1C6FA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 32 atm argon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6fA00
2B7XA 1C6CA 1L30A 1LWGA 3SN6R 2LZMA 1LW9A 259LA 3C7YA 1QTBA 212LA 1C6JA 2HUKA 1L97A 120LA 3G3XA 1D3MA 1G0PA 1C6KA 1L22A 1L90A 3PDSA 243LA 257LA 1C6DA 1L64A 1QTZA 190LA 249LA 3CDVA 1G07A 3SB6A 1L91A 2NTGA 1DYGA 1QT3A 4ARMB 2ANXA 112LA 130LA 1C6QA 2RB1X 1L54A 3V2YA 2LCBA 1L07A 4ARQA 1L55A 1LYEA 3HTBA 1L76A 1C61A 240LA 2HULA 3G3WA 1G1WA 144LA 107LA 4I7LA 215LA 3DN3A 2B6TA 1L52A 1L32A 247LA 4I7PA 1L70A 1PQDA 1SWZA 2O7AA 2OU0X 1T8FA 140LA 1XJTA 1PQKA 1L20A 4IAPA 1L92A 3HH4A 4W52A 3DN0A 1LI2A 1L89A 1L42A 1P37A 171LA 1LYIA 1P2LA 3DKEX 1L61A 4EKQA 1LGXA 1ZYTA 1D2WA 169LA 2OU9A 1L93A 241LA 2B74A 142LA 1L84A 3HH3A 2ANVA 1CU0A 148LE 1L24A 4I7TA 146LA 1L79A 1C65A 157LA 201LA 1C6MA 1D9WA 4LZMA 2F2QA 196LA 164LA 1L96A 2RB2X 3GUOA 235LA 1L66A 1CU3A 1L62A 3SB9A 1QUGA 2F47A 3EMLA 1C6EA 137LA 3HTFA 223LA 3SB7A 1KNIA 1L57A 3C8QA 3C8RA 191LA 159LA 3L2XA 195LA 1L94A 219LA 182LA 3JR6A 3VW7A 4ARQB 3C83A 1G0JA 3HU8A 1P64A 1C63A 3HUKA 1P2RA 1C6LA 3DMZA 244LA 3SBAA 2F32A 1QT7A 2RBOA 1L40A 1QTHA 4I7JA 2RB0X 1CVKA 1D2YA 188LA 214LA 3F9LA 126LA 1LI6A 4W55A 1L86A 3GUJA 180LA 1L04A 1XJUA 1I6SA 103LA 151LA 1L68A 1G0KA 152LA 162LA 1T8AA 1SX2A 1CX6A 1P36A 3G3VA 2B72A 1L0KA 2RBQA 102LA 4ARLA 1L83A 1L71A 2OTYX 1C6PA 2IGCA 2RBPA 6LZMA 3HTGA 1L48A 1L09A 226LA 1L39A 3HUAA 1C6NA 1QS5A 1L05A 3HT7A 1P56A 4YX7C 1L00A 1B6IA 3GUIA 2B70A 1ZURA 2CUUA 1L74A 1LGWA 1L81A 1L13A 109LA 1C6GA 1SWYA 238LA 1KY1A 2QB0B 1G1VA 1L87A 3LZMA 119LA 4EKRA 111LA 1CU2A 172LA 1CV5A 2B73A 1L11A 4I7MA 3C82A 3HDFA 256LA 1L25A 113LA 1L88A 1LYGA 3HU9A 1L34A 4I7OA 1LWKA 1QT5A 1JTNA 4W51A 3K2RA 3L64A 3OE0A 220LA 200LA 4W57A 199LA 1C6AA 1L29A 1QTDA 1SSYA 184LA 178LA 1QUOA 4W53A 4GRVA 192LA 1L02A 1CV3A 3GULA 1L46A 1L18A 1C6IA 234LA 3FADA 3DN8A 4ZPUA 1T97A 4I7SA 3D4SA 3OE9A 250LA 1PQIA 2LC9A 1DYAA 1DYCA 1NHBA 218LA 1L38A 1L10A 150LA 187LA 2Q9DA 1P7SA 189LA 1QT4A 2L78A 1L49A 1KS3A 3HT9A 3C7ZA 1P5CA 4K5YA 2OTZX 3PBLA 4PJZA 