1C69A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l133a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c69A00
2RB2X 225LA 1L0JA 3GUNA 2RBPA 172LA 1LYHA 4EKSA 178LA 2B6XA 4EPFA 1SSYA 1L85A 262LA 197LA 166LA 2HUMA 1CU2A 1L17A 156LA 1QT8A 4EKQA 4ARMB 1PQDA 2Q9DA 1L84A 1QUDA 3C8QA 1PQIA 171LA 167LA 1L50A 1OV5A 1ZYTA 3HUQA 1JQUA 3V2WA 1D2WA 3OE8A 1T6HA 1L40A 3HT8A 1KW7A 113LA 1L64A 220LA 3HT7A 2OTYX 1I6SA 1T8GA 1LW9A 190LA 1L08A 186LA 151LA 211LA 2LCBA 1QSBA 3VW7A 3C81A 189LA 1L26A 1L05A 258LA 1C69A 2Z6BA 1D9WA 137LA 1P36A 3DN8A 2Q9EA 1L96A 3RZEA 4EKPA 261LA 1P3NA 4W52A 114LA 1L04A 122LA 1L35A 1L95A 2F32A 177LA 1L92A 139LA 4LZMA 1L25A 3ODUA 1CU3A 1G0MA 4ARMA 1OWZA 248LA 1C6NA 3HDEA 1C6MA 3HH3A 3SBBC 1C6TA 1L73A 1L43A 2RH1A 1C6LA 218LA 1CU6A 118LA 1L77A 4W51A 217LA 1CV3A 1CUQA 249LA 3V2YA 3DN2A 219LA 246LA 1L39A 112LA 1LPYA 1P64A 3C8SA 3NYAA 196LA 128LA 206LA 4I7KA 1C62A 3OE0A 257LA 1QUHA 147LA 1D3JA 3L2XA 1L65A 3L64A 1XJTA 1C6KA 1QS9A 1P7SA 1L36A 1DYGA 170LA 3GUKA 1QTVA 157LA 103LA 1L15A 1LI2A 104LA 3GULA 3QAKA 252LA 3SB8A 1P37A 1KS3A 1P46A 3EMLA 152LA 1LYFA 1DYAA 1C6FA 228LA 231LA 2A4TA 4EKRA 3GUPA 1QTDA 229LA 4OO9A 1G0JA 2O79A 4EPIA 2B75A 1L89A 216LA 1CV0A 1L62A 232LA 1P2RA 164LA 138LA 2RBRA 1L33A 181LA 227LA 1L72A 223LA 1L20A 4DKLA 1L23A 4YX7C 184LA 3GUIA 3NY9A 1L0KA 1QT7A 3K2RA 4LDLA 1LGWA 4DAJA 3GUOA 1D3NA 1L51A 1CX6A 4PK0A 1L13A 3CDTA 4I7SA 141LA 1C6HA 1OVHA 4I7PA 1C6PA 1PQOA 115LA 4W56A 3C7ZA 2OU0X 233LA 4S0WA 1L76A 160LA 163LA 235LA 3NY8A 1QTCA 241LA 226LA 1EPYA 187LA 1DYCA 3G3WA 251LA 1C60A 1C6JA 1L06A 1D2YA 1KNIA 1SSWA 2LC9A 260LA 2OE9X 123LA 1DYEA 1L47A 250LA 1C6GA 1L30A 2B72A 1LI3A 3DMXA 4W57A 2RBNA 1L07A 2RB0X 2OU8A 1L09A 1G1WA 2RAZX 3HDFA 162LA 4ARPA 3FADA 3CDRA 1P2LA 3C7WA 4YXAC 1XJUA 3HTFA 199LA 1CV4A 1C64A 5I14A 1QT6A 4W58A 1PQKA 201LA 1L18A 3CDQA 4I7RA 1L67A 3C8RA 1T8FA 4ZPUA 1QUGA 1G1VA 1L59A 239LA 2B70A 4ARJA 243LA 1QTZA 131LA 1L74A 1L24A 1QT4A 1OWYA 1L75A 2B6ZA 1L87A 240LA 1G0GA 2CUUA 222LA 2LZMA 1L45A 125LA 244LA 1L10A 1L49A 1L69A 3HH6A 1K28A 