1C68A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a/l133a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c68A00
178LA 1L00A 1L70A 230LA 1L44A 1L14A 2F47A 3DN6A 1C68A 246LA 6LZMA 186LA 3HH5A 158LA 1OWZA 1L11A 1JTMA 4PJZA 1C61A 5I14A 2OE9X 1G0PA 125LA 1LWKA 1L12A 1L67A 1QTBA 189LA 2RBNA 120LA 138LA 109LA 245LA 3CDOA 160LA 225LA 3V2YA 175LA 1P64A 2ANXA 2LZMA 1T97A 4LZMA 4DJHA 213LA 171LA 4I7PA 102LA 1L43A 4DKLA 1L31A 4I7KA 255LA 3GUMA 4W54A 240LA 4ZPUA 4W55A 148LE 2O4WA 2NTGA 1L48A 1P37A 3G3WA 1L51A 1L84A 1C6EA 3C82A 211LA 3HH4A 3OE9A 1L04A 2B74A 1OV5A 3SBAA 159LA 188LA 126LA 2F32A 3F9LA 3HH3A 1L58A 4ARPA 3RZEA 1QTZA 1L74A 157LA 1C69A 3GUKA 1DYGA 3C8QA 1T8FA 1QTDA 173LA 1PQOA 107LA 1I6SA 3HUKA 122LA 1KY0A 3OE0A 4ARMB 4GRVA 234LA 4K5YA 1QUOA 2LCBA 1XEPA 5LZMA 2RBPA 2Z6BA 1LI2A 1L57A 3HT7A 1C62A 224LA 1L28A 187LA 1G0QA 206LA 236LA 3QAKA 3DN3A 141LA 2B6TA 1L55A 221LA 3CDQA 1L85A 241LA 1C6IA 1T8GA 238LA 2LC9A 1L54A 1LGUA 1L66A 1PQIA 2QB0B 4ARJA 1L0KA 3D4SA 1G1VA 2OTZX 4YXCA 161LA 185LA 1L05A 3V2WA 261LA 3HT8A 1CU0A 1L99A 260LA 4I7NA 4EKQA 113LA 155LA 1OVJA 103LA 2RBSA 3FADA 4DAJA 1L60A 3PBLA 1C6DA 1DYAA 1L34A 3ODUA 1L39A 3SN6R 1L18A 3C80A 1CV6A 1C63A 1L80A 3C83A 1L73A 3HH6A 128LA 1QTCA 1L52A 192LA 1L94A 4I7JA 119LA 235LA 129LA 1QUDA 1L76A 3OE8A 4AQNA 162LA 1L53A 248LA 1L0JA 3DMZA 169LA 2B6WA 1OV7A 1PQKA 1G07A 1QUGA 3GULA 1L41A 1C64A 1KW7A 3VW7A 130LA 214LA 262LA 1P3NA 254LA 3HTFA 2RB2X 2A4TA 226LA 1D9WA 1CX6A 2OU9A 1QT5A 210LA 183LA 1P2RA 1C6QA 1C6FA 1JQUA 4YX7C 1LYFA 1C6GA 196LA 2L78A 1QTVA 1TLAA 4OO9A 3SB7A 2OTYX 3GUPA 4PK0A 176LA 1L96A 1SSYA 115LA 1L21A 232LA 1L15A 1T8AA 4EXMA 1C6MA 1KW5A 1K28A 1P7SA 2RBOA 1L29A 1L82A 1L36A 3HTDA 3DN8A 197LA 3DN2A 3G3VA 1L17A 3DN4A 4EJ4A 1QTHA 1QUHA 223LA 1XJTA 3DMVA 1L46A 258LA 1OVKA 2RBQA 3GUOA 2RBRA 139LA 2RAYX 1L02A 1G06A 123LA 3L64A 1D3MA 1L86A 199LA 2NTHA 4ARQB 216LA 1LYJA 1C6BA 1L24A 1PQMA 1QS5A 147LA 3PDSA 1L40A 150LA 1CU3A 3DN1A 3HTGA 104LA 2B6ZA 2RH1A 4I7TA 1L33A 1L69A 1OVHA 215LA 231LA 4E97A 182LA 3SB6A 1QSBA 1C67A 205LA 