1BWFO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords GLYCEROL KINASE
total genus 162
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bwfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bwfO01
3L6QA 4Z94A 3VOVA 5AQJA 3LDLA 4BRIA 3RSEA 3CI5A 4BRNA 1ZBSA 3S41A 3UB5A 4GY2B 1GLJO 5JMVA 1E4GT 3VEZA 1MA9B 4WQ4C 4FWSA 3U4LA 3UKRB 2YHWA 3ULEB 4CI6A 4CBUA 1BA0A 2GUPA 2Q0UA 5LJWA 1RFQA 2OANA 2ASMA 2YHXA 3H46O 3GDQA 3IMXA 4BVOA 2YHYA 2A40A 5F0XA 1Z05A 5AQVA 5EX5A 3ZEUA 5AQHA 1ATSA 3ENHA 4DB3A 2P9PA 1QZ6A 5ADXH 3DXMA 1X9JA 3D7EO 2Q97A 2Q31A 3M3ZA 2QWRA 1IG8A 3EZWA 4BRFA 4FWQA 4PL7A 1U6ZA 4CZKA 5BPNA 4H0OA 4BREA 2I7PA 1GLDG 1K8KB 2W41A 3JXUA 3H3OB 3HI0A 1X3NA 3KZBA 4DQ8A 5BR9A 2ZGYA 3GBTA 2HF3A 3AARA 1DGKN 4DHYA 2GWJA 3LDNA 4H5WA 4IWVA 2A5XA 3VETA 5BREA 2NRHA 5AQMA 4FOIA 4BRLA 4H0PA 2YI1A 3DXMB 5AQTA 4RCHA 1U2VA 4BRAA 4ISEA 4PKIA 2GWKA 4A62A 5AFUA 4GNIA 4FWPA 4MO4A 3IDHA 2A41A 1XQSC 2CGLA 4B9QA 2VCPA 1ZC6A 3GL1A 2GELA 4IO8A 3SJHA 4BR4A 1NGFA 1HKGA 2ZWHA 4BR5A 2PBDA 5JLFA 4BVPA 2VWBA 3CJ7A 4BGBA 4XH5A 3AAPA 3AAQA 3HZ6A 3I33A 3QMLA 4BC2A 5AQXA 2NZTA 2QM1A 4M7YA 2UYTA 2CGKA 1MDUB 4PL8A 5AQUA 3QBWA 5KPZA 4WQ5A 1T6CA 3A5OC 2FXUA 3DAWA 4K43A 1BDGA 1SZ2A 3CHWA 4FOEA 4M63C 5AQSA 3C7NA 1HUXA 5ADXA 1T6DA 1OKJA 4I6MB 1ATNA 3VESA 3FZFA 3CJCA 1Q18A 2P9NA 3FGUA 2BTFA 4H0TB 5AZIA 5BRFA 3CJAA 1JCEA 1NWKA 5E84A 5FPNA 4JD2B 3J8AA 3FR0A 3UKUA 4MLEA 5JLHA 4CD1A 4PKGA 3HSCA 3DJCA 5AQGA 3FLCO 3VF6A 3LDPA 3MMVA 5BPMA 1R59O 3CJ9A 5AFUH 4H5NA 3VEWA 3GOIA 3M6GA 3VERA 3SLCA 1KAYA 3D2FA 2BUPA 5TKYA 4K25A 2P9LA 4ISFA 3O8MA 1DEJA 4BRDA 3D2EA 2A3ZA 2P9IB 2YJFA 3WQTA 2Q0RA 3B8AX 3VF4A 4JAXA 4BC3A 4BQZA 1S22A 2QXLA 1BWFO 4BRHA 4CJ7A 4CZMA 4AM7A 1TYQA 2W40A 5BN9A 2A6AA 3WXKA 3O5BA 4JNEA 4M7XA 2P9KA 4CD3A 5BRDA 4K42A 3FFKB 4BR9A 3SMPA 1D4XA 3QICA 2GTDA 4KBOA 2I7NA 2P9SB 2A42A 5AQRA 1YVNA 3ZETA 3R9PA 4ISGA 2P9LB 3BP8A 2ITMA 4BC5A 2ZF5O 2QWMA 2QW9A 1H1VA 5FPEA 