1C10A

Crystal structure of hew lysozyme under pressure of xenon (8 bar)
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Exploring hydrophobic sites in proteins with xenon or krypton.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c10A00
5K7OA 1BWJA 1LZ5A 3HBHA 4LT0A 4ETCA 1GE3A 1EL1A 1B5WA 1WQRA 1GFKA 4DDCA 1G7HC 4ZEEA 1GF8A 1OUFA 4YOPA 3A93A 1HEMA 1JISA 2H9JA 3SP3A 1LSGA 2DQJY 1XSFA 2YBHA 3TXIA 3LYTA 1LHIA 4G9SA 8LYZA 1YKZX 3F6ZA 4KXIA 2BQFA 3OK0A 4RW1A 1B9OA 4UWUA 4DDBA 5KXWA 4KT3A 1IWUA 1RI8B 4B4JA 4BS7A 2MEIA 2DQFC 4WM4A 1OUDA 3GXKA 1CKDA 1O23A 2EIZC 1XGUC 1LJ4A 1TAYA 3RT5X 3WW6A 1UIFA 4IATA 4Z41A 3WPJA 1VDPA 1GHLA 4J1BA 1JKBA 1YL1X 1LZYA 5C6IA 1UACY 1BB4A 1YIKA 1IR7A 1NKHA 2F4GA 4DD9A 3ZVQB 1UBZA 4DD1A 4LT3A 2MEDA 4C5FA 2FYCA 1MLCE 3WU9A 5IHGA 1MELL 1LJ3A 4LYZA 4UWVA 1IC7Y 2BQLA 4H9EA 1QTEA 4H9AA 1BB3A 1WQQA 2BQMA 3W6EA 1JTPL 2B5ZA 3EXDA 2W1MA 4PHIA 3LZTA 5I53A 1NBZC 3J4GA 5LVHA 1B5YA 1D9UA 4BAFA 2MEFA 4RW2A 5M1YA 3IJVA 1HERA 3QE8A 5LVIA 1IOQA 3B0OA 2BQCA 1LMCA 1B5XA 2N5ZA 1CKGA 4M6DA 3AGGG 1DPXA 1OUAA 1YKYX 2BQDA 2HEDA 4O34A 4W96A 4CFOA 1LZDA 2ZWBA 1YILA 4CFPA 3RU5A 5KXYA 2BQEA 5HMJA 4MCKA 4TWSA 4GCEA 4Z98A 1LSEA 1JTOL 1N4FA 2F4AA 2Z2FA 3B0KA 5KXNA 1IP3A 2HEAA 1GBWA 2IFFY 3WUAA 1AT6A 2H9KA 5LVKA 4NGJA 1CJ7A 3CT0A 2YSSC 4M4OA 4H94A 4RLMA 2I6ZA 4ET9A 1LHMA 3K3TA 4LGKA 1GDWA 4ZIXA 2BQHA 1LYYA 2BLXA 1H87A 4XJHA 1B7OA 3A6BY 1DI3A 4YEOA 3ATOA 2PC2A 4J0LA 4MR1A 4PRUA 5E9RA 2D91A 1HFXA 1LHKA 135LA 1F0WA 1LJJA 1FKQA 2EQLA 2LYMA 4HV2A 4LFPA 1KXXA 4LZTA 4WLYA 5LIOA 1HMKA 1ALCA 1C08C 3LN2A 4WM1A 4R0FA 1V7SA 1LJNA 1ZV5L 1IY4A 4WO6A 1C46A 3A94A 1RE2A 1FBIX 3HFMY 5L3IA 3AJNA 1KXWA 4XJBA 3IWRA 2A7FA 5KKIA 1TCYA 4HPEA 1HFYA 1UA6Y 4P2EA 4NHTA 1LZRA 5KJ9A 2BQAA 2MEGA 4OOOA 1LSMA 1GDXA 3RZ4A 4AXTA 3CSRA 3CT1A 1DZBX 3N9AA 4G4BA 4TTDA 1GB3A 4HTNA 4LFXA 4GLAA 2MEEA 4B4IA 2CJLA 2IHLA 4N5RA 1LJEA 1OQMA 3EBAB 1FDLY 3ZEKA 4E3UA 1GE0A 5FSTA 1EQ4A 1IWZA 1DI4A 2X0AA 4J7VA 1LPIA 1LZTA 5E4PA 1CNSA 4AGAA 5LINA 1BVXA 1IWVA 3AW7A 2F2NA 154LA 