1C67A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a/l133a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c67A00
188LA 4I7RA 3D4SA 1L01A 182LA 1C65A 4IAPA 1L22A 2RBRA 1D2WA 1CU6A 144LA 2RAZX 3DMXA 1XJUA 4ARJA 2LC9A 1KW7A 1C69A 1I6SA 161LA 4W57A 102LA 1D3JA 4OO9A 3HH5A 1QSQA 1CV5A 1CV0A 3SB7A 1L24A 1G06A 3HUKA 1L82A 2NTGA 3JR6A 1P37A 148LE 1L44A 4K5YA 1C6IA 3HTDA 176LA 126LA 2OU0X 1G0GA 1LI2A 2OU9A 3LZMA 3HDEA 3SBBC 1L14A 1L91A 229LA 1L61A 1L58A 1L28A 215LA 248LA 3PBLA 1L00A 3V2YA 1L93A 1PQDA 1L72A 1P64A 3C7ZA 1L52A 2HULA 198LA 2ANVA 3HWLA 1LYIA 2B6XA 1G0PA 4I7SA 244LA 1L13A 1CU5A 1C6DA 231LA 3NY8A 4EPFA 123LA 3HUQA 242LA 173LA 3C80A 164LA 158LA 2CUUA 3DMVA 217LA 3HH6A 1C6KA 3GUJA 1DYAA 250LA 3OE0A 1QSBA 1L74A 4I7MA 4EXMA 1LYHA 1L07A 1LI3A 155LA 3SB5A 2OU8A 1CV3A 218LA 1L51A 2RB0X 1XJTA 122LA 3HU8A 3OE6A 1QT4A 1G0LA 2Q9DA 175LA 1TLAA 1L05A 2B6WA 222LA 1EPYA 1ZURA 3CDTA 3HT9A 2OTYX 177LA 3F8VA 3DN3A 1C6LA 3SB6A 1ZWNA 209LA 127LA 1C61A 3DMZA 3K2RA 1LLHA 162LA 1C6PA 2B72A 1P5CA 2A4TA 4PK0A 129LA 1L54A 115LA 3CDRA 1L95A 3DN2A 169LA 1L85A 1G0JA 1QUOA 1LWGA 2Z6BA 4ZPUA 3GUNA 1L04A 1L02A 1KW5A 1QTZA 1L26A 3HTFA 3QAKA 1L84A 1CTWA 1L08A 3HTBA 195LA 159LA 1PQMA 1QT6A 2HUKA 3NY9A 1SX2A 1L36A 1LW9A 1CV1A 1P56A 3CDQA 1CVKA 1LGXA 220LA 1L18A 1L79A 3FADA 1L83A 240LA 3FI5A 4I7TA 3EMLA 247LA 1L40A 110LA 3HU9A 1LGWA 4YX7C 1P2RA 2RB1X 3C8RA 2O79A 3SB9A 6LZMA 1D3FA 1G1WA 1L64A 1QTBA 4YXAC 174LA 114LA 4W54A 3DNAA 3NYAA 160LA 1SSWA 2O4WA 3SBAA 1L59A 224LA 2RBSA 3SN6R 1L88A 1DYCA 2RB2X 3RUNA 1L11A 165LA 3OE9A 166LA 4EKQA 232LA 4I7JA 168LA 255LA 2ANXA 1L49A 197LA 1L50A 107LA 3C8QA 1L19A 233LA 205LA 4I7NA 1L37A 1JTNA 1LYGA 4EKSA 3C7YA 3G3XA 1LI6A 2RBPA 3DN0A 1L25A 1L94A 2B73A 1QS9A 1L30A 3CDVA 1L12A 1L48A 251LA 199LA 1OVHA 119LA 3HT7A 4EJ4A 113LA 1QT3A 1LPYA 4W53A 1XEPA 3C81A 1DYBA 1L86A 1CUPA 1D3NA 1QT7A 1C6QA 1L06A 4ARLA 1CX6A 4EKPA 1L62A 3V2WA 1L90A 139LA 4I7PA 141LA 1C6NA 1KY1A 1L80A 1T8GA 4W55A 3L64A 137LA 241LA 1L87A 1L34A 2B74A 3GUOA 120LA 257LA 4LDOA 189LA 131LA 1D2YA 2RBQA 1OV7A 