1C64A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c64A00
1L17A 237LA 2NTHA 229LA 1DYEA 228LA 1L93A 1DYDA 159LA 3DN6A 244LA 219LA 3SB9A 3DMZA 3VW7A 111LA 1L14A 184LA 1L54A 2F32A 196LA 1T6HA 104LA 2QB0B 1SX2A 3SN6R 256LA 140LA 4W58A 239LA 1L79A 1L06A 3GUNA 1C6AA 4W51A 212LA 3HTBA 2B6ZA 1T97A 1L34A 1L87A 4K5YA 1C60A 254LA 3GUKA 2HUKA 1L97A 1QT8A 217LA 1L18A 1C61A 1L09A 1LW9A 227LA 3PDSA 223LA 201LA 2B72A 1KW5A 1L74A 1CV5A 1L36A 1C6QA 3HH4A 3HH3A 107LA 109LA 5I14A 189LA 3OE0A 1D3MA 3PBLA 1C62A 4OO9A 3NY8A 200LA 1C65A 3HUAA 1L89A 1L0KA 4I7MA 114LA 1CX6A 3DN8A 180LA 1L16A 206LA 1OWYA 235LA 218LA 102LA 3C7YA 199LA 1L24A 1C68A 108LA 2ANVA 3HTGA 3CDRA 1L96A 122LA 231LA 1CV3A 1G0JA 2L78A 1ZYTA 1L50A 1L91A 1C6LA 2B75A 1D2WA 253LA 1L07A 1DYFA 4PK0A 115LA 1L60A 1L95A 3OE8A 181LA 130LA 163LA 1G06A 1CU0A 1D3NA 4EJ4A 1L37A 2RBSA 1L35A 3GUPA 1QTHA 2HULA 1QSQA 4DAJA 2RB2X 1L32A 1L57A 3RZEA 4I7NA 3DKEX 1C6DA 160LA 4YX7C 1QT7A 1WTHA 1KY1A 1PQIA 1LI6A 3EMLA 161LA 1DYGA 2RBPA 261LA 1L43A 3SBAA 3HUKA 1P6YA 1G0QA 1L12A 1P3NA 4I7TA 188LA 1T8AA 1L72A 3SBBC 1CV4A 185LA 137LA 1T8FA 168LA 144LA 2CUUA 3JR6A 1L99A 1JTNA 2B6TA 1D3JA 141LA 249LA 1L19A 1OVHA 3HT7A 1C66A 4W52A 183LA 2B6XA 1CTWA 1C6CA 1C6HA 1L51A 1OV5A 1QTZA 2A4TA 1B6IA 128LA 2B73A 1CU2A 4LZMA 222LA 1PQMA 2B6YA 3G3XA 2OE4X 1G0GA 3D4SA 211LA 3GUIA 1CU5A 1TLAA 1D3FA 2O7AA 4I7OA 1L20A 4I7KA 240LA 1QUOA 258LA 1G1VA 241LA 2OU9A 1D2YA 172LA 3C8SA 173LA 214LA 1L98A 3HH6A 1LYDA 3HDEA 3HH5A 3HTDA 1L42A 1ZURA 3GULA 233LA 138LA 175LA 1DYBA 1C6PA 2OEAX 1L69A 3DN4A 1LPYA 1L10A 167LA 1I6SA 2B6WA 1LI2A 1P2RA 2OE7X 3HTFA 1CVKA 1C6TA 4S0WA 2RB1X 4ARQA 1LGUA 129LA 170LA 1P64A 4W59A 1L71A 112LA 3OE9A 2O4WA 1CV6A 1L02A 1L04A 1L25A 3V2WA 215LA 1QT3A 1CX7A 1DYAA 1ZWNA 1LI3A 2Z6BA 1QT5A 191LA 148LE 1L49A 3ODUA 123LA 2HUMA 1CV1A 232LA 2RBQA 3DN3A 3HWLA 2RBNA 156LA 3C83A 2RAYX 209LA 3NYAA 1LGWA 4DKLA 1G1WA 1C6MA 1G0MA 247LA 2QARC 3G3WA 3F8VA 3GUOA 195LA 4EKPA 1C6GA 216LA 4I7RA 1L03A 4ARJA 3OE6A 1DYCA 2LZMA 2RH1A 1L56A 1L80A 1L39A 1L77A 1C6IA 