1C6BA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l133a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6bA00
3V2WA 2ANVA 182LA 3HT6A 1C6HA 2RH1A 1CV5A 1LYFA 2CUUA 1KW5A 3FA0A 1C6LA 1C65A 250LA 118LA 3HH4A 180LA 1L02A 1L42A 4I7MA 4LDEA 195LA 222LA 2RB1X 4K5YA 3G3WA 4EKSA 2QB0B 1OV7A 142LA 1L83A 235LA 2RBPA 218LA 244LA 1KY1A 1L93A 1C62A 1L56A 3HU9A 231LA 3SN6R 1LYEA 1L50A 1LYDA 241LA 1LI6A 205LA 3LZMA 1LPYA 1L37A 174LA 1T97A 1L26A 1C69A 1L68A 2QARC 2OEAX 1L79A 7LZMA 1L27A 1P64A 216LA 138LA 3DN4A 201LA 4ARQB 2IGCA 1PQOA 178LA 3DNAA 1QT7A 107LA 2RBOA 144LA 3C7ZA 229LA 3HTGA 1LYGA 1D3FA 1L17A 185LA 1P56A 213LA 1QTCA 1XJTA 1OYUA 252LA 173LA 3NY9A 1L99A 3OE6A 1L10A 1SSYA 1L46A 1OVHA 4W51A 1G06A 126LA 2NTGA 1L32A 1L38A 1QUGA 2B6ZA 2OU9A 1OWZA 1QSBA 1L81A 242LA 228LA 192LA 1L47A 1KS3A 1PQDA 1C64A 3HH5A 1L29A 1L92A 2ANXA 3NY8A 147LA 3HH3A 1G0MA 1C6AA 4ARQA 1L20A 3HUQA 240LA 1NHBA 248LA 1L03A 2B73A 1CX6A 1LYHA 239LA 2RBRA 1SX2A 1L01A 1G0KA 262LA 200LA 249LA 1L18A 4LZMA 172LA 1C6NA 3HDFA 188LA 1P2LA 177LA 3EMLA 1OVJA 1C6DA 1L95A 3F9LA 1L59A 115LA 123LA 1L63A 3HTDA 3C8QA 176LA 1L19A 4I7PA 1OVKA 1C6CA 4PJZA 1G0GA 4I7JA 3DMVA 4I7QA 2RB0X 212LA 168LA 1P2RA 2OTZX 1L41A 1L87A 3L2XA 1L34A 1LYIA 3DN6A 1QT6A 1P7SA 1ZYTA 3G3VA 1QS5A 1EPYA 1L55A 4S0WA 1P36A 3F8VA 141LA 4OO9A 120LA 1L52A 1CU5A 164LA 4EPIA 1LI3A 236LA 3DKEX 1L65A 3C7YA 1L11A 209LA 108LA 3D4SA 3GUNA 156LA 3HT9A 1CV6A 104LA 258LA 1T8FA 1L66A 223LA 137LA 3HTBA 2RBNA 3CDTA 3GUMA 1C63A 2HUKA 1L08A 3PDSA 1B6IA 1CU0A 1QUHA 4W52A 4I7KA 1L69A 181LA 251LA 1SWYA 1T6HA 3C8RA 1L73A 1L72A 1C6MA 1P46A 1LYJA 2O79A 1L71A 2OTYX 253LA 232LA 4YXAC 1L43A 1L49A 3PBLA 1QT5A 1C60A 215LA 2B6YA 1PQIA 3HWLA 2L78A 1ZWNA 113LA 1L90A 2RAYX 3GUPA 4ARPA 4EKPA 1XJUA 103LA 1L91A 3HDEA 3CDVA 1QS9A 1L21A 1D3MA 1L24A 1LLHA 1LGWA 1XEPA 1L07A 1QTZA 1P3NA 3DN3A 1WTHA 2B75A 1C6BA 1QSQA 2OU0X 237LA 199LA 2Q9EA 1C6JA 1L70A 151LA 1C68A 1L35A 3HH6A 2F47A 1C6FA 1L77A 1DYEA 1L13A 1L74A 1QTVA 183LA 4DJHA 1KY0A 1DYDA 1G0JA 4E97A 190LA 2B6TA 161LA 140LA 217LA 2O7AA 