1C65A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c65A00
1KY1A 1QTCA 182LA 149LA 248LA 123LA 2HUMA 3HU8A 197LA 2O4WA 3CDQA 3HT7A 1L71A 3DN3A 2RBRA 1L20A 220LA 4W56A 2L78A 1L70A 1QT7A 4ZPUA 4ARJA 1L38A 3GUNA 1D3NA 222LA 1QT8A 160LA 243LA 3C7YA 218LA 3G3WA 1OVJA 2B6WA 137LA 1WTHA 261LA 217LA 158LA 1G06A 140LA 168LA 1L24A 3NY8A 1DYAA 5LZMA 4I7SA 1QUOA 3HTGA 259LA 2HULA 1KNIA 148LE 230LA 1L0JA 1QS5A 3HDFA 1L23A 2CUUA 127LA 205LA 254LA 4W55A 1L26A 1L06A 1L72A 3HUAA 3UONA 210LA 206LA 1L11A 3EMLA 1CV1A 104LA 1C67A 141LA 1L15A 180LA 1L54A 1C6DA 1B6IA 1C68A 1QT5A 169LA 1L49A 1LLHA 4I7LA 1QTDA 4DKLA 251LA 256LA 1L00A 1L89A 1LPYA 238LA 3FA0A 245LA 113LA 171LA 1L67A 3C8RA 1L50A 2OU8A 209LA 1L63A 2OE9X 1L65A 2B6ZA 1C6GA 1P46A 111LA 3DN1A 4I7JA 226LA 4I7TA 1L19A 126LA 2RBOA 185LA 1KW5A 262LA 1L34A 1ZYTA 1OVKA 1L35A 3HT8A 3HTDA 4ARQB 2Q9DA 3CDVA 4ARQA 1CVKA 1CUPA 1L66A 239LA 4E97A 1L04A 146LA 1L85A 216LA 2RH1A 1CV4A 195LA 1L41A 1LGUA 189LA 1LW9A 3OE9A 5I14A 3HT9A 184LA 1T97A 213LA 2B6YA 150LA 1C69A 3GUKA 2IGCA 114LA 3CDTA 1C6CA 221LA 3OE6A 1L76A 1L96A 3DKEX 3SB6A 1T8AA 1C62A 1L36A 231LA 186LA 1L73A 1L51A 228LA 1L14A 2RB2X 142LA 3C80A 1L37A 4DAJA 1PQIA 3C82A 4LZMA 3HU9A 1SSWA 1C65A 3C7ZA 1L32A 6LZMA 4GBRB 3HUQA 232LA 1PQJA 200LA 1L56A 4EJ4A 1L0KA 147LA 3RUNA 1L30A 1TLAA 1L79A 2RB1X 4YXAC 163LA 4I7KA 1L03A 3GUJA 1L46A 4EKSA 3OE8A 1L82A 120LA 1L07A 237LA 3DN4A 2OTZX 131LA 159LA 1L45A 3GUOA 1ZWNA 1JTNA 3DN2A 3C8QA 128LA 1L05A 229LA 129LA 1L97A 4PK0A 1L86A 249LA 164LA 1L13A 3SB7A 2OU0X 1PQDA 2Q9EA 3DMXA 215LA 3HH6A 177LA 2F47A 1C6KA 1XJUA 1L83A 1DYGA 139LA 257LA 1G1VA 1G0JA 1P56A 1L44A 4EPIA 173LA 4I7OA 234LA 3RZEA 144LA 110LA 1C66A 1L28A 1XJTA 108LA 188LA 4I7PA 3NYAA 174LA 3DN0A 1DYEA 1C6LA 2B74A 4S0WA 1L10A 1C6HA 1L77A 2HUKA 167LA 1NHBA 1C6MA 4W52A 1D2YA 3C8SA 3HUKA 211LA 4LDLA 1G0QA 192LA 3HDEA 252LA 172LA 183LA 1CV0A 3DNAA 170LA 1C63A 1XEPA 143LA 4W59A 1P2RA 115LA 1DYFA 1G0LA 166LA 1L16A 3L2XA 3SB8A 191LA 1P2LA 1C6IA 3PBLA 260LA 2Z6BA 3QAKA 198LA 156LA 