The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
MSKRKAPQETLNGGITDMLVELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Three-dimensional solution structure of the N-terminal domain of DNA polymerase beta and mapping of the ssDNA interaction interface.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA POLYMERASE BETA
|
| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Nucleotidyltransferase (dna-binding)
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| total genus |
13
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 1996-04-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14716 | HHH_8 | Helix-hairpin-helix domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase beta, N-terminal domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PFQ A; 5J2I A; 8ICI A; 1DK2 A; 8ICN A; 4X5V A; 4I2I A; 2P66 A; 9ICQ A; 9ICT A; 4YD1 A; 4UB5 A; 4RQ0 A; 3C5F A; 5J0X A; 4PGQ A; 1ZQA A; 4K4G A; 5J2K A; 1MQ3 A; 5J2J A; 4I2F A; 7ICM A; 1ZQD A; 3RJI A; 4PHP A; 1XSN A; 4F5P A; 3OGU A; 2BCQ A; 4RQ6 A; 7ICU A; 3LK9 A; 4RT2 A; 4YD2 A; 3MBY A; 3JPR A; 9ICP A; 5IIM A; 4XUS A; 4PPX A; 4NM1 A; 4I2C A; 4PHE A; 4RQ2 A; 4UAY A; 4YCX A; 4KLG A; 4M9J A; 4UAZ A; 3MDA A; 5J2A A; 4R63 A; 3TFS A; 4UAW A; 9ICR A; 4DOC A; 1KDH A; 4UBB A; 4QZI A; 5DBB A; 8ICL A; 8ICM A; 8ICX A; 4IQU A; 4RPX A; 3C2L A; 3JPO A; 4GXI A; 1BNP A; 4TUR A; 4JWM A; 7ICF A; 7ICT A; 5IIN A; 7ICJ A; 3JPN A; 3MGI A; 2PFP A; 4KLQ A; 8ICG A; 4MFC A; 4R64 A; 4M0A A; 1TVA A; 7ICH A; 4QZF A; 4I2B A; 4M04 A; 3MGH A; 1ZQN A; 8ICR A; 1BNO A; 4TUP A; 5D4B A; 4Z6F A; 1XSP A; 4PHA A; 4RQ7 A; 1ZQJ A; 4I2A A; 4RT3 A; 4K4I A; 5BPC A; 9ICG A; 3UXN A; 4O9M A; 4KLE A; 4R66 A; 2IHM A; 3V7L A; 3JPQ A; 1ZQF A; 4KLI A; 4LVS A; 4I28 A; 4MFF A; 4PH5 A; 1ZQR A; 4RPY A; 2PXI A; 5J29 A; 4M9L A; 8ICH A; 4I27 A; 3UPQ A; 5J2C A; 1MQ2 A; 5DB8 A; 3RJE A; 3C5G A; 8ICY A; 4O5K A; 1ZQG A; 7ICR A; 4RQ4 A; 5III A; 8ICF A; 5J0O A; 1XSL A; 3GDX A; 4UB1 A; 5J2E A; 2PFO A; 4F5Q A; 4MFA A; 4I2D A; 8ICU A; 1BPZ A; 7ICK A; 2FMS A; 2I9G A; 4RQ8 A; 3UXP A; 4I2G A; 4XA5 A; 9ICV A; 4NLK A; 4I2H A; 5J0S A; 9ICA A; 3UQ0 A; 4Z6C A; 8ICQ A; 5DBA A; 2KP7 A; 2GWS A; 8ICP A; 1BPY A; 1BPX A; 2W9M A; 4NM2 A; 4NXZ A; 4KLJ A; 4IQV A; 5HHI A; 3B0Y