1BISA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWAGIKQEFGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
total genus 44
structure length 146
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bisA00
3HP9A 3VQPA 3BGRA 4CJPA 3NF9A 3ASMA 2LSNA 1U48A 4RW9A 4AHCA 5HP1A 2OPRA 4PWDA 4FLZA 3ZT3A 3CG7A 4BACA 1NK9A 2FBTA 1XI1A 1VSMA 2XY8A 3VQ4A 1TKZA 1RT4A 4CJRA 2OPSA 4CHZA 1ASUA 1J9AA 4W5OA 3ZSZA 1VRUA 1YTUA 4OLAA 1BISA 1TK5A 3HSTB 4DSIA 1VRTA 1RTDA 3DLEA 4FJGA 1CXUA 2GUIA 3ZSVA 3AA4A 4CEBA 2I5JA 1VSKA 3VQCA 1L5UA 1VSDA 1RNHA 4LH5A 4CK3A 3U6FA 1RBUA 2O4IA 2WONA 4CECA 1QE1A 3ZT0A 4B9SA 3KK2A 4FLTA 1EXQA 1LWCA 1WSEA 3NF7A 2XY7A 4QAGA 1U45A 2AJQA 1NOYA 5D3GA 4CGHA 3LWLA 2Y1JA 4DTUA 1BI4B 4DG1A 4CJ5A 3KTQA 3AV9A 4OVLA 3VQ6A 3O3FA 1GOBA 1LAWA 3SV3A 3QESA 3OYEA 3L3UA 3LAMA 4C8KA 2OPPA 2OPQA 3RWUA 3PY8A 1HQEA 3HT3A 1HQUA 4JLHA 3K5NA 3QEIA 1SL2A 3AVMA 1Z25A 2GBZA 4PA1A 4B8AB 1JKHA 2JGUA 2P51A 2X6NA 4FZYA 4FVMA 4B9UA 3ZT1A 4OGCA 3L2RA 4E7IA 1S1VA 3OY9A 2KFNA 2KFZA 3EYZA 3LZJA 1CZ9A 2BANA 1JLEA 4FW2A 2HMIA 1FKOA 4GVMA 4C8NA 1KLNA 4OGEA 4F3OA 4Z4HA 1RT6A 5HRPA 3MEGA 2YHAA 3MXMA 2KTQA 2X74A 3PX6A 4FLXA 1WSGA 4YFUA 3OJSA 1Y97A 1WN7A 4FJ5A 4GMJB 3NH0A 1J54A 4M3UA 5K14A 4IBNA 3V4IA 5HRSA 4ELUA 3TWHA 2B4JA 3THVA 1ZBFA 2R7YA 4K8ZA 5I3UA 5FRMA 5KGWA 1X9WA 3WNEA 4FLVA 2YKMA 3V81A 3LANA 5I42A 3ZSRA 3OJUA 1BCOA 3O3HA 4AHUA 4CCHA 4DLGA 4DU1A 3KKSA 3B6PA 1EETA 1JLCA 1S1TA 3V1OA 4E89A 4J2DA 1X9MA 5HLFA 1C0MA 4FXDA 1RDCA 2D0AA 2HNYA 3JSMA 4DF8A 1IH7A 3NE6A 4I9QA 1CXQA 3V6DA 4IFVA 4CE9A 3JYTA 1WSHA 4JRPA 1SKSA 3AO1A 3C95A 4FM0A 3TR8A 3RMDA 3AVNA 3KK3A 1O1WA 2E6MA 1IKVA 4KKOA 3V1RA 1Q9YA 1GOCA 1TKTA 4O4GA 5HROA 1YTAA 3DLKA 1EX4A 3IRXA 3VQ8A 1FKPA 1T8EA 4IG3A 1D5AA 2HHUA 5C24A 3MXIA 4FJJA 3MEEA 3AO2A 3SZ2A 1L3UA 4Z4IA 1HYSA 1JL2A 3CM5A 4RW4A 2ATQA 4CHNA 3K5MA 2KW4A 3QNNA 4DSJA 4FZXC 3OYDA 3V9SA 4YNQA 3NF8A 4KTWA 1VSFA 1RT2A 3NGZA 1N6QA 4F2SA 4B9NA 3CFRA 1X9SA 2YHBA 1ASVA 3QLHA 4FLWA 2QKBA 1VSHA 4CEEA 2HHQA 4ZTJA 4CJEA 4HCCA 3OYLA 1UA1A 1CLQA 1RBTA 3F73A 3HYFA 3V9UA 3RR7A 3D45A 3VQ9A 