1CVKA 256LA 243LA 165LA 145LA 3DKEX 112LA 1L25A 1L56A 1P5CA 1LYGA 1CV4A 1QT8A 1KNIA 2B75A 2B73A 1DYDA 1C6JA 1L01A 3OE6A 3RUNA 3SB9A 2RAZX 1PQJA 3NY8A 1L06A 219LA 2Q9DA 3HUQA 2O7AA 1JTNA 4IAPA 110LA 212LA 195LA 2OEAX 168LA 227LA 1QT3A 1L62A 198LA 2OE4X 174LA 1L27A 1CU2A 1PQDA 237LA 3JR6A 4LDLA 201LA 1LI3A 1L59A 252LA 4ARQA 2QARC 1CTWA 127LA 1D3NA 1C6NA 146LA 3C7ZA 4EKPA 1KY1A 2ANVA 1C6AA 1L88A 1C65A 1L91A 177LA 144LA 3SBBC 247LA 180LA 242LA 1CV1A 3HU9A 4LDOA 3L2XA 222LA 140LA 1P46A 1C6CA 1QS9A 2OU0X 1DYCA 1L10A 2OE7X 3CDTA 1C6KA 1L97A 3FI5A 3G3XA 1P36A 3FA0A 1D3JA 1D2YA 1C6LA 3F8VA 1QT4A 2HUMA 184LA 1C66A 1L42A 172LA 2B6XA 4LDEA 3DN0A 2HUKA 1G0GA 2F2QA 3DNAA 1C6TA 1DYBA 1L63A 1KS3A 1L07A 4I7OA 1L72A 3C7WA 1L68A 181LA 1CV0A 4W56A 4ARLA 1L03A 1L49A 1LPYA 1C60A 1CUPA 2B6YA 4W52A 3C7YA 3GUJA 253LA 1L08A 7LZMA 1D2WA 229LA 1QT6A 1L93A 1ZWNA 1D3FA 1NHBA 149LA 2CUUA 1G0JA 3SB8A 1L13A 170LA 1L23A 1L83A 3C81A 2RB1X 1LLHA 1LW9A 1B6IA 1L45A 3HTBA 1L79A 1SX2A 1QT7A 1LGWA 244LA 3HUAA 1C6PA 4EKRA 233LA 3SB5A 220LA 1DYFA 1L61A 1LWGA 1LYEA 137LA 1T6HA 1C6HA 4W53A 1L20A 1L64A 4I7MA 1SX7A 1CV3A 3UONA 166LA 1CX7A 114LA 1L32A 1L19A 4EKSA 1G0MA 4EPFA 143LA 1L81A 1QSQA 2O79A 3HT6A 4W59A 251LA 164LA 1G0LA 1L22A 1CUQA 151LA 1L71A 2IGCA 2OU8A 228LA 1OWYA 257LA 259LA 1P2LA 1OYUA 1L35A 1SSWA 1L26A 1P56A 3HDFA 249LA 1L16A 191LA 3HT9A 1L77A 1SWZA 3C8SA 3HDEA 3CDVA 1WTHA 1L65A 2Q9EA 3HU8A 1L37A 1CU5A 1L95A 1LI6A 156LA 1EPYA 1LGXA 2B7XA 217LA 1ZURA 142LA 1CU6A 4I7RA 218LA 1L92A 4I7QA 131LA 4EPIA 167LA 1LYDA 250LA 209LA 2B70A 4I7SA 1XJUA 4I7LA 1L50A 1L98A 1CV5A 3K2RA 3GUIA 1DYEA 108LA 1LYIA 2B72A 4W57A 152LA 4GBRB 4W58A 3LZMA 1SWYA 2RB0X 4W51A 1L30A 4S0WA 2HULA 111LA 1G0KA 3HWLA 1L87A 1L90A 3CDRA 3DMXA 3GUNA 1L09A 200LA 3EMLA 3NY9A 118LA 239LA 1P6YA 4YXAC 1L89A 163LA 1L75A 1L38A 4ARMA 3C8RA 1G1WA 1LYHA 1ZYTA 1L47A 3NYAA 190LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BQLY 1OUEA 6LZMA 4YEOA 1LMAA 4YM8A 1YAOA 4BAFA 1JTMA 3WVXA 2OE9X 1LZDA 1L67A 1GXXA 3RW8A 1WQQA 4NSGA 1GFJA 138LA 1LJJA 109LA 5DN5A 