1BISA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWAGIKQEFGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
total genus 44
structure length 146
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bisA00
1VSKA 1SKRA 2PYLA 3DLBA 3O4QA 3IRXA 2IC3A 2O4IA 1JLEA 2FBYA 2IAJA 4CIEA 1HYVA 1JLFA 3PX4A 4DU1A 3JYTA 3OS2A 4KAZA 4CEQA 2KFZA 1RILA 2GUIA 3BGRA 5DMRA 3QNOA 4CJKA 3T19A 4M3UA 1BHLA 3TAGA 3TAFA 4ELUA 1N5YA 1L3SA 3KD1E 4E7LA 3OJUA 1Q8IA 5JS2A 1QSYA 4Z4GA 3LZJA 2LSNA 3OYHA 3TR8A 3ZSXA 1NK6A 3LDSA 1TL3A 1QSLA 4CERA 4M3YA 4KHNA 2FBVA 5KRSA 4XIUA 1VSLA 4F4KA 1TK0A 4B8CA 1JLBA 4B9MA 1FXXA 5SWMA 4F2RA 3OYBA 1IKYA 4DTMA 1I3AA 3M8QA 4M3ZA 1LV5A 2VWKA 1LAWA 3VQ9A 1HQUA 4AH9A 4CJFA 4AILC 4UQGA 4LSLA 2YNIA 1CZ9A 4KO0A 1D8YA 3PX6A 4QOZB 2W42A 3D0PA 1BI4B 1JLQA 1SKWA 3ALYA 3CFOA 3SQ2A 3VQPA 2HHWA 3WNFA 4CEBA 4E0DA 2HHTA 5KTQA 2XHBA 1S1UA 1ASWA 4W5TA 1KVAA 1S1TA 3QO9A 3KIOA 4AHTA 4DTPA 3ZT4A 1U47A 3TAMA 4DQQA 1D9DA 4FLXA 3HO1A 4KV8A 5JS1A 1YT3A 3ASMA 4Q5VA 2YKNA 4H4MA 3I0SA 1NK8A 1TV6A 3OYKA 4LSNA 1BQMA 2ZE2A 1NOYA 2QK9A 3CM5A 3AVAA 1LW2A 3VN5A 4CFAA 3V9ZA 3OYGA 1EXQA 3SPZA 4FJIA 1TAUA 2P51A 3P1GA 4O0JA 4FW2A 1RT7A 3ZSVA 3V81A 1BI4A 4FJKA 4BWJA 3SNNA 1VSHA 5C25A 3V6DA 1W9HA 4C8KA 2BDPA 2VG6A 2JGUA 3UIQA 2ZQBA 2PZSA 2B6AA 4NCAA 1SL2A 1C1CA 1RTJA 4YNQA 4FJ7A 2DTUA 4DF4A 1TKXA 3OYAA 1WNSA 1KCFA 4FLUA 5HROA 4I2PA 4FZXC 1IKVA 4Z4FA 2OPSA 4O5BA 1SV5A 1KFSA 5EU7A 4H4OA 3SI6A 3V9SA 3SPYA 4DSFA 4CGDA 4FLZA 4CK2A 2G8KA 1KVBA 5HRPA 3DLHA 4CF0A 3EY1A 3MXIA 4E19A 1SL0A 2X6NA 3LWMA 5HRSA 1ITGA 4M3XA 3I0RA 4KREA 2QXFA 2X6SA 5CYMA 4CF9A 2XY7A 3HPGA 4DWIA 1ZBUA 2KW4A 4CIFA 4DTOA 3AA4A 4CJEA 1U04A 4HCCA 4CF8A 1K6YA 3T3FA 4CJUA 3VQ6A 3RWUA 3M8RA 3QEPA 3CFRA 3RR7A 1S6QA 4DQPA 3ISNC 4KI4A 4B9UA 4NYFA 1RT5A 1RT4A 2D5RA 3U3GA 4N5SA 4BACA 3AVCA 5KGXA 3KLIA 5CZ2A 1S9GA 4FM2A 2G8WA 4KHWA 3HXMA 3SV3A 2DFHA 1T05A 2HW3A 1TKTA 2A1RA 3ZSYA 2Z1GA 2E6MA 4RW9A 3DLRA 1RT1A 3AA2A 3O3FA 4M3TA 3AVHA 3NF9A 3NF6A 3NGIA 3SUQA 2O4GA 1VSFA 3LAMA 3SV4A 1ASUA 3V1RA 1NJYA 4CCHA 4J2DA 3VQDA 2NUBA 1EETA 3RMAA 3V9WA 