3QDKA 5EY4A 3ENOA 1TYQB 2ASPA 3O6WA 3LM9A 3VEVA 4NB4A 3RSEB 1BOTO 3R6MA 4H03B 3ID8A 3O08A 3O80A 4EIAA 5F1XA 3ATVA 1TUUA 4L3QA 2DPNA 1BU6O 1V4TA 1NM1A 4RWTA 5AQZA 3WUHA 2QWOA 3WT0A 3F9MA 1YAGA 2D4WA 3BUZB 1NGCA 5AQPA 1KAXA 4WYBA 4JN4A 3ZEUB 2WUSA 1CZAN 3CQXA 2Q2RA 3O1WA 3MDQA 3WXJA 4B1ZA 2FSKA 3KHYA 2P9PB 1KXPA 4YDUC 1NGBA 2E20A 1GLAG 4HWIA 1BUPA 4BR2A 5LY3A 1KAZA 1YXQA 4PKHA 1IJJA 4B1WB 3A8YA 1WUAA 1GLFO 1X3MA 2QWPA 3H1VX 3QFUA 3DWLA 4BGAA 5JICA 4BG8A 1ZXOA 3MN7A 2P9UA 2E8AA 3EKUA 1T44A 3TU5A 4LC9B 3VPZA 1MWKA 5E26A 3FZHA 5AQLA 4H5RA 2ASOA 1U2VB 3WQUA 2YJEA 2PAVA 3MK6A 4EFHA 5AQIA 2H3GX 3U8XA 4FPAA 4AM6A 4CZGA 4CBXA 2D1KA 3CERA 1JCGA 5AZJA 4J8FA 3VGKA 3H45C 4JHDA 2V7YA 4BRCA 5AQQA 3BF1A 3FZMA 1MWMA 2QWLA 5CE3A 4FWRA 3ZX3A 3U9DA 5BPLA 3CQYA 3QB0A 2CH6A 3BEXA 4IZ9A 3P4IA 3QFPA 5AQKA 4FL9A 5AQWA 1DKGD 4F9OA 1RDWX 3HTVA 4FWKA 3C7NB 4CZHA 3LDQA 1NLVA 3EN9A 2FLOA 3WEEA 4H0YB 5AZJB 4FWNA 1NGJA 4JHDB 1NMDA 4O8KA 4BC4A 5KQ8A 2P9NB 3G25A 2F9WA 3LM2A 4H0VB 5AZIB 5AQYA 3C0BA 4BG9A 5LJVA 1HKBA 4B1VA 4QS9A 1XC3A 3UE5A 2J4RA 4B1XB 3H6EA 1ATRA 1NGHA 4O5FA 5AR0A 3UKUB 4MO5A 4BR0A 4DCHA 3ZX0A 3UKRA 1SAZA 4A2AA 1RGIA 5EOYA 4IJAA 2HMPA 3I8BA 3WEEB 1HX1A 4BRMA 2VYPA 4BR7A 2E2OA 3D2FB 1NGDA 1TUYA 2EWSA 3EL2A 3D2EB 4XH1A 1HKCA 3O1BA 3QBXA 2IVPA 2E2QA 2QWNA 1S3XA 3LDOA 3A5NC 3IUCA 1K8KA 2P9KB 2E88A 2YCHA 3CJ1A 1NGAA 4XH4A 5FPMA 4XEIA 1GLLO 2CH5A 3L0QA 3MN9A 3EKSA 1XUPO 2D0OA 1ESVA 4CZIA 1C0GA 3ZETB 1QQMA 3BF3A 3L4IA 4WQ4A 5AQOA 3W3DA 1G99A 2FF3B 2V7ZA 5EXWA 4C23A 4H0XB 1JCFA 3VEYA 1NBWA 4QS8A 3DXKA 4EHTA 4Y0WA 1NGGA 3ZX2A 4FWLA 3TPQA 3CJBA 1WOQA 2FSJA 3MN6A 4MLHA 2HOEA 4A61A 3VGLA 3SMSA 3WXLA 3VENA 4WQ5C 3GE1A 5BRHA 3R8EA 2HF4A 3VGMA 3H3NO 1J6ZA 3KVGA 5KPTA 4BRPA 1EQYA 4QS7A 2V52B 3A0IX 4E1JA 2F9TA 5EVZA 4BRQA 4BROA 3LL3A 4CZLA 1Z6RA 4CZEA 1V4SA 2AP1A 3M1FA 4HTLA 4CBWA 1HPMA 2KHOA 3DXKB 4BRKA 4YDUA 4EHUA 4K41A 1QQOA 2E2NA 4I6MA 2E1ZA 5AQFA 4NO7A 2V51B 