1C69A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l133a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c69A00
2OE4X 3SBBC 3JR6A 1D9WA 1L0KA 3EMLA 4W52A 4I7QA 1L17A 1QTZA 1L19A 1QSBA 177LA 1CX6A 3DN8A 4LZMA 217LA 4W53A 1C66A 1QTDA 3HTFA 1OVKA 1L29A 1L28A 3SB7A 3C83A 1L11A 141LA 162LA 3FADA 1T8GA 224LA 1QS5A 250LA 3C8QA 1L72A 1L94A 1QUGA 2B70A 3HH6A 108LA 191LA 249LA 3C7ZA 176LA 3HT7A 226LA 1L55A 2ANXA 2NTGA 1NHBA 1CV4A 1G0MA 1LYEA 1C6DA 3PDSA 181LA 192LA 1C63A 1TLAA 3GUJA 1OYUA 1DYBA 1G0GA 1C6CA 1L83A 1OWYA 115LA 1L67A 1C6GA 3LZMA 1P36A 1LYHA 228LA 1L33A 1L97A 1C6JA 1DYAA 1QT3A 4EKQA 1QTVA 4ARJA 1KS3A 2B7XA 1OWZA 1T8FA 1L10A 1L24A 1LYDA 2RB1X 165LA 3DN2A 2LCBA 1L64A 147LA 1L68A 2F2QA 3HTGA 102LA 139LA 197LA 1L06A 1CU3A 3GUKA 1CX7A 1D2WA 1C67A 4I7KA 3HT9A 126LA 3HDEA 158LA 3OE8A 229LA 1LLHA 1L92A 1QSQA 1QTCA 3NY9A 1PQJA 1PQOA 4LDLA 4I7RA 1LYJA 1L16A 238LA 241LA 4YXCA 2RAZX 1L45A 258LA 3RZEA 3CDOA 1L34A 3HTDA 2RBPA 1L96A 225LA 1G0LA 1L66A 1L87A 112LA 1SWYA 2HULA 2A4TA 113LA 199LA 2HUKA 1L27A 1C6NA 3C7WA 3UONA 4E97A 1L36A 4AQNA 4I7NA 1L47A 1C6LA 3F9LA 1G0JA 1CV6A 1G1VA 221LA 1LYGA 2B73A 1LI2A 1P5CA 1L65A 1L14A 3FA0A 2F47A 1P46A 2RBRA 4EKSA 2IGCA 4I7OA 1G0PA 1C62A 2Q9EA 1L95A 2Z6BA 1L98A 1WTHA 1PQMA 1C6EA 3DMXA 7LZMA 1L71A 3DKEX 3V2WA 167LA 1JQUA 1QT6A 2OTYX 3D4SA 1CVKA 253LA 205LA 1CU0A 1LWGA 1L44A 2NTHA 4I7MA 168LA 3NY8A 1D3FA 1L03A 1CU5A 3PBLA 161LA 3DN6A 1SWZA 1L91A 222LA 2B6XA 3HU9A 4DJHA 151LA 2HUMA 233LA 1CV1A 4W51A 111LA 1LGUA 4EKPA 3V2YA 3HWLA 1PQKA 1L79A 1L25A 143LA 160LA 232LA 1L88A 235LA 4OO9A 3G3WA 2B6YA 255LA 3OE0A 1JTMA 3OE9A 4ARQA 183LA 220LA 1G06A 1L52A 3OE6A 1QUOA 3C81A 142LA 4I7JA 4W56A 1L09A 1L82A 254LA 1T97A 212LA 206LA 4GRVA 171LA 3DMVA 1L62A 2F32A 1C68A 1DYEA 219LA 118LA 1L60A 3HT8A 200LA 1T6HA 1P2LA 2B6TA 3RUNA 1L89A 4I7SA 3HUQA 1C64A 131LA 1CUPA 3GUPA 3CDQA 1L77A 175LA 1C60A 1L51A 3HDFA 1D2YA 1K28A 4ARQB 1LYFA 1L02A 3CDVA 1L86A 1L61A 1SX2A 1G07A 107LA 152LA 1L70A 2OU9A 1KW5A 2O4WA 1PQIA 3HT6A 4W59A 1KY0A 245LA 2RB0X 2RBSA 3CDRA 244LA 1QT5A 129LA 1P7SA 3GUIA 1L58A 3G3VA 1QT8A 195LA 239LA 2B72A 172LA 3DNAA 1LWKA 1L31A 190LA 169LA 1L56A 1OV5A 5LZMA 1KW7A 4DKLA 259LA 1L22A 1L30A 1DYGA 