1C62A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/f153a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c62A00
1CU0A 4W51A 233LA 3GUOA 3SB8A 1L37A 166LA 1G0JA 4ARMB 3SB9A 3SB6A 1L19A 1L79A 103LA 262LA 4K5YA 4YXAC 111LA 112LA 1D9WA 2RBSA 211LA 3F9LA 3HTDA 2B7XA 1K28A 1QTDA 4DJHA 4EPIA 4I7RA 1T8FA 3HU9A 3GUPA 1C6HA 3HUQA 3G3XA 1G0LA 3HH3A 4EKQA 261LA 205LA 2OEAX 3CDQA 3DKEX 1L94A 214LA 123LA 1L34A 3DN4A 1OV7A 3HTFA 192LA 1L27A 1LYDA 2A4TA 242LA 1L40A 2B6TA 1DYAA 1OV5A 1L80A 1CX7A 187LA 1LPYA 1DYDA 168LA 4GBRB 1L68A 146LA 1QS9A 249LA 2B6WA 3LZMA 1T97A 1CV3A 1L31A 2OE9X 3DN1A 3HUAA 1G0QA 1QTHA 4I7PA 1C6NA 1L35A 4EKPA 1L09A 2RAYX 1D3MA 1L92A 2Z6BA 4EKSA 259LA 1L26A 1L71A 1L83A 1LI2A 2ANXA 200LA 1L11A 3HT6A 142LA 120LA 1CU2A 3HTGA 1P3NA 1P7SA 3HTBA 129LA 1L85A 1QS5A 236LA 1D2WA 1P6YA 2QARC 1C6QA 159LA 1L86A 1LGWA 3EMLA 1CVKA 1QT4A 3DN3A 1T8GA 3PDSA 4I7NA 1C6KA 1L45A 2B75A 1C66A 1JQUA 1G0GA 1L08A 3G3VA 2ANVA 1C65A 1LYHA 2OU8A 1L93A 4W55A 158LA 160LA 252LA 2OE4X 201LA 2B72A 1L01A 3FA0A 145LA 4I7MA 2NTHA 3HDEA 102LA 1CU3A 1L72A 125LA 1L0KA 1LYFA 1L89A 115LA 4PK0A 230LA 1L15A 1KW7A 3UONA 3JR6A 186LA 4ARMA 1C6AA 1L04A 1L48A 1L29A 1CUQA 108LA 1LYGA 1CU5A 4YX7C 1G06A 3GULA 1ZYTA 1PQKA 6LZMA 1DYBA 228LA 1P37A 1C6BA 1L96A 1L00A 1LGXA 161LA 173LA 3HH6A 3NY9A 1C6JA 2O7AA 1C60A 128LA 1CV5A 167LA 4S0WA 4EJ4A 1D3JA 1QTBA 2O4WA 1LYEA 1LYIA 149LA 1L77A 1LWGA 2OTZX 3GUKA 1L32A 1L54A 1L87A 1L63A 118LA 227LA 4PJZA 119LA 171LA 2OE7X 2IGCA 1L49A 1ZURA 7LZMA 1C6PA 3CDVA 3DMZA 1L22A 2B6XA 163LA 1G07A 1L65A 5I14A 2CUUA 2L78A 1L12A 1C6DA 3F8VA 1OWZA 199LA 4AQNA 1KY0A 1L84A 1L62A 2OU9A 1XJTA 229LA 1C6CA 220LA 157LA 1L47A 3OE0A 1C62A 1L70A 2RBPA 1QT6A 1L99A 1SX7A 2Q9EA 215LA 4EPFA 174LA 2LZMA 3C82A 1L82A 122LA 4EXMA 165LA 1ZWNA 1P64A 1L44A 2O79A 130LA 3OE8A 1WTHA 1D3FA 1L81A 196LA 114LA 243LA 217LA 1SWYA 2RBNA 3C8SA 4LZMA 2LCBA 1P46A 147LA 1L66A 197LA 4I7TA 212LA 3OE9A 4I7KA 1QT7A 1L28A 140LA 1JTNA 2OTYX 4I7LA 4ARLA 190LA 2RB0X 1L50A 1L38A 1L21A 1L07A 2F32A 1DYGA 1CV4A 3HT9A 1CTWA 4W58A 182LA 