1C6IA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6iA00
1D2WA 1L01A 3HWLA 4ARQB 200LA 3C7YA 2RAYX 1L31A 1L77A 1T8GA 1L13A 1SWZA 1L17A 222LA 103LA 173LA 1LPYA 1SWYA 4W52A 1L52A 3JR6A 1QS9A 1L33A 1P2RA 4EKRA 1L68A 233LA 2OE7X 1C6BA 3G3VA 185LA 1P2LA 220LA 1P46A 3C83A 3DN4A 4I7KA 192LA 1G0KA 1P37A 1L99A 3DN6A 1OV7A 3C80A 254LA 4I7JA 2NTGA 1B6IA 4S0WA 1LGWA 3HDEA 1CU0A 1L10A 137LA 119LA 1L32A 113LA 120LA 1L80A 152LA 1L65A 1C62A 239LA 1KS3A 3HTGA 2OTYX 1QTCA 1L63A 1L18A 2RBNA 1L62A 149LA 3VW7A 1LYFA 1L55A 3HTFA 1DYAA 2RBOA 2ANXA 1L25A 3HTDA 1D2YA 261LA 3SN6R 3F9LA 1CUPA 2RBRA 1L98A 172LA 1PQJA 1C69A 219LA 1JQUA 3NYAA 2NTHA 1PQDA 3C7ZA 1G0LA 1P56A 4PK0A 178LA 2LZMA 225LA 4LDOA 109LA 1L09A 205LA 2ANVA 4W54A 2B75A 4EKQA 3FI5A 1C68A 1CV4A 1C6IA 1LLHA 2F47A 1P64A 2OE9X 1L28A 230LA 171LA 1L16A 1L05A 1L91A 1CX6A 1QSQA 168LA 148LE 1L88A 1L41A 1L49A 1TLAA 111LA 4EPFA 240LA 1KY1A 4ARMB 1L21A 188LA 1L81A 1P36A 2RAZX 155LA 1ZYTA 164LA 1D9WA 1QTVA 144LA 1L70A 1L51A 1LYDA 2OU8A 1L53A 249LA 1L57A 2O4WA 4E97A 1I6SA 245LA 1L74A 4ARQA 1P6YA 1C6CA 102LA 1L50A 3DMXA 3L2XA 4EPIA 1L56A 2HUMA 258LA 4ARLA 1OWYA 1T8AA 184LA 129LA 1OYUA 2B6XA 1L27A 1T6HA 1D3JA 112LA 1C6MA 3OE6A 241LA 157LA 253LA 127LA 1L79A 1L19A 1L90A 2OU0X 3D4SA 143LA 3DN1A 4I7LA 2RB2X 3CDTA 3HU9A 3ODUA 1G0PA 247LA 156LA 4DKLA 1C6DA 1KW7A 104LA 3SB8A 160LA 1L67A 209LA 1L87A 3HT8A 1L46A 3GUNA 1CX7A 1CU5A 196LA 2LCBA 177LA 1L85A 1D3FA 2OEAX 251LA 3GUOA 1L96A 1NHBA 3G3WA 1LYHA 186LA 2B74A 4LDLA 3GUJA 1L40A 4W56A 3QAKA 232LA 176LA 1L69A 1L64A 180LA 3SB9A 1K28A 1KNIA 1L71A 2OE4X 1L97A 3DN3A 3HH4A 235LA 2CUUA 3SBBC 1C6PA 1C65A 4EJ4A 1DYBA 3HDFA 1LW9A 3RZEA 1C61A 3HTBA 3EMLA 1C6TA 4I7OA 2OTZX 1L72A 1G1WA 1JTMA 1L92A 1G06A 1L20A 1ZURA 1QTBA 1PQMA 142LA 3CDOA 4YXAC 2B6ZA 1CU6A 1LI3A 3C81A 151LA 1C6JA 4ARMA 3C8QA 1CV1A 1L84A 5LZMA 1DYEA 1L26A 224LA 3F8VA 2QARC 4K5YA 1L47A 257LA 166LA 228LA 3V2YA 244LA 2B70A 3HUKA 3SB7A 1OVHA 1QUHA 167LA 1D3NA 243LA 1C6KA 1L89A 248LA 1DYCA 260LA 3DN2A 3LZMA 1CV5A 1G1VA 189LA 159LA 1P7SA 