183LA 1L35A 1CV6A 3C82A 239LA 1L67A 3C83A 2RH1A 1QT8A 4DAJA 2QB0B 1L65A 259LA 3GUIA 1L20A 1L53A 228LA 1K28A 1L43A 1L63A 1L15A 234LA 3HT8A 223LA 4E97A 3GULA 1L33A 2B75A 1OWYA 171LA 1C6CA 4I7OA 1C6TA 146LA 5LZMA 256LA 1LYJA 3OE8A 150LA 1DYEA 1SX7A 4LDLA 1L21A 1JTMA 181LA 3DN4A 3F9LA 1LWKA 1L89A 1LYFA 190LA 1G07A 1L56A 108LA 1L46A 4PJZA 1C68A 4AQNA 3DN6A 1QUGA 201LA 1B6IA 221LA 1P46A 2IGCA 170LA 1C6JA 237LA 1L42A 3CDOA 1T97A 4LDEA 238LA 163LA 1L09A 1PQOA 1ZYTA 1SSYA 2F47A 1L45A 1QT5A 4W51A 3GUKA 211LA 2OEAX 1P36A 260LA 3C8SA 3C7WA 1G1VA 1C6HA 1L69A 2B70A 4GBRB 3GUPA 3VW7A 1WTHA 3HDFA 2RAYX 1D3MA 200LA 225LA 1OWZA 151LA 1C60A 147LA 236LA 1DYFA 1G0MA 1KNIA 1NHBA 1JQUA 1P6YA 111LA 3HH4A 212LA 1T8FA 1QTHA 4ARQB 1L03A 3PDSA 226LA 4ARQA 4ARPA 219LA 157LA 1L76A 1L60A 1QUHA 1C64A 178LA 1C62A 1L0JA 1P2LA 2OE9X 3ODUA 2LCBA 2B6ZA 103LA 4I7LA 3DN1A 1OYUA 210LA 2OTZX 1L68A 2L78A 1L96A 1SWYA 4W52A 1L98A 4ARMB 4ARMA 192LA 2QARC 2OE4X 142LA 1L41A 191LA 1L55A 3L2XA 2RBOA 1L32A 4W58A 1C6AA 125LA 1L77A 4EKRA 109LA 138LA 1G0KA 2OE7X 4LZMA 5I14A 1DYGA 1QTVA 1KY0A 1L99A 254LA 1C6GA 172LA 156LA 1L75A 4DKLA 1QS5A 4DJHA 3DN8A 184LA 2LZMA 4EPIA 1LGUA 1CUQA 128LA 149LA 1L70A 1L10A 1L27A 258LA 152LA 1L38A 2B6TA 185LA 2HUMA 1PQJA 1CX7A 7LZMA 245LA 2Q9EA 4W59A 1PQKA 1LYDA 1C66A 1L23A 186LA 206LA 187LA 4W56A 252LA 118LA 261LA 1L29A 3HUAA 1P3NA 3G3WA 1L0KA 4I7KA 180LA 2F32A 243LA 1L97A 1C6FA 253LA 3GUMA 1OVKA 1L92A 1T8AA 4I7QA 1QTDA 2B7XA 1L47A 1L81A 1OV5A 3HH3A 3DKEX 1LYEA 1L17A 1C6BA 2F2QA 140LA 213LA 1D9WA 1CV4A 104LA 3FA0A 1C67A 130LA 2RBNA 249LA 3HTGA 1SWZA 2NTHA 1PQIA 246LA 1L73A 230LA 1CU3A 112LA 1CU2A 4YXCA 1C63A 1P7SA 3UONA 1QTCA 1C6MA 4S0WA 1L71A 145LA 1DYDA 4GRVA 216LA 227LA 3SB8A 167LA 1T6HA 1QUDA 143LA 1CU0A 3HT6A 1L39A 3RZEA 196LA 1L16A 235LA 1G0QA 1L66A 2B6YA 262LA 1C6EA 2O7AA 3G3VA 1KS3A 1L31A 214LA 1L57A 1OVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BGIA 4TUNA 3WMKA 4I7RA 1L01A 3LZ2A 3A93A 1YAPA 4ETBA 2C8OA 1GFHA 2YSSC 5APCA 1QSAA 1WQNA 3DMXA 3RNXA 1KW7A 2BQBA 1I6SA 161LA 3A6BY 