1C63A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c63A00
252LA 1C61A 1SX7A 3DN8A 1C6TA 189LA 2RBPA 1LWGA 218LA 3ODUA 1T8GA 1OVHA 240LA 3NYAA 4I7MA 185LA 4DAJA 1L59A 169LA 137LA 225LA 1CVKA 1P2RA 1QSBA 2B70A 2RB0X 1L26A 3CDOA 1L50A 235LA 258LA 3D4SA 4YXCA 2OE7X 1L86A 239LA 1LYJA 1D3MA 1C63A 3C8RA 143LA 123LA 1C6AA 170LA 1KW5A 3HUQA 4ARLA 3V2WA 1L57A 1G0LA 1C6GA 1QUHA 2RBQA 1QT6A 209LA 3HT7A 1L90A 3HUAA 4S0WA 1L44A 205LA 3C8SA 3SN6R 2RB1X 146LA 1L15A 1QS9A 206LA 3HDFA 2HUKA 2LCBA 1LYFA 1XJTA 1L89A 1L99A 1L87A 2ANVA 1D9WA 4I7OA 107LA 1CX6A 1QS5A 1C6FA 245LA 4PK0A 4K5YA 112LA 1L35A 1QT5A 3C7WA 1L37A 1KW7A 3L2XA 4LDEA 1OVKA 1KY0A 161LA 1C66A 3EMLA 1L92A 2HULA 4YXAC 1QT8A 1G0GA 1L0JA 1NHBA 147LA 219LA 3HU8A 148LE 120LA 216LA 4W57A 3GUIA 1D2YA 1L07A 2OTZX 149LA 177LA 1L61A 4ARPA 1L12A 2O4WA 164LA 238LA 141LA 1L30A 159LA 1L95A 3K2RA 4OO9A 1L88A 4W59A 163LA 1L38A 3GUKA 1L55A 224LA 3HH5A 1L93A 3DKEX 2B74A 2O7AA 241LA 3HDEA 2B72A 4W56A 175LA 1L45A 1DYCA 1CV4A 1P36A 1SSYA 1T8AA 168LA 3C82A 1L40A 1L47A 201LA 165LA 217LA 2NTGA 138LA 188LA 1C6MA 5I14A 190LA 2B6XA 1L02A 1C64A 1L79A 1L73A 1JTNA 1OYUA 1L74A 1L05A 1LLHA 119LA 1PQMA 3OE8A 1I6SA 1C6JA 1L68A 113LA 1L84A 4AQNA 4I7JA 3CDVA 1LYIA 2F47A 1EPYA 3GUNA 104LA 3DMZA 4I7NA 3HTGA 130LA 144LA 1LI2A 2RBRA 1TLAA 211LA 4EKSA 1CU3A 1L23A 1L64A 1L82A 166LA 4W58A 247LA 3SB7A 3DMXA 4IAPA 1L60A 1L03A 3HUKA 227LA 2LC9A 1WTHA 3HT6A 3HTBA 1CV1A 5LZMA 126LA 2A4TA 1DYDA 191LA 142LA 1PQKA 1L01A 1OVJA 1LGUA 1OWYA 1D2WA 1L17A 173LA 257LA 2B7XA 3SBAA 3LZMA 1L91A 237LA 1L25A 1JTMA 3DN0A 4ARMB 118LA 2B6ZA 200LA 1L29A 1P56A 1XJUA 1PQDA 140LA 2OE4X 1ZYTA 2OE9X 260LA 259LA 2RBNA 4I7RA 1L96A 1P6YA 2B6YA 178LA 1L41A 1LGXA 3RUNA 1L32A 4ARJA 3FI5A 3DN4A 1ZURA 1CV0A 3RZEA 213LA 1L36A 1C6EA 1L43A 3SB6A 4GBRB 1L10A 3GULA 1L51A 182LA 2LZMA 108LA 2NTHA 3C81A 109LA 4EKQA 1L28A 3HWLA 1L83A 1XEPA 4EJ4A 3VW7A 1QUOA 4W54A 1G0MA 4DKLA 1C6BA 248LA 2L78A 1P7SA 1L80A 3C8QA 2QARC 1L76A 1CV5A 129LA 3FADA 1L31A 1L98A 1L63A 262LA 2Q9DA 2OU0X 1LI6A 4EPIA 1C6HA 