152LA 244LA 1L64A 4DKLA 4DAJA 224LA 1L55A 2RB1X 1QUGA 246LA 1G1VA 239LA 225LA 1LI3A 1L0JA 3C7WA 3HUKA 4ARJA 162LA 1L16A 110LA 1EPYA 1G0PA 1XEPA 240LA 1CV0A 1L30A 3NYAA 1L42A 1L59A 4W57A 1L36A 4W54A 1C6FA 1QUOA 3QAKA 3RUNA 247LA 137LA 1C6TA 3C8QA 1L39A 234LA 1L06A 1OYUA 1L73A 1L53A 4E97A 138LA 169LA 1T8AA 1QSQA 4I7JA 164LA 1SSWA 1L02A 1L03A 3C7ZA 1LLHA 213LA 4W53A 1C6MA 2RB2X 2NTGA 4LDLA 237LA 1NHBA 2QB0B 1L60A 3G3WA 1B6IA 3HWLA 2B6YA 4W59A 1DYFA 3DMXA 1L23A 4W52A 232LA 1L52A 1L75A 127LA 1L97A 241LA 1L43A 107LA 1QTVA 1QT3A 1PQJA 1CU6A 226LA 188LA 4EKRA 3SB7A 2F47A 2RBRA 104LA 1L24A 2B73A 1L95A 3L64A 1L57A 206LA 3SBAA 250LA 4LDOA 3GUNA 218LA 1QSBA 2HUMA 1P36A 3HH5A 1L74A 1OVKA 4GRVA 3GUIA 180LA 4I7OA 1L91A 1LYJA 3CDOA 231LA 3C8RA 1L20A 144LA 1C6LA 131LA 3NY8A 3HU8A 1T6HA 251LA 1QT8A 4LDEA 2RBQA 1OVJA 3HH4A 4ARQA 1L69A 1L25A 216LA 209LA 258LA 139LA 1L58A 3FADA 3OE6A 191LA 4I7QA 254LA 3DNAA 1XJUA 126LA 183LA 1L90A 2B74A 3HT7A 143LA 1SX2A 2HULA 3PBLA 1TLAA 260LA 4ZPUA 1I6SA 1PQIA 4W56A 245LA 2F2QA 2Q9DA 150LA 1L76A 3SN6R 175LA 1G0MA 113LA 3DN2A 148LE 1C67A 2B6ZA 172LA 1KS3A 1L17A 2RBOA 1P2RA 235LA 198LA 1LWKA 3SB5A 1P2LA 1CV6A 3GUJA 1L13A 2HUKA 1DYEA 1C61A 221LA 185LA 1C63A 4ARPA 1CUPA 4ARQB 1KNIA 3K2RA 1SSYA 1L14A 1DYCA 151LA 1C6GA 155LA 170LA 2B70A 255LA 1PQMA 3HT8A 1L88A 1P56A 256LA 178LA 1D2YA 1LW9A 248LA 3ODUA 4I7SA 1KW5A 3C81A 3V2YA 1C69A 1PQDA 1KY1A 219LA 2LC9A 3CDTA 177LA 3V2WA 3RZEA 1P5CA 1C6EA 1QTCA 257LA 1L33A 253LA 1QTZA 5LZMA 3C80A 184LA 3FI5A 1SWZA 181LA 210LA 1QUDA 1OWYA 141LA 1L46A 1L10A 3DMVA 2OU0X 3GUMA 109LA 3C7YA 1G1WA 1CX6A 1CV1A 238LA 1QT5A 1L05A 176LA 1L56A 3C83A 1L51A 156LA 1L98A 1G0KA 1JTMA 2RH1A 222LA 3DN0A 4OO9A 223LA 1C68A 3DN8A 1C64A 3DN6A 195LA 3D4SA 1OVHA 189LA 1L61A 3SBBC 2RAZX 3VW7A 3HDFA 4IAPA 1L18A 4YXCA 3L2XA 1LI6A 1D3NA 1PQOA 1LGUA 1L41A 1L67A 1QUHA 1C6IA 3CDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMQA 1CU0A 4W51A 1OUEA 3IJUA 3WU9A 1OUDA 2ZYPA 166LA 4H1PA 4N8ZA 1OUHA 1LJKA 4CJ2A 4K5YA 4HV1A 112LA 2XJWA 2YBNA 1VDTA 4I7RA 3CT5A 