1T8AA 1CV6A 3C82A 1DYFA 1C6EA 1LYIA 1WTHA 109LA 108LA 3HUAA 2RBSA 1C65A 1L70A 1L14A 1QTBA 3DKEX 1L34A 192LA 1L16A 2RAYX 2OE7X 4W55A 1L54A 1L37A 2OE4X 180LA 111LA 3CDVA 2B7XA 1OVKA 150LA 3PBLA 2ANVA 173LA 4K5YA 4EJ4A 1CX7A 2NTHA 119LA 3DN3A 3DN6A 3HH5A 176LA 3F8VA 188LA 149LA 148LE 158LA 256LA 4E97A 1L42A 2L78A 1L88A 142LA 1LLHA 107LA 2F47A 1L90A 2ANXA 3SB7A 1CVKA 6LZMA 1CUPA 4I7JA 1QSQA 253LA 247LA 2B6YA 1C6IA 1LI6A 3DMVA 182LA 1L58A 3DNAA 1L31A 1L27A 230LA 3CDOA 3C7YA 1QT3A 3C80A 1QT5A 1C63A 214LA 1L81A 3LZMA 1L44A 213LA 4I7TA 1L97A 1CU0A 1L55A 3GUMA 3SB9A 3HWLA 3C83A 2B73A 3PDSA 3HU9A 3JR6A 1QUOA 2F2QA 145LA 1L94A 1CTWA 1XEPA 1LWGA 1JTNA 242LA 1L56A 4ARQB 1PQMA 1PQJA 1SWZA 1D3MA 120LA 3DN1A 1C6DA 1L38A 1C68A 1C6BA 4DJHA 3SB5A 1L28A 3OE6A 1KY0A 4AQNA 7LZMA 3UONA 4I7NA 3G3VA 4W59A 205LA 234LA 1L48A 1L11A 1C6CA 1SX2A 3DN4A 1OVJA 146LA 1L19A 1C67A 1CV1A 1L71A 2NTGA 1P5CA 4I7LA 1G0QA 110LA 4I7QA 4LDEA 2QB0B 3HTGA 1DYDA 3HT9A 1L29A 1L93A 1L79A 210LA 215LA 3HTDA 1CV5A 1TLAA 1C66A 4ARQA 1B6IA 2OEAX 2RBOA 1D3FA 1G0KA 245LA 5LZMA 3G3XA 1L01A 1L99A 1G07A 1OV7A 3HUKA 168LA 1DYBA 1L98A 2B6TA 4GBRB 1OYUA 1C6AA 2OTZX 2RB1X 174LA 1C6QA 4ARLA 1L52A 3SB6A 3HTBA 1L21A 1L60A 1L12A 224LA 155LA 1ZWNA 4LDOA 1L03A 212LA 1L82A 3SBAA 238LA 195LA 2O4WA 4W53A 3RUNA 255LA 169LA 144LA 3FI5A 1P6YA 209LA 4IAPA 3SN6R 200LA 4EXMA 1L83A 4YXCA 159LA 1C61A 1L68A 1LYGA 236LA 198LA 3DMZA 3HU8A 1JTMA 1L22A 1LYJA 2B6WA 161LA 130LA 1G06A 185LA 1LGUA 4PJZA 2QARC 4I7OA 129LA 1KW5A 1L32A 2B74A 2IGCA 221LA 1QS5A 126LA 1L63A 1L46A 3D4SA 175LA 4W54A 191LA 127LA 259LA 1G0LA 1SX7A 1L41A 1L53A 3GUJA 165LA 1G0PA 1NHBA 2OU9A 3DN0A 1CU5A 1T97A 1LGXA 1LWKA 1SWYA 1P56A 2HULA 3F9LA 1ZURA 1KY1A 2O7AA 1L80A 3FA0A 1QTHA 183LA 1L91A 140LA 2HUKA 1L00A 1LYEA 254LA 102LA 3HH4A 1L61A 1LYDA 1L66A 237LA 4GRVA 1L02A 3OE9A 1L86A 1L57A 3HT6A 4I7MA 143LA 2RBQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GHLA 1LMPA 1L0JA 172LA 4EKSA 4RW1A 4IATA 178LA 2B6XA 262LA 4DQ5A 4TUNA 2DQDY 4EKQA 2ZYPA 5F9UA 5HQ1A 1L84A 1GB5A 4DD3A 1GF3A 171LA 