2X6SA 4CHYA 3C94A 4KB0A 1ZBIA 2IGIA 3HPHA 1NJXA 4Z4GA 4ID1A 1QS4A 2Z1IA 2EHGA 1HRHA 4WE1A 2DY4A 3DLBA 4FJ9A 1I39A 4IG0A 3LZIA 3V9WA 4ZTFA 1BHLA 2VG6A 3AVFA 3TAFA 4GW6A 1JLFA 3VQ5A 4CGJA 3I8DA 1X1PA 2YNHA 2XO7A 3SUQA 4ICLA 1LW0A 1DTQA 3M8RA 4K8XA 1JLBA 4DTJA 4DTPA 4DF4A 4O44A 4FJHA 2KZZA 3PO4A 1TKXA 2G8FA 2IC3A 3WNHA 1SKRA 3RTVA 4Z4CA 3HL8A 4CJQA 4AILC 1LV5A 4J2BA 3QINA 4F2RA 2A1RA 4CF9A 4CFDA 3NHGA 3RR8A 3ZCMA 4RW8A 4DQIA 4E19A 1VK0A 1FXXA 4DTRA 2VG7A 3BDPA 3AA5X 1TAUA 5JS1A 4B08A 2XRIA 3TANA 4RG8A 1WLJA 1BCMA 1WNSA 3SCXA 1TL3A 4DSFA 2YNIA 3OYGA 4Z0UA 4XIUA 3HJFA 2VWJA 4B9TA 1WAJA 1NJWA 1A5WA 2EX3A 1S9GA 4IFYA 3S3MA 3U3YA 3RRGA 3AVGA 4ZHRA 4AHVA 4DQRA 4KB1A 4Y1DA 1NK8A 4AHTA 3L2UA 4KHNA 3O3GA 1IO2A 2W42A 3ITHA 1U49A 4DS5A 5DK5A 1XWLA 4E0DA 3NH2A 4N41A 3TAEA 3KLEA 4L8RB 1XHXA 4B8CA 4DSEA 3SI6A 4DSKA 4CESA 3H08A 1REVA 3MECA 3SV4A 1QSLA 3QIPA 4PY5A 4FZZA 4LSNA 3S9HA 4J2AA 2DTUA 2XY5A 3IAYA 1DLOA 1JLGA 2HHWA 4FCYA 2DFEA 4R5PA 3SUPA 4CF1A 1BL3A 4BDYA 2PZSA 4KHSA 3OYFA 3OYMA 3ZT2A 4CGFA 3ISNC 4CIEA 2OZSA 2BGGA 5KI6A 3U3GA 4DS4A 4CJTA 4CIFA 1S1XA 3DRRA 1TK8A 2VWKA 5KGXA 4KTQA 2WOMA 4I9LA 5CYQA 4O5BA 5SZTA 2RPIA 4CF8A 5CZ2A 1UA0A 1LAVA 3MAQA 2YNGA 3LDSA 4G1QA 1TV6A 3HK2A 3S3NA 4DTSA 1EKEA 5J2MA 4ELVA 3VA0A 3AVBA 4CJFA 3V1QA 4EZ9A 1KVCA 4CEDA 4JS5A 3NAEA 1Q9XA 4DFJA 2G8HA 4FJLA 4IDKA 3AO4A 1S6PA 4E1NA 1JL1A 4CJVA 1TKDA 4NYFA 4E7HA 1U47A 1QHTA 2D0BA 3HPGA 4KV8A 4NCGA 4CGIA 5SWMA 4FK0A 3CFOA 3OS2A 3QEVA 4CFBA 3L2QA 1ZBLA 3ZSOA 3CYMA 3NBPA 2OZMA 4OKEA 2Z1HA 4BWMA 4EZ6A 4CEAA 4I2PA 3E01A 4CERA 2X78A 1U04A 5E41A 3NCIA 4DTNA 4BE1A 3VA3A 4C8OA 5C25A 1NK5A 1W0HA 4H8KA 3QIOA 4CHPA 3MEDA 4FJNA 1NOZA 3F9KA 3T1AA 4DSLA 4F8RA 1RT5A 1RCHA 4Q0BA 2QK9A 4HTUA 3M8QA 4W5TA 1LW2A 4E7KA 4KHQA 2F8SA 4DFKA 5HRRA 4FK2A 3V9XA 2F8TA 4FJ7A 4KHYA 3VQBA 2IDOA 5KTQA 4OKKA 1BGXT 3G0ZA 1QQCA 4CGGA 3KK1A 1U4BA 1NK6A 3DOKA 3SQ4A 1SUQA 3I0RA 3C6TA 3K5LA 4RW7A 3L2VA 2DFFA 1QTMA 4BE2A 1B92A 2P1JA 2HHXA 1ITGA 2ZE2A 3AVHA 3OYKA 1RT7A 3T19A 3AVJA 3T3FA 1NKCA 4MFBA 4Z4EA 3EY1A 4E7LA 3SQ2A 2PYJA 4FLUA 1WSFA 2VG5A 