125LA 3DN1A 1CV1A 143LA 1CV4A 1C60A 1L75A 224LA 1L56A 1C6BA 3C80A 3C7WA 1L12A 4I7KA 1CU5A 1C6TA 239LA 2RBSA 3GUMA 1CUQA 252LA 1CU6A 4W59A 2O4WA 1QTVA 4EKSA 114LA 260LA 1OVKA 3GUPA 131LA 242LA 205LA 4LDLA 1KW5A 1L69A 1QT6A 161LA 3OE6A 1L06A 1QS9A 2RAYX 2RBNA 1L99A 181LA 1CV0A 1D3NA 4EXMA 3F8VA 2NTHA 1P46A 1DYEA 1C67A 1L33A 139LA 209LA 3ODUA 262LA 4DKLA 1L72A 4S0WA 5LZMA 4LDEA 1L59A 3DN4A 115LA 174LA 1CV6A 185LA 1L60A 2HUMA 1OWYA 1G06A 3CDTA 122LA 1TLAA 1L58A 1L03A 3QAKA 197LA 1P6YA 1L26A 1WTHA 123LA 3HH5A 158LA 1G0GA 1L35A 1L28A 176LA 1QSBA 3HDEA 156LA 225LA 1L41A 233LA 147LA 166LA 1L95A 110LA 237LA 1OVHA 2B6ZA 3FI5A 1DYBA 1LYJA 3NYAA 4W56A 1JTMA 4GBRB 2Z6BA 2OE7X 1QUHA 248LA 4DAJA 186LA 1G0MA 1L01A 3HUQA 1ZWNA 227LA 1JQUA 1LYFA 3UONA 2O79A 5I14A 1L43A 3CDOA 1D3FA 155LA 4YXAC 3SB8A 1L0JA 1L77A 1L31A 1D3JA 4LDOA 3DMVA 3SBBC 104LA 1L21A 4I7RA 1T6HA 216LA 2RBRA 4I7NA 3DMXA 1CTWA 1LYDA 221LA 1L50A 1KW7A 1L15A 3RZEA 261LA 2OU8A 145LA 258LA 1PQJA 1C6HA 1L27A 1PQMA 1QT8A 141LA 3DN6A 4YXCA 1L36A 3HT8A 2Q9EA 229LA 211LA 1C6FA 232LA 1LPYA 217LA 245LA 198LA 2B6WA 3CDRA 4EKPA 1K28A 2B75A 118LA 183LA 236LA 1L23A 1DYDA 253LA 1QUDA 3OE8A 1SSWA 1LLHA 1EPYA 4W54A 4AQNA 167LA 149LA 3HTDA 160LA 222LA 127LA 4EPFA 1CX7A 1L14A 2OE4X 1OYUA 1L16A 4E97A 2OEAX 1KY0A 1C69A 1QSQA 4EJ4A 1SX7A 3V2WA 170LA 2A4TA 4ARJA 1L44A 1OV5A 1XEPA 1QTCA 3DNAA 1OVJA 2QARC 108LA 3HH6A 1L45A 206LA 1C68A 2B6XA 4ARPA 7LZMA 1LGUA 1OWZA 1P3NA 254LA 3SB5A 1C66A 1L80A 3GUKA 1L17A 1C62A 1L47A 1L73A 3HT6A 163LA 3RUNA 251LA 1L51A 1T8GA 1L19A 138LA 3HWLA 4ARMA 4W58A 4DJHA 2RAZX 4PK0A 129LA 4EPIA 1LYHA 1L37A 165LA 246LA 231LA 1G0LA 3C81A 1G0QA 2RH1A 3FA0A 213LA 128LA 230LA 3CDQA 4OO9A 255LA 173LA 168LA 210LA 1L63A 1C64A 1L65A 2OE9X 1L98A 3GUNA 1L53A 177LA 3C8SA 175LA 1L08A 1L67A 1PQOA 1DYFA 1LI3A 228LA 3DN2A 3NY8A 4I7QA 3NY9A 2B6YA 1CUPA 1OV7A 1L82A 1L85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BQLY 1C6CA 3SN6R 2IFFY 2LZMA 1HELA 194LA 1DI4A 212LA 2HUKA 1L97A 2YBHA 1D3MA 3AGHA 1L22A 2BQIA 4ZIXA 2YDGA 2MECA 4GCDA 1LZ4A 4XJDA 