260LA 1QUDA 240LA 211LA 1JTNA 2OE9X 1QT7A 1L84A 196LA 4W57A 1SX7A 231LA 3C8SA 214LA 2QB0B 137LA 2OU0X 5I14A 1C69A 155LA 2RB2X 104LA 1L37A 215LA 145LA 1L75A 122LA 248LA 146LA 2ANVA 1L12A 3SB9A 3SBAA 3HH3A 166LA 3F8VA 1XJTA 1C6FA 2RBNA 4W58A 3FI5A 4PJZA 1L80A 1C65A 236LA 4S0WA 252LA 3CDTA 1C6AA 163LA 234LA 1CU6A 3C82A 1LPYA 4ARPA 1C6PA 218LA 1L74A 4IAPA 1C6QA 2RBOA 2RBQA 1G0KA 1B6IA 103LA 1L04A 1PQDA 2Q9DA 170LA 251LA 1L50A 3HU8A 4W54A 3DMZA 1L42A 114LA 1QTBA 2B74A 1G1WA 1L59A 3GUOA 3HTBA 1D3JA 1C6HA 262LA 1C6TA 1CTWA 3QAKA 3SB6A 1LI6A 1L20A 2B6ZA 1QT4A 1C61A 1P3NA 1C6BA 1L90A 1L54A 123LA 1L23A 3NYAA 1ZYTA 4LDOA 2QARC 1LW9A 1L21A 4EXMA 4ZPUA 2L78A 1XJUA 1L43A 185LA 1SSWA 1L48A 4I7PA 227LA 1G0QA 1CV3A 3C80A 150LA 4DAJA 4LDEA 2OTZX 1L81A 230LA 1SSYA 2LZMA 256LA 4I7TA 174LA 3SB8A 1L49A 110LA 1ZURA 187LA 216LA 4YXAC 125LA 1CU2A 140LA 1L99A 1L08A 157LA 4I7LA 119LA 1LYIA 120LA 1L93A 213LA 1P2RA 164LA 1L53A 130LA 210LA 1C6KA 1L26A 4GBRB 1DYDA 1QTHA 3HH4A 3GULA 4EPFA 1L73A 1L69A 247LA 242LA 1L40A 1L07A 3SN6R 128LA 4ARMA 184LA 1P64A 3HUKA 2B6WA 180LA 3C8RA 237LA 3K2RA 3DN1A 1OVJA 4EPIA 4EJ4A 1L00A 1L15A 1L38A 1QS9A 1KY1A 223LA 3DN3A 109LA 3VW7A 1L63A 2CUUA 1QUHA 178LA 3G3XA 209LA 2B75A 173LA 186LA 149LA 1L01A 6LZMA 4PK0A 2OEAX 1ZWNA 1OV7A 1XEPA 1P6YA 2O79A 182LA 1L76A 1L13A 2OE7X 138LA 3DN0A 3L64A 4ARMB 1CV0A 2RH1A 1DYFA 1OVHA 246LA 1D3NA 1D3MA 3DN4A 1C6IA 2RAYX 1C6MA 1L05A 3HUAA 156LA 3SB5A 159LA 3L2XA 127LA 1L35A 4K5YA 4EKRA 1L46A 1LGXA 2OU8A 2LC9A 148LE 3HH5A 1T8AA 4W55A 1L41A 4ARLA 1L85A 201LA 188LA 3ODUA 257LA 144LA 243LA 1L0JA 1KNIA 1L39A 2O7AA 1L18A 189LA 1LI3A 1L57A 4YX7C 1DYCA 261LA 1LGWA 3GUNA 1EPYA 3GUMA 198LA 1I6SA 1L32A 1P56A 3C7YA 1CV5A 1P37A 1CUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z41A 4H9AA 4WLDA 1QTZA 4XJFA 1CKFA 5B05A 177LA 1CX6A 3CSRA 5EBHA 217LA 4WLTA 1IP1A 1QTDA 1HEPA 2Z2FA 1L11A 2YBMA 1T8GA 4LZTA 4O34A 1QS5A 250LA 1L94A 4HPIA 108LA 249LA 1I56A 226LA 2BQCA 1L55A 1OUGA 2ANXA 2NTGA 3TXJA 1CV4A 1GF3A 4I8SA 1G0MA 3PDSA 1TCYA 1GBZA 1YAMA 4DD9A 4NHSA 1GF0A 192LA 1C63A 4TWSA 1LKRA 1G0GA 1C6CA 3OJPA 2ZIKA 3LZMA 228LA 4HV2A 1REZA 3QY4A 1DYAA 5KXTA 1YL1X 3D3DA 4I0CA 3LN2A 2B7XA 2BLXA 1LJJA 1LYDA 