2HEFA 1BWHA 1AKIA 1IOCA 4NGLA 1HEOA 1LJIA 5HNCA 1IWXA 1LTMA 4NHQA 4LYMA 6LYZA 5IELA 1WTMA 1HSWA 1AM7A 1JHLA 1OUCA 2DQAA 1GF5A 1GF9A 4LT2A 4NG1A 3W3EA 5HLLA 5ILCA 1REZA 3LYZA 4GN3A 3G3BB 1LYZA 1GB0A 4WL6A 1QQYA 4WLXA 3WVXA 1FKVA 1GF6A 1UIDA 1LZCA 5KXXA 1VDSA 1W6ZA 2WARA 1LSYA 1F10A 4NFVA 1UIHA 2BQJA 2ZQ3A 1F6RA 1JKCA 1LZNA 4H90A 4CHXA 2YBMA 5HNLA 3WULA 2YVBA 1Z55A 1IEEA 3AZ6A 1IWWA 2BAAA 2W1LA 1JITA 1GD6A 1JTTL 5APFA 193LA 1INUA 4H9FA 3WUMA 1B5UA 1HC0A 4HJZA 5C6JA 4GCCA 4OWHA 1J1XY 3AZ4A 4LYTA 1EQ5A 4I0CA 4MSTA 1YAOA 5LYTA 1GE2A 1CKHA 1LHJA 1OUGA 5KXOA 1CKFA 4QDNA 1D0LA 4OWBA 4ETEA 1BQLY 1LSBA 5DL9A 2CWIA 1BGIA 1IP7A 2ZYCA 4NWEA 3MGWA 3J6KA 4QEQA 2ZIKA 1GFEA 1LJHA 3AB6A 1B7MA 2BQIA 5DN4A 3WH1A 1BHZA 1G7JC 4HSFA 3TXGA 1QSWA 4NEBA 2D4IA 4GLVA 1HEWA 1GB6A 4NHPA 4OWAA 1YQVY 4UWNA 4OOTA 4WLTA 3RNXA 1VDQA 3WUNA 1IP5A 1VATA 1REMA 4XYYA 1P2CC 1I20A 3A92A 2BQBA 2YBNA 1GAYA 4IASA 1FLQA 1JJ3A 4GN4A 5DLAA 3WYHA 2W1XA 1QTKA 4N9RA 1UIGA 1OUEA 4EOFA 5LVGA 3EMSA 1TBYA 4G4HA 4H92A 2LHMA 1LSCA 3WMKA 4OWCA 1BWIA 3D3DA 4H8ZA 1GBYA 1J1OY 1LJFA 5LA5A 4I8SA 4WOAA 2HUBA 3KAMA 1JIYA 5F14A 3M3UA 3A96A 1HF4A 1LMTA 1C43A 5LAFA 3WL2A 4DT3A 1GEZA 2MEAA 4NIJA 3W6BA 4QGZA 2LZ2A 3AZ5A 4N0JA 1GBXA 2BPUA 3G3AB 5LAGA 5A3EA 4HJYA 4N1CC 4HP0A 4XJDA 1JPOA 4GCDA 4WM5A 5I4YA 1XEKA 3A95A 2DQHY 1DXJA 2XBSA 5I54A 3HBDA 2MECA 3LHMA 4NGOA 4WO9A 4II8A 3WPLA 2FYDA 4DWXA 5LXWA 134LA 1HEQA 1DKKA 1IWYA 1IY3A 1B7SA 2D6BA 3OJPA 4HV1A 4Z3MA 1XGRC 4DD7A 4C3WA 4XJFA 1B2KA 1JWRA 5I4WA 1E8LA 4YF2A 4N8ZA 3D9AC 5ILFA 5LVJA 1VDTA 3TXEA 3TXBA 3LZ2A 1GFHA 1LZ4A 5LA8A 1XGPC 4D9ZA 7LYZA 1REXA 1GB8A 1GFVA 5KXTA 4LT1A 5HMVA 4B4EA 2D4KA 3BKHA 3WPKA 4OW1A 2YBIA 1LYSA 5B07A 4XENA 4DC4A 1NDMC 3AGHA 1LYOA 1GFUA 1B0DA 1LZ8A 4WG7A 3AGIA 1GE4A 153LA 1IR9A 1NMMA 3WVYA 1WQPA 2Z39A 2D4JA 1LSZA 2BLYA 1C10A 3P4ZA 5F9XA 1LZ9A 3RW8A 3ZVQA 2I25L 1REYA 4NGIA 4TSBA 1JEFA 1XEJA 1HFZA 4H9BA 5KXKA 1KXYA 1RFPA 133LA 2Z2EA 3LYOA 5F81A 1JUGA 4YENA 1KIPC 1QSAA 5LYZA 4ETAA 1YAPA 1VEDA 5A3ZA 4ETBA 3FE0A 1OUHA 1CJ9A 