3FA0A 1L39A 2RAZX 1G1WA 1LI3A 195LA 1CTWA 3L64A 3CDQA 3DN2A 176LA 249LA 1L70A 2HUMA 158LA 1D3FA 1CU2A 3GUPA 3QAKA 1L52A 3F9LA 1L33A 1L34A 1C68A 255LA 1P5CA 253LA 4W51A 122LA 1QUDA 1L81A 1L72A 155LA 3DN3A 223LA 1L24A 2F2QA 174LA 4I7QA 1DYBA 1CUPA 1LWKA 3G3VA 256LA 1D3JA 1QTCA 2Q9EA 1C62A 3G3XA 6LZMA 1QTVA 167LA 1L58A 2RB2X 3CDRA 3OE9A 1C67A 181LA 1C6IA 1B6IA 1G1VA 1QT4A 1L06A 1L46A 1L00A 1QSQA 3SB8A 1L13A 4ARQB 1QT7A 1C65A 156LA 231LA 1C6LA 1OV5A 1ZWNA 3OE6A 4ARMA 3C7ZA 1LYGA 1G0KA 244LA 230LA 1L49A 3SB5A 151LA 1L21A 102LA 1CV3A 3DN6A 243LA 131LA 1SSWA 199LA 1PQIA 2B6WA 4LDLA 172LA 236LA 1P64A 3CDTA 1L20A 3C83A 3HTFA 1JQUA 1L11A 3HH4A 242LA 115LA 2F32A 3SBBC 1L67A 210LA 1C6PA 1QUGA 4GRVA 1L62A 197LA 1G07A 212LA 226LA 1KNIA 2RBSA 4ZPUA 4YX7C 1C60A 1T97A 1L22A 1L71A 1L66A 1LGWA 220LA 186LA 1C6DA 1CU6A 1G0QA 125LA 1QTDA 2RBOA 4LDOA 1G0PA 196LA 1L16A 1L65A 1OV7A 2OTYX 157LA 152LA 3HU9A 232LA 3JR6A 4W52A 162LA 250LA 229LA 114LA 1C69A 2ANXA 4I7LA 3V2YA 1T8FA 1CV6A 234LA 3HH6A 3OE0A 1LYDA 3DMVA 1DYGA 1L08A 1DYAA 233LA 1LPYA 3PDSA 2Z6BA 1D3NA 103LA 1PQOA 1P37A 1L77A 3F8VA 1L0KA 4EKPA 1L14A 2RH1A 2O79A 1DYEA 1KY1A 1L75A 145LA 1CX7A 1L69A 3DN1A 1L42A 198LA 2OEAX 187LA 1DYFA 251LA 1K28A 246LA 3HH3A 2B6TA 2QB0B 1SWYA 3HT8A 1G06A 1L97A 127LA 1L19A 3C80A 1T6HA 4DJHA 4W53A 1C6QA 1CU5A 2B75A 215LA 1LYHA 4I7PA 3HT9A 128LA 1G0JA 1C6KA 214LA 4EPFA 4EXMA 261LA 110LA 4W55A 3UONA 254LA 221LA 3DNAA 1P3NA 4LZMA 1L27A 4PJZA 1L85A 192LA 1P2LA 1CU0A 228LA 2OU9A 4I7TA 111LA 3GUOA 4ARQA 1QTZA 1QTHA 3GUMA 1L48A 3SB9A 2OU8A 1LW9A 1QTBA 1C6CA 1L54A 1CUQA 2B73A 2RAYX 180LA 4E97A 183LA 150LA 1L94A 222LA 3NY8A 160LA 1PQJA 1P46A 1L56A 1SX2A 4EKRA 139LA 171LA 3PBLA 1OWZA 3C7YA 3GUJA 1SWZA 1L04A 4I7SA 1L53A 184LA 4I7KA 1LYEA 2IGCA 3G3WA 1QT3A 1L18A 2CUUA 3NY9A 3HTDA 1KS3A 1L09A 7LZMA 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZ1A 252LA 4IATA 3GXKA 1GFUA 1OVHA 1BVXA 1ALCA 2DQEY 169LA 2ZWBA 1HF4A 5LYMA 1IR7A 1JKAA 1P2RA 1QTEA 4ET8A 2B70A 1XEJA 1L26A 5HNLA 5FELA 1B5YA 258LA 4XADA 4DD9A 