELUA 3HL8A 4E19A 3OYEA 4KHUA 2X6NA 3EY1A 4NYFA 4BWJA 1J9AA 1A5XA 2DTUA 1D9FA 3ZT2A 2E6MA 4KI6A 4KI4A 4MFBA 2DFHA 1RTDA 4KKOA 2IGIA 3NCIA 4DTRA 3V9XA 4OPKA 3SQ0A 3OYCA 4NCAA 3TI0A 2VG5A 4M3YA 1FKOA 3H08A 1TAUA 1D5AA 4ID5A 4KV8A 4CEZA 2JGUA 4IFYA 3NGZA 1ITGA 3L2VA 4C8MA 1C1CA 1SKWA 1C0TA 1JXEA 3CG7A 4KTZA 1S6PA 4CF9A 1ASUA 1GOAA 4DLGA 5SZTA 4AILC 4RW7A 1TKDA 4KO0A 1QSYA 3PY8A 1S1WA 2RN2A 1VRUA 4WE1A 4R5PA 3NH2A 3NE6A 4RW4A 4Q0BA 4FM0A 3QEWA 3OYMA 3AVFA 4FK0A 4CJTA 4E89A 5D3GA 3C94A 3QNOA 2G8HA 2JLEA 4CE9A 4CESA 1S1XA 4JLHA 2FBYA 4M45A 3AVJA 4CJRA 1T05A 4CJUA 4M3XA 4Q5VA 4CGHA 3VQ4A 4EZ6A 1XWLA 1HYSA 3VQ5A 4DU4A 2FBTA 4GMJB 4E0DA 4DF4A 2LSNA 1NK5A 1ASVA 4IDKA 4FM2A 3UIQA 3VQQA 4E3SA 2ZD1A 4AHSA 2PY5A 4DU3A 1YTUA 1KRPA 1VSKA 3LWLA 5J2MA 3HT3A 4DLEA 5C42A 2HHQA 4B3OA 4E1MA 3AVNA 4FVMA 1QHTA 3KLIA 1TK5A 4KB1A 4Z4EA 1KLMA 3AO3A 3DOLA 4O5BA 4N5SA 2YHBA 4W5TA 3AVGA 3DLKA 4OKJA 3NDKA 2FBXA 3S9HA 3AVCA 5HRRA 3HPGA 3TAPA 3QEIA 4DQIA 3IRXA 4KPYA 3U3YA 4KHYA 3HYFA 3I8DA 2D0AA 3O3GA 5CZ2A 3KKSA 1L3SA 5J2NA 4N76A 4CFBA 1U49A 4CEEA 3DLHA 1IKYA 4CEOA 1ZBUA 3G10A 3V6DA 1NJWA 3HO1A 4KHWA 4EZ9A 1QE1A 3WNEA 2DFEA 1TGOA 1HNIA 4ICLA 1KFDA 5JS2A 4AHUA 3KK1A 4B9SA 1Z26A 4CEQA 1JL1A 1S1UA 3AVIA 3L2WA 1QQCA 4E7JA 1TVRA 4LH5A 3DOKA 1VSLA 4CECA 4KB0A 1WLJA 4H4OA 3C95A 3IG1A 3NF8A 1C1BA 1CXQA 1HMVA 3V9UA 3BGRA 3RTVA 5KTQA 2YNIA 2HHTA 3O4QA 3AO5A 2D0CA 3AVBA 2G8IA 2VWKA 1TV6A 3TANA 3SZ2A 4IG3A 4PA1A 3AVMA 3C6UA 4CK2A 1RBTA 1REVA 3PX6A 1UA1A 4E7KA 3B6PA 1U48A 3OYNA 3NGYA 4CF8A 1C1AA 2IDOA 3ZSXA 4CIFA 3QEVA 1DTTA 4CEAA 3O3HA 2Y1JA 1U47A 3PO5A 4FM1A 3V1QA 3OYDA 4M3ZA 1X9SA 4Y1DA 1NJXA 3SJJA 4KTWA 3AA2A 3F9KA 1SL2A 1C0UA 3K57A 4CJEA 1TL1A 4OKEA 4DU1A 3KIOA 1NK8A 4KREA 1L3VA 3K58A 4DS4A 4M3TA 2HVHA 3TAMA 2HMIA 3V9WA 4H8KA 3EZ5A 5FROA 1X9MA 4BE1A 2B5JA 1RDCA 3L2QA 2EHGA 1B9FA 5I3UA 2HHUA 4CIGA 3A2FA 4E7IA 3MXIA 1A5WA 1SL1A 1LAWA 3HVTA 3KLHA 3QLHA 5KGWA 1FK9A 4DTNA 4N41A 1IO2A 2PYJA 2YNHA 3LALA 5DK5A 3QIOA 3K5OA 3AVHA 1FKPA 4FJNA 5FRMA 4JRPA 2F96A 4HUFA 2ETJA 1GOBA 4FJ9A 3VQ8A 1HQUA 4PWDA 2RF2A 4CJFA 2X78A 3L3UA 3RWUA 4I7FA 3TABA 2D5RA 5HBMA 3DLBA 3RR7A 3ZT1A 2RPIA 4CHQA 4O0IA 1RT3A 3VQDA 1KLNA 2EX3A 1RTHA 3AV9A 1TKXA 4Y1CA 4CJSA 1BQMA 4DSIA 2Z1GA 1YTAA 3AVKA 1BGXT 1NOZA 1WNSA 4QAGA 4CIEA 4CCHA 3BDPA 