1C6DA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 16 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6dA00
148LE 232LA 228LA 3GUNA 254LA 1C63A 139LA 2RBPA 176LA 2OE4X 2ANVA 171LA 123LA 4ARMA 3OE6A 1L39A 2RB1X 262LA 2B73A 1LI2A 1C6MA 1LYDA 1QUDA 1PQIA 1L45A 2OU8A 4EKPA 3HDFA 3HTGA 1L86A 1LI3A 218LA 1L67A 4ZPUA 1L55A 252LA 1OWZA 247LA 3HH4A 4W55A 4W58A 1LGWA 152LA 1L17A 238LA 4E97A 2RBQA 3DN8A 1L34A 168LA 200LA 4ARPA 1QTHA 1PQJA 3C8QA 3C7YA 1L24A 3HU8A 1L70A 3NY8A 5I14A 1L09A 1CV1A 1L00A 1OVKA 2NTHA 1LYIA 1PQDA 3DN1A 4LDEA 3DNAA 189LA 1L0JA 2B70A 2F32A 2RB2X 149LA 1CUPA 1DYDA 3SBAA 191LA 3DN4A 1DYBA 1G0KA 3C80A 1L40A 1G0GA 4EPIA 3C7WA 3HH3A 4ARMB 3FI5A 1C67A 184LA 224LA 4YXCA 239LA 162LA 1DYFA 3CDVA 3SN6R 3DMVA 3NYAA 4I7NA 1G06A 4I7JA 1C6CA 1CV6A 1QT8A 1PQMA 1KNIA 240LA 1L32A 2QB0B 163LA 2RAYX 1C6AA 3G3VA 2B72A 2OEAX 3DN0A 2ANXA 2B75A 1L83A 235LA 3GUOA 1SX2A 130LA 1L46A 3HT8A 3VW7A 4W56A 1QUHA 1LYGA 1DYCA 1P64A 242LA 1QT6A 2O79A 1L10A 1T97A 4DKLA 5LZMA 1L48A 1L74A 1L53A 1LYHA 180LA 1P2LA 115LA 166LA 4EKRA 249LA 201LA 4K5YA 1L20A 3F9LA 111LA 250LA 4LZMA 143LA 2RBOA 2HULA 1C6BA 261LA 1ZURA 1L26A 2B6WA 1L92A 1CUQA 103LA 260LA 3DN6A 1B6IA 1CX7A 2Q9EA 1L05A 1QTDA 1KY0A 223LA 125LA 4S0WA 3PDSA 1L13A 187LA 3K2RA 1CV5A 220LA 4PK0A 4I7TA 3LZMA 3HTBA 1L60A 1L0KA 3HT6A 226LA 183LA 147LA 1G0LA 3SB5A 1P56A 2RBRA 4ARJA 216LA 3DN3A 1OYUA 3L2XA 1PQKA 1D3NA 1L72A 175LA 1L44A 1L01A 155LA 2F2QA 1C6DA 1L96A 1L27A 3HTDA 3EMLA 3ODUA 4W54A 126LA 157LA 3C8RA 3C7ZA 3HT7A 1L06A 1L63A 1QS5A 2LZMA 4OO9A 2HUKA 1P2RA 3DMXA 221LA 1P6YA 1C61A 229LA 1I6SA 3OE8A 1DYAA 4I7MA 1LWGA 145LA 1P46A 213LA 4YXAC 1L31A 3RUNA 1L76A 3SBBC 1CU0A 2Q9DA 217LA 1L64A 1L28A 1L18A 1JQUA 3HU9A 4I7QA 4IAPA 4DJHA 2B7XA 178LA 1P36A 1L43A 4I7KA 1L37A 253LA 3SB7A 1L50A 177LA 3GUIA 210LA 1L25A 231LA 241LA 2LCBA 1SX7A 245LA 1L71A 196LA 1OV5A 1QUGA 4W51A 146LA 211LA 1CV0A 1LI6A 1L66A 1ZWNA 243LA 3GULA 1KW7A 1G0PA 1C6JA 4W59A 1L85A 1ZYTA 1CV3A 2OU0X 4EJ4A 141LA 1SWYA 1G0QA 1C66A 1CVKA 219LA 1QSBA 1QTBA 4AQNA 1L07A 1QTVA 