A; 4KLT A; 1ZJN A; 2ISP A; 4QZH A; 4KLS A; 4P2H A; 8ICV A; 4F5N A; 5DB6 A; 8ICW A; 4LZG A; 9ICJ A; 1ZQQ A; 9ICL A; 5J0Y A; 1ZQM A; 4TUS A; 4RPZ A; 1ZQB A; 5HHH A; 5J2B A; 4YN4 A; 2ISO A; 5DDY A; 4KLD A; 5J0T A; 1HUZ A; 4YMO A; 9ICH A; 9ICO A; 5D49 A; 4GXJ A; 4M9G A; 4F5R A; 4NLZ A; 4KLL A; 4PGY A; 4Z6E A; 3AUO A; 3JPP A; 4I29 A; 1JMS A; 3AU6 A; 9ICW A; 5J0P A; 3UQ2 A; 9ICB A; 5EOZ A; 1ZQK A; 5J0W A; 1ZQO A; 4NY8 A; 4M47 A; 4MF8 A; 4I2E A; 4IQW A; 9ICU A; 4DO9 A; 3UXO A; 1ZQL A; 4QZ9 A; 5BOL A; 5IIL A; 4QZA A; 3RH4 A; 3RJK A; 4LZD A; 2BCS A; 5CWR A; 4NLN A; 4YMN A; 3RJJ A; 4UB2 A; 4K4H A; 4MF2 A; 5J2D A; 3RH5 A; 4RQ3 A; 4QZB A; 4KLF A; 4PGX A; 7ICE A; 4M2Y A; 4UB3 A; 1NZP A; 4QZ8 A; 8ICZ A; 8ICC A; 3RJH A; 9ICC A; 2BCV A; 5J0Q A; 4KLH A; 8ICA A; 1ZQS A; 7ICS A; 3PNC A; 5BOM A; 4I2J A; 4M9H A; 8ICT A; 4RQ1 A; 2FMQ A; 4KLU A; 2BPG A; 2FMP A; 4GXK A; 9ICN A; 4UB4 A; 3MDC A; 4QZG A; 1ZQH A; 3JPS A; 1HUO A; 7ICL A; 9ICF A; 3RH6 A; 4YMM A; 3HWT A; 4DOA A; 1ZQI A; 3V72 A; 5IIO A; 4M9N A; 4QZE A; 9ICM A; 5J2G A; 7ICP A; 2BPF A; 3C2M A; 5IIJ A; 1BPE A; 1TV9 A; 3RJG A; 7ICG A; 5DB9 A; 1ZQT A; 5TZV A; 8ICE A; 7ICN A; 9ICS A; 1ZJM A; 5J2F A; 4IQT A; 3C2K A; 1RZT A; 4PHD A; 3RJF A; 2PFN A; 3PML A; 5DKW A; 4Z6D A; 4JWN A; 5J2H A; 4RQ5 A; 4QZC A; 4F5O A; 1DK3 A; 7ICI A; 8ICJ A; 4UBC A; 3PMN A; 4TUQ A; 3JPT A; 8ICS A; 1ZQP A; 5J0R A; 7ICQ A; 8ICB A; 7ICO A; 8ICK A; 1ZQE A; 9ICE A; 3ISB A; 5CB1 A; 4KLM A; 8ICO A; 5DB7 A; 5IIK A; 3TFR A; 9ICK A; 9ICX A; 3HW8 A; 3B0X A; 5J0U A; 1ZQC A; 3V7J A; 2BCU A; 4KLO A; 3ISC A; 1KEJ A; 9ICI A; 4R65 A; 7ICV A; 5D46 A; 3V7K A; 4DOB A; 2BCR A; 4FO6 A; 1BPD A; 5DBC A; 4O5C A; 4O5E A; 3ISD A; 3HX0 A; 4QZD A; 3AU2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PR4 A; 5AM4 A; 2MU2 A; 8ICN A; 5ALT A; 1VLB A; 2Q4T A; 1BVS A; 2Y9T A; 4EYH B; 3OSP A; 4BGD A; 9ICT A; 1XO1 A; 3C5F A; 4B9T A; 1S5L U; 2HOF A; 2ZIW A; 4DLG A; 4K4G A; 4XRH A; 1MQ3 A; 2YQE A; 1XNS A; 2R8J A; 1Z4O A; 2Y9U A; 4DS5 A; 5L1J A; 2FPK A; 5AHX A; 1NJZ A; 3CP8 A; 4DQR A; 4FBU A; 4RQ6 A; 1J2M A; 2BPC A; 4IL6 U; 3WKA A; 4RT2 A; 3MBY A; 1Z4N A; 5KFE A; 9ICP A; 3QU5 A; 4UB8 U; 4UW9 A; 2XY7 A; 3NTU A; 3UM9 A; 5KTQ A; 1L8L A; 1SL0 A; 1V38 A; 4QWB A; 5HMM A; 1QSL A; 4NL9 C; 4ED8 A; 