1C6DA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 16 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6dA00
1G06A 4YXCA 1D2WA 3DMVA 174LA 1L99A 146LA 2RAYX 2ANVA 2B6ZA 1G0GA 110LA 3HH5A 3HT6A 3HT8A 1DYCA 109LA 1L21A 3FA0A 251LA 169LA 1G0QA 1ZYTA 233LA 3OE8A 4I7QA 227LA 152LA 3DMXA 3DN2A 2NTHA 1B6IA 1L80A 1C6JA 1SSWA 3PBLA 3HTDA 4YXAC 4ARQB 4I7LA 1L30A 1CV1A 1JTMA 198LA 1CV6A 104LA 1G0JA 2OEAX 3C7ZA 1L32A 2F2QA 1C60A 3SB7A 2OTYX 1L48A 3DN0A 1P36A 1L98A 187LA 1C6KA 4PJZA 112LA 1C6CA 102LA 1D9WA 138LA 2B6YA 1L87A 1QUDA 2RB2X 223LA 1KS3A 3GUNA 3HT7A 164LA 1CU0A 1LGXA 1OVHA 163LA 245LA 189LA 197LA 1LI2A 260LA 1DYDA 141LA 3RUNA 119LA 4W51A 165LA 3HTGA 1PQJA 4W57A 3SB5A 170LA 1TLAA 231LA 4EKQA 2B6TA 183LA 155LA 3CDRA 3HTFA 150LA 1L56A 1C6TA 1L79A 2OTZX 4LDOA 2O4WA 4EPIA 1L81A 1CU2A 3G3WA 1L0KA 252LA 224LA 243LA 128LA 3HTBA 1KNIA 209LA 108LA 1OV7A 1ZWNA 1L41A 4I7JA 186LA 2RH1A 1P7SA 130LA 1L00A 3L64A 1L90A 3HDFA 211LA 4I7OA 1C68A 3C7YA 1L67A 3NY8A 1LYDA 4W53A 4W54A 3K2RA 3NYAA 4PK0A 1D2YA 1L55A 4OO9A 3C80A 3HH3A 199LA 1C6MA 125LA 1L07A 1C6QA 1D3MA 3DN1A 115LA 235LA 162LA 1L54A 1C61A 1EPYA 1LGUA 1OWYA 1L73A 2HULA 4EPFA 2Q9DA 1C6HA 2F32A 3C8SA 2RB1X 4GRVA 1P2LA 1DYAA 1L20A 144LA 1QUGA 3DMZA 1PQMA 2O79A 3V2WA 1L06A 200LA 1C6GA 2LZMA 1L57A 3SB6A 140LA 256LA 1L31A 3SB8A 1CUPA 107LA 1T8AA 3SB9A 5LZMA 7LZMA 1OYUA 1L74A 1P2RA 3DN3A 1L29A 2RBQA 1QTZA 4I7MA 217LA 181LA 1L03A 158LA 3DN6A 1LYEA 2OE7X 1D3NA 3FADA 4W59A 253LA 1L51A 1K28A 1L65A 1L25A 1L88A 2RBNA 4ARPA 4LDEA 1C6AA 1LPYA 4I7NA 246LA 229LA 1C66A 1LYJA 143LA 122LA 1KW7A 1L83A 262LA 1G1WA 1L92A 3EMLA 1C6LA 188LA 3CDTA 114LA 1DYGA 1L62A 1L52A 1QTHA 4I7RA 1L22A 1XJUA 1QTVA 1CV5A 4W55A 4GBRB 1CTWA 3HU9A 1LYHA 3L2XA 1SX7A 254LA 3OE0A 6LZMA 1L93A 171LA 3F8VA 1L77A 214LA 1L10A 222LA 3HUAA 258LA 3HUQA 218LA 4ARMB 180LA 1SX2A 257LA 1C6NA 247LA 2B6XA 1C6DA 156LA 1QT8A 226LA 184LA 2RBRA 1QUHA 1QT6A 2L78A 1L70A 1QT4A 1KW5A 1L23A 1L47A 1L36A 4LZMA 4EXMA 1LWGA 4ARJA 195LA 2B75A 1L04A 196LA 1XEPA 103LA 1L09A 1C6BA 1L42A 4IAPA 1L82A 