3AYQA 167LA 3HUQA 4OOOA 1GWDA 4G49A 1L40A 1GBXA 4TSCA 1LHHA 4UWNA 4WLXA 4WM1A 1LYYA 190LA 211LA 1L26A 258LA 2BPUA 1CNSA 2AUBA 1JITA 4TWSA 1HC0A 3DN8A 2Q9EA 3KAMA 3AGHA 1LSEA 3TXHA 122LA 2F32A 3WPKA 5LVJA 177LA 1HFXA 1OWZA 2WARA 1BWIA 1IEEA 1LZGA 1NKHA 1LKSA 3SBBC 5FCPA 1C6LA 1YL0X 1ZVHL 3WUAA 1CU6A 1L77A 1DI3A 217LA 2YBJA 3DN2A 1LZ5A 219LA 246LA 2Q0MX 1QUTA 9LYZA 196LA 3WUMA 206LA 4I7KA 4FDYA 3OE0A 4DT3A 3L2XA 1CJ9A 3P4ZA 1DQJC 1GFJA 1DYGA 3GUKA 1B5ZA 3CT1A 103LA 1L15A 252LA 1P37A 1P46A 4G4HA 3EMLA 2ZNWY 1DYAA 1LYFA 1C6FA 2N5ZA 231LA 1G7MC 2IFFY 4EKRA 3GUPA 5DN4A 1QTDA 4LYOA 229LA 2Z12A 1CV0A 1IO5A 4NSGA 181LA 2ZIKA 4DKLA 1L23A 184LA 4NSJA 5KXSA 2BLXA 1C45A 3GUOA 1D3NA 1KXWA 1L13A 1QTEA 3CDTA 141LA 4I7SA 4I7PA 4NGVA 1PQOA 3TXGA 1LSCA 5IHGA 1DXJA 233LA 5KXNA 1JKAA 235LA 4N9RA 1KXXA 4Z3MA 187LA 5FSTA 4ETDA 3G3WA 5APCA 1C60A 1D6QA 4XJHA 2F4GA 5J7CA 4LYCA 1IY4A 123LA 1JKDA 1DYEA 1L47A 2H5ZA 1LZSA 1L30A 1IWZA 2B72A 4N0JA 1HERA 4W57A 1IR7A 1IOSA 4J1AA 1L07A 2CGIA 1L09A 2XBSA 1LZEA 3FADA 3AW7A 3C7WA 4YXAC 1EQEA 1OUAA 4LYMA 3HTFA 1PQKA 201LA 1L18A 4I7RA 3C8RA 4ZPUA 1QUGA 1G1VA 1L59A 2B70A 2BQOA 2I25L 3A91A 207LA 1AT6A 153LA 1L45A 1JWRA 4RLNA 1L49A 1CKFA 1IWTA 3TXIA 2D6BA 4RDSA 1LMTA 4PRUA 1L70A 1L34A 5M1YA 1L54A 1WQPA 4H8XA 3WL2A 4B4IA 150LA 4EJ4A 119LA 1GBYA 1LSAA 1NF5A 176LA 188LA 1GFGA 4OW1A 4HTQA 4NGZA 4ET9A 2L78A 4GCDA 1L88A 1BQLY 5LXWA 107LA 1L90A 1KXYA 1I1ZA 1CVKA 1BGIA 2ZQ3A 253LA 247LA 3DMVA 1L58A 1RCMA 4NSIA 3CDOA 1OUDA 2DQJY 1QT3A 1IP1A 1LZTA 1NWGA 1C63A 2EKSC 3LZMA 4NIJA 1INUA 1YILA 3HWLA 1HSWA 1REMA 3HU9A 3B0KA 4WL7A 1QUOA 5KXYA 242LA 4OWBA 4ARQB 1JTNA 1LHMA 2MEDA 1SWZA 1D3MA 1WQQA 3TXBA 2DQGY 1GDXA 4AQNA 4W59A 3W6EA 1GFEA 5KXXA 1SX2A 1OVJA 1CV1A 1L71A 4B0DA 6LYTA 110LA 1UC0A 135LA 4I7QA 6LYZA 1WQNA 1IWUA 2QB0B 1GF9A 1GB8A 3P68A 210LA 1GXV2 1LJGA 5KXLA 1YAOA 4NFVA 2RBOA 3A3QA 1TCYA 3G3XA 1J1OY 1IIZA 5KXOA 1LMAA 1GB2A 1OV7A 4GN3A 1DYBA 4RLMA 2B6TA 4GBRB 4R6CA 1H87A 1C6AA 4HV1A 3TXFA 2BQAA 1LHIA 3HTBA 1L21A 3WVXA 1L60A 3EBAB 2BQMA 1L03A 3SBAA 1OQMA 1QIOA 195LA 3RUNA 3FI5A 