165LA 1L94A 172LA 2NTGA 4I7OA 1OV7A 1L15A 127LA 258LA 1QTZA 3CDOA 1C6HA 1C6FA 251LA 1D2WA 1L80A 1C64A 222LA 1CU5A 192LA 3HH5A 164LA 1KS3A 4GRVA 1CU2A 120LA 102LA 3C81A 3HDEA 206LA 182LA 1L08A 2O4WA 2OTZX 1L75A 1L29A 1P3NA 1L16A 4LDLA 3CDTA 3GUMA 174LA 1L35A 2RBNA 1QT3A 3SB8A 122LA 3CDRA 1L38A 3HUAA 1LGXA 170LA 119LA 1L30A 236LA 2L78A 1T8FA 1C65A 1T8GA 4I7SA 108LA 1D3FA 150LA 1DYEA 1L57A 1T8AA 7LZMA 1L52A 1L79A 4LDOA 1PQOA 1C62A 1SSWA 3DKEX 3FA0A 1JTMA 190LA 3GUKA 167LA 2B6XA 1CTWA 144LA 1T6HA 1LPYA 1G0JA 1WTHA 1LLHA 1C6LA 227LA 1L21A 3RZEA 1L65A 1QT7A 1DYGA 1L02A 2A4TA 142LA 1L95A 2RB0X 4EPFA 1G0MA 3HH6A 2RH1A 1L93A 1C6QA 3SB9A 1L04A 1XEPA 2Z6BA 3C83A 1L99A 1L81A 3DN2A 181LA 1CU3A 109LA 114LA 1L58A 3HT9A 3FADA 4ARLA 1C68A 4DAJA 1LW9A 259LA 1D2YA 3G3WA 159LA 4YX7C 1QUOA 3QAKA 3OE0A 118LA 1LWKA 195LA 1L36A 1LYFA 3HTFA 104LA 128LA 1L51A 1P7SA 255LA 2IGCA 1L33A 4I7LA 1SSYA 186LA 4ARQB 140LA 1KW5A 237LA 1L47A 257LA 1LYJA 2O7AA 1CU6A 1QT4A 209LA 1C69A 173LA 215LA 1L84A 1L68A 4W52A 2LC9A 1L77A 6LZMA 4EXMA 185LA 156LA 4I7RA 2B6ZA 1D3MA 244LA 160LA 113LA 1L89A 2OE7X 2QARC 3V2WA 1NHBA 1L54A 256LA 1C6IA 3UONA 1L87A 131LA 1OVJA 4GBRB 161LA 1L42A 1L03A 225LA 3HUQA 4PJZA 4EKQA 4W57A 1CX6A 1L12A 1L97A 1QS9A 1C6NA 3GUJA 1L56A 1TLAA 2OU9A 4W53A 3HWLA 2B6TA 1L61A 1KY1A 2HUMA 1D9WA 1G1WA 1P5CA 1L91A 3C82A 1C6EA 230LA 1G07A 112LA 1OWYA 4EKSA 129LA 1LGUA 4I7PA 1L69A 199LA 233LA 1QT5A 1QTCA 1L49A 1K28A 1C60A 1CV4A 138LA 1G1VA 205LA 3D4SA 1EPYA 3F8VA 137LA 2RAZX 1L14A 248LA 1C6PA 3C8SA 1SWZA 1L90A 169LA 3PBLA 3DMZA 3SB6A 1L98A 1L23A 158LA 1JTNA 110LA 1L82A 3OE9A 3G3XA 1L19A 2OE9X 1C6GA 197LA 1L59A 3JR6A 234LA 3V2YA 2F47A 1OVHA 212LA 1C6KA 1XJTA 1QSQA 1P37A 2RBSA 4ARQA 3NY9A 246LA 214LA 1D3JA 2OTYX 3L64A 1L22A 198LA 1LYEA 2B74A 3GUPA 3CDQA 107LA 3HUKA 1L41A 1XJUA 188LA 2B6YA 1L88A 1L11A 1L73A 151LA 1L62A 2CUUA 1C6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FHWA 1PZYA 5DN4A 1GFEA 176LA 4II8A 3LHMA 2ANVA 4XENA 1OUEA 1I56A 4H92A 1LI2A 4N0JA 1LZDA 2OU8A 3A93A 5KJ9A 218LA 1LI3A 1V7SA 2EQLA 