1WQMA 1AM7A 245LA 4ZEEA 160LA 2BQMA 4KT3A 2ZQ3A 225LA 1IORA 2LZMA 2HECA 4DJHA 1VATA 171LA 3P65A 102LA 4DKLA 4I7KA 2HTXA 3LHMA 4ZPUA 1L48A 2ZIJA 3G3WA 1L51A 2BLYA 1L84A 3C82A 3HH4A 1IOTA 3WUAA 3WPJA 1IC5Y 4WM4A 3P64A 188LA 2EKSC 1LSMA 3RZEA 1QTZA 1L74A 1WVUA 5KXNA 4P2EA 4GN3A 1KY0A 1OUJA 4GRVA 2LCBA 1XEPA 4DD3A 2N5ZA 1WVVA 4DQ7A 2ZIKA 1C62A 224LA 4J1AA 4OWEA 1T8GA 3A92A 2D4JA 1L54A 2QB0B 2YSSC 1PQIA 5IDDA 3D4SA 2OTZX 1GF9A 2DQIY 1FLYA 161LA 185LA 1RCMA 1C46A 3HT8A 1CU0A 3W6DA 260LA 3FE0A 4EKQA 1LSBA 1LZ8A 5LVGA 1L60A 4HJZA 1GEVA 1DI3A 2VB1A 3C80A 1CV6A 1L80A 1G7LC 4LYBA 3AW6A 1JKBA 1YQVY 192LA 4I7JA 235LA 4AQNA 162LA 1L53A 4LYCA 1JUGA 1GAYA 1OV7A 1PQKA 4C3WA 1CNSA 3VW7A 130LA 214LA 254LA 2RB2X 2BQEA 1OUBA 226LA 1ZVHL 1CX6A 1IOQA 2BQJA 4WO6A 2DQCY 1IOSA 3ATNA 1DKJA 3GUPA 4LT3A 1L96A 1SSYA 232LA 4EXMA 1K28A 1P7SA 3HFMY 2MEIA 2YDGA 1L82A 3HTDA 1KXXA 3LZTA 3AZ5A 3DN2A 4EJ4A 1QTHA 4H91A 2A7DA 1JKAA 1DI4A 2RBRA 2RAYX 1L02A 2C8PA 1G06A 1YANA 1GB7A 1SQ2L 4H9IA 199LA 2NTHA 4ARQB 1LYYA 1C6BA 4NGIA 1LZYA 3ATOA 1L24A 1PQMA 5KXLA 3PDSA 150LA 3CSZA 3DN1A 104LA 1OUHA 1V7SA 1L33A 1L69A 231LA 1REZA 256LA 145LA 1NBZC 1L56A 1L25A 4N9RA 1LYGA 4NWEA 1B7SA 1J1OY 2B75A 1KNIA 1YAMA 3VWOA 3SB9A 3EMSA 1CJ8A 1YL1X 1OUDA 4CGEA 4DT3A 5HLLA 2NWDX 1FDLY 5FELA 4IAPA 2W1LA 5D5CA 1D0MA 5LVIA 168LA 2YBIA 7LYZA 2FBDA 3WU9A 1IC7Y 4LDLA 1PQDA 3B0OA 201LA 1L59A 4J7VA 1IP4A 2I26L 5F16A 1C6NA 146LA 3C7ZA 1KY1A 1LYOA 1OUCA 180LA 3L2XA 6LYTA 4QDNA 1J1XY 1QS9A 1L10A 3CDTA 3G3XA 3TXKA 1L97A 1D2YA 1GBYA 1GF6A 3J4GA 4B0DA 3F8VA 1QT4A 4NY5A 1B0DA 1IP7A 2B6XA 4LDEA 4NGKA 1HELA 4N5RA 1LJHA 2HUKA 3CT1A 3RZ4A 2YBMA 1G7JC 1LZNA 4H8YA 1EQ5A 1CV0A 4OWHA 1GWDA 4ETCA 1GXV2 4XN6A 3BKHA 1D2WA 1LHHA 1ZWNA 1GE1A 5I4YA 149LA 1LZBA 1CJ6A 3C81A 2BQAA 4RW2A 1UACY 1E8LA 5APEA 4ZIXA 2ZILA 5KJ9A 1GDWA 5II3A 1IWVA 1LGWA 244LA 1HEMA 3WULA 1C6PA 3SB5A 3OK0A 1LWGA 1IWXA 4W53A 5B1FA 5LXWA 2G4NA 4E3UA 1CV3A 166LA 5LA8A 1CX7A 4EKSA 3AGIA 1G0MA 2H9KA 3P66A 3P4ZA 1JTPL 1VDSA 1WTNA 2EPEA 3F6ZA 1AKIA 4NHPA 3IWRA 4GCEA 1L81A 4RLMA 164LA 3WXTA 1BB7A 228LA 