2NTGA 1L46A 1PQIA 3QAKA 4AQNA 3HU8A 161LA 4LDLA 2IGCA 1LGWA 1C6IA 1QS5A 215LA 4E97A 1LWKA 1L0JA 1C6FA 1L12A 1L19A 1L75A 230LA 3DKEX 2RBPA 1PQOA 1QSBA 111LA 1ZURA 205LA 221LA 4DAJA 1KY0A 1LW9A 1D3FA 236LA 1G0MA 1L95A 4W58A 4EKSA 212LA 1L44A 177LA 1L63A 1L40A 3C8RA 1P64A 3GULA 234LA 3GUMA 1L64A 3ODUA 4I7KA 1L17A 1QT5A 2RBOA 1L94A 178LA 1P37A 1L86A 3NY9A 145LA 1C6PA 1L60A 201LA 1L08A 1P3NA 1T8FA 1I6SA 2RB0X 242LA 1OV5A 2OU9A 1OVKA 129LA 232LA 192LA 1JTNA 3GUJA 3GUPA 1L50A 2QARC 3C8QA 2OE4X 160LA 4DKLA 2CUUA 1L16A 3HUKA 1C69A 123LA 1L59A 4W56A 1LYGA 1LI3A 3GUKA 5I14A 1T6HA 1CV4A 1L89A 1P56A 2LCBA 249LA 1L05A 1L02A 1DYFA 185LA 1L34A 1L27A 1L39A 1L37A 1QTCA 1L53A 1P5CA 1L71A 2B72A 4EJ4A 3F9LA 137LA 2B73A 1OWZA 1PQDA 4YX7C 2LC9A 142LA 1QS9A 239LA 4ARLA 1C62A 120LA 225LA 1DYBA 3FI5A 3CDQA 1L69A 3LZMA 3GUOA 3G3XA 1L72A 1L38A 157LA 1L97A 1QTBA 206LA 248LA 228LA 1QSQA 3UONA 1KY1A 2B74A 1XJTA 1L68A 147LA 3G3VA 2F47A 1L58A 1PQKA 139LA 176LA 2ANXA 3SN6R 3D4SA 2HUMA 210LA 240LA 1CU3A 3DNAA 1L43A 1P6YA 1L76A 3RZEA 3C82A 1L45A 1D3JA 1T8GA 3SBBC 1QUOA 1G1VA 1C6EA 3HT9A 1SWYA 3OE6A 3PDSA 1L66A 4DJHA 237LA 1WTHA 1QTDA 1L96A 2Q9EA 4I7SA 3SBAA 131LA 1P46A 1QT3A 238LA 149LA 167LA 250LA 3JR6A 1C63A 1C64A 1L91A 1CX6A 4ZPUA 2OE9X 3C83A 1L85A 168LA 173LA 2O7AA 3C7WA 1CV3A 4S0WA 3OE9A 3V2YA 2B70A 213LA 244LA 4W52A 3C81A 2RAZX 1G07A 1L11A 126LA 2OU8A 175LA 1LI6A 1L15A 1L24A 1JQUA 148LE 4EKRA 4ARQA 261LA 191LA 216LA 1L33A 190LA 255LA 2Z6BA 3HH6A 1L26A 3CDVA 1G0PA 1L13A 1L61A 3HDEA 1QT7A 3DN4A 1L35A 220LA 4I7PA 1NHBA 4ARMA 1T97A 1C67A 1CVKA 2B7XA 1C65A 3DN8A 1SWZA 1DYEA 1L84A 118LA 1LYIA 241LA 259LA 113LA 1LYFA 4I7TA 1L14A 1G0LA 219LA 2B6WA 1OVJA 3HWLA 3GUIA 1L49A 1CU5A 1CUQA 159LA 166LA 1SSYA 3HH4A 1CX7A 172LA 182LA 1CU6A 4K5YA 1L18A 3CDOA 4EKPA 1L01A 127LA 1G0KA 2QB0B 2A4TA 2OU0X 3VW7A 2RBSA 1L28A 1LLHA 1CV0A 2HUKA 151LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VWOA 2RAYX 2B6ZA 1LZBA 3HT8A 3HT6A 3FA0A 251LA 1ZYTA 1G0QA 3AB6A 1UA6Y 5KXXA 227LA 1UIBA 3DMXA 3WW6A 1L80A 1JPOA 1IR7A 3RT5X 3EBAB 