3HH3A 4ARMB 2A4TA 1QT3A 175LA 1C6JA 118LA 1SWZA 1SSYA 2RBQA 1L98A 1D2WA 2RBNA 233LA 1QTZA 3HTBA 2ANXA 1LYGA 2LC9A 1T8GA 3HWLA 1L40A 3F9LA 1LI6A 250LA 1C64A 3GULA 2QB0B 1KY0A 3CDOA 1OWZA 1QS9A 4GRVA 1CV3A 225LA 3FI5A 1L88A 4LDOA 1L48A 3CDRA 3JR6A 1LGXA 4W51A 1L21A 2B72A 3SBAA 4IAPA 4I7MA 4I7RA 162LA 1CX7A 1L69A 3NY9A 1L12A 1L90A 1LI2A 1CU2A 1CU6A 2B75A 1G0PA 3SB5A 2RAYX 1L22A 1QSBA 1L42A 253LA 247LA 244LA 125LA 246LA 3GUMA 4DJHA 3V2YA 1SX7A 3V2WA 3PDSA 1LWKA 1PQKA 190LA 1C60A 1L93A 2OTYX 1P6YA 138LA 1C6QA 1C61A 3C81A 224LA 1CX6A 258LA 1C6NA 2ANVA 2OE4X 214LA 2RBPA 3VW7A 1L64A 1L17A 1L43A 107LA 3DMVA 1QTVA 1DYCA 1G0MA 122LA 1L39A 1CV6A 1L91A 1L53A 1C6EA 4EKRA 196LA 3SN6R 1L74A 1L60A 4OO9A 2F2QA 3G3XA 1L33A 1T6HA 1G0GA 1L81A 4W58A 1SWYA 212LA 1P5CA 2LZMA 1QUGA 3ODUA 1L27A 1C6FA 1L09A 1OVHA 3G3VA 3GUIA 3OE0A 1PQMA 165LA 1P7SA 240LA 2B70A 2B7XA 176LA 4YXCA 2F32A 3FADA 4ARLA 1K28A 2OE7X 223LA 219LA 227LA 1D3MA 2RB0X 2RAZX 1OV7A 2NTHA 1L47A 2B6XA 1L84A 3DN6A 1L25A 1L55A 1C6BA 4EKQA 1DYDA 1OYUA 4EXMA 1D3FA 1P64A 1L68A 1L58A 1OV5A 1C6TA 102LA 1CU0A 109LA 1QUDA 1LI3A 236LA 3D4SA 2O7AA 1QTBA 1LYDA 3K2RA 4AQNA 1L52A 1EPYA 4ARMA 1KW7A 1L02A 1KS3A 1LYJA 181LA 145LA 1CUQA 3HH4A 3GUPA 3C7WA 112LA 1G07A 1QUHA 1C6PA 1G1WA 1L31A 1L94A 2QARC 4I7QA 1ZURA 3SBBC 2NTGA 1CU5A 1CU3A 152LA 1L75A 2B73A 4EPFA 2LCBA 4W53A 1LYFA 1D3JA 1DYBA 1LYEA 3LZMA 4ARPA 3HT6A 157LA 2B6TA 1L29A 1C6AA 1PQOA 1LGWA 1L80A 7LZMA 201LA 2RBSA 1P3NA 2OU9A 155LA 4W54A 1LYHA 4K5YA 1L59A 1L92A 1JQUA 199LA 2OEAX 1OWYA 1L99A 1CV5A 1L62A 1LYIA 161LA 1CTWA 1L61A 242LA 4PJZA 1JTMA 255LA 1D9WA 1I6SA 241LA 3SB9A 3L64A 151LA 4W57A 4YX7C 187LA 1QSQA 3HTFA 130LA 4EKPA 1L87A 1LWGA 3F8VA 1P37A 1T8FA 1L95A 4I7NA 235LA 1L57A 1G0KA 103LA 1L08A 3DMZA 1P36A 3HH5A 1L01A 3C83A 1SX2A 3DN8A 1QT4A 1L18A 4LDEA 2O79A 119LA 178LA 1QT6A 1QTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
