1C6CA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 16 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6cA00
1L95A 1QT6A 2L78A 1OV7A 114LA 147LA 240LA 4LDLA 177LA 220LA 1D3MA 159LA 1L44A 144LA 206LA 1OVHA 119LA 1QSQA 1L90A 2RAYX 5I14A 2LCBA 118LA 4I7SA 198LA 160LA 1L55A 260LA 1L65A 1QUGA 3SB8A 1LGXA 1LYHA 1CUQA 3QAKA 4YXCA 1L48A 1ZYTA 2OEAX 1L84A 1JQUA 165LA 1P56A 256LA 251LA 1L13A 4EKQA 1P46A 1DYAA 3HT6A 3FADA 1L85A 111LA 3HT7A 145LA 3GUMA 1QUDA 237LA 4ARPA 2OU9A 1QT4A 258LA 164LA 2Q9DA 4E97A 3DKEX 168LA 107LA 1WTHA 1XJTA 1QT3A 3FI5A 146LA 1CV0A 246LA 181LA 2O4WA 4I7TA 1LI6A 1QUOA 167LA 1D3FA 115LA 243LA 4GBRB 1C64A 1L77A 2RB1X 3C80A 1LGUA 1C67A 1L76A 1L91A 1L93A 1D9WA 3RUNA 2F32A 1LYGA 1DYBA 129LA 1DYFA 2B74A 2OTZX 1LYJA 1CTWA 212LA 3HH6A 1CU2A 1L63A 1G1VA 1QS9A 1D3JA 1L23A 163LA 3SB6A 4EKRA 1L94A 3LZMA 1C6GA 1P5CA 112LA 3HWLA 3ODUA 1L80A 4W56A 4EPIA 4W55A 3OE0A 176LA 1LLHA 3DN6A 4OO9A 1L58A 1OVJA 4W53A 2RB0X 4ARQB 2HUMA 3D4SA 1DYEA 247LA 219LA 223LA 262LA 2B6WA 226LA 1L87A 1SX2A 2F2QA 1L83A 2O79A 3DN1A 4K5YA 4DAJA 225LA 1DYCA 3HT9A 1QTBA 4I7PA 1QSBA 188LA 2Z6BA 1P2RA 1L07A 4I7LA 3G3XA 1L89A 184LA 241LA 1P7SA 1LI2A 3UONA 195LA 3DN0A 161LA 4W54A 242LA 4DKLA 3C7YA 1QTDA 1OYUA 108LA 3SBAA 189LA 1L09A 1G07A 113LA 2B6ZA 191LA 218LA 1QTVA 123LA 3C81A 1SWYA 1C6FA 1L74A 1T6HA 183LA 3HTDA 3SBBC 199LA 149LA 1L22A 2B73A 259LA 1LWGA 214LA 3CDVA 3OE8A 3RZEA 1CU3A 1L31A 122LA 1CUPA 3GUJA 3HU9A 4GRVA 1SSYA 1L68A 235LA 1L71A 1CX6A 1LWKA 127LA 1C6PA 1LYDA 236LA 1KW7A 4ARLA 197LA 3V2YA 1L38A 1L36A 1XJUA 1C61A 234LA 150LA 3G3VA 1L56A 143LA 196LA 4EKSA 3DNAA 3L64A 4W52A 3HTGA 1G0JA 1L54A 1L81A 249LA 2B72A 1C6TA 1PQMA 1QUHA 239LA 148LE 1TLAA 1G06A 1C6KA 3HT8A 4I7RA 4LDOA 102LA 3GUNA 1C6JA 1L73A 221LA 1L37A 192LA 3HDEA 3SB5A 1LYFA 1L41A 1L08A 4ARMA 7LZMA 3DN2A 3C8QA 1C6CA 2IGCA 162LA 140LA 3HTFA 120LA 253LA 173LA 4W57A 1L30A 245LA 1L34A 142LA 1PQJA 205LA 2B6YA 1C62A 1PQIA 1L61A 4W51A 1QT5A 1G0GA 2F47A 104LA 1G0MA 2RBPA 187LA 1L32A 1T97A 1L62A 1L75A 3PBLA 3G3WA 1C60A 172LA 1L98A 