3G3XA 4RW2A 1G0LA 4EKQA 205LA 2OEAX 4GCDA 1L34A 1L27A 1L40A 1DYAA 4WLYA 1B5ZA 1IY3A 2H5ZA 187LA 1IIZA 1LZYA 2A7DA 4TX7A 4H90A 4DD3A 4HJYA 5FHWA 4ET8A 4NHPA 1QS9A 1IP7A 1YANA 249LA 2B6WA 1NBYC 1T97A 2ZQ3A 2CWIA 1CV3A 1I56A 1QTHA 1UIBA 4EKPA 1IP4A 2BQAA 2Z6BA 4H93A 4Z98A 4EKSA 1IOSA 1E8LA 1GBZA 2HEDA 3HTGA 1CU2A 4RDSA 1P3NA 1CJ7A 1LSGA 1P6YA 3WPLA 1C6QA 159LA 1L86A 4HPIA 1OUIA 5LVHA 1DPWA 4I7NA 2Z37A 1JQUA 1B7NA 1LJJA 2ANVA 1LYHA 4YEMA 158LA 4J1BA 5L3HA 2OE4X 2MECA 1WQMA 1UACY 2HECA 3FA0A 1IR7A 4I7MA 3TXBA 1JEFA 1CU3A 1L72A 1LYFA 1QQYA 4PK0A 2EPEA 1B7MA 1KW7A 2ZIKA 4ARMA 1B5YA 1L48A 1L29A 1LYGA 3A3RX 3RW8A 1DYBA 5F14A 1C6BA 1L00A 2XTHA 4NGIA 1C60A 2A7FA 8LYZA 1JSFA 5LIOA 1LYEA 1LYIA 149LA 1L87A 4DQJA 2H9KA 2FBDA 4AXTA 3MGWA 1ZURA 7LZMA 1UIEA 2GV0A 4DDAA 1C6PA 2DQHY 5A3ZA 5B59A 2IHLA 5M1YA 5KXOA 4X3BA 1GXV2 1IVMA 5IHGA 5LINA 1C08C 1TAYA 1OWZA 4TUNA 4H8YA 3QE8A 3M3UA 3D9AC 2OU9A 4NHTA 1W6ZA 4DDBA 5KXZA 1D0MA 1C62A 1L70A 3TXGA 4NHIA 1O23A 2FYDA 2YSSC 1QT6A 1L99A 5ILCA 2DQGY 2BLYA 4HTKA 1IWVA 5AMYA 1CJ6A 4EPFA 2LZMA 1GFJA 5JENB 1ZWNA 1LJ4A 1WTHA 1B7PA 114LA 2WARA 4NGKA 4R0FA 2Z18A 5HMJA 2CJLA 1LMTA 4LZMA 1P46A 1LZGA 3LYOA 2Y8PA 197LA 4I7TA 4FDYA 4I7LA 4ARLA 2HEBA 3AGHA 5I4YA 1L21A 3EXDA 1CV4A 3W6EA 3HBHA 4W58A 2F2NA 3AW6A 1BB6A 5FDJA 1YL0X 4DKLA 3E3DA 1FLWA 1C46A 4C3WA 1QUGA 3ZVQB 1WQQA 1LI3A 1L0JA 1GB5A 1L16A 5KXYA 2XBRA 1JKAA 1XEPA 4H92A 1H6MA 4WMGA 1C6FA 3RUNA 1LZEA 3TXEA 1GPQC 1IOQA 1L53A 4NHQA 5B07A 1T6VL 4DYGA 5C6LA 169LA 1T8AA 4I7JA 4OWHA 2BQNA 2G4NA 5FEKA 1L03A 1LLHA 1XEIA 2MEDA 1VDSA 3AZ6A 4LYBA 1V7SA 3ATNA 4B0DA 3G3WA 3LZTA 5KXRA 3DMXA 1ZV5L 232LA 1BWJA 2BLXA 1L43A 3AYQA 1LYSA 1WQRA 1JJ3A 3WMKA 2XQOA 2C8OA 4WLXA 5FSTA 2B73A 3P64A 1L95A 1FBIX 4BAFA 4H9BA 3WW5A 1GFHA 1W08A 4LFPA 3WXUA 5D5FA 1PS5A 1L74A 1OVKA 1GEVA 5F9XA 1L91A 1LYJA 231LA 1C6LA 1P2CC 4NWHA 5I4XA 1FN5A 2BQDA 1GFTA 4RLMA 1LYZA 4I0CA 1DPXA 191LA 193LA 3AGIA 1AT5A 4LT1A 4CFOA 3WXTA 4NGJA 1JUGA 1TLAA 2F2QA 4ML7A 4N5RA 150LA 175LA 3RZ4A 1IC4Y 1UIHA 172LA 133LA 4N9RA 2RBOA 1HSWA 235LA 1LSYA 1J1OY 1L13A 2RSCA 1B5WA 