4EP5A 4HCBA 2Z1JA 2HHSA 4LH4A 1A5WA 2RN2A 5E41A 1RBVA 3AVNA 4L8RB 1ZYQA 4LH5A 3KKRA 4CIGA 3OY9A 4F8RA 1TVRA 4N47A 3L8BA 3H08A 3KLFA 4J2EA 4FJMA 1ZBIA 5DK5A 3DLEA 2P1JA 3VQ8A 3NCIA 1BL3A 4GMJB 4AHUA 3L2UA 1TK5A 5HP1A 1NKCA 2KQ2A 2G8IA 3NAEA 3QEVA 4CJTA 3SQ4A 1D5AA 4EZ9A 1O1WA 2Y1JA 1D9FA 4QCLA 4C8LA 1YTAA 1BISA 4CJVA 5T7BA 2D0CA 1GOBA 2I5JA 3K5NA 4ID5A 2B5JA 4CJ3A 1FKPA 4KTZA 1VRUA 4Z4CA 4Z4IA 2F8SA 3RR8A 4OGCA 2IOCA 4IBNA 4CFDA 4E7KA 4DTJA 2OZSA 3S3MA 1NK4A 4ZTJA 3AVIA 1FKOA 2KZZA 1WSHA 2HB5A 1EKEA 1VSDA 1WN7A 3EZ5A 3KK1A 3SUNA 4KTWA 3MECA 3HK2A 3P83D 1XHZA 3AVJA 4PQUA 4TSXA 1C0MA 1UAXA 4CJ5A 1RBUA 4KKOA 1JL2A 2IS3A 1S1WA 2XO7A 1JXBA 2IDOA 3IS9A 4NCGA 1ZBLA 3TAPA 3LWLA 2WONA 3WNHA 3OYIA 1X9SA 4FM0A 5C42A 3HJFA 3SYZA 4J2AA 3L3UA 3G10A 3OVNA 4FJ5A 4LY7A 1XI1A 1DTQA 4FJJA 4CHZA 1RDCA 4B9SA 3OJSA 1KVCA 2KTQA 2OA8A 4DFJA 5HBMA 1HQEA 1ZBFA 3ZT0A 3QEWA 1NK7A 3QESA 1S1VA 2OPQA 2BE2A 3QIOA 3VQ4A 3OYJA 1I39A 4BDYA 4DF8A 1QTMA 2AJQA 3OYLA 1C1BA 1RT6A 1WAFA 3M8PA 3LZIA 4K8ZA 4CEFA 1C6VA 3DLGA 4W5RA 3K58A 2G8FA 4KTQA 2D0BA 4B9TA 1QE1A 1EX4A 3DRPA 4G1QA 1T7PA 4F3OA 3JSMA 2HHQA 4OPJA 4FLVA 4FW1A 1L3VA 4MFBA 3ZSQA 4CJ4A 1RDAA 4BE2A 1NKBA 4YFUA 4BDPA 4GVMA 4LD0A 3OYFA 4KRFA 3KD5E 1X1PA 4CEDA 3LANA 1S9EA 2YNFA 4M41A 3THVA 3S3OA 3PO5A 4EZ6A 4BDZA 4N41A 1VSMA 1U48A 2YHBA 1HYZA 4CHQA 1DTTA 1LWEA 2KZMA 2BANA 3HVTA 5SZTA 4CK3A 1Z25A 3C6TA 4RW7A 3L2RA 3VA3A 1B92A 5FRMA 3AVKA 3KK3A 4CHOA 3K5LA 5J2QA 2HNDA 3PV8A 3E01A 4JS5A 4E89A 4OGEA 3NF7A 1IO2A 2VWJA 5FRNA 1WSEA 5CZ1A 4AHCA 3DOLA 4I2QA 2GBZA 5J2MA 1J54A 1NJZA 4OLAA 2YNGA 5CYQA 3HSTB 4W5QA 3VQ7A 3L2QA 4E7JA 4I9QA 3KK2A 2ETJA 4HHTA 4IG3A 4NCBA 1RT2A 5CY4A 4M3RA 3ZCMA 4FLTA 4HVJA 2RPIA 1NKEA 2G8HA 3NGZA 3AV9A 3VA0A 4OKKA 3DRRA 4CFBA 1ASVA 4O44A 3VQQA 1BCOA 1WLJA 4FVMA 1W0HA 3QINA 1VSJA 4DTXA 5I3UA 3OYDA 4DFKA 5I42A 4CEOA 3L2VA 4BE1A 4FK4A 1IKWA 1NJWA 4C8NA 1RBRA 3LP0A 2RF2A 4O55A 3VQBA 4CJSA 1GOAA 4DTRA 3QIPA 1KTQA 2G8UA 3IAYA 3ZT1A 1J9AA 1VRTA 3V9UA 1WSJA 1J5OA 3RRGA 2OZMA 4OJRA 4ZTFA 1YVUA 3HP9A 3C6UA 3ZSWA 2HNYA 1Q9YA 1JLCA 4WE1A 1REVA 