2B6XA 1L60A 3GULA 2OE9X 4AQNA 1EPYA 3PDSA 180LA 3HTBA 1PQOA 2B7XA 2OE4X 1G0PA 1L24A 4EJ4A 1OV5A 3CDQA 4I7JA 3HUAA 1PQKA 1L92A 2O7AA 2RB2X 1LW9A 186LA 4W58A 1KNIA 1L29A 1C63A 1QS5A 252LA 3OE6A 4YXAC 3F9LA 2NTGA 1L52A 1L69A 3GUKA 151LA 1C6MA 2B75A 1L14A 110LA 3EMLA 4EKPA 1L66A 1I6SA 3DMVA 4LDEA 1L20A 3C7WA 1P6YA 213LA 1C6HA 1L86A 1JTMA 3DN8A 2QB0B 174LA 1C6LA 125LA 1P64A 3C83A 5LZMA 2NTHA 1C69A 4EXMA 1KS3A 1L59A 2RBSA 1CVKA 1C65A 228LA 2QARC 4ARJA 1CU0A 155LA 1C6BA 1L0JA 2OE7X 166LA 170LA 2ANXA 137LA 1L49A 1CX7A 230LA 4S0WA 2LZMA 210LA 1L33A 1L79A 1L01A 3C7ZA 1L43A 1QT8A 3CDOA 2ANVA 3DMZA 1LYEA 2B70A 1L97A 222LA 1P37A 1C6QA 233LA 3DMXA 4IAPA 1QTHA 3OE9A 1D2YA 1KY0A 4LZMA 4YX7C 3NYAA 3CDTA 4EPFA 1L72A 1PQDA 1D3NA 3K2RA 250LA 1L00A 1LGWA 1P36A 2HUKA 126LA 254LA 178LA 1L18A 1C6AA 1T8FA 128LA 3SN6R 1C6EA 2HULA 1L70A 157LA 190LA 4I7NA 103LA 1C68A 1G0KA 3V2WA 1L06A 229LA 1L03A 2B6TA 1L40A 1T8AA 139LA 1L28A 1L51A 1CV6A 1L45A 1OWYA 3GUOA 1L12A 131LA 3CDRA 201LA 3HUQA 4PJZA 2RBOA 1L25A 2OU8A 1G0QA 1T8GA 1LYIA 248LA 4I7MA 1SWZA 4ARMB 1C6NA 2OU0X 238LA 1L26A 1D2WA 209LA 1KW5A 2RBQA 1DYDA 1C66A 3NY8A 4ZPUA 4I7KA 1L46A 1L67A 2OTYX 1L53A 1CV1A 1L16A 4PK0A 261LA 1CV3A 138LA 3GUPA 255LA 130LA 1C6DA 231LA 3HH5A 3SB9A 3SB7A 1K28A 1P2LA 109LA 215LA 1QTCA 211LA 1QTZA 1B6IA 156LA 1L11A 1SX7A 3FA0A 1L15A 1P3NA 224LA 1CV4A 1XEPA 1OVKA 1OWZA 169LA 1L82A 217LA 1L39A 2RH1A 1L50A 158LA 3GUIA 1L04A 1CV5A 175LA 1L21A 2RBRA 182LA 1G1WA 3HDFA 1KY1A 1ZURA 4I7OA 4ARQA 200LA 257LA 1L05A 1CU5A 3HH3A 3DN4A 1LI3A 3C82A 1SSWA 1G0LA 3JR6A 4W59A 6LZMA 1L47A 1L35A 2RAZX 1L10A 1L17A 1L42A 3C8SA 216LA 3DN3A 152LA 227LA 244LA 3L2XA 3NY9A 141LA 3C8RA 232LA 2Q9EA 2RBNA 1C6IA 3F8VA 3HU8A 1L02A 1CU6A 1L64A 1LPYA 1L96A 4I7QA 4DJHA 1L27A 1ZWNA 1JTNA 2CUUA 1QT7A 1L57A 2A4TA 3HH4A 1L99A 3HUKA 1NHBA 1L88A 185LA 171LA 1L0KA 2LC9A 1L19A 3VW7A 1DYGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
