1C6FA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 32 atm argon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6fA00
1L43A 2B6XA 1L48A 1L04A 1OV5A 1L83A 1G0PA 2F32A 210LA 1LLHA 3HT7A 1PQKA 3D4SA 1P64A 6LZMA 3OE8A 4EJ4A 1L11A 147LA 1L02A 1LW9A 4ARJA 1OYUA 217LA 1PQDA 1L22A 3C80A 4K5YA 3HTDA 4W59A 2B74A 1L0JA 3DN6A 131LA 1B6IA 160LA 2ANVA 1D2WA 2RBQA 1D2YA 1L54A 1CU6A 123LA 128LA 1C65A 4ARQA 1C68A 1QTBA 4PK0A 2NTGA 214LA 3C8SA 4I7TA 1CV3A 2CUUA 4PJZA 3JR6A 225LA 1C66A 3C8RA 1L18A 1L17A 236LA 1L72A 1C6EA 258LA 1LYDA 1QTHA 1L29A 109LA 166LA 2O7AA 1C6LA 1P5CA 1L19A 1QT4A 1LI6A 1T8GA 127LA 1QT7A 2NTHA 161LA 3RZEA 1LYGA 3GUKA 192LA 2Q9DA 1CVKA 1L66A 1L31A 118LA 2Q9EA 3HUAA 1QTZA 1L53A 110LA 3SB8A 151LA 3CDRA 3GUNA 4I7PA 239LA 1L32A 3DN3A 255LA 189LA 104LA 1CUPA 3SN6R 168LA 3G3VA 1T8AA 1L91A 4W54A 2RB1X 1C6GA 3HT9A 206LA 1CX7A 1KW5A 1LYHA 1C6FA 2B6TA 3FA0A 120LA 1L79A 4ARMB 2OU0X 4EPIA 103LA 1LGUA 1LYEA 3GUIA 256LA 3SB5A 2LC9A 2RH1A 1OVKA 1L15A 195LA 247LA 143LA 184LA 156LA 4S0WA 1XJTA 209LA 1QS9A 244LA 1L10A 185LA 1L57A 2LZMA 1L47A 254LA 1L86A 2B72A 1P2LA 181LA 234LA 4ARQB 144LA 1OVHA 1QT8A 1SX2A 3DMXA 4AQNA 172LA 1TLAA 1L82A 228LA 1L01A 1SSYA 1L63A 1CU3A 157LA 3C81A 1L35A 197LA 250LA 1L90A 4EKSA 182LA 1I6SA 1L0KA 238LA 4W52A 1L39A 1C63A 2IGCA 1L94A 152LA 191LA 176LA 1G0KA 1C69A 1L77A 245LA 1G0MA 205LA 4I7JA 1L93A 2B6WA 2LCBA 3FADA 3GUPA 2B6ZA 2A4TA 4I7NA 1G06A 3SBBC 3CDTA 1L52A 1L00A 4W53A 3G3WA 1G0QA 1C6JA 260LA 4ARMA 252LA 3RUNA 2O4WA 1L71A 1L84A 2OEAX 145LA 3SB6A 3C7YA 1L73A 1KNIA 1L13A 249LA 1L88A 174LA 1L80A 212LA 1L89A 233LA 4OO9A 1P2RA 1SX7A 1QT3A 1L20A 3HWLA 3DN4A 1P7SA 3OE6A 1QUGA 4W57A 2RBOA 1L08A 115LA 1L76A 1DYFA 243LA 4DKLA 2B70A 1L07A 1KW7A 1L23A 146LA 3HH5A 3C7WA 1P56A 1JQUA 199LA 3DN1A 141LA 183LA 139LA 148LE 1C64A 248LA 1ZWNA 102LA 3C82A 3GULA 1OWZA 1L40A 125LA 2HULA 229LA 1D3NA 1CV5A 1CV4A 4LDOA 129LA 3HTBA 1L99A 1C61A 1L49A 1L56A 1PQJA 1L05A 1C6IA 216LA 158LA 1P37A 3NYAA 3LZMA 2B7XA 1C6BA 155LA 1DYCA 3PBLA 1CV1A 1L27A 2RB0X 261LA 2L78A 