1BVGA

Hiv-1 protease-dmp323 complex in solution, nmr minimized average structure
Total Genus 11
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
11
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Three-dimensional solution structure of the HIV-1 protease complexed with DMP323, a novel cyclic urea-type inhibitor, determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 11
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bvgA00
5P81A 5KQFA 5OZ6A 1ZTZA 5P77A 3EKQA 5P7BA 2NXMA 5P1ZA 1XS7D 4Y3WA 5DGUA 4A6BA 5DQ2A 4OD9A 2AZCA 2VJ6A 2V0ZC 5P24A 5COOA 4I0HA 2AIDA 5P0NA 3IXJA 1HBVA 4QJAA 4Y5PA 3O9LA 1Z1RA 2G69A 1K1TA 2PK5A 5P6CA 5P5UA 3CKRA 5P1EA 2JJJA 4YE3A 4I0EA 1AJXA 2V10C 4FM7A 3RTMA 4EWOA 4Y3JA 5P2AA 2I4WA 1CZIE 4HZTA 1K6TA 6UPJA 4PZXA 2JJIA 1MEUA 5OZWA 3DV1A 5PEPA 5F00A 4A4QA 5P1TA 3VV7A 1HEGE 5P1LA 4FRJA 3UTLA 1SH9A 5P0TA 1K6CA 1LF2A 2ZHTA 5OZBA 5BRYA 5ISKA 2ANLA 2QI4A 4FAEA 3PM4A 3VF3A 3EKWA 2ER6E 5P66A 2XFKA 2OHRA 5P1VA 1D4IA 2PH8A 3OUCA 5P2HA 3ZPSA 5HDVA 5C9BA 2G22A 4DV9A 2Z54A 1YTHA 3SFCA 5OZ8A 5P4NA 5P4IA 1YTJA 2R3TA 3IXOA 3O9FA 3DCRA 2WECA 1W5WA 3TKGA 5P8RA 5P06A 1SGUA 2QU2A 3UHLA 3EL9A 4K9HA 1K6PA 3K4VA 2R5PA 4HE9A 2B8LA 3K5GA 3PWWA 5P1WA 1NH0A 4AA8A 1GVTA 3CIBA 1QBSA 5P7JA 3SLZA 5P5JA 4B72A 1C6ZA 3O9BA 5DR3A 5P4XA 3NDUA 5P63A 4X2LA 4PYVA 4Y4WA 3O9HA 1PSAA 1FMXA 3ZPTA 5P0SA 5P7WA 4Y4UA 1NPAA 2V12C 5P0XA 1TQFA 1GVVA 1E80E 5DQ1A 5P54A 3OTYA 1FQ8A 2QI1A 3I25A 5HE5A 1AAQA 3HLOA 5P3LA 5P4RA 5P03A 4GYEA 5P6RA 5P07A 4BFBA 2G24A 5P4WA 1W51A 5OZLA 5P2OA 5P8VA 4IVTA 3IAWA 3BHEA 5P6MA 3HVGA 2QNPA 1ODXA 3TOHA 2ZHVA 3BRAA 5HCOA 3URLA 5P0WA 5P3TA 5P1IA 5P3MA 5P8JA 1HXBA 5P4CA 5P33A 2PSUA 2WF3A 3QRSA 1BXOA 3EKYA 5AH9A 3NXEA 5P56A 2WL0A 5P2MA 5P7PA 3ER3E 1HXWA 5P2KA 5JFPA 5JODA 