114LA 4H8XA 1JKDA 4NEBA 1RFPA 147LA 1V7SA 1YKXX 4EMNA 5FEKA 1D3MA 1QSQA 5IDDA 1LSEA 1LZ5A 2FBBA 2MEEA 2LCBA 2G4QA 1G7LC 1OUAA 3D9AC 207LA 3SB8A 3ATNA 1LYHA 2F30A 1TAYA 165LA 1VDSA 4WM2A 1LZGA 1DYAA 145LA 2IFFY 4MCKA 1LJHA 1D6PA 2OU9A 5DN5A 3CSZA 2Q9DA 4E97A 2CWIA 1GFEA 1XJTA 146LA 1FKQA 2O4WA 1LI6A 1QDTA 5KXWA 1QUOA 1D3FA 115LA 1TDYA 1YQVY 5EBHA 1L76A 1GE3A 2F32A 1WVVA 1GHLA 4HPIA 212LA 3QY4A 3HH6A 1JPOA 1HEMA 1YAQA 1D3JA 5B1FA 1HFZA 5II3A 112LA 4B4JA 3HWLA 4NY5A 3ODUA 1LHJA 4W56A 5F16A 4W55A 3DN6A 5FSTA 1LMOA 4HP0A 5J7CA 4J0LA 3D4SA 1YAPA 1LZRA 4ZEEA 1B7LA 1HERA 1GDWA 2B6WA 1XSFA 226LA 1L87A 1GDXA 1L83A 225LA 3TXDA 1QSBA 188LA 1HFXA 1IEEA 1P2RA 4I7LA 3G3XA 2BQDA 1IR8A 4DD9A 5LVHA 1W6ZA 2ZYPA 4CFOA 3AW7A 4LYOA 3A91A 1JTTL 1DKJA 4ANRA 4OOOA 1XEIA 183LA 199LA 4TWSA 259LA 1PS5A 4ZFPA 1IP5A 2H9KA 1YL0X 1LKRA 3GUJA 1SLYA 4J1BA 4GRVA 1SSYA 2VB1A 1B5ZA 1L71A 2BQMA 2EPEA 4HJYA 3V2YA 1L38A 3AGGG 1FLQA 1L56A 2YBNA 1LJJA 4EKSA 1FLWA 1G0JA 4ETEA 2MECA 4XJFA 1IC5Y 5APEA 4C5FA 1LMNA 1C6TA 5LA8A 3WH1A 239LA 1G06A 1C6KA 3LN2A 4I7RA 4LDOA 4H94A 102LA 1LSFA 1C6JA 221LA 1OQMA 1L37A 1HFYA 4LYZA 5I4WA 4NGZA 1LSMA 3TXHA 3DN2A 3C8QA 4QDNA 140LA 120LA 1HSWA 4G9SA 1OUEA 1PQJA 1LJ3A 1LZSA 4YM8A 4W51A 1JKAA 3B0OA 2F47A 5HQ1A 4C3WA 1VEDA 3G3WA 172LA 3GULA 5IHGA 1GFKA 4HSFA 4ETCA 1BWIA 1LZYA 3HTBA 4LGKA 5E9RA 1IVMA 3HUAA 4WM1A 1D9UA 4WG1A 5KXPA 5F81A 252LA 2LYMA 4YXAC 3CQLA 1UUZC 1L52A 1L69A 4DT3A 151LA 1L14A 4ET9A 5B59A 2DQHY 2Y8PA 3C7WA 1LHMA 1P6YA 3RU5A 5DLAA 1D0LA 3LYMA 3C83A 1IWXA 3FI7A 3ZVQB 1A4VA 1C69A 1G7HC 1E8LA 1QTKA 4J7VA 1CU0A 2W1XA 1CX7A 1RCMA 210LA 2FYCA 1BHZA 3C7ZA 1IP6A 1JJ0A 5LAGA 3KAMA 4HPEA 1FKVA 4TSCA 233LA 3ULRA 5B05A 3DMXA 3W6DA 1ZMYL 1QTHA 1GB7A 1IOCA 1L72A 1PQDA 3K2RA 4H8YA 4UWNA 1B5WA 3SN6R 1C6EA 2HULA 157LA 1G0KA 229LA 4LYTA 5APCA 2B6TA 2BQJA 1L51A 2BLXA 4WMGA 3A95A 1VDPA 1L25A 1QQYA 1LYIA 1G7MC 209LA 3A34A 1KW5A 1C66A 2BQAA 5D5CA 4I7KA 1CKGA 4LT3A 1L67A 2OTYX 4I8SA 3TMVA 255LA 3HBHA 130LA 4MSTA 3MGWA 4Z3MA 5D5FA 3WU7A 5KXTA 2HEEA 4X3BA 1NWGA 1HEWA 4DQ5A 2W1YA 3T6UA 1B6IA 4N0JA 3FA0A 1CKDA 224LA 1XEPA 4GN4A 1QUTA 217LA 3CSRA 1L39A 2RH1A 1HMKA 2AUBA 2XBSA 2RBRA 5KXXA 3HDFA 1B7PA 1YAMA 4ARQA 4NHIA 3WL2A 2XQOA 