1HJP A; 3A0B U; 4R63 A; 3EPG A; 1BPB A; 3IG8 A; 3V6K A; 3M9M B; 1X40 A; 5AKI A; 2GO7 A; 4QZI A; 3V6J A; 2JEG A; 2ZJA A; 8ICM A; 5AKG A; 4NJ8 A; 1SV0 C; 4DL4 A; 2PKE A; 5L1K A; 3H40 A; 4GXI A; 4DL5 A; 4TUR A; 2VA2 A; 1D8L A; 4JWM A; 1YZ6 A; 4BWJ A; 5IIN A; 3JPN A; 3MGI A; 3FYH A; 2Y1J A; 3RAX A; 3LVW A; 3LDA A; 4ELV A; 4MFC A; 1NKE A; 3KHH A; 2GOL A; 4M04 A; 3F2D A; 5KFZ A; 3F53 A; 3ZDE A; 5KFW A; 4RQ7 A; 4KTQ A; 4RUA A; 4I2A A; 3F2B A; 2F1J A; 2IOF A; 4RT3 A; 9ICG A; 3UXN A; 1OW5 A; 1NK4 A; 2G06 A; 3KHL A; 2IHM A; 1TAU A; 3PY8 A; 3JPQ A; 5AKK A; 2M9N A; 1T7P A; 3HPO A; 1KLN A; 1L3S A; 4I28 A; 1SKR A; 1TE2 A; 2R8K A; 4QIW C; 1HIW A; 4C8K A; 1WCN A; 2KN7 A; 5DB8 A; 2ES6 A; 4J03 A; 5DLF A; 4YR0 A; 3E58 A; 4ECR A; 4IC9 A; 3TKA A; 1ZOL A; 1IG6 A; 4UAU A; 4OCZ A; 3G6X A; 3GIL A; 3QU4 A; 2F1I A; 2C2R A; 5C0Y A; 4CGZ A; 2ESE A; 4UB1 A; 2A19 A; 3SI8 A; 1L7M A; 8ICU A; 3SMV A; 1SL1 A; 3V6H A; 1Z1V A; 4RQ8 A; 2E8P A; 5KG0 A; 3NAS A; 3NUQ A; 3QU7 A; 1NK0 A; 4NLK A; 1FO4 A; 3PSP A; 2KZM A; 5ALY A; 3QUQ A; 4ED3 A; 1Q46 A; 2UVV A; 5KFR A; 2GWS A; 2K4E A; 1S76 D; 5AI6 A; 2YX8 A; 4F4X A; 1CI4 A; 1DOQ A; 4NM2 A; 4NL9 A; 4IS7 A; 4C4R A; 4O3O A; 3ETL A; 4KLT A; 2WF9 A; 2FI1 A; 4F5N A; 2VA3 A; 1GO3 F; 5CA7 A; 3TAD A; 4UAV A; 5AK4 A; 4LZG A; 1SV0 A; 2H5X A; 2K89 A; 2W04 A; 4O3N A; 3MGV A; 2ZUB A; 1ZQB A; 5HHH A; 4TQR A; 5J2B A; 4DQS A; 5DDY A; 1NKB A; 3HKZ C; 1SL2 A; 2R8G A; 5J0T A; 1HUZ A; 2WAQ C; 3H8M A; 9ICH A; 2JGA A; 5D49 A; 5AK6 A; 1KL9 A; 1KSP A; 4GXJ A; 2Y1I A; 3ZD9 A; 2FDR A; 4YR2 A; 3SV3 A; 3JPP A; 4OO1 J; 3BQT A; 1KKX A; 4C4S A; 2KV2 A; 5J0P A; 1X9S A; 3AQE A; 3WKD A; 3UQ2 A; 9ICB A; 2RLT A; 1UPH A; 4ED6 A; 2ASD A; 5KG1 A; 2OXO A; 4C8L A; 1ZQO A; 2JMG A; 5CJ7 A; 2KOB A; 1QH9 A; 1KN5 A; 1WUD A; 4DO9 A; 2ZTE A; 2NRV A; 4FE3 A; 1NK8 A; 2HSZ A; 4LZD A; 2BCS A; 4ZOH C; 1PK3 A; 5CWR A; 1PVR A; 3BQ1 A; 2D6F C; 4NLN A; 3NVZ A; 3VC8 A; 4UB2 A; 1NK6 A; 1LV5 A; 4KLF A; 3R9K A; 3FC4 A; 1ZQU A; 3MR6 A; 2ZIX B; 3C29 A; 1NZP A; 2R18 A; 4QZ8 A; 8ICC A; 1Z1B A; 1JI7 A; 1N48 A; 9ICC A; 2NYV A; 1DRG A; 2J6U A; 4C80 A; 2NRZ A; 3M6Z A; 2KJ9 A; 4US8 A; 5K4L A; 1PK1 B; 8ICA A; 1TK5 A; 5KFT A; 7ICS A; 3G6V A; 4XQ8 A; 4DF4 A; 2G08 A; 5AI5 A; 3ED5 A; 4KLU A; 2BPG A; 1KTQ A; 9ICN A; 4UB4 A; 