1L30A 5LZMA 1C6NA 1L15A 4I7QA 1SX7A 4I7JA 1XEPA 3L2XA 103LA 1QT6A 113LA 4I7PA 126LA 125LA 1OV7A 1QTCA 158LA 152LA 1L33A 1QUGA 210LA 1D9WA 234LA 1L75A 177LA 4ARMA 242LA 3NY9A 1L13A 1KNIA 3CDVA 1L44A 150LA 171LA 1QSBA 2RAZX 1L46A 1LYEA 4GRVA 3RUNA 4YXAC 3GUJA 4ARLA 1KS3A 186LA 1L83A 1L40A 1CU6A 4EKRA 1QS9A 1L59A 146LA 4EXMA 1CV0A 1L73A 1L76A 120LA 1C6JA 155LA 1K28A 2Q9DA 1OVKA 3SB6A 224LA 1SSYA 4LDLA 1L11A 1T8GA 260LA 2RBRA 2F47A 3C80A 252LA 197LA 1QTBA 147LA 3HDFA 213LA 1L23A 1L00A 190LA 1L0JA 4I7LA 3C82A 1L47A 1P7SA 3F9LA 1L92A 1LWGA 4I7SA 4EPFA 1L05A 192LA 3HT8A 6LZMA 1L62A 1L26A 1L41A 1P56A 1C67A 2OE9X 1L70A 1C6BA 1L94A 4W54A 3SB7A 1L53A 1LYGA 1G07A 119LA 3DNAA 1C63A 1KY0A 225LA 236LA 1L31A 187LA 3HT9A 259LA 1LYFA 1QTVA 2O79A 1L29A 4E97A 1LGXA 1QS5A 1L45A 1L22A 165LA 1OVJA 1L27A 4GBRB 3FA0A 243LA 1L81A 2LC9A 3DMXA 4DJHA 1L90A 1C64A 1QUHA 1PQJA 3CDQA 131LA 2B74A 1PQDA 1P46A 1SWZA 1NHBA 1G0PA 1L01A 3C8QA 149LA 162LA 3DMVA 1XJTA 1QTDA 1L65A 178LA 2B70A 246LA 1L61A 262LA 1LYIA 4W56A 110LA 1XJUA 169LA 3HU9A 3SB8A 238LA 2IGCA 4W57A 4ARQB 2RBOA 7LZMA 157LA 176LA 2OTZX 1KW7A 3DN0A 4ZPUA 3DN2A 3K2RA 221LA 1L63A 3C7ZA 1L55A 4LDOA 1QUDA 1L67A 127LA 220LA 1CU3A 1SWYA 182LA 1QT4A 1P37A 3C8RA 1L82A 2OU0X 1L68A 4AQNA 1OYUA 4EKSA 3CDOA 250LA 145LA 1C6EA 166LA 1C6FA 1G0KA 245LA 255LA 4EKQA 1L66A 3SB5A 1JQUA 2OU8A 1CUPA 205LA 2B7XA 257LA 4EPIA 3DN1A 1L52A 1C6KA 1L85A 1L88A 3G3VA 1L86A 143LA 230LA 3UONA 1L84A 3C7WA 1EPYA 1LYHA 3QAKA 248LA 2OTYX 1G0LA 1L21A 4YXCA 251LA 1P2LA 2Q9EA 3CDTA 3HU8A 4PJZA 1OWZA 226LA 1CUQA 142LA 4W53A 174LA 1PQOA 3HT6A 1P5CA 2F2QA 118LA 4ARMB 1SSWA 3LZMA 1L08A 1P36A 198LA 3C81A 3L64A 164LA 1LLHA 1L38A 1JTMA 4IAPA 4ARPA 4LDEA 1L48A 3GUMA 139LA 1LYJA 1L58A 2LCBA 3FI5A 2NTGA 1C69A 2RB0X 3V2YA 1PQKA 4W55A 151LA 1LWKA 3HUQA 2ANXA 1L64A 1L28A 3FADA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W08A 1DYEA 4NGVA 4Z98A 1LOZA 1LTMA 1GEZA 244LA 5A3EA 3VW7A 1GBWA 2X0AA 1NBYC 1IOCA 5F9UA 4ETAA 4DQJA 4DWXA 239LA 1F0WA 4RLNA 3F6ZA 3CQLA 4WLXA 3RW8A 2B6ZA 1L34A 