1CKGA 1PZYA 3D3DA 4YXCA 5KXLA 1JTOL 5D5CA 1B7QA 5B05A 1C6AA 4HV1A 1KW5A 3HUQA 4ARLA 1GE1A 2RBQA 4XJIA 5B1FA 209LA 4NSGA 3HT7A 1LZNA 1XEKA 1BQLY 1JJ3A 3WH1A 4B4EA 4WOAA 1YKXX 2LCBA 1LYFA 1LCNA 2CWIA 1L89A 4NWHA 1G7MC 3B0OA 2CJLA 245LA 4BS7A 2YBLA 112LA 1QT5A 1FKQA 4GCBA 1LZ9A 1T6VL 1L37A 4B49A 1C66A 4KT3A 4YEMA 2DQFC 4BAPA 1QT8A 3TXDA 1LSPA 219LA 3TMXA 4L41A 1WQMA 148LE 4MSTA 2Z18A 1B7NA 2OTZX 149LA 1IR9A 1C46A 2MEEA 1L61A 5HLLA 164LA 141LA 1L30A 3K2RA 1IWZA 163LA 5LYZA 1GF6A 3GUKA 4PJ2C 1B7SA 1IOTA 3AJNA 3LZ2A 1H6MA 1JJ0A 1IO5A 1JKDA 3HDEA 1LJNA 1SSYA 4ZEEA 168LA 1L40A 165LA 1DZBX 5T3FA 1GE3A 4Z3MA 1RE2A 4LT0A 1BB7A 1JTNA 1IP2A 5LVHA 1PQMA 113LA 1D6QA 1IWVA 3CT0A 4I7JA 3GUNA 5M1YA 1CKHA 134LA 5B59A 5KXOA 1TEWA 1LI2A 1TLAA 211LA 5C6IA 1L64A 4H9AA 4TUNA 4ETAA 1L60A 2BQOA 2YBMA 3HT6A 3HTBA 1JHLA 5LZMA 2MEBA 1DYDA 4LYMA 3WUMA 142LA 2N5ZA 2BQFA 1D2WA 2B7XA 2HEDA 3A6CY 5LINA 237LA 1UBZA 1OUBA 3TXEA 1XJUA 140LA 2OE9X 2RBNA 2LYZA 1LGXA 3RUNA 4HJZA 4LYTA 3DN4A 4DD3A 2MEGA 1CV0A 4LYBA 2Z2FA 4GCCA 1L36A 4HPIA 4WO6A 1L43A 3SB6A 4OWHA 3GULA 1RJCB 182LA 1A4VA 1JSEA 2ZILA 3ULRA 1OUJA 3A6BY 1YAQA 4H91A 4H9EA 1QUOA 4TSCA 1O23A 1KXXA 1B5ZA 248LA 4E3UA 2MEHA 1D0MA 4RDSA 3C8QA 2QARC 1L76A 3TMWA 1GDXA 3B0IA 1GF5A 1L31A 1FBIX 2Q9DA 2OU0X 3WL2A 2H9JA 4WG7A 2F30A 4G4BA 1LI6A 4EPIA 1C6HA 3FA0A 2BQIA 2RAZX 3L64A 3ZEKA 2X0AA 3WW5A 176LA 2D91A 2Z37A 1IP7A 3LYMA 3TXBA 1XFPL 1CU2A 5DN4A 3BKVA 1C68A 1WQOA 3QE8A 1LSNA 1UIFA 1ZVHL 1FLUA 4NFVA 1CKFA 1LWKA 3TXHA 4GN4A 1D3JA 1QTCA 1XGTC 4TX7A 167LA 2RB2X 3CDRA 1NHEA 1C67A 1G1VA 1QT4A 1L46A 3EO5A 2W1YA 3SB8A 1C65A 156LA 231LA 3T6UA 5FHWA 4MCKA 1RFPA 2H5ZA 4Z98A 1NDMC 5LVIA 244LA 1L49A 1UIBA 151LA 4M4OA 102LA 3TXGA 5IELA 243LA 2BPUA 3IJUA 1PQIA 4LDLA 4GN5C 1LHJA 2A7FA 3C83A 1ZMYL 115LA 1L67A 1C6PA 1LYOA 1L62A 5KXPA 1B7PA 226LA 1KNIA 5FEKA 4NIJA 4YX7C 1WQPA 5F9UA 2EKSC 1L22A 4RW2A 4LYCA 1JEFA 1CU6A 3P68A 1G0QA 2RBOA 1VAUA 1L16A 1V7SA 4MR1A 1CKCA 1IP1A 4W52A 2B5ZA 3CSZA 3D9AC 2ANXA 1LSZA 234LA 1ZVYB 2XQOA 3PDSA 4BADA 3WW6A 4W94A 1P37A 3G3BB 3TMVA 