1CNSA 1L30A 1JTMA 1CV6A 1F10A 2F2QA 3DN0A 1C6CA 1LJJA 1UIDA 5APCA 1LGXA 1LSCA 245LA 1LI2A 3P68A 4ETBA 3RUNA 4W51A 2DQGY 2F30A 150LA 4Z98A 1YQVY 4R0FA 4DD3A 5KXWA 4DDBA 1F0WA 4H9AA 1LZ1A 1IWXA 2DQDY 224LA 243LA 3WPKA 3HTBA 1KNIA 209LA 3TXHA 1ZWNA 1WQRA 3RNXA 5APEA 1C46A 211LA 1BB5A 3C7YA 4W53A 1W6ZA 5KXTA 4ETCA 1D2YA 1L55A 4OO9A 3C80A 3HH3A 4ETEA 5B1FA 193LA 1H87A 5AMYA 1C6MA 3QE8A 4AXTA 1GB5A 1D3MA 5FEKA 4G4BA 162LA 2EKSC 1C61A 1EPYA 1OWYA 3RZ4A 9LYZA 1C6HA 1GF5A 1C08C 2BQAA 4NGYA 2I25L 1L20A 4IATA 2LYZA 1VDPA 3V2WA 1C6GA 2LZMA 1L57A 2W1YA 2ZNXY 1LSPA 5LZMA 1QIOA 4B4IA 1L29A 2RBQA 5LIOA 1KXYA 4FDYA 3AW7A 1L03A 4ET8A 1LYEA 1FKQA 2OE7X 3EMSA 1D3NA 4WL7A 1L51A 5F14A 4UWUA 2RBNA 4A7DA 246LA 2BQKA 4J1AA 2HEFA 1IY4A 1HHLA 1L83A 3E3DA 3EMLA 188LA 4KL7A 1DYGA 1L62A 1NBZC 3QNGA 1UICA 2ZQ3A 1XJUA 4H94A 2DQCY 4W55A 151LA 5D5FA 1SX7A 6LZMA 4W94A 4ZFPA 5I5QA 5KXZA 3HUAA 2MEAA 258LA 4LYTA 180LA 1YKZX 4B4JA 4N8ZA 4LT2A 1XGUC 156LA 2BQHA 1D0KA 1TAYA 4TX7A 5J7CA 2RBRA 1QT6A 1L70A 5A3ZA 1TEWA 3AZ5A 1BB4A 4RLMA 4EXMA 1LWGA 4ARJA 2B75A 2RSCA 5A3EA 3IJVA 1L04A 1XEPA 103LA 1C10A 1L42A 1LAAA 4IAPA 2NTGA 4AQNA 4XJBA 4MR1A 161LA 1LGWA 2ZYCA 4YM8A 1B5VA 4ML7A 1PQOA 4Z41A 133LA 2YVBA 1HFYA 5LVJA 1KY0A 1L95A 212LA 4LYBA 177LA 4LFXA 4J0LA 2LYMA 1B7SA 3GUMA 1GB6A 3J6KA 1L94A 1YAMA 1UBZA 1P37A 3NY9A 145LA 4HJYA 2N5ZA 1YKXX 4YEMA 3AZ7A 2OU9A 1DZBX 232LA 192LA 1JTNA 1FKVA 1RI8B 3GUPA 1A2YC 1GB3A 2G4QA 2QARC 160LA 1B2KA 1HMKA 5DLAA 2H9JA 1EL1A 5LAFA 1C69A 4W56A 3GUKA 5KXPA 3TMUA 3OJPA 1FLYA 2DQAA 4RW2A 249LA 1L05A 1L27A 3A94A 2AUBA 4HJVA 1L37A 2LZ2A 2YBMA 1GBYA 137LA 2BQNA 1LHMA 1PQDA 1LMAA 1JJ0A 4H9FA 1GWDA 1UCOA 2BQMA 3GUOA 1IWZA 1LSYA 4P2EA 2VB1A 1L38A 157LA 206LA 3W3EA 5I4XA 1KY1A 1L68A 4ET9A 2ANXA 3D4SA 4UWVA 1CU3A 3RZEA 3WVXA 5B59A 2XTHA 3C82A 2YBLA 2GV0A 3SBBC 4NGLA 4OW1A 4X3BA 237LA 1GFAA 1G7IC 6LYZA 1P46A 1D6PA 1LJ4A 1HERA 3P65A 7LYZA 2YBJA 1D9UA 1YILA 173LA 3IWRA 2Q0MX 4S0WA 1GD6A 4FJRA 5ILCA 3CT0A 2B70A 3V2YA 244LA 1IWTA 4W52A 1G07A 3WH1A 2Y8PA 1ALCA 4HPIA 1LI6A 1L24A 5HQ1A 191LA 2F4GA 1IWWA 4TSCA 