248LA 123LA 4NGYA 3DN3A 2RBRA 2HU3A 1L20A 1GXXA 2L78A 1UIHA 208LA 1GF6A 1D3NA 2HECA 1OUFA 243LA 1D9UA 2MEGA 4W94A 217LA 3TMUA 2EPEA 1GF3A 3B0KA 1GF7A 2F30A 4WOAA 1DYAA 2DQGY 4I7SA 259LA 3CB7A 1L0JA 4NG1A 3HDFA 2FBBA 4GN3A 4C5FA 127LA 4ZFPA 1L06A 210LA 1I20A 2AUBA 1YQVY 141LA 1C6DA 4PHIA 1AT6A 1GBZA 3A67Y 4M4OA 1LLHA 4DKLA 1QTDA 1B5VA 256LA 1L00A 4DQ5A 4H91A 1LSMA 245LA 1IP6A 1JKBA 1L67A 5LVJA 2OU8A 3WPKA 1P46A 4TSBA 5DN4A 1XGQC 1KW5A 1H87A 1B7OA 5ILFA 3HTDA 2Q9DA 4ARQA 1OUAA 1L66A 2H9JA 1L85A 2BQEA 2RH1A 4WL7A 3WVYA 2H9KA 2BQMA 1L41A 2W1LA 189LA 1LW9A 3OE9A 1W08A 4CFPA 3CT1A 1C69A 1L96A 3SB6A 4BAFA 4HPEA 1L73A 4YENA 2YBHA 1L51A 4TWSA 142LA 4U3XB 1KIPC 5LINA 3HU9A 1IWUA 1FLQA 200LA 1YKZX 2XTHA 4EJ4A 1L0KA 2A7DA 3N9EA 1L30A 4YXAC 163LA 1I1ZA 4I7KA 4EKSA 5FDJA 237LA 1QDRA 1VDSA 2LZ2A 1B7NA 3HFMY 131LA 159LA 4ET8A 2ZIJA 1ZWNA 1JTNA 3C8QA 1L05A 229LA 129LA 1L97A 1OUIA 1LSNA 3TXEA 5E4PA 1BVKC 4ANRA 4H9BA 215LA 177LA 1GFJA 1XJUA 4TSCA 1DYGA 3M3UA 1P56A 1L44A 1GB3A 1KXWA 4MSTA 5J7CA 1IWWA 4LYOA 1GB6A 188LA 4I7PA 1L77A 2HUKA 3CSZA 4C3WA 1LMNA 4W52A 1D2YA 3C8SA 3W6CA 211LA 192LA 2FBDA 9LYZA 4DDBA 1LJFA 3DNAA 4NFVA 4HTKA 1C63A 4IASA 4DD1A 133LA 3SP3A 115LA 1DYFA 1L16A 3B6LA 1OUBA 3QE8A 1P2LA 3EO5A 1BB4A 2BQFA 4XENA 4ARMB 1WVVA 2A4TA 1GBSA 118LA 4HSFA 1LMCA 1LYSA 1IOCA 5KJ9A 3A93A 1LSAA 1QTZA 1LYGA 1GFGA 1LJJA 1T8GA 1B0DA 2DQFC 4H9HA 4XJIA 1VATA 3TXFA 1C64A 3GULA 1KY0A 1IO5A 1QS9A 4GRVA 1CV3A 4LDOA 1QDTA 1GF8A 1L48A 3CDRA 3JR6A 3TXDA 2B72A 3ZVQA 4I7RA 162LA 1L69A 1L12A 1LTMA 1IP1A 1CU6A 2B75A 3A34A 2RAYX 1QSBA 247LA 3GUMA 4NEBA 2G4QA 1GEVA 1Z55A 1SX7A 132LA 5LAFA 1DZBX 2I25L 4BAPA 1JTPL 3PDSA 1D0LA 4H9EA 1L93A 4J1BA 1C6QA 224LA 4NSGA 4QGZA 1LSGA 1CJ9A 1JITA 5LIOA 2RBPA 3CSQA 3LN2A 4B1AA 1L43A 1J1PY 4GN5C 1HSWA 1G0MA 1L39A 1GE0A 1IOQA 1LHMA 5DN5A 1C6EA 2BQNA 1XEIA 1EQ4A 1L60A 1IWYA 2F2QA 3G3XA 4NG8A 2F4AA 1G0GA 4PJ2C 1IP5A 1SWYA 1LJHA 3HBDA 2LZMA 1GF4A 5HQ1A 1LJGA 1A4VA 3ODUA 5B05A 4HV1A 1XFPL 3WL2A 2MECA 3WUMA 4WLXA 2B7XA 4YXCA 5K7OA 4ARLA 1K28A 4KXIA 2OE7X 1D3MA 1IWZA 1L55A 1ZMYL 3OJPA 1RFPA 1D3FA 1L58A 4I0CA 2C8OA 2BLXA 3D4SA 1HSXA 2O7AA 5LAGA 1JJ3A 5I4YA 4AQNA 1KS3A 1SLYA 4KPMA 1NDMC 4TTDA 