2E6LA 3KIOA 3AVCA 1NKBA 2PY5A 2G8UA 4KHWA 1IKYA 2YKNA 1A5VA 4M3ZA 1L3TA 3QETA 1RTHA 3ALYA 2Z1GA 4QOZB 2IAJA 3DI6A 1LWFA 1S9EA 1Z26A 3DRSA 3P1GA 3VQQA 4M42A 2A1SA 4CGDA 4KPYA 2YNFA 4Y1CA 4M41A 4CJ4A 3SNNA 1KSPA 4QCLA 1NJYA 4KFBA 2FBXA 5EU7A 5KRSA 3SQ0A 4OPKA 5HBMA 1RDDA 4HUGA 3VQ7A 4FM1A 1IKXA 5HRNA 3K2PA 3L2WA 4B9VA 1KTQA 1VSLA 1KFSA 4CJLA 4ELTA 3M8PA 4JS4A 3KLHA 3KLFA 3VQAA 4FLYA 1SL0A 1J5OA 3DLRA 2HHSA 3QEXA 2BDPA 1DTTA 4DQSA 4CJUA 4F4KA 4HUEA 1B9FA 4M45A 1C1AA 2RN2A 4H4MA 3AO5A 3ZSYA 3KD1E 3L8BA 3NDKA 4AH9A 4O0JA 2DFHA 4KTZA 4DLEA 1J53A 3TAQA 4FJXA 1C1BA 4M3RA 4DFPA 4KI4A 3KJVA 2FBVA 3G10A 4EP5A 3FFIA 2FBYA 4UQGA 4I7FA 3DYAA 2ZD1A 3QO9A 3VQDA 4KO0A 4OLBA 1K6YA 4NCAA 1UOCA 5J2NA 1RTIA 2GV9A 1D8YA 3P83D 4CK2A 3EZ5A 2PYLA 1HNVA 4KI6A 3OYJA 3NGYA 4CFCA 5J2QA 1NK0A 4FK4A 1YT3A 3K5OA 2BE2A 1IG9A 4B9LA 4HHTA 3DM2A 1A5XA 3ZSXA 3SPYA 3LWMA 4BE0A 3TAPA 1T05A 3LP2A 2OYQA 1T7PA 4LD0A 3L3VA 1JXBA 1RT1A 1G15A 1W9HA 4NYNA 5CYMA 4OPJA 4DU4A 4DTXA 4OKJA 4JRQA 4BDZA 3SPZA 4KREA 2QKKA 3HXMA 3VQEA 2P5GA 3V9ZA 3IG1A 4DQPA 1NKEA 1UAXA 3DMJA 1RBVA 3KD5E 1XC9A 4W5QA 1KVBA 4CJSA 3CFPA 4HCBA 4KAZA 3LP3A 1MU2A 4CF2A 1L3VA 3PV8A 4FJKA 5C42A 3B6OA 3LP0A 1N5YA 1TK0A 1IKWA 3DLHA 4LH4A 1KVAA 1L3SA 2P5OA 4DMNA 1BIZA 5J1EA 4CEOA 3QERA 1T03A 3NH1A 1Q8IA 4CJWA 3K59A 3AA2A 4BWJA 2G8WA 5CZ1A 1SV5A 4E7JA 4FW1A 1JLQA 4CFAA 3PX4A 4BDPA 3LPUA 2HHTA 4J2EA 3O4QA 1RDAA 2IS3A 2XY6A 3QNOA 3A2FA 3S3OA 3ZT4A 1WSIA 2B6AA 3M8SA 3K58A 4FJMA 2O4GA 4N76A 3HP6A 4N47A 2YV0X 1HMVA 2HNZA 3KLGA 3TI0A 3AVIA 4CEZA 1QSSA 1BQMA 1C6VA 1RILA 4LSLA 1ZBHA 4C8LA 1D9FA 1KCFA 1BIUA 1TL1A 3AA3A 3OS1A 4CJKA 3OYBA 2QXFA 2Q3SA 3RMBA 4HVJA 3QEWA 2RKIA 2ZQBA 4CEFA 2G8KA 5FRNA 2HHVA 1WSJA 5DMRA 3KLIA 1WAFA 1BQNA 1C0UA 4IKFA 1JLAA 3UIQA 1NJZA 4CIGA 3CM6A 1BI4A 4CHQA 3TARA 1FK9A 3TABA 1C1CA 5KRTA 2F96A 4Q5VA 4M3TA 3LALA 4MQ3A 3LAKA 3PUFA 5FDLA 1TGOA 3WNGA 5T7BA 3I0SA 3RMAA 3ZSQA 3OS0A 1B9DA 1YVUA 4E3SA 3HM9A 3TAGA 4ID5A 3HVTA 3NFAA 1ASWA 3IS9A 2KQ2A 2IOCA 3K57A 3O4NA 1R0AA 4RW6A 4E1MA 1GOAA 1VSIA 4FJ8A 3NF6A 4FM2A 1I3AA 2KZMA 2B5JA 