3U71A 2OHTA 2VJ9A 1G0VA 5P8BA 3EM6A 5HCTA 3LPKA 2P3BA 3FV3A 5OZHA 3OAGA 1MTRA 1A8GA 1FKNA 3O9IA 4GJDA 4H3JA 5P6FA 5P52A 1EBWA 3OU1B 2OAHA 5P4LA 3SA5A 5OYVA 3INFA 3L58A 4J1KA 3OK9A 4Y4GA 3IGBA 2AODA 4CPSA 4Y3EA 4EJ8A 2B42A 3HD8A 1UPJA 3GGUA 3LITA 4D88A 1B6LA 5P8CA 4CPRA 3PSUA 2EWYA 2O4LA 3AIDA 2BPXA 3OXVA 2UPJA 5HDUA 4Y53A 5P3DA 5P0JA 5P7OA 2ZGAA 3N3IA 4FRKA 4H1EA 3DM6A 1HVRA 1QBUA 5IS4A 2NNPA 1Q9PA 2RSPA 5P2EA 4B05A 5DGWA 2AVSA 4BFDA 3VUCA 3L3AA 4K4PA 5ER1E 4CKUA 4OBHA 4LL3A 4B70A 3S7MA 4NJUA 5KOQA 4XKXA 3O99A 2FXDA 4RVXA 3UQXA 4ACUA 3QBFA 3PGIA 4J0YA 4Y5MA 5DR8A 5P86A 2H6TA 4ZSQA 4EQ0A 2QHYA 2Q11A 4MC2A 4YD3A 4DQEA 5DR4A 1FQ4A 4YD7A 4DUSA 3KMYA 3QVCA 1QS8A 1SDVA 4YCKA 4K4RA 3KDDA 3QAAA 5OZ3A 5HU0A 2IKUA 4OBZA 3OUAA 5P7IA 5P6LA 4APRE 3K1WA 1D4HA 5P3SA 1HTRB 3DV5A 4CPWA 2HPEA 2QP8A 3PWRA 3TPRA 3R2FA 1W5XA 4CP7A 4Y3FA 1HPSA 3AUPA 4QGIA 1A8KA 1HVIA 1OEWA 3S53A 5P5RA 4QLHA 3SM1A 5BS4A 4R5NA 1META 3QIHA 3SO9A 2BJUA 1DIFA 5P4AA 1BIMA 1TCXA 3OXWA 5P44A 4I0FA 1NPVA 2Q63A 3TPPA 1T7KA 4EP2A 1QBTA 1LEEA 1YTGA 2PYNA 3SA4A 5P6DA 5IVQA 2AOGA 1EPNE 2SAMA 2ZJIA 2O40A 5OZRA 3FKTA 2QI0A 5DR1A 4Y3DA 2CENA 1IZDA 2F8GA 5OZZA 5OYQA 2G1RA 3KDCA 1MUIA 4Y5GA 5P5QA 5P80A 3TKWA 4B78A 3DOXA 1C6XA 4XX3A 4ZSMA 5JG1A 2HM1A 3O9EA 4RVIA 2RKGA 3WB5A 5P7FA 5P0QA 5OYTA 1SP5A 3LIXA 5P0FA 3DUYA 3SA3A 3QROA 4CPXA 5P2ZA 4LP9A 2P3AA 5HE4A 3QVIA 2AVOA 2QZWA 5P6KA 4FGXA 1EBYA 1SMEA 5P1PA 5P74A 3OADA 2FNTA 1LYWA 5P7SA 5P5PA 5DR7A 2P83A 1K6VA 4L6BA 3UDQA 3S56A 3KM4A 5P4JA 3K5DA 3IVIA 4Y37A 4Y5AA 2HS1A 1MRWA 3LIQA 5AH6A 5KQYA 1GVWA 3GGVA 3NWQA 2OHKA 2OHQA 2R9BA 4Q1YA 4PEPA 3INDA 2VA6A 1MERA 5P69A 5P0LA 1UH9A 4Y39A 2HB4A 4OC6A 3KYRA 2G94A 4FM8A 3OUDA 5P3KA 5OZPA 3PLLA 5OZJA 3F9QA 2VS2A 4ZPFA 1RNEA 2Z4OA 5DPZA 3L5CA 5P12A 4S1GA 4WY6A 