1JKAA 257LA 4XENA 3G3BB 190LA 2NTGA 4LGKA 2ANXA 1OP9B 4PRUA 130LA 1L07A 4ARQA 1LYEA 1LJHA 1C61A 1GFTA 3BKHA 5KXYA 4I7PA 3WUNA 4PHIA 1PQDA 2O7AA 2OU0X 1GF0A 1PQKA 3AB6A 1IP7A 1HF4A 4W52A 2HECA 1LI2A 1L89A 4LT2A 1L42A 5K7OA 1QDRA 4LYBA 1P2LA 2HEAA 1A4VA 1L61A 4W96A 1LGXA 4LYCA 4N8ZA 1FKQA 1LZGA 2CGIA 3WPJA 1L84A 4GN4A 2XTHA 3QY4A 157LA 3EO5A 1GFAA 4LZMA 2G4PA 1L96A 1C45A 2RB2X 2AUBA 1NMMA 1L66A 1CU3A 2F47A 4XADA 2Z37A 1N4FA 137LA 4AGAA 223LA 1REXA 1KNIA 191LA 3L2XA 3JR6A 207LA 1P64A 1C63A 1ZVYB 2DQAA 3SBAA 2BQFA 1LHIA 2RBOA 1LSFA 4I7JA 3IJUA 1CVKA 2DQFC 4W55A 1L86A 3WYHA 180LA 1I6SA 151LA 4DQ5A 152LA 1P36A 4WO6A 2B72A 1IWTA 102LA 1L71A 2RBPA 2IGCA 3RT5X 3A94A 3HTGA 1L09A 3HUAA 1QS5A 1L05A 5F16A 1P56A 4YF2A 5LA5A 3GUIA 4NWEA 2GV0A 1L81A 2G4NA 1C6GA 1IC4Y 4XJHA 1RJCB 119LA 2LHMA 1I20A 4B4EA 3TXDA 1LZ1A 1CU2A 5KXZA 5FEKA 1L11A 4I7MA 3CSRA 4H9HA 3GXKA 1L88A 4N0JA 1JTPL 3VWOA 1LYGA 4I7OA 1CKDA 2D91A 3K2RA 3L64A 4LYOA 1ZVHL 220LA 3AZ6A 1ALCA 3CT1A 4WLDA 3WU8A 2EPEA 2CJLA 2D4JA 3A6BY 1L46A 4G4HA 2MEFA 1LOZA 2CDSA 2MEAA 2Z18A 1REZA 4ZPUA 4H1PA 1AZFA 1B5UA 1KXWA 1GB3A 250LA 1PQIA 3CT0A 4OWCA 4KL7A 2Q9DA 1MLCE 1D9UA 5KY1A 5APFA 4LYTA 4RLMA 4IASA 1J1XY 5KXXA 1L49A 1LZ8A 1OUJA 2OTZX 3PBLA 3DN1A 143LA 224LA 3C80A 4H93A 2DQDY 2Z39A 1DI5A 239LA 1G7JC 3ATNA 4XJIA 3ZVQA 3TXFA 4EKSA 114LA 3TMWA 1WVVA 5DL9A 2HU1A 1LMNA 1QT6A 4NGLA 1IWUA 1YAMA 1DI3A 4EXMA 3D3DA 1YKXX 3W6AA 2NTHA 1D6QA 3AGIA 5F9UA 4NWHA 1GB8A 3DN4A 4YOPA 1LMCA 1L60A 4WM1A 3QAKA 4YEOA 1OUBA 1P6YA 1UC0A 3ULRA 4NGIA 4NFVA 1A2YC 3HH5A 3AYQA 1TCYA 1L28A 4N9RA 4WM5A 2MEIA 166LA 5B59A 2A7FA 4GBRB 3KAMA 2LYOA 4NY5A 1GAYA 1G0MA 1QSAA 4M6DA 5B06A 2BQMA 5F9XA 1W08A 2HEBA 3HUQA 1HENA 5LAGA 3TMVA 1OUAA 3SBBC 1D3JA 3DMVA 104LA 1DXJA 1UUZC 2FYCA 5ILCA 1GPQC 4I7NA 1B7MA 1CTWA 1LYDA 4H94A 1KW7A 5B1GA 3ATOA 261LA 3D9AC 1PQJA 2VB1A 1L27A 4OWHA 1GHLA 1QT8A 3DN6A 3TMXA 1IWZA 1WQNA 3W6EA 5HLLA 1BWJA 118LA 4H8XA 1NDMC 1GXXA 1FLQA 1LLHA 5KXNA 3A34A 222LA 4EPFA 2OE4X 1LZ5A 4B49A 1C69A 1GBXA 1SX7A 1JJ3A 1L44A 5L3IA 3DNAA 1LJJA 1B2KA 4ARPA 4LYZA 1C66A 