4LT2A 4WO6A 1C63A 4C5FA 1LHKA 1HEQA 1GBYA 1N4FA 3K2RA 1DI3A 1WVVA 1RCMA 1DYCA 3CQLA 1PQMA 3HT8A 1L88A 1FLYA 154LA 1GF3A 1LW9A 3EBAB 4LYZA 1KW5A 219LA 2LC9A 3CDTA 1HF4A 1YKYX 3EMSA 2HUBA 5DM9A 253LA 4XYYA 1D6QA 4OW1A 5LZMA 1Z55A 1GBOA 1RFPA 1QUDA 4H9IA 1UCOA 141LA 1L46A 1G7LC 5HQ1A 1L10A 1GB8A 1G1WA 4N0JA 238LA 3IJVA 1CKHA 4H9EA 1L56A 156LA 1L98A 1G0KA 132LA 1NMMA 1JTMA 1B7QA 1TDYA 1C68A 1C64A 3LYZA 1GB6A 195LA 189LA 4YXCA 4PJ2C 1LI6A 1WVUA 1PQOA 2BQGA 239LA 3CDRA 1KXYA 3SB8A 5APFA 1QTKA 3WW6A 4WG7A 3TXJA 4H94A 1B7SA 2YVBA 4ARMB 1L19A 1L79A 103LA 3BKHA 3F9LA 4DJHA 3HU9A 2EQLA 3HH3A 134LA 3DKEX 1HENA 1OV7A 3AW7A 1AKIA 1DI4A 1L80A 1CJ9A 3RNXA 5DN4A 4WLTA 1L68A 1GF5A 1L31A 1FKVA 2OE9X 4ANRA 4I7PA 1C6NA 1JKBA 1IX0A 3CB7A 2RAYX 3WUAA 1D0LA 1L71A 1LI2A 200LA 1VEDA 4GCFA 4Z41A 2YBIA 1GE4A 1A2YC 2IFFY 2QARC 4MCKA 1GBWA 1LGWA 1GAYA 3EMLA 3D3DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMQ A;  1CU0 A;  4W51 A;  1OUE A;  3IJU A;  3WU9 A;  1OUD A;  2ZYP A;  166L A;  4H1P A;  4N8Z A;  1OUH A;  1LJK A;  4CJ2 A;  4K5Y A;  4HV1 A;  112L A;  2XJW A;  2YBN A;  1VDT A;  4I7R A;  3CT5 A;  3G3X A;  4RW2 A;  1G0L A;  4EKQ A;  205L A;  2OEA X;  4GCD A;  1L34 A;  1L27 A;  1L40 A;  1DYA A;  4WLY A;  1B5Z A;  1IY3 A;  2H5Z A;  187L A;  1IIZ A;  1LZY A;  2A7D A;  4TX7 A;  4H90 A;  4DD3 A;  4HJY A;  5FHW A;  4ET8 A;  4NHP A;  1QS9 A;  1IP7 A;  1YAN A;  249L A;  2B6W A;  1NBY C;  1T97 A;  2ZQ3 A;  2CWI A;  1CV3 A;  1I56 A;  1QTH A;  1UIB A;  4EKP A;  1IP4 A;  2BQA A;  2Z6B A;  4H93 A;  4Z98 A;  4EKS A;  1IOS A;  1E8L A;  1GBZ A;  2HED A;  3HTG A;  1CU2 A;  4RDS A;  1P3N A;  1CJ7 A;  1LSG A;  1P6Y A;  3WPL A;  1C6Q A;  159L A;  1L86 A;  4HPI A;  1OUI A;  5LVH A;  1DPW A;  4I7N A;  2Z37 A;  1JQU A;  1B7N A;  1LJJ A;  2ANV A;  1LYH A;  4YEM A;  158L A;  4J1B A;  5L3H A;  2OE4 X;  2MEC A;  1WQM A;  1UAC Y;  2HEC A;  3FA0 A;  1IR7 A;  4I7M A;  3TXB A;  1JEF A;  1CU3 A;  1L72 A;  1LYF A;  1QQY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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