2V11C 5P2SA 1FFIC 1GNOA 5P48A 4B1CA 5P46A 4Y3TA 5P28A 5P2UA 1BV9A 4DJPA 4J1HA 3OGPA 5OZ9A 1RQ9A 2Q15A 2QMGA 5P7MA 4Y3SA 4YHQA 5P2DA 2I4XA 5P4YA 3DCKA 4L1AA 3WZ8A 2HC0A 4LAPA 4B1DA 2VA7A 5P3FA 1EC1A 1LF4A 4D83A 1ZP8A 2APRA 3PI5A 4KB9A 4Y3PA 2V16C 3H0BA 5OZTA 5P84A 3SM2A 1LS5A 1KZKA 2HB2A 2JE4A 2B8VA 2PQZA 3HVPA 2VIZA 1A9MA 3N4LA 5HU1A 3GGAA 5KOSA 5P5XA 4F74A 5P02A 4LBTA 2AOJA 5P6YA 3KFSA 3MSJA 1HVJA 4TRYA 3T6IA 4EQJA 4KE1A 1SIPA 4L7GA 2ZJKA 3BXRA 3EL1A 5P38A 2PK6A 4FAFA 4GJAA 2FNSA 4ZE6A 4R95A 3L5EA 1FQ7A 5OZYA 1TSUA 2V00A 3TNEA 1PPME 1BVEA 3HAUA 1HSHA 5HDXA 5P8MA 3TOGA 4Z22A 4A6CA 3PLDA 2XFJA 2Q54A 3NU6A 2I0DA 4EP3A 5P0UA 5P8OA 5P6QA 2AOCA 4I8ZA 3BUFA 5P6PA 1FQ6A 3G6ZA 1K2BA 3NYGA 3ER5E 4CPTA 2G1YA 5P20A 3QPJA 3BUHA 5P0YA 3I8WA 5P1DA 3VF7A 3URIA 4YOBA 3S45A 4Y5KA 5P8TA 3UQPA 2P3DA 1AIDA 1BWBA 3Q3TA 5P0ZA 4Y41A 1MTBA 4DJWA 1SBGA 3NXNA 3CYXA 4Q1NA 5P1OA 3KMXA 1EPLE 3PSYA 5P6IA 1EPME 1HRNA 5P8GA 1M43A 1ZSFA 5P14A 2J9JA 2A1EA 3QN8A 3C9XA 7UPJA 4YCYA 1T3RA 3UF3A 1ODWA 1ZPKA 5OZ1A 5P08A 3UCBA 4FRSA 1IDAA 3OQ7A 5P5NA 2I4QA 4GJBA 4PPHA 3S43B 5OZUA 3FNSA 5P88A 1YTIA 5P4EA 2HIZA 2HPFA 3D1XA 5P0OA 3D1YA 4YOAA 4ZEAA 3LIYA 1D4KA 5OZOA 4J0ZA 4XX4A 1BWAA 2G1SA 5P42A 3QRMA 2AVQA 5P2YA 4EJDA 4OBGA 5P30A 1MT9A 5P31A 5P7UA 2ASIA 1HSIA 3IVHA 2QMPA 1XN3A 2ZJHA 3T3CA 2UXZA 1APVE 3EM4A 1KJGA 1PSOE 3L5FA 4B0QA 2JYSA 2O4SA 4J17A 4GJ8A 5P8QA 2XYEA 1SMRA 3ZL7A 3R0YA 4NPUA 4J5JA 2QMFA 8HVPA 3TPLA 2R3WA 4OD9B 4Y3AA 2QMDA 3JVWA 2VNNA 3SAAA 3Q4BA 3L5DA 1AJVA 2G1NA 2O4PA 1XL2A 3O9LB 3ST5A 4TRWA 2WHHA 5P6GA 5P7KA 2FDDA 3VFBA 1G35A 3PVKA 4N00A 2NR6A 2Q3KA 5P5EA 5P58A 4ZPGA 1MT8A 5P3BA 2WEZA 3K5FA 5KR1A 2I4UA 4H3FA 3ZLQA 2NXDA 5P3UA 3PBZA 2IENA 2O4NA 5P7NA 5P5DA 3SA9A 3BC4A 1GVXA 2FXEA 3EXOA 1RL8A 4HEGA 2WF0A 3PWMA 2QK5A 