2LYZA 1LSNA 5L3HA 3W6CA 4WM6A 1WTNA 4PGJB 5II3A 1A2YC 2HEBA 3QNGA 3CSZA 1DPWA 4G49A 1LMOA 1A4VA 2VB1A 1D0MA 3LYMA 1LZ6A 2Z18A 1QUSA 5EBHA 5F16A 5KXZA 5KY1A 1IP2A 5AMYA 1C7PA 1IP6A 4GN5C 4RLNA 5B1GA 1LSDA 1QIOA 1W08A 1LKSA 1V7TA 2G4NA 1BB5A 4HJVA 4CGEA 1B5VA 1RJCB 1LMNA 2YDGA 1GBOA 2EPEA 1EQEA 1GBZA 5KXSA 3EO5A 2C8OA 3P68A 3A6CY 3P64A 2BQGA 5J7CA 1LSPA 4WM3A 3TMXA 5B59A 2ZNWY 5KXLA 3N9CA 3GXRA 1CJ6A 1HEPA 1LZAA 1I56A 1GE1A 5DM9A 5D5FA 1LMPA 3W6FA 4J1AA 4TSCA 4NG8A 4H93A 3B0IA 4NGZA 3AW6A 4U3XB 5F9UA 5APCA 4LYCA 1LOZA 2Z37A 3B6LA 4B0DA 1G7MC 2ZNXY 4HTKA 1PS5A 4WLDA 1TDYA 1GPQC 1YROA 1IO5A 4FJRA 4WM2A 1KIRC 1D6QA 3TXKA 4PRQA 1HNLA 1BB7A 1H6MA 1IP4A 2Y8PA 2BQNA 1B7LA 2DQEY 2GV0A 5I4XA 207LA 4NWHA 2Z19A 4ANRA 1DQJC 1UIEA 1JJ0A 2NWDX 1GWDA 4NSHA 4ET8A 5C6LA 208LA 1B7QA 1GB9A 9LYZA 4TX7A 1C45A 4W94A 1CKCA 2BQOA 5KXPA 4YM8A 3B72A 1LZ1A 1WQMA 1GFGA 5L9JA 1LJKA 4WMGA 5JENB 2YBJA 1LZSA 1ZVYB 4ETDA 2Z12A 1HSXA 1JSEA 1UUZC 4KPMA 6LYTA 3A90A 5FCPA 3TXDA 4HTQA 5FHWA 1G7IC 1QUTA 1YANA 4GCFA 1HHLA 2HEEA 2FBDA 3TXJA 3AZ7A 4NGWA 1GXXA 1B7NA 1LHLA 1LKRA 2DQIY 2F30A 5APDA 1SLYA 3AYQA 5FDJA 1GB7A 4WG1A 4X3BA 5T3FA 1IWTA 1CJ8A 2HECA 5B05A 1HMLA 1GFRA 4WL7A 2H5ZA 3E3DA 4BADA 4H9HA 4XADA 4N1EI 2RSCA 4B1AA 3WXTA 132LA 4H8XA 2I26L 2DQCY 3IJUA 1B7RA 4NHSA 1LCNA 1D0KA 3WU7A 5FELA 1XEIA 4IJ4A 1VAUA 4R6CA 2HU3A 4FDYA 1B5ZA 1GEVA 4KL7A 4B49A 4DD0A 5B06A 3A8ZA 1QDRA 1LMAA 1G7LC 5KKJA 1RCMA 1NDGC 1LSAA 2LZTA 3CQLA 4NGYA 3T36A 3TMWA 3QY4A 5KXMA 4YEMA 1LJGA 1ZVHL 1HENA 1D6PA 3TXHA 5I5QA 1B7PA 1NQIA 1NBYC 1DI5A 2MEHA 1GF4A 1GB2A 2MEBA 1KIQC 1GFAA 3BKVA 2FBBA 4LYBA 1WVVA 1IVMA 3W6DA 1LZBA 3TMUA 1YAQA 1FN5A 2YBLA 2XTHA 1OP9B 4ZFPA 2Q0MX 1JKDA 1IX0A 4QY9A 3A3QA 2XJWA 3A67Y 1VFBC 1T6VL 3P65A 3A91A 4CJ2A 1WQOA 4LYOA 2ZILA 4EMNA 2Z38A 1OUIA 2ZIJA 3VWOA 1JJ1A 1IIZA 5B1FA 5HQ1A 1GF7A 1IC5Y 4DDAA 4NSIA 4HPIA 1GAZA 1QDTA 2DKVA 5DN5A 5D5CA 1JKAA 1JSFA 1XGQC 3ULRA 2DQGY 1YL0X 1OUJA 2C8PA 1XFPL 4NY5A 1GFJA 3A34A 1BB6A 3FI7A 2ZYPA 1LHHA 1UCOA 2HTXA 3CT5A 1HELA 4NHIA 4DD2A 