3DNAA 149LA 3HH3A 3HU8A 2RAZX 1P6YA 1C6NA 1L60A 1XEPA 237LA 1C60A 188LA 1L28A 1L42A 4EKQA 1L38A 1L74A 1P3NA 3C83A 2QARC 3GUMA 3OE9A 1PQOA 4YXCA 1C62A 1C6HA 4GBRB 1L67A 1DYBA 2RBPA 4EKPA 4ARPA 1OWYA 1G1WA 3VW7A 177LA 211LA 4ZPUA 3G3XA 1LI3A 5I14A 175LA 1L95A 1D3JA 1PQMA 2OE4X 3HT6A 107LA 3EMLA 3HUKA 1K28A 4I7MA 1CU5A 1L85A 7LZMA 167LA 1T6HA 1L37A 1CX6A 1QTVA 3DMZA 3UONA 2HUKA 3L64A 1D9WA 1L97A 162LA 3L2XA 4I7KA 1LPYA 4YXAC 150LA 3V2YA 170LA 180LA 224LA 2RAYX 1L50A 2OU9A 3HTGA 3HTFA 1G0JA 1C6DA 1L68A 1CUQA 1L65A 2B73A 113LA 1QUHA 1KY1A 114LA 4YX7C 1CV0A 242LA 3C8QA 1L64A 1QT5A 4IAPA 201LA 3HDEA 1CU0A 142LA 4EXMA 3GUJA 1KY0A 2B75A 138LA 169LA 1L24A 1L75A 1LYJA 3CDQA 1L55A 1G07A 3DKEX 111LA 1SWZA 3GUOA 140LA 1KS3A 1D3FA 3CDOA 1L44A 1QUDA 230LA 4LZMA 2OTZX 2RBNA 1G0LA 3NY9A 186LA 1LYIA 3HH4A 2HUMA 1JTNA 1QSQA 1NHBA 1C6AA 253LA 3DMVA 1C6KA 223LA 3ODUA 240LA 1D3MA 2F47A 251LA 1CV6A 1L59A 1LGXA 221LA 1QT6A 1L30A 3C7ZA 1LI2A 3F9LA 1C6MA 1QS5A 218LA 1L62A 1LWGA 1P36A 4DJHA 4I7RA 1DYDA 198LA 178LA 1OV7A 1L34A 164LA 259LA 3PDSA 1OVJA 219LA 3V2WA 1EPYA 1G1VA 1L51A 2RB2X 232LA 3HT8A 3K2RA 1L92A 1L58A 1L12A 159LA 1QTDA 220LA 2OU8A 1T8FA 108LA 1L25A 3DN0A 3HUQA 1PQIA 4W56A 1C6TA 1L45A 4I7LA 137LA 2ANXA 1L61A 241LA 3SBAA 1XJUA 1C6PA 4LDEA 3DN8A 163LA 1CTWA 226LA 3HDFA 1L36A 1L98A 3HU9A 4GRVA 2RBRA 171LA 1WTHA 1L06A 1DYAA 1L70A 3NY8A 1SWYA 4DAJA 3SB9A 2QB0B 4E97A 1C6QA 1L41A 1L03A 2F2QA 213LA 1L87A 3FI5A 1L81A 5LZMA 3HH6A 4I7SA 1QSBA 1ZURA 4I7QA 227LA 4W51A 2OTYX 1L69A 1ZYTA 262LA 222LA 4ARLA 196LA 2OE9X 1L26A 4W55A 126LA 112LA 1L21A 3OE0A 235LA 4W58A 1L16A 122LA 1L46A 4EKRA 4LDLA 1QUOA 1CU2A 1G0GA 1SSWA 1C67A 3CDVA 4EPFA 190LA 1JTMA 246LA 119LA 165LA 173LA 1DYEA 2OE7X 1C6CA 2RBSA 1L33A 3F8VA 215LA 130LA 1QTCA 1LGWA 1L14A 3SB7A 1L96A 4I7OA 1LYFA 3QAKA 231LA 2O79A 2Z6BA 3DN2A 1DYGA 187LA 1T97A 200LA 1LWKA 1L09A 257LA 2B6YA 1P46A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W6AA 2LYOA 1L04A 1L83A 5D5FA 1LYYA 1F6RA 4DC4A 4B4EA 1JKCA 1LMAA 4YENA 134LA 1PQDA 3B0OA 3C80A 4W59A 