5P1CA 3VCMA 4QJ8A 2NMYA 3UQRA 2OHSA 4OBDA 5P17A 5P1JA 5P5HA 3K5CA 3OY4A 1D4YA 4D85A 5OZDA 3VLAA 1YT9A 3OWNA 1FF0C 1VIJA 5AH8A 5P3JA 4LXMA 5P4VA 4FS4A 5P5OA 4Y4DA 5E5JA 1HVKA 5P7DA 3BXSA 4Y47A 2BQVA 4Y4XA 5KAOA 1LZQA 4WY1A 3PBDA 3UQUA 3OU3A 1OD1A 5FIVA 3B7VA 5ISJA 3S8IA 3OOTA 5P8AA 5P3PA 4RYGA 2B7ZA 1U8GA 4KE0A 5P4DA 5SZ9A 4DQHA 5P3AA 5P64A 1Z1HA 1IBQA 5P2TA 1HPOA 2QI5A 4FCOA 3VV8A 5P3IA 5OZMA 4Y4BA 5B18A 1EEDP 1C70A 3LHGA 4MC9A 2OF0A 4FSEA 4HDPA 3LZSA 4GJ9A 4Z2ZA 2P8HA 5P2CA 5P00A 5CONA 4Y4EA 5P1YA 3OHHA 1HIIA 4OBKA 4Y9WA 3OGQA 4DQGA 4U8WA 3QP0A 4ZPEA 3APPA 2QD6A 2VIEA 4EHCA 1N49A 4LXAA 1QDMA 4QJ9A 1MVPA 3SKGA 3U7SA 2QI3A 4LHHA 5P4ZA 5P0DA 3T7PA 1OHRA 4R91A 5TOLA 5BWYA 3HBOA 1HVSA 3EKTA 5P0PA 5P4PA 4Y56A 1UH7A 4CMSA 3HDKA 5P32A 5HD0A 5P57A 5P40A 3PSGA 2ZHUA 3SPKA 3INHA 2FIVA 2PWCA 5P6BA 1BDQA 3VSWA 1KJ4A 5P39A 2IEOA 4DJVA 5P8KA 5P1XA 5P71A 4DQFA 3HZCA 2P3BB 4GJCA 5P6ZA 1GKTA 2BKSA 3HAWA 3KN0A 3OAGB 3FNUA 5P5IA 5C9DA 3UDJA 4Y36A 4JPEA 4Y4TA 3BGCA 1PROA 2BPYA 3BVBA 4M8XA 5P3HA 3OQKA 5OYWA 1W5YA 5P0IA 1BXQA 4J1FA 5P5WA 1HPXA 1KJ7A 5P3RA 3WZ7A 5P19A 4HDFA 5P6VA 3ZKXA 4ZIPA 4Z4XA 1HIHA 3NDTA 5P09A 3SABA 1DW6C 4Y51A 4F75A 4I8WA 5P89A 1ZJ7A 4Y50A 5P4QA 1W50A 1YX9A 3LNKA 5P2WA 4Y5CA 5OZAA 4KUPA 5P61A 5KR2A 1K1UA 2R8NA 5P65A 5P1BA 1EC0A 3K4VC 4Y3QA 5P73A 3B80A 5P6UA 3QBHA 1LYAA 3TL9A 1FEJC 4ER1E 2A4FA 5P0GA 5OZEA 5P8SA 1YM2A 3MXEA 2G20A 2QCIA 4PHVA 2AOFA 3ZKNA 3IN3A 2F80A 3TH9A 3URJA 4Y38A 5OZKA 5P3OA 1AVFA 1HOSA 1WBMA 3MXDA 4CPUA 2I0AA 3EMYA 5P5LA 2P4JA 4OBZB 5P5ZA 4DPFA 3OQDA 4I0JA 1KJFA 5P2XA 5OYUA 5P5GA 2F81A 5APRE 5OYZA 1SIVA 1A30A 2CEMA 2H6SA 1D4LA 3PMYA 5P1MA 3KDBA 5P6XA 2I1AA 1IDBA 4DJYA 4Y43A 1HTGA 4FE6A 5P15A 4K8SA 5JFUA 1LYBA 5P36A 1F7AA 5P0KA 5P2VA 2QNQA 4Y5BA 2AVVA 1XN2A 2BPWA 4ER4E 