4N5RA 4KXIA 4W96A 4H93A 4NGWA 1G0PA 1HENA 1RJCB 2X0AA 2MEBA 1GFHA 1OUJA 4I7PA 4BS7A 1JSFA 3M18B 1GF6A 1CVKA 2B7XA 4IJ4A 3DN8A 2G4PA 4ANRA 1LYIA 259LA 1LYYA 1JUGA 1HF4A 4DT3A 1OVJA 4Z3MA 1BWIA 154LA 1CU5A 3TXKA 1CX7A 3WXTA 127LA 1IOTA 3VW7A 2A7DA 1D2WA 3DMVA 1LMOA 146LA 3A3RX 110LA 1GB9A 1LTMA 3HH5A 2ZYPA 1AKIA 169LA 1LSZA 1LZGA 5KXKA 1I20A 3DN2A 1LZSA 1XSFA 1B6IA 1GFKA 1SSWA 4YXAC 1W08A 2DQEY 1F6SA 1FN5A 1CKHA 1XFPL 3C7ZA 1L32A 4DC4A 3SB7A 1P36A 1WQMA 187LA 1DKJA 1F6RA 1D9WA 138LA 2B6YA 1L87A 1QUDA 1D0MA 3GUNA 1B9OA 1CU0A 1NMMA 1OVHA 163LA 197LA 4KPMA 1FBIX 2PC2A 1CKFA 1CKGA 4GCFA 3MGWA 1GEZA 231LA 1J1OY 4C3WA 5DM9A 4H1PA 4LDOA 2O4WA 1KIPC 1OUAA 4EPIA 4TSBA 3A6CY 1B5YA 3HBEX 1LHIA 2HEDA 4BAPA 2DQIY 128LA 1OV7A 1KXXA 4MSTA 4I7JA 5C6JA 3WU9A 1LZ8A 1IWVA 5L3IA 1IR8A 4U3XB 4HP0A 1GBXA 1B5XA 1JTTL 1C6QA 235LA 1KIQC 2YSSC 1L73A 1BGIA 4DD7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VWO A;  2RAY X;  2B6Z A;  1LZB A;  3HT8 A;  3HT6 A;  3FA0 A;  251L A;  1ZYT A;  1G0Q A;  3AB6 A;  1UA6 Y;  5KXX A;  227L A;  1UIB A;  3DMX A;  3WW6 A;  1L80 A;  1JPO A;  1IR7 A;  3RT5 X;  3EBA B;  1CNS A;  1L30 A;  1JTM A;  1CV6 A;  1F10 A;  2F2Q A;  3DN0 A;  1C6C A;  1LJJ A;  1UID A;  5APC A;  1LGX A;  1LSC A;  245L A;  1LI2 A;  3P68 A;  4ETB A;  3RUN A;  4W51 A;  2DQG Y;  2F30 A;  150L A;  4Z98 A;  1YQV Y;  4R0F A;  4DD3 A;  5KXW A;  4DDB A;  1F0W A;  4H9A A;  1LZ1 A;  1IWX A;  2DQD Y;  224L A;  243L A;  3WPK A;  3HTB A;  1KNI A;  209L A;  3TXH A;  1ZWN A;  1WQR A;  3RNX A;  5APE A;  1C46 A;  211L A;  1BB5 A;  3C7Y A;  4W53 A;  1W6Z A;  5KXT A;  4ETC A;  1D2Y A;  1L55 A;  4OO9 A;  3C80 A;  3HH3 A;  4ETE A;  5B1F A;  193L A;  1H87 A;  5AMY A;  1C6M A;  3QE8 A;  4AXT A;  1GB5 A;  1D3M A;  5FEK A;  4G4B A;  162L A;  2EKS C;  1C61 A;  1EPY A;  1OWY A;  3RZ4 A;  9LYZ A;  1C6H A;  1GF5 A;  1C08 C;  2BQA A;  4NGY A;  2I25 L;  1L20 A;  4IAT A;  2LYZ A;  1VDP A;  3V2W A;  1C6G A;  2LZM A;  1L57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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