4K5YA 3GUKA 2HUKA 1L97A 4PHIA 1GF9A 1BB6A 1J1PY 3CT1A 3HH3A 3OE0A 1B5ZA 3PBLA 1HC0A 4OO9A 3NY8A 4YM8A 1OWYA 1ZVHL 1JKDA 1QUTA 4KT3A 3C7YA 3T6UA 108LA 2NWDX 3P65A 1L96A 2I25L 1G0JA 2CGIA 1L50A 4GN5C 1GE2A 115LA 5B1GA 1BVKC 4II8A 181LA 130LA 1G06A 2H9KA 4NWEA 1HFXA 1GB3A 4GCEA 2RBSA 1JKCA 1QTHA 2HULA 2D4JA 4H9EA 5B07A 1OUFA 5K7OA 1C6DA 1UIHA 1CNSA 3WW5A 4YX7C 1OP9B 1WTHA 3BKHA 4OWHA 1GBOA 1LAAA 1LZ6A 1YAMA 1YANA 2DQGY 3B0KA 1HNLA 1DXJA 1G0QA 1L12A 1XEKA 3TMUA 137LA 5F14A 1UICA 3W3EA 1L99A 1GF0A 1D3JA 3TXJA 3M18B 1L19A 3P68A 4NFVA 1C66A 4XJHA 1C6CA 4HP0A 4IJ4A 1CKGA 1C46A 1TBYA 1PQMA 2OE4X 4WOAA 2HEFA 1H87A 1FKVA 3AW7A 1TLAA 1HFZA 5L3IA 1JHLA 4MSTA 4WG7A 4I7KA 1QUOA 2EPEA 4DD9A 3HH6A 1OUGA 233LA 1XGTC 1QTEA 1L10A 3ULRA 1RFPA 1V7TA 1T6VL 2HEDA 2ZWBA 1L25A 1BWJA 1UBZA 1CKFA 4H9FA 1AZFA 1UIAA 2LYOA 148LE 1JEFA 1HSWA 1BB7A 2RAYX 1I56A 1G0MA 2MEGA 2MEEA 2QARC 4G9SA 5B05A 1LZ9A 216LA 2MEBA 1DYCA 1L56A 1L80A 1L30A 2B5ZA 1L15A 4RLMA 4I7QA 1SX7A 3L2XA 2DKVA 125LA 1OQMA 210LA 3K3TA 177LA 242LA 1OUCA 1UUZC 3NY9A 1FLWA 5JENB 3LYZA 1L44A 1IP4A 171LA 1QSBA 4NHTA 1L46A 1LYEA 4GRVA 1DQJC 4C5FA 1LSBA 1IP3A 1L83A 1L40A 4LYBA 1IIZA 3T36A 1FKQA 1L59A 4ETEA 4XN6A 155LA 1K28A 2Q9DA 1JPOA 1B7RA 4H8XA 4NGKA 1L11A 5L9JA 3OJPA 3WVXA 1EL1A 2BQKA 3D9AC 1JJ0A 2A7FA 4NWHA 1T3PA 2F47A 252LA 147LA 4LYCA 1L23A 190LA 1L0JA 1LZEA 4I7LA 4GCBA 4NGYA 1P7SA 4N8ZA 1G7IC 1AM7A 1IWUA 3F9LA 1WQPA 4PPOA 6LZMA 1L26A 1IWWA 2ZYPA 1C67A 2OE9X 1L70A 2W1LA 1LHMA 4ET8A 4WL7A 3SB7A 1ZMYL 1LJ4A 1LJ3A 1G07A 1C63A 1W6ZA 1LZ5A 1L31A 5LYMA 259LA 2HTXA 1LYFA 208LA 4E97A 3N9AA 1L45A 4ET9A 4J1BA 1L27A 2HEBA 4B1AA 1BHZA 1LZ8A 4DJHA 1L90A 3GXKA 1C64A 1GFKA 3CDQA 4I8SA 1PQDA 1SWZA 1G0PA 1REMA 3AGHA 4UWUA 2BQNA 2GV0A 1L61A 4YEMA 4ETBA 1NKHA 110LA 1HENA 2FYDA 1GFTA 238LA 1FLQA 4LGKA 4D9ZA 2FYCA 2RBOA 7LZMA 3RNXA 1QSAA 1YAQA 221LA 1JWRA 4ZIXA 4LDOA 4M4OA 1CU3A 3TXIA 182LA 2WARA 4GN3A 1L68A 5LYTA 4EKSA 1IOTA 4HJZA 1J1OY 1LPIA 4KPMA 1G0KA 4ZFPA 3WYHA 1D6PA 1P2CC 3M3UA 3DN1A 1L52A 143LA 230LA 3C7WA 3QAKA 248LA 2OTYX 1G0LA 4GN4A 