4KFBA 2OYQA 4ELVA 1WSIA 3NH2A 3ZSRA 1L3UA 4CJRA 1RTHA 5FDLA 2WOMA 1XWLA 3DLKA 1TAQA 1RBSA 2XY8A 4CF2A 1SKSA 3LP1A 1JLAA 2IGIA 4NYNA 2A1SA 4R5PA 3OYNA 1RDDA 1HMVA 1VK0A 5HRRA 4CEZA 4FJLA 3HL8A 3AO2A 5J2NA 2PY5A 4C8OA 4J2BA 4M45A 1BCMA 4F3TA 4CEAA 4DQSA 3AVMA 4W5NA 1J53A 1GOCA 2DFFA 2GV9A 3VQCA 4ZHRA 3DYAA 3OYEA 3I8DA 3EYZA 3NE6A 4RG8A 1C0TA 3V1OA 3MXMA 4B9NA 2KFNA 1KFDA 3RMDA 3B6OA 5KRTA 1C1AA 4PA1A 1NK5A 4KHSA 3HP6A 3QEXA 1U49A 4OKJA 3OYCA 4CHYA 4I7FA 1WSFA 5J1EA 3ZSOA 2ATQA 3KJVA 4KB0A 4FM1A 4DFPA 1S1XA 3PX0A 1N6QA 1KLMA 3LP2A 4KHUA 2HMIA 1S5JA 4JRQA 4FCYA 2EX3A 2FBTA 3LP3A 1Z26A 3QETA 3C94A 3MXJA 3CYMA 4CJQA 1RNHA 4AHVA 4OPKA 1HPZA 1QHTA 4OVLA 1NJXA 4RW4A 1WSGA 3NF8A 1TKDA 2HVHA 2ZD1A 2R7YA 2HHVA 1L3TA 1X9MA 2Z1HA 2F8TA 3SCXA 1IKXA 1LW0A 1IG9A 2YV0X 4CGIA 3HYFA 3LPTA 1B9DA 1JLGA 4CHNA 1UA0A 4FZZA 2FC0A 4DS5A 4Y1CA 3MEGA 2X74A 3TI0A 1LAVA 4RW6A 1TK8A 5D3GA 3NHGA 2YHAA 1CZBA 5HRNA 3U6FA 4KHYA 1WAJA 3MEDA 2HNZA 2YKMA 1TL1A 4KB1A 2Z1IA 3O4NA 1Y97A 3CG7A 3HT3A 4DSJA 2PYJA 4DSIA 4HUEA 4CJPA 3DI6A 1JXEA 4E1NA 1FK9A 4I9LA 4CGJA 4AHRA 3AVBA 4BE0A 2HHUA 1LWFA 3DM2A 3AO1A 3AVFA 4CK1A 3TANA 1BGXT 3AA3A 3K57A 3ZT3A 1TKZA 3SJJA 3SZ2A 3AVGA 3HVRA 2QKBA 1EP4A 2XY6A 1L5UA 3WNGA 4CFCA 4CE9A 3TAEA 1XHXA 3V1QA 3S3NA 3TWHA 1Q9XA 3CFPA 3TARA 4H8KA 3WNEA 1U4BA 2E4LA 2G8VA 2QKKA 1QQCA 3KLHA 4DG1A 4FJGA 4K8XA 4BWMA 4B9VA 4CJWA 1UOCA 1TGOA 4CECA 4AHSA 1U45A 4FXDA 5KGWA 3DOKA 3SQ1A 4OLBA 3DRSA 4HUFA 4Q0BA 2OPRA 1MU2A 3QEIA 1A5XA 1CXQA 1UA1A 1JKHA 2BGGA 3ITHA 4E3SA 4DTUA 3LAKA 3PO4A 4FJ9A 4CEEA 4B3OA 2JLEA 3T1AA 3FFIA 4DLEA 4DTNA 4FYDA 3U3YA 4CGHA 3AO3A 1BQNA 1CXUA 1RTIA 5K14A 1XC9A 4E1MA 3K5MA 3A2FA 3VQAA 4DMNA 2Y1IA 1G15A 3AA5X 3HM9A 1KSPA 4E7IA 3NDKA 3DMJA 4O0IA 4IG0A 3SUOA 1HNVA 3OS1A 1RT3A 1VSEA 4CHPA 3G0ZA 3AVLA 4PUOA 3TAQA 1QS4A 1UWBA 3ULDA 4FJXA 1T03A 4DU3A 4FJHA 1NOZA 1RDBA 1IH7A 1KRPA 4ELTA 2Q3SA 1SUQA 3RMBA 3SQ0A 4FLYA 3K2PA 2B4JA 4E7HA 4CJLA 3O3GA 3P5JA 4DFMA 4M42A 3MAQA 1BIUA 1SL1A 3PUFA 3HPOA 4FJNA 4C8MA 3NH1A 4FJ8A 4HUGA 2XY5A 4IKFA 4DTSA 3LALA 2X78A 2VG5A 4DSKA 4N56A 