206LA 1L64A 1C66A 1L88A 1T8AA 260LA 1PQKA 4EJ4A 2RBSA 210LA 4EXMA 3SB8A 1CV4A 1LGUA 2OU8A 1L57A 1L86A 1L39A 1C6PA 245LA 2B6XA 2LCBA 145LA 1L76A 3L64A 1L09A 1L28A 1OV5A 4DAJA 1QUDA 4LDLA 1D3JA 197LA 148LE 2RB2X 4EKQA 1G07A 3DN2A 4EPFA 1L30A 4I7OA 129LA 191LA 1L67A 127LA 224LA 2HULA 1L53A 234LA 1D3NA 5LZMA 112LA 186LA 102LA 1P37A 3CDQA 3HU8A 109LA 3C80A 3ODUA 1L36A 3HT7A 4EKRA 4YXCA 3C83A 1L98A 3CDOA 4ARMB 2Z6BA 3V2YA 219LA 3C7WA 246LA 2OE9X 128LA 1CU3A 1SSWA 160LA 1CX7A 1L14A 1DYFA 2RAZX 4W55A 2A4TA 1CVKA 1L25A 3HTFA 1QTBA 1QTHA 2Q9DA 4W59A 3SB6A 3UONA 1L94A 2LZMA 247LA 3FADA 3OE8A 1SWZA 1C6QA 233LA 1L89A 1L0KA 1LWGA 1CUPA 170LA 1DYCA 1LWKA 3HUAA 119LA 167LA 149LA 1C6TA 3DMZA 3C8SA 3HT8A 1G0QA 158LA 4W57A 111LA 1L0JA 4W58A 3JR6A 4ARMA 114LA 1P5CA 165LA 2B74A 3GUJA 1CU2A 4W53A 162LA 1L00A 3DMXA 3OE0A 1LW9A 2B6WA 3HUKA 1CU6A 1G1VA 196LA 4YX7C 3GUOA 152LA 1L16A 1QUOA 1ZURA 139LA 261LA 3SB9A 187LA 4AQNA 4W56A 1QTDA 3RUNA 1D2YA 1OWYA 1CV3A 3RZEA 221LA 6LZMA 3K2RA 198LA 259LA 257LA 1L22A 175LA 227LA 110LA 256LA 1L61A 3CDRA 3NYAA 226LA 2OE4X 1L48A 2F2QA 1L75A 1JTMA 3FI5A 4I7RA 1L44A 2LC9A 1L96A 1L60A 1L33A 1L23A 1QT8A 3SB5A 1G0PA 4ARLA 4ZPUA 1C6KA 1TLAA 4IAPA 1L97A 5I14A 1L80A 238LA 2B70A 3DN0A 3C82A 4I7TA 2O4WA 1L85A 255LA 1L04A 225LA 125LA 1L45A 159LA 4W54A 1C6EA 1L40A 1G0LA 3DN8A 3GUKA 1QT4A 157LA 1L54A 1L82A 189LA 1PQJA 1CTWA 2B72A 1DYGA 4GRVA 1L12A 166LA 4I7SA 143LA 3G3XA 3C81A 1KNIA 243LA 122LA 1D9WA 220LA 4ARJA 1C6IA 155LA 1CV1A 2HUMA 4LDOA 1KW7A 1SX7A 3GUIA 1QT3A 1L51A 1L15A 3SBAA 230LA 3SBBC 1PQMA 146LA 1C6GA 2RBQA 1L31A 211LA 2OE7X 1JQUA 3SB7A 1G1WA 1I6SA 171LA 1L06A 1T8GA 3DN1A 1DYAA 1L84A 163LA 1DYBA 4GBRB 2NTHA 1LGXA 4I7NA 214LA 3VW7A 1C67A 1L58A 1L62A 4PK0A 1JTNA 184LA 150LA 254LA 1CV0A 3GULA 4I7LA 1C61A 1L05A 2B7XA 3OE9A 130LA 2F32A 1P6YA 4DKLA 1CUQA 1D2WA 1K28A 1LI2A 3QAKA 169LA 131LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 4GLVA 3HT6A 5APEA 4GN5C 1CV5A 1LYOA 1LHLA 4NSIA 1LYFA 2F4AA 1LZBA 3AZ5A 4NEBA 118LA 2HEFA 1L02A 2RB1X 2LYZA 4EKSA 142LA 2RBPA 5L3HA 