1UICA 2W1YA 4H91A 1FLYA 1IOSA 194LA 3T6UA 1GF3A 1LAAA 2DQDY 4A7DA 1LSFA 4Z46A 5IDDA 2G4QA 1FLWA 1IC4Y 4L41A 1TEWA 4TUNA 4DD3A 3WXUA 4PJ2C 1NF5A 2ZQ4A 4XJGA 5LYMA 1GB5A 4PPOA 4NGVA 1OUBA 1UIAA 5KXRA 3N9EA 4XN6A 2AUBA 4H9IA 4XJIA 3TXFA 3WW5A 1LZEA 1T3PA 3M18B 2EKSC 1LMQA 1IOTA 1UC0A 5APEA 1IR8A 3A3RX 2CDSA 2CGIA 3HBEX 1IORA 1F6SA 1NWGA 1ZMYL 1YAMA 4GCBA 1LZGA 1GF0A 1WVUA 3W6AA 1SQ2L 2XBRA 4NSJA 2BQKA 4H8YA 4OWEA 1PZYA 4NGKA 1DKJA 5FEKA 1XGTC 2DBTA 3CSQA 1NHEA 3TMVA 4NSGA 1FLUA 1GXV2 1J1PY 4H9CA 1GFTA 2G4PA 1IP1A 1GBSA 1BVKC 4DYGA 3CB7A 1AT5A 1AZFA 1UIBA 2A7DA 4H1PA 2HU1A 1YKXX 4ML7A 4BAPA 3ATNA 1WQNA 3WU8A 1I1ZA 2LYOA 4RDSA 4G4CA 3P66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE3A 1EL1A 4ZEEA 1GF8A 3A93A 142LA 111LA 1JISA 249LA 4RW1A 255LA 1B9OA 2OU0X 3SN6R 5KXWA 4B4JA 195LA 2MEIA 1O23A 2EIZC 3HU8A 1VDPA 1YL1X 1C6NA 1IR7A 1UBZA 1DYCA 242LA 2OTZX 1L53A 1MELL 4K5YA 186LA 1L66A 241LA 2RAZX 3W6EA 1JTMA 1D9UA 4BAFA 1L76A 3SB7A 1HERA 145LA 3AGGG 1XEPA 1OUAA 2BQDA 4O34A 1CV0A 3C8RA 2ZWBA 1YILA 2QARC 2B70A 3DMXA 1N4FA 3B0KA 1L81A 2HEAA 2IFFY 1L79A 1C68A 1ZWNA 4H94A 1L14A 146LA 4DAJA 1H87A 1B7OA 3A6BY 1DI3A 3ATOA 4J0LA 4NGYA 3DN6A 1ALCA 1XJTA 3GUIA 3LN2A 4R0FA 138LA 1L31A 3SB9A 246LA 3AJNA 4XJBA 2A7FA 4HPEA 4NHTA 3C7YA 4OOOA 1DZBX 3N9AA 1P2LA 4LFXA 2CJLA 4N5RA 1LJEA 4E3UA 114LA 1IWZA 1DI4A 1L15A 4AGAA 2HEFA 1AKIA 1IOCA 233LA 170LA 1AM7A 1CX7A 1JHLA 2Z6BA 5ILCA 3LYZA 4GN3A 1L19A 1GB0A 1FKVA 188LA 1GF6A 1LZCA 2BQJA 3HUKA 1CU5A 4CHXA 3WULA 3AZ6A 1C6MA 1SX2A 1INUA 4H9FA 1SX7A 5APFA 210LA 3HTDA 3WUMA 4HJZA 5C6JA 4LYTA 191LA 5LYTA 1LYEA 5KXOA 1D0LA 3GUNA 3HUQA 1LSBA 4W57A 1BGIA 4NWEA 1CV5A 1DYBA 1PQMA 2BQIA 4PJZA 4W54A 3TXGA 2D4IA 4NHPA 4OOTA 1REMA 4XYYA 1I20A 4IASA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5K7O A;  1BWJ A;  1LZ5 A;  3HBH A;  4LT0 A;  4ETC A;  1GE3 A;  1EL1 A;  1B5W A;  1WQR A;  1GFK A;  4DDC A;  1G7H C;  4ZEE A;  1GF8 A;  1OUF A;  4YOP A;  3A93 A;  1HEM A;  1JIS A;  2H9J A;  3SP3 A;  1LSG A;  2DQJ Y;  