1OWYA 257LA 2F30A 1SSWA 4I8SA 1L77A 3HDEA 1TEWA 3CDVA 4BAPA 1GF0A 1CU5A 3A6CY 4AXTA 4TTDA 1CU6A 4WMGA 1IEEA 218LA 1L92A 4I7QA 167LA 1LYDA 3WL2A 1LZAA 2B70A 4H94A 2IHLA 3HBHA 5HQ1A 1LHKA 4HJYA 4LFPA 4AGAA 4BS7A 4LGKA 4KL7A 2F2NA 4DYGA 1IWUA 3WH1A 1G0KA 1GPQC 1L87A 1QUTA 3NY9A 4LYOA 1XGQC 1P6YA 1QQYA 239LA 3ZVQA 163LA 1L75A 2Z19A 1RJCB 1L38A 5KY1A 4WOAA 4H1PA 135LA 1GF8A 190LA 1L00A 230LA 1L14A 2F47A 186LA 158LA 1GB8A 4LYZA 4PJZA 125LA 1B7NA 134LA 1L12A 1VEDA 1F6RA 3B0KA 5E4PA 1LZ4A 1C45A 189LA 2RBNA 5ILCA 3QNGA 1LYSA 1XEKA 1UC0A 3CDOA 4ML7A 4R6CA 1LZEA 1LJKA 1C08C 4I7PA 1L31A 4W54A 1GFHA 240LA 3N9AA 1KXWA 1IY4A 4GLVA 2DQEY 3WPKA 154LA 4WL6A 5EBHA 1LSNA 4GCBA 3AYQA 5FEKA 5LYTA 2XJWA 1B7MA 4WLYA 1IR7A 4NSIA 5KXOA 3C8QA 1T8FA 3ZVQB 5LIOA 1NWGA 234LA 4XADA 1HENA 2Z6BA 4TX7A 187LA 3LYTA 141LA 2DQAA 3CDQA 1L85A 1GFTA 4DQ5A 1LGUA 1L66A 4B1AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BQL Y;  1OUE A;  6LZM A;  4YEO A;  1LMA A;  4YM8 A;  1YAO A;  4BAF A;  1JTM A;  3WVX A;  2OE9 X;  1LZD A;  1L67 A;  1GXX A;  3RW8 A;  1WQQ A;  4NSG A;  1GFJ A;  138L A;  1LJJ A;  109L A;  5DN5 A;  1WQM A;  1AM7 A;  245L A;  4ZEE A;  160L A;  2BQM A;  4KT3 A;  2ZQ3 A;  225L A;  1IOR A;  2LZM A;  2HEC A;  4DJH A;  1VAT A;  171L A;  3P65 A;  102L A;  4DKL A;  4I7K A;  2HTX A;  3LHM A;  4ZPU A;  1L48 A;  2ZIJ A;  3G3W A;  1L51 A;  2BLY A;  1L84 A;  3C82 A;  3HH4 A;  1IOT A;  3WUA A;  3WPJ A;  1IC5 Y;  4WM4 A;  3P64 A;  188L A;  2EKS C;  1LSM A;  3RZE A;  1QTZ A;  1L74 A;  1WVU A;  5KXN A;  4P2E A;  4GN3 A;  1KY0 A;  1OUJ A;  4GRV A;  2LCB A;  1XEP A;  4DD3 A;  2N5Z A;  1WVV A;  4DQ7 A;  2ZIK A;  1C62 A;  224L A;  4J1A A;  4OWE A;  1T8G A;  3A92 A;  2D4J A;  1L54 A;  2QB0 B;  2YSS C;  1PQI A;  5IDD A;  3D4S A;  2OTZ X;  1GF9 A;  2DQI Y;  1FLY A;  161L A;  185L A;  1RCM A;  1C46 A;  3HT8 A;  1CU0 A;  3W6D A;  260L A;  3FE0 A;  4EKQ A;  1LSB A;  1LZ8 A;  5LVG A;  1L60 A;  4HJZ A;  1GEV A;  1DI3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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