3AZ4A 4W57A 4WG7A 1TCYA 4NHTA 3SB7A 1L24A 3TXIA 1G06A 3HUKA 1DKKA 1L82A 2NTGA 3WXUA 4U3XB 4D9ZA 2BQDA 5II3A 148LE 4ZFPA 1LI2A 1L14A 1L91A 1IC7Y 215LA 4WOAA 3CT5A 1L00A 3W6CA 1L93A 1GF9A 1UICA 1GDWA 1GAYA 1GHLA 1L52A 4XN6A 1GB0A 5B1FA 5LIOA 154LA 1LYIA 2B6XA 1C46A 244LA 1IP6A 3C80A 164LA 3DMVA 1LZSA 1KIRC 1LZNA 3HH6A 1C6KA 1TDYA 1LYHA 1QDTA 1CNSA 1GF0A 3SB5A 208LA 1CV3A 1GBXA 2W1YA 2MECA 1YAOA 1GFTA 2RB0X 4WO9A 1G7JC 1NHEA 1XGPC 2H9JA 5HLLA 2FYCA 175LA 1TLAA 1ZURA 2OTYX 2EIZC 3F8VA 3B72A 1C6LA 3SB6A 3LN2A 1ZWNA 5KXZA 1BB3A 1D0MA 3K2RA 1UIHA 4B1AA 4WLDA 4NG8A 3DN2A 1QUOA 1CKHA 1G0JA 1LWGA 4ZPUA 4N1CC 5B05A 1L02A 1QUTA 1VDPA 1QTZA 4HV1A 4LT3A 2XTHA 5A3EA 1L08A 3NY9A 159LA 1QT6A 1L36A 1BHZA 4H8YA 4NG1A 1RI8B 5KY1A 1CVKA 1LGXA 4UWUA 4NGKA 5LAFA 3EMLA 247LA 1LJKA 1YKXX 2ZYCA 110LA 4YX7C 2HU1A 5F9XA 1VDTA 1P2RA 5FHWA 1EQEA 2RB1X 3SB9A 1B5UA 1GE4A 4GN4A 1L64A 1BB6A 4YXAC 114LA 1JKDA 1B7SA 4J1BA 3NYAA 3SBAA 4HTKA 2MEFA 1IVMA 1HMLA 1DYCA 4YEMA 3TXGA 2DQEY 1GF8A 205LA 4I7NA 1FDLY 1NQIA 3C7YA 1LI6A 2RBPA 1L94A 3CDVA 4NWHA 3TXDA 1L12A 1L48A 5B1GA 3HT7A 2DQHY 4TSBA 1XGUC 4N5RA 3RU5A 1NDMC 3C81A 1L86A 1D3NA 1QT7A 4NFVA 1REYA 2YBHA 141LA 4NGZA 1C6NA 1FLUA 1L80A 1T8GA 5APDA 3P64A 137LA 2B74A 1XSFA 4NSJA 2I6ZA 131LA 1D2YA 4Z46A 1GE1A 4KXIA 4YM8A 2HEBA 1ZV5L 2RH1A 1QT8A 259LA 2EPEA 3GUIA 5KXNA 3TMXA 1AZFA 3HT8A 4GCBA 4E97A 3GULA 2B75A 1REXA 5B06A 3OE8A 2IFFY 4XJFA 4YF2A 4MR1A 4QY9A 3DN4A 4M6DA 1LWKA 3M18B 3T6UA 4XJBA 1L56A 4H9HA 5I4YA 2DQDY 4HPEA 3KAMA 4AQNA 2Y8PA 1IWZA 1B6IA 221LA 2IGCA 170LA 1C6JA 1L42A 1BB5A 1ZYTA 1SSYA 2HEFA 4MCKA 1KIPC 2C8PA 4W51A 211LA 1LZBA 2MEGA 1C6HA 4GBRB 3K3TA 1JITA 1LSCA 5LXWA 1LHIA 4NGYA 151LA 5JENB 1GPQC 1LSEA 2G4NA 3LYMA 2Z19A 1DYFA 3HBHA 1KNIA 5DN5A 2ZQ3A 4CFPA 3HH4A 1B7NA 212LA 6LYZA 1QTHA 4ARPA 3PDSA 226LA 3TXFA 1NF5A 1C62A 1P2LA 3P68A 4TSCA 1A2YC 1LZAA 2L78A 4ARMB 1JIYA 1UIEA 3D3DA 2W1XA 2A7DA 2RBOA 1W6ZA 1LMAA 109LA 5I14A 4H94A 1KY0A 3IJVA 1L99A 2Z39A 1C6GA 172LA 1GB9A 1L75A 2XBSA 4DKLA 184LA 1RJCB 4EPIA 1QUSA 1IR9A 128LA 2GV0A 1FN5A 258LA 1L38A 4WM4A 2HUMA 