1XSF A;  2YBH A;  3TXI A;  3LYT A;  1LHI A;  4G9S A;  8LYZ A;  1YKZ X;  3F6Z A;  4KXI A;  2BQF A;  3OK0 A;  4RW1 A;  1B9O A;  4UWU A;  4DDB A;  5KXW A;  4KT3 A;  1IWU A;  1RI8 B;  4B4J A;  4BS7 A;  2MEI A;  2DQF C;  4WM4 A;  1OUD A;  3GXK A;  1CKD A;  1O23 A;  2EIZ C;  1XGU C;  1LJ4 A;  1TAY A;  3RT5 X;  3WW6 A;  1UIF A;  4IAT A;  4Z41 A;  3WPJ A;  1VDP A;  1GHL A;  4J1B A;  1JKB A;  1YL1 X;  1LZY A;  5C6I A;  1UAC Y;  1BB4 A;  1YIK A;  1IR7 A;  1NKH A;  2F4G A;  4DD9 A;  3ZVQ B;  1UBZ A;  4DD1 A;  4LT3 A;  2MED A;  4C5F A;  2FYC A;  1MLC E;  3WU9 A;  5IHG A;  1MEL L;  1LJ3 A;  4LYZ A;  4UWV A;  1IC7 Y;  2BQL A;  4H9E A;  1QTE A;  4H9A A;  1BB3 A;  1WQQ A;  2BQM A;  3W6E A;  1JTP L;  2B5Z A;  3EXD A;  2W1M A;  4PHI A;  3LZT A;  5I53 A;  1NBZ C;  3J4G A;  5LVH A;  1B5Y A;  1D9U A; 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 4EMN A;  2Z38 A;  1OUI A;  2ZIJ A;  3VWO A;  1JJ1 A;  1IIZ A;  5B1F A;  5HQ1 A;  1GF7 A;  1IC5 Y;  4DDA A;  4NSI A;  4HPI A;  1GAZ A;  1QDT A;  2DKV A;  5DN5 A;  5D5C A;  1JKA A;  1JSF A;  1XGQ C;  3ULR A;  2DQG Y;  1YL0 X;  1OUJ A;  2C8P A;  1XFP L;  4NY5 A;  1GFJ A;  3A34 A;  1BB6 A;  3FI7 A;  2ZYP A;  1LHH A;  1UCO A;  2HTX A;  3CT5 A;  1HEL A;  4NHI A;  4DD2 A;  1UIC A;  2W1Y A;  4H91 A;  1FLY A;  1IOS A;  194L A;  3T6U A;  1GF3 A;  1LAA A;  2DQD Y;  4A7D A;  1LSF A;  4Z46 A;  5IDD A;  2G4Q A;  1FLW A;  1IC4 Y;  4L41 A;  1TEW A;  4TUN A;  4DD3 A;  3WXU A;  4PJ2 C;  1NF5 A;  2ZQ4 A;  4XJG A;  5LYM A;  1GB5 A;  4PPO A;  4NGV A;  1OUB A;  1UIA A;  5KXR A;  3N9E A;  4XN6 A;  2AUB A;  4H9I A;  4XJI A;  3TXF A;  3WW5 A;  1LZE A;  1T3P A;  3M18 B;  2EKS C;  1LMQ A;  1IOT A;  1UC0 A;  5APE A;  1IR8 A;  3A3R X;  2CDS A;  2CGI A;  3HBE X;  1IOR A;  1F6S A;  1NWG A;  1ZMY L;  1YAM A;  4GCB A;  1LZG A;  1GF0 A;  1WVU A;  3W6A A;  1SQ2 L;  2XBR A;  4NSJ A;  2BQK A;  4H8Y A;  4OWE A;  1PZY A;  4NGK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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