4WO9A 4C5FA 4HV2A 4L41A 1CKGA 4W94A 1G7LC 1GFHA 4LYMA 5KXYA 1LI6A 4HPEA 3LZMA 2QARC 1LMQA 2OEAX 3A67Y 1IP7A 1LZCA 1LZAA 3DN4A 2C8PA 1PQOA 4WM6A 3DNAA 1YQVY 4HSFA 4J7VA 3C7ZA 5J7CA 1JJ0A 1C46A 3TXHA 1LYGA 1L17A 1P56A 1VDTA 3P68A 4OWCA 1XJTA 5KXMA 1OYUA 252LA 4G4HA 1SSYA 1G06A 1L32A 1OWZA 1QSBA 228LA 4XJHA 3A34A 3QNGA 3M3UA 1C43A 4IJ4A 1OUDA 1WTNA 4W96A 147LA 3HH3A 3SP3A 1YKXX 1L20A 1P2CC 1L03A 2B73A 1LYHA 239LA 1L01A 4LFXA 4Z41A 3ULRA 1LZ8A 4B4EA 1IWTA 1L95A 2H9KA 4G49A 1QUSA 2BQHA 3TMUA 115LA 123LA 3C8QA 5B06A 4I7PA 1C6CA 212LA 1P2RA 1L41A 1QT6A 4WG7A 3TXEA 1D6PA 1CJ7A 4HTQA 1L55A 1LSNA 1V7TA 4H1PA 4YM8A 1JPOA 3OK0A 5LVHA 4TWSA 1LI3A 3C7YA 1L11A 1N4FA 5JENB 4WL6A 4HTKA 258LA 5LVIA 137LA 2RBNA 1L08A 4KL7A 1AKIA 193LA 1CU0A 1C7PA 5APDA 2W1YA 2BQGA 2YSSC 1DI3A 1IC4Y 181LA 251LA 4YENA 1T6HA 3HFMY 1L72A 4DYGA 3CT0A 2OTYX 232LA 5DL9A 1C60A 2Z19A 3HWLA 1DKKA 1ZWNA 2L78A 1L90A 3GUPA 132LA 1L91A 1BB3A 4WM2A 4HPIA 1L21A 1D3MA 4OWBA 4O34A 1VDQA 1F6SA 2DQEY 2FBDA 3AZ4A 4NGIA 1C6BA 2OU0X 4H9BA 2ZIKA 1L70A 4DQ5A 1GFVA 1JKAA 2F47A 1UIFA 4WMGA 190LA 2B6TA 1HELA 140LA 1L64A 1C66A 1QSAA 1PQKA 210LA 5C6LA 4Z46A 1OQMA 1IP1A 4HJYA 245LA 2B6XA 4LT0A 3B0OA 1GB5A 1HMLA 5ILFA 1IWXA 1QUDA 4EKQA 1G07A 1L30A 1LJHA 4I7OA 191LA 1DKJA 5E9RA 234LA 112LA 1IWZA 4XYYA 1P37A 4N0JA 109LA 3IWRA 1L36A 1LSCA 1ZMYL 4N9RA 4EKRA 3C83A 3P64A 1EQ4A 1GF7A 4PGJB 3C7WA 246LA 1UCOA 1FKVA 4X3BA 4LFPA 4IASA 1L14A 2A4TA 2W1MA 4XENA 1QTHA 2Q9DA 4W59A 3UONA 247LA 1BHZA 1I20A 1BGIA 5I53A 1EL1A 1JITA 1L0KA 1LWGA 1LSPA 170LA 1HSWA 2LYMA 1IWVA 4YOPA 3LYZA 3C8SA 1G0QA 4W57A 3TMVA 1GFJA 111LA 5II3A 4ARMA 114LA 1BWHA 162LA 3DMXA 4NWEA 5HNLA 2B6WA 2LZTA 1JTTL 4KPMA 1IOQA 152LA 1LSFA 2Q0MX 4WOAA 3SB9A 1QTDA 1OWYA 3W3EA 257LA 4R6CA 1HMKA 256LA 1GF0A 3NYAA 2F2QA 1L75A 4QDNA 3FI5A 4DWXA 3BKHA 1L44A 1WQPA 2LC9A 1IX0A 4DD3A 1LZNA 1L23A 4DT3A 2BPUA 4ZPUA 1L97A 2HEEA 1L80A 1HFXA 4I7TA 4XJFA 1B7PA 1L04A 2A7DA 1L45A 4KT3A 1JTOL 4W54A 1CNSA 1GE0A 2Z39A 1L40A 3GUKA 2AUBA 1L82A 5AMYA 1D0MA 189LA 2BQIA 4ETDA 3N9EA 4GRVA 3G3XA 3AJNA 1IP4A 2EPEA 