3A90A 2PC2A 6LYZA 1C43A 207LA 1WQNA 2ZYPA 1G07A 4GCBA 4GN4A 2QARC 3SBBC 1GB0A 1CU3A 2BPUA 4LYZA 1L75A 1OUHA 1DYBA 1LYEA 4ARPA 1DI5A 3T36A 4J0LA 4WO9A 4YF2A 2B6TA 2BQJA 4B4IA 3TMVA 1C6AA 1LGWA 1L80A 7LZMA 2RBSA 2ZQ3A 1P3NA 4ET9A 1JIYA 2HUBA 1CJ8A 1L59A 2YBLA 4WM5A 2OEAX 1L99A 3MGWA 2HEAA 1L61A 4NGKA 241LA 2MEHA 3L64A 187LA 1HMLA 3RT5X 4N9RA 1C08C 4DQJA 1GHLA 4W96A 1G0KA 1GXV2 1GFUA 3B0IA 3C83A 1SX2A 4Z3MA 2C8PA 2BQCA 3WW5A 1XGUC 4YEMA 4H93A 4H9FA 3RW8A 197LA 1L70A 1QT8A 4A7DA 5A3ZA 3G3WA 4ETEA 4PGJB 1WTHA 4H94A 140LA 168LA 1L24A 4H8ZA 1CJ6A 3NY8A 3W6DA 5LYTA 1BGIA 5F81A 1KNIA 1OUJA 230LA 1L23A 5EBHA 1HELA 1GFHA 254LA 1L26A 1LZAA 2CWIA 1FLUA 3WYHA 3EMLA 2Z37A 1C67A 1L15A 180LA 2Y8PA 1IWXA 1IX0A 2ZQ4A 1HNLA 1L89A 3A3RX 3FA0A 1JJ0A 4UWUA 2LYOA 209LA 5DL9A 2OE9X 1L65A 1C6GA 111LA 3DN1A 1V7SA 4WL6A 5ILCA 1L19A 126LA 2RBOA 4DDAA 154LA 1WQRA 3HT8A 3A92A 3CDVA 4WLDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 248L A;  123L A;  4NGY A;  3DN3 A;  2RBR A;  2HU3 A;  1L20 A;  1GXX A;  2L78 A;  1UIH A;  208L A;  1GF6 A;  1D3N A;  2HEC A;  1OUF A;  243L A;  1D9U A;  2MEG A;  4W94 A;  217L A;  3TMU A;  2EPE A;  1GF3 A;  3B0K A;  1GF7 A;  2F30 A;  4WOA A;  1DYA A;  2DQG Y;  4I7S A;  259L A;  3CB7 A;  1L0J A;  4NG1 A;  3HDF A;  2FBB A;  4GN3 A;  4C5F A;  127L A;  4ZFP A;  1L06 A;  210L A;  1I20 A;  2AUB A;  1YQV Y;  141L A;  1C6D A;  4PHI A;  1AT6 A;  1GBZ A;  3A67 Y;  4M4O A;  1LLH A;  4DKL A;  1QTD A;  1B5V A;  256L A;  1L00 A;  4DQ5 A;  4H91 A;  1LSM A;  245L A;  1IP6 A;  1JKB A;  1L67 A;  5LVJ A;  2OU8 A;  3WPK A;  1P46 A;  4TSB A;  5DN4 A;  1XGQ C;  1KW5 A;  1H87 A;  1B7O A;  5ILF A;  3HTD A;  2Q9D A;  4ARQ A;  1OUA A;  1L66 A;  2H9J A;  1L85 A;  2BQE A;  2RH1 A;  4WL7 A;  3WVY A;  2H9K A;  2BQM A;  1L41 A;  2W1L A;  189L A;  1LW9 A;  3OE9 A;  1W08 A;  4CFP A;  3CT1 A;  1C69 A;  1L96 A;  3SB6 A;  4BAF A;  4HPE A;  1L73 A;  4YEN A;  2YBH A;  1L51 A;  4TWS A;  142L A;  4U3X B;  1KIP C;  5LIN A;  3HU9 A; 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