7LZMA 4G4HA 1LYDA 1GE0A 2DQAA 1FLQA 4N8ZA 1WVUA 3G3WA 5L3IA 4LYOA 1LSMA 2F32A 2ZNWY 3GUMA 4FDYA 3ZVQA 1QTDA 1YL1X 5LVKA 1YQVY 3DKEX 1LYEA 2MEHA 4PGJB 1IR8A 4ET9A 3A92A 5KXXA 2HUBA 1T6VL 1LZ6A 3FA0A 1HHLA 249LA 7LYZA 1PQIA 1LZ1A 230LA 4HSFA 2DQGY 1P7SA 4WO6A 1OUFA 1ZVHL 3WULA 4B0DA 2BQKA 167LA 1LSBA 1XEJA 4WLTA 1C43A 1CU0A 3HT6A 4E3UA 196LA 2LZTA 1L16A 1G0QA 262LA 193LA 1C6EA 2O7AA 3LZTA 1OVJA 188LA 1UIBA 182LA 3RZ4A 2RBRA 4H92A 4GLAA 4BAFA 1C69A 4ANRA 4CHXA 1YKYX 4P2EA 1CV0A 4BS7A 3AGIA 3JR6A 3T36A 1JJ3A 5I5QA 1L44A 3W6EA 1LJEA 2OU9A 1W08A 5FDJA 5KXTA 3LZMA 4HPIA 3HDEA 5HNLA 1EQ5A 3SBBC 1JPOA 1L61A 4HV2A 1L58A 1L28A 1REZA 1HEQA 3PBLA 3RT5X 4H9EA 3V2YA 1PQDA 1L72A 1DKJA 3C7ZA 1P2CC 3W6FA 1C45A 3W6DA 2HULA 2ANVA 2B5ZA 3HWLA 1VEDA 1V7TA 4EPFA 1JUGA 123LA 5B07A 173LA 158LA 2CUUA 1JKAA 1GDXA 4TX7A 3GUJA 1LPIA 1DYAA 250LA 1RE2A 1QSBA 3OE0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BGI A;  4TUN A;  3WMK A;  4I7R A;  1L01 A;  3LZ2 A;  3A93 A;  1YAP A;  4ETB A;  2C8O A;  1GFH A;  2YSS C;  5APC A;  1QSA A;  1WQN A;  3DMX A;  3RNX A;  1KW7 A;  2BQB A;  1I6S A;  161L A;  3A6B Y;  3AZ4 A;  4W57 A;  4WG7 A;  1TCY A;  4NHT A;  3SB7 A;  1L24 A;  3TXI A;  1G06 A;  3HUK A;  1DKK A;  1L82 A;  2NTG A;  3WXU A;  4U3X B;  4D9Z A;  2BQD A;  5II3 A;  148L E;  4ZFP A;  1LI2 A;  1L14 A;  1L91 A;  1IC7 Y;  215L A;  4WOA A;  3CT5 A;  1L00 A;  3W6C A;  1L93 A;  1GF9 A;  1UIC A;  1GDW A;  1GAY A;  1GHL A;  1L52 A;  4XN6 A;  1GB0 A;  5B1F A;  5LIO A;  154L A;  1LYI A;  2B6X A;  1C46 A;  244L A;  1IP6 A;  3C80 A;  164L A;  3DMV A;  1LZS A;  1KIR C;  1LZN A;  3HH6 A;  1C6K A;  1TDY A;  1LYH A;  1QDT A;  1CNS A;  1GF0 A;  3SB5 A;  208L A;  1CV3 A;  1GBX A;  2W1Y A;  2MEC A;  1YAO A;  1GFT A;  2RB0 X;  4WO9 A;  1G7J C;  1NHE A;  1XGP C;  2H9J A;  5HLL A;  2FYC A;  175L A;  1TLA A;  1ZUR A;  2OTY X;  2EIZ C;  3F8V A;  3B72 A;  1C6L A;  3SB6 A;  3LN2 A;  1ZWN A;  5KXZ A;  1BB3 A;  1D0M A;  3K2R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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