4IAPA 1P6YA 209LA 1YKZX 4J1BA 5E9RA 1GFUA 3SN6R 4NGLA 5LYMA 1B7OA 2G4PA 1L68A 236LA 198LA 5I4WA 2B6WA 1KIPC 4HTKA 3LHMA 5L9JA 3WYHA 1UIGA 4YM8A 2IGCA 4NHSA 1QS5A 1L63A 4HJVA 2LYOA 3WULA 259LA 1SX7A 1G0PA 4XJBA 1LSBA 1XGPC 5JENB 1LWKA 1SWYA 1WVVA 1BB4A 1ZURA 2O7AA 1UIHA 4NGKA 1LJ3A 1L91A 2Z18A 2ZQ4A 3OJPA 1LSFA 1GB0A 254LA 1OUBA 3TMXA 2LZTA 1ZMYL 4H9HA 4XJIA 1LZRA 3WXUA 1HFZA 2DQCY 3OE9A 4I7MA 2BQHA 2RB2X 225LA 3ZVQA 3GUNA 4N8ZA 3RT5X 4E3UA 4EPFA 1SSYA 1L85A 1LZ9A 166LA 197LA 1ZV5L 2FYDA 1RE2A 1UUZC 3LYMA 1QT8A 4ARMB 4DD9A 1T6VL 3C8QA 1PQIA 4WO9A 3V2WA 1D2WA 5LAFA 154LA 1H6MA 2DQAA 2HUBA 1D6PA 1WTMA 1T8GA 1JHLA 1LW9A 1L08A 4NEBA 3TMWA 4DD2A 151LA 1YIKA 2LCBA 4WLTA 3VW7A 4XJFA 3J6KA 3TXEA 1C69A 4MCKA 2Z6BA 137LA 1GBWA 4G4BA 3RZEA 3N9CA 3A93A 1L04A 1OUEA 3HBDA 4KPMA 1G7LC 1L92A 139LA 1L25A 4WO6A 4A7DA 3W6BA 1GBZA 1C6NA 3HDEA 1C6TA 1L43A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GHL A;  1LMP A;  1L0J A;  172L A;  4EKS A;  4RW1 A;  4IAT A;  178L A;  2B6X A;  262L A;  4DQ5 A;  4TUN A;  2DQD Y;  4EKQ A;  2ZYP A;  5F9U A;  5HQ1 A;  1L84 A;  1GB5 A;  4DD3 A;  1GF3 A;  171L A;  3AYQ A;  167L A;  3HUQ A;  4OOO A;  1GWD A;  4G49 A;  1L40 A;  1GBX A;  4TSC A;  1LHH A;  4UWN A;  4WLX A;  4WM1 A;  1LYY A;  190L A;  211L A;  1L26 A;  258L A;  2BPU A;  1CNS A;  2AUB A;  1JIT A;  4TWS A;  1HC0 A;  3DN8 A;  2Q9E A;  3KAM A;  3AGH A;  1LSE A;  3TXH A;  122L A;  2F32 A;  3WPK A;  5LVJ A;  177L A;  1HFX A;  1OWZ A;  2WAR A;  1BWI A;  1IEE A;  1LZG A;  1NKH A;  1LKS A;  3SBB C;  5FCP A;  1C6L A;  1YL0 X;  1ZVH L;  3WUA A;  1CU6 A;  1L77 A;  1DI3 A;  217L A;  2YBJ A;  3DN2 A;  1LZ5 A;  219L A;  246L A;  2Q0M X;  1QUT A;  9LYZ A;  196L A;  3WUM A;  206L A;  4I7K A;  4FDY A;  3OE0 A;  4DT3 A;  3L2X A;  1CJ9 A;  3P4Z A;  1DQJ C;  1GFJ A;  1DYG A;  3GUK A;  1B5Z A;  3CT1 A;  103L A;  1L15 A;  252L A;  1P37 A;  1P46 A;  4G4H A;  3EML A;  2ZNW Y;  1DYA A;  1LYF A;  1C6F A;  2N5Z A;  231L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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