3RBD A; 2JHD A; 2DWQ A; 4ECW A; 3JPS A; 3I28 A; 3M8R A; 4M6W A; 2BDP A; 2KFN A; 4DFP A; 4P0P A; 4YMM A; 1ZQI A; 4DOA A; 3MC1 A; 2KSO A; 4QZE A; 7ICP A; 2WB1 C; 5IIJ A; 3RJG A; 1T94 A; 2G07 A; 1N5W A; 3T5H A; 2KFZ A; 3C1Z A; 5KT7 A; 2YN4 A; 4Y2Q A; 4B6J A; 4J9Q A; 5TZV A; 2Y0S F; 2I1Q A; 1L7P A; 4WJ3 B; 5ALE A; 3ZDC A; 1S0N A; 2EDU A; 3RTV A; 3TAC B; 3PW2 A; 4QWC A; 1T4G A; 2DKZ A; 4RQ5 A; 4F5O A; 8ICJ A; 3PMN A; 4TUQ A; 8ICS A; 2YTU A; 1ZQP A; 1L6N A; 9ICE A; 4O3P A; 1AQ6 A; 3QX7 A; 1SGG A; 3TFR A; 2ODG A; 9ICX A; 2PI4 A; 3HW8 A; 2BGW A; 3K1Z A; 3B0X A; 2QLT A; 3NVW A; 4DWI A; 3PR5 B; 4CNQ A; 2ZIV B; 1ZQC A; 3GIK A; 3HRD D; 4ECS A; 2CPR A; 2W9A A; 3C23 A; 1NZB A; 2LYA A; 4C7Z A; 5KFC A; 4CCH A; 3BS5 B; 1ZQ1 C; 9ICI A; 3H0R B; 5KFS A; 1QQ7 A; 5KFP A; 1B43 A; 1JN3 A; 2XCP A; 1JUD A; 5KAF U; 2H3V A; 3GV7 B; 4P4P A; 1U9L A; 3LYS A; 3SYZ A; 2QAR A; 4QZD A; 2PFQ A; 8ICI A; 2ZIW B; 3OJS A; 5AIC A; 3C28 A; 1TAQ A; 1BGX T; 1B22 A; 3IN5 A; 5J8Y C; 2P66 A; 1OUQ A; 9ICQ A; 5KFN A; 3QUC A; 2F77 X; 4RQ0 A; 3MAB A; 5KAI U; 4DL7 A; 4ED2 A; 2OYY A; 4PGQ A; 2V4R A; 3SR6 A; 3H7I A; 3B9J A; 5L1L A; 3QZ8 A; 3PO4 A; 7ICM A; 2JR5 A; 2WF7 A; 1KBU A; 2F8L A; 2ZIX A; 4JUZ A; 2E1E A; 1ZQD A; 3D2N A; 1ZQX A; 2ZXI A; 5KFK A; 2LYH A; 3H8W A; 4F5P A; 1ZET A; 1PK1 A; 4EEN A; 2BCQ A; 2AQ0 A; 3AQF A; 4Q45 A; 2DBY A; 1IV8 A; 4FZL A; 5AIA A; 1WWU A; 4QW9 A; 3ETR A; 2BHN A; 4LJX A; 4YD2 A; 3M1Y A; 4FZM A; 3JPR A; 4ECX A; 4J9P A; 2YML A; 4YG2 A; 4XUS A; 3IRU A; 4I2C A; 3UMC A; 5ALR A; 1UCV A; 4UAY A; 4M9J A; 3QYP A; 2JRZ A; 3GIM A; 3HIL A; 4CE6 A; 4QWA A; 5J2A A; 2A1A A; 4QJF B; 4Y2Y A; 5DBB A; 1K1S A; 3SZ2 A; 8ICL A; 1QQ5 A; 1NNL A; 3N4M B; 4RPX A; 2XY5 A; 3M9N B; 1BNP A; 4Y2X A; 7ICT A; 2K8C B; 2MSN A; 3KOO A; 4OJP A; 4O0I A; 3Q8K A; 4Q8E A; 1D8Y A; 8ICG A; 3QUB A; 4R64 A; 1TVA A; 7ICH A; 4GFJ A; 4J9O A; 4I2B A; 2CXY A; 1ZQN A; 5D4B A; 2LM4 A; 2G09 A; 4PHA A; 3ZDD A; 1XS9 D; 3K75 D; 2E5S A; 5JTI A; 4F92 B; 1QSY A; 1FEZ A; 5L9X A; 3RRH A; 1X42 A; 4O9M A; 2W54 A; 4UQG A; 5EE9 A; 4HAI A; 3U26 A; 2QKQ A; 4DQQ A; 2AGP A; 2WFA A; 3KZX A; 2DL0 A; 1KRP A; 4EBC A; 1O03 A; 2EAO A; 4KLI A; 1L8O A; 3GZF A; 4NLG A; 4LVS A; 1V85 A; 1RQL A; 1YT3 A; 5KFU A; 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