4PJZA 133LA 1JISA 3AGGG 174LA 3HT6A 4NSGA 2BQGA 4LT1A 2F2QA 118LA 1SSWA 2F30A 198LA 2G4NA 1YKYX 1E8LA 4XENA 1LKRA 1YROA 1JTMA 4IAPA 4H8YA 1IR9A 3FI5A 3AZ4A 4L41A 1LWKA 1RE2A 3HUQA 4DYGA 2BQIA 2ANXA 1C65A 1L28A 1DPXA 1GFAA 1L17A 2PC2A 2G4PA 229LA 5EBHA 1DPWA 1LHLA 2BQDA 2W1YA 184LA 5KXPA 135LA 2F32A 196LA 4H9IA 104LA 2DQHY 2QB0B 1SX2A 5KXKA 1NHEA 1B5VA 256LA 5APFA 5LA5A 2Z38A 4NGZA 1GB5A 1L79A 1L06A 2ZQ3A 3TMWA 4QEQA 1T97A 5KXRA 1LYOA 254LA 3HBHA 1L18A 1LW9A 223LA 201LA 1B9OA 3AB6A 1LSAA 1KW5A 1DI5A 1L74A 1CV5A 1L36A 2BQLA 4PGJB 3RZ4A 109LA 1LMCA 1C62A 3LZTA 4N0JA 200LA 1L89A 1IVMA 3B72A 1LSEA 1L16A 206LA 1OUDA 218LA 1C68A 1NF5A 2YBIA 1C45A 1L91A 1C6LA 1DI3A 3IJVA 2VB1A 1DYFA 1ALCA 1L60A 1L95A 4DQ7A 1WVUA 3OE8A 1HEQA 1UIBA 1D3NA 1JITA 1L37A 1IC7Y 3GUPA 4ZEEA 3A91A 1L32A 1L57A 2Z19A 3G3BB 1FLUA 1IP5A 9LYZA 1LI6A 1B7MA 161LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1W08 A;  1DYE A;  4NGV A;  4Z98 A;  1LOZ A;  1LTM A;  1GEZ A;  244L A;  5A3E A;  3VW7 A;  1GBW A;  2X0A A;  1NBY C;  1IOC A;  5F9U A;  4ETA A;  4DQJ A;  4DWX A;  239L A;  1F0W A;  4RLN A;  3F6Z A;  3CQL A;  4WLX A;  3RW8 A;  2B6Z A;  1L34 A;  4K5Y A;  3GUK A;  2HUK A;  1L97 A;  4PHI A;  1GF9 A;  1BB6 A;  1J1P Y;  3CT1 A;  3HH3 A;  3OE0 A;  1B5Z A;  3PBL A;  1HC0 A;  4OO9 A;  3NY8 A;  4YM8 A;  1OWY A;  1ZVH L;  1JKD A;  1QUT A;  4KT3 A;  3C7Y A;  3T6U A;  108L A;  2NWD X;  3P65 A;  1L96 A;  2I25 L;  1G0J A;  2CGI A;  1L50 A;  4GN5 C;  1GE2 A;  115L A;  5B1G A;  1BVK C;  4II8 A;  181L A;  130L A;  1G06 A;  2H9K A;  4NWE A;  1HFX A;  1GB3 A;  4GCE A;  2RBS A;  1JKC A;  1QTH A;  2HUL A;  2D4J A;  4H9E A;  5B07 A;  1OUF A;  5K7O A;  1C6D A;  1UIH A;  1CNS A;  3WW5 A;  4YX7 C;  1OP9 B;  1WTH A;  3BKH A;  4OWH A;  1GBO A;  1LAA A;  1LZ6 A;  1YAM A;  1YAN A;  2DQG Y;  3B0K A;  1HNL A;  1DXJ A;  1G0Q A;  1L12 A;  1XEK A;  3TMU A;  137L A;  5F14 A;  1UIC A;  3W3E A;  1L99 A;  1GF0 A;  1D3J A;  3TXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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