1KRPA 3CQ8A 2HVIA 4M3XA 4FJIA 3VN5A 3SYZA 1EP4A 4KRFA 4N56A 1C0TA 4I2QA 1TVRA 3MXJA 1RTJA 5FROA 3RMCA 4DU3A 3SUOA 3C6UA 4F3TA 2D0CA 5CY4A 3LP1A 3OYNA 4NCBA 4Z4FA 2FC0A 1NK7A 3DRPA 3DLGA 3SUNA 1XHZA 2JLEA 1VSEA 4PQUA 4LY7A 4DFMA 4N5SA 5JS2A 1ZYQA 1S1WA 1ZBUA 4W5RA 4B9MA 2HVHA 4DTMA 1JXEA 4CJ3A 4B3OA 3HVRA 1NK4A 4HUFA 1KLMA 2HW3A 2ETJA 3RRHA 3AO3A 1F21A 4TSXA 3LPTA 4OJRA 4AHSA 3HO1A 3OYIA 2G8IA 4DWIA 2NUBA 3NGIA 1RDBA 4EP4A 1HNIA 4CF0A 3HPOA 1S1UA 1KFDA 3OYCA 1SL1A 2XHBA 3PX0A 3KKRA 3AVLA 4DTOA 4W5NA 3SQ1A 4O0IA 1CZBA 1D9DA 4PUOA 1S6QA 3SJJA 4DQQA 1HPZA 1TAQA 1HYVA 1S5JA 2D5RA 2HNDA 1QSYA 3QEPA 2HB5A 1LWEA 1RBSA 5J2PA 2RF2A 2ITGA 3DOLA 2OA8A 4M3WA 2Z1JA 1RT3A 3P5JA 1VSJA 3OYHA 4C8MA 3ULDA 1RBRA 3AVKA 3ZSWA 2G8VA 3PO5A 2E4LA 3WNFA 3AVAA 4AHRA 4CHOA 3TAMA 3D0PA 1HJRA 3OVNA 4M3YA 4CEQA 4CK1A 4KHUA 4H4OA 1HYZA 4O55A 4FYDA 1SKWA 2Y1IA 1UWBA 3OYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLAG 3CC2N 3TTCA 3TSPA 3ASMA 2P9SA 2O8CA 4BACA 2FBTA 3VEXA 4X62K 4JI8K 1VSMA 3O9QA 5C0YA 3VQ4A 3O08A 3JAMO 1BISA 3EN9A 3HSTB 4DSIA 1SZ2A 2P9NB 3ZSVA 2I5JA 1VSKA 4H5VA 1VSDA 4NXNK 4LH5A 5BN9A 5B8HA 4QS8A 5M1KA 2O4IA 4JKDA 1WSEA 3NF7A 1U45A 3LWLA 1BI4B 3KK7A 2NRXA 3O9TA 4YOVA 4OVLA 3HI0A 3OYEA 2GUPA 4C8KA 2Q1NA 3RWUA 1DKGD 1SL2A 2X6NA 4FVMA 1NGAA 3DLLL 3LZJA 1CZ9A 2BANA 1JLEA 2W40A 1RDUA 1KLNA 2YHYA 1NG9A 3IKMA 4IO9L 4Z4HA 1XMOK 4EHTA 3MXMA 3OJSA 4GMJB 4M3UA 4ELUA 2B4JA 2RHKA 2R7YA 5FRMA 5KGWA 4LFAK 5I42A 1BCOA 3F5TA 4J2DA 1IJJA 2D0AA 4YDUA 4JKFA 1CXQA 3EEQA 1WBBA 3JYTA 4JRPA 3AO1A 3C95A 3RMDA 1NMDA 3AVNA 1Q9YA 3V1RA 3VF6A 5AJ3K 3MXIA 4FJJA 3AO2A 3SZ2A 1JL2A 4CHNA 4H5NA 1X9JA 4RTFD 3J8AA 4IOXA 3H6EA 1W97L 1VSFA 3M1FA 1N6QA 4B9NA 4JKBA 2YHBA 3G4SN 2QKBA 4ZTJA 2VYPA 1NU0A 3OYLA 1UA1A 1CLQA 3HYFA 3VQ9A 4B3TK 4FWLA 3WQTA 2D1KA 2Z1IA 4WE1A 5AR0A 3JS6A 1VQNN 2RE2A 4IOCL 3VQ5A 2E2NA 4B3SK 1LW0A 3P39A 4M63C 4DTJA 4O44A 5BRFA 1KAYA 5C12A 2G8FA 4Z4CA 3HL8A 2NRTA 1KAXA 3QINA 4CFDA 3RR8A 3ZCMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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