3HTDA 1GHLA 1LZYA 1BB3A 4NGOA 1DXJA 4TX7A 2ANVA 1L54A 1G7LC 4A7DA 1WQPA 4UWUA 1AT5A 1GFUA 1YKXX 1OUCA 2NTGA 1BWIA 4I7TA 4DQJA 2Q0MX 1C08C 1C66A 2FBBA 2MEFA 3C8RA 1QTEA 258LA 1LYDA 1LMNA 1L29A 109LA 4YF2A 1VDSA 3A92A 4WO6A 3LZTA 1T8GA 4E3UA 1O23A 3RZEA 5LIOA 133LA 1QUTA 1OUBA 7LYZA 4L41A 151LA 3AZ4A 2Z18A 3CDRA 5F14A 239LA 5EBHA 5FEKA 5LVGA 189LA 1T8AA 1ZMYL 1RCMA 2RB1X 206LA 2C8PA 1LSNA 1BB5A 3A3QA 1C45A 1C6FA 2B6TA 4ARMB 4YEOA 1UIBA 256LA 1DI4A 1L15A 1LSAA 1LZBA 1B7RA 244LA 5II3A 3LYMA 1GFAA 4GN3A 4H8XA 1L47A 254LA 3LYZA 4OOOA 4N8ZA 3WPJA 234LA 4Z41A 4ARQB 144LA 1OVHA 1TLAA 1B7NA 5KXMA 4NHSA 1L63A 1CU3A 1BB6A 2HEEA 1LSDA 4OWCA 5B1FA 1L35A 2HECA 250LA 4ETAA 3WU8A 1L0KA 3EO5A 1JUGA 152LA 1G0KA 3WW5A 2MEDA 3HBDA 1L93A 4QDNA 2LCBA 3WPKA 5HNCA 3CDTA 1L52A 1L00A 260LA 1GB5A 5C6LA 1LJKA 5HMJA 4B1AA 3AZ5A 4W96A 1VAUA 1L13A 2DQHY 1L88A 1IP6A 1NWGA 3AYQA 5I53A 212LA 1TBYA 2YBNA 1IC4Y 3OE6A 1B5WA 4W57A 2RBOA 4WG1A 1OUEA 1L08A 4H93A 4DKLA 1L23A 1JQUA 3DN1A 183LA 148LE 1C64A 5JENB 1OP9B 1IR9A 2IHLA 1JKDA 1OWZA 125LA 5F16A 1B7MA 1L49A 1HENA 2ZYPA 4U3XB 2BLYA 4H9FA 3NYAA 1LJNA 5L9JA 2Z37A 4TSCA 1C6BA 5KKJA 2FYDA 2RB0X 1D9UA 1QIOA 4BS7A 4P2EA 3QY4A 2ZYCA 1P6YA 237LA 1GFGA 1E8LA 1BWJA 4CFPA 1LZCA 1L42A 1JSFA 1UIEA 1QDTA 1G7HC 4YXCA 1LJEA 2Z2EA 1IVMA 1YANA 4ARPA 4C3WA 2NWDX 4QY9A 4XN6A 211LA 4XADA 1AZFA 2OE4X 4NGZA 1K28A 1CU5A 4H94A 1T6HA 5IELA 5APEA 1CX6A 1LZRA 4NHPA 1YL1X 2HUKA 5E9RA 1L97A 1GF6A 1UCOA 1F0WA 5LA8A 4TSBA 1GF4A 1L50A 1FN5A 2DBTA 3HTFA 1GXV2 1G0JA 1QSWA 1L68A 3QE8A 1L65A 3IJVA 1QUHA 1KY1A 1HFZA 114LA 4GLVA 4YX7C 242LA 1L64A 1QT5A 3A6BY 1UC0A 4IAPA 3HDEA 1CU0A 1G7IC 142LA 4WOAA 1GWDA 4DQ5A 138LA 3RU5A 3IJUA 4GCBA 1TDYA 3CDQA 4H9EA 3GUOA 1D0LA 4OWAA 1L44A 1DI3A 2RBNA 3WXUA 2ZQ3A 3NY9A 2F30A 5KXLA 1NHBA 253LA 4R0FA 1C6KA 1GEZA 1NDMC 1IWYA 1IP2A 223LA 1D3MA 1LZGA 3AGHA 1LGXA 1QT6A 4G49A 1LI2A 4KT3A 2Y8PA 1P36A 178LA 2BAAA 2YBLA 1L34A 1ZVHL 2YDGA 4NGIA 1G1VA 1L51A 232LA 3HT8A 1LJ3A 1L92A 153LA 1VEDA 1T8FA 1L25A 1HERA 3A91A 1PQIA 1GB9A 3HBEX 3G3BB 1QTKA 1XJUA 4I8SA 3DN8A 