2ZILA 1L67A 1OWZA 1WVUA 3OJPA 4W55A 1B9OA 4W58A 1FKVA 2RBQA 1QTHA 1PQJA 3C8QA 1UC0A 4WOAA 4QY9A 1CV1A 4GN5C 3GXKA 1OVKA 1LYIA 1PQDA 4J1BA 4PJ2C 1OP9B 2DQDY 1CUPA 4NHIA 207LA 1JIYA 3SBAA 1G0GA 3HH3A 1IP1A 4ETAA 162LA 1LSDA 4NHSA 1LZEA 1DYFA 1FLUA 4X3BA 2DQCY 1G7LC 2BLXA 3NYAA 1J1OY 1LSCA 4I7JA 1CV6A 1WQMA 4NHPA 1CNSA 4WL6A 240LA 1TCYA 4HTNA 5B1FA 5F14A 2OEAX 2B75A 1L83A 4O34A 3GUOA 1GFHA 130LA 2HEEA 242LA 1QT6A 1FLQA 1GFVA 4MSTA 1LZ4A 2YBMA 1QTKA 4FJRA 5LVKA 1D0MA 1LYHA 1BWJA 5B07A 4ETBA 166LA 1P2LA 4EKRA 4Z46A 249LA 4G4CA 4LGKA 4K5YA 2HU1A 3TXHA 3F9LA 3A67Y 2LYMA 4LZMA 1GE2A 4RLNA 1C6BA 4OWBA 5FCPA 4UWNA 1D6PA 103LA 4HTQA 4KL7A 2F4GA 1HEPA 2Q9EA 1JKAA 1L05A 4DD1A 3GXRA 2VB1A 4H9BA 187LA 1GB7A 1B7MA 3LZMA 5KXPA 1L0KA 3HT6A 1C7PA 183LA 4H1PA 1LSFA 1P56A 5FELA 2RBRA 2DQJY 1JISA 1WVVA 1OYUA 5A3EA 3WVYA 4B1AA 1JTTL 9LYZA 1H6MA 3HTDA 3EMLA 157LA 1IOCA 3N9EA 2LZMA 2HUKA 5C6JA 3W6EA 221LA 1P6YA 229LA 1I6SA 5KXYA 1L31A 5DLAA 2Y8PA 1L28A 1LSYA 4I7QA 4DJHA 4WM2A 178LA 4CGEA 1LSMA 1L43A 4I7KA 1AT6A 253LA 4WO9A 177LA 2XJWA 1L71A 1BVKC 1OV5A 4W51A 1LKSA 1LI6A 2Q0MX 5DN5A 2CJLA 4GN4A 1D0KA 4DWXA 1G0PA 2LHMA 1CV3A 1T6VL 5KXRA 141LA 1CVKA 3BKHA 4U3XB 1QSBA 2MEFA 1BHZA 3TXIA 172LA 4I7OA 1OV7A 1L15A 1YQVY 5F9XA 1C6HA 1UIAA 1XGPC 1L80A 4R0FA 1LSEA 192LA 5LIOA 2FBBA 1FN5A 1CU2A 4GCEA 3AW6A 3WL2A 4B49A 3C81A 206LA 2CWIA 2O4WA 3WU8A 1L29A 4DQ5A 1L16A 3GUMA 4C3WA 2A7DA 5L3HA 1WTNA 1QT3A 3MGWA 4NGOA 5II3A 5L3IA 122LA 1L38A 2Z19A 170LA 1B7RA 1O23A 4I7SA 1YKZX 1LMQA 4NHTA 1DYEA 1GWDA 1L57A 1IORA 1LZAA 1IWWA 1T8AA 1IWTA 1LOZA 1L79A 1B5XA 4NIJA 4LDOA 1GE3A 1LHJA 1PQOA 1C62A 1SSWA 1GFGA 3FA0A 3GUKA 3IWRA 2B6XA 4GCCA 144LA 1GDWA 1LPYA 1G0JA 1GBWA 1INUA 1UIGA 2BQMA 227LA 4IATA 3RZEA 1LJNA 3TMUA 5I54A 3ATNA 2I26L 142LA 2AUBA 2RB0X 4EPFA 4PPOA 3SB9A 1XEPA 3AJNA 3TXJA 1L81A 4LZTA 2HECA 109LA 1VDTA 1QUTA 1UICA 114LA 5HNLA 1LSNA 3HT9A 4ARLA 1B7LA 2H9KA 3QAKA 118LA 4HJVA 1LZ8A 1IR9A 2BQEA 1LYFA 1L51A 1P7SA 4I7LA 1L33A 1SSYA 186LA 1C43A 237LA 1IR7A 3WVXA 5KY1A 3CSQA 3IJUA 1LYJA 1CU6A 1LZBA 1AT5A 3QNGA 3CSZA 4W52A 