3IJUA 1D9WA 1LJEA 4ZFPA 4WM4A 2BQJA 1GEVA 4ARJA 1HFYA 1H87A 4DD7A 2HUMA 3CB7A 1GFRA 1SX7A 3GUIA 1YKZX 3SBAA 5L9JA 2D4JA 1PQMA 146LA 1HFZA 2YDGA 4LYBA 3TXFA 1JJ1A 2BQBA 1XEJA 1GBXA 1I6SA 5FEKA 5KXWA 4GBRB 4H8ZA 2Z12A 4HV1A 2BQAA 1L62A 4PK0A 2YBLA 1LSYA 1C61A 1L05A 2DBTA 2IHLA 1T3PA 2MEDA 3QAKA 169LA 1QSWA 4WLXA 4LYZA 3CQLA 5KJ9A 3TXDA 4WL7A 1A4VA 1C6LA 1F6RA 2VB1A 1TEWA 2FYDA 218LA 4G4BA 2HEDA 1IOTA 2CDSA 1D6QA 3HU9A 3AYQA 5DM9A 1LYEA 5F9XA 1LYDA 1LPYA 1L37A 1CKFA 1T97A 1C69A 3BKVA 5KXOA 1L79A 7LZMA 1P64A 3EO5A 2CGIA 3WU7A 178LA 2RSCA 107LA 2RBOA 4PPOA 144LA 3HTGA 1GB3A 185LA 4OWAA 213LA 2HECA 1L99A 2W1LA 4W51A 1TCYA 2H9JA 126LA 1IWUA 2B6ZA 1W6ZA 2OU9A 1L81A 4B49A 1LHIA 1GBWA 1NMMA 192LA 1L47A 1L92A 2BLYA 3N9CA 2MEAA 3W6EA 1LJIA 1LZ9A 4ARQA 2YBIA 2PC2A 248LA 5KY1A 4Z98A 3WXTA 1VFBC 5FELA 2RBRA 2ZNWY 1SX2A 5F81A 4TSBA 3AGIA 1RJCB 1CKDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 182L A;  4GLV A;  3HT6 A;  5APE A;  4GN5 C;  1CV5 A;  1LYO A;  1LHL A;  4NSI A;  1LYF A;  2F4A A;  1LZB A;  3AZ5 A;  4NEB A;  118L A;  2HEF A;  1L02 A;  2RB1 X;  2LYZ A;  4EKS A;  142L A;  2RBP A;  5L3H A;  4WO9 A;  4C5F A;  4HV2 A;  4L41 A;  1CKG A;  4W94 A;  1G7L C;  1GFH A;  4LYM A;  5KXY A;  1LI6 A;  4HPE A;  3LZM A;  2QAR C;  1LMQ A;  2OEA X;  3A67 Y;  1IP7 A;  1LZC A;  1LZA A;  3DN4 A;  2C8P A;  1PQO A;  4WM6 A;  3DNA A;  1YQV Y;  4HSF A;  4J7V A;  3C7Z A;  5J7C A;  1JJ0 A;  1C46 A;  3TXH A;  1LYG A;  1L17 A;  1P56 A;  1VDT A;  3P68 A;  4OWC A;  1XJT A;  5KXM A;  1OYU A;  252L A;  4G4H A;  1SSY A;  1G06 A;  1L32 A;  1OWZ A;  1QSB A;  228L A;  4XJH A;  3A34 A;  3QNG A;  3M3U A;  1C43 A;  4IJ4 A;  1OUD A;  1WTN A;  4W96 A;  147L A;  3HH3 A;  3SP3 A;  1YKX X;  1L20 A;  1P2C C;  1L03 A;  2B73 A;  1LYH A;  239L A;  1L01 A;  4LFX A;  4Z41 A;  3ULR A;  1LZ8 A;  4B4E A;  1IWT A;  1L95 A;  2H9K A;  4G49 A;  1QUS A;  2BQH A;  3TMU A;  115L A;  123L A;  3C8Q A;  5B06 A;  4I7P A;  1C6C A;  212L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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