1L80A 1L17A 1V7TA 4E3UA 4J1AA 3AZ4A 1IEEA 1HFZA 3RUNA 1T8GA 4WOAA 138LA 1MELL 4W58A 4DJHA 4WO9A 1CKHA 2RAZX 5HQ1A 2YBJA 165LA 1QDTA 246LA 4XJFA 1CNSA 5A3EA 1G0LA 5DM9A 3IJVA 3LYMA 1IOCA 1KIRC 1WQQA 5DN5A 4NGKA 255LA 1GF8A 4UWNA 1LCNA 2FBDA 3TXIA 210LA 1L63A 1C64A 1L65A 5A3ZA 1OUEA 3GUNA 1L53A 1WTNA 4NHIA 3N9EA 4IJ4A 3DN2A 4I7QA 1BB4A 1CUPA 1OV7A 1GWDA 1HEPA 1WQOA 4H9AA 1YAPA 1LW9A 5HMVA 3C7YA 5LINA 1C6JA 1YAOA 3G3XA 4EOFA 1DKJA 4H9FA 2BQLA 1L90A 1C6DA 1L64A 249LA 1D0LA 1L91A 4Z3MA 1DYGA 1QT3A 1JUGA 2W1YA 3WVXA 4ARMB 1HHLA 1IC7Y 1WQPA 1L54A 3V2YA 2W1LA 1IWWA 1L76A 3W6FA 1GEVA 1G1WA 3DN3A 1LKSA 1L32A 4UWVA 2BQGA 4ET8A 4ETCA 4IATA 4Z41A 1P37A 4HV2A 171LA 1D2WA 169LA 2DQCY 1LHKA 1AT6A 148LE 1DKKA 4NGVA 3AW7A 2FBBA 1L79A 2H9KA 1C6MA 2HU3A 4ANRA 4DDAA 196LA 3GUOA 235LA 4ZFPA 1RI8B 1LMPA 1C6EA 3HTFA 2F4AA 1QUSA 195LA 182LA 1ZV5L 3WU7A 3A3RX 3HUKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BQL Y;  1C6C A;  3SN6 R;  2IFF Y;  2LZM A;  1HEL A;  194L A;  1DI4 A;  212L A;  2HUK A;  1L97 A;  2YBH A;  1D3M A;  3AGH A;  1L22 A;  2BQI A;  4ZIX A;  2YDG A;  2MEC A;  4GCD A;  1LZ4 A;  4XJD A;  1JKA A;  257L A;  4XEN A;  3G3B B;  190L A;  2NTG A;  4LGK A;  2ANX A;  1OP9 B;  4PRU A;  130L A;  1L07 A;  4ARQ A;  1LYE A;  1LJH A;  1C61 A;  1GFT A;  3BKH A;  5KXY A;  4I7P A;  3WUN A;  4PHI A;  1PQD A;  2O7A A;  2OU0 X;  1GF0 A;  1PQK A;  3AB6 A;  1IP7 A;  1HF4 A;  4W52 A;  2HEC A;  1LI2 A;  1L89 A;  4LT2 A;  1L42 A;  5K7O A;  1QDR A;  4LYB A;  1P2L A;  2HEA A;  1A4V A;  1L61 A;  4W96 A;  1LGX A;  4LYC A;  4N8Z A;  1FKQ A;  1LZG A;  2CGI A;  3WPJ A;  1L84 A;  4GN4 A;  2XTH A;  3QY4 A;  157L A;  3EO5 A;  1GFA A;  4LZM A;  2G4P A;  1L96 A;  1C45 A;  2RB2 X;  2AUB A;  1NMM A;  1L66 A;  1CU3 A;  2F47 A;  4XAD A;  2Z37 A;  1N4F A;  137L A;  4AGA A;  223L A;  1REX A;  1KNI A;  191L A;  3L2X A;  3JR6 A;  207L A;  1P64 A;  1C63 A;  1ZVY B;  2DQA A;  3SBA A;  2BQF A;  1LHI A;  2RBO A;  1LSF A;  4I7J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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