2D6BA 4WM1A 163LA 1JSEA 4XYYA 226LA 3HU9A 5FDJA 5C6IA 1DYAA 3NY8A 4I0CA 3SB9A 2QB0B 4E97A 1DKKA 1NF5A 4LT3A 4ZIXA 213LA 1L87A 2EQLA 1L81A 1LTMA 1JTOL 5LVIA 1OUIA 5L3HA 1SLYA 1L69A 1KIPC 1Z55A 4ARLA 4H9AA 5HLLA 2XTHA 1VDQA 1F6SA 4W55A 1D6QA 4LDLA 1LJFA 1H87A 190LA 119LA 2RBSA 5IHGA 3D3DA 3CSZA 4MCKA 4H8YA 1LGWA 4BAPA 4LZTA 2ZIJA 1DQJC 1GF9A 1JIYA 1GAZA 2O79A 187LA 4R6CA 1LWKA 1I20A 1BB4A 257LA 2B5ZA 1P46A 3AJNA 3SP3A 1OQMA 9LYZA 1IEEA 1GE0A 1L48A 1V7SA 1OV5A 4NIJA 1G0PA 2F32A 4J1AA 210LA 1PQKA 2YBJA 4H8ZA 3HFMY 3EXDA 4N9RA 4BAFA 1PS5A 4ARJA 1REYA 5AMYA 3CT1A 4K5YA 3DN6A 4HV1A 1HC0A 131LA 1B6IA 2IFFY 2RBQA 1D2WA 2BQAA 2EIZC 1D2YA 1H6MA 1HMKA 123LA 5APCA 4NHIA 2CGIA 1GF7A 128LA 1HEPA 2YBHA 1C68A 1JWRA 3J6KA 5A3ZA 1LZTA 4RDSA 1L18A 4OWEA 1L72A 1C6EA 1QTHA 166LA 1G7MC 1C6LA 1LI6A 2HEDA 2MEGA 4LFPA 127LA 2LZ2A 2MEAA 3LYOA 1V7TA 161LA 1LYGA 2ZQ4A 192LA 3M3UA 1LZNA 3TXDA 1CVKA 2Q9EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W6A A;  2LYO A;  1L04 A;  1L83 A;  5D5F A;  1LYY A;  1F6R A;  4DC4 A;  4B4E A;  1JKC A;  1LMA A;  4YEN A;  134L A;  1PQD A;  3B0O A;  3C80 A;  4W59 A;  3HTD A;  1GHL A;  1LZY A;  1BB3 A;  4NGO A;  1DXJ A;  4TX7 A;  2ANV A;  1L54 A;  1G7L C;  4A7D A;  1WQP A;  4UWU A;  1AT5 A;  1GFU A;  1YKX X;  1OUC A;  2NTG A;  1BWI A;  4I7T A;  4DQJ A;  2Q0M X;  1C08 C;  1C66 A;  2FBB A;  2MEF A;  3C8R A;  1QTE A;  258L A;  1LYD A;  1LMN A;  1L29 A;  109L A;  4YF2 A;  1VDS A;  3A92 A;  4WO6 A;  3LZT A;  1T8G A;  4E3U A;  1O23 A;  3RZE A;  5LIO A;  133L A;  1QUT A;  1OUB A;  7LYZ A;  4L41 A;  151L A;  3AZ4 A;  2Z18 A;  3CDR A;  5F14 A;  239L A;  5EBH A;  5FEK A;  5LVG A;  189L A;  1T8A A;  1ZMY L;  1RCM A;  2RB1 X;  206L A;  2C8P A;  1LSN A;  1BB5 A;  3A3Q A;  1C45 A;  1C6F A;  2B6T A;  4ARM B;  4YEO A;  1UIB A;  256L A;  1DI4 A;  1L15 A;  1LSA A;  1LZB A;  1B7R A;  244L A;  5II3 A;  3LYM A;  1GFA A;  4GN3 A;  4H8X A;  1L47 A;  254L A;  3LYZ A;  4OOO A;  4N8Z A;  3WPJ A;  234L A;  4Z41 A;  4ARQ B;  144L A; 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