2LYMA 4N0JA 3VWOA 1AZFA 2QB0B 5LIOA 1SWYA 3HT8A 135LA 1GB2A 127LA 1L19A 3C80A 3W6DA 1OUIA 5I54A 1T6HA 4DJHA 1IVMA 4II8A 5B1GA 4DC4A 132LA 2HEEA 1XGRC 1FKVA 4IASA 2YDGA 4LZMA 3P64A 3GUOA 4NGKA 3QY4A 4H8XA 1QTZA 1QTHA 1REMA 3GUMA 5C6LA 1J1XY 3SB9A 1LW9A 1QTBA 5AMYA 2RAYX 3A8ZA 150LA 222LA 1RI8B 1SX2A 139LA 1OWZA 7LYZA 4I7SA 1L53A 184LA 4I7KA 3LN2A 1LYEA 4XJBA 5D5FA 1JKBA 3T36A 1OUAA 1L18A 3IJVA 5APCA 4KL7A 1B7OA 1HELA 3A92A 4YOPA 4G49A 1C61A 4G9SA 3DN8A 5KXNA 1WTMA 3ODUA 1T8GA 240LA 185LA 1GPQC 1LJIA 1JIYA 225LA 1C08C 1QUSA 1UUZC 4WM3A 2LYOA 1AKIA 1IC4Y 2OE7X 1CJ8A 1FLQA 3W3EA 239LA 4Z41A 5LXWA 4R6CA 3C8RA 143LA 2C8OA 3WUAA 1GHLA 4LYOA 2IFFY 1C6GA 5APDA 1CJ6A 1QT6A 1L44A 205LA 208LA 1GE4A 1GB5A 3A3RX 2RB1X 1CJ7A 1L15A 2HUKA 153LA 4DD1A 1JJ1A 2BQAA 2GV0A 3WU8A 4I7OA 107LA 4NHIA 4ETEA 1L35A 1UIEA 2ZIJA 3LHMA 1KW7A 3L2XA 4B4JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZ1 A;  252L A;  4IAT A;  3GXK A;  1GFU A;  1OVH A;  1BVX A;  1ALC A;  2DQE Y;  169L A;  2ZWB A;  1HF4 A;  5LYM A;  1IR7 A;  1JKA A;  1P2R A;  1QTE A;  4ET8 A;  2B70 A;  1XEJ A;  1L26 A;  5HNL A;  5FEL A;  1B5Y A;  258L A;  4XAD A;  4DD9 A;  1CKG A;  1PZY A;  3D3D A;  4YXC A;  5KXL A;  1JTO L;  5D5C A;  1B7Q A;  5B05 A;  1C6A A;  4HV1 A;  1KW5 A;  3HUQ A;  4ARL A;  1GE1 A;  2RBQ A;  4XJI A;  5B1F A;  209L A;  4NSG A;  3HT7 A;  1LZN A;  1XEK A;  1BQL Y;  1JJ3 A;  3WH1 A;  4B4E A;  4WOA A;  1YKX X;  2LCB A;  1LYF A;  1LCN A;  2CWI A;  1L89 A;  4NWH A;  1G7M C;  3B0O A;  2CJL A;  245L A;  4BS7 A;  2YBL A;  112L A;  1QT5 A;  1FKQ A;  4GCB A;  1LZ9 A;  1T6V L;  1L37 A;  4B49 A;  1C66 A;  4KT3 A;  4YEM A;  2DQF C;  4BAP A;  1QT8 A;  3TXD A;  1LSP A;  219L A;  3TMX A;  4L41 A;  1WQM A;  148L E;  4MST A;  2Z18 A;  1B7N A;  2OTZ X;  149L A;  1IR9 A;  1C46 A;  2MEE A;  1L61 A;  5HLL A;  164L A;  141L A;  1L30 A;  3K2R A;  1IWZ A;  163L A;  5LYZ A;  1GF6 A;  3GUK A;  4PJ2 C;  1B7S A;  1IOT A;  3AJN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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