4FJRA 1A4VA 3DN2A 3G3AB 3WUMA 3LYTA 2F2QA 3HTGA 4GCDA 3W6CA 5L3HA 4C3WA 4I7KA 2HTXA 4NHIA 5C6LA 1UIDA 1QTCA 1IOCA 5M1YA 2Q0MX 1LMQA 1PQJA 4KL7A 1WQQA 1PQOA 1LYJA 3RZEA 1NDMC 4WO6A 225LA 3MGWA 1IP5A 2HULA 1SWYA 2HUKA 4NG1A 3UONA 2BQHA 1G0JA 1B7LA 1CV6A 2HU3A 3AGIA 3FA0A 1GBWA 1G0PA 3W6EA 1WTHA 1HELA 5DN4A 3DKEX 167LA 1QT6A 205LA 4ET9A 2LYMA 4B0DA 3A8ZA 1GBSA 3HBHA 1O23A 4Z3MA 161LA 5F9XA 222LA 1IO5A 1LJ4A 3K3TA 4W51A 111LA 3V2YA 3HWLA 2I26L 1AM7A 3E3DA 3G3WA 1LMNA 3OE0A 3AZ5A 1XGRC 2PC2A 4RDSA 1WQOA 2DQEY 1C7PA 1IY3A 4W56A 1KIPC 212LA 1N4FA 206LA 3WPKA 1AT6A 3AJNA 2ZWBA 1BWHA 1WQNA 1IORA 1C68A 2F32A 4LT1A 1FLUA 1LJ3A 4WLXA 200LA 1LJFA 3AW6A 4WL6A 3GUPA 3WPJA 1B7NA 2HEAA 1CNSA 1D2YA 1LJHA 1L02A 1ZV5L 1DQJC 4ML7A 1B7OA 1GBOA 1GEVA 5B07A 107LA 154LA 1CKHA 1PQIA 4W59A 1IR7A 1GF8A 1HEMA 2BAAA 3B0IA 1LTMA 1J1XY 1V7SA 1P7SA 3GUIA 1L58A 4BAFA 1QT8A 195LA 2B72A 3DNAA 1JJ0A 1LJGA 4H8XA 1L31A 1GF9A 2BLYA 1L22A 4LT3A 4HTKA 260LA 1HEOA 211LA 1OQMA 2CGIA 1OUBA 1JTNA 2OE9X 4WM4A 2MEBA 2HUBA 1YIKA 231LA 5I14A 2BQFA 3TXKA 1DI3A 1LZ1A 1LMCA 5J7CA 2D91A 145LA 2F4AA 1L75A 122LA 248LA 4UWNA 4W94A 2YBNA 3SBAA 1OUHA 3HH3A 4PRQA 2RBNA 1C65A 2CJLA 236LA 3LYOA 1IEEA 1C6AA 4DD1A 1LPYA 2AUBA 2DQAA 1LYYA 1L04A 4G4BA 5IELA 1AKIA 1L50A 3P66A 1L42A 3GUOA 3HTBA 1D3JA 1JKAA 1C6TA 5KKIA 2F4GA 2QARC 1HFZA 4QY9A 1WVUA 5LA5A 207LA 1SSWA 4I7PA 227LA 3C80A 5F81A 1SSYA 2A7DA 256LA 1JIYA 1L49A 1GHLA 3W3EA 4GCEA 187LA 5T3FA 4NGVA 4NSHA 1CU2A 3WYHA 2F2NA 3B0OA 1GF5A 119LA 1LYIA 1L93A 1NBYC 1JTOL 1FLWA 130LA 210LA 1G7LC 1L26A 4OWBA 4EPFA 247LA 3RU5A 4GCFA 1JJ3A 3P65A 4X3BA 5FDJA 2B6WA 4A7DA 1EQ5A 3C8RA 3K2RA 132LA 4DWXA 1IC5Y 1QS9A 5KXNA 3DN3A 3LYZA 3VW7A 1GE4A 1QUHA 178LA 3G3XA 2XQOA 3B0KA 4AGAA 2DQHY 1UA6Y 138LA 5LXWA 1UIEA 4ARMB 1OUFA 4LYTA 1GB8A 1DYFA 1OVHA 4LYBA 1YAPA 1B7QA 1GDXA 2Z39A 3SB5A 3L2XA 1JHLA 3AYQA 4K5YA 1GFTA 1QTEA 1UCOA 5LIOA 1LSFA 1LHLA 3ODUA 144LA 5B06A 1F6SA 189LA 1VAUA 1L57A 1LSBA 3GUMA 2LZ2A 1REYA 1CV5A 3JR6A 4W52A 1DI5A 1L17A 4I7QA 3WXUA 1YANA 3DN8A 1HSWA 2BQBA 4G4HA 4W53A 5F9UA 3RZ4A 3HTFA 4OWAA 1L28A 162LA 1LSEA 5APCA 1DPXA 224LA 4H93A 1QUGA 3HH6A 3WVYA 1B5WA 3C7ZA 1B5UA 4B4IA 1NHBA 2HEEA 2DQJY 1MELL 2Z2EA 1IWUA 1TLAA 3GUJA 1J1OY 