1SQKA 2IVNA 2P9UB 1P8ZA 3EO3A 1E4FT 4IJNA 3VEXA 3AY9A 5AQNA 3MCPA 5I9EB 2D0PA 2NLXA 2E1YA 4JD2A 3JS6A 3VF2A 3O4WA 4H5TA 5F2RA 2Q36A 3W0LA 1Y64A 3OHRA 3A5MC 3CIPA 4B1YB 3H1QA 3ATUA 1BG3A 4FWMA 1BO5O 2Q1NA 3GG4A 4FSVA 1QHAA 3FZKA 1YUWA 2ZGZA 4A2BA 2FF6A 2AA4A 4CZJA 2CGJA 3FE1A 1QQNA 2P9IA 5FPDA 3FZLA 5BN8A 4CZFA 1BA1A 1LOTB 5KPRA 4FPBA 4FO0A 1LCUA 4BQLA 5B8HA 4FWOA 3VEOA 1GLCG 4RTFD 1GLEG 3A5LC 3HM8A 5KQDA 4B1UB 2QWQA 5ELZA 3MN5A 2E2PA 4BRGA 2GEMA 1HLUA 2IVOA 2IIRA 4H5VA 3ULEA 1NGEA 3IFRA 2P9SA 1C0FA 3SK3A 4EAHD 2FSNA 4IXCA 1GLBG 3CETA 1HJOA 1NGIA 3HBTA 3U9ZA 3WXIA 1QZ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YTAA 3L6QA 3VOVA 2OPPA 3LANA 3CI5A 1SL0A 3O4QA 3G10A 4GY2B 3VEZA 3TARA 4FJ7A 1J5EK 2ATQA 4CBUA 3MWPA 3U3YA 5LJWA 1T8EA 1RFQA 5F0XA 4ELVA 5AQVA 2E4LA 5AQHA 3E9OA 4OPKA 3RMDA 5ADXH 2G8HA 5KRTA 4JKDA 4U67L 3DLLL 4DF4A 2Q31A 1VQ6N 3DRPA 4KHYA 4R5PA 3SCXA 3DLRA 4DR6K 4LH5A 4DS4A 2D5RA 4CZKA 4H0OA 4BREA 5HOOA 3AA2A 4K8XA 1NK5A 1S9GA 1VSIA 2RHKA 3H3OB 4KRFA 3QEWA 3KZBA 4JK9A 3GBTA 5AJ3K 2RN2A 1Q86O 1BI4B 1QS4A 4IWVA 3ZSXA 4RW4A 5M1NA 1U4BA 3VETA 2AJQA 4JI4K 2RE2A 3I55N 5J2PA 4A57A 4CIGA 2YI1A 2BGGA 1ZBUA 1YT3A 3I0SA 4FLUA 2GWKA 4A62A 4GNIA 4MO4A 3P1GA 4IFEA 1WSJA 1XHXA 4FJ8A 4YNQA 3EY1A 3DLKA 4XH5A 3AAPA 3AAQA 4OKKA 3I33A 4CFAA 2NZTA 3KLIA 1RT6A 4KB1A 1C0TA 4PL8A 1YITN 4WQ5A 1WBBA 4FJLA 2UUAK 4JKAA 4DSFA 3DAWA 4K43A 1BDGA 1SZ2A 2D0CA 3LZIA 4FOEA 4M63C 2KZZA 2RF2A 4DSLA 4DR2K 4L8RB 1DTQA 2GUIA 1Q18A 1JLAA 3FGUA 4H0TB 1W97L 3SUQA 5BRFA 1W2BM 1NWKA 5FPNA 1NKEA 3THWA 1C0MA 3SPYA 4CD1A 2YHAA 3FLCO 3VF6A 2KKZA 3AV9A 3TAFA 3VERA 4YOUA 3D2FA 4HHTA 3OS1A 3N4QA 5KRSA 3AVJA 3O9RA 4ZTJA 2QXFA 3HM9A 1BWFO 2VG6A 1OH7A 4DV7K 3PO5A 2Z1JA 4AM7A 3THWB 1TYQA 3M8PA 2A6AA 3O5BA 4JNEA 4M7XA 2Y1JA 2BDPA 4BDZA 1J53A 4CJ3A 5FLXO 4DV4K 1EP4A 5BRDA 4BR9A 4I9LA 4PQUA 3ASMA 3PSFA 1VQ8N 1VQ9N 4WE1A 4HCCA 1ITGA 1Q7YO 1MU2A 1TK8A 3BP8A 2NRVA 1LV5A 