1L00A 1L39A 1PQOA 1SSWA 3GULA 1L66A 210LA 4YXCA 1L06A 215LA 1L73A 227LA 1QT5A 4W55A 1OVJA 4EXMA 2Q9DA 197LA 1L02A 3HH5A 246LA 130LA 4ZPUA 118LA 1L30A 4W57A 1QT3A 1QTDA 1KW5A 1P3NA 1C66A 165LA 214LA 242LA 234LA 4GBRB 1XJUA 1L15A 1L38A 175LA 1OWZA 1L04A 1L0KA 1DYFA 110LA 1LI2A 4I7NA 2RH1A 1T8FA 237LA 1CVKA 4I7TA 5I14A 3C82A 3NY8A 1L82A 1L59A 1L75A 107LA 223LA 4EKSA 163LA 2LC9A 1G0QA 1KY0A 3OE0A 6LZMA 1L95A 1DYGA 226LA 3DMVA 3DN0A 170LA 1QUGA 4YX7C 201LA 3K2RA 4OO9A 147LA 1QT6A 1L94A 1LYGA 1C6EA 3HT7A 1L54A 1SX2A 1OVKA 4AQNA 1L11A 1ZWNA 1CU2A 1LWKA 158LA 1QS5A 122LA 2Q9EA 3G3XA 115LA 1CV6A 2QB0B 7LZMA 1OV5A 3HUAA 1L29A 4W53A 150LA 1C6HA 1DYDA 1C6NA 2B6YA 3FADA 125LA 1C6LA 1PQKA 2RBPA 1L23A 236LA 2O79A 2HULA 3OE9A 4IAPA 3OE8A 1L12A 217LA 146LA 206LA 1L37A 1L34A 4GRVA 3GUMA 3HUQA 1L60A 2L78A 4PJZA 1C63A 4W58A 1L93A 1QT4A 1C6QA 1QUOA 1L14A 126LA 2B72A 256LA 1LGUA 218LA 1C60A 216LA 1CV0A 1EPYA 3GUKA 4ARPA 1LYJA 4I7PA 4EKPA 229LA 4LDEA 1SSYA 4I7SA 1SX7A 145LA 4I7RA 4W59A 4W51A 3HT6A 3CDQA 141LA 1LGXA 4DJHA 140LA 1LWGA 1WTHA 1XEPA 1CV3A 1T97A 1CTWA 1D3MA 3FA0A 1JTNA 231LA 1L44A 1L58A 1QT7A 2A4TA 1XJTA 1L0JA 3DN8A 191LA 2B7XA 1C67A 2RB0X 2B73A 3SB6A 2B6TA 3HT9A 1QUDA 1G0GA 252LA 1G0JA 1C6FA 4LZMA 1C6GA 1G0MA 3UONA 181LA 2RBQA 212LA 1L48A 3SBAA 2OU9A 3SB5A 161LA 3HH6A 199LA 198LA 3C7WA 1L24A 1G07A 1L08A 3GUPA 262LA 221LA 1QTZA 1L35A 2IGCA 1C64A 3DNAA 3C8RA 108LA 1CU3A 2Z6BA 3HH3A 3RUNA 3PDSA 3DMZA 211LA 3CDRA 3GUIA 1L86A 4DAJA 259LA 174LA 213LA 183LA 2F2QA 190LA 1L42A 128LA 131LA 3V2WA 187LA 1L61A 255LA 182LA 1LYIA 1QT8A 1CUQA 1L22A 250LA 1P5CA 1L43A 1L76A 1PQIA 3NY9A 123LA 2RBSA 4I7QA 2F32A 1C6AA 2HUKA 4I7MA 1LYEA 162LA 3HU8A 169LA 1LI6A 1L03A 139LA 1QTHA 4ARJA 195LA 238LA 2B6WA 138LA 1QSBA 2O7AA 3CDVA 3C8SA 1L07A 1L45A 2RB1X 1L36A 1L83A 3PBLA 3L64A 3DKEX 114LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D2WA 1L01A 200LA 1L77A 1T8GA 5KXSA 5I4WA 1LPYA 1C45A 1UIFA 1QDRA 4NHPA 1AT5A 1QS9A 1LZYA 1SQ2L 220LA 1LJFA 1GF9A 2Z19A 3DN4A 1G0KA 1P37A 3M3UA 2VB1A 3C80A 1RE2A 