4JS4A 3L3VA 3NH0A 4FLWA 1RCHA 1JL1A 3CQ8A 3RTVA 1X9WA 4Z0UA 4RW8A 3NBPA 3B6PA 2RKIA 4GW6A 3RRHA 1S6PA 5FROA 3QLHA 3O3HA 1F21A 4KI6A 3SUPA 4EP4A 4B9LA 2DFEA 4JRPA 3V9XA 3C95A 4B8AB 1HRHA 1B9FA 4DQIA 5HLFA 3AO4A 3QERA 3NFAA 1BIZA 4FZYA 4DLGA 4PY5A 1QSSA 1NK0A 2HHXA 3RMCA 1DLOA 4DS4A 1C0UA 4FK2A 3TABA 3S9HA 4M3WA 2VG7A 4KHQA 1YTUA 1ZBHA 3LPUA 5C24A 1T8EA 3OS0A 4QAGA 4CESA 3OYMA 1RTDA 3VQ5A 3KLEA 2E6LA 2FBXA 2ITGA 4DQRA 2F96A 3F73A 4FK0A 4PWDA 3BDPA 3CM6A 1RBTA 1LWCA 3AO5A 4MQ3A 3K59A 3PY8A 4O4GA 4F2SA 3IG1A 4KPYA 1HJRA 2EHGA 2DY4A 1HYSA 3D45A 3HPHA 4JLHA 1VSIA 1NK9A 3ZT2A 2XRIA 4Z4HA 3V4IA 4IFVA 1R0AA 2P5GA 3K5OA 3VQEA 2HVIA 1HNIA 4ICLA 4IDKA 1CLQA 4HTUA 4Y1DA 1KLNA 4IFYA 3QNNA 4Z4EA 4CF1A 1A5VA 3L2WA 3ZSZA 4DU4A 3KKSA 5J2PA 2P5OA 3MEEA 3KLGA 2YNHA 4OKEA 3F9KA 2D0AA 3M8SA 4W5OA 4N76A 3KTQA 4DSLA 4B08A 4CGGA 4CGFA 3NGYA 2OPPA 4DSEA 4ID1A 5KI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC4N 2FBYA 4DU1A 1IBLK 2RHKA 2KFZA 1RILA 2GUIA 3CI5A 5DMRA 4AM7A 4M3UA 1BHLA 1N5YA 4NXNK 2ZJQL 3ZX3A 4DUZK 4B3SK 1NGEA 4JK8A 1EWQA 5C2DA 3MDQA 2HBJA 2I7PA 4DTMA 1FJGK 3M8QA 4M3ZA 3O80A 3K9KA 4AILC 4KO0A 4WFAL 4QOZB 1BI4B 2FSKA 4FVUA 4IEIA 2P9LA 3I56N 4B3MK 4CEBA 2XHBA 1ASWA 4W5TA 2HSTA 3KIOA 3TAMA 1D9DA 3HO1A 4IZ9A 4JI0K 2YKNA 3I0SA 3OYKA 4LSNA 3BY5A 3CM5A 4BRMA 2HHHK 3V9ZA 1LW2A 3MCPA 4DV4K 1HX1A 2F4VK 2P51A 3IDHA 4YHHK 3WEEB 2ZGZA 4FW2A 3ZSVA 1MDUB 4UY8O 4JI4K 4FJKA 2Q97A 2VG6A 2JGUA 2ZQBA 2PZSA 4DF4A 1TKXA 2CGLA 4BC4A 5ADXA 2P9UA 2OPSA 3Q7BA 4BRDA 4CK2A 4CZGA 1JJ2M 5HRPA 3DLHA 3EY1A 3MXIA 3WXLA 4FPAA 3CCQN 4KREA 1QZ5A 1Z6RA 3VOVA 1SS6A 2KW4A 3CXCM 3AA4A 2GWKA 4CZMA 4CF8A 3MX2A 4CJUA 2ASMA 3CFRA 3ISNC 4KI4A 1U45A 4BACA 3KLIA 3CETA 3BF3A 4FM2A 1T05A 5BREA 2HW3A 3C7NB 5EX5A 1X9JA 3CQYA 4JI7K 3AA2A 5F1XA 3O3FA 2V7ZA 3SUQA 1VSFA 3LAMA 1N33K 3TU5A 4J2DA 3E9OA 4HCBA 2ZWHA 3V9WA 2Z1JA 2HHSA 1A5WA 1TYQA 2RN2A 4LH5A 2IVNA 4CIGA 1TVRA 4N47A 3LDLA 4JKGB 1QZ6A 4FJMA 2P1JA 3VQ8A 4X65K 4CD3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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