4J2EA 3B6OA 3DRSA 1RDAA 3OYAA 3SI6A 2W42A 2QK9A 2WONA 3RMCA 4FLZA 4KFBA 3LPUA 4HUEA 1I3AA 3QERA 1T03A 2AJQA 2Q3SA 5EU7A 4UQGA 4MQ3A 3OVNA 3O3FA 3KLEA 3LP1A 2OZSA 4CGGA 4FYDA 1CZBA 1KSPA 3WNGA 1VSEA 4AHTA 3CFPA 1G15A 3U6FA 4FJ8A 4FLXA 3SUQA 1RT5A 1WN7A 3QEPA 3CFRA 4QOZB 2P5GA 4F4KA 3K59A 1UA0A 1B92A 1QTMA 3LDSA 1RDDA 4DQRA 1WSGA 4CGFA 3QETA 2IOCA 5FDLA 1B9DA 1WSIA 2OPQA 2F8SA 4E1NA 4CJWA 4CERA 2G8FA 4AHRA 3DRRA 2KTQA 4N56A 1ZBHA 4K8ZA 4LH4A 3KK2A 3E01A 4IBNA 2A1RA 5HRNA 3PX4A 3RRHA 4YFUA 3DYAA 3QO9A 3PX0A 1EXQA 3HPOA 4Z4GA 3RMDA 3DM2A 3T1AA 4DTUA 3QNNA 4BWMA 4C8LA 3CYMA 4DTMA 4B8CA 1D9DA 1RT7A 3QIPA 2XHBA 1JL2A 2G8VA 4FJ7A 1JLQA 4OPJA 2VG6A 3M8PA 2P5OA 4DSJA 2OA8A 4DSEA 1NKEA 1WSEA 1RTJA 3NFAA 5HRPA 2KQ2A 2XY7A 1NK6A 4B9VA 3NHGA 4Z4HA 3T19A 4CK3A 3VQEA 2BGGA 4DG1A 3VQ7A 5C25A 3V4IA 3O4NA 4CF0A 1L5UA 4EP4A 5J1EA 3QINA 3PUFA 2BDPA 2OZMA 3OJUA 4Z0UA 1KVBA 4O55A 3VQ9A 3NF9A 1U04A 4JS4A 2RKIA 2VG7A 4FJXA 4FK4A 3LZJA 5CZ1A 3M8SA 4DQPA 4IFVA 3JSMA 4HHTA 3S3OA 3RRGA 4AHCA 3PO4A 2Z1HA 2OYQA 4L8RB 1NK0A 5KRTA 4KHNA 1JLFA 2DY4A 4CFDA 3CM6A 4H4MA 3MEGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQCA 3OHRA 1SQKA 1UAXA 2GX9A 2G8KA 3AO1A 1YITN 4HUGA 2HVIA 3KJVA 4F3TA 4YY3K 2OPRA 1RBUA 4M41A 4I2PA 4RW8A 4CHZA 3F9MA 5AQUA 3VEXA 3A8YA 2O8BB 1NJIO 1KXPA 3AVLA 4CFCA 5CYMA 3OYJA 4CJ5A 4Z4FA 5JS1A 1RILA 3ZSVA 1BISA 4M63C 3T3FA 3W3DA 2YJEA 1HLUA 4OJRA 1KAZA 5LMUK 3OYLA 3HP6A 2XY5A 1YXQA 3LAKA 1XHXA 4A57A 3SCXA 4J2BA 4ISEA 3DJCA 3D2EA 4CJVA 2IIRA 4CEBA 1VSDA 1NGBA 1EETA 3WQTA 1VQ4N 4B08A 3SQ4A 4BE2A 4LFAK 3HP9A 3T1HK 3VETA 1IBKK 4WQ5C 3HVRA 2O8BA 4CFAA 2ZJRL 4DF8A 4LF6K 4GV3A 1T8EA 4BGAA 5F0XA 5BRHA 3LP0A 3DI6A 1TKTA 2RHKA 1ZBIA 3IDHA 1YJNN 1W9HA 2A42A 1U4BA 4YNQA 1OH8A 1GLAG 4A5AA 1TKZA 5I42A 3NVKA 3TAFA 4GW6A 4JRQA 3K5MA 4RTFD 1RCHA 1K73O 1K6YA 4IOCL 2YNFA 3K2PA 4EP5A 3ENOA 1IH7A 2IVNA 5KI6A 4TSXA 4DTPA 3THYA 4ZHRA 4YOVA 3K9KA 2HF4A 4GY2B 3GL1A 1NK4A 3O1WA 5T7BA 3VA0A 1A5VA 2WBNA 3CJ7A 5C2DA 4NCBA 4B9NA 1MA9B 2NUBA 3C6HA 5GADP 2P9IB 4G9ZA 4B1ZA 1S9EA 4H0TB 4B3MK 1S9GA 2GELA 4ILJA 4DTXA 3VOVA 4AM7A 4FJ5A 3LDLA 4CJKA 5GINA 3SPYA 3MWPA 1U45A 3H46O 2Z1IA 4JV5K 2XY6A 1WAFA 3TAGA 3A0IX 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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