3P4ZA 4OWEA 2F4AA 1NBYC 1DPXA 1LI3A 4B49A 2H5ZA 3JR6A 2BLYA 4W59A 1QIOA 2FBDA 3ZEKA 1L47A 1L17A 244LA 1LYYA 2HECA 3AGIA 2DQDY 1QSAA 4WOAA 1L27A 4D9ZA 1ZWNA 2LYOA 1IORA 1L57A 2A4TA 1CJ9A 3HH4A 4O34A 2HEBA 1LSCA 5LINA 5LVIA 1XGTC 1L95A 1QT6A 1OV7A 1UC0A 4P2EA 1CNSA 3WUAA 240LA 177LA 4OWHA 2I6ZA 132LA 159LA 4Z46A 119LA 1L90A 3WYHA 2BQBA 1GF5A 5I14A 2HU3A 198LA 5LYTA 1AT6A 4B4IA 1L55A 1LZBA 1LHLA 4G49A 3QAKA 1LSPA 1JITA 2OEAX 1ZYTA 2C8PA 2BAAA 8LYZA 4MR1A 3B72A 1YL1X 3HT6A 3FADA 3HT7A 1LJ4A 4NGYA 237LA 1A2YC 4ARPA 1GF3A 4Z41A 168LA 107LA 2MEAA 7LYZA 1YKZX 2YDGA 3TXKA 167LA 1I20A 1C64A 4GBRB 1INUA 3C80A 4PJ2C 1C67A 4NSIA 1NHEA 1EQ5A 1HENA 129LA 1DYFA 2OTZX 4H93A 5B06A 3RT5X 1UBZA 4QGZA 2LZ2A 3G3BB 1BQLY 5KXLA 4EKRA 1CJ6A 1L94A 3LZMA 4LT1A 4H9AA 5K7OA 4GCBA 5KKIA 3OE0A 176LA 1LLHA 1LKSA 4DYGA 1GF9A 1GE1A 1GF0A 1OVJA 4W53A 2HUMA 219LA 2BQFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 114L A;  4H8X A;  1JKD A;  4NEB A;  1RFP A;  147L A;  1V7S A;  1YKX X;  4EMN A;  5FEK A;  1D3M A;  1QSQ A;  5IDD A;  1LSE A;  1LZ5 A;  2FBB A;  2MEE A;  2LCB A;  2G4Q A;  1G7L C;  1OUA A;  3D9A C;  207L A;  3SB8 A;  3ATN A;  1LYH A;  2F30 A;  1TAY A;  165L A;  1VDS A;  4WM2 A;  1LZG A;  1DYA A;  145L A;  2IFF Y;  4MCK A;  1LJH A;  1D6P A;  2OU9 A;  5DN5 A;  3CSZ A;  2Q9D A;  4E97 A;  2CWI A;  1GFE A;  1XJT A;  146L A;  1FKQ A;  2O4W A;  1LI6 A;  1QDT A;  5KXW A;  1QUO A;  1D3F A;  115L A;  1TDY A;  1YQV Y;  5EBH A;  1L76 A;  1GE3 A;  2F32 A;  1WVV A;  1GHL A;  4HPI A;  212L A;  3QY4 A;  3HH6 A;  1JPO A;  1HEM A;  1YAQ A;  1D3J A;  5B1F A;  1HFZ A;  5II3 A;  112L A;  4B4J A;  3HWL A;  4NY5 A;  3ODU A;  1LHJ A;  4W56 A;  5F16 A;  4W55 A;  3DN6 A;  5FST A;  1LMO A;  4HP0 A;  5J7C A;  4J0L A;  3D4S A;  1YAP A;  1LZR A;  4ZEE A;  1B7L A;  1HER A;  1GDW A;  2B6W A;  1XSF A;  226L A;  1L87 A;  1GDX A;  1L83 A;  225L A;  3TXD A;  1QSB A;  188L A;  1HFX A;  1IEE A;  1P2R A;  4I7L A;  3G3X A;  2BQD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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