1B6IA 1GHLA 4S0WA 3HDEA 1INUA 1LKRA 4GCBA 2ZNWY 119LA 1UC0A 2LYOA 120LA 1L65A 1ZVHL 1JTOL 1C62A 1KS3A 4H8ZA 3HTGA 1LZGA 5HNLA 1B7RA 1QTCA 2LZ2A 5APDA 4RW1A 4B4JA 3TMUA 2RBOA 4YEOA 1D2YA 1B7NA 1G7LC 1LAAA 3CSQA 1F6SA 1BWHA 3EXDA 4NY5A 2W1MA 3B0IA 1I20A 4QEQA 4WM1A 1G0LA 1LMPA 1QIOA 1OUBA 4LDOA 1B5UA 1YILA 205LA 1YIKA 5M1YA 3AGGG 4EKQA 3WYHA 3OK0A 1LZBA 1OUCA 3IWRA 1E8LA 4OWEA 1L91A 4CGEA 2HEEA 5LVIA 148LE 2EKSC 1TLAA 1L49A 111LA 1XGTC 4H92A 1L81A 1P36A 2RAZX 2OU8A 4HTQA 1L53A 2O4WA 4L41A 245LA 1VDPA 1P6YA 1L50A 1BQLY 2YBLA 3W6DA 1L56A 3QNGA 2HUMA 5DM9A 4ARLA 4YF2A 1OYUA 2B6XA 112LA 1C6MA 5HMJA 127LA 5T3FA 2OU0X 143LA 4ZFPA 3GXRA 1FLWA 4DWXA 3TXIA 1SLYA 156LA 2DQGY 209LA 1LYSA 1LSNA 3HT8A 2F30A 2WARA 1IOSA 3W6AA 3TXBA 1MELL 1ALCA 1IORA 1NHBA 4PRQA 3HBEX 4O34A 1YQVY 3G3WA 3P68A 1GAZA 4LDLA 4RLNA 1D0KA 1BWJA 1L69A 1L64A 3SB9A 2OE4X 4EOFA 2BQEA 5LYZA 4AGAA 3LZ2A 4EJ4A 3HDFA 1LZ6A 4R6CA 4MCKA 4GCFA 1LSFA 1UBZA 4H9CA 4BADA 5ILFA 1JTMA 1G06A 1PQMA 2YBNA 4WLDA 3C81A 4HP0A 1CV1A 1L84A 1L47A 257LA 2C8OA 166LA 244LA 5KXTA 1JUGA 2D91A 1D3NA 1OUGA 3LZTA 5LVHA 3CQLA 1G1VA 189LA 1GF4A 4TSBA 1P7SA 1PQOA 1L00A 3WVYA 1SSWA 4YENA 1L66A 4YXCA 3FE0A 1L06A 1L73A 227LA 3QE8A 4W94A 2YBJA 2BQOA 1QT5A 4W55A 2Q9DA 197LA 1L02A 4G4HA 4OOOA 1ZV5L 1LZ9A 1FLUA 4WM3A 4W57A 3HBHA 1KW5A 1IP7A 4NGWA 4GBRB 1L38A 175LA 1L04A 1LHJA 4DD2A 1DYFA 110LA 1LMOA 1QSWA 1LYZA 4I7TA 2ZYCA 4LYBA 4WO6A 107LA 3TMWA 1RFPA 223LA 4RLMA 5LVKA 1LZDA 3TMVA 4W96A 4H9AA 2HU1A 201LA 3K2RA 5KXOA 4OO9A 3CT1A 1LJIA 3AZ5A 3FI7A 1C6EA 3A90A 1MLCE 1CJ7A 3W6BA 3GXKA 4WM2A 1QS5A 2Q9EA 115LA 1JSFA 4XJBA 4NGOA 2MEFA 3FADA 125LA 1C6LA 3RNXA 236LA 3OE9A 3WXTA 2BQLA 3OE8A 1L12A 217LA 1L37A 1L34A 3P65A 2DQDY 1G7JC 1C63A 1L93A 9LYZA 1UIGA 1JKAA 1LJHA 2B72A 4NEBA 3EBAB 1GBZA 4I7PA 1LZ4A 2A7DA 1SSYA 1YAMA 4QDNA 4TSCA 4WG7A 4I7RA 2Y8PA 1CKDA 5HMVA 2Q0MX 3HT6A 2ZIJA 140LA 1LWGA 2D4JA 1XEPA 3CT5A 1CTWA 1LMCA 3FA0A 4LYCA 3DN8A 1GB9A 1IWYA 3A95A 4PPOA 1BVKC 3RT5X 4EMNA 1G0JA 3BKVA 3D9AC 1YROA 3A91A 181LA 4DD7A 1NDGC 3A6BY 3SBAA 2OU9A 161LA 