3CMEN 2KW4A 3TANA 2QWMA 5JVGL 2HHWA 1LWEA 4LFCK 4C8MA 2Y1IA 4DF8A 4DV0K 1KTQA 3ENOA 1TYQB 1I94K 4B3RK 4MFBA 3R6MA 4H03B 1CXUA 3O08A 3SNNA 3O80A 4EIAA 5F1XA 3CCQN 4FJIA 4F4KA 3OW2M 1JLQA 3WUHA 3IRXA 4E19A 3EE8A 3WT0A 3F9MA 4FM0A 1KAXA 1B9FA 1CZAN 3O1WA 1NK7A 3MDQA 4B1ZA 4HUEA 1KD1O 1J5OA 1YTUA 2B5JA 4YDUC 3MXJA 1GLAG 4UY8O 4OO1J 2QKBA 4C8KA 3K9JA 4YOXA 4AHVA 1L5UA 4DTXA 1JKHA 1VSFA 4CHOA 1TK5A 3MN7A 4DFJA 3MX2A 2D0BA 3D6RA 1MWKA 4CF8A 4ELUA 5AQLA 4DV3K 1CZ9A 3IKMA 2OTLN 4CGGA 3J7AP 4JK7A 1HQEA 2VG5A 3MK6A 3SYZA 3K0SA 4DS5A 2OYQA 4W5NA 4OKJA 2H3GX 5HROA 1N36K 2D1KA 1JCGA 2WC9A 3H45C 4JHDA 2V7YA 3TSUA 2OTJN 4E7LA 5AQQA 3BF1A 1TKXA 3O9SA 3U9DA 2G8FA 1C0UA 1Q9YA 1VK0A 2HVIA 3AO4A 3BEXA 5AQKA 5AQWA 4KREA 1QSLA 4FWKA 4M45A 3SAHA 3SQ2A 2G8IA 4N5SA 3OS2A 2FLOA 2YNGA 4H0YB 4BE0A 4DUZK 3CFOA 4JHDB 1IG9A 1ZBIA 1TKDA 2VGMA 3LM2A 1JLFA 1YJNN 5AZIB 5AQYA 5KI6A 2P5OA 4B1VA 4FLVA 3H6EA 4NLCA 4O5FA 4JI2K 1HYSA 4JS4A 4BR0A 4CEZA 2W6LA 4W5TA 1HJRA 1SAZA 1UA0A 3CCSN 4A59A 2HMPA 2WFBA 3I8BA 1FJGK 2HNYA 5J2QA 4IOAL 2PZSA 4B8CA 3WXMB 4O55A 4JYAK 1S6QA 2ZE2A 4LSNA 1NK9A 1JJ2M 2EWSA 4Z4CA 2X6NA 1Q9XA 4DMNA 3RWUA 4GMJB 4J2EA 1S3XA 3SBGA 3A5NC 3AO5A 3HPGA 3VQ4A 1NGAA 4CK2A 3AA3A 4KHPK 1HYZA 3L0QA 1WLJA 4AHCA 2OPSA 1FK9A 3LZJA 1QQMA 1LWCA 4E3SA 1JL2A 4H0XB 3ZSZA 1NBWA 3MEEA 4O5BA 3L3VA 4IO9L 1NGGA 1NK6A 3F2KA 1LAVA 5CZ2A 3QIPA 3PX4A 3CJBA 1WOQA 3MN6A 2XY8A 3C6HA 2HOEA 4A61A 3M8SA 4FJNA 4KI6A 3WXLA 4DWIA 4LF4K 3R8EA 3H3NO 3VQQA 4NXMK 3KVGA 1SUQA 4B9NA 3NF8A 1S1VA 3TSQA 5EVZA 4BROA 3Q7BA 4CEFA 3P38A 1VQLN 1V4SA 3M1FA 1U04A 4CBWA 2KHOA 3WNGA 1C6VA 1IBKK 1VQKN 4DSKA 1DT9A 4CFDA 1VQPN 5GIOA 1QQOA 1VQ5N 4KHSA 4LF9K 4NO7A 4CEOA 1RT2A 3MEDA 3K9KA 4CJWA 4IJNA 2VQEK 3NDKA 4DTSA 3SUOA 5A2QO 1BGXT 4BE1A 2E1YA 3JS6A 1NJWA 3W0LA 3OHRA 3KTQA 4N47A 1NOYA 4IOXA 3H1QA 4MQ3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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