1L67A 1C6GA 1GXV2 1LYHA 2Y8PA 4H9IA 2Z19A 3P64A 4J7VA 1QTVA 2ZNXY 5KXMA 4ARJA 2ZYPA 1LHHA 1KS3A 1HERA 1OWZA 1P2CC 1L64A 147LA 1NHEA 102LA 1QUTA 3AW7A 1IVMA 6LYZA 3GUKA 2ZQ3A 1CX7A 1C67A 3HDEA 3M18B 1IWXA 1L92A 4B1AA 1QSQA 4I7RA 2RAZX 5KXRA 258LA 3CDOA 1L34A 3HTDA 1JKCA 1BWJA 1CKGA 3TMUA 3N9EA 1L66A 2LHMA 2A4TA 5KXWA 1C6NA 4DD0A 2CDSA 1F6RA 1LZGA 4I7NA 1C6LA 2HEDA 3BKHA 1LI2A 4NSJA 4H9EA 4GLVA 1B9OA 1L14A 4EOFA 3HBDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1OVH A;  246L A;  1D3N A;  1D3M A;  3DN4 A;  1C6I A;  2RAY X;  1C6M A;  1L05 A;  3HUA A;  156L A;  3SB5 A;  159L A;  3L2X A;  127L A;  1L35 A;  4K5Y A;  4EKR A;  1L46 A;  1LGX A;  2OU8 A;  2LC9 A;  148L E;  3HH5 A;  1T8A A;  4W55 A;  1L41 A;  4ARL A;  1L85 A;  201L A;  188L A;  3ODU A;  257L A;  144L A;  243L A;  1L0J A;  1KNI A;  1L39 A;  2O7A A;  1L18 A;  189L A;  1LI3 A;  1L57 A;  4YX7 C;  1DYC A;  261L A;  1LGW A;  3GUN A;  1EPY A;  3GUM A;  198L A;  1I6S A;  1L32 A;  1P56 A;  3C7Y A;  1CV5 A;  1P37 A;  1CUQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z41 A;  4H9A A;  4WLD A;  1QTZ A;  4XJF A;  1CKF A;  5B05 A;  177L A;  1CX6 A;  3CSR A;  5EBH A;  217L A;  4WLT A;  1IP1 A;  1QTD A;  1HEP A;  2Z2F A;  1L11 A;  2YBM A;  1T8G A;  4LZT A;  4O34 A;  1QS5 A;  250L A;  1L94 A;  4HPI A;  108L A;  249L A;  1I56 A;  226L A;  2BQC A;  1L55 A;  1OUG A;  2ANX A;  2NTG A;  3TXJ A;  1CV4 A;  1GF3 A;  4I8S A;  1G0M A;  3PDS A;  1TCY A;  1GBZ A;  1YAM A;  4DD9 A;  4NHS A;  1GF0 A;  192L A;  1C63 A;  4TWS A;  1LKR A;  1G0G A;  1C6C A;  3OJP A;  2ZIK A;  3LZM A;  228L A;  4HV2 A;  1REZ A;  3QY4 A;  1DYA A;  5KXT A;  1YL1 X;  3D3D A;  4I0C A;  3LN2 A;  2B7X A;  2BLX A;  1LJJ A;  1LYD A;  4FJR A;  1A4V A;  3DN2 A;  3G3A B;  3WUM A;  3LYT A;  2F2Q A;  3HTG A;  4GCD A;  3W6C A;  5L3H A;  4C3W A;  4I7K A;  2HTX A;  4NHI A;  5C6L A;  1UID A;  1QTC A;  1IOC A;  5M1Y A;  2Q0M X;  1LMQ A;  1PQJ A;  4KL7 A;  1WQQ A;  1PQO A;  1LYJ A;  3RZE A;  1NDM C;  4WO6 A;  225L A;  3MGW A;  1IP5 A;  2HUL A;  1SWY A;  2HUK A;  4NG1 A;  3UON A;  2BQH A;  1G0J A;  1B7L A;  1CV6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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