5HE7A 2UY0A 2WEDA 4LXKA 1K2CA 5P7HA 5UPJA 3MWSA 4YA8A 3GI6A 3O9CA 5P78A 2ZDZA 5P2FA 1B5FA 4Y54A 5P8HA 3BGBA 4GZFA 3EBZA 4QJ6A 1AZ5A 2VIYA 4DVFA 2AOIA 4RRNA 5P3CA 5P4FA 1OEXA 5P79A 6FIVA 5P4HA 5P8EA 4Y3NA 2RKFA 5I3YA 3OHFA 1HVLA 5P6SA 4R93A 3ZKGA 4NJSA 2OHNA 4RROA 5P75A 4X7IA 5P1HA 4DJUA 2FS4A 2VIJA 3KT5A 3EKPA 4D89A 1B6KA 5P8IA 4QJ7A 3NUJA 2R5QA 4EJKA 1LF3A 4J0PA 2JXRA 5P2GA 4RCEA 3VFAA 1VIKA 5P3QA 3M9FA 2HB3A 1EC3A 3OADB 5KR0A 2RENA 3PI0A 1LYWB 2NMZA 2BKTA 3SACA 3SQFA 1E81E 4MC6A 3VG1A 5IVRA 3UDHA 1BBSA 2ZJJA 3S7LA 1EPOE 2IDWA 2QHZA 4D8CA 1Z8CA 1HIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P81 A;  5KQF A;  5OZ6 A;  1ZTZ A;  5P77 A;  3EKQ A;  5P7B A;  2NXM A;  5P1Z A;  1XS7 D;  4Y3W A;  5DGU A;  4A6B A;  5DQ2 A;  4OD9 A;  2AZC A;  2VJ6 A;  2V0Z C;  5P24 A;  5COO A;  4I0H A;  2AID A;  5P0N A;  3IXJ A;  1HBV A;  4QJA A;  4Y5P A;  3O9L A;  1Z1R A;  2G69 A;  1K1T A;  2PK5 A;  5P6C A;  5P5U A;  3CKR A;  5P1E A;  2JJJ A;  4YE3 A;  4I0E A;  1AJX A;  2V10 C;  4FM7 A;  3RTM A;  4EWO A;  4Y3J A;  5P2A A;  2I4W A;  1CZI E;  4HZT A;  1K6T A;  6UPJ A;  4PZX A;  2JJI A;  1MEU A;  5OZW A;  3DV1 A;  5PEP A;  5F00 A;  4A4Q A;  5P1T A;  3VV7 A;  1HEG E;  5P1L A;  4FRJ A;  3UTL A;  1SH9 A;  5P0T A;  1K6C A;  1LF2 A;  2ZHT A;  5OZB A;  5BRY A;  5ISK A;  2ANL A;  2QI4 A;  4FAE A;  3PM4 A;  3VF3 A;  3EKW A;  2ER6 E;  5P66 A;  2XFK A;  2OHR A;  5P1V A;  1D4I A;  2PH8 A;  3OUC A;  5P2H A;  3ZPS A;  5HDV A;  5C9B A;  2G22 A;  4DV9 A;  2Z54 A;  1YTH A;  3SFC A;  5OZ8 A;  5P4N A;  5P4I A;  1YTJ A;  2R3T A;  3IXO A;  3O9F A;  3DCR A;  2WEC A;  1W5W A;  3TKG A;  5P8R A;  5P06 A;  1SGU A;  2QU2 A;  3UHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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