1B7LA 5LIOA 1L08A 262LA 2N5ZA 2IGCA 1C64A 3DNAA 1UIBA 2Z6BA 4NGJA 1I56A 3B72A 2W1LA 4OOTA 1L86A 4HJVA 4DAJA 183LA 1L42A 128LA 131LA 2F2NA 182LA 1LYIA 2G4PA 4ETAA 1BHZA 5B59A 1LJGA 1P2CC 4NG1A 3W6EA 1IX0A 4WM6A 1FKVA 123LA 2RBSA 1NKHA 2HUKA 1LYEA 162LA 1LI6A 4DD0A 1LZTA 2HUBA 1YKXX 1W08A 1L36A 1L83A 1LZCA 3DKEX 3HWLA 4WOAA 1OUDA 4LZTA 2RAYX 4NGZA 1L31A 3A67Y 1HMLA 1XGRC 1BWIA 1L68A 233LA 4H93A 2Z39A 5F9UA 1C6BA 4ETBA 5DN4A 2HEDA 1P46A 3C83A 1BB6A 3DN6A 254LA 2I25L 1LSCA 2NTGA 133LA 5F16A 1BB7A 2DQCY 152LA 4H1PA 1CKHA 3RW8A 3WPJA 1L18A 3WH1A 149LA 1WQOA 4H9HA 1L55A 4H9IA 6LYTA 1IWUA 1GB6A 1H87A 154LA 2BQNA 1L25A 261LA 1WTNA 1UUZC 3SN6R 2RSCA 1GFRA 1CUPA 2BQIA 1REMA 1QDTA 172LA 1PQJA 7LYZA 1XGUC 1C69A 1XGQC 219LA 3TXJA 1B7QA 3NYAA 3ATOA 5KXLA 2NTHA 1PQDA 3C7ZA 4TUNA 4PK0A 2LZMA 225LA 3LHMA 4H9EA 4W54A 4NHSA 4H94A 1F0WA 1G7IC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D2W A;  1L01 A;  200L A;  1L77 A;  1T8G A;  5KXS A;  5I4W A;  1LPY A;  1C45 A;  1UIF A;  1QDR A;  4NHP A;  1AT5 A;  1QS9 A;  1LZY A;  1SQ2 L;  220L A;  1LJF A;  1GF9 A;  2Z19 A;  3DN4 A;  1G0K A;  1P37 A;  3M3U A;  2VB1 A;  3C80 A;  1RE2 A;  1B6I A;  1GHL A;  4S0W A;  3HDE A;  1INU A;  1LKR A;  4GCB A;  2ZNW Y;  119L A;  1UC0 A;  2LYO A;  120L A;  1L65 A;  1ZVH L;  1JTO L;  1C62 A;  1KS3 A;  4H8Z A;  3HTG A;  1LZG A;  5HNL A;  1B7R A;  1QTC A;  2LZ2 A;  5APD A;  4RW1 A;  4B4J A;  3TMU A;  2RBO A;  4YEO A;  1D2Y A;  1B7N A;  1G7L C;  1LAA A;  3CSQ A;  1F6S A;  1BWH A;  3EXD A;  4NY5 A;  2W1M A;  3B0I A;  1I20 A;  4QEQ A;  4WM1 A;  1G0L A;  1LMP A;  1QIO A;  1OUB A;  4LDO A;  1B5U A;  1YIL A;  205L A;  1YIK A;  5M1Y A;  3AGG G;  4EKQ A;  3WYH A;  3OK0 A;  1LZB A;  1OUC A;  3IWR A;  1E8L A;  4OWE A;  1L91 A;  4CGE A;  2HEE A;  5LVI A;  148L E;  2EKS C;  1TLA A;  1L49 A;  111L A;  1XGT C;  4H92 A;  1L81 A;  1P36 A;  2RAZ X;  2OU8 A;  4HTQ A;  1L53 A;  2O4W A;  4L41 A;  245L A;  1VDP A;  1P6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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