1L68A 1L77A 4LFPA 3WULA 185LA 4I7RA 2FYCA 3WPLA 3AB6A 1VEDA 2YBHA 1HFXA 2QARC 1G7MC 5JENB 1NHBA 2PC2A 3WXTA 1AZFA 4A7DA 1CJ7A 1IC5Y 4GBRB 1L03A 5IDDA 5C6LA 1GBOA 1JPOA 2DKVA 2YSSC 4UWUA 1D9WA 3A6CY 8LYZA 2HEFA 230LA 1OWYA 1UCOA 4EKSA 129LA 1QQYA 1L49A 1K28A 2IFFY 1D0LA 1CV4A 1G1VA 1FBIX 2F4AA 1CKGA 169LA 3PBLA 1BB7A 1L98A 3TXBA 1JTNA 1L82A 1EQ5A 5D5CA 3WU9A 1QDRA 1L19A 1C10A 3JR6A 2F47A 1OVHA 212LA 4MR1A 4NGIA 1YAPA 1XJTA 3NY9A 4R6CA 246LA 1LHHA 1LYEA 3GUPA 5C6IA 1JWRA 107LA 1GPQC 1DPXA 3HUKA 2BQBA 2B6YA 1REXA 4LYTA 135LA 1L62A 1C6TA 2LZTA 3A94A 4M4OA 1IOTA 3WPJA 1C63A 4DD7A 2OE4X 171LA 2H5ZA 4ARMA 3OE6A 4LYOA 1B5YA 2RB1X 1RI8B 5D5FA 1YROA 1PQIA 3HDFA 3TMVA 3HTGA 1L86A 4G49A 3AGHA 4ZPUA 4CJ2A 1L55A 4ET8A 1LGWA 4J0LA 152LA 3A92A 4E97A 3QY4A 3DN8A 200LA 168LA 4ARPA 1L70A 5I14A 1HFYA 1L09A 194LA 1BB6A 3DN1A 1LZSA 3DNAA 1I20A 1L0JA 2F32A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5FHW A;  1PZY A;  5DN4 A;  1GFE A;  176L A;  4II8 A;  3LHM A;  2ANV A;  4XEN A;  1OUE A;  1I56 A;  4H92 A;  1LI2 A;  4N0J A;  1LZD A;  2OU8 A;  3A93 A;  5KJ9 A;  218L A;  1LI3 A;  1V7S A;  2EQL A;  2ZIL A;  1L67 A;  1OWZ A;  1WVU A;  3OJP A;  4W55 A;  1B9O A;  4W58 A;  1FKV A;  2RBQ A;  1QTH A;  1PQJ A;  3C8Q A;  1UC0 A;  4WOA A;  4QY9 A;  1CV1 A;  4GN5 C;  3GXK A;  1OVK A;  1LYI A;  1PQD A;  4J1B A;  4PJ2 C;  1OP9 B;  2DQD Y;  1CUP A;  4NHI A;  207L A;  1JIY A;  3SBA A;  1G0G A;  3HH3 A;  1IP1 A;  4ETA A;  162L A;  1LSD A;  4NHS A;  1LZE A;  1DYF A;  1FLU A;  4X3B A;  2DQC Y;  1G7L C;  2BLX A;  3NYA A;  1J1O Y;  1LSC A;  4I7J A;  1CV6 A;  1WQM A;  4NHP A;  1CNS A;  4WL6 A;  240L A;  1TCY A;  4HTN A;  5B1F A;  5F14 A;  2OEA X;  2B75 A;  1L83 A;  4O34 A;  3GUO A;  1GFH A;  130L A;  2HEE A;  242L A;  1QT6 A;  1FLQ A;  1GFV A;  4MST A;  1LZ4 A;  2YBM A;  1QTK A;  4FJR A;  5LVK A;  1D0M A;  1LYH A;  1BWJ A;  